4AHRA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
155
structure length
153
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 59
structure length 153
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahrA00
4DSFA 3V9WA 4BE2A 3MECA 3KIOA 4CEAA 4CJ3A 1WLJA 3V6DA 3PV8A 1RT3A 1L3VA 5CYQA 1TL3A 4DQSA 2F96A 1TK0A 4O5BA 1VSKA 4KTZA 4CEFA 1Y97A 2W42A 3HPGA 3NGYA 1S1XA 1BL3A 3CFOA 3QLHA 2D0BA 5J2NA 2X6NA 2GUIA 4DF4A 3QETA 3C6TA 3S3NA 1KRPA 2X78A 3HM9A 2IDOA 4ICLA 1HPZA 4OGEA 4R5PA 5CYMA 1N5YA 1L3SA 1NJZA 3M8QA 4RW8A 1RT1A 4QOZB 1VSDA 4DU3A 4FZXC 4DLGA 3C94A 4JS4A 4B9VA 3VQBA 3PX0A 2E4LA 1VK0A 3LAMA 4IG0A 4HVJA 1HRHA 1RT2A 4DFJA 4CJKA 1RBVA 3ZT3A 4CEDA 4CERA 3SPYA 2OPQA 5DK5A 4LH4A 1RDCA 3DLBA 1WSEA 1LAVA 4CF8A 3OYIA 1NOZA 4OKEA 3QEIA 2IAJA 4KHNA 3KKSA 3K5NA 4M3TA 1RBSA 3B6PA 1U4BA 3O4QA 3VQ5A 4TSXA 3TAQA 3RR8A 4GMJB 4AHRA 4F3OA 4N47A 4CHYA 3IS9A 1IO2A 4QAGA 3M8RA 4HUGA 1BCOA 3SJJA 1BCMA 1S1TA 3WNHA 1T05A 4F8RA 2FBXA 2OZMA 2O4IA 2HHVA 4BWMA 2OYQA 4FJKA 2HHTA 1CLQA 3HL8A 3V9XA 1RTDA 3CM6A 2XO7A 5FROA 4DSLA 3SUOA 3OYEA 4FJGA 1C0MA 1QHTA 2G8FA 1B9FA 2JLEA 5CZ1A 1J53A 4LSNA 4FJ9A 3KLIA 1QSSA 4CFBA 3LP1A 4CJ5A 4FLWA 1QTMA 3LZIA 4CJRA 1NKEA 1DLOA 4YFUA 1L3UA 1NK7A 3KTQA 1VSJA 1HYSA 1TKXA 5KRTA 2PZSA 2OPSA 5JS2A 4DTOA 4JRQA 4EZ9A 4Z4EA 1D9FA 3SUPA 1RT4A 5CY4A 4DQQA 4FJMA 2HNYA 5CZ2A 4HCBA 4G1QA 4JLHA 4ELUA 3SCXA 2OPPA 3NGZA 2Y1IA 1VSLA 1ITGA 4MQ3A 3AO4A 4CE9A 1XWLA 1LAWA 1WSHA 3CG7A 4KV8A 3U3YA 1X1PA 3TAMA 3ZCMA 1EETA 4FM1A 4E1MA 4J2AA 1RNHA 3KK3A 1TL1A 4K8XA 3F9KA 4BE0A 4B9LA 2O4GA 2YKNA 1JL2A 3K5OA 4RW6A 4E7JA 1FKPA 3OS1A 1VSMA 4RG8A 1KSPA 3HVTA 1RTIA 4DSKA 4I7FA 4Q5VA 2G8UA 3U6FA 3CYMA 3AVKA 4GW6A 3LZJA 4CJVA 2P5OA 4C8LA 4N41A 4CEZA 4JRPA 2KFNA 2Q3SA 1BQMA 3DRSA 3ZSVA 4DU4A 2YNGA 3QEPA 4FM0A 4LD0A 2RF2A 4M45A 3K57A 3TR8A 4AHTA 3OYMA 3OYKA 2WOMA 4ELVA 3OYJA 3HVRA 1L3TA 1VSEA 2HNDA 1S6PA 4DFPA 3OJUA 1C1AA 4W5TA 4DS5A 4CHPA 4KB1A 3AVHA 3IG1A 1XHXA 3DLEA 4FW1A 3QESA 5HRPA 1X9MA 1UAXA 2Z1HA 1C0TA 4C8NA 3S9HA 3VA3A 2GV9A 4DTMA 3F73A 3OYDA 3RMCA 4CCHA 3KD5E 2ZD1A 3LPUA 4FXDA 1R0AA 3QIPA 1EXQA 3RMBA 1JKHA 2G8KA 4KI6A 3RR7A 1FK9A 1RBRA 1VSHA 1RILA 1IKYA 2G8WA 5C42A 4W5NA 5T7BA 3NH0A 4FCYA 3OYLA 2OA8A 3K5LA 3VQ8A 3NF7A 3QO9A 4BWJA 1X9WA 4CF9A 1YVUA 3AA2A 4E7LA 3NGIA 1BGXT 4FJXA 4B9TA 2P51A 3HPHA 1NOYA 2VWJA 3FFIA 3O3HA 3HP6A 3K2PA 4HCCA 1DTQA 4CJFA 4CK2A 2E6MA 4E19A 4FJNA 3AVGA 1LW0A 4B8AB 3SV3A 2P5GA 1RDBA 2Z1IA 4FW2A 3KLEA 3I8DA 4CJWA 4KHUA 2YNHA 4IFVA 4CGJA 3KJVA 1TK5A 4CGHA 1HMVA 3MXJA 2KQ2A 3WNGA 3G10A 4AH9A 2Z1GA 4F2SA 3T19A 4CJQA 1B9DA 1NKBA 3NCIA 4C8MA 1NK4A 4KKOA 5SWMA 4KFBA 4M42A 1WSGA 1TKZA 2HVIA 1JXBA 4W5QA 1NKCA 1Q9YA 4DFMA 5HRSA 1EX4A 2XY7A 4FJJA 5SZTA 2FBYA 1Z25A 4RW4A 4BE1A 3SI6A 5FRNA 4DF8A 1I39A 4I2QA 4CHNA 3OYNA 4ZTJA 1LV5A 5KRSA 2Y1JA 4UQGA 4KO0A 1WSJA 1K6YA 1WNSA 1REVA 1YTAA 4DTNA 2HHXA 1KTQA 4C8KA 5FRMA 4NYFA 3VQ4A 4O0JA 3AV9A 3LALA 3AVNA 3KLFA 3TAEA 1NK5A 3CM5A 4OPKA 3S3OA 1ZBHA 1A5WA 4Z0UA 4CJLA 3M8PA 1KFDA 3DOKA 3V9SA 1YT3A 3SPZA 4FJHA 2HHUA 1UOCA 4M3YA 1VSIA 2WONA 1JLFA 4I9LA 2EHGA 1TK8A 4HUEA 4CHOA 1U04A 1WAFA 3EYZA 4L8RB 4KRFA 1HQEA 3SQ1A 2IGIA 3PX4A 3NH1A 1BI4B 2Z1JA 2DFFA 3HXMA 1L5UA 2XRIA 3O3GA 4FJ5A 3KKRA 4CGFA 3SNNA 2FBVA 3SQ4A 4MFBA 4EP4A 4IBNA 5J2PA 3C6UA 4FLVA 1LWFA 2D0CA 3LWMA 3VQEA 3RRHA 5HLFA 4I9QA 3OYCA 2VG5A 4IDKA 3ZSXA 2D5RA 3KK2A 1VRTA 3SYZA 4DTRA 4FZZA 5KI6A 3TAPA 2F8TA 4Z4IA 2ITGA 4CK1A 2I5JA 3QEXA 4DTUA 1U48A 1JLBA 4IG3A 1NK0A 3HP9A 2IOCA 1CZBA 3HK2A 1NJXA 1J9AA 1QS4A 1TVRA 3QNNA 3SUNA 2HHWA 3KLHA 1D8YA 3MXIA 3V9UA 4CK3A 4YNQA 4FJ7A 5D3GA 4E3SA 1XI1A 4KB0A 3AO5A 3AA4A 3QEWA 3MEEA 4E7KA 4OLAA 1T7PA 1KVBA 2B6AA 1SL2A 4EZ6A 2KZMA 4FJLA 1F21A 1I3AA 2ATQA 3ALYA 1KCFA 4EP5A 3HO1A 3ITHA 5HP1A 2YNFA 4FLTA 3AA5X 4F2RA 4CJ4A 1GOAA 4OPJA 4HTUA 1HYZA 3SV4A 4Z4HA 4DSEA 3PO5A 3DLHA 1A5VA 4CJUA 3OJSA 4N76A 3VQ6A 1NK8A 3DM2A 3V1QA 3JSMA 3NE6A 1SL0A 1YTUA 2OPRA 2YHBA 3OYFA 3L2VA 4PA1A 1D5AA 3NF9A 1SKRA 4W5OA 1ASUA 4N5SA 4ELTA 3L2WA 4Y1DA 3L3VA 3KLGA 3S3MA 1ZBLA 1T03A 3IRXA 4F3TA 1G15A 1JLAA 4OJRA 4CF2A 4FZYA 1IKWA 1ZBIA 3EY1A 4AHUA 1CZ9A 3TI0A 1IH7A 3AA3A 4KREA 4B08A 3IAYA 4DFKA 1A5XA 4OKKA 1EP4A 1JLGA 3DMJA 4CGIA 4FLZA 4CGDA 1NJYA 3QIOA 5KGXA 4N56A 1S5JA 2HW3A 1QQCA 3ZSRA 1BHLA 1CXUA 1T8EA 4DTPA 1WSFA 4O44A 4DS4A 3SQ2A 3V1RA 3AVFA 2XY5A 1TV6A 2A1SA 4CFCA 4DTJA 1RT6A 3AVLA 3L2QA 2XHBA 3BGRA 4KHWA 1U47A 4FVMA 4CF1A 4ZHRA 4HUFA 4KAZA 1S1UA 4FJIA 4IFYA 5KGWA 3DRRA 4Z4GA 2G8VA 4E0DA 3OY9A 2BDPA 1W9HA 3I0SA 3NAEA 3TARA 3H08A 1RTHA 1W0HA 4KHQA 1S9GA 1UA0A 3ZT2A 4AHCA 4NYNA 4PQUA 1B92A 1ZBUA 2KZZA 1S6QA 3KD1E 2LSNA 1C0UA 1UWBA 1BIZA 4J2DA 3QNOA 4CJPA 3MEDA 1ASVA 4E89A 1LWEA 1WSIA 3PX6A 4W5RA 4RW9A 1S9EA 1VRUA 3OVNA 3NH2A 3SQ0A 2DTUA 3JYTA 1BISA 2X74A 1TAUA 2XY8A 1S1VA 3LANA 1BI4A 3OYHA 3WNFA 3ULDA 4PUOA 3VQQA 1JL1A 2QKKA 4M3UA 3NF6A 3NBPA 3AVJA 4LH5A 3L8BA 4DWIA 3LP3A 2HHSA 1RDAA 1WAJA 4DTXA 2B5JA 2PYLA 3HT3A 1X9SA 5J2QA 1C1BA 3I0RA 2G8HA 5I3UA 3OYAA 1BQNA 1Q8IA 3LP0A 4M3RA 3EZ5A 3LDSA 1NK6A 3AO1A 4CFAA 1LW2A 2X6SA 4E1NA 1KLNA 5HBMA 4FK2A 4KHSA 2DY4A 3VQCA 4B8CA 3RTVA 1NJWA 4B9NA 1N6QA 2OZSA 4F4KA 3SUQA 1BIUA 2DFEA 1DTTA 3NHGA 3AO3A 4OLBA 3CFRA 3K5MA 1JLQA 2QXFA 4ID1A 4O55A 2YHAA 2R7YA 4CIEA 1XHZA 3VA0A 1JLCA 2VWKA 1SKSA 4CIGA 3TAGA 3V1OA 1C1CA 4CECA 1TAQA 3A2FA 3P5JA 5HROA 4PY5A 2IC3A 4M3XA 1ZBFA 1ASWA 3T3FA 1RT7A 1J5OA 2DFHA 5JS1A 3HYFA 3RRGA 3OYBA 3M8SA 4DMNA 4HHTA 2HMIA 3VQ9A 5EU7A 4M41A 4DQPA 4FK4A 1IKVA 3TWHA 4IKFA 4CIFA 4C8OA 4DQIA 4E7HA 2RPIA 4NCAA 3AVMA 1CXQA 1FXXA 2B4JA 2HNZA 3LPTA 1JLEA 4I2PA 3O3FA 4CJEA 3PO4A 3P1GA 4NCBA 3ZT1A 4BACA 3VQAA 3CFPA 1RTJA 3DYAA 3C95A 2ETJA 3B6OA 1KLMA 3ZSOA 2FBTA 3LWLA 5J2MA 2HHQA 1J54A 2VG7A 1KVCA 1U45A 1Q9XA 1SUQA 2PYJA 5K14A 3O4NA 3QINA 1GOCA 3V9ZA 1IKXA 2KW4A 4AHSA 1S1WA 4CESA 4J2BA 3PY8A 5HRNA 2A1RA 3DLGA 1ZYQA 2KFZA 4FLYA 1UA1A 2RN2A 3QERA 4KTWA 1HNVA 1SV5A 1IG9A 4DLEA 4B9UA 4J2EA 4FJ8A 2KTQA 4CGGA 2FC0A 4CEEA 3K58A 2EX3A 3ZSZA 4O0IA 2ZE2A 2D0AA 3HPOA 3TABA 4FK0A 3ZT4A 3HSTB 3NF8A 4E7IA 5KTQA 1HNIA 4LSLA 5E41A 4DTSA 3VQDA 3RMAA 1D9DA 4AHVA 4BDZA 3D0PA 4CEOA 3ZSWA 4FLUA 4H4OA 3P83D 1JXEA 2BGGA 4KPYA 3WNEA 4DQRA 2GBZA 3V4IA 5I42A 3NFAA 3AVCA 1RT5A 3MEGA 2YV0X 4Z4CA 2P1JA 3OYGA 3D45A 3BDPA 1RBUA 3RWUA 4FYDA 1QE1A 3AVBA 4CFDA 2XY6A 4DSIA 1FKOA 4OGCA 1QSLA 4AILC 4M3ZA 1RDDA 3DOLA 3L2UA 3VQPA 3OS2A 4K8ZA 1KVAA 3PUFA 5HRRA 1TKTA 4CEBA 4FM2A 1Z26A 2RKIA 3K59A 1LWCA 3SZ2A 4RW7A 3DI6A 3VN5A 3LP2A 4ZTFA 4OVLA 3CQ8A 4B9MA 4PWDA 4CEQA 3KK1A 1RBTA 2F8SA 5J1EA 3AO2A 1TKDA 4KI4A 3OS0A 4H8KA 1QSYA 3G0ZA 4Q0BA 4DG1A 3L2RA 3ASMA 4BDPA 4CJTA 3UIQA 4BDYA 3E01A 2G8IA 3NDKA 4KHYA 1NK9A 4QCLA 4O4GA 4Y1CA 3QEVA 3TAFA 3ZT0A 2QKBA 3VQ7A 1C6VA 4CHZA 1EKEA 1RCHA 1WN7A 2NUBA 3AVAA 3DLRA 5C25A 1KFSA 2QK9A 4Z4FA 2AJQA 4M3WA 2HVHA 1SL1A 1TGOA 2IS3A 3T1AA 3U3GA 3TANA 3MXMA 4CHQA 1HJRA 4JS5A 2E6LA 3MAQA 1SKWA 1GOBA 5DMRA 2PY5A 1XC9A 1MU2A 3DRPA 4GVMA 5C24A 4XIUA 4B9SA 4NCGA 3RMDA 1HYVA 4KTQA 3DLKA 3L3UA 4ID5A 4WE1A 3THVA 3LAKA 2ZQBA 1VSFA 2BE2A 2HB5A 2JGUA 4CJSA 4FLXA 3V81A 4DSJA 4H4MA 1HQUA 5FDLA 3ZSQA 3HJFA 3ISNC 2YNIA 4DU1A 3AVIA 3ZSYA 1U49A 2BANA 4LY7A 1O1WA 2VG6A 4CF0A 4B3OA 4OKJA 2YKMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LDLA 3VGKA 3PSIA 1L3VA 1LCUA 3A5OC 3ENOA 1Y97A 4CEFA 3HPGA 1BL3A 3CFOA 3QFPA 2OTLN 4BRFA 3M6GA 4FSVA 4MDBA 4R5PA 1NJZA 3FLCO 4WCEL 1VQ4N 3RSEB 3ZEUB 1HUXA 4JS4A 1KQSM 2E4LA 4IG0A 4CJKA 3SPYA 4CEDA 4CERA 4LH4A 2ZGYA 2VQEK 2IAJA 4R79A 4IO9L 1RBSA 4AQYK 3O4QA 3TAQA 2D1KA 3TTFA 4GMJB 4N47A 3IS9A 5AQNA 1GLEG 4HUGA 2OANA 4K0KK 3HL8A 1FJGK 3SUOA 3KWIA 1QHTA 4B3RK 1K9MO 2JLEA 4LSNA 3D2FB 4JK9A 4FJ9A 3F5TA 3LP1A 4WYBA 5AQLA 4B1UB 4BRLA 4CJ5A 4CFBA 4FLWA 3ATUA 4YFUA 2IVOA 1TKXA 2QWRA 3SMPA 4JRQA 1NBWA 2UXBK 3E9LA 1KAZA 1RT4A 1BWFO 1IBLK 5CZ2A 4H5NA 4G1QA 5IWAK 4ELUA 3BZKA 1XWLA 4KV8A 1N8RO 3U3YA 3VF6A 4FM1A 1V4TA 1K8KB 4J2AA 1RNHA 4H5VA 4B9LA 3A5LC 1FKPA 4DSKA 4I7FA 4K25A 4Q5VA 3LZJA 2Q3SA 1P8ZA 4JKBA 4O8UA 4DU4A 2F7TA 4AHTA 4C1NI 3OYKA 3T7ZA 3OYJA 2QM1A 2HNDA 3IMXA 4DS5A 2P9UA 2UXCK 3E1YA 2IIRA 1X9MA 1UAXA 4CZGA 1C0TA 3THXA 2GV9A 2ZD1A 1R0AA 1TUUA 4KI6A 3ENBA 3RR7A 1VSHA 1RILA 1IKYA 4IFEA 5C42A 3AGKA 5T7BA 3OYLA 4JKDA 3K5LA 1X9WA 5BPNA 3VPZA 4BR4A 4IOCL 1BGXT 4AM6A 2V7ZA 3HOTA 3F2KA 3P4IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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