4AHTA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 55
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahtA00
1DTTA 5C42A 4W5TA 1BIUA 1TAQA 2Z1JA 1TKTA 3KLIA 4KTWA 3QERA 2QKKA 4O44A 1QHTA 3QNOA 4FK2A 4FXDA 3SPYA 2B4JA 3MXMA 3KJVA 1IKVA 5J1EA 1RT5A 1RT6A 3WNEA 3SJJA 3NH1A 4M3TA 1T03A 5CY4A 4DQPA 1UA1A 1T8EA 4CJVA 3AA3A 4M45A 1TGOA 3QEWA 1D9FA 4WE1A 4AHSA 4E7KA 1KVAA 4ELVA 1XWLA 1CZBA 1QSLA 1S1VA 4DSFA 3S3MA 1RDBA 4BE1A 3SUPA 2DTUA 3EY1A 4FW1A 5HROA 1C6VA 1S1TA 3IAYA 1FXXA 1JLQA 3E01A 1SV5A 3F9KA 3OYCA 4FLYA 2QXFA 1NKBA 3PO5A 2XY6A 3PY8A 3OYNA 2HB5A 4E19A 4E7LA 3KD5E 1RTJA 3ASMA 5CYQA 3VQ6A 3TANA 4LSLA 3VQBA 3OVNA 1KCFA 1GOCA 3AA4A 3I0SA 4DTRA 3VQAA 3V9XA 1YT3A 2EX3A 3QEIA 4CEZA 1RTIA 2P1JA 2ZE2A 4CERA 3IG1A 4B9TA 2OPSA 3DLEA 4W5QA 2F8TA 4F3OA 1C0MA 1J53A 3AVNA 4KKOA 3HL8A 1BHLA 1BIZA 3TAEA 3ZSVA 1TKXA 3TAQA 3OJUA 3AV9A 4DFKA 3MECA 3O3FA 4AHCA 3ZSXA 4Z4CA 3VA3A 3SUQA 3DLHA 1ZBIA 4CFDA 4FJLA 4PWDA 4B9LA 2OA8A 4KB1A 4KHSA 1LWEA 3CFPA 1NOZA 3IS9A 4Z4HA 3S3NA 1TK8A 4CHPA 5FRNA 4DSLA 1S9EA 4CHYA 1RNHA 3T3FA 1NK7A 4DU3A 4F8RA 1JLCA 3AA2A 2JLEA 1TK0A 1KLMA 3SPZA 2FBTA 4YFUA 4DTUA 2YKNA 2VG5A 4Y1CA 3KKRA 3TR8A 1BL3A 3ULDA 1TKDA 3OS2A 4OJRA 3KLGA 2Z1IA 4CJSA 4DS5A 2RPIA 4KHNA 1GOBA 1X9MA 2P5GA 1LWCA 1CXUA 1HYZA 1Q8IA 1FKOA 1VRTA 3RR7A 4FZZA 4AHTA 1XC9A 4FK0A 2D0BA 1RT4A 1NJWA 3HPGA 1Q9XA 1X1PA 2RKIA 4CJLA 3K5NA 2PYJA 3QIOA 2A1RA 2VG6A 2HW3A 2HHVA 1VSKA 1EXQA 4DMNA 3CFOA 1CLQA 4B8CA 4CGHA 2YV0X 4AILC 3V4IA 2X6NA 4FW2A 4CJKA 3V9ZA 4FJ9A 1EP4A 2BGGA 1J9AA 4CFCA 3DLRA 4JLHA 4CECA 1RTHA 3DM2A 3VQCA 1A5VA 4CJQA 4FK4A 1KVCA 4KREA 3DLKA 4F2SA 4PA1A 2Q3SA 4CF0A 5KRTA 1SUQA 1B92A 4CEEA 1VSHA 3QINA 1N5YA 2DY4A 1S1WA 5DMRA 2G8HA 1ZBHA 3ITHA 4GVMA 3SV3A 2VG7A 3VQEA 1NK9A 1K6YA 3NF7A 1X9WA 4CGDA 2PYLA 2YNIA 2XHBA 1FKPA 1NK6A 3KK2A 1Z26A 4CFBA 1RBRA 1LAWA 3NBPA 3ZT2A 5HRRA 2IGIA 3EZ5A 3TABA 3DRPA 3SUOA 4ZTJA 4B3OA 3NAEA 2IS3A 1QSSA 4CHOA 3V1OA 4FM2A 4J2DA 5HBMA 3HM9A 1SL2A 4FJGA 3OYBA 4DG1A 4OKJA 3NH2A 3DLBA 3L2RA 1SKSA 4LD0A 4CGFA 4CIGA 3K2PA 3DOLA 3RWUA 2P51A 4O0IA 3OS1A 4CK1A 1WSEA 4CK2A 3NE6A 3SNNA 2DFHA 1QQCA 4CEFA 3SCXA 4ID1A 3OY9A 4DSIA 3OYAA 1A5WA 4OGCA 1VSJA 2D0CA 2YNFA 2HVIA 3L2WA 1RDCA 3ZSYA 4R5PA 2IDOA 3HJFA 3K5OA 4KFBA 4TSXA 4BE2A 4DWIA 4M3RA 1U45A 2QK9A 5CZ1A 4CESA 3QESA 1C1CA 4E3SA 3RMCA 1ASVA 3K57A 1FK9A 4FZYA 3LAKA 5C25A 3MEDA 4DTPA 5SWMA 4ELUA 4DF8A 1EKEA 4FJHA 4CHQA 1NJXA 4LH5A 1U48A 4KHUA 3T1AA 4AHVA 3ALYA 3A2FA 1WSGA 3PX0A 1KVBA 1LAVA 4E89A 5I42A 4B9SA 4KV8A 1JLFA 3L2QA 1SL1A 4FLZA 1WSHA 4CK3A 2KW4A 2JGUA 3VQ7A 3S9HA 4PQUA 1CXQA 2BANA 4DTOA 3DOKA 3AVAA 3AO1A 4CEDA 3L2UA 2FC0A 1WN7A 3HVTA 3K5LA 3L8BA 4RW6A 4BWJA 1HYVA 3HP6A 1HNIA 3HVRA 3I8DA 4MFBA 4NYFA 2KFNA 4W5RA 3SI6A 2IOCA 1ASWA 3VQ5A 3LZJA 4I9QA 3ZSOA 3M8SA 3QETA 1L3TA 4DTNA 1S5JA 4I7FA 4CIEA 3SQ2A 4M3ZA 4DTXA 1EETA 4J2AA 1VK0A 3NF6A 4RW8A 1GOAA 3B6OA 1TL3A 4OGEA 3OYIA 3MXIA 1RT1A 3IRXA 5K14A 5FRMA 4G1QA 4Z0UA 1Y97A 1RBVA 3QEVA 1RTDA 2P5OA 1C1AA 3D0PA 2AJQA 4CFAA 4NCBA 1S1XA 1YTUA 4CF2A 4E1MA 3LWMA 4DU1A 1XI1A 2E6MA 3DLGA 4LH4A 4XIUA 1L5UA 4ID5A 3LDSA 2HHUA 1WLJA 1NK5A 2G8IA 5FDLA 3PUFA 1S1UA 3KLEA 3ZT1A 4KO0A 4JRPA 1MU2A 4CJEA 4CJFA 3OYGA 1RCHA 2IC3A 2GBZA 4B08A 4UQGA 5HRNA 4KHQA 4E0DA 4RW4A 2RN2A 4RW9A 3KIOA 2BDPA 2RF2A 4HVJA 3U3YA 4OKEA 1JL1A 1DTQA 3RRGA 2KQ2A 4FLWA 1BGXT 4CJUA 2G8KA 3NCIA 2OPRA 1NK8A 4F2RA 4AH9A 2HHSA 2A1SA 3AO3A 4HTUA 3SQ0A 4DLGA 1JL2A 4QAGA 2W42A 4HCBA 1JLAA 3S3OA 1NK4A 3RTVA 4IDKA 4FLTA 3DYAA 1ASUA 3AVMA 3KKSA 3KK3A 4KI6A 2HNDA 1TVRA 3O3HA 4CJTA 4GMJB 4FM0A 3WNGA 4I2QA 4KHYA 2VWJA 4FVMA 5HRPA 4NCAA 1UOCA 4E7HA 4FYDA 3SUNA 2O4IA 3TI0A 3NH0A 4ICLA 1JXBA 3C95A 3QO9A 3HXMA 4CEOA 1JXEA 4N56A 4M42A 3P5JA 1HRHA 4FJIA 2XY5A 1RBTA 2EHGA 3NGYA 4CJ5A 3SV4A 1Q9YA 1HJRA 4IBNA 5HLFA 5CZ2A 3CFRA 3MXJA 1NJZA 3O3GA 1L3VA 4C8OA 4B9MA 1WSIA 1JLGA 4EZ6A 1TV6A 4KRFA 3ZSQA 1KTQA 3NGZA 3LP1A 4CIFA 3AA5X 4OPKA 3PX6A 1HQEA 2HHQA 2OZSA 3HP9A 2YNGA 4ELTA 3EYZA 4Z4EA 3KK1A 5J2MA 1G15A 4PUOA 1JKHA 5E41A 1IO2A 2I5JA 2PY5A 4F3TA 1KFDA 4CGGA 3OYHA 3ISNC 1HYSA 4EP4A 1JLBA 3NGIA 5T7BA 4K8XA 4FJXA 3KLHA 3SQ1A 3TWHA 4LSNA 2E6LA 1D8YA 4HHTA 1U49A 1X9SA 1NJYA 1O1WA 3F73A 2ZD1A 2DFFA 3VQDA 3MEGA 1XHXA 1U04A 5CYMA 1ZYQA 1NK0A 1SKWA 2HVHA 3ZSZA 2X78A 3JYTA 5J2QA 1VSDA 3V81A 2HNZA 4KB0A 4Z4GA 4FLVA 4I2PA 1C0UA 3MEEA 4IFVA 3ZSWA 3VN5A 4CEQA 3SYZA 4N76A 3H08A 3QEPA 3AVIA 4FJ7A 4C8MA 4CF1A 3K59A 1T05A 1RDDA 4CEBA 5C24A 3AVBA 4BDYA 4DFPA 3AVGA 5HRSA 3VQ8A 2XO7A 4AHRA 4CE9A 2KTQA 3V9SA 1B9DA 2D0AA 3ZSRA 4DSEA 3C6UA 1ZBFA 4O4GA 1LW0A 1IKXA 3ZT0A 4OLAA 3DRRA 1I3AA 1B9FA 3I0RA 2X6SA 5HP1A 1WSFA 3NF9A 4RG8A 3CG7A 3G10A 3V9WA 4JS4A 2FBXA 2O4GA 1VSIA 3L3VA 3M8QA 4JRQA 1HMVA 4CCHA 3O4NA 2ETJA 3LP3A 3T19A 5DK5A 1JLEA 1LW2A 4QOZB 3DRSA 4BE0A 4KPYA 2ATQA 1WAJA 3WNFA 4BDZA 1WNSA 1C0TA 4DTMA 4DSJA 3V1QA 4Z4FA 1SKRA 3B6PA 3LP2A 1WAFA 1UA0A 1U4BA 4N41A 2DFEA 2G8FA 2LSNA 4Y1DA 4N5SA 1Z25A 1RT3A 3QIPA 3U3GA 1LV5A 3M8PA 1N6QA 4ZTFA 3O4QA 4CJ3A 4KTZA 2NUBA 1QS4A 1RT7A 3LP0A 1RDAA 2G8WA 1T7PA 3OYFA 2KZZA 3MAQA 1YVUA 3THVA 1KSPA 1BI4A 1I39A 3L3UA 3P83D 4LY7A 3TARA 5J2PA 3AVHA 2G8UA 3QLHA 2R7YA 4OLBA 4DLEA 4DQRA 1TKZA 3G0ZA 4E7IA 4N47A 4FM1A 3SZ2A 1D9DA 3AVFA 1UWBA 3OYMA 3HK2A 2OYQA 3VA0A 4J2EA 4CJPA 1BCOA 1BQNA 3LPTA 4E7JA 1RBSA 1WSJA 2Z1GA 1RT2A 3VQQA 3L2VA 4FJKA 3HYFA 4CJRA 2YNHA 3OYKA 4CEAA 1KLNA 4FJJA 4H4OA 3KLFA 1BQMA 5KRSA 3QEXA 2HHWA 4C8KA 3HO1A 4O0JA 4GW6A 3LWLA 4Z4IA 3AVKA 5KGWA 1QSYA 4DFMA 1YTAA 4JS5A 3TAPA 4FJNA 1VSMA 5KGXA 4AHUA 4NYNA 3RMBA 3RMDA 4DS4A 1UAXA 2YKMA 3K5MA 2YHAA 4CGIA 4HUGA 3V1RA 4FCYA 4KHWA 1SL0A 3C6TA 3V9UA 4M3WA 3AO4A 1QE1A 4CHZA 3LANA 4E1NA 4BDPA 4CHNA 4F4KA 1S6QA 3LPUA 1F21A 4W5OA 4DSKA 4DQIA 4HUEA 3NFAA 4IG3A 3AVCA 3HT3A 4IKFA 1REVA 1J54A 1W9HA 2XRIA 3LZIA 1KRPA 2PZSA 4NCGA 3NF8A 3JSMA 4L8RB 1LWFA 5D3GA 2HHXA 1TL1A 3AVLA 4B9UA 4CJWA 4FLUA 1HNVA 3OYDA 3ZT4A 2X74A 3BGRA 3OYEA 3RRHA 3VQ9A 3ZCMA 4EZ9A 5JS2A 4DTSA 2IAJA 3RMAA 1W0HA 3HSTB 4IG0A 4MQ3A 1EX4A 2D5RA 1ZBUA 4OPJA 2XY7A 4M3UA 2WONA 3AO5A 4BWMA 4FZXC 3RR8A 2HHTA 1S9GA 1TAUA 4FJ8A 4RW7A 4W5NA 4KI4A 3SQ4A 2Y1JA 5I3UA 5J2NA 1HPZA 1U47A 2QKBA 1D5AA 3C94A 4H4MA 4OKKA 4DU4A 2B5JA 4DFJA 4DF4A 4DTJA 4FLXA 5EU7A 1TK5A 4M3XA 4KTQA 4O55A 1IG9A 2F8SA 1VSLA 4O5BA 4BACA 4DQQA 1NKCA 1BI4B 2Z1HA 4EP5A 4IFYA 4M3YA 3VQPA 3TAGA 4H8KA 1ITGA 2E4LA 3OYJA 2GV9A 1S6PA 1RBUA 3DMJA 1IKYA 4YNQA 1HQUA 3KTQA 3D45A 5KTQA 3DI6A 2OPPA 1VRUA 3CYMA 3BDPA 4FJ5A 3QNNA 4K8ZA 3LAMA 4CGJA 2KZMA 5KI6A 4HUFA 3KD1E 2BE2A 4KAZA 1BISA 2Y1IA 3TAMA 3V6DA 4ZHRA 1L3UA 2GUIA 1IH7A 3AO2A 4Q0BA 3CM6A 4C8NA 3VQ4A 2FBVA 4QCLA 2F96A 4CF9A 1ZBLA 1IKWA 3AVJA 2YHBA 2ITGA 1RILA 4M41A 5FROA 4CF8A 3PV8A 4B9VA 1L3SA 1VSEA 1VSFA 2HNYA 3HPHA 2OPQA 3P1GA 1A5XA 1C1BA 2XY8A 4CJ4A 2FBYA 3LALA 3NHGA 4FJMA 4PY5A 1XHZA 2G8VA 3ZT3A 1DLOA 1QTMA 1NOYA 1J5OA 3PX4A 1CZ9A 3OJSA 3TAFA 4I9LA 4DQSA 1R0AA 2KFZA 4Q5VA 2WOMA 2VWKA 4B8AB 4J2BA 3HPOA 3UIQA 3OYLA 3NDKA 3CQ8A 3M8RA 3U6FA 4B9NA 2B6AA 4HCCA 3FFIA 4C8LA 1KFSA 1BCMA 3WNHA 2OZMA 4OVLA 3CM5A 1NKEA 5JS1A 3K58A 3PO4A 3OS0A 2ZQBA 2HMIA 5SZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EWSA 4W5TA 5AQKA 2Z1JA 2QKKA 4KTWA 1GLEG 3Q7CA 3EL2A 4K25A 1N8RO 1RT6A 3MDQA 3WNEA 5CY4A 1QVGM 5JICA 4IOCL 4ILJA 1YXQA 4ELVA 3QICA 1QSLA 5AQGA 5A2QO 1ZBSA 4DSFA 3S3MA 4JKFA 3EY1A 1JLQA 3OYCA 2HHHK 5BN8A 2XY6A 4E7LA 5FPDA 3A5MC 1VQNN 3VQ6A 3CCEN 3VEXA 3OVNA 1KCFA 1GOCA 5AQRA 1U2VA 3THYB 2Q0RA 3R1XA 4DQ8A 4CEZA 3PSIA 3BF3A 4W5QA 1J53A 1OH8A 3AVNA 3HL8A 2V7YA 5BN9A 4LF7K 3C65A 3OJUA 5AQQA 2IVNA 4A61A 1G99A 3ZSXA 4AHCA 5GAGP 5BRHA 3F5TA 2OA8A 4B9LA 3VF2A 1NOZA 2NRVA 4DSLA 3FR0A 3SLCA 5C10A 2VGNA 3SPZA 3M6GA 3MX2A 4B1YB 1BL3A 4GVEA 4FWKA 4DS5A 3VEWA 4BR5A 1CXUA 4AHTA 4FK0A 4H5TA 2D0BA 5LMNK 3HPGA 5C0YA 3QFPA 4G9ZA 3K5NA 2HW3A 2F7TA 1CLQA 2YV0X 2WFBA 1RTHA 3DM2A 3RSEB 5AQNA 2P9NA 4CF0A 1S22A 3AY9A 2DY4A 1S1WA 5DMRA 3OA9A 4FWNA 3ITHA 3SMSA 4DV1K 3VQEA 3SV3A 3PLAA 2PYLA 2VCPA 5JLHA 5EVZA 1NK6A 1Z26A 3H3OB 3SUOA 3V1OA 4B1XB 1BWFO 4DG1A 3NH2A 3CQXA 3L2RA 3K2PA 3NE6A 2PAVA 1M90O 4B1UB 1QQCA 3SCXA 4JN4A 4OGCA 2UU9K 3ZX3A 1RDCA 3ZSYA 4FPBA 2IDOA 4R5PA 4WFNL 3ZEUB 1TYQA 4CESA 1BDGA 3K57A 1HUXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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