4AHTA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahtA00
4BE2A 3H08A 4IFVA 1QE1A 3AA3A 2JLEA 3AVIA 3KLHA 2G8KA 4BACA 1YVUA 3ZSVA 2A1SA 1DTQA 1BI4A 2D0BA 3QINA 3QETA 4M3WA 4FJHA 2X6SA 3C6UA 3OS1A 4ZHRA 3LPTA 4RW8A 5FROA 4G1QA 5KI6A 1L3VA 2F8SA 2HHXA 2AJQA 3VA0A 3T19A 3AV9A 1B92A 3DRPA 2VWJA 4HUEA 2YKMA 3OYKA 4HUGA 3AA4A 4OKKA 1WSIA 4C8NA 4W5QA 2HNDA 4DSIA 3DI6A 4M3YA 4ELTA 4WE1A 4CFAA 3AVCA 5CYMA 1SV5A 1QQCA 3HXMA 4B9MA 1DTTA 1RBTA 1RILA 3ZSXA 5HRNA 5KGXA 1JL2A 1GOBA 4FLYA 1FK9A 1RBSA 4CEAA 3V6DA 3IAYA 5E41A 2QKKA 1S5JA 1D9FA 4KHQA 4DU4A 4CHPA 1ZBLA 5CZ1A 2Z1GA 3M8PA 5CYQA 3NGIA 3TABA 4CF9A 4W5TA 4JS4A 4LSNA 4CJ4A 1JLBA 4LH4A 3KD1E 2HHTA 1BCOA 3MXIA 4ELUA 2XO7A 2ZE2A 4CK3A 1LW2A 2E6LA 4QAGA 4YNQA 3OYIA 5J2MA 4CHQA 4BE1A 3KK2A 4CEEA 4HCBA 1HYZA 2OA8A 1WSHA 3K59A 3K2PA 1RDBA 3S9HA 3TARA 2E4LA 1EX4A 4KTWA 4K8XA 4CJEA 4CE9A 2FC0A 1RT4A 1RNHA 1VSKA 2G8VA 1C0TA 3QO9A 1RTHA 4DTPA 1TV6A 4N76A 4CEBA 3MECA 4CEQA 4KHYA 4F3TA 1WAFA 4IDKA 3SUNA 4OGCA 4AHRA 4NYNA 4CJFA 4DFPA 3SQ1A 4R5PA 3F73A 1BIUA 2HMIA 3LP3A 4CFCA 3ZT2A 2DFHA 4M3RA 4E7LA 3D0PA 1CXQA 3WNFA 3WNGA 4KO0A 4CJ3A 3OYEA 1WN7A 3AO5A 3VQCA 1HNVA 3AO4A 1TAQA 4IFYA 1SKSA 3LZIA 1S1VA 1RT1A 4OLAA 1TK8A 3MXMA 3TAMA 3KLGA 1QSYA 3HP9A 3OYFA 3QNOA 4DF8A 4FK4A 4KV8A 1RT5A 1RDCA 4BE0A 3VQ9A 3V9XA 1A5VA 4C8OA 2Z1IA 4PA1A 2RF2A 4DTXA 1UOCA 2HNZA 1LW0A 4NCGA 3O3FA 1TKTA 1EKEA 1WSFA 3LAKA 3VQ8A 3L2RA 1CLQA 2YNFA 3PUFA 3L3VA 3I8DA 4BDZA 3O3GA 1U04A 2D0AA 4F4KA 3CYMA 3PO4A 1LWEA 3AVLA 4YFUA 2OPSA 1A5XA 3OYLA 4DQRA 2DFFA 3NF9A 4B8AB 4I9LA 2GUIA 3CFRA 3KD5E 1ASUA 4CEDA 3AO1A 3SUQA 3OJUA 3DYAA 3HO1A 1TKZA 1NK7A 5HLFA 4KAZA 1S6QA 1L3TA 2ETJA 3NAEA 3KJVA 4RW6A 4RW7A 3VQ6A 4AHVA 3PX6A 3RMDA 3G0ZA 3IG1A 3RMAA 4KKOA 3DRSA 3NE6A 1D5AA 2YNGA 3NFAA 3OVNA 3QIOA 4KPYA 4FJXA 3V1OA 1B9FA 4DQSA 4FJ5A 4DTMA 4FLZA 1JLAA 4IG0A 5C42A 4CCHA 4KI6A 3QLHA 1I3AA 2VWKA 3VN5A 3ULDA 4GMJB 4AH9A 2BANA 4EZ6A 4B08A 4DTRA 4CK2A 4FLTA 1BIZA 4FJMA 1Q9XA 3HYFA 1ZBUA 2KZMA 4E7IA 3VQAA 1JKHA 2PZSA 4KREA 2DY4A 4DTUA 2FBXA 1NJXA 4O0JA 1JLQA 4N5SA 3SI6A 4E0DA 1VSMA 4CHOA 1LV5A 1D9DA 3OYMA 3L2UA 4CJWA 2YHBA 3TANA 3V9SA 4DSEA 4E89A 2LSNA 3OYCA 2VG7A 5J1EA 3RMBA 4XIUA 4O5BA 1HYVA 3O4NA 3FFIA 4C8MA 3L2QA 1NJYA 3VQEA 1LAVA 3NGYA 2WOMA 1WLJA 1RBVA 3DLHA 4I2PA 4TSXA 1JL1A 3G10A 4DTNA 4Q0BA 4FJKA 4L8RB 1S9GA 4E3SA 4FJ8A 4DU1A 1S1TA 2X6NA 3ZSOA 3OYAA 1YT3A 1WNSA 3SUOA 3TAFA 1TKXA 2KW4A 4CK1A 3MAQA 4M42A 5FRNA 4GW6A 3U3GA 1CXUA 5SWMA 1RBUA 4FLXA 4KB1A 2XY7A 4CIGA 3BGRA 1NK0A 1IG9A 3KLIA 1JXEA 2XY8A 1XC9A 5DMRA 1J54A 3L2VA 4DFKA 3ASMA 2VG6A 1EETA 4MFBA 1CZ9A 1BQNA 4RW4A 3V1RA 3HM9A 1RTDA 1X1PA 3DLGA 1XWLA 4CJKA 2F96A 2KQ2A 2YV0X 4O44A 1NKEA 5KRTA 2D0CA 3NH2A 3LWLA 1YTUA 4OPKA 3B6OA 3DOLA 4ZTJA 1DLOA 1TK5A 2QXFA 4PUOA 1Y97A 3OYGA 3AVKA 2G8WA 1HQEA 1S1UA 1SL0A 1HJRA 4N56A 1UAXA 1JLGA 3KK3A 2HVIA 4N47A 1TVRA 3V81A 5CZ2A 1TAUA 3NDKA 4CEZA 1BL3A 3VQBA 3JSMA 3VQPA 1KRPA 4AHCA 4E7JA 2HB5A 3QEVA 2G8FA 1F21A 1RCHA 1MU2A 4DSLA 1W0HA 1Q8IA 3KKSA 3RR8A 1XI1A 4FJNA 4NCAA 2OPQA 1ZBFA 3QEXA 2NUBA 4FJ7A 1ZBHA 3VQDA 4QCLA 4J2DA 4Y1DA 5HRRA 1VSEA 1A5WA 4EZ9A 1VSDA 3K5MA 3NBPA 3RRHA 3HPOA 3NH0A 1FKOA 1KVCA 3CM5A 4DS4A 1JXBA 2HHUA 1RT2A 1S1XA 3ALYA 4CGIA 1NJZA 3DMJA 4F2SA 3DOKA 3T1AA 3KLEA 3C6TA 4FM2A 4FJGA 4QOZB 4CGDA 3KK1A 1D8YA 4FLWA 2G8HA 4DTSA 4KRFA 3MEGA 3P83D 4CJSA 4M3UA 1RTIA 4CEFA 4CHZA 4M3TA 3HPHA 4FZZA 1KVAA 3DM2A 3OYHA 4B9VA 2FBVA 1W9HA 4KFBA 3SV4A 3SYZA 3ZT1A 3SPZA 3CM6A 1NK6A 4W5OA 1J53A 4O0IA 3QEWA 3S3OA 1UA1A 1QTMA 4ELVA 5KRSA 5JS1A 1NOYA 1KLNA 1JLCA 4PWDA 2P5GA 4Z4CA 3TR8A 4Z4HA 4B9SA 3NHGA 4Y1CA 3V9WA 3RWUA 3U3YA 1NK5A 2YNIA 1Z25A 1BGXT 1FKPA 3LDSA 1S6PA 3AA2A 1UA0A 4B9TA 3AVGA 4HCCA 2F8TA 1TGOA 4CESA 4CJRA 4KB0A 1REVA 1VK0A 1HMVA 3TAQA 4LD0A 4H8KA 3EY1A 4CHNA 1SKWA 3K5LA 2ZQBA 1JLFA 2QKBA 2FBTA 4O55A 5EU7A 4DS5A 4FJIA 4FCYA 3SCXA 1NK8A 4LY7A 1T8EA 1C0UA 4M3XA 4E7HA 4DWIA 3UIQA 3IRXA 1SL1A 4FK2A 1HQUA 2B6AA 4JLHA 4FJLA 2B5JA 4UQGA 4OKJA 2G8IA 1KTQA 4DG1A 4CJTA 3HVTA 4KI4A 1UWBA 1SUQA 1VSIA 3SZ2A 2X78A 1IH7A 3DLEA 3THVA 4KHWA 5J2PA 1G15A 3TWHA 5KGWA 3HP6A 1O1WA 1ITGA 1VRTA 3MEEA 3ZSQA 1T03A 3OYJA 4DSKA 5K14A 5CY4A 3EZ5A 3PO5A 2IC3A 4OKEA 1ZYQA 1IO2A 2RKIA 3SJJA 3BDPA 5D3GA 3RR7A 4W5RA 3DLRA 3OS2A 5FDLA 4DFJA 2P5OA 1C1BA 1QSSA 2I5JA 1TKDA 2R7YA 3LAMA 5HROA 1X9MA 3TAEA 1T7PA 1S9EA 3TAGA 4FJ9A 3ZSWA 3OYDA 4IBNA 5I42A 2XY5A 2ATQA 5I3UA 5T7BA 4OLBA 1ASVA 4GVMA 3DLBA 4E1NA 1T05A 1NOZA 3HVRA 1NKBA 4AHSA 3DRRA 4FXDA 3OYBA 3NH1A 3LANA 3LZJA 2W42A 1K6YA 3IS9A 2D5RA 4CGGA 3AO3A 1IKXA 4Z4IA 4CECA 3VQ5A 2XHBA 4ICLA 2E6MA 2XRIA 3AVAA 5JS2A 3T3FA 3WNHA 2IAJA 3CG7A 4OVLA 2FBYA 4FLUA 4FW1A 1VSFA 5C24A 1BQMA 1EXQA 2DFEA 1LAWA 3MEDA 3ZSRA 4E19A 2RPIA 3M8RA 3LP1A 4EP4A 4PY5A 2KFZA 3AO2A 4Q5VA 1GOCA 1N6QA 5SZTA 1L3UA 4FZXC 1U48A 2BE2A 3ZSZA 2HHSA 2IS3A 3OJSA 1KCFA 1IKYA 5J2QA 5DK5A 4O4GA 1KFSA 3AVMA 1RTJA 1X9WA 4JRPA 4DLEA 3ZCMA 2KZZA 1SL2A 4B3OA 1ZBIA 4DU3A 3TI0A 3KLFA 2DTUA 3RMCA 1SKRA 2XY6A 3SNNA 3ITHA 1CZBA 4PQUA 1TL3A 4CJQA 4J2BA 5C25A 2HHVA 2HW3A 4KHSA 3HK2A 3KTQA 3EYZA 3VQ7A 1NJWA 3WNEA 2IOCA 3ZT4A 4FW2A 1U45A 4Z4EA 3HJFA 4FK0A 3SUPA 4JRQA 2A1RA 4IKFA 3P5JA 4LSLA 2P51A 4KHNA 3AA5X 1BISA 1I39A 2IDOA 2YHAA 3ZT0A 4CFBA 3VA3A 1RBRA 1HRHA 1KFDA 3DLKA 3SQ2A 4BWJA 1FXXA 4IG3A 3VQQA 3JYTA 4FM0A 1J9AA 2G8UA 4FVMA 4BWMA 4B9LA 4FYDA 4FZYA 4HVJA 1VRUA 3PX0A 5FRMA 3SQ4A 2IGIA 3K5OA 4ID5A 4FM1A 1KSPA 1JLEA 3HPGA 4CJVA 4E7KA 4I2QA 1U4BA 4M41A 4DMNA 3NGZA 4CGJA 2ZD1A 1LWCA 4M45A 1S1WA 2QK9A 2Y1JA 4I7FA 4KHUA 1Z26A 2O4IA 4HUFA 3P1GA 3QNNA 3AVBA 4CF8A 3SV3A 1U47A 3I0RA 4NYFA 3QESA 4DQIA 4Z4GA 2HVHA 1X9SA 2GV9A 3V9ZA 3AVNA 1TK0A 5HRPA 2EX3A 3RTVA 4K8ZA 2OYQA 5KTQA 3KKRA 3F9KA 4OJRA 4HHTA 3AVJA 3M8QA 3NF6A 1TL1A 3K58A 4DF4A 3V4IA 2OZMA 3LP2A 4BDYA 3LALA 4ID1A 3D45A 4N41A 4Z4FA 3PV8A 1KVBA 4MQ3A 1LWFA 1ASWA 1C1AA 4RG8A 4CIEA 4DSJA 3KIOA 3ZSYA 1R0AA 4BDPA 4FJJA 4ZTFA 3CFPA 4B9NA 3E01A 4RW9A 3CQ8A 1N5YA 4DQQA 4DTJA 1L5UA 2KTQA 2BDPA 1RDDA 4H4OA 4DTOA 4CJLA 3VQ4A 2KFNA 1WSJA 1XHXA 4AHUA 3S3MA 1YTAA 3M8SA 1KLMA 1WSGA 3TAPA 2HNYA 2HHWA 2B4JA 1QHTA 1VSHA 3LP0A 4AILC 4C8KA 2PYJA 4B8CA 4Z0UA 3NF7A 2X74A 1J5OA 1RT6A 3C94A 3QERA 3LPUA 4CHYA 4CIFA 1EP4A 1NK9A 4LH5A 2OZSA 2BGGA 1QS4A 2JGUA 4KTZA 5HRSA 4M3ZA 3C95A 5J2NA 3I0SA 3LWMA 3SPYA 3QEIA 3QEPA 2EHGA 2RN2A 1VSJA 3SQ0A 1RT7A 4AHTA 3U6FA 2GBZA 3K5NA 3HL8A 1RDAA 1IKWA 3MXJA 4OPJA 4OGEA 3B6PA 1QSLA 2PYLA 4J2AA 2HHQA 1U49A 3PY8A 4DSFA 4B9UA 3A2FA 1HYSA 2OPPA 3NCIA 3S3NA 4CJPA 4EP5A 2YNHA 2Z1JA 4HTUA 3CFOA 2ITGA 4CF1A 1GOAA 2PY5A 2P1JA 3OS0A 1NK4A 3AVFA 4H4MA 3PX4A 4KTQA 3L3UA 4FLVA 2OPRA 1C0MA 4JS5A 4I9QA 4CERA 4CFDA 2YKNA 3V9UA 3HSTB 1WAJA 1NKCA 4DQPA 1C6VA 3HT3A 1IKVA 4CEOA 3L8BA 2WONA 4CGFA 4CJ5A 1XHZA 1L3SA 3V1QA 3ZT3A 4CF0A 4F2RA 1HPZA 3OYNA 3O4QA 3NF8A 3AVHA 4CF2A 3ISNC 4DFMA 3L2WA 3OY9A 4F8RA 1Q9YA 2Y1IA 1VSLA 4J2EA 3O3HA 1B9DA 4CGHA 1BCMA 1WSEA 1BHLA 1RT3A 4CJUA 2Z1HA 4C8LA 4W5NA 1HNIA 1C1CA 4DLGA 5HP1A 3QIPA 2Q3SA 4E1MA 3RRGA 5HBMA 3K57A 4NCBA 4F3OA 1BI4B 2O4GA 2VG5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KLHA 2JLEA 3AVIA 2G8KA 1YITN 3ZSVA 2A1SA 3WUHA 3QETA 2X6SA 3FFKB 3OS1A 3LDNA 4GV6A 4ZHRA 4RW8A 4LFCK 2ASMA 4EHTA 2VWJA 1VQ4N 4HUEA 2YKMA 4YORA 4OKKA 1JCEA 1WSIA 4ELTA 4WE1A 2QTDA 3I56N 4CJ7A 4B3RK 4B9MA 1DTTA 1RILA 5HRNA 4ILHA 4FLYA 1FK9A 1RBSA 3IAYA 2QKKA 1S5JA 2O8BA 4FSVA 3OBWA 4CF9A 4W5TA 4JS4A 2HHTA 4LH4A 1NMDA 1BCOA 3MXIA 3SK3A 4QAGA 1DEJA 5J2MA 3KK2A 4CEEA 1WSHA 3VEOA 4B1ZA 1IBLK 5M1OA 4CJEA 3CMEN 2FC0A 1RT4A 1RNHA 3CCUN 1T6CA 3HZ6A 3MECA 3VGKA 4AHRA 1BIUA 3LP3A 2J4RA 3W0LA 4CFCA 4E7LA 4FWMA 4A2AA 5ADXH 2P9SB 1WN7A 3AO5A 3OYEA 4XH4A 4LFAK 1SKSA 1RT1A 4GKJK 3L4QA 3TAMA 1QSYA 3OYFA 4DF8A 1XQSC 4BY9C 3V9XA 2PFUA 4DTXA 1UOCA 2E88A 3QFPA 2A6AA 4LF7K 5C15A 3L3VA 3VETA 4X64K 4WQ4A 2WTUA 5ADXA 1A5XA 3CJ1A 2DFFA 5JLFA 4I9LA 2GUIA 1ASUA 1R59O 3HO1A 4CZKA 1NK7A 5AQIA 3NAEA 2UU9K 1NGDA 3PX6A 3G0ZA 3MDQA 4KPYA 3OVNA 3V1OA 3D2EB 1YI2N 2RE2A 4DTMA 4KI6A 4IG0A 5C42A 3QLHA 4JEPA 1I3AA 3RSEB 4GMJB 4AH9A 4EZ6A 3HYFA 3MN7A 1YVNA 4E7IA 1JKHA 2PZSA 4B1VA 2FBXA 1NJXA 4XH1A 1D9DA 4CD1A 3F9MA 4DR7K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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