4AHUA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
155
structure length
153
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 153
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahuA00
1J9AA 1DLOA 1JLCA 1CZBA 2HNYA 4CEFA 1U48A 4B9NA 1J53A 3HSTB 4C8OA 2BGGA 4DTNA 1KFSA 1EKEA 4B9TA 4CEOA 1ZBUA 3TANA 4KHUA 1W0HA 1U47A 3OYFA 4HUFA 4DSEA 1U45A 4E0DA 2RF2A 1RTDA 1F21A 2VG5A 1JL2A 5J2PA 1HYVA 2X78A 2E4LA 3JSMA 4YFUA 4F4KA 2HHXA 2BANA 2KW4A 1HNIA 1C0TA 3DRSA 4FW2A 5FDLA 3WNEA 1XI1A 4KAZA 3TABA 1RT6A 1Q9YA 1C1BA 3L2WA 2HHSA 1NKEA 3VN5A 1JXEA 3SNNA 1XHZA 4KHNA 2VG7A 1NOZA 3AVFA 3T3FA 4O0IA 1BI4A 4AHTA 4AILC 4FZXC 5DMRA 4CGJA 2G8WA 1GOCA 4RG8A 1S9EA 3MXJA 1YTUA 1REVA 2IDOA 4CFBA 4FJ5A 2HW3A 1VSHA 3G10A 2ETJA 4WE1A 4DQQA 3HP9A 1ZYQA 1N6QA 2F8TA 4CCHA 2IS3A 3BGRA 4GMJB 3F73A 4E7LA 1WLJA 2E6MA 3RR8A 1S1WA 3KD5E 3OJUA 4B9VA 4J2BA 2DFEA 3TR8A 3HVRA 2DTUA 1RT2A 2HNDA 3L8BA 1D9DA 4DTOA 3K2PA 3C6TA 3DOKA 4FLUA 3OYMA 1VK0A 3LWMA 3TI0A 4MQ3A 4DSKA 4ID5A 4FJ7A 4CF8A 4CHYA 3KLEA 1KCFA 4CEEA 4Z4GA 4H4OA 3NGZA 4BE1A 3PV8A 2XY8A 3SJJA 1SV5A 2D0BA 4OJRA 2X6SA 4BE2A 3OYCA 3QIOA 4N56A 3HM9A 5J2QA 3JYTA 2Z1GA 1LAWA 3LAMA 1C0MA 4LSNA 3AO3A 3OYDA 3IAYA 1BGXT 1L3TA 4NCGA 2X74A 4YNQA 4FJMA 4CEBA 3OYIA 3VQDA 2XRIA 3U3GA 3NAEA 4FLTA 1LV5A 4HHTA 4PWDA 1WAFA 2BE2A 3SUPA 3OJSA 1R0AA 3HO1A 1KLMA 4FXDA 2DFFA 1IKYA 4JRQA 1RT4A 3QEPA 2WOMA 3SQ0A 3NE6A 2OPRA 2HHTA 3MEEA 2Y1IA 4DU3A 4KREA 3RRHA 4I2PA 1CLQA 1RDAA 1B92A 2PYJA 4EP4A 4DSIA 2X6NA 5KTQA 2P5GA 4QOZB 3RMCA 3SUQA 1TK5A 4DU1A 3NBPA 1X9MA 2IAJA 4N5SA 1S9GA 3V81A 1N5YA 3KTQA 1KVAA 3AVNA 3L3VA 4KV8A 3ZCMA 3K58A 3AA3A 4CIGA 4FM0A 1C1AA 3C94A 3HVTA 4LH5A 4CJTA 4DSFA 2PYLA 3OS1A 1UOCA 4KHQA 4FJIA 4FJLA 3NF8A 3OYNA 1VSFA 4XIUA 4J2EA 1NK4A 4NCBA 3K5MA 1JLGA 4K8XA 5CZ1A 2XHBA 1KSPA 5KRTA 1RBTA 1I3AA 3KD1E 1C0UA 3P5JA 3P83D 1S5JA 4M45A 3M8SA 4FLYA 1WSEA 3QEIA 4FJXA 4BDPA 3L2VA 4CFCA 4DWIA 4FK0A 3SYZA 1KRPA 3MECA 4KRFA 4FYDA 2KZZA 4ELVA 3VQ8A 2YNFA 4CGHA 1LW2A 1RCHA 1W9HA 4FLZA 1SKRA 3HXMA 1RDCA 1L5UA 5HRNA 4KTZA 3LZJA 3KK2A 4QCLA 2R7YA 4Z4FA 3DRRA 4O5BA 3O4QA 4CFAA 4CFDA 4HTUA 4JRPA 1DTTA 2FC0A 3LP1A 3QERA 3V1QA 4E89A 2W42A 2B4JA 4RW6A 4DF8A 1SKWA 3L2QA 3SPYA 4N76A 3I0RA 3QINA 4DF4A 3S9HA 3QIPA 3V1OA 1NK6A 4M3ZA 1VSEA 3VQBA 2HHUA 1RNHA 1RDDA 1SUQA 3K5NA 4H4MA 4DTJA 1FXXA 4KO0A 4KB0A 5KGXA 3V9SA 1KVBA 5K14A 3KIOA 2HHVA 1BQMA 1HJRA 1IKXA 4I9LA 3O3FA 2AJQA 2F8SA 4CJEA 1TKZA 1T8EA 1HQUA 5HBMA 3IG1A 1TV6A 2GBZA 1LWFA 4E19A 1VRUA 3TAEA 4IKFA 3AVJA 1RBVA 3C6UA 3AVIA 4PA1A 1NK5A 3K5OA 4NYFA 1L3VA 4CF2A 4KB1A 4CGGA 1TGOA 4B3OA 2OPSA 3AVLA 5E41A 3FFIA 4O55A 3VQCA 1ASWA 4DS5A 1UA1A 1D5AA 3LWLA 4HCBA 3V6DA 3PO5A 2HVHA 3LPUA 5HLFA 2OZSA 4CIFA 3LP2A 1C6VA 2QKKA 4E7KA 1HYZA 2G8FA 2HNZA 1TAUA 1L3SA 1A5VA 3KLHA 4DQIA 2KFZA 3NFAA 3SQ1A 3AO2A 4IFYA 1CZ9A 1CXUA 1FK9A 3NGIA 3ULDA 4CF9A 2HHQA 3DLGA 3NHGA 2HHWA 4FJHA 3SV4A 4CJVA 1HYSA 3WNHA 1TL1A 4CJPA 3NH0A 3SCXA 3OYGA 4OKJA 3SPZA 5CZ2A 3MXIA 1KTQA 5J1EA 3AA2A 4OKEA 5FROA 4UQGA 2P1JA 3CM6A 4AHSA 2ITGA 1TKXA 4FM1A 4FM2A 1JLAA 3ZSXA 5C24A 3C95A 3NF9A 3OVNA 2BDPA 4F8RA 4CEQA 1S6PA 4DQPA 1JL1A 3SV3A 2G8IA 2NUBA 1S1XA 3IS9A 5DK5A 4DG1A 1D9FA 3TAMA 3ZSRA 4AH9A 4FJKA 4N41A 4E7IA 4C8MA 4CGFA 5HRRA 1S1TA 2EX3A 4CHPA 4KPYA 3HPGA 2JGUA 1FKPA 1ZBFA 1HQEA 1RTHA 3V9UA 3VQ9A 4ZTJA 3RMDA 1ZBHA 1DTQA 3T19A 1BIZA 4MFBA 1A5XA 3PX0A 4CF1A 3U6FA 1JKHA 4ELTA 1HNVA 1YTAA 3AVCA 3SUOA 4DTPA 3AVKA 4DFMA 1XWLA 3OS0A 1RBRA 1QSSA 4OGCA 1RTIA 3MEGA 4ZHRA 5I42A 3K5LA 2OZMA 4B9UA 1L3UA 4C8LA 1Z26A 3WNFA 3DYAA 3AVBA 4DQRA 4LSLA 4TSXA 2IOCA 2QXFA 4RW9A 4BE0A 1TKDA 1TK0A 1A5WA 3CFRA 4CJ4A 3DLBA 3OYLA 3OYJA 3EYZA 2RN2A 1VRTA 1BI4B 5HROA 1ITGA 2ZE2A 4OGEA 3M8QA 3QESA 2YKNA 4CECA 3MAQA 4I9QA 3LP3A 3QEVA 1B9FA 1RT5A 1VSDA 4OLAA 3CM5A 1RBUA 2G8VA 1JLFA 4DTMA 4C8KA 4Y1DA 4CJSA 1WNSA 4FW1A 2KQ2A 1IG9A 3S3MA 5KRSA 3V1RA 4FLWA 4KTQA 4M3WA 4CEDA 1KVCA 3TAQA 1QQCA 3K57A 4CJUA 2HVIA 4M3RA 5HRSA 4ICLA 2FBTA 1UA0A 3BDPA 3OYHA 4Q0BA 3QEWA 2KFNA 3NGYA 3ZSWA 3KJVA 1QSYA 3LALA 4RW7A 4CJRA 4FJNA 3PX6A 4DSLA 4FZZA 4DFJA 4RW8A 3UIQA 1WSHA 2Z1JA 3ZT2A 1XHXA 3OYEA 4CJWA 1NK0A 2LSNA 3CG7A 1CXQA 1EXQA 1S1UA 2YNIA 3DLRA 3VQ6A 3ZT3A 4AHVA 1Z25A 5SZTA 4F3OA 4FJ9A 2XY5A 3QNNA 4HVJA 4QAGA 1BCOA 4I2QA 2D5RA 3CFOA 3AO5A 3B6PA 3VQQA 2A1RA 3ZT0A 1G15A 4ELUA 4Z4EA 4HCCA 1U49A 1KLNA 4FJ8A 1WSFA 2DFHA 3VQEA 3ZSZA 3SQ4A 4F3TA 2QKBA 1X9SA 4CHZA 1X9WA 3RTVA 5J2MA 2E6LA 1J54A 4Q5VA 1U04A 1NK9A 4FZYA 1J5OA 1I39A 4O0JA 4CK3A 2OA8A 3LZIA 1JLBA 3F9KA 3DLKA 4DQSA 4DSJA 4K8ZA 5D3GA 1ASVA 2OYQA 3VQPA 1UAXA 4W5OA 3OYBA 1LAVA 4OKKA 5HRPA 2VWKA 3PY8A 4E7JA 4CF0A 3O4NA 1T05A 3VQ7A 4O44A 4Z4HA 3ZSYA 4KI6A 3ZSVA 3VQ5A 4DMNA 3AVHA 2O4IA 4W5RA 4B08A 2VG6A 4LH4A 4H8KA 3T1AA 1NK8A 2IC3A 3RR7A 4EZ9A 4PQUA 3DLEA 3LP0A 4CJKA 4NCAA 5CY4A 1JLEA 4B8AB 1ZBLA 1C1CA 2XY7A 4CESA 1NK7A 4PUOA 4CIEA 3HL8A 4KTWA 5KI6A 4M3XA 1RT1A 4CHOA 2G8HA 3QLHA 2GV9A 1BL3A 1QE1A 4BWMA 3QETA 1SL1A 3VA3A 2YKMA 4LY7A 4ID1A 2ZQBA 1K6YA 3NF6A 1TAQA 3SUNA 1SKSA 3G0ZA 3H08A 1TKTA 1NKBA 3S3NA 4FK4A 1IH7A 2WONA 2G8UA 1HRHA 5C42A 3ITHA 1GOBA 3AA4A 3WNGA 4DTSA 1T03A 1RDBA 4ZTFA 1SL0A 4KI4A 3AO1A 3AO4A 1QTMA 4L8RB 2YHAA 3OY9A 5C25A 4DS4A 4IDKA 1IKWA 3EZ5A 3LAKA 2JLEA 3ALYA 3E01A 4NYNA 3M8RA 3DLHA 1BHLA 5CYMA 3KK3A 4AHUA 1LWCA 2Q3SA 1RILA 2XY6A 3PX4A 3THVA 3PO4A 1YT3A 2PZSA 2Z1IA 1Y97A 4IG3A 4CE9A 5T7BA 3AVAA 3HP6A 4DU4A 3KLIA 2D0AA 2ATQA 1O1WA 4IBNA 3DMJA 4AHCA 3B6OA 4E1MA 3L2RA 3LANA 3NF7A 4FCYA 3AVMA 4CGDA 1WSGA 1KFDA 5CYQA 1NOYA 1FKOA 3HYFA 4J2AA 4W5TA 3I8DA 4Y1CA 5JS1A 4DTUA 1VSIA 3DI6A 4BACA 3NDKA 2OPPA 4I7FA 3L2UA 3NH1A 4B9SA 1GOAA 5FRNA 1BIUA 4CJLA 3DOLA 3OS2A 4E1NA 1NJWA 4EZ6A 1WAJA 2RPIA 1TL3A 2XO7A 3AA5X 1VSLA 1WN7A 4M41A 4CJQA 3V9WA 3EY1A 3ZSOA 2VWJA 1U4BA 1IO2A 1QSLA 3HJFA 4E3SA 2B6AA 2D0CA 4FLVA 1YVUA 4DLGA 1Q9XA 2GUIA 3VQ4A 2KZMA 3O3GA 3SI6A 4DTRA 3HPHA 4JS4A 3D45A 1RBSA 3CFPA 4CJ5A 1EP4A 1ZBIA 1NJZA 4N47A 3TWHA 4KHWA 2P5OA 4OVLA 4Z0UA 1EETA 1RT7A 4M3YA 4RW4A 1NJXA 3NCIA 3KLGA 4BWJA 2IGIA 2I5JA 1VSMA 2Z1HA 3VQAA 1NKCA 4M3UA 3ISNC 3ZSQA 4CGIA 5I3UA 2YHBA 4OLBA 2OPQA 3RWUA 3V4IA 1TVRA 4R5PA 4AHRA 1ASUA 3AV9A 1RTJA 3IRXA 3L3UA 3M8PA 3MEDA 4CEZA 3RRGA 3KKSA 4FVMA 4OPJA 3SQ2A 1MU2A 3SZ2A 1QS4A 3TAPA 3DM2A 5KGWA 4W5QA 4EP5A 1JLQA 4CHQA 4FK2A 4DFKA 2FBYA 2YNHA 1LWEA 3K59A 3HPOA 1VSJA 1XC9A 4CK2A 4GVMA 5SWMA 3HT3A 4F2SA 1S1VA 2KTQA 3TARA 1HPZA 2O4GA 4B9LA 2QK9A 1NJYA 1BQNA 2RKIA 3V9XA 3OYAA 3AVGA 1EX4A 4GW6A 4LD0A 3LDSA 3D0PA 2DY4A 3S3OA 4FJGA 4BDYA 3U3YA 3RMAA 2FBVA 4Z4IA 5FRMA 3LPTA 4DTXA 4CEAA 2A1SA 1IKVA 5EU7A 2EHGA 3CYMA 4CERA 4F2RA 4FLXA 3P1GA 4KHSA 3HK2A 3MXMA 4JS5A 1BISA 4Z4CA 2YNGA 4B8CA 4CJ3A 4CJFA 3NH2A 2FBXA 1LW0A 5JS2A 4C8NA 4B9MA 4W5NA 2YV0X 4KFBA 3I0SA 4IFVA 4HUGA 1WSIA 4DFPA 5J2NA 4M42A 4HUEA 1BCMA 3KKRA 3TAFA 3ZT1A 1T7PA 4JLHA 2PY5A 4M3TA 2HB5A 2Y1JA 3ASMA 5HP1A 3QNOA 3A2FA 1JXBA 4J2DA 2P51A 3KLFA 1WSJA 4BDZA 1Q8IA 1RT3A 3VA0A 4IG0A 4OPKA 3V9ZA 3QO9A 3RMBA 3TAGA 2G8KA 4PY5A 4DLEA 3PUFA 1QHTA 2B5JA 1D8YA 4KHYA 1VSKA 1TK8A 3OYKA 3ZT4A 3KK1A 1SL2A 4CHNA 2ZD1A 1X1PA 3O3HA 3QEXA 4E7HA 4KKOA 1UWBA 3DRPA 4G1QA 2HMIA 4FJJA 1B9DA 1S6QA 4O4GA 3CQ8A 2F96A 4CK1A 1HMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JLCA 1J53A 1NGCA 4OO1J 2O8FB 3HRGA 4DTNA 1HNXK 1KFSA 4CEOA 1ZBUA 1W0HA 1JJ2M 2P9IB 4JHDA 1U45A 3O08A 3FE1A 1RTDA 1F21A 4Z4IA 2KW4A 1HNIA 1C0TA 4KAZA 5FDLA 1C1BA 3T3FA 4FZXC 4CGJA 3RSEA 4RG8A 1Q81O 2HW3A 1BOTO 3G10A 2ETJA 4DQQA 1ZYQA 4CCHA 2IS3A 1EWRA 1ZC6A 5EVZA 2DTUA 1RT2A 1WB9A 4LF7K 1VQ5N 3K2PA 1NNEA 3A5NC 4MQ3A 3R6MA 4CF8A 4DV0K 2Q31A 1K73O 5M1NA 4H4OA 3NGZA 2XY8A 4X66K 2X6SA 2KLAA 3QIOA 4N56A 3JYTA 1C0MA 3WXKA 2QWMA 5AQYA 5ELZA 4M63C 4O8KA 3ULEB 3FGUA 4QS8A 3NAEA 4LF6K 4LF9K 4JK7A 4HHTA 3OJSA 4FXDA 1IKYA 4JRQA 3CC2N 1MWKA 4BVPA 4X62K 3R3LA 4DU3A 3RRHA 1RDAA 4K0KK 2P5GA 4DV5K 3IMXA 1VHXA 3SJHA 1SS6A 3AGRA 2GUPA 3P4IA 4FM0A 1C1AA 3CETA 4LH5A 2O8DA 3OS1A 4KHQA 3NF8A 1VSFA 5M1QA 4XH5A 5JLFA 5FPNA 1RBTA 1RDUA 3H3OB 1C0UA 4M45A 1S5JA 4FLYA 1WSEA 4JKCA 3L2VA 4DWIA 4FK0A 1T3VA 2YI1A 4ELVA 4CGHA 1RCHA 1NMNA 3LZJA 2D0PA 3VF4A 3DRRA 5H1SQ 5BPLA 4JRPA 5M1PA 1SZ2A 3GBTA 2B4JA 4I6MB 5LMNK 3L2QA 3P31A 3VQBA 4CZGA 1RNHA 4C23A 3K5NA 2E20A 4UY8O 4KB0A 3CCUN 3ZX2A 5KQ8A 2NRHA 1HJRA 2GWJA 2QA4N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JLC A;  1J53 A;  1NGC A;  4OO1 J;  2O8F B;  3HRG A;  4DTN A;  1HNX K;  1KFS A;  4CEO A;  1ZBU A;  1W0H A;  1JJ2 M;  2P9I B;  4JHD A;  1U45 A;  3O08 A;  3FE1 A;  1RTD A;  1F21 A;  4Z4I A;  2KW4 A;  1HNI A;  1C0T A;  4KAZ A;  5FDL A;  1C1B A;  3T3F A;  4FZX C;  4CGJ A;  3RSE A;  4RG8 A;  1Q81 O;  2HW3 A;  1BOT O;  3G10 A;  2ETJ A;  4DQQ A;  1ZYQ A;  4CCH A;  2IS3 A;  1EWR A;  1ZC6 A;  5EVZ A;  2DTU A;  1RT2 A;  1WB9 A;  4LF7 K;  1VQ5 N;  3K2P A;  1NNE A;  3A5N C;  4MQ3 A;  3R6M A;  4CF8 A;  4DV0 K;  2Q31 A;  1K73 O;  5M1N A;  4H4O A;  3NGZ A;  2XY8 A;  4X66 K;  2X6S A;  2KLA A;  3QIO A;  4N56 A;  3JYT A;  1C0M A;  3WXK A;  2QWM A;  5AQY A;  5ELZ A;  4M63 C;  4O8K A;  3ULE B;  3FGU A;  4QS8 A;  3NAE A;  4LF6 K;  4LF9 K;  4JK7 A;  4HHT A;  3OJS A;  4FXD A;  1IKY A;  4JRQ A;  3CC2 N;  1MWK A;  4BVP A;  4X62 K;  3R3L A;  4DU3 A;  3RRH A;  1RDA A;  4K0K K;  2P5G A;  4DV5 K;  3IMX A;  1VHX A;  3SJH A;  1SS6 A;  3AGR A;  2GUP A;  3P4I A;  4FM0 A;  1C1A A;  3CET A;  4LH5 A;  2O8D A;  3OS1 A;  4KHQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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