4AHUA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
155
structure length
153
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 56
structure length 153
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahuA00
4IDKA 2YKNA 4CJFA 1TV6A 2FC0A 1A5VA 2RKIA 4OKEA 4LSLA 3ZSVA 2HVIA 1RNHA 2A1RA 2OPRA 3QNOA 3NBPA 1RTHA 4OKKA 2HNDA 1UAXA 4CJKA 1HQUA 1WAFA 1SV5A 2Z1IA 4PY5A 3AO1A 2YV0X 3U6FA 1X9SA 4WE1A 3DLBA 1S9GA 3MECA 3MEDA 4FM2A 3KLFA 3ULDA 3ITHA 4E7JA 3WNFA 1S1UA 2EX3A 4DWIA 4FZZA 2XY5A 1C6VA 3HPHA 4H8KA 1RT4A 2Y1JA 2YHAA 4CJEA 4E3SA 4FYDA 4EP4A 2QKBA 1LV5A 4J2EA 1KFSA 3LAKA 1BGXT 4QAGA 1LAVA 1KFDA 4CJVA 1L3VA 1D8YA 2F8TA 1J53A 4RW7A 3HP6A 3OYEA 4FJ5A 4OKJA 1RCHA 4DTMA 1DTTA 3HO1A 1U4BA 1KRPA 2OA8A 1C0UA 1NKCA 3DRPA 2G8KA 2KW4A 3O3HA 3TAFA 5C24A 2ETJA 1J9AA 4KHYA 1ZBIA 3G0ZA 3CFRA 3AVHA 3TAQA 3DI6A 4M3TA 2XY6A 4ELVA 4ELUA 4CGHA 4PUOA 3TAEA 1LWEA 4B9VA 3C94A 4EP5A 3TWHA 4CCHA 1RDAA 3C6TA 1RT7A 4HUGA 4FCYA 1TK0A 4I2QA 4CGGA 3IG1A 4E89A 4DU4A 3A2FA 4KHWA 4F2SA 1K6YA 1S9EA 2DFHA 4FW2A 3TAGA 5KGXA 3QEXA 1JLBA 3T1AA 2DFEA 4B8AB 3RMCA 2ZE2A 4FLWA 4FLUA 4KAZA 3WNEA 5I42A 2Z1JA 4QOZB 4I9LA 3O4NA 3DOKA 3KK2A 1C1AA 3AA4A 1UWBA 3QNNA 1XWLA 2E4LA 3VQ8A 4W5TA 4E1MA 1ASUA 5KRTA 3OYDA 2BDPA 2G8UA 1TGOA 2OZMA 3AO4A 2HNZA 3OYNA 2XY8A 4AHVA 4Z4HA 3SQ4A 3SV4A 3P83D 4B9MA 3ALYA 3TANA 3RR8A 1JLFA 1HYSA 2HMIA 4RW8A 3C95A 3TABA 4CF1A 4CJLA 1SUQA 4DQSA 2EHGA 4RW4A 3TR8A 3HJFA 4KTZA 4CGIA 1KSPA 1W9HA 2IOCA 4W5RA 1RBRA 2PY5A 4F4KA 4B9NA 1B9FA 1S6QA 1NKBA 1C1BA 1BIUA 1RT5A 3D0PA 3PUFA 1T7PA 3HPOA 3SJJA 1IKWA 1EXQA 3AVNA 1YVUA 3HSTB 4B3OA 4HUEA 1A5XA 2KQ2A 3RMAA 4BDZA 1EETA 3QEIA 3B6PA 2VWJA 4KI6A 2A1SA 1T05A 3LZIA 3M8SA 3I8DA 3S3OA 3HT3A 2P5OA 2OPPA 5C25A 4FXDA 4ZHRA 4CERA 5KTQA 3OYKA 4FLYA 4CFCA 3ZT2A 4DFJA 1XC9A 1TK5A 4L8RB 4CJWA 3THVA 3KKSA 1NJWA 2FBVA 5HBMA 4NYFA 4FJNA 4OPKA 1I39A 3ZT3A 4CGDA 2IC3A 1HYZA 3T3FA 1ZBFA 1QSSA 1FKPA 4M3WA 1CXQA 4OPJA 4CHPA 1NK6A 1JKHA 1BISA 5CYMA 2IS3A 4CJSA 1LWCA 3RR7A 2X6SA 1TKTA 3G10A 3LZJA 4DQQA 1Q9XA 3KD5E 3VQ5A 3L2VA 1Z26A 3AVBA 4GMJB 4FVMA 4I2PA 4O0JA 4CJPA 3SUNA 1QSLA 3AVLA 1EP4A 4C8MA 5HRRA 1DTQA 3K58A 4FW1A 4CJ4A 4DSJA 1ZBUA 3KK1A 4BE0A 1ZBLA 2KZZA 1UOCA 3AVKA 3CYMA 3MXJA 1SL1A 1WLJA 2OYQA 4Z4IA 1WSHA 3K5NA 3DLKA 3NH1A 1W0HA 3VA0A 3OYFA 2X6NA 1CZBA 2OPSA 4FJ7A 1BQNA 1KTQA 4ID5A 4CHZA 4CEEA 1NJYA 4CJTA 4Z4FA 4LD0A 1ASVA 3KD1E 3RMDA 4JRPA 1T8EA 5EU7A 3SUQA 4BDYA 4C8NA 3ZSQA 1GOAA 3SUPA 3CQ8A 4K8ZA 2IAJA 1VSMA 2E6MA 3NAEA 2Y1IA 4HHTA 3OJSA 3L2UA 4M3ZA 3AVAA 4E7HA 3NGYA 4W5OA 3DLEA 1VSJA 4Z4EA 3VQ9A 4AHUA 4OLAA 5JS2A 2VG7A 4MQ3A 4CIFA 5I3UA 4CF2A 2HVHA 3IAYA 3QEWA 1C0TA 5JS1A 3QIOA 1DLOA 3QO9A 4M3XA 3KIOA 3I0SA 1Y97A 1MU2A 1WSEA 3O3GA 3MAQA 5J2NA 4HCCA 2G8IA 4DTPA 4DLGA 1RDCA 4GVMA 3M8PA 3C6UA 4DF4A 1S1XA 2B5JA 3KLIA 3IRXA 3L2WA 1GOBA 3NE6A 3VN5A 2E6LA 3OYGA 4C8OA 2OPQA 4M3RA 1B92A 1RBVA 3SZ2A 2AJQA 4CEAA 3MXIA 2G8VA 1RTIA 3V9ZA 5K14A 3E01A 3AVIA 2W42A 4O0IA 4BACA 3L2QA 2F96A 3OVNA 1L3SA 2FBYA 1TAUA 4KTQA 1Q8IA 2X74A 2GV9A 3JSMA 3PY8A 4M41A 4CE9A 3AA2A 1IH7A 4CJ3A 3LWLA 4BE2A 4C8KA 1QE1A 4DG1A 1LAWA 4AHSA 3KLHA 3DRSA 3V9UA 1NK8A 1U45A 1IG9A 3QEPA 4FJMA 1VSKA 2X78A 4DTRA 3NDKA 1BHLA 1VSDA 3L3VA 1TK8A 2G8FA 2FBTA 5DK5A 4CEFA 5HRNA 2B6AA 4DQRA 1S1TA 2P51A 4IG3A 1IKXA 5FROA 3K57A 3BDPA 2O4IA 1BCOA 2IGIA 4FJJA 2NUBA 4CJ5A 2WOMA 4GW6A 3PO5A 1TVRA 2ZD1A 5J2MA 5J1EA 1ITGA 1BL3A 3LP2A 4KB1A 1QQCA 4Y1DA 3LPUA 1NOYA 3K2PA 4FZXC 4OVLA 4FJLA 3HVRA 3SQ0A 3KLEA 3VQCA 1U49A 3NH2A 1VSFA 2BANA 2OZSA 2DY4A 1CZ9A 1XI1A 1SKRA 1TKZA 4DS5A 3IS9A 1C1CA 1LWFA 1WSJA 1S1VA 2XO7A 4FLVA 4AH9A 2PYJA 4NCBA 1D5AA 1EX4A 3CFPA 4HUFA 1ZYQA 4J2AA 4KHNA 4IFVA 4CHNA 1JL2A 4M3UA 1VSEA 5SZTA 4ZTFA 4QCLA 3L8BA 1TL1A 4ICLA 3NGZA 4DQPA 4BWMA 3OJUA 4B9LA 3NF8A 1VSLA 1L3UA 3NH0A 2KFZA 4M45A 3NCIA 1U04A 3TAMA 2RN2A 1CLQA 4FK2A 2YKMA 3RRHA 4FJ8A 4DTNA 4M3YA 3HL8A 2O4GA 1WN7A 3D45A 3QESA 4J2DA 1KVBA 1TL3A 5CYQA 1RBUA 3VQ6A 1S5JA 3WNGA 3K5MA 3DYAA 3OYJA 1SKWA 5HP1A 3ASMA 3OS1A 3V4IA 1RT2A 3CM6A 3VQQA 4O55A 3OY9A 4LSNA 3OYHA 2XY7A 2HHTA 2R7YA 1WNSA 3QEVA 4W5QA 1L5UA 2PZSA 5HRSA 3DM2A 4KKOA 3VQEA 4DFKA 4YFUA 3K5OA 3S3NA 5J2PA 1HMVA 1J54A 1REVA 3AV9A 1HNVA 4ID1A 1IO2A 1VRTA 3VQPA 3S9HA 3SI6A 4DQIA 4KPYA 1HJRA 1VSIA 1JLGA 4CECA 4B9UA 1Q9YA 4FLTA 1X9MA 4CGFA 4JLHA 5DMRA 1YT3A 3ZSXA 4JS5A 3MXMA 1WSIA 2D5RA 2P1JA 3VQAA 3PX0A 1NK0A 4CFBA 4CK3A 3RWUA 2RPIA 1JL1A 4H4MA 3LP1A 3SPZA 4DU1A 1FK9A 4Z4GA 2HB5A 4C8LA 3QLHA 1KCFA 2YNIA 1SKSA 2HHUA 3HM9A 4PA1A 4FLZA 2Z1GA 4KV8A 2HHWA 4KHSA 4FK0A 1HYVA 2ATQA 4HVJA 3V1RA 4JRQA 3HVTA 3M8QA 5KGWA 4LY7A 4B08A 3NGIA 2G8HA 1HQEA 4DSIA 1R0AA 3JYTA 4I9QA 2RF2A 1RBSA 5CZ2A 5E41A 4N5SA 4HCBA 4DTUA 2FBXA 4F3TA 3ZSZA 4DSKA 4IBNA 4AHCA 1TKXA 3ZT1A 1SL0A 2D0BA 1L3TA 4E7LA 1N5YA 2F8SA 1FKOA 2LSNA 4Z4CA 2XHBA 4DSLA 4KRFA 4NYNA 4E7IA 3F73A 3L2RA 1S1WA 4F3OA 4OGEA 3DLHA 4CGJA 1BCMA 3SNNA 4FJGA 4FM0A 3SCXA 3AVCA 3V9WA 3ZSOA 3DLRA 1C0MA 5J2QA 4CHYA 5SWMA 1I3AA 1FXXA 3BGRA 4KB0A 3LAMA 4KHUA 1Z25A 4UQGA 3S3MA 4M42A 4DS4A 4CK1A 4PQUA 2KTQA 4DFPA 3U3YA 1JLQA 1NK7A 4O5BA 2ITGA 3ZSWA 1B9DA 3ZCMA 1BI4A 3ZT0A 4ZTJA 4DTSA 2YNGA 4E19A 4MFBA 3OYLA 4Q0BA 4FJHA 1O1WA 5D3GA 3CFOA 1VRUA 4W5NA 3NFAA 4CHQA 1HNIA 3NF7A 3SYZA 3VQDA 3SV3A 4NCGA 4FJKA 1WAJA 1NK9A 3CG7A 2Z1HA 4DU3A 5CY4A 3OYAA 1ZBHA 4IG0A 3PX6A 3VQBA 4FJIA 4F8RA 3EYZA 1KVAA 3KLGA 1YTAA 4E7KA 2QKKA 4FZYA 4AHTA 2QXFA 4JS4A 3EY1A 3ZSYA 1TKDA 1LW2A 4CJRA 3KKRA 4PWDA 2QK9A 4N41A 1LW0A 5CZ1A 1YTUA 3KJVA 3AVJA 4CIGA 2Q3SA 4DMNA 2KFNA 1A5WA 4AILC 3TAPA 3F9KA 3QERA 5FRNA 1S6PA 3DLGA 1T03A 3AO5A 4OGCA 1NJXA 2HNYA 2IDOA 1RBTA 3V6DA 3AVFA 3HXMA 2P5GA 2KZMA 4N47A 1XHZA 2JGUA 1GOCA 3MEEA 2WONA 2BGGA 4CESA 2YNFA 4EZ9A 4CK2A 3NF9A 3LWMA 3DOLA 3AVGA 3OYCA 2HHVA 5C42A 3V9SA 3SPYA 1IKYA 3RTVA 3QINA 2JLEA 3HPGA 3QETA 1BI4B 4CHOA 3LALA 1RILA 3LP0A 4E1NA 4DTOA 1BIZA 4FJ9A 4DF8A 1WSGA 4B8CA 3AVMA 4RW9A 4DTJA 2GUIA 1RDBA 3KK3A 3SQ2A 1N6QA 4CEOA 4E0DA 3O4QA 2DTUA 3LP3A 3NF6A 4IFYA 3OYIA 2BE2A 1KLNA 4KHQA 2HW3A 3FFIA 4OLBA 1BQMA 3U3GA 4CEQA 2HHXA 5FRMA 4FLXA 3VQ4A 1JXBA 3AA5X 2B4JA 1JLAA 1VK0A 3VA3A 3HK2A 1QHTA 4KREA 4H4OA 1WSFA 5HLFA 4EZ6A 4O44A 1JLCA 1U48A 3UIQA 1KVCA 3O3FA 1QTMA 3OYMA 1RT6A 4YNQA 3LPTA 4KO0A 4CFDA 4FK4A 1RDDA 4ELTA 2YHBA 4Z0UA 3V9XA 1QSYA 1D9FA 4CJQA 3SUOA 3CM5A 5HROA 4BWJA 4CIEA 3H08A 3SQ1A 1EKEA 1JLEA 3MEGA 1JXEA 3V1OA 4R5PA 4DSEA 3ZT4A 4NCAA 1HPZA 3HYFA 4I7FA 3ZSRA 4N56A 4KI4A 2I5JA 2HHQA 3P1GA 1NKEA 3L3UA 3K5LA 4CJUA 3OS0A 4B9SA 3NHGA 3QIPA 1RT3A 3VQ7A 3AO3A 1RT1A 1RTJA 4TSXA 3OYBA 1J5OA 2G8WA 4CEZA 4XIUA 4DSFA 4CEBA 3AO2A 1UA0A 3DMJA 3KTQA 4RW6A 4DFMA 1QS4A 2DFFA 1F21A 4Q5VA 3HP9A 1TAQA 4AHRA 1ASWA 2ZQBA 1HRHA 1X9WA 2D0CA 4G1QA 3RRGA 1IKVA 3I0RA 3PX4A 3P5JA 4J2BA 4FM1A 3V81A 3PV8A 3ISNC 4CF0A 1VSHA 4CF9A 3LANA 1XHXA 4CEDA 5KRSA 1NK4A 5HRPA 4IKFA 4Y1CA 3K59A 1NJZA 2D0AA 2PYLA 5FDLA 4CFAA 3AA3A 4BDPA 1KLMA 3V1QA 4OJRA 4FJXA 3OS2A 1NK5A 4KTWA 3TI0A 3RMBA 1NOZA 4CF8A 1CXUA 4N76A 1UA1A 5KI6A 3DRRA 4KFBA 5T7BA 3LDSA 4HTUA 4O4GA 4DLEA 1RTDA 1U47A 1D9DA 3PO4A 2VWKA 2XRIA 4F2RA 3T19A 4DTXA 2YNHA 2HHSA 3TARA 4RG8A 2VG6A 4BE1A 4B9TA 1G15A 4K8XA 3WNHA 3M8RA 2VG5A 4LH4A 1SL2A 3B6OA 2GBZA 3EZ5A 1X1PA 4LH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AAPA 4CJFA 1TV6A 2HVIA 3QNOA 3WXLA 4BG9A 2Q97A 4CJKA 1WAFA 1SV5A 2YJFA 3AO1A 2YV0X 4WE1A 3DLBA 3MECA 4GVEA 2Q0RA 3KLFA 2ASPA 3ULDA 5AQYA 3H3OB 3FR0A 4FYDA 2GTDA 4CZKA 1LV5A 4QAGA 4CJVA 2F8TA 4IOXA 2O8BB 3CI5A 4DTMA 1KRPA 1C0UA 3DRPA 5M1PA 3H6EA 5C24A 2P9LA 4DHYA 3BY5A 4JI0K 3CERA 4ELVA 4PUOA 3TAEA 4B9VA 1T6DA 4EP5A 1TYQB 4FO0A 4GKKK 5BRFA 3QICA 5KPRA 4DU4A 1K6YA 2DFEA 5AZJA 4B8AB 3RMCA 3GG4A 4FLUA 4FLWA 4BRQA 1KAYA 3DOKA 3DXKA 1BOTO 4WQ4C 5ELZA 1UWBA 1W7AA 2E4LA 3VQ8A 1ASUA 5KRTA 3OYDA 2G8UA 2OZMA 4DV2K 3RR8A 4AHVA 4Z4HA 1JCGA 3P83D 1HYSA 2V51B 3C95A 2I7PA 3C6HA 3TABA 4CF1A 2EHGA 3CJ7A 4RW4A 1WB9A 3HJFA 3E9PA 1W9HA 4L3QA 4B9NA 3VF4A 4LF9K 1RT5A 4B3OA 4HUEA 4BDZA 5AR0A 4WF9L 5DM6L 3U4LA 4BR0A 3B6PA 2VWJA 2A1SA 4CZIA 4Y0WA 3S3OA 3HT3A 2OPPA 1MA9B 1TK5A 2UUAK 4CFCA 3ZT2A 2P9UA 5C15A 3KKSA 1I39A 4CBWA 1QSSA 2IC3A 3ZLJA 4M3WA 3UKUB 1S3XA 4CHPA 1YJNN 2HSTA 1TKTA 3LZJA 1Q9XA 4DB3A 1Z26A 4CJPA 1QSLA 4FVMA 3CCQN 4IDHA 1ZBLA 1UOCA 2NRWA 2O8CB 4Z4IA 1WSHA 1QQMA 4A5AA 3NH1A 3VA0A 3D2EB 3D2FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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