4AHVA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahvA00
4J2AA 4CEDA 3D45A 3SUOA 1QSYA 4O0IA 3K5NA 3OS1A 1S5JA 4HTUA 4CFBA 1YVUA 3KLIA 1L3SA 1RTDA 4E1MA 2LSNA 3DYAA 4BE0A 3LP3A 1QQCA 3V9XA 3O4QA 3S3MA 1NJYA 4FK0A 1WNSA 4CHZA 3FFIA 1SV5A 2G8KA 3C94A 1U49A 3HPHA 4IG0A 3LWMA 1BGXT 4PA1A 3QNOA 3QESA 4N5SA 4CHPA 4DQRA 2GUIA 4CESA 3QEIA 3LWLA 1KFDA 4EZ9A 2QKBA 5EU7A 3OS2A 3VQAA 3V1QA 1VRTA 3TAGA 4F2SA 3QIOA 5FRNA 2YHBA 4O55A 4OLAA 3NH2A 4KI4A 4FLVA 4W5OA 1A5WA 4BDZA 2YKNA 3SQ0A 2VG5A 3AA5X 4KFBA 4BE1A 4NYNA 1HNIA 2IC3A 4AHCA 3PX0A 3AVJA 1IO2A 3P1GA 4NYFA 3TI0A 5T7BA 1XHZA 4PY5A 4Z0UA 3VQPA 1NK4A 2KFNA 1BCOA 3QLHA 3OS0A 2BANA 3EY1A 4BDPA 1JLEA 4W5RA 4DG1A 1RBUA 5J2NA 5HLFA 3EZ5A 2XRIA 3RWUA 1KVCA 1KLNA 4CFDA 4CEFA 3MXIA 3SYZA 3OYNA 5CZ2A 5HRSA 5CY4A 4C8NA 1RBTA 3SV4A 4OKJA 3PX4A 3RMCA 4DTOA 4DWIA 3E01A 1N6QA 4CIFA 2KFZA 4LD0A 4CEBA 3TAPA 3T1AA 4DSJA 4CECA 2DFHA 1QSSA 4KHUA 3RR8A 3CFRA 3RRHA 1NOYA 1WSIA 3AO2A 3NDKA 1REVA 1FXXA 3H08A 3QEXA 5DK5A 4FJ9A 2HVIA 1TKZA 4O4GA 2HVHA 3C6UA 3HP9A 4HVJA 2RF2A 4ELVA 3KD1E 1VSHA 3CFOA 1S1TA 4DQSA 4RW8A 1RT4A 4FJMA 3DOLA 1ZBIA 3OYBA 3CM6A 2OZSA 4FZZA 4WE1A 3V9WA 5C42A 3LANA 2VG6A 3F73A 4DTNA 3AA2A 2HNDA 1TL1A 4E19A 1C6VA 3HPOA 4AILC 4L8RB 1HPZA 4OKEA 3KIOA 2DTUA 3OYCA 3AVLA 1EXQA 2F8SA 4CF2A 4FLTA 2VG7A 2OPPA 2KQ2A 1NKBA 3DRRA 2P5GA 4KREA 3NF7A 1TVRA 4F8RA 1QSLA 2X6NA 3AV9A 3K57A 4C8OA 1WAFA 3NH1A 4DQQA 4BWMA 4RG8A 3CYMA 4M45A 3U6FA 1VSEA 1RT3A 1WSEA 3OYDA 4CE9A 3KK2A 4I9QA 3V1RA 1QS4A 5HRNA 4JS4A 3L2QA 1HQUA 3LZIA 3DLHA 3PY8A 4CCHA 1ITGA 4QOZB 3OYKA 4KAZA 1KVBA 4I2PA 3AA3A 2IDOA 3MECA 4BWJA 2Z1JA 4E7IA 4DF4A 4QAGA 1LV5A 4DU3A 4IFYA 3KLEA 4DTMA 3KJVA 1NK8A 3TANA 4PUOA 5HRPA 4ELTA 4FZYA 5J2MA 3O3HA 1TKDA 2RKIA 5FDLA 2QXFA 2G8WA 1EKEA 5FRMA 3DLEA 4YFUA 4FW2A 4KV8A 1JXEA 3OJUA 2OA8A 1BI4B 1QHTA 2B6AA 4O0JA 4Z4GA 1VSMA 4LSLA 4RW7A 4CERA 4CHQA 3K59A 2HHUA 2P1JA 4E7JA 3AO4A 1NKCA 5HBMA 1N5YA 3VA3A 3KD5E 3VQEA 1RTIA 4O5BA 3KLFA 3DRSA 4E7HA 1QTMA 5I42A 3KLHA 2DY4A 4EP5A 3RMAA 4IDKA 3ZSOA 2IGIA 2A1SA 3NAEA 4CJQA 1Q9XA 4KRFA 4IBNA 4FYDA 1ZBUA 2HHSA 3VQ4A 3IG1A 4FLXA 1RDDA 2HNZA 3ULDA 4KTWA 2HHXA 1SKWA 3SV3A 1VSFA 3O4NA 1LAVA 1XC9A 3QINA 4DFKA 3AA4A 3HT3A 3K2PA 4CF1A 4CK2A 4B9VA 4HCBA 1TKXA 4DSKA 2DFEA 3I0RA 3THVA 4IG3A 4DTPA 4DTJA 3IAYA 3TAEA 3NHGA 1HNVA 3SQ4A 1Q9YA 3AO1A 1WLJA 4KO0A 3V9UA 4FZXC 3HJFA 4Z4CA 4N41A 1NK9A 4FCYA 3TAQA 1NOZA 4ICLA 1L5UA 1J9AA 2G8HA 5KRTA 1XWLA 1SL0A 3MEDA 4CK3A 5KRSA 5KI6A 3ZSZA 1LWEA 2HNYA 4MFBA 3LDSA 1RBSA 1NJWA 1D5AA 4CJRA 3BDPA 3WNEA 3L3VA 3QEWA 4PQUA 2HHVA 2KZZA 4CJFA 3P83D 1JL2A 1HMVA 1B92A 1K6YA 4LSNA 3NGIA 3PUFA 3NH0A 2OYQA 4Y1DA 4B3OA 4OGCA 1QE1A 2FBTA 3VQCA 1RT7A 3LALA 1JLAA 2XO7A 4DFMA 3S3OA 4CJ4A 4MQ3A 4N56A 3V1OA 4NCGA 4DSFA 2VWKA 3V6DA 1S9EA 4QCLA 4H8KA 4CHYA 4FJGA 4IKFA 2ETJA 2X74A 4KTZA 2BGGA 4JS5A 1GOBA 3KTQA 4FLUA 3S3NA 1WSGA 4DMNA 4CF0A 1SKSA 1Z25A 2FBXA 5K14A 4FLZA 2Z1IA 1T05A 2D0BA 5HRRA 1YT3A 4DS4A 3ZSYA 3DOKA 4M3RA 3LPTA 3I8DA 1SKRA 4CHNA 4E3SA 2KW4A 4LH4A 3ZT1A 1EX4A 3LPUA 1KSPA 4B8AB 3AVIA 1UAXA 1IKWA 1T7PA 3O3GA 1Z26A 1NJZA 1F21A 2HB5A 4FLWA 1VSJA 4DTRA 1CXUA 1WSJA 1RT2A 2AJQA 1BIZA 1C1CA 4CHOA 1RCHA 3O3FA 3ASMA 2JLEA 4KPYA 4M41A 5E41A 3AVBA 3A2FA 2W42A 4TSXA 2PY5A 1S1WA 4Z4FA 3DRPA 4FJNA 2QK9A 5HP1A 3L3UA 1RT5A 5J1EA 4M3UA 3WNFA 2IOCA 4CJVA 3SUNA 2Z1GA 4AH9A 1RTJA 4FJ5A 4OPKA 1IKYA 1S1VA 3DLRA 1X1PA 1UOCA 4Y1CA 3HK2A 4EP4A 4AHSA 2GBZA 1LWCA 4FVMA 3ZSVA 4K8ZA 4E7KA 3NGZA 4C8LA 4CFAA 2EX3A 3D0PA 1JLFA 1VRUA 4AHUA 4B08A 3KKRA 4CJ5A 3OJSA 1U48A 1W0HA 2D0AA 1VSDA 1ASUA 1TAUA 3TARA 3WNHA 1U4BA 3V9SA 3JYTA 1BIUA 4RW4A 4M3WA 4FW1A 1IKXA 2B5JA 3LP0A 4JRPA 4KB0A 4KHNA 4M3TA 3P5JA 1T03A 1UA1A 1VK0A 3HSTB 3TAFA 3F9KA 3VQBA 4W5TA 4KHYA 2XY7A 3SUPA 1LWFA 3AVNA 2G8VA 4DLEA 3T3FA 4F3TA 4OKKA 4IFVA 1L3VA 2IAJA 3ZSWA 5C25A 2F96A 3MEGA 4CEOA 3HVTA 3SPYA 1BQMA 1KCFA 5I3UA 3OVNA 3SZ2A 3C6TA 3WNGA 2FBYA 2YNIA 4NCAA 5J2PA 1B9FA 3K5MA 2B4JA 1ZBLA 1JKHA 1HJRA 2NUBA 3PO5A 1BISA 4DU1A 4H4MA 3ISNC 3PO4A 3V9ZA 2YHAA 1W9HA 4BACA 4DTXA 3OYFA 1C1AA 4FM1A 4E0DA 1D8YA 3AO3A 3ZT0A 1RBRA 1DLOA 1RDCA 4CJUA 3QO9A 4I9LA 4C8KA 3OYLA 4M3ZA 2R7YA 1C0UA 4YNQA 5JS1A 2BDPA 4FJJA 4Z4IA 2P5OA 1DTQA 4FM0A 3V81A 1DTTA 1BCMA 3SQ2A 4M3YA 4CJ3A 3CM5A 1RDAA 2YKMA 3VQ9A 1NK6A 3AVKA 4DSLA 4OJRA 4K8XA 1ZBFA 3SNNA 1S1XA 4CGHA 4GVMA 1YTAA 2G8UA 3G10A 3NF8A 4FJ8A 4BDYA 3K5OA 1U04A 3K58A 4DFPA 4W5NA 1NK5A 3M8PA 4FM2A 2E4LA 4PWDA 1RDBA 4CGIA 3M8RA 4FLYA 4DU4A 4ZHRA 4R5PA 2RPIA 4CF8A 4OPJA 1TKTA 3HPGA 4CJPA 1I3AA 4Z4HA 4ZTFA 1BQNA 4B9NA 3MXJA 3L2WA 2HHTA 2HMIA 4KB1A 2OPRA 4FJLA 1JLQA 4F4KA 3ZCMA 3OYIA 2BE2A 3VQQA 1KFSA 1WSFA 2A1RA 3RRGA 1CLQA 1BL3A 4CEAA 3MAQA 4Q5VA 3NGYA 3DM2A 1LAWA 4OGEA 1X9WA 1VSKA 3PX6A 3RMBA 1TK5A 3SQ1A 4HUFA 4J2EA 4DS5A 2WONA 4KTQA 3NF9A 3RTVA 3EYZA 4AHRA 1WAJA 4HUEA 1L3TA 1ASWA 3TR8A 2Y1IA 2QKKA 2YV0X 4F3OA 4DTSA 3VA0A 1VSLA 3BGRA 5JS2A 1A5XA 4I7FA 5C24A 3C95A 3HL8A 5SWMA 2PYLA 4Z4EA 3OYGA 3V4IA 3LZJA 3KK3A 4CFCA 3DLBA 1I39A 4ID1A 1RBVA 4KHQA 4CJWA 4B9UA 1KTQA 1LW2A 4ID5A 3RMDA 1R0AA 4GMJB 4GW6A 4KKOA 2XY6A 1BI4A 3LP2A 3B6OA 3AVAA 3L2RA 4H4OA 3QERA 1JXBA 3OYHA 3CFPA 1J54A 4CEQA 3IRXA 3LAMA 3CQ8A 2O4GA 3AVGA 3HXMA 1RTHA 2Z1HA 4EZ6A 1MU2A 4CGFA 1JLCA 3L8BA 3SUQA 3SCXA 4UQGA 5CYMA 1RNHA 1C1BA 2OZMA 1LW0A 1KVAA 1KLMA 3M8SA 3TABA 1O1WA 3QEVA 3VQ8A 4FK2A 1ZBHA 4DTUA 3TAMA 4CK1A 1CZBA 2FBVA 3ZSXA 1TK8A 3U3GA 4B9SA 2EHGA 3ITHA 4C8MA 4DSEA 1U45A 3UIQA 5CZ1A 3DLKA 5D3GA 5HROA 1C0MA 1IH7A 2YNGA 3SPZA 2WOMA 1C0TA 2D0CA 3NF6A 4CGGA 4BE2A 4F2RA 4JLHA 4J2BA 3OY9A 1T8EA 3VQ7A 4M3XA 3DMJA 3T19A 1Q8IA 1RILA 3PV8A 4KHWA 4N47A 4N76A 3VQ5A 1TL3A 1FK9A 2FC0A 3KK1A 1JLGA 4CJSA 2YNHA 3M8QA 4FJKA 1TV6A 2ZE2A 1NK7A 3TWHA 1X9MA 3ZT2A 3DI6A 3ZSQA 1HYZA 3ZSRA 3QNNA 1D9FA 4B9LA 1IG9A 4KI6A 4OLBA 2ZQBA 1HRHA 3OYMA 3NCIA 4DFJA 3MXMA 2G8IA 3CG7A 3OYAA 4CF9A 4J2DA 4DF8A 1TK0A 4DSIA 1BHLA 5CYQA 4ZTJA 3NFAA 2XHBA 3HVRA 4FJXA 4CEEA 1TAQA 1ZYQA 3SI6A 3HP6A 1IKVA 4W5QA 3KKSA 2GV9A 1ASVA 4CJKA 1WSHA 4I2QA 1JLBA 1RT1A 1NK0A 2E6LA 2X78A 3I0SA 4HUGA 3QEPA 4CJEA 4CJLA 1CXQA 3ALYA 1S6QA 2Y1JA 1J53A 4FK4A 2F8TA 3IS9A 1KRPA 1TGOA 4E7LA 1NJXA 2HHWA 1L3UA 2O4IA 2X6SA 4B8CA 3AVHA 3HO1A 2OPSA 3VN5A 1G15A 1GOAA 4CGJA 4KHSA 4LH5A 3ZT3A 2ATQA 3S9HA 4ELUA 1WN7A 5FROA 1FKOA 1UWBA 3JSMA 3DLGA 3SJJA 2HHQA 4JRQA 3OYJA 1FKPA 3G0ZA 1SUQA 2VWJA 1SL2A 4XIUA 2KTQA 3MEEA 1S6PA 1HYVA 3L2UA 1NKEA 4LY7A 2G8FA 3AVMA 4CJTA 4DQIA 4E1NA 3AO5A 2PZSA 4G1QA 1CZ9A 1U47A 4HCCA 5KGWA 2D5RA 4B9TA 3HYFA 4CGDA 4DQPA 4AHVA 1A5VA 4CEZA 2YNFA 4O44A 2E6MA 1JL1A 1GOCA 2ITGA 3ZT4A 1S9GA 4E89A 2RN2A 3RR7A 4FJIA 3AVCA 1XI1A 5KTQA 3KLGA 5J2QA 2P51A 2XY8A 3VQDA 4FJHA 4AHTA 1D9DA 3U3YA 3K5LA 3QIPA 2PYJA 1EETA 5KGXA 4RW9A 4OVLA 5SZTA 4CIGA 3LP1A 4M42A 4FXDA 1B9DA 3B6PA 2IS3A 3HM9A 2KZMA 2OPQA 3OYEA 4HHTA 1S1UA 4Q0BA 4B9MA 3VQ6A 4CIEA 3NBPA 5DMRA 2ZD1A 2JGUA 3AVFA 4RW6A 1RT6A 4DLGA 1XHXA 3QETA 1SL1A 1EP4A 2XY5A 1Y97A 2HW3A 1HQEA 1X9SA 1J5OA 1HYSA 1UA0A 2Q3SA 1YTUA 3L2VA 1VSIA 2DFFA 2I5JA 3LAKA 4FJ7A 4NCBA 3NE6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A61A 4J2AA 1E4FT 1Q86O 4IXCA 1QSYA 1K8AO 3OS1A 1HX1A 4HTUA 1YVUA 1L3SA 1RTDA 3O1BA 3MN9A 4FK0A 3FFIA 4JKBA 4XH4A 5GIPA 1IBMK 4F9OA 3QESA 4CHPA 3R8EA 4CZHA 5JLFA 3THXA 4EZ9A 5EU7A 3FE1A 4YOVA 1VRTA 3QIOA 3NH2A 1T6DA 4W5OA 1U2VB 1OH7A 3SBGA 2P9IA 4BE1A 4YOUA 4DR5K 4NYFA 3TI0A 3PIPL 4PY5A 4Z0UA 5GAHP 4FVUA 4BDPA 1JLEA 3OHRA 1RBUA 5J2NA 3WXMB 1N36K 2XRIA 3SYZA 3SV4A 2KFZA 4DTOA 3E01A 3RSEB 1N6QA 2IVNA 4M63C 3CJCA 3T1AA 4CECA 1QSSA 3RRHA 1VQMN 1WSIA 1QHAA 1BWFO 2HVIA 3QEXA 5DK5A 3CXCM 4ELVA 3KD1E 1VSHA 1S1TA 4RW8A 1T6CA 1RT4A 4H0YB 4FJMA 1ZBIA 4QS8A 2HBJA 2VG6A 4DTNA 2O8DB 2HNDA 3HPOA 2IVOA 3CC4N 2H3GX 4OKEA 2OCEA 2DTUA 3AVLA 1EXQA 4KREA 3NF7A 3WUHA 2O8FB 1DKGD 4C8OA 4CW7B 1S22A 1J5EK 4BWMA 2YHWA 3CYMA 4CE9A 4IOAL 4CCHA 3UKUB 5CR4A 3AA3A 3P39A 3MX5A 3I33A 4IO9L 1LV5A 4DU3A 4DTMA 1IBKK 1NK8A 3O9SA 2RKIA 4NLBA 2G8WA 1K9MO 5AQLA 1VSMA 4ISEA 3ZYYX 3VEYA 3K59A 4JI1K 4AM6A 4E7JA 3CMEN 1NGHA 1N5YA 1K8KB 3KD5E 4O5BA 3BZCA 3THYA 4BC3A 5I42A 2V7ZA 2A41A 4IDKA 3UE5A 4BR2A 4KRFA 4FWLA 3VQ4A 4GY2B 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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