4AHVA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahvA00
3S3MA 4FJ7A 5CY4A 4B9LA 4CJLA 4HVJA 4O55A 1WN7A 3DOLA 3IS9A 4F2SA 2HHUA 3KJVA 3HYFA 1HJRA 4DSFA 2EHGA 4DF4A 2A1RA 1JLQA 3V9UA 1UA0A 4C8MA 3BDPA 1RTHA 1CLQA 1IKYA 3TABA 3MEEA 2HNZA 2YHBA 3HXMA 4QOZB 3LP3A 4FJGA 1GOBA 2DY4A 1S1XA 2FBTA 4IDKA 2KQ2A 1VSEA 3L2RA 4F3OA 4FM1A 3S3NA 3NFAA 1D9DA 5FRNA 5HRNA 2PYJA 1S6PA 2YHAA 3OYJA 3HM9A 3NCIA 1YVUA 3SUPA 2KFNA 3RWUA 1HPZA 4OKKA 1F21A 1W9HA 1TKDA 5C24A 4BDPA 1Z25A 2RN2A 4DU1A 2BDPA 4DFJA 4LSNA 4JS5A 1NK5A 4I2QA 2XHBA 1IG9A 4PWDA 1EX4A 4EP5A 4J2EA 3VQQA 1RT3A 4BDZA 2YNGA 1S1TA 5KGWA 1T7PA 2KZMA 4EZ9A 4PY5A 2XY7A 5J1EA 4FJ5A 4CF1A 3QNOA 3B6PA 3P5JA 3TAEA 3G0ZA 1ZBHA 2YV0X 1LW0A 3VQ6A 4J2DA 2XO7A 1RT1A 1VRTA 2X74A 4DTMA 3SI6A 4CCHA 1WSHA 3V6DA 3V1OA 1RBRA 4FJJA 3OYHA 4Z4FA 1X1PA 5J2QA 1QQCA 1UOCA 1UWBA 3MXJA 1BCOA 2FBYA 1KVCA 4O0JA 4CJFA 3M8RA 3TWHA 2G8UA 4CECA 1VSHA 3TAMA 3HT3A 4CJVA 1EP4A 4M45A 2PY5A 2BE2A 1NOZA 3V9ZA 3HPHA 2Y1JA 5FDLA 2ITGA 3B6OA 4ELVA 1ASUA 3NH0A 1Y97A 1Z26A 4GW6A 2BGGA 3CM5A 3HP9A 4WE1A 3K5MA 3QO9A 1KVAA 3KLIA 3VQ4A 3NH1A 1NK0A 4O0IA 1NJXA 4OJRA 4ID5A 3K2PA 4DTRA 2IC3A 3MAQA 4Y1DA 1VSJA 3TAFA 2D0BA 3VQBA 3RMCA 4HUEA 3RR8A 1JLCA 1BIUA 4CERA 3A2FA 1C0MA 4M3RA 5CZ2A 1NK6A 4JRQA 3AVBA 4CJ4A 2ATQA 2F8TA 1VSIA 3M8QA 4ELTA 4CFDA 4E19A 5T7BA 4R5PA 2HVHA 2X78A 4IFYA 4AHCA 5J2PA 2YKNA 3K57A 3MXIA 3OYKA 1IKWA 4E7KA 1XHZA 4I2PA 1GOCA 1S9GA 3DRPA 5KI6A 4O5BA 3NGZA 1RBUA 3NF8A 4KFBA 1BISA 2JLEA 3LAKA 4CK1A 3SYZA 3NF6A 1KSPA 4J2AA 4FJ9A 4KHSA 4H4OA 4DSKA 1S1WA 3DLKA 2ETJA 1C1AA 4CFCA 3OYLA 1RBTA 5E41A 1QSYA 1IH7A 2KW4A 4IBNA 3SQ4A 1NKBA 1VSLA 4W5OA 4FJMA 3CQ8A 4B8CA 1JLAA 1TKXA 1JXEA 4CGDA 4CJRA 4NYNA 1QTMA 4M3ZA 1XC9A 1FK9A 1TK5A 3HVRA 4F8RA 2HHWA 3O4NA 1U47A 5EU7A 1RT2A 3ASMA 4N76A 4IG0A 4CFAA 3CYMA 1Q8IA 1B9DA 3KLHA 1NJYA 4FK2A 1RDBA 1XHXA 3KIOA 4KI6A 2RF2A 3QIOA 1T8EA 2OA8A 4DSIA 4M3WA 4G1QA 3HP6A 3L2UA 1VSFA 1SL1A 4DTNA 2Y1IA 4YFUA 1LWCA 4UQGA 3NHGA 3AV9A 1XWLA 1A5WA 2P51A 1BCMA 3HSTB 1KTQA 1JXBA 1RDAA 4GMJB 4DU3A 4JRPA 2HHSA 3DI6A 4KHYA 3K59A 1UA1A 1JL1A 1X9WA 4FJXA 3DLEA 1K6YA 2X6NA 4H4MA 3LZJA 4FJIA 1FXXA 4W5NA 1ASWA 4CEAA 3PV8A 4FCYA 3DLGA 4KV8A 3V1QA 3OYDA 3DLBA 3NE6A 4W5QA 3O4QA 4EZ6A 2P5OA 1Q9YA 2D0AA 3SV3A 4FK0A 5FROA 1IKVA 2WOMA 5HROA 3HJFA 1LAVA 4ZTFA 1U04A 3AO1A 3RRHA 1SKWA 3I0RA 3P83D 4KO0A 5J2MA 4FJHA 4KREA 3OYEA 4LY7A 4RW8A 1LAWA 3NH2A 3C6UA 3RRGA 4KB1A 4BE0A 3DRRA 3ZSXA 3WNEA 4OVLA 4ICLA 4F3TA 4NCGA 3IRXA 4CF2A 4FLZA 1A5XA 1NJWA 3O3GA 4OPJA 3QETA 1RILA 3OYBA 4CHPA 5DK5A 4AH9A 2OPPA 3K5LA 1J54A 5CYQA 3ZSOA 4CIFA 1R0AA 3RR7A 3JYTA 5KRTA 3LP1A 4FLWA 3K5NA 3SNNA 3AVCA 4KTQA 2LSNA 3BGRA 4E7JA 4IFVA 3T1AA 2XY8A 2HMIA 4FLYA 3LALA 3ZT4A 3AVGA 5CZ1A 4CJ5A 4B9TA 1RBSA 3TR8A 3KLGA 3S3OA 5SZTA 1VSMA 3AO3A 4CEZA 4RG8A 4BDYA 3K58A 1EXQA 4FJKA 1YTAA 1B9FA 3LAMA 3QINA 4RW9A 3OJSA 1TAUA 3RTVA 4FJNA 4FYDA 1DLOA 3LDSA 1KRPA 5JS2A 1TL1A 1REVA 3LPUA 4CEQA 1KLMA 1JLGA 1SL2A 2O4IA 2HHVA 3K5OA 4FLTA 3HO1A 1NK8A 2G8VA 2OZMA 4DWIA 1YT3A 3OYFA 4KHNA 4JLHA 3IAYA 4N41A 4AHTA 1QHTA 3EY1A 3AO2A 4QCLA 1RDDA 2VWJA 3NBPA 4LD0A 4ID1A 1HMVA 4KRFA 5CYMA 4E3SA 4CF9A 1D8YA 1TGOA 2HNYA 3U3YA 2ZQBA 4C8OA 3OYCA 4EP4A 4B9UA 4FZYA 3LWLA 4CEBA 3KK2A 3NAEA 2OZSA 4CE9A 2FC0A 2X6SA 4FZZA 3PO5A 3MEGA 4CHQA 3SUOA 1RDCA 2FBVA 1WAJA 3LWMA 3G10A 1X9SA 2G8KA 3OY9A 2JGUA 1C0UA 3QEIA 3MEDA 4GVMA 1ITGA 2HB5A 4Z4IA 4E7LA 1C0TA 1L3SA 2P1JA 2Q3SA 3AVFA 5K14A 4I9LA 4E89A 4BE1A 3LANA 2B4JA 1T03A 4E7IA 4CESA 1NKEA 4J2BA 3L2VA 1HYZA 4CEFA 2O4GA 4DSLA 1BL3A 3LP0A 4AHRA 1RT4A 4DFMA 2E6LA 1JLFA 1LW2A 3C94A 4C8KA 1YTUA 4AHUA 4CJWA 3QIPA 4B9SA 4FZXC 2KTQA 3SUQA 1C1BA 3T3FA 5J2NA 4YNQA 4PUOA 2YNFA 3I0SA 4DMNA 4LH4A 4B9VA 1WSJA 2DFEA 4RW4A 3V4IA 3IG1A 3MECA 1ZBUA 4PA1A 2OYQA 3DYAA 2RKIA 4CHYA 3LP2A 4DLGA 2HW3A 4OKJA 5D3GA 3PX4A 3ZSQA 2HVIA 3F9KA 1TV6A 1LWEA 3C95A 3NF9A 4DFPA 1X9MA 1N5YA 4KAZA 2OPRA 2VWKA 2E6MA 4KPYA 1L3UA 1SV5A 2R7YA 4FK4A 4DTOA 1J9AA 3ZSZA 1SKSA 3NGYA 4CHOA 3PX0A 3KKSA 3L2QA 1VRUA 2D5RA 3KK3A 3DM2A 1EKEA 1SL0A 5HBMA 5DMRA 2Z1IA 4DLEA 3UIQA 3V81A 1JLBA 4OKEA 3WNHA 3CFPA 3QLHA 3F73A 4Q5VA 3HK2A 4I9QA 4JS4A 1RTDA 4DTUA 1HQEA 4CGIA 4OLBA 3VQDA 3VQCA 3AVIA 4E7HA 2DFFA 3PUFA 4CGFA 3ISNC 4DFKA 1WSFA 3PO4A 4KTWA 2DTUA 3WNFA 3AO5A 4FXDA 2VG6A 2WONA 1FKOA 1O1WA 3RMDA 4CK2A 3JSMA 1D5AA 2QKBA 4Y1CA 2PYLA 2YNHA 4M3YA 4L8RB 3AVLA 5I3UA 1Q9XA 4DSJA 3HVTA 4QAGA 1DTQA 1HYSA 3O3FA 1RNHA 4DQQA 3S9HA 2QXFA 3HPGA 3M8PA 4MFBA 2YKMA 1ASVA 3VQ5A 3VQ9A 3H08A 4DG1A 3OYIA 2GUIA 4CJ3A 4FLUA 4KHUA 4LSLA 2AJQA 4C8LA 1L5UA 3QNNA 4HUGA 3OS2A 2HHTA 3AVNA 2YNIA 4CF0A 2I5JA 3KLFA 3THVA 4B8AB 3DOKA 2G8IA 1VSDA 3DMJA 3OJUA 1JL2A 2XRIA 3CFOA 4CGGA 5HRPA 3MXMA 3KTQA 4OLAA 4CJEA 4BACA 3T19A 4E0DA 4KHQA 1RT5A 1JKHA 4CEEA 1TL3A 1TKTA 4NYFA 4O44A 1U49A 1QSSA 3ULDA 1BGXT 1KVBA 1W0HA 3HL8A 4DS5A 4CJPA 2Z1JA 4O4GA 1TVRA 3PX6A 3TAQA 4CIGA 1S1VA 2HHXA 4ZHRA 3KLEA 4HHTA 1NK7A 2B5JA 1QS4A 2XY5A 1U4BA 4NCBA 1B92A 3ZSYA 3ZSWA 3QEWA 4DU4A 3U6FA 4I7FA 1BQMA 4HTUA 4FVMA 3V9WA 4M42A 4B3OA 4CGHA 4TSXA 1ZBFA 3SQ1A 5C42A 3TAPA 4CJQA 4FLXA 4FJLA 3QESA 4HCBA 1S6QA 2Z1GA 4FW1A 4CEDA 4KHWA 3DLRA 1CZBA 1C1CA 3SPYA 4H8KA 1G15A 3OS1A 1KLNA 3VN5A 4B9MA 4F2RA 1TAQA 2D0CA 2A1SA 2IOCA 2VG7A 4FJ8A 4DQRA 4IG3A 4M3TA 1TK8A 3D45A 1T05A 1BHLA 3SPZA 5C25A 3VQAA 5KRSA 1JLEA 4PQUA 1SKRA 3L2WA 1IKXA 3L8BA 3VA3A 4Z4CA 1I3AA 4RW6A 1RBVA 2QK9A 1NK9A 1TKZA 4B08A 2FBXA 3SJJA 4C8NA 3ZSRA 4W5TA 3CFRA 4N56A 3QEVA 4DF8A 1J5OA 1RTIA 2GBZA 4ELUA 1RT6A 3AA2A 2G8WA 2Z1HA 3ZT1A 1RT7A 2ZE2A 1ZYQA 3ZCMA 1WAFA 3ALYA 3OYAA 3V9XA 1RCHA 2P5GA 3SCXA 2OPSA 3OYGA 2BANA 1DTTA 4FW2A 4KKOA 3KKRA 3TANA 1KFSA 2KZZA 1TK0A 1S1UA 2DFHA 2HNDA 1LWFA 4OGEA 3QERA 1CXQA 1NK4A 2IGIA 2NUBA 3NGIA 4ZTJA 4MQ3A 3L3UA 1CXUA 3QEPA 3M8SA 3OYNA 4BWMA 3SV4A 1GOAA 4FM0A 3RMAA 1NOYA 3TARA 4CGJA 3NF7A 1I39A 1BQNA 1SUQA 3AA5X 3VQ7A 3OS0A 1IO2A 3AVHA 1L3VA 2GV9A 2OPQA 5HLFA 1XI1A 4HCCA 2F8SA 4Z4HA 4N5SA 2PZSA 3TI0A 2RPIA 1FKPA 2IAJA 3VQ8A 3P1GA 4CJSA 4OPKA 3LZIA 2B6AA 4DQSA 4N47A 3SUNA 1HNVA 3E01A 4Z0UA 1A5VA 3AA4A 3KK1A 4AILC 4DS4A 3AVMA 1EETA 3KD1E 5KTQA 3VA0A 1N6QA 4K8XA 4DSEA 3FFIA 3WNGA 3SQ2A 4FLVA 4XIUA 1UAXA 2W42A 2E4LA 2G8HA 4KI4A 3PY8A 3ZT2A 1WNSA 4AHSA 1QE1A 5HP1A 1U48A 4DQIA 5HRRA 2ZD1A 1HRHA 3ZT3A 4CHNA 4LH5A 3QEXA 4DQPA 4CJKA 1RTJA 4B9NA 4CEOA 1VK0A 4HUFA 4KB0A 1WSEA 4Z4EA 3VQPA 3D0PA 1MU2A 3ZT0A 4F4KA 5JS1A 1HNIA 1WLJA 2VG5A 3CG7A 3U3GA 4DTJA 3RMBA 1LV5A 4KTZA 4NCAA 4CJUA 4CJTA 3HPOA 1KCFA 1QSLA 1WSGA 4RW7A 3EYZA 3AA3A 3OYMA 3AVKA 4DTPA 5SWMA 4BE2A 1U45A 1BI4A 3AO4A 3VQEA 3V1RA 4IKFA 3DLHA 4CF8A 1L3TA 1ZBLA 1BI4B 4M41A 2XY6A 5FRMA 1ZBIA 3ZSVA 3SZ2A 3C6TA 3V9SA 4DTXA 3TAGA 4M3XA 3ITHA 4BWJA 2KFZA 1BIZA 1CZ9A 4DTSA 1VSKA 3O3HA 1KFDA 2G8FA 1S9EA 4E1MA 5I42A 4CIEA 2F96A 5HRSA 1S5JA 2EX3A 4Z4GA 3CM6A 3L3VA 4Q0BA 4FM2A 4E1NA 4W5RA 3I8DA 3NDKA 3SQ0A 3KD5E 3AVAA 3LPTA 1HYVA 3DRSA 4CFBA 1NJZA 1HQUA 2QKKA 2HHQA 3EZ5A 4OGCA 4AHVA 4CK3A 1J53A 4CHZA 2IS3A 1WSIA 1C6VA 3AVJA 5KGXA 1D9FA 3OVNA 4K8ZA 4M3UA 2IDOA 1NKCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S3MA 1WB9A 4B9LA 4O55A 4NO7A 4DR6K 3ENHA 1JCGA 3HYFA 2EHGA 2A1RA 1XQSC 3TABA 4C1NK 2HNZA 3OBWA 3LP3A 4YOVA 2DY4A 2FBTA 4IDKA 1VSEA 3L2RA 1D9DA 5HRNA 3CJ9A 3F5TA 3VEYA 1HPZA 2WBNA 3VEZA 1S3XA 4DR2K 4HTLA 4BDPA 1Z25A 2BDPA 2FF3B 2YHXA 3RSEB 4DFJA 4JS5A 5GINA 2D1KA 2YI1A 1S1TA 2P9LB 4H5NA 5KGWA 4EZ9A 3H46O 3D6RA 2XY7A 5J1EA 4CF1A 3B6PA 3M3ZA 4BGAA 5TKYA 3VQ6A 3AY9A 3E1YA 3BF1A 1VRTA 1WSHA 3V6DA 4FWSA 1RBRA 2WUSA 3OW2M 2A40A 3WQUA 3MXJA 1BCOA 1KVCA 2HOEA 2ZF5O 4JHDB 1Z6RA 3HPHA 3CC2N 3B6OA 3CM5A 1KVAA 3KLIA 3VQ4A 4DTRA 3PIOL 3AAQA 2QWMA 1BIUA 2V52B 2O8BB 4CERA 1C0MA 3AVBA 2F8TA 4CFDA 5T7BA 3I56N 3O08A 4BC4A 2HVHA 2X78A 2HF4A 3K57A 1XHZA 1GOCA 1S9GA 3VEWA 3L6QA 3L4QA 3D2EB 2NRWA 4X64K 1S1WA 1XMQK 1RBTA 1IH7A 4CI6A 1LCUA 4DV1K 4FJMA 4A5AA 4B8CA 4IO9L 5JLHA 5DM7L 3TSUA 3PLAA 2JWLA 3O4WA 3MCPA 4IG0A 4YY3K 3MN5A 3QIOA 1T8EA 2OA8A 4G1QA 3HP6A 4U7BA 2Y1IA 4YFUA 4H5TA 4UQGA 5AQFA 1XWLA 1A5WA 2O8DB 1RDAA 2EWSA 3DI6A 3K59A 1WBBA 1QHAA 4FJIA 1VQNN 4W5NA 2GWKA 3PV8A 3ULEB 3OYDA 3DLBA 3NE6A 1P8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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