4CE9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ce9A00
3NF8A 3C6TA 1WLJA 4FJ5A 3D0PA 1RCHA 2X6SA 3LDSA 2HHQA 2Z1GA 3WNGA 4J2AA 4E89A 1NKCA 3SUQA 4CIEA 4M3WA 4B9TA 1RT5A 2HNZA 3AO2A 3QETA 1RDBA 3PV8A 4AHCA 4DTUA 4OGCA 4DFKA 4DQIA 1HYZA 4DU3A 1VSEA 1C1BA 2FBXA 5C24A 2VG6A 3VQPA 3EY1A 4Z4HA 3TWHA 4PUOA 2QK9A 3VN5A 4KHQA 2GV9A 2G8IA 3NH2A 4FK0A 1RTDA 1JLGA 1D9DA 2W42A 1SL0A 3SV3A 1QHTA 2QXFA 1DTQA 2YNHA 4O4GA 3NE6A 3EZ5A 4CF0A 4DG1A 3HP6A 1BHLA 2WONA 1RT3A 1B9DA 3U3YA 1GOAA 1TK8A 1TAUA 2FC0A 3DRRA 4FLTA 1NKEA 2A1SA 4M3UA 2YNGA 4BE1A 3VA0A 3SV4A 1U48A 4CF1A 4M41A 4M3RA 5KGXA 4FJ8A 3AVAA 2QKBA 3TAQA 4FXDA 1XHXA 2ETJA 3OYLA 3A2FA 4LSLA 3HXMA 3HP9A 2KQ2A 1J54A 3DRSA 1LW0A 1HMVA 3LP1A 1HPZA 4AILC 3UIQA 4QCLA 2VWKA 3LPTA 3OYCA 1QSSA 1WAJA 1UA0A 3AVKA 5D3GA 4PWDA 4YNQA 1HNVA 4N56A 1J5OA 1BQMA 1CXQA 3VQCA 4CEOA 5HRNA 3P83D 4KO0A 4N5SA 3WNEA 1JL1A 1L3SA 3KD5E 4DLGA 5HROA 3RMAA 4HUGA 4EZ9A 1VSMA 1CZ9A 3KIOA 4HHTA 4J2DA 4KAZA 3TAMA 3MXJA 4O55A 1FKPA 3LAKA 3T19A 4DTRA 3LP0A 1U49A 1BI4A 3CFPA 4FW2A 1VSDA 1S9GA 1HRHA 4CF9A 4DTSA 1IKYA 1LWFA 3NH0A 4FJNA 1W9HA 4FJKA 2O4IA 1LAWA 2X6NA 3LZIA 3RTVA 4DU1A 4KKOA 4BDZA 2VG5A 1W0HA 3DM2A 2G8UA 4BE2A 4TSXA 1C0MA 3HVRA 3AVMA 3SJJA 1U4BA 4CK3A 4E7JA 3RWUA 3QO9A 4AHUA 4FJIA 3HO1A 3HYFA 3LP2A 2D0BA 3M8QA 4ICLA 1QSLA 2YV0X 3IS9A 3LANA 1U47A 4LH4A 1J9AA 4Z4CA 2IAJA 3V81A 1UAXA 5EU7A 2HHWA 1VSLA 4ZHRA 3AVNA 3NGZA 3SQ4A 4DTNA 1YTAA 1KVCA 4CGDA 3QEPA 4FJGA 4O44A 1EKEA 2D0AA 4JLHA 1ASVA 3ZSVA 3V9UA 1RDDA 4CJ5A 3NAEA 1KFSA 4B8CA 1VRTA 3VQ8A 4CFBA 1JLFA 4CJ3A 4DQRA 3OS2A 3CFOA 1CXUA 4AH9A 5KRTA 1U04A 2ZE2A 4PA1A 3NGIA 1NK0A 3PO4A 4KFBA 1LWCA 2RKIA 3MECA 3TANA 5SWMA 4O5BA 1XWLA 1X1PA 2XY8A 2B5JA 4KI6A 2D0CA 4DTJA 3O4NA 4Z4EA 4EP4A 1KVAA 4M45A 1WSJA 4HCCA 4H8KA 1QQCA 1RBTA 2IS3A 4RW4A 2XHBA 3AO5A 1X9MA 1KVBA 5KI6A 3HM9A 3PX0A 3OS0A 4Y1CA 1DTTA 3H08A 3KTQA 3BGRA 3NDKA 1VSKA 2P5OA 4CF8A 4FW1A 3L3VA 3KLEA 3CYMA 4ELUA 5HRSA 5HP1A 3OYDA 4DQQA 4M3XA 4CJLA 5I3UA 4CESA 2HHVA 2XO7A 1VK0A 2O4GA 4F3OA 4FJHA 1SV5A 4CJSA 1TK0A 4FJ7A 3VQAA 3ASMA 1TVRA 3T3FA 2ATQA 1JL2A 3DMJA 3FFIA 4CJUA 2OPRA 3OVNA 4DQPA 3F9KA 1JXBA 1TL1A 3NF7A 1DLOA 3ZSOA 3KLGA 3S3MA 4B9SA 3V9XA 4GW6A 4KHYA 1ZYQA 1ASWA 3VQ5A 2G8WA 1RBVA 4B8AB 1B92A 1WN7A 4CJTA 4FK4A 2X74A 4Z4GA 3DI6A 2P1JA 1C0TA 2OPQA 3HPGA 4ID5A 1WSGA 2I5JA 3DLRA 5J1EA 3ZSRA 4C8OA 1S1VA 1YT3A 2GBZA 3AA3A 2YKMA 5KRSA 4ZTFA 1N5YA 1FK9A 1VSIA 3K5OA 3AVGA 3SQ1A 1Z25A 4B9NA 3K2PA 4OJRA 4DF8A 4F2SA 5JS2A 1S1TA 2VWJA 3DLGA 4FK2A 3NCIA 1ZBUA 4W5RA 2YNFA 4J2EA 4FM2A 4CJQA 1SKRA 3PUFA 3LZJA 3DLBA 2F8TA 3L2VA 4HCBA 3CFRA 1KFDA 4CHOA 1FXXA 4E7KA 3ITHA 1X9SA 1UOCA 4B9VA 1A5XA 4KHWA 5C25A 4Z0UA 2HVHA 4C8MA 1RT2A 2FBTA 3AVJA 4IFVA 2HNDA 5CZ2A 4FLVA 1JLCA 4DTXA 1SKSA 1D8YA 1WNSA 4GMJB 1BL3A 1LAVA 1G15A 3CQ8A 3AVIA 2FBYA 3PX6A 1S5JA 3VA3A 1TK5A 4E19A 2G8FA 2PZSA 1L3VA 2PYJA 4NCAA 1RDCA 4FVMA 1TAQA 4UQGA 1GOCA 1HYVA 1U45A 1EP4A 4I7FA 4DSLA 4E7HA 3K5LA 3AV9A 3B6PA 4I2QA 4J2BA 4NCBA 2XY7A 3LWMA 2Q3SA 2KZMA 5DMRA 3NHGA 2Z1HA 3OJSA 4HUEA 1RTIA 1X9WA 4FJXA 1RNHA 4LY7A 2OYQA 1LWEA 4I2PA 2OPSA 4CJRA 4Y1DA 1A5VA 3OS1A 3K5NA 3HL8A 4ELVA 4H4OA 5CZ1A 1C0UA 3AA2A 1T03A 4KREA 1JLAA 4JS4A 2RPIA 1KLNA 2HHXA 3OYJA 2KZZA 1IKXA 3MEEA 4DSEA 4FJJA 4KI4A 4K8XA 2HHSA 4FLXA 4DSIA 4DFJA 4ID1A 4DMNA 3VQDA 4AHSA 4DWIA 1D5AA 2IGIA 1NK4A 3SCXA 1IO2A 2ZQBA 4CJPA 3HPOA 3AVFA 4AHRA 3SUNA 4M42A 3L2RA 4DFMA 4KV8A 4RW9A 4EZ6A 4NYNA 2PY5A 3SZ2A 5I42A 1D9FA 1KRPA 1I3AA 2Z1IA 1RBUA 1WAFA 2HB5A 1BIUA 2KW4A 4QAGA 3HPHA 4R5PA 4W5TA 1RTJA 4F3TA 4FZXC 4E1MA 4CJEA 3RR8A 4IDKA 1ITGA 3VQBA 1NK7A 4XIUA 1EX4A 3KLFA 4IKFA 4CEFA 1CLQA 4EP5A 3ULDA 3CM6A 3O3FA 2LSNA 1TGOA 4CGGA 3AO4A 2KFZA 4BDPA 1K6YA 1ASUA 1S6PA 4MQ3A 3T1AA 4IFYA 1IKVA 3NGYA 1SUQA 5HRRA 1BCMA 3QIPA 3V4IA 1T05A 4W5NA 1RT4A 1A5WA 4C8LA 3DOKA 4BACA 5CY4A 1N6QA 2G8HA 2IOCA 4AHTA 3LWLA 2OPPA 4CGJA 3EYZA 2XY6A 1TL3A 1C1CA 3TAPA 3SQ2A 3K57A 4CJVA 3QIOA 4CFDA 1HJRA 4CEAA 4CHPA 3THVA 3ZSXA 4AHVA 4B3OA 3L2WA 5SZTA 1QSYA 1JXEA 2X78A 3KKRA 3ZT3A 2Y1IA 2DFFA 4OPKA 5J2QA 1NK5A 4CCHA 3NF6A 4G1QA 2QKKA 2EHGA 3C95A 4OVLA 3MAQA 1F21A 1NJWA 4M3TA 3DRPA 4NYFA 1NJZA 3AO3A 1BISA 3G10A 3PX4A 1S9EA 4OLBA 1RTHA 4C8KA 3L3UA 3IRXA 2DTUA 4CGHA 2ZD1A 1I39A 1BGXT 3SUOA 1IG9A 3IAYA 3I0RA 3ZT2A 3NBPA 4I9LA 2DFHA 5FRMA 2YKNA 4JRPA 1SL1A 3OYMA 3TAEA 1ZBHA 2R7YA 2B6AA 4DTMA 4PQUA 2D5RA 3OYGA 3HVTA 3MEGA 2KTQA 3TAFA 4FYDA 3BDPA 4NCGA 5DK5A 3DLEA 3SPZA 3DLKA 4OKEA 4RW7A 3P1GA 5J2PA 1ZBIA 4ZTJA 3JYTA 3TABA 4DSKA 2OZMA 1REVA 1S6QA 4GVMA 4FM1A 5JS1A 4BDYA 1VSJA 4IG0A 4B9MA 4N76A 4BWJA 5T7BA 3KD1E 1XHZA 4FZYA 1WSFA 3LPUA 1Q8IA 4FM0A 5HBMA 4CK2A 3AVHA 3CM5A 5K14A 3ZT4A 4DS5A 1HQEA 4L8RB 2HMIA 3PY8A 3OYHA 2HHUA 4CHYA 4O0JA 3QERA 4E7IA 2VG7A 3OYIA 2A1RA 4DFPA 2F8SA 3ZSQA 4KHUA 3S3OA 4Q5VA 4CHZA 1UA1A 2BGGA 4KRFA 1TKTA 4LSNA 4E7LA 3RRHA 3AVBA 4YFUA 3SUPA 3M8RA 4B9UA 3L2UA 3O3HA 4KB0A 3S3NA 3NFAA 1TKDA 1NOZA 4M3ZA 2HNYA 3V9WA 4WE1A 4W5OA 1WSHA 3U3GA 1XC9A 3M8PA 4F8RA 4DLEA 1SL2A 3ALYA 4Z4IA 2FBVA 3TAGA 3G0ZA 4CFAA 3QESA 3F73A 4Q0BA 1GOBA 3SQ0A 2F96A 5FDLA 3CG7A 1WSEA 3LALA 1RT1A 4HTUA 2IC3A 1R0AA 1RILA 2EX3A 4FCYA 2KFNA 4KB1A 3O4QA 4CHQA 2Y1JA 1CZBA 4IG3A 1QTMA 1QS4A 1YVUA 3AVLA 4B08A 3KK3A 4KTQA 1B9FA 4CJWA 3KK1A 3HJFA 2JGUA 4JS5A 2DY4A 3DYAA 1VSFA 1L3TA 4JRQA 1VRUA 4DU4A 1C1AA 4OGEA 4F2RA 4LH5A 1HYSA 3V1QA 4M3YA 4KTWA 3WNFA 3QLHA 1SKWA 4CECA 3C94A 1KLMA 4FLYA 3VQ7A 3P5JA 4CHNA 3B6OA 3RMDA 4KPYA 4DSJA 1RBSA 3K5MA 3L8BA 4FLUA 4DTPA 2YHAA 3C6UA 4B9LA 3ZCMA 3D45A 1KTQA 1ZBLA 4BWMA 3AO1A 2E6MA 2E4LA 3ZT0A 3MEDA 3OYNA 4F4KA 1MU2A 1VSHA 3TARA 3MXIA 4OKKA 5KGWA 4FLZA 4FJMA 4CF2A 3OYBA 4E3SA 1KCFA 3U6FA 1IKWA 1BQNA 2BDPA 2G8KA 3AA4A 4KTZA 3O3GA 1IH7A 1RBRA 1S1UA 3I0SA 2PYLA 4RG8A 4N41A 3QNNA 1RT6A 4MFBA 3OY9A 5E41A 3NH1A 3RR7A 5J2MA 2OA8A 4OLAA 4CJ4A 5FROA 4O0IA 3OYFA 4HUFA 3RMBA 4DSFA 1YTUA 3ZSZA 4PY5A 5HRPA 4RW8A 3DOLA 1BIZA 4OPJA 3JSMA 3SPYA 4RW6A 2E6LA 2DFEA 3NF9A 1J53A 5C42A 4W5QA 3SI6A 2HW3A 1HNIA 1Z26A 5KTQA 3M8SA 1HQUA 4IBNA 1BCOA 1S1XA 4HVJA 4CERA 3HT3A 1T8EA 4DQSA 1ZBFA 4CGIA 3OYAA 1L5UA 2G8VA 1RT7A 4LD0A 3QEWA 3SNNA 1KSPA 1RDAA 4FJLA 3I8DA 3RRGA 1XI1A 4CEDA 2RN2A 1Y97A 4CFCA 3V6DA 2P5GA 5CYQA 3AA5X 3TI0A 4KHSA 3HK2A 4CEZA 1S1WA 3WNHA 2NUBA 1NK9A 3OJUA 1Q9YA 3DLHA 2XRIA 3VQ6A 3IG1A 3QNOA 4DS4A 2AJQA 3HSTB 3ZT1A 1NKBA 1L3UA 3KKSA 1WSIA 2OZSA 4Z4FA 3VQ4A 4KHNA 3OYKA 3V9SA 2BANA 1TKZA 4E1NA 1Q9XA 5CYMA 4CK1A 3RMCA 3KLHA 2BE2A 1T7PA 2ITGA 3TR8A 3ZSYA 3ISNC 3QEVA 4I9QA 4H4MA 1C6VA 1NJXA 4E0DA 4DF4A 4CIGA 3K58A 1EETA 3PO5A 1JKHA 5FRNA 4CJFA 1TV6A 3QINA 3MXMA 5J2NA 5HLFA 3KK2A 1QE1A 3ZSWA 1FKOA 3LP3A 1JLQA 1UWBA 4CEBA 3OYEA 4CEQA 4CJKA 1JLBA 2RF2A 1NK6A 2WOMA 4QOZB 1BI4B 3VQ9A 4OKJA 2HHTA 4CGFA 1TKXA 2YNIA 3S9HA 3QEXA 2HVIA 3V1RA 2P51A 3V1OA 4FJ9A 4CIFA 3QEIA 1JLEA 2XY5A 1NK8A 4DTOA 4C8NA 4BE0A 1LV5A 3KLIA 3L2QA 3VQQA 1NJYA 1NOYA 4FZZA 1LW2A 3K59A 3SYZA 4ELTA 1EXQA 4N47A 3AVCA 4K8ZA 4FLWA 3V9ZA 2JLEA 3VQEA 2IDOA 2YHBA 1O1WA 3E01A 2GUIA 4CE9A 3KJVA 2B4JA 2Z1JA 4CEEA 3LAMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MWTA 1WLJA 2A6AA 3O1WA 3D0PA 3GBTA 3WNGA 3SUQA 1U2VA 4B9TA 5C10A 5TKYA 2VG6A 3SAFA 1IBLK 4OX9K 4PUOA 4KHQA 2GV9A 4GVEA 3MN9A 1RTDA 3THWA 2W42A 2QXFA 1DTQA 4JKCA 4V19S 2P9KA 2WONA 1RT3A 1B9DA 1TAUA 1TK8A 4FL9A 3J7YP 2A1SA 2W6KA 4M41A 5KGXA 3AVAA 3U9DA 3TAQA 3OYLA 4H5TA 4JKFA 4LSLA 2I7NA 1J54A 3DRSA 1E3MA 1HPZA 2E2QA 4QCLA 3LPTA 3OYCA 2J4RA 5BR8K 2ZGZA 3P83D 5HRNA 3VEVA 4PKHA 4BREA 4HUGA 2BUPA 4JI4K 4WFNL 4J2DA 3TAMA 3T19A 3LP0A 3VGKA 4YORA 4FW2A 5AFUA 2O8EB 1GLJO 1IKYA 1YHQN 3SK3A 4FJNA 4FJKA 4K42A 3DAWA 4A57A 4GY2B 4TSXA 1YJ9N 3FZHA 3O1BA 2WUSA 3P38A 4JYAK 1W2BM 3CJ1A 3HO1A 3ATVA 4IO8A 1WUAA 3UKRB 4LH4A 1HPMA 1UAXA 5EU7A 4ZHRA 4QS7A 1KVCA 2GEMA 1NM1A 3KVGA 1EKEA 4JLHA 1KFSA 1RDDA 1JLFA 1DT9A 4CZFA 1CXUA 3NVMA 3GL1A 1XWLA 2HBKA 1X1PA 4H03B 2B5JA 4FVUA 3KWIA 5AQRA 5LY3A 3HOTA 3LM2A 4H8KA 1QQCA 4RW4A 4CZJA 3AO5A 1X9MA 1KVBA 5KI6A 4CF8A 4FW1A 1HJOA 1KQSM 3CYMA 4ELUA 2QXLA 4M3XA 5I3UA 2XO7A 3BUZB 4F3OA 1SV5A 4FJ7A 3FZKA 3VQAA 4LC9B 2ATQA 3FFIA 3KLGA 1TL1A 4WYBA 3PSIA 3V9XA 3QFUA 1ZYQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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