4CEBA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cebA00
1TAUA 3DM2A 4FJ9A 2Q3SA 2P5OA 4CJUA 1X1PA 2XRIA 3HSTB 4CF1A 1RT1A 3AVNA 4JLHA 4KHWA 1HRHA 2XY5A 5CY4A 1J53A 5CZ2A 1TK5A 1HYSA 2RPIA 1U47A 3VQPA 2RKIA 4AHUA 3FFIA 4DSKA 4WE1A 3VQ8A 1QE1A 4CIGA 2RF2A 3VA3A 3B6PA 4DU3A 5I3UA 2XY8A 2IAJA 1WAJA 1Y97A 2YNIA 1IKVA 4CGIA 4GVMA 3D0PA 1RT5A 4B9LA 4PWDA 3HP6A 1CXUA 3KK1A 1U4BA 3I0SA 4I7FA 1RT2A 3K5NA 1REVA 2Y1IA 3OS1A 2IS3A 1ASUA 1JL2A 4Q5VA 1NK8A 4DTMA 1JLFA 2GBZA 2XHBA 1WSIA 4QAGA 2JLEA 3LP2A 3OYIA 3AO5A 4ID5A 4FLTA 1SUQA 1HJRA 1LWFA 3WNGA 1JLCA 1B9DA 3VQ4A 4W5QA 3OJUA 3LZIA 4DSLA 4HCBA 1C0MA 3AVGA 3K59A 4IDKA 4KHQA 3ZSYA 4FJMA 3DI6A 4O5BA 3SQ2A 3LAMA 1KSPA 3T3FA 2OYQA 3V1QA 5DK5A 3SYZA 5KI6A 4ZTJA 4BDPA 4DMNA 4FLYA 3TAEA 4FLZA 1KVAA 1BI4B 4CFAA 3ZT2A 1S1WA 3VQAA 1S6PA 1C1CA 3PO4A 4KHUA 1VSKA 1YT3A 4CJWA 4O44A 4CJSA 1LWEA 4FW2A 3F73A 3THVA 3ZSQA 3ZSRA 2QK9A 3AVKA 4CERA 5J2QA 1T8EA 1KFSA 4FW1A 3KLFA 3KD5E 4M42A 3ZT1A 3VA0A 4M3TA 2F8SA 1RTJA 3TARA 3QO9A 3LWLA 4FJIA 1WLJA 1EKEA 3SQ4A 3PX4A 4UQGA 4W5OA 3OYCA 2IOCA 2OA8A 2D0CA 5HRNA 3DMJA 3M8SA 1HNVA 1TKZA 1NJXA 1NK6A 3ZSZA 1KLNA 4CECA 4AHVA 2KZZA 1QS4A 4I9LA 1L3SA 3QIPA 4B3OA 3I8DA 2DFEA 5J2MA 5JS1A 1L3VA 3ASMA 3OYGA 4IKFA 3P5JA 4BE1A 3OYHA 4HUGA 4DTUA 3ZSWA 3SUOA 1Q8IA 2QXFA 4DQQA 4FCYA 2P51A 1NKCA 2HHXA 4C8MA 4KV8A 4E7JA 4M3UA 2DFHA 4ID1A 2OPQA 3K57A 1HPZA 2B5JA 4DFJA 2XY6A 1C0TA 4M3YA 2HVIA 3TI0A 4LSLA 4QCLA 2D5RA 3SZ2A 2ZQBA 3DLEA 3TAGA 3OY9A 3NCIA 3RMBA 1EX4A 3TANA 3ZT0A 3DLBA 4OLAA 1B9FA 2KW4A 2OPRA 4JRQA 5C42A 2ETJA 4FM0A 3RRGA 2A1SA 2G8UA 3VQBA 2DFFA 4O0IA 4J2EA 1ZBFA 4HUFA 4JS4A 3ZCMA 3D45A 5K14A 4DTSA 4CEOA 1LW2A 3SQ0A 1FXXA 1CLQA 1TKTA 2O4GA 2Z1JA 3VQEA 3KK2A 1LAWA 1WNSA 4FJ8A 1L3TA 2WOMA 3O4NA 3NDKA 2PZSA 3IAYA 4DU4A 2OZSA 4FVMA 4BE2A 3KD1E 4FJXA 3CFOA 3RR8A 1RBRA 3V9UA 4ELUA 2HHTA 3NH2A 3TWHA 2HMIA 4OPKA 2D0BA 4FZYA 1S9GA 4CF9A 1JLQA 3PV8A 3MXMA 3V81A 1I3AA 1J5OA 4CGFA 5HP1A 5C25A 4CHYA 1JKHA 3CM6A 4DLEA 3RRHA 1U49A 4CCHA 2BANA 4CEAA 1KTQA 1S9EA 3ZT4A 1SKRA 1L3UA 3K2PA 3TAPA 3EZ5A 4I2QA 4B8CA 4FYDA 1VSEA 3B6OA 3L2VA 5FRNA 3AA3A 5CYQA 5KTQA 4NCGA 4RW8A 1J54A 1RT3A 4CJEA 4CE9A 2LSNA 5CZ1A 3RMDA 1NOZA 2F96A 3C6UA 3V4IA 2ITGA 1NKEA 3WNFA 1IH7A 1XHXA 3TABA 3HP9A 3VQDA 4OKEA 2HHSA 3CQ8A 2P1JA 3ZSOA 3KJVA 2G8WA 4DSFA 2GUIA 4DWIA 3AO4A 4RW7A 1RT4A 5HRPA 1HMVA 2OZMA 2KTQA 4KHYA 3SPYA 1VSIA 3S9HA 4B9NA 1FK9A 2E6MA 4FM1A 4QOZB 4E89A 3NAEA 2EX3A 1JLAA 2E4LA 3DLRA 4CJPA 4HHTA 1UWBA 4CJKA 3TAFA 1BQMA 4HUEA 4TSXA 3AA2A 1D5AA 4GMJB 3EY1A 3E01A 1I39A 1SKWA 4M3XA 1LV5A 2PYJA 2WONA 4ICLA 3QETA 3IRXA 2OPSA 3AO1A 1WN7A 1EXQA 3L2QA 3LZJA 3RWUA 5SWMA 4W5TA 4DTXA 1JLGA 3LDSA 3SI6A 1GOCA 3HVTA 1T05A 2HHVA 1Q9YA 3T19A 1JXEA 4CGJA 1N5YA 4KPYA 4F3TA 1RT6A 4E7IA 1S1VA 4J2DA 4DG1A 3WNEA 1WSHA 2IC3A 4NCBA 4B8AB 4CFBA 1WSEA 4E1NA 3K58A 3ISNC 3CFRA 3OYBA 2BDPA 2VWKA 3L3VA 4Z4HA 3QEWA 4Z0UA 3V9ZA 4DFMA 2HNZA 1Z25A 1BIZA 3S3MA 3L3UA 3NF6A 4RG8A 3PX0A 1NK7A 3LPUA 4E19A 2G8KA 1RTHA 1D9DA 1XC9A 2O4IA 4FZZA 1RDAA 2Z1GA 4IG0A 5KGWA 3HVRA 1BHLA 4BWJA 4DSEA 4M3ZA 3TR8A 1T7PA 4N5SA 2FC0A 2YV0X 3V6DA 2G8VA 4OPJA 3SPZA 1TVRA 3AVJA 3G0ZA 2F8TA 1BQNA 3U3YA 3DLHA 2HHUA 3VQCA 4CJVA 4CEZA 4Q0BA 1VRUA 2VWJA 1UAXA 2JGUA 3KLGA 1S1TA 4LD0A 3RMCA 4DS5A 1K6YA 2KFNA 5HBMA 1IKXA 4M3RA 4O0JA 4KAZA 3C94A 3QNNA 5T7BA 3AA4A 4DFPA 3BGRA 4CJFA 3L8BA 2A1RA 4FJJA 3AA5X 2I5JA 1SL0A 3C6TA 3MECA 4E0DA 3OYFA 1YVUA 4C8KA 4OJRA 4BDZA 3AVIA 3PX6A 1B92A 4CHOA 1BL3A 1KLMA 4HVJA 5I42A 1TK8A 1RTIA 1UOCA 4DQPA 4AILC 3A2FA 1NK5A 4B9VA 1VSHA 4KFBA 4PY5A 1TKXA 2X6SA 3QESA 4CK3A 3C95A 1C0UA 1HYVA 4CHZA 1RT7A 3QEXA 1RDDA 4PA1A 4IBNA 3L2WA 4LH5A 4DU1A 1YTUA 1IKWA 3HPOA 3T1AA 3AV9A 4CK1A 1BIUA 2OPPA 3QLHA 4E7KA 4LSNA 4FJ5A 2BGGA 4FJKA 3K5OA 4IFYA 1NJWA 3ALYA 3PUFA 3VQ7A 2FBVA 3WNHA 2P5GA 4DTNA 1XWLA 1GOAA 3TAMA 3KLEA 1QSLA 1RBSA 2HHWA 3I0RA 1C1AA 3U3GA 4ZTFA 4B9MA 3PO5A 3LP1A 5KRSA 5J2PA 5J2NA 4B9SA 2HNDA 4AHSA 3L2RA 2IGIA 1A5WA 4M45A 1VSJA 1XI1A 1S1XA 3HXMA 2PY5A 4M3WA 1L5UA 2HW3A 3DRPA 4FJ7A 4N47A 4KHSA 3V9WA 3SUQA 3SV4A 4YNQA 4Z4FA 2KZMA 1QSYA 2AJQA 4DTPA 4FXDA 2FBTA 2HNYA 3LWMA 1QTMA 5J1EA 4CF8A 3U6FA 4L8RB 4MFBA 5FDLA 4N56A 3OYEA 3CFPA 4Z4GA 3OYMA 3AVCA 3V1RA 4DF8A 1QSSA 1C1BA 2IDOA 4FLVA 1KFDA 4RW6A 1NK0A 4F2RA 3SV3A 4CJ5A 1IG9A 1N6QA 3QEIA 3MEEA 1QQCA 2B4JA 4I2PA 4Y1DA 4JRPA 4CEBA 3DRRA 3DOLA 1CXQA 1RBVA 1RBTA 5FROA 3AO2A 1G15A 3EYZA 1RDBA 2YNGA 3M8QA 3LP0A 4E7HA 4N76A 1CZ9A 1TGOA 3NF7A 3QNOA 4M41A 3K5MA 4EP4A 1SL1A 4CJRA 5E41A 1RBUA 2Y1JA 4DQRA 4DS4A 4C8NA 3ITHA 2Z1HA 4DQSA 4DFKA 4NCAA 1SV5A 4FM2A 3P1GA 4CEEA 4OLBA 3OYAA 1ASWA 2E6LA 2Z1IA 3AVHA 1ZYQA 4C8OA 4KTQA 2XO7A 2W42A 1VSDA 4FK0A 1NJZA 3QINA 1LW0A 1A5VA 3HYFA 3VN5A 3JSMA 4DSJA 1FKOA 1TL1A 4LY7A 4B08A 4AHTA 1D9FA 3PY8A 4CIEA 1O1WA 3MAQA 4W5NA 3NBPA 3HT3A 1ZBLA 1TV6A 5CYMA 1WSJA 2KFZA 3DLKA 3O4QA 3QEPA 2GV9A 1VRTA 2NUBA 1KRPA 1ITGA 4RW9A 4Y1CA 1EP4A 4EZ6A 4FK2A 3OYKA 4KTZA 1NK4A 1TKDA 5FRMA 3LPTA 3L2UA 1TAQA 4H4OA 4CJQA 3SQ1A 4CJLA 1UA0A 4K8ZA 1X9WA 1WAFA 1RDCA 4MQ3A 3MXIA 4IG3A 3VQ5A 4B9UA 3OS2A 3V9SA 4FZXC 4XIUA 3OYNA 2FBXA 3ZSVA 4KO0A 4OVLA 1XHZA 1NJYA 2ZD1A 4KRFA 1A5XA 1U48A 4Z4IA 1RILA 3DLGA 2DY4A 3AVMA 1VSMA 1HNIA 5DMRA 3NHGA 5JS2A 2QKKA 3NFAA 1RNHA 1J9AA 1HQUA 5C24A 3VQ6A 4DTJA 4CHQA 4NYFA 3HK2A 1R0AA 3SUNA 1BCOA 2ATQA 3KKSA 1ZBUA 3QIOA 3K5LA 1U45A 2HVHA 4N41A 4C8LA 1FKPA 1QHTA 3KLIA 4CEQA 1S5JA 1KVCA 3S3OA 3O3GA 3JYTA 1S6QA 1KVBA 2VG7A 2PYLA 1ZBIA 2YHAA 3OS0A 4PUOA 1JLEA 3G10A 1VSLA 2X74A 3H08A 5HRSA 4DTRA 3DYAA 4EP5A 2YKNA 4BWMA 4O55A 3SCXA 1IO2A 3P83D 4KKOA 4ZHRA 4CJ3A 5SZTA 4E3SA 3LAKA 4AH9A 4JS5A 4ELTA 1DLOA 4CESA 4CGDA 4Z4EA 3KLHA 3CM5A 3LANA 4GW6A 3NGZA 4HTUA 3ULDA 4E7LA 3S3NA 4CGHA 4FJNA 4OGCA 1C6VA 3M8RA 1IKYA 2XY7A 1SKSA 4E1MA 3O3HA 4KREA 4ELVA 2VG6A 4K8XA 3CYMA 4IFVA 2RN2A 3NF9A 1KCFA 3UIQA 4B9TA 4G1QA 4FJGA 1VK0A 3IG1A 1RTDA 1D8YA 4H4MA 3O3FA 1TK0A 1BCMA 4OKKA 1HYZA 1T03A 1Q9XA 1CZBA 1LAVA 2EHGA 4FLXA 5KGXA 4OKJA 3AVFA 3OYDA 3KTQA 4FJHA 5HRRA 3OYJA 4CEFA 3KK3A 4F2SA 3BDPA 4FJLA 1NK9A 3MXJA 4PQUA 4I9QA 4FLWA 1HQEA 4BDYA 4BACA 4CIFA 3ZSXA 2FBYA 3AVAA 2BE2A 1JL1A 3DOKA 3F9KA 2B6AA 1ASVA 3V1OA 1BI4A 1GOBA 1U04A 4CHPA 1WSFA 4F3OA 3LP3A 1X9MA 4F8RA 3SNNA 4EZ9A 1RCHA 2YHBA 1NOYA 1YTAA 2X6NA 3HL8A 4KI4A 1F21A 3TAQA 1BISA 3AVLA 4LH4A 3VQ9A 4CEDA 4AHRA 1UA1A 3SUPA 3MEGA 1ZBHA 3RMAA 1WSGA 3NH1A 3OYLA 3NGYA 3RTVA 2X78A 4CF0A 4CGGA 2KQ2A 3OJSA 4DQIA 3LALA 4H8KA 3NGIA 3ZT3A 4DLGA 4KHNA 1DTTA 3KIOA 4O4GA 3VQQA 3IS9A 1W0HA 4FLUA 5HLFA 1NKBA 4HCCA 1S1UA 4W5RA 2D0AA 3AO3A 1LWCA 2YNFA 5HROA 3HO1A 4RW4A 3HJFA 5EU7A 4J2BA 4DF4A 1X9SA 4CJ4A 4KTWA 3QEVA 5KRTA 4Z4CA 2QKBA 1TL3A 1VSFA 3AVBA 3OVNA 4CFDA 2ZE2A 3MEDA 3NF8A 4CJTA 3HPHA 2HHQA 4DSIA 2R7YA 4NYNA 3M8PA 3NH0A 2YKMA 2DTUA 2HB5A 3DRSA 1SL2A 4BE0A 3SJJA 4YFUA 2G8HA 3RR7A 1W9HA 1BGXT 3KKRA 4R5PA 2VG5A 3V9XA 3QERA 3CG7A 3HM9A 4KB1A 1EETA 4KI6A 4FK4A 4CK2A 4F4KA 2G8FA 1Z26A 4KB0A 4J2AA 1MU2A 3HPGA 5D3GA 4CFCA 4CF2A 2YNHA 1DTQA 4OGEA 4AHCA 4CHNA 3NE6A 2G8IA 1JLBA 1JXBA 4DTOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJ9A 4JYAK 4MDAA 1X1PA 2XRIA 3BF3A 3VPZA 1OH8A 1HLUA 2XY5A 1N33K 5AQZA 1BG3A 2ASPA 4RWTA 3VQPA 4BR2A 3ZETA 5IWAK 3FFIA 1QE1A 3A5LC 2RF2A 4A5AA 1Q7YO 3D0PA 1RT5A 5GAGP 2JWKA 1U4BA 4I7FA 4IO8A 2GWKA 3ATUA 1REVA 4B1WB 4A2BA 3M3ZA 4AF1A 1JL2A 4DTMA 1J5EK 4I6MB 4ID5A 3LZIA 1LWFA 1B9DA 4W5QA 4IDKA 5C15A 5DK5A 5KI6A 4ILJA 3L4QA 4FLYA 3TAEA 3CF5L 1S72N 3VEYA 3VQAA 3CCMN 4KHUA 1C1CA 3SMSA 1YT3A 3MN5A 1LWEA 4B3MK 5AQWA 1XC3A 3IMXA 3AVKA 3HSCA 2E1ZA 3ZT1A 2F8SA 5EVZA 4PKHA 3SQ4A 4W5OA 2IOCA 2V7ZA 1XNRK 4AHVA 2KZZA 3S41A 5JS1A 1QZ5A 5JLHA 4IKFA 3P5JA 4BE1A 3SUOA 3TSUA 3ENHA 3K9KA 3M6GA 1Y64A 2HHXA 3C7NB 1N32K 4KV8A 5JMVA 4E7JA 4ID1A 4BRHA 4IXCA 4LSLA 3TI0A 1VQ6N 3BF1A 2ZGYA 3DLEA 3OY9A 3NCIA 1EX4A 1GLEG 4QS7A 1B9FA 2KW4A 2A1SA 3HTVA 3VQBA 2DFFA 4BQLA 3D45A 1MA9B 1LW2A 2HOEA 1CLQA 1TKTA 5TKWA 2O4GA 3TTDA 3O1WA 5BN8A 1WNSA 4YORA 2PZSA 4DU4A 5AQUA 1RBRA 1YUWA 2HHTA 3TWHA 1X3MA 1G99A 2YJEA 4FZYA 3PV8A 3Q7CA 4CGFA 5HP1A 3EL2A 4A5BA 1U49A 5BPNA 4DV0K 1SKRA 1S9EA 1L3UA 3LDNA 5JVHL 1VSEA 3AA3A 3CJ1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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