4CEFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cefA00
1WSEA 4E7KA 1SKWA 3QLHA 1S9EA 4CJ4A 4BWMA 3NCIA 2Y1JA 5HBMA 1BCMA 2F96A 1KFSA 1C6VA 3FFIA 4LH4A 5J1EA 4HUFA 4CK2A 3PO5A 3IS9A 4KHYA 4EZ6A 2HVIA 1BI4A 1ZBLA 4CJEA 2HHQA 5C24A 2ETJA 2G8UA 3L3VA 3KTQA 4B9SA 4CIGA 2E4LA 4MFBA 1X9SA 1Q9YA 3AO4A 3OS1A 2OPQA 4FM2A 4CGIA 5KRTA 4XIUA 1NK9A 1J9AA 4CFBA 4B9MA 3CM6A 4Z4HA 3KD5E 4HTUA 1D8YA 3VQCA 3K58A 4E7LA 4B08A 1B92A 4FLWA 1VSDA 3AA4A 4E0DA 1HQUA 1F21A 2HHXA 1C0UA 3C94A 1EETA 4DU4A 4KI6A 3PX6A 4AHCA 3PO4A 4W5QA 4J2DA 1TL1A 2YNFA 3DLEA 1BIZA 1LWEA 1RBUA 1RT2A 2DFHA 3L2VA 1BQNA 4DTNA 4FM0A 1DLOA 1JXEA 4CFCA 2X74A 2Z1IA 1VSMA 1YTAA 2G8IA 3QEIA 4KTWA 1TAUA 1L3UA 2HB5A 3NDKA 2FBTA 4FM1A 2PYLA 4CEOA 3ZCMA 4FJLA 4KB0A 4CEDA 3DRPA 3PUFA 3SUNA 4FJNA 4FXDA 3C6TA 4DTJA 3QNOA 4CIEA 2VWKA 4BWJA 4KKOA 4CGJA 1NK4A 2HW3A 4GMJB 3VQ8A 3SV4A 1JLQA 3U3YA 4CHNA 3UIQA 1LWFA 3AVNA 4ZHRA 1KTQA 3V9UA 5SWMA 2FC0A 4I2PA 2HMIA 1C1CA 1VSKA 4CESA 1LAWA 3O3FA 3V81A 4DFKA 2PZSA 4CE9A 4ID5A 2AJQA 2B6AA 4CGDA 4E89A 2ATQA 1JLEA 5J2QA 4Z4CA 4JRPA 4H8KA 1BHLA 1JLBA 3ZSRA 3QEXA 1SKSA 1N6QA 3A2FA 4C8OA 1WLJA 3ZT1A 4IDKA 4KAZA 2IOCA 4N5SA 4FZYA 3LAMA 4OGCA 1S1XA 5HP1A 1HNIA 1NOZA 4PY5A 4I2QA 4FW2A 3ZT3A 3ISNC 4O44A 3TI0A 2E6LA 3AVAA 4QCLA 1A5XA 3ZSYA 2JLEA 3PV8A 2DY4A 2PYJA 3NE6A 1D9DA 3OYHA 2B4JA 1VSFA 4E1MA 4B3OA 1BGXT 4CJWA 5J2PA 4K8XA 3LPTA 1XHXA 4OKEA 1UAXA 4M3XA 4TSXA 1RILA 4CJFA 3IAYA 1RBSA 3TR8A 1W9HA 3V1QA 3HPHA 3L8BA 5CY4A 3DLKA 3BGRA 3ZSWA 3WNEA 4DQPA 2HHUA 1JLGA 1WSIA 2VG6A 3MXMA 2ZE2A 3C95A 5T7BA 3NF9A 4F3OA 4CERA 4CF0A 4CJVA 4W5TA 1WSHA 3OYCA 2Z1JA 3VQ5A 4IKFA 1UA0A 4DS4A 4DU1A 3PY8A 4BE0A 4W5RA 1T7PA 4CECA 1BCOA 3LWLA 3AVHA 3AVIA 3QO9A 4LSLA 4C8MA 1VRUA 2YV0X 1BISA 4MQ3A 4RG8A 4F2RA 2WOMA 1JL2A 4IFYA 1B9FA 4BE2A 4AHRA 2BDPA 3AA5X 4PUOA 4K8ZA 3K57A 1NK0A 5FRMA 2HNDA 1R0AA 2KQ2A 1ZBHA 4C8KA 5CYMA 1UA1A 1S6QA 3NBPA 1JLCA 3SV3A 3ZT2A 3LPUA 4OLBA 4Z4GA 1XWLA 4B9VA 4Y1CA 3VQ9A 4B8CA 1HNVA 1LW2A 3DMJA 4N76A 1FXXA 1RBRA 1HMVA 1KVBA 1W0HA 4KV8A 3VQDA 1HPZA 4CJ3A 4CEBA 3F73A 3NH1A 3PX4A 1ZBUA 2DFFA 1NJWA 2X78A 4F8RA 4FJ8A 1ZBIA 2QK9A 2HHWA 4KHQA 1BIUA 1O1WA 4OKJA 4C8LA 2OZMA 3F9KA 2YHAA 3CQ8A 4L8RB 1I3AA 3AA2A 3SQ0A 3WNGA 1ZBFA 1IKWA 4E7IA 2E6MA 1CXUA 4IBNA 4N41A 4KHNA 1RT3A 3IG1A 3NH0A 3O3HA 4DLGA 1TKTA 4GW6A 3LP0A 3RTVA 3VA0A 4ZTFA 1X9WA 4M3WA 2BGGA 1RT7A 3RRGA 3L2QA 3DLGA 3L3UA 3WNFA 3TWHA 1SUQA 4B9TA 1WNSA 2OPPA 4DU3A 4FVMA 4FZZA 2B5JA 1IG9A 4KPYA 3KKSA 1VSEA 4CHPA 3S3OA 1UOCA 1ASVA 4NCAA 3HPGA 4G1QA 3NGYA 3BDPA 3K5NA 4BACA 2X6SA 3V9SA 1BI4B 3D0PA 1C0MA 1NJYA 3KLIA 3RMCA 3MEDA 3V1OA 2VWJA 4DTSA 3QERA 3PX0A 1XI1A 4JS4A 4CJPA 3KK2A 1WSGA 1WSJA 3TARA 1CZBA 3TABA 4ICLA 4BE1A 3AVFA 1NK8A 2FBXA 2D0BA 5CYQA 3SYZA 2YKNA 3DRSA 4ELUA 3NF7A 3VQQA 4LD0A 5EU7A 4KREA 5DMRA 1NKEA 1A5WA 1KCFA 4DFMA 1KVCA 3QIPA 2VG5A 3NF8A 4QAGA 5E41A 4DTPA 4DSLA 4DQIA 3HT3A 2XY8A 3ZSOA 3DRRA 4EP5A 4KTZA 4CHQA 3NGIA 2OZSA 5CZ2A 3TAGA 1Q8IA 2XRIA 4NYFA 3DLBA 1S9GA 4FJ9A 1RCHA 4DQQA 2P5GA 4HCBA 1TVRA 3OYJA 2DFEA 2QKBA 3VQ7A 4Q5VA 1RTIA 4I7FA 1KLNA 2Z1GA 3ZSXA 3CYMA 1TK8A 4KO0A 3T19A 1JLFA 3ASMA 4DF8A 2HHSA 1VSIA 3ITHA 4KFBA 4JS5A 3KK1A 1HQEA 4Z0UA 3KK3A 3OYIA 3CFPA 1RBVA 4DMNA 4DSKA 2PY5A 3SUQA 3I0RA 3VQEA 1JKHA 3QIOA 1YT3A 4M42A 4YNQA 3AVMA 3MXIA 1HYSA 2G8VA 4CCHA 4M41A 3SUPA 2RF2A 4BDPA 1A5VA 5D3GA 5J2MA 4DS5A 3AA3A 3ZSZA 1D5AA 1S1VA 4OVLA 3H08A 2IAJA 1TKXA 2LSNA 3NFAA 3DYAA 3HYFA 3MAQA 4FLXA 3CM5A 4OPJA 1T8EA 1FK9A 1GOBA 1RT4A 3VQPA 3ZSQA 5KGWA 4AILC 4DFJA 2O4IA 1ASUA 4O0JA 3QEVA 3U6FA 3OY9A 4M3TA 3KD1E 4F3TA 3V9XA 1TK5A 4CEFA 1VSJA 2W42A 4CK3A 5HRRA 4CJQA 4BDYA 4B9UA 3IRXA 1HJRA 3DM2A 3OS0A 5KGXA 3RMAA 4WE1A 3SNNA 2YKMA 1T05A 4M3UA 4CJSA 1VRTA 3TAMA 3V9ZA 3DLRA 1NK5A 3HO1A 4CF2A 3QINA 4FJXA 2KZZA 2O4GA 3HPOA 3EYZA 3JYTA 1NK7A 3OYNA 3VA3A 4FZXC 1S1TA 1RDAA 2HNZA 3NAEA 3RRHA 3S3NA 3OJUA 3AO2A 3SUOA 3O4QA 3CG7A 3E01A 2HNYA 4E19A 2KFNA 1LV5A 3O3GA 2A1RA 3NF6A 1JL1A 2Y1IA 4DLEA 3SQ1A 4J2EA 3KLHA 4KHWA 1VSHA 3MEEA 4BDZA 4HUGA 1IKVA 4W5NA 2WONA 3THVA 1XHZA 4FJIA 3SZ2A 2P5OA 4CGHA 3NH2A 1VSLA 3OYLA 1X9MA 1NJZA 5KRSA 3VN5A 4YFUA 1T03A 3MEGA 4CFAA 4DSFA 1S1UA 4DTUA 3TAPA 3OS2A 1TV6A 1LWCA 1RDCA 4W5OA 2OPRA 3OYDA 3KLEA 1SV5A 1C1BA 1EXQA 1U47A 4FJMA 4FJ5A 2RN2A 1KLMA 4FLTA 3AO5A 2HHVA 3O4NA 4CHZA 2KZMA 4FJJA 4Z4FA 2NUBA 4FK4A 1YVUA 4R5PA 5C25A 4ELVA 4KHSA 3SCXA 4KHUA 4NCBA 4F2SA 1TL3A 1IH7A 3VQBA 3M8QA 4O4GA 1WAFA 1DTQA 3AVCA 3T3FA 4DSJA 2ZQBA 2RKIA 3LP1A 4FLYA 1NKCA 3QETA 3M8RA 1LAVA 2OPSA 1TKZA 5DK5A 5HLFA 2GV9A 1TKDA 1K6YA 4FLZA 3QEWA 2X6NA 4ZTJA 1U48A 2A1SA 3LZJA 2FBVA 4AHVA 1U45A 4CJTA 4IFVA 1NJXA 3KLGA 1CLQA 3HM9A 3AVGA 1NOYA 4KTQA 4CF9A 4M45A 3SPYA 3DOLA 3ZT0A 1GOAA 2GUIA 5HRPA 4HHTA 3OYKA 4O0IA 3L2RA 3DLHA 4FJGA 3L2WA 4JLHA 4FJ7A 3HJFA 1EP4A 4N47A 4M3YA 3AVJA 2P1JA 1RDBA 1VK0A 1HRHA 5FRNA 1SL2A 1YTUA 1RT5A 1WSFA 1FKOA 3LP3A 4ELTA 4LY7A 4RW6A 4CGGA 3LDSA 1SL1A 3G10A 4M3RA 5HRNA 3TAEA 3G0ZA 4KB1A 3RWUA 1SL0A 4F4KA 2KFZA 1RTHA 5KI6A 3LZIA 2EHGA 4FW1A 4DSIA 3AV9A 1EKEA 3AVBA 5I42A 4H4MA 2P51A 3V4IA 3NGZA 4AHUA 3S9HA 4FK0A 4FLVA 1G15A 1RBTA 4H4OA 1L3VA 1QSSA 2BANA 1QQCA 4OJRA 3SI6A 1QTMA 2IC3A 1J54A 1D9FA 4Z4EA 2D5RA 2XO7A 2YNHA 4Y1DA 4PQUA 1Q9XA 3SQ2A 2YHBA 1J5OA 5C42A 4B9NA 3HP6A 4CFDA 2XY7A 2IGIA 1TAQA 3HVRA 3K2PA 1TK0A 1L3SA 2Z1HA 4E7HA 1U4BA 2G8WA 1X1PA 4DWIA 2R7YA 4B9LA 2BE2A 1L3TA 1S5JA 4NCGA 3RR8A 4QOZB 3LALA 1Z25A 3MXJA 1IKYA 4FJHA 3KIOA 4JRQA 4CJLA 1B9DA 1RTDA 1JLAA 4DF4A 2G8FA 1KSPA 2G8KA 3V9WA 1Y97A 3LAKA 1IO2A 2F8TA 1C1AA 3OVNA 1LW0A 1C0TA 2D0CA 3KJVA 1WN7A 4DTXA 2F8SA 3HK2A 4RW8A 4N56A 4DQRA 2HVHA 3ZSVA 4EP4A 3L2UA 1QSLA 3HL8A 3WNHA 3RR7A 4KRFA 3CFOA 3I8DA 3RMDA 1QE1A 4O55A 2KTQA 4CJUA 4UQGA 2XHBA 4CF8A 5I3UA 2IS3A 4LSNA 1KFDA 3OYMA 5JS1A 4O5BA 3OYAA 1DTTA 3DOKA 4AHTA 4FJKA 1RDDA 1NKBA 3B6OA 4CJRA 1GOCA 3LP2A 1WAJA 4CF1A 3HXMA 4GVMA 1TGOA 1REVA 1U04A 1FKPA 4CHOA 5K14A 4DTMA 5HROA 4Q0BA 1ASWA 1L5UA 2I5JA 4OPKA 3M8SA 4B8AB 3AVLA 3ALYA 3KKRA 1HYVA 3OYBA 2IDOA 3AO1A 4IG0A 1RT1A 2VG7A 2G8HA 4DSEA 4DTOA 3D45A 1NK6A 1BL3A 2RPIA 2XY5A 4DFPA 2QKKA 4KI4A 3TAQA 2HHTA 3KLFA 1RT6A 4NYNA 1RNHA 4CIFA 5FROA 4CGFA 4CJ5A 4DTRA 3V1RA 2OA8A 4E7JA 3U3GA 3K5LA 3V6DA 2KW4A 2XY6A 4FLUA 3MECA 2JGUA 3K5OA 4CEQA 4Z4IA 3OYGA 1CXQA 4OGEA 4FYDA 4AHSA 2OYQA 2YNIA 3ULDA 4CEEA 3JSMA 3M8PA 4HUEA 1RTJA 4RW9A 3HP9A 2QXFA 1Z26A 2D0AA 3HSTB 4CJKA 3TANA 1KRPA 3VQ6A 4I9LA 3OJSA 3OYFA 4J2AA 1IKXA 4OLAA 1I39A 1XC9A 1ITGA 4C8NA 2DTUA 5CZ1A 4FCYA 3LANA 3QEPA 4EZ9A 2YNGA 5HRSA 5JS2A 1JXBA 4CEAA 3C6UA 3AO3A 4RW4A 2GBZA 5FDLA 1CZ9A 3SJJA 1KVAA 3S3MA 1QSYA 4PWDA 4M3ZA 4E3SA 3CFRA 3QESA 3SPZA 2Q3SA 4CK1A 4DQSA 4IG3A 4HVJA 3AVKA 1U49A 5SZTA 3HVTA 3P5JA 3K59A 2EX3A 1S1WA 1UWBA 3NHGA 1EX4A 3P1GA 4CEZA 3LWMA 1QHTA 4OKKA 1ZYQA 2ZD1A 3B6PA 3ZT4A 3EZ5A 3I0SA 4PA1A 1QS4A 4CHYA 3EY1A 3RMBA 1N5YA 4J2BA 4I9QA 1SKRA 1S6PA 3K5MA 3TAFA 5KTQA 3VQ4A 4ID1A 3QNNA 3DI6A 4RW7A 4DG1A 1MU2A 4E1NA 5J2NA 3OYEA 4HCCA 1BQMA 1HYZA 3P83D 3VQAA 1J53A 3T1AA 4LH5A 4AH9A 4FK2A 2FBYA 2ITGA 3SQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QLHA 4CZJA 3NCIA 3PIPL 1G99A 2F96A 5J1EA 2HVIA 1BI4A 3CJ9A 4WYBA 1V4SA 4CZKA 4CJEA 2PBDA 2G8UA 3U9ZA 1Q9YA 3OS1A 3AAQA 4CGIA 1NK9A 4CFBA 2CH6A 4GVEA 3CM6A 4KHPK 1B92A 4FLWA 4E0DA 1F21A 2HHXA 1C0UA 3PX6A 3CPWM 3I55N 1LWEA 5AFUH 5C2DA 4DTNA 4C1NI 1XMQK 4FM0A 1VQPN 2PFUA 4MLEA 1TAUA 3NDKA 3CHWA 3A8YA 4JKHA 3ZCMA 3J7ZO 2A41A 3QNOA 4FWRA 4FWOA 4BWJA 2HW3A 3RVCA 4GMJB 3SV4A 4JHDA 1JLQA 4MO5A 3U3YA 3UIQA 3CCSN 1D4XA 5BR9A 2HMIA 4CE9A 4CGDA 1JLEA 1JJ2M 4Z4CA 4H8KA 1BHLA 3CETA 1KQSM 1N6QA 4C8OA 1NMDA 1WLJA 4IDKA 4BR2A 4N5SA 3LAMA 1S1XA 4PY5A 3ISNC 4DV2K 3AGKA 5TKYA 2KKZA 4A5BA 2DY4A 3NE6A 1RFQA 1VQ9N 3WUHA 4K8XA 1N32K 4BRAA 4OKEA 3ZX3A 4CZGA 1RILA 4CJFA 1W9HA 3HOSA 5CY4A 1JLGA 2VG6A 3MXMA 4BG9A 2ZE2A 4CERA 2ZJPL 4H5WA 4IKFA 3FZMA 3PY8A 4W5RA 2O8CB 4PHTX 2J4RA 2YV0X 4FL9A 5EX5A 4BVPA 2A6AA 3UKUA 1B9FA 4YOWA 4LFAK 1UA1A 3NBPA 3SV3A 4Z4GA 1E4FT 1XWLA 4BR5A 1HNVA 3DMJA 2O8EB 1FXXA 1KVBA 1KXPA 3CCEN 4PKIA 3O4WA 4MDBA 3F73A 3TPQA 4C1NK 3PX4A 4WQ4C 2DFFA 1QVGM 5BPLA 3G25A 2QWLA 4KHQA 2YI1A 4C8LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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