4CEOA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceoA00
4LY7A 1BI4B 3DRPA 4FW1A 4B9NA 1XHXA 3IRXA 3ZSZA 3RMDA 4H8KA 2NUBA 3LP0A 3T19A 1NK5A 1C0TA 4MQ3A 4UQGA 3PO4A 4BE1A 4ZHRA 2G8KA 1B9FA 2DFFA 3SV3A 5HRNA 2HVHA 1BCOA 1ASUA 4DTUA 5FRNA 2VG7A 3WNHA 1FK9A 1ZYQA 1RBUA 2Y1IA 4EZ6A 4CEAA 3IS9A 4AHSA 2QK9A 2XY6A 1BISA 1WSFA 4AHUA 1VSLA 5CYQA 4JRQA 4KB0A 3NF7A 1BGXT 2YKNA 1C6VA 1RNHA 3LDSA 5T7BA 5D3GA 1DTQA 2YHAA 4DQPA 4B3OA 2G8IA 1BI4A 3CM5A 4DSEA 1NK8A 4LSLA 3RMAA 1JL1A 1S9GA 3V1OA 4B08A 2IS3A 4I9QA 4XIUA 4H4MA 3MXIA 4FJ9A 4IBNA 1XC9A 1FKPA 4HCBA 4PA1A 4FZYA 3KKRA 5DK5A 1HYSA 1RBVA 5K14A 4CERA 2DY4A 1NK6A 5I42A 2HHWA 1UWBA 5JS1A 4FLXA 3KLGA 1KVAA 3KK1A 3VQ4A 3C94A 5J2QA 1VK0A 3I0SA 4FVMA 4CJKA 1NJZA 4M45A 1BIUA 3C6UA 4CF9A 3SQ4A 1LW0A 3L3VA 3V1QA 4E1MA 4DU4A 2XY7A 3E01A 4CJWA 4LSNA 3QEWA 4QAGA 4CIFA 1BHLA 2ZQBA 4CK2A 1T8EA 4CF2A 3ZT4A 4HHTA 3AVJA 3HPGA 3V4IA 3TAFA 3HL8A 1EXQA 4CF1A 5HLFA 2Y1JA 1RTDA 1TGOA 3AVFA 1TL1A 3NH0A 3DYAA 3FFIA 1KTQA 4KV8A 3OYBA 3K5NA 1NKBA 4FJ7A 2FBTA 1S9EA 2F96A 1NOYA 1MU2A 2HHXA 1RTHA 2A1RA 4CHQA 3K5LA 4BDPA 1KLNA 4CEFA 1VSKA 4FZZA 1NK9A 1BQMA 3S9HA 1KFDA 4ID5A 4BDYA 4CE9A 3OYJA 4DSFA 4RW6A 1WSGA 1TK0A 3TAEA 4CEDA 1DTTA 4B9UA 4ID1A 4LD0A 1VSDA 4O0JA 4CESA 2Z1GA 2I5JA 3EY1A 3OYAA 3ALYA 2HMIA 4NCBA 5DMRA 4CEEA 3M8QA 3KK3A 2D0AA 4DFPA 1TKXA 1FXXA 5HBMA 4OVLA 3VQBA 3WNFA 1RT5A 1WN7A 2HW3A 2YKMA 3I0RA 3KJVA 3HPHA 3I8DA 4K8XA 2B6AA 4O5BA 3V1RA 4B9MA 1L5UA 3TARA 4CFBA 4I2PA 4NCAA 4DSKA 3OVNA 4FJHA 3LPTA 4E7HA 4B9TA 4PY5A 1NK4A 1YTAA 4IG3A 3TWHA 1J54A 4RW4A 1A5XA 4W5QA 4KAZA 4FK2A 3AO4A 2BDPA 2ETJA 3VQCA 3LZIA 1JLQA 4NYFA 3VQQA 4FJLA 3AVAA 1NKCA 1JLEA 1XWLA 1JLFA 2XRIA 3TAMA 3TI0A 1QTMA 3OYIA 2G8UA 3ZSRA 1EETA 3P5JA 3T3FA 4L8RB 4Z4EA 3G0ZA 4RW9A 3QLHA 3HP6A 4KTWA 3HPOA 3O4QA 1A5VA 4ZTJA 1Q8IA 3HVRA 4DSIA 3BDPA 1LAVA 3DMJA 3DLEA 3DOLA 3MEDA 3OYDA 3KD5E 1VSHA 1JXEA 3AV9A 3QETA 4CJLA 2VG5A 3ISNC 4DSJA 3NAEA 1QHTA 3C95A 4BWMA 4BWJA 1F21A 3HM9A 3RR7A 2OPPA 3B6PA 3QINA 4KI6A 1CZBA 3VN5A 1IG9A 1WSEA 4DLEA 3CM6A 4EP5A 3KLFA 4AILC 1HRHA 3OJSA 1VSFA 1CZ9A 4N47A 4J2DA 4F4KA 2RN2A 5HRRA 4AHRA 3SQ2A 1KCFA 1IKYA 1JKHA 2ATQA 2O4GA 3QNNA 3SQ1A 3DM2A 3QEXA 1QSYA 3PO5A 2OPRA 2XO7A 2G8FA 4DWIA 3AVIA 1TK8A 4FJ8A 3NGYA 1KFSA 4HVJA 1HQEA 2F8TA 5HRSA 4CEOA 3ZT2A 1RDBA 1LWEA 3HSTB 4E19A 1RT7A 3TAGA 4DS4A 3LP2A 4FZXC 4EP4A 1D5AA 4FLUA 4TSXA 3HJFA 2PYJA 1W9HA 1RT2A 3SPZA 1RDDA 3AO5A 3V9XA 5JS2A 4GMJB 3QESA 4C8LA 4CHOA 2HB5A 3KK2A 1DLOA 3NFAA 3QNOA 1B9DA 4OGCA 1TV6A 1BQNA 2HHSA 2VG6A 2FBVA 2HHQA 2RF2A 2IGIA 3DLGA 3SI6A 4CJEA 3OY9A 3SUQA 2BGGA 4E89A 3CFPA 3AA5X 1N6QA 5FDLA 4DTSA 3SZ2A 4DTMA 2ITGA 3AVLA 1D9FA 3DLBA 1HNIA 2KFNA 3SJJA 1UA0A 2GV9A 3TAQA 4RW7A 2FBYA 2YHBA 5J2MA 4CJTA 1RILA 1QE1A 4IG0A 4CECA 5CYMA 4KPYA 1D8YA 3VQ6A 4CF0A 1S6QA 4M3WA 1JLGA 3HVTA 4Z4IA 3NGZA 3RTVA 1NK7A 2PZSA 2Z1IA 2B4JA 3K59A 4E7KA 3V6DA 1XHZA 4KHQA 2IC3A 4BE0A 3O4NA 4RG8A 3C6TA 4KFBA 5FROA 2VWJA 4DQRA 4FJKA 1TKTA 3L8BA 2BANA 3VQEA 4JS5A 2WOMA 2Z1HA 4YFUA 1J5OA 4PWDA 3MEGA 4F3TA 1RT6A 3S3NA 1LW2A 4Z4HA 2OYQA 4Z4GA 1LWFA 1EX4A 1KRPA 4F3OA 3M8PA 1QS4A 1U04A 2GBZA 4FM1A 2FBXA 4DQSA 1RDCA 3WNGA 1JLBA 1WNSA 4DMNA 3U3YA 1YTUA 3TABA 2E6LA 3OS0A 3THVA 5C42A 3OS2A 4DTRA 4C8OA 3HK2A 4W5OA 1LAWA 4CGJA 4CJQA 4I2QA 2W42A 4FLZA 4PUOA 4KHWA 2AJQA 5KRTA 2JLEA 4DTXA 4KRFA 4M3TA 3SCXA 3V9ZA 4C8KA 2X6NA 3KLIA 3NH1A 1HQUA 4J2EA 5C25A 4M3YA 1WAJA 3AVCA 4CHPA 5E41A 3SYZA 1I39A 2HNZA 4F2SA 1UA1A 4N76A 3RMBA 4KO0A 2QKBA 1LV5A 3VQ8A 3RMCA 4ELVA 2HVIA 4CJFA 3AA3A 4B9VA 2IOCA 3AO2A 1U45A 3DRSA 4W5RA 2RKIA 4GVMA 3OYGA 3HT3A 2KZZA 4CHZA 3NF8A 3SUNA 1CXQA 2X78A 3V9UA 3QEPA 3SNNA 4M3UA 3LANA 2OA8A 4OKKA 4BE2A 3LALA 1REVA 4AH9A 2QXFA 1TL3A 1N5YA 1L3TA 3OYCA 1RT4A 3ZCMA 4K8ZA 3M8RA 1RT3A 1X9WA 4B9SA 1RCHA 3LP3A 1C0UA 2E6MA 4ZTFA 4CGHA 4FJGA 4FJIA 4ICLA 5EU7A 3CFRA 1ASWA 4CJRA 1S5JA 1FKOA 4B8AB 5SWMA 1L3SA 4CEZA 3HXMA 1NKEA 1VSEA 3VQ5A 2G8VA 4EZ9A 4OPJA 3NH2A 2DFEA 1SL2A 4DTNA 3D45A 2FC0A 1LWCA 2ZE2A 3AVGA 2HNDA 3DLHA 3O3FA 3QERA 2B5JA 3VQDA 5KGWA 2IDOA 3ZT1A 1U47A 4CJ4A 2D0CA 4E7IA 1O1WA 3K2PA 1Z26A 1NJYA 3EYZA 2JGUA 4CFDA 1Y97A 1Q9XA 3SPYA 3VQ7A 3L2RA 2OPSA 1U4BA 4OJRA 4OLBA 1SKWA 4AHTA 4OGEA 1NJWA 1HYVA 4OKEA 2KFZA 3SQ0A 3VQAA 2R7YA 3NGIA 1WLJA 1L3UA 5FRMA 4FLYA 1S6PA 5C24A 1K6YA 4E3SA 3AVHA 3LWMA 5SZTA 1C1CA 1TK5A 2HNYA 4DQIA 4FYDA 4HUEA 4WE1A 5J1EA 4DF8A 3S3OA 1RDAA 3OYNA 3DLKA 1CLQA 4CJSA 1SUQA 3VQ9A 1GOBA 1HPZA 1ZBUA 3M8SA 3V9SA 2PY5A 3ZSQA 4CJ3A 1BIZA 1HMVA 3AA4A 4DQQA 1KVCA 2HHUA 1KVBA 5I3UA 1IKXA 4I9LA 3ULDA 4IFVA 3L2VA 3KIOA 1EKEA 4Z4CA 2HHTA 4B8CA 1ZBFA 3AO1A 3AVNA 4MFBA 4J2BA 1IKVA 3QIOA 4Y1DA 3IG1A 4KKOA 3HO1A 4JS4A 4KHNA 3WNEA 3K5MA 4Q5VA 3QEVA 1L3VA 4O4GA 4FXDA 4AHCA 3DI6A 3OYMA 5J2PA 4PQUA 3AA2A 4JLHA 4N56A 1B92A 4BACA 3ZSVA 4DFMA 3PV8A 1G15A 3RRHA 2RPIA 3F9KA 3ZSWA 1JL2A 4GW6A 4Z4FA 2QKKA 1CXUA 1W0HA 2G8HA 2X6SA 4J2AA 1RTIA 3AVBA 3NE6A 5KGXA 4OKJA 4CF8A 2D5RA 3L2WA 3MXJA 3L2QA 4DLGA 4M3XA 3CYMA 4CHNA 4R5PA 1TVRA 1VSIA 1S1XA 1C0MA 3MAQA 1Q9YA 2KZMA 2KW4A 2E4LA 3LWLA 3TANA 2EX3A 4E1NA 3SUOA 2PYLA 3SV4A 4O55A 4CGFA 3V81A 1WSIA 4AHVA 1JXBA 1QSSA 4HUFA 4F2RA 4M42A 3NBPA 3NDKA 4KI4A 4HCCA 1IH7A 3K58A 4CHYA 4E7JA 1S1WA 3UIQA 1VSJA 1ASVA 4JRPA 3AVMA 2IAJA 3PY8A 4IDKA 2Z1JA 2XY8A 1R0AA 1A5WA 5HROA 2KTQA 4DSLA 3U3GA 4W5NA 4CGGA 3ZT0A 1S1UA 2D0BA 2WONA 1BL3A 3VQPA 1KSPA 4Z0UA 3CG7A 3VA3A 3T1AA 4HTUA 2KQ2A 3TAPA 1HJRA 1GOCA 4CGIA 3PX4A 2EHGA 4YNQA 3V9WA 4W5TA 2O4IA 3OYEA 3MEEA 4DG1A 3HYFA 4CCHA 5KI6A 3ZSOA 1VRTA 1X9MA 2GUIA 3QEIA 4C8MA 1C1AA 3NCIA 3KLEA 4FM0A 4DU1A 2YV0X 4M3RA 1SKSA 1EP4A 2YNFA 3ITHA 4I7FA 2XHBA 3LZJA 1ZBHA 2A1SA 3EZ5A 3K57A 2OPQA 1SV5A 1ZBLA 2X74A 1SL0A 4FCYA 1NOZA 1JLAA 1RBSA 3DOKA 3LAKA 3OYFA 4FK4A 3P1GA 4KTZA 4DTJA 4M3ZA 4CJVA 4CEQA 4E7LA 4FJXA 4HUGA 3BGRA 3AVKA 1TKDA 4OPKA 3OYHA 4IFYA 5KTQA 4QOZB 3LAMA 5CZ1A 1ITGA 4KHUA 3L3UA 1YVUA 1ZBIA 3B6OA 4O0IA 4QCLA 3VA0A 1SL1A 3PUFA 4E0DA 4DTPA 4FJMA 3G10A 1SKRA 3OJUA 3JSMA 4M41A 4DF4A 1JLCA 4G1QA 4H4OA 2F8SA 3NHGA 3MXMA 2YNIA 4CFAA 1X1PA 1WSJA 4FJNA 4F8RA 2G8WA 1TAUA 4C8NA 4DS5A 1UOCA 4CJ5A 1WAFA 2HHVA 2P51A 4IKFA 1T7PA 4FLTA 3RWUA 2VWKA 4FW2A 4KHYA 3AO3A 1TAQA 4LH5A 4ELTA 4CJPA 3JYTA 4BDZA 3F73A 1RTJA 4FK0A 4DFJA 1J53A 3P83D 3DLRA 4CFCA 3ZSYA 2BE2A 4ELUA 3L2UA 1Z25A 3A2FA 4CGDA 3ASMA 4CIEA 3H08A 4N5SA 2LSNA 1IKWA 2OZSA 1X9SA 4CK3A 1HNVA 3QIPA 4LH4A 1U49A 1T03A 3HP9A 1J9AA 3IAYA 1IO2A 1I3AA 3NF9A 4DU3A 2P1JA 3TR8A 3PX6A 1U48A 1UAXA 4CEBA 4N41A 1QSLA 1VSMA 1BCMA 3KD1E 2XY5A 4CJUA 3DRRA 3ZSXA 4DTOA 2OZMA 3KKSA 4CK1A 4NCGA 4FLWA 3LPUA 2ZD1A 1QQCA 2Q3SA 5HRPA 1XI1A 3QO9A 3CFOA 2P5OA 2YNGA 1RT1A 1WSHA 2YNHA 3D0PA 5J2NA 4FJ5A 3RRGA 4O44A 3ZT3A 4OLAA 3K5OA 5KRSA 4FM2A 3PX0A 4FJJA 4RW8A 3OYLA 4FLVA 1T05A 5HP1A 3KLHA 1NJXA 1S1TA 1GOAA 4KHSA 1TKZA 3LP1A 3RR8A 5CY4A 2DFHA 1S1VA 4Q0BA 3CQ8A 1YT3A 3U6FA 1RBTA 4KREA 4KTQA 1NK0A 3SUPA 3OS1A 4Y1CA 1HYZA 4CIGA 2DTUA 1C1BA 1D9DA 1RBRA 3OYKA 3KTQA 3NF6A 3O3HA 3S3MA 5CZ2A 2P5GA 3O3GA 3MECA 1KLMA 4DFKA 4KB1A 4NYNA 4B9LA 1VRUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQXA 1BI4B 1ATSA 4H8KA 3LP0A 3T19A 4UQGA 4ZHRA 2G8KA 2ZGZA 4IOXA 5HRNA 2HVHA 1ASUA 3WNHA 1ZYQA 2Y1IA 3TTCA 4AHUA 1NLVA 1BGXT 1RNHA 3LDSA 5D3GA 2QWNA 1QHAA 1S9GA 3WUHA 4I9QA 4H4MA 4FJ9A 3TSPA 1MA9B 5DK5A 5K14A 4CERA 1NK6A 1SZ2A 1UWBA 4CZGA 3KLGA 3D2EA 3KK1A 3C94A 3CJBA 4FVMA 3BF1A 4YOUA 4CIFA 1BHLA 1T8EA 3V4IA 3HL8A 4WFAL 1TGOA 1E4GT 1NGHA 2Q1NA 2ZJRL 3T69A 1WOQA 2HHXA 2QI2A 4CHQA 2HHHK 4CEFA 4NLCA 4FZZA 1NK9A 1BQMA 1KFDA 2I7PA 4BDYA 4DSFA 1VSDA 4CESA 3EY1A 3KHYA 3OYAA 1YJNN 2ZM6K 3MN7A 3FZFA 4IO8A 4CBXA 4NCBA 2HBLA 3VQBA 1GLDG 3WNFA 2HW3A 5AQJA 3T1YK 4BRQA 4K8XA 4O5BA 1L5UA 4I2PA 3SMPA 1VQ9N 1HX1A 3OVNA 4B9TA 3SJHA 4LF6K 2UUBK 3A0IX 3FZLA 4KAZA 3AO4A 1NBWA 4BQLA 1NKCA 3TI0A 1XWLA 5M1OA 2G8UA 3F9MA 3BUZB 3HP6A 3A5NC 3HPOA 4ZTJA 1Q8IA 4NLBA 3WXKA 4M7YA 5KPTA 3DMJA 3OYDA 2JWKA 4DV7K 1JXEA 3C95A 1XNRK 4X66K 3RR7A 1ATNA 3EKUA 4DLEA 3CM6A 4AILC 3VEWA 1VSFA 4BRDA 4J2DA 3SQ2A 4A61A 2ZJQL 2WC9A 5IT9O 1QSYA 2OPRA 1YVNA 3AGKA 4JD2A 2QTDA 4FJ8A 1KFSA 2QWMA 4CZFA 4HVJA 5JVHL 3ZT2A 3A8YA 2VGMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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