4CESA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cesA00
2IS3A 3EZ5A 1KVAA 3PX4A 1U4BA 1IG9A 1KRPA 3KIOA 5FRMA 4CK2A 1IH7A 3AV9A 1LW0A 1JLFA 2YNHA 2OZSA 3E01A 5C24A 1CZ9A 2EHGA 2KQ2A 1J53A 2XY8A 3DMJA 2DFFA 4CHPA 1VSIA 1NK5A 3AO4A 4NYNA 4M3ZA 4E19A 1QS4A 3D0PA 3V9ZA 4M3UA 1J54A 2EX3A 3AVKA 2B5JA 3LPTA 1JL2A 4KHNA 5I3UA 4UQGA 3KD1E 4B9TA 4TSXA 2IC3A 3OYHA 2NUBA 4CEEA 3KTQA 1C0UA 1C6VA 4RW8A 3C95A 4E7KA 3TANA 4DTOA 5KRTA 4DU4A 5HP1A 4FJKA 4CJRA 4O4GA 1GOAA 4AILC 3HPOA 3KLFA 1ZYQA 1TKDA 1SKWA 4HCBA 3VQQA 1KTQA 4BDYA 4DS5A 4Y1DA 1JLEA 1X9SA 3DLBA 4JS5A 3AVMA 1VRTA 3K5NA 3QEVA 5C25A 3DI6A 3DLHA 4KB0A 3AVIA 4CESA 4DU3A 1S1XA 1QTMA 1C0TA 4J2AA 3TAMA 1RT3A 1LV5A 4E1NA 1BGXT 1WN7A 4CFBA 2R7YA 3LP0A 3WNGA 4FJ9A 3HP6A 2D0AA 4B3OA 2FBVA 4I2PA 4IFYA 1A5WA 2P5GA 4C8MA 4ZHRA 4DTSA 2PZSA 4HCCA 4H4MA 1KVCA 1U45A 1SL2A 2HMIA 3CQ8A 2G8VA 2XHBA 3ZSVA 4QAGA 4CJ5A 4JRPA 1B9DA 2BANA 4ELUA 3CM5A 4Y1CA 1HMVA 2FC0A 3ZSWA 2KZMA 5FDLA 3SUNA 2Z1JA 1EP4A 3QIPA 3SCXA 3VQ8A 1UA0A 3EYZA 3CM6A 3NGZA 3NGYA 3SUOA 1KFDA 4BE0A 3NDKA 1TKXA 2VG6A 4LH5A 3K58A 4DSLA 4GW6A 1NKCA 3OYJA 2HHXA 1KSPA 4JRQA 5J1EA 2QKBA 4FJ8A 1BQNA 4B8CA 4CJQA 1QE1A 3C6TA 4PUOA 3DM2A 3OYGA 4B9SA 4OKJA 4KAZA 4LD0A 2XY6A 3V6DA 3D45A 4DSEA 3C94A 4KHSA 3AVCA 2VWKA 3TR8A 1JL1A 4AH9A 1KVBA 2D0BA 4FLWA 4RW7A 1QQCA 4CHYA 4CK3A 1KFSA 4FZXC 2YKNA 1CXQA 2ZQBA 4IBNA 4I2QA 4O0IA 1JLQA 1RBVA 2YHBA 4DLEA 3IG1A 3AVHA 4FLXA 4DQPA 3NFAA 4KTQA 3CFPA 3LDSA 4W5NA 2D5RA 3CFRA 1MU2A 4CF0A 3PX6A 4KRFA 4FLVA 3AVAA 1WLJA 2P1JA 3V1QA 4GMJB 3SPYA 1HNVA 3NF7A 4O5BA 1IKXA 4CJPA 3SV4A 1TK0A 2YNFA 4DSKA 1Z25A 3G10A 4CEQA 4W5OA 1L3SA 3I0RA 3ZSZA 1QSYA 1L3VA 3DYAA 4CF1A 3PO5A 4FK2A 3VN5A 4CEZA 3LP3A 4CJTA 4DTMA 4FJIA 3AVJA 1RT7A 4BWMA 4AHVA 1SV5A 2O4GA 1GOBA 3OJSA 5CY4A 1VSKA 3NF8A 3ULDA 4B9NA 2KZZA 1Y97A 5K14A 3TAPA 3AVBA 3I0SA 3RMDA 1RCHA 3AA4A 3DLRA 3OYMA 3QIOA 1XI1A 1T7PA 3KKRA 2DY4A 1LAWA 4LSNA 1BCMA 4FM0A 4KTWA 1RDBA 1RT6A 1S9EA 2A1SA 3QLHA 4FW1A 4Z4HA 4LSLA 2XY5A 3S3NA 3KLHA 4KHUA 4M3RA 2OPRA 3NGIA 4DQIA 1VSFA 2ETJA 1VSJA 3AVFA 1B9FA 3KKSA 1TKTA 4DFJA 2G8HA 2XY7A 3HVRA 1HQEA 3M8PA 4LH4A 5HRSA 1K6YA 4RW4A 1A5VA 4Q0BA 3LAKA 1EETA 1FXXA 1HJRA 4DTJA 5HRPA 4YFUA 3RWUA 4F4KA 2O4IA 3IS9A 5HBMA 1D8YA 4N56A 3P5JA 1WAJA 5FRNA 3KK1A 4I9QA 1BL3A 3MAQA 2G8IA 3U6FA 1KCFA 3OYKA 1L3UA 3H08A 4Z4EA 1TL3A 2RKIA 3HP9A 3VQ5A 4J2DA 1RBTA 4CFAA 1NKEA 1QSSA 1ZBIA 3DRRA 1UA1A 2KFZA 1EKEA 2BE2A 3AA5X 3VQ7A 3OYCA 2GBZA 4E7JA 2B6AA 3T3FA 4B9MA 1BI4A 2RN2A 1JXEA 5CYQA 3LZIA 5J2QA 1NK7A 1NK4A 3HT3A 4E7IA 1RT5A 3O3GA 4FJXA 4FJ7A 4QOZB 3DLGA 4FJMA 3B6PA 1O1WA 4OPKA 1S6QA 3TAFA 4FXDA 1VK0A 1RT2A 4IKFA 4FJGA 3VA0A 1B92A 2ATQA 3O4NA 4IG0A 1RDDA 3ZT3A 3S9HA 3SJJA 1TK5A 4L8RB 2F8TA 2HHTA 1HYVA 1YT3A 1L3TA 3WNFA 3L2VA 3F9KA 4FM1A 4EZ6A 4CJEA 4N41A 3KLGA 3KK3A 3MXIA 4FYDA 2HW3A 5KTQA 1UWBA 4ELVA 4CIEA 1EX4A 3A2FA 2X78A 3DLEA 4EZ9A 4CGIA 4KPYA 1HNIA 3QETA 4NCBA 2F8SA 5JS1A 1HYSA 4CHNA 3AO3A 2FBTA 4DS4A 1FKOA 1RTJA 2ZE2A 2OPQA 1YVUA 4IDKA 3MEDA 4CERA 4DTXA 3SPZA 3ITHA 1YTAA 4DTPA 3V9XA 1S1VA 1IO2A 1ITGA 3ZSQA 4HUGA 4FW2A 4DFKA 1X1PA 4B8AB 4N5SA 1WSGA 5EU7A 3HSTB 1HPZA 4I7FA 3ZT2A 1R0AA 1NK0A 4Z4FA 1ZBHA 4C8KA 4OGEA 3AVGA 3L2QA 3ZSOA 4CEBA 3OYEA 2W42A 4B08A 4CGHA 4Z4IA 2KFNA 2KTQA 1YTUA 1C1BA 2HHWA 4IFVA 1CZBA 1LWEA 5KRSA 4Q5VA 5E41A 4HUFA 1A5XA 3MEGA 3NHGA 4CGJA 3V4IA 2HHSA 3OYIA 1S9GA 2IGIA 1BI4B 2HNYA 2JGUA 3DOKA 4MFBA 5HRRA 1I39A 1TK8A 5D3GA 3JYTA 2QK9A 4C8NA 3V9UA 4DFMA 1JLBA 2YKMA 4M45A 4M3XA 4F3OA 4F3TA 4W5QA 1F21A 1S5JA 2HVIA 1RILA 4QCLA 3HVTA 4AHRA 3ZSRA 4CJKA 4EP5A 3U3GA 2B4JA 1NJZA 3KLIA 4CJWA 3NE6A 3KK2A 4OJRA 3S3OA 1KLNA 4H4OA 3U3YA 1NOYA 1SKSA 3SQ1A 1W9HA 3RR8A 4J2BA 2HHUA 4FJNA 1WSFA 2I5JA 4PY5A 4M3YA 4AHTA 4PWDA 1IKWA 4KREA 1ZBUA 1FK9A 2E6LA 4CIGA 1L5UA 3SQ4A 4CE9A 4FK4A 1RTHA 3MEEA 4RW6A 2HNDA 2WOMA 1ZBLA 3V9WA 3O3HA 3S3MA 1TKZA 5KGWA 3VQDA 2IAJA 4G1QA 2IOCA 3SUQA 1U48A 1XC9A 3TAQA 3HXMA 3TARA 4AHCA 3OYFA 4CHZA 3THVA 3AO2A 4ID1A 3C6UA 3LPUA 1WSEA 3K5OA 3HYFA 2PY5A 1DLOA 1NJXA 4CJUA 3QNOA 2GUIA 3NH0A 3KJVA 3EY1A 4HUEA 4KI6A 3QO9A 3L3UA 3IAYA 2QXFA 1T05A 4KB1A 4CCHA 3AVLA 3OYAA 3OYDA 1FKPA 4FCYA 1S1WA 4B9UA 1HYZA 3L2UA 2DFHA 4KHWA 4CIFA 4NYFA 2LSNA 4CJ3A 1T03A 1RNHA 3VQ9A 4CJVA 1S1UA 3QEXA 4DLGA 1Q9YA 3NAEA 3QNNA 3AA3A 3WNEA 3NH1A 3BDPA 4C8LA 1VSDA 1D5AA 2VWJA 4B9LA 2P51A 2X74A 3AO5A 4K8ZA 3RMCA 1BIZA 3K57A 1JLCA 2FBXA 3LWLA 4PA1A 1J9AA 4OVLA 3RRGA 4N76A 4E0DA 3PY8A 4KHQA 4OKKA 4KO0A 2OPSA 4HTUA 3PX0A 3QERA 1WSIA 2RF2A 3ISNC 3SV3A 2HB5A 3ZT4A 4DSJA 3HL8A 3LZJA 3ALYA 3M8RA 3HM9A 3MXMA 4BWJA 3V1OA 4R5PA 1IKVA 2JLEA 3OS2A 4FK0A 3ZT1A 1S6PA 4CHOA 1NKBA 1LWFA 1RDAA 2F96A 1ASWA 2IDOA 2YHAA 1WSJA 4AHSA 1N5YA 1XWLA 4IG3A 4C8OA 4E3SA 3WNHA 1LW2A 1TVRA 3VQ6A 4J2EA 4FJ5A 1RTDA 1JLAA 1W0HA 2E6MA 4YNQA 4ZTFA 1TV6A 3ASMA 3HPGA 3TABA 3ZCMA 4M3WA 3LANA 1SKRA 4CF8A 4PQUA 3VQAA 4DF8A 4CJLA 3M8SA 1QHTA 4DQRA 4ICLA 4CJ4A 4DTRA 3K2PA 3M8QA 3T19A 1BIUA 4E1MA 3VQBA 5KGXA 3V81A 1RDCA 1VSHA 3RMAA 3NF9A 4CGFA 5I42A 4F2SA 4JLHA 4CEDA 4DG1A 1Z26A 4DSFA 4EP4A 2Y1JA 3TI0A 4CGGA 1RTIA 3JSMA 2G8KA 2G8WA 2A1RA 1TAUA 4BDZA 4CF2A 3AVNA 1RBRA 2Q3SA 4M3TA 4ID5A 4CHQA 5JS2A 1REVA 1S1TA 3RRHA 1EXQA 3O3FA 2OPPA 3HPHA 5FROA 1SL0A 3AA2A 4M42A 3L3VA 4K8XA 2AJQA 1NJWA 3OYLA 2G8FA 1RT4A 2DTUA 3T1AA 3TAEA 2Y1IA 4FJHA 2HHVA 4KV8A 3DRSA 2ZD1A 5DK5A 4AHUA 1DTQA 4HHTA 1Q8IA 1D9FA 2YV0X 1C1AA 5C42A 3L2WA 3QEIA 4FLYA 2RPIA 1LWCA 2D0CA 4RG8A 2HVHA 1RBSA 2ITGA 4MQ3A 5KI6A 4DF4A 4E89A 1U47A 3ZSYA 3NH2A 1I3AA 3VQ4A 2KW4A 3HJFA 4ELTA 2PYLA 3OVNA 4BE2A 1BHLA 4N47A 3LP2A 4W5TA 3V1RA 3OY9A 3K59A 4DQQA 2VG7A 4OPJA 4O44A 3RMBA 3UIQA 4NCAA 1WAFA 5J2MA 1VSLA 3LAMA 3CG7A 4FZYA 3O4QA 3P83D 1JKHA 1SL1A 3NF6A 2X6NA 3LP1A 5CZ2A 4DU1A 1U49A 3RR7A 1TAQA 3CFOA 4KTZA 4CFCA 3QEPA 3MECA 4Z0UA 1JXBA 1HRHA 1C0MA 4KFBA 1C1CA 3VQEA 1RBUA 4BE1A 4CECA 3LWMA 4Z4CA 5SZTA 2HNZA 3PV8A 5CYMA 1QSLA 4FLZA 4I9LA 3L8BA 3MXJA 3L2RA 4FLUA 1XHZA 1ASUA 3G0ZA 4OGCA 4DTUA 1ZBFA 3NCIA 2YNIA 1LAVA 3HO1A 1NOZA 1DTTA 3VA3A 4CGDA 3TAGA 2VG5A 3IRXA 4OLAA 3NBPA 1NJYA 4B9VA 3RTVA 2QKKA 3OYBA 3DRPA 2E4LA 1WSHA 4HVJA 4E7LA 3KD5E 3ZT0A 3PO4A 4OLBA 2Z1GA 4DQSA 3AO1A 4XIUA 3TWHA 4FJLA 2XO7A 3P1GA 3SQ0A 1U04A 1VSMA 4NCGA 4GVMA 1X9WA 4F8RA 4F2RA 2Z1HA 1TL1A 3LALA 3SQ2A 5T7BA 4DTNA 1X9MA 3SNNA 3SUPA 2P5OA 4FJJA 1IKYA 4CEFA 3PUFA 4CJSA 4BACA 3QEWA 2PYJA 1BCOA 3BGRA 4H8KA 1BQMA 1JLGA 5SWMA 4KKOA 2BDPA 1HQUA 1GOCA 4CEAA 3V9SA 4CF9A 4FZZA 1TGOA 2WONA 1NK6A 2X6SA 1D9DA 4KHYA 3OJUA 1CLQA 4FLTA 4DWIA 1T8EA 1CXUA 3SYZA 5HROA 1UAXA 3K5LA 1N6QA 2G8UA 3CYMA 1VSEA 3OYNA 4FM2A 3DLKA 1J5OA 3SI6A 4ZTJA 4BDPA 1G15A 1KLMA 3OS0A 4O55A 1VRUA 2OZMA 2XRIA 1Q9XA 4LY7A 5DMRA 3VQCA 4KI4A 4RW9A 4CEOA 3OS1A 3K5MA 5CZ1A 2YNGA 4WE1A 3QESA 4DSIA 3B6OA 2BGGA 4CJFA 1NK8A 1SUQA 3F73A 1BISA 4FVMA 3VQPA 3ZSXA 4W5RA 2OYQA 3KLEA 3QINA 4DFPA 3FFIA 5J2NA 1XHXA 4CK1A 2FBYA 2GV9A 1RT1A 1WNSA 2DFEA 4OKEA 4O0JA 4M41A 4DMNA 4JS4A 3I8DA 5J2PA 5HRNA 5HLFA 2Z1IA 1NK9A 1ASVA 1UOCA 3DOLA 2OA8A 4Z4GA 2HHQA 4CFDA 3HK2A 4E7HA 3SZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BUZB 1KRPA 5DM6L 1JLFA 3FZHA 2GEMA 3E01A 4KTQA 2HBKA 2DFFA 1VSIA 5AZJB 1QS4A 1YHQN 3V9ZA 3AVKA 1HUXA 3BF1A 1HKGA 5AQKA 4B9TA 4TSXA 1W2BM 1NGBA 2NUBA 3VEYA 3GG4A 2P9PB 3H6EA 5IWAK 1KAYA 5C10A 3CCJN 4FJKA 4CJRA 3KLFA 4BC4A 1SKWA 4FO0A 4JKCA 4BDYA 1X9SA 4Y1DA 4JS5A 3AY9A 4IFEA 3DI6A 1QQMA 1RT3A 3UB5A 1LV5A 1NNEA 5C0YA 1HX1A 2QTDA 2FBVA 1BA0A 4IFYA 1A5WA 4B1YB 4HCCA 4H4MA 3C7NB 2HMIA 3DLLL 2QEXN 2FSJA 2BANA 4BR4A 3MN5A 3CM5A 2FC0A 3R8EA 3ZSWA 5AQRA 3A5MC 2BTFA 2V52B 2Z1JA 2QWNA 5E84A 3OA9A 3SCXA 3CM6A 1JCGA 5ELZA 1TKXA 3K58A 4GW6A 1DT9A 4JRQA 3VTIA 3PLAA 3DM2A 3OYGA 4J8FA 1O13A 2DPNA 1IJJA 2ZJQL 3AGKA 5BR9A 3TR8A 2D0BA 3CJ9A 4CHYA 4B3OA 4X65K 4BREA 4DLEA 1JLQA 4FLXA 4DQPA 3AARA 3CCQN 2WBNA 3ZX3A 5KPTA 3AVAA 1WLJA 2W40A 3K9KA 5AFUH 3CJ1A 4CJPA 4O5BA 1TK0A 3ZSZA 1BU6O 1QSYA 1CZAN 4AHVA 4RCHA 4JK7A 3CIPA 3R1XA 5CY4A 4ILGB 1Y97A 3TAPA 4FWKA 1RCHA 2CGJA 3AA4A 3OYMA 2QA4N 1LAWA 4LSNA 1S9EA 4FW1A 3S3NA 2WUSA 5C12A 4AM6A 1Q82O 1TYQB 5AQZA 3WQTA 3KKSA 3D6RA 1GLBG 4CJ7A 3LAKA 1Q86O 1FXXA 2YX6A 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 3V9S A;  4CF9 A;  4FZZ A;  1TGO A;  2WON A;  1NK6 A;  2X6S A;  1D9D A;  4KHY A;  3OJU A;  1CLQ A;  4FLT A;  4DWI A;  1T8E A;  1CXU A;  3SYZ A;  5HRO A;  1UAX A;  3K5L A;  1N6Q A;  2G8U A;  3CYM A;  1VSE A;  3OYN A;  4FM2 A;  3DLK A;  1J5O A;  3SI6 A;  4ZTJ A;  4BDP A;  1G15 A;  1KLM A;  3OS0 A;  4O55 A;  1VRU A;  2OZM A;  2XRI A;  1Q9X A;  4LY7 A;  5DMR A;  3VQC A;  4KI4 A;  4RW9 A;  4CEO A;  3OS1 A;  3K5M A;  5CZ1 A;  2YNG A;  4WE1 A;  3QES A;  4DSI A;  3B6O A;  2BGG A;  4CJF A;  1NK8 A;  1SUQ A;  3F73 A;  1BIS A;  4FVM A;  3VQP A;  3ZSX A;  4W5R A;  2OYQ A;  3KLE A;  3QIN A;  4DFP A;  3FFI A;  5J2N A;  1XHX A;  4CK1 A;  2FBY A;  2GV9 A;  1RT1 A;  1WNS A;  2DFE A;  4OKE A;  4O0J A;  4M41 A;  4DMN A;  4JS4 A;  3I8D A;  5J2P A;  5HRN A;  5HLF A;  2Z1I A;  1NK9 A;  1ASV A;  1UOC A;  3DOL A;  2OA8 A;  4Z4G A;  2HHQ A;  4CFD A;  3HK2 A;  4E7H A;  3SZ2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3BUZ B;  1KRP A;  5DM6 L;  1JLF A;  3FZH A;  2GEM A;  3E01 A;  4KTQ A;  2HBK A;  2DFF A;  1VSI A;  5AZJ B;  1QS4 A;  1YHQ N;  3V9Z A;  3AVK A;  1HUX A;  3BF1 A;  1HKG A;  5AQK A;  4B9T A;  4TSX A;  1W2B M;  1NGB A;  2NUB A;  3VEY A;  3GG4 A;  2P9P B;  3H6E A;  5IWA K;  1KAY A;  5C10 A;  3CCJ N;  4FJK A;  4CJR A;  3KLF A;  4BC4 A;  1SKW A;  4FO0 A;  4JKC A;  4BDY A;  1X9S A;  4Y1D A;  4JS5 A;  3AY9 A;  4IFE A;  3DI6 A;  1QQM A;  1RT3 A;  3UB5 A;  1LV5 A;  1NNE A;  5C0Y A;  1HX1 A;  2QTD A;  2FBV A;  1BA0 A;  4IFY A;  1A5W A;  4B1Y B;  4HCC A;  4H4M A;  3C7N B;  2HMI A;  3DLL L;  2QEX N;  2FSJ A;  2BAN A;  4BR4 A;  3MN5 A;  3CM5 A;  2FC0 A;  3R8E A;  3ZSW A;  5AQR A;  3A5M C;  2BTF A;  2V52 B;  2Z1J A;  2QWN A;  5E84 A;  3OA9 A;  3SCX A;  3CM6 A;  1JCG A;  5ELZ A;  1TKX A;  3K58 A;  4GW6 A;  1DT9 A;  4JRQ A;  3VTI A;  3PLA A;  3DM2 A;  3OYG A;  4J8F A;  1O13 A;  2DPN A;  1IJJ A;  2ZJQ L;  3AGK A;  5BR9 A;  3TR8 A;  2D0B A;  3CJ9 A;  4CHY A;  4B3O A;  4X65 K;  4BRE A;  4DLE A;  1JLQ A;  4FLX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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