4CEZA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cezA00
3LP0A 1RT3A 2RF2A 2LSNA 5I3UA 1VSIA 2KZZA 4CF8A 3LWMA 3C94A 3V9ZA 4Q5VA 4OGCA 1GOCA 2G8KA 1C0MA 4BDZA 2IGIA 5EU7A 3HVRA 3DRRA 3OJUA 1U04A 1A5WA 4F8RA 1C1BA 4E0DA 3AO5A 5KTQA 3ALYA 3M8PA 4NCBA 4DU1A 3HYFA 3KK3A 1XWLA 4F2RA 4GVMA 4MQ3A 3THVA 4JS4A 1I3AA 4N41A 1HQEA 4HCBA 3QIPA 1U45A 3AVHA 3VQDA 3VQBA 2IC3A 4CJEA 4DQQA 1NJYA 1NKEA 2KW4A 3MECA 2B4JA 4UQGA 2PYLA 3V9UA 4KI6A 3HVTA 4DSFA 1A5VA 1KFDA 2P1JA 3VQPA 1KVAA 1VRTA 3L3VA 1WSIA 4CJLA 4B9NA 2P5OA 3FFIA 4H4OA 1WN7A 3KK2A 3TANA 2G8HA 4OPKA 4FM0A 2HHVA 4BDYA 2F8SA 4AHTA 4BACA 1NK5A 1D8YA 3QO9A 1RTJA 1RT1A 1MU2A 3NDKA 3QEVA 3TI0A 1RBSA 4BWMA 1QQCA 4OKEA 4FJLA 4Z4EA 3LAMA 2OZMA 4M3ZA 5J2PA 1S6PA 3L2UA 1CLQA 2D0AA 3V1OA 4EZ9A 4KB1A 2HNYA 4KTZA 4E1MA 4DWIA 4N56A 4J2BA 2D0CA 1YT3A 4CJ4A 2OPRA 4O0IA 4FLZA 4OLAA 1S9GA 4CJRA 4Z4FA 2AJQA 4M41A 4M3WA 4DS5A 2IOCA 4LY7A 4RW8A 4RG8A 4FZXC 3AVNA 2ATQA 2OA8A 4FZZA 3HPGA 1IKYA 2P51A 3VQ9A 1TAUA 4O5BA 5E41A 3DOLA 2KFNA 1NK8A 3PX6A 1SUQA 1VSFA 1VSKA 1X1PA 4M3RA 3ZSQA 3KLEA 2EHGA 3MXJA 1BL3A 4CJUA 3B6OA 4LH4A 3SV4A 3JSMA 4O55A 2GUIA 3O3HA 3I8DA 2VG6A 4QCLA 2HHWA 2XO7A 3K58A 3SUQA 1VSLA 4B08A 3VQAA 4DTUA 4B9SA 3SYZA 3VQ7A 1FKOA 1UAXA 5HRPA 3OYIA 3ZSOA 5HBMA 3P1GA 2O4GA 4JLHA 4O4GA 3SQ1A 1VSDA 3OS0A 3HXMA 1U48A 3TAEA 2DFFA 4DF8A 3DRPA 1JL2A 4RW9A 5FROA 4OKKA 4AHVA 2HVHA 1UA0A 1VSMA 4FM2A 1L5UA 1DTQA 3MAQA 4CK1A 3KTQA 4AH9A 3LANA 5HRNA 3BDPA 4FCYA 3PUFA 4ZTFA 4Y1CA 3IAYA 2HHXA 2WOMA 3SJJA 3TAQA 3K5LA 3KKSA 1YTAA 2KTQA 1GOBA 3NCIA 4C8OA 4CJ5A 3TAMA 2R7YA 3SV3A 3RMCA 4ZTJA 4DG1A 1KRPA 4B9UA 3NF6A 1IKWA 1RT4A 3VA0A 1EXQA 4N5SA 1T8EA 2HNZA 4KHWA 4I2QA 3D45A 3RRHA 3QINA 1JLBA 1J9AA 1GOAA 3OYJA 4OJRA 4DS4A 3KLIA 3KJVA 2Y1IA 2JLEA 1N6QA 1JXEA 1RT5A 4M42A 1EKEA 4CGGA 3HO1A 1BISA 4CHZA 3BGRA 2E6LA 1RBUA 1RCHA 4CFBA 1Y97A 3DLKA 3T19A 1HYVA 5KI6A 4FJXA 2QKKA 2VG7A 4LSNA 4KHQA 4PQUA 2FC0A 3RMAA 1B92A 3MEEA 3L2WA 4IFYA 3DOKA 3KK1A 4Z4IA 4XIUA 4O44A 4LD0A 1U4BA 1FKPA 4CEFA 4CIFA 4YNQA 3OYCA 4JRQA 3AA4A 4KREA 2DTUA 4W5RA 1CXUA 1KTQA 3K2PA 3NH2A 1B9FA 4FJMA 3LPTA 1TL3A 4KHSA 1JLAA 3HT3A 1L3VA 1CZ9A 2YNIA 1C6VA 1DLOA 2E6MA 4DQRA 1NJXA 1WAJA 2HW3A 2DY4A 4ID5A 4CECA 1KVBA 3DYAA 1TK5A 2Z1GA 3V9WA 2ZD1A 4BE2A 4DFKA 2HHUA 4B9TA 3ZT1A 4CF1A 4C8MA 1JKHA 2VWJA 4CCHA 1JLGA 3U6FA 4CJPA 1WSJA 3O3GA 4DTOA 3OYLA 1D5AA 3OYDA 1LV5A 4CEEA 2XY7A 4IDKA 4Y1DA 2BANA 2F96A 3B6PA 1C1CA 3OS2A 2YKMA 3AA5X 1HNIA 4WE1A 5KGWA 1NOYA 4F3OA 2BGGA 3V4IA 3HK2A 3WNGA 4FJGA 4F3TA 3P83D 1SKRA 4KB0A 2O4IA 1VRUA 3ZSVA 4ID1A 5CZ2A 4CEQA 1BGXT 4EP4A 3SPYA 4HUFA 1SL2A 2HNDA 4CGIA 3VN5A 4CEZA 3L2RA 3NHGA 4M3UA 1NKCA 4CHOA 1IKVA 1CZBA 3LAKA 3VQCA 3OYMA 3V6DA 1WSHA 2DFHA 3LZJA 4FLTA 2OYQA 2KFZA 4CJVA 3SQ2A 4B9LA 1K6YA 3C6UA 4FJKA 4FJ8A 3HPOA 4FJ5A 1SKWA 5T7BA 4BDPA 3KLGA 3PO4A 1TV6A 1C0UA 1WSEA 2YHAA 3NGZA 3AO2A 4FJNA 3KIOA 2HHTA 1L3TA 2QK9A 4KI4A 2OPQA 5C25A 3LP3A 4HVJA 1BIZA 1XHXA 5CYQA 4CK2A 4CJSA 3VA3A 1JLFA 3EYZA 1ZBIA 2ETJA 3OYAA 3D0PA 1CXQA 4IG0A 4BWJA 3HM9A 3VQQA 2IDOA 4E1NA 2G8VA 1S9EA 3KLFA 3C95A 4W5OA 2Z1JA 1D9FA 2Z1HA 4FXDA 1C0TA 4DFMA 3QEPA 2X6SA 5C42A 1RTDA 3U3YA 3O4QA 1X9MA 1W0HA 3ZSYA 1HRHA 1BIUA 3RMDA 1N5YA 4M45A 1NJWA 3L2VA 4KFBA 1QSLA 4Z4GA 4KO0A 3LALA 4CF2A 1EX4A 3VQ4A 1ZBUA 2E4LA 4RW4A 3L8BA 2Y1JA 1R0AA 1Q9XA 4F2SA 4DTJA 5FDLA 4FLUA 1T03A 2HHSA 2FBVA 1SL0A 3LZIA 1F21A 4N76A 3I0RA 3TARA 4KHUA 3MEGA 1QTMA 3TR8A 4LSLA 2G8WA 3MXMA 3K5MA 2ITGA 3AVKA 2HHQA 4CGFA 3QESA 3M8SA 1TKXA 4CJ3A 4C8KA 1NK0A 1IO2A 4FLYA 4KHNA 4Z4CA 3NE6A 4FJ7A 1VSJA 1WSFA 4GMJB 4I2PA 1TK0A 4FK2A 1LW0A 4K8ZA 1TL1A 3SUPA 4FJJA 3SI6A 1A5XA 1HJRA 4IG3A 4CHNA 4DFPA 5J2NA 4CHYA 3CYMA 4CJWA 3AVFA 1XHZA 4KTWA 1X9WA 4L8RB 1SV5A 3WNHA 3DLEA 3RWUA 3OVNA 1UWBA 3NGIA 4ICLA 1D9DA 2NUBA 3NF8A 3IS9A 4QAGA 4CIGA 5K14A 3S9HA 3PX4A 2HMIA 3ZSRA 4R5PA 4FLVA 4OLBA 1IKXA 1C1AA 1XI1A 4E19A 3IRXA 4NYNA 2A1RA 3KD1E 1J53A 1KCFA 4E7IA 3SQ0A 1LWCA 2RPIA 3O3FA 3IG1A 1S6QA 1WSGA 4DF4A 3F73A 1WLJA 1HPZA 1NK7A 5J2QA 1QE1A 4CIEA 1WAFA 3CFRA 3PO5A 3LPUA 1RT6A 4ELTA 1RDAA 4LH5A 3NAEA 4CHPA 4CF9A 1KSPA 1UA1A 1JL1A 1G15A 4CFCA 2Q3SA 3DI6A 4N47A 4AHRA 1LWFA 4B8CA 4PUOA 1S1UA 2PYJA 3VQ6A 3AVMA 4OVLA 4HUGA 4CFAA 3MXIA 1JLEA 1Q9YA 1TVRA 3TAPA 1ZYQA 3HP6A 2IS3A 4BE0A 4B9MA 3MEDA 3AVJA 4DSLA 4FK0A 4HTUA 2BE2A 4J2EA 1KVCA 3QEIA 2QKBA 4CJFA 3QERA 4QOZB 5DMRA 2XHBA 1QSYA 3HSTB 1QSSA 1SL1A 3RRGA 4DTMA 3KD5E 1RDCA 4E7JA 3AVBA 3CFOA 3QLHA 4ZHRA 1Z26A 3OYKA 4JS5A 3ZSZA 3ULDA 1Q8IA 4DSEA 1FXXA 3I0SA 3OYEA 3OJSA 3M8QA 3K5NA 3NH1A 3K5OA 5DK5A 3SQ4A 3QETA 4E3SA 3HL8A 5JS2A 3G0ZA 4KV8A 3DLHA 4FJHA 5SZTA 5KRTA 3OYNA 1NK4A 4CGJA 1BCMA 1ZBHA 3VQEA 4I9QA 4H4MA 4KTQA 2HB5A 3V1RA 1NJZA 3SPZA 4W5NA 1S1TA 3PX0A 3TWHA 2XRIA 4HCCA 4FJIA 3CFPA 4W5QA 3S3OA 5JS1A 4DU3A 3PV8A 1SKSA 3DLRA 3NH0A 3DMJA 2YHBA 1UOCA 3QEXA 1NKBA 3AVCA 3AO3A 3H08A 3V9SA 3AVGA 4C8LA 4FW1A 1RILA 3C6TA 2PZSA 3DRSA 4OGEA 4RW6A 4CEOA 4CJTA 3SCXA 2B5JA 4CGDA 1X9SA 1KLNA 4AHCA 1U49A 2XY8A 4IBNA 1IH7A 1S1VA 3AA2A 2D0BA 3LWLA 4CGHA 5KRSA 4DLEA 4B3OA 2YKNA 3P5JA 4CEBA 2OPSA 1ASUA 2A1SA 1JLCA 1LAVA 1HNVA 1RBVA 2X6NA 3LP1A 4CFDA 1NK9A 4FYDA 2BDPA 2VG5A 4CE9A 4E7HA 1HMVA 3ZCMA 5J2MA 3ZSXA 3QEWA 3HPHA 5HRRA 3VQ5A 4CK3A 1I39A 4IKFA 3KKRA 3LP2A 1IG9A 3G10A 1HYZA 3O4NA 3WNEA 2DFEA 4B8AB 5J1EA 3EY1A 3ASMA 2KQ2A 1DTTA 3AV9A 3AVAA 4PWDA 1BHLA 4I7FA 3OYGA 3OS1A 3V81A 1RDDA 4FK4A 1TGOA 2Z1IA 4DFJA 4OPJA 1NOZA 4AHSA 1Z25A 1TKTA 1BCOA 4KRFA 1RDBA 1S1XA 4FVMA 4FLWA 3WNFA 4W5TA 2P5GA 2G8FA 5FRNA 2FBYA 4CJQA 5HRSA 3NFAA 2OPPA 1T7PA 4CHQA 5CY4A 3DLBA 2X78A 1VSEA 1BI4B 1HYSA 1B9DA 1TAQA 2YNHA 2XY6A 5FRMA 4E89A 1EP4A 3LDSA 3K57A 1JLQA 4ELUA 3L3UA 3ZT3A 4C8NA 4IFVA 4H8KA 2IAJA 1EETA 1JXBA 2G8IA 1ZBLA 4Z4HA 3NBPA 4DQIA 4M3YA 1XC9A 1RT2A 3KLHA 2ZQBA 4KPYA 4PY5A 4DTRA 2I5JA 1BI4A 4OKJA 3RTVA 3TAFA 4DSKA 1VK0A 4B9VA 3RMBA 4DTSA 4HHTA 3V9XA 3SNNA 2OZSA 4KHYA 2RKIA 4E7LA 4I9LA 4DLGA 2YNFA 4Z0UA 4BE1A 4K8XA 4Q0BA 4DQSA 2XY5A 3S3MA 3RR8A 3A2FA 3AO1A 2VWKA 4MFBA 4PA1A 4NCGA 4NCAA 4DTNA 1YTUA 1TKDA 5D3GA 2F8TA 3DM2A 1ZBFA 3CM5A 1RT7A 3EZ5A 2QXFA 4FM1A 2RN2A 2FBXA 5HLFA 2HVIA 2KZMA 4YFUA 3F9KA 3M8RA 4G1QA 1TK8A 1J54A 4FW2A 4RW7A 3TAGA 1YVUA 3T3FA 4EZ6A 1TKZA 4ELVA 5C24A 3AVLA 3NF9A 3HJFA 2FBTA 1BQMA 4M3XA 2WONA 1RBRA 3AA3A 3ZT0A 3V1QA 1LW2A 3QNOA 1L3UA 4J2DA 3OYHA 3NGYA 4KKOA 2W42A 4JRPA 4FJ9A 4GW6A 4FZYA 3ZT4A 3OYFA 2GV9A 4CERA 5HROA 4FLXA 3AVIA 1BQNA 2YV0X 4CJKA 5SWMA 4DU4A 1ITGA 1FK9A 1REVA 4CEAA 3L2QA 3NF7A 4CF0A 3CQ8A 3HP9A 3CM6A 1QHTA 2GBZA 1KFSA 4DSJA 4E7KA 1LAWA 2G8UA 3UIQA 3RR7A 5CZ1A 2B6AA 3JYTA 2JGUA 1LWEA 1S5JA 2ZE2A 3CG7A 3S3NA 4CESA 3OYBA 3DLGA 2PY5A 4O0JA 4TSXA 3TABA 1QS4A 4DSIA 1ASWA 4F4KA 3SUNA 3U3GA 1RTHA 3QIOA 1RBTA 1O1WA 4J2AA 1RTIA 1J5OA 4HUEA 4AILC 4DTXA 4NYFA 4KAZA 2EX3A 4EP5A 3AO4A 2YNGA 3ISNC 1RNHA 1VSHA 1W9HA 4AHUA 1KLMA 3QNNA 4DMNA 3K59A 3ZT2A 4DTPA 1U47A 5I42A 5CYMA 4CEDA 3ITHA 1WNSA 2X74A 5KGXA 3ZSWA 3T1AA 1T05A 4DQPA 1S1WA 3OY9A 3E01A 1ASVA 5HP1A 1NK6A 2D5RA 3PY8A 3SUOA 4M3TA 3SZ2A 3VQ8A 1L3SA 1HQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LP0A 3CJ9A 2KZZA 4CF8A 3BZCA 4DQ8A 4DV3K 3V9ZA 3UE5A 1GOCA 2NNWA 1C0MA 5LJVA 4WYBA 3DAWA 4WCEL 1XQSC 4F8RA 4E0DA 3CF5L 3ALYA 3HYFA 4YOWA 5GADP 4GVMA 1WBBA 2CH6A 5GIOA 1NJIO 4GV9A 5JMVA 1HQEA 3C6AA 4KH5A 1NJYA 3VQBA 3HSCA 3R3LA 4NXNK 3MECA 4WQ5A 4KI6A 1A5VA 1KFDA 3QB0A 1H1VA 1KVAA 1VRTA 3L3VA 4H4OA 3KK2A 4FM0A 2HHVA 1IBLK 3H1QA 2F8SA 4BACA 1NK5A 3BZKA 1D8YA 3CCLN 2HOEA 3LAMA 5J2PA 2FXUA 4KB1A 3FLCO 2A40A 4DWIA 4CJ4A 2OPRA 4GVEA 1OVQA 3VGKA 3IDHA 4CJRA 2WTUA 5C15A 4LY7A 4B3TK 2JWKA 5AQVA 4LF6K 1EO1A 2H3GX 5AQFA 1N32K 4JV5K 1SUQA 3KLEA 4H5NA 3SV4A 1BL3A 4JN4A 3NVMA 4O55A 2P9KB 3K0SA 3K58A 3SUQA 4B08A 3VQAA 2VQFK 3SYZA 3QDKA 1FKOA 3ZSOA 2PAVA 3GDQA 2W6KA 2O4GA 3HXMA 5C0YA 4QS8A 3TAEA 1YUWA 5FROA 2CGLA 3VGMA 2HVHA 2P9KA 4CD3A 1VSMA 1DTQA 2CGJA 4CK1A 1ZC6A 4AH9A 5HRNA 2UU9K 4BGBA 2WOMA 4DV2K 5JLFA 4JI7K 3NCIA 4CJ5A 4DV5K 3UKUA 4JI4K 4WQ5C 1EXQA 4N5SA 2HNZA 4I2QA 4CZFA 1JLBA 2ZWHA 3OYJA 4WFAL 1JXEA 1RT5A 1QVGM 3VEWA 4CGGA 1NWKA 3U9ZA 3CCUN 2UXBK 4BR2A 4CHZA 3BGRA 1RBUA 3DLKA 4FJXA 2VG7A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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