4CF0A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf0A00
3G10A 3C94A 3DLBA 4DMNA 3LP0A 4B9LA 2HW3A 3AO5A 2YHAA 1NK6A 3NE6A 3DLEA 4Z4FA 4DTOA 2IDOA 4EZ6A 4UQGA 2XHBA 3EZ5A 5HLFA 2QKKA 4J2AA 3VQ8A 3SUQA 4B8AB 1TK8A 1ASVA 4RW6A 4I2PA 1C0UA 3OYKA 1QTMA 1IKWA 4YNQA 3OY9A 3RRGA 4M45A 3KK2A 3V9XA 3HK2A 1RT7A 3SI6A 1KLMA 4F2RA 1RTJA 1BHLA 3PX6A 4L8RB 3V6DA 3ZT3A 3VQBA 3NGZA 4E0DA 3DM2A 1NK4A 1RBRA 1SKWA 5K14A 1NK0A 2VWJA 4CHOA 4CJLA 3S3OA 4CECA 3NGIA 4FLXA 3HPGA 1NJXA 3OYNA 3IG1A 3QINA 5KGXA 3QERA 4BWMA 3ZT1A 3OJSA 2G8UA 1S5JA 3VA3A 3TAEA 4BACA 1U04A 1JLFA 4FJMA 3EY1A 3VQ4A 4RG8A 3MEGA 4CJSA 3VQPA 4FLYA 4CHQA 3S3NA 3KD1E 4LSLA 2OA8A 1SKSA 3AVHA 4GW6A 4LH5A 4O0JA 4CFDA 1NOZA 1BI4B 3NBPA 1LAVA 1RBVA 1LWEA 5HROA 4JS5A 4ZHRA 4DTMA 3CFRA 1IH7A 2W42A 3IAYA 1D5AA 3O3HA 4E7KA 3AVGA 3AVMA 3VA0A 4E7JA 1RT4A 4CEAA 1TKZA 3LPTA 4B9UA 1KLNA 4DSJA 4KTQA 4PUOA 4AHRA 1U4BA 3OYGA 4AHUA 4M3TA 3VQDA 1HYZA 4CJRA 1VSLA 3OYBA 2ZE2A 3KK1A 1SL1A 4KI6A 3V9SA 1XWLA 2JGUA 4ICLA 5FDLA 4CJQA 1LAWA 3QNNA 1NJZA 3HM9A 3C6UA 4LH4A 4CJVA 4MFBA 3ZSWA 3MECA 3DI6A 4CGIA 3OS0A 3RMBA 4DWIA 2P5OA 4CGGA 3LZJA 2KFNA 2ZQBA 4CEBA 1RT3A 4R5PA 4CIFA 3OYHA 3VQ7A 2O4GA 3L2UA 4FM0A 4E7IA 4N76A 3MXJA 2HB5A 3NF6A 5FROA 3DYAA 4HUEA 1JL1A 1LV5A 4KB1A 4OLBA 2HNYA 2QK9A 4QOZB 4CHZA 3KLEA 3T19A 1NOYA 2F8TA 3PY8A 4KREA 4PA1A 2D0CA 1NK7A 3M8SA 1MU2A 3AVNA 1BQMA 1TAQA 4HVJA 4FLTA 3PX0A 3SCXA 1ZBHA 2QXFA 3SZ2A 1O1WA 3NH2A 3SQ4A 3RR8A 4N56A 4Z4HA 1KVBA 1QQCA 3RR7A 4IG0A 2G8VA 4CIEA 4E1NA 4BE0A 1WSGA 1TKDA 4KAZA 3PO5A 2GV9A 1U45A 1LW2A 4FJLA 3KIOA 5C24A 3AVFA 3AA3A 2HHSA 3D45A 4FZYA 1IKYA 4AHVA 3AO3A 1J53A 1EKEA 1FKPA 4DSEA 1RTIA 4CJ4A 4Z4GA 3OYIA 3NF7A 3OYMA 1SV5A 3L3UA 1UA1A 3SPZA 1NK5A 3WNFA 2G8HA 4RW7A 1IO2A 3NH0A 5E41A 2X74A 5J2QA 3SQ1A 4FJKA 1TK0A 1TK5A 1JXEA 1BQNA 1ASUA 4CEFA 4IG3A 4BWJA 3V9WA 3HP6A 4ID5A 4B08A 1WN7A 3QO9A 2D0AA 2ITGA 4CE9A 5T7BA 4JRQA 5SZTA 3THVA 2G8WA 1RDBA 2HHWA 1SKRA 3ULDA 2X6NA 4CEEA 3DRSA 3VQAA 3CG7A 2KTQA 1TVRA 4LY7A 1YTUA 1HRHA 4CGFA 3NGYA 2DFFA 1S6PA 4C8LA 5JS2A 3ZCMA 4B9SA 4DSLA 1J54A 2OPPA 3O3FA 4DTJA 1L3UA 1X9MA 1JL2A 5FRMA 4Z4EA 2E4LA 5KI6A 3HVRA 4CHPA 2RF2A 1QSYA 4AH9A 1LWFA 2D0BA 2X6SA 4E7LA 4CERA 4CJWA 3NDKA 5C25A 1Y97A 4CF9A 3QEIA 1Z25A 1CZ9A 4FK0A 4M3ZA 3AA2A 4DQPA 4FK4A 4FM2A 1WSEA 4DG1A 4CIGA 1SL2A 4DF8A 4RW8A 1L3TA 1NK9A 4IDKA 4H4MA 4MQ3A 4W5QA 1I3AA 1VSDA 2YNHA 4GVMA 2IAJA 4I2QA 1VSIA 4FJ7A 2DTUA 3SQ0A 2KQ2A 1QE1A 1EP4A 5CY4A 3DLKA 4OKEA 3AVLA 4OKKA 3TWHA 4OLAA 4Z4CA 3PO4A 5HRPA 2KFZA 1HJRA 3DOLA 4I9LA 2YNFA 5KGWA 3K5NA 4FZXC 2B6AA 3AVKA 4AHCA 1Q9YA 4CJPA 1RBTA 4DF4A 3RMDA 4ELTA 3RMAA 3TABA 1VSJA 2KW4A 3DLHA 1A5WA 2A1SA 1VSEA 1IG9A 1KVAA 1YT3A 2P1JA 3KLHA 1BIZA 3K5MA 1TV6A 1Z26A 3LZIA 4DLEA 4DQSA 4KPYA 1RTDA 3O4QA 4KV8A 4E7HA 1DTQA 1JLQA 4LD0A 1T7PA 2HMIA 2Z1JA 2ZD1A 3AO1A 3ITHA 3KD5E 2HHVA 4FLUA 5KRTA 4N41A 3ZSRA 3HJFA 4B9VA 4GMJB 1JKHA 3HP9A 1BCOA 4TSXA 1XHZA 3L2VA 3LDSA 1C1CA 4ZTJA 3ISNC 3TAMA 1K6YA 1NKBA 1IKXA 3RWUA 1WAJA 2D5RA 4NCGA 3HSTB 1WSHA 3T3FA 2VWKA 3DLGA 1XC9A 1WSFA 2DFHA 3QIPA 2PZSA 2HVIA 3I0SA 3LAKA 4DU3A 2Z1IA 3QESA 3RMCA 1DLOA 3VQQA 4DLGA 2HHUA 1FKOA 4OGEA 3QNOA 3HYFA 3VQCA 3VQ5A 2HHTA 3VQEA 4AHSA 1S9GA 4CEZA 4F3OA 4J2BA 1C6VA 3IRXA 2XO7A 1NK8A 1HNVA 3LAMA 1BL3A 1KFDA 2X78A 1WNSA 4CJ3A 3HPOA 4FJIA 2BE2A 4B9TA 4KHNA 4HCBA 3ALYA 2HHQA 1D9DA 3OYJA 3NF9A 1VRTA 3U3GA 3WNGA 4KO0A 4F2SA 4FXDA 2BDPA 1HQUA 2OZSA 1UOCA 5J2MA 2B4JA 4O4GA 1D8YA 3K5OA 1VRUA 1HQEA 4FW1A 2BGGA 4CJTA 4Y1CA 1Q9XA 1ASWA 4M3YA 3AV9A 3SYZA 5KRSA 1R0AA 2G8KA 4LSNA 1BIUA 1VSMA 4B8CA 3KKRA 3TR8A 3PV8A 1RT6A 4OKJA 4FLWA 3BGRA 3S3MA 3V4IA 3TARA 4KB0A 4CJEA 1JLGA 2RPIA 1JLBA 1ZBFA 2Q3SA 3LWLA 4CJ5A 4IKFA 4KFBA 4W5TA 3QEVA 3KLIA 3MAQA 4DTSA 3HL8A 4HUFA 5J2PA 1KTQA 1BGXT 1UA0A 4KRFA 4E89A 2R7YA 1UAXA 3HO1A 3OJUA 4DSIA 4HCCA 4DS5A 2NUBA 1L3SA 1L5UA 2IC3A 3H08A 3MEDA 4HTUA 4DFJA 4B9NA 1DTTA 1WSIA 2G8FA 4OGCA 1KRPA 4M3UA 4DFPA 4J2EA 1D9FA 1G15A 3MXMA 1TGOA 4B9MA 1FXXA 3AA4A 3SQ2A 1EXQA 3PUFA 4KHUA 2B5JA 4DQIA 3NH1A 4BDPA 3O3GA 3LPUA 4RW4A 4BE1A 1GOAA 3I0RA 1J5OA 1C1BA 4NYNA 4BE2A 1A5VA 4Q5VA 2OZMA 1EX4A 1JLAA 4NYFA 1TL1A 1GOBA 4DTNA 1T03A 2HHXA 2IOCA 4PQUA 1U47A 1B9DA 3L2WA 3ZT4A 4H4OA 3VQ9A 2PY5A 5J2NA 3LP1A 3V1RA 2WOMA 3TAGA 4JLHA 4CK1A 2PYLA 4J2DA 4FJ9A 4NCAA 4CJUA 1CXQA 1RDAA 4FLVA 2I5JA 3M8PA 1JXBA 3SV3A 1L3VA 4FJNA 4K8XA 3MXIA 1RT2A 1RT5A 4I9QA 3L3VA 2HVHA 2A1RA 1B9FA 4E19A 4KKOA 1VK0A 3JYTA 4FJ8A 4Z4IA 4FJ5A 3TAQA 4CF8A 1RCHA 3K57A 1EETA 4PWDA 1YTAA 4FLZA 3DRPA 4CFAA 1W0HA 1CXUA 3HVTA 3B6PA 3LP2A 4CJFA 4CJKA 4CK3A 1ZBLA 4DFMA 3QEWA 3HXMA 4CFCA 2YNIA 1TKTA 2XY8A 4CEQA 1KSPA 3M8RA 4CESA 1TAUA 3C6TA 5HRRA 1BISA 1XHXA 3M8QA 1RILA 3G0ZA 3DLRA 2VG6A 2IGIA 4AHTA 2KZMA 3E01A 3P5JA 3QETA 4FZZA 3AA5X 4DTRA 2P51A 1B92A 2RN2A 1S1VA 4N5SA 4CF1A 4KI4A 3JSMA 2FBVA 3SNNA 4H8KA 3SUNA 2OYQA 4K8ZA 3OVNA 5CZ2A 3AO2A 5DMRA 5HRNA 3WNHA 4FK2A 5KTQA 3B6OA 3ZSYA 1RT1A 4FM1A 3CFOA 2Y1IA 4ELUA 3D0PA 3V9ZA 1HYVA 2XY7A 4M3XA 2OPRA 3V1QA 4NCBA 4QAGA 1SL0A 1I39A 3AVAA 3SPYA 1NJWA 3PX4A 1QSLA 4KTWA 4DTXA 3NCIA 4W5NA 3VQ6A 3KK3A 3OYAA 2IS3A 3KTQA 3K5LA 3AVIA 4CF0A 3TI0A 2QKBA 1S1UA 4CGJA 2Z1HA 3K2PA 3QIOA 4M42A 4DFKA 2YKNA 1ZYQA 1U48A 2ETJA 4YFUA 4FJGA 2FBYA 1KCFA 2OPQA 2VG7A 4W5OA 3LANA 3MEEA 4CHYA 1S6QA 4G1QA 4N47A 3HT3A 3AVJA 4OPJA 4HHTA 3QEXA 1X9SA 2JLEA 2WONA 4IFVA 4CGDA 4EP4A 4DTPA 3TANA 2E6MA 3ZSXA 4OJRA 1U49A 3O4NA 1TKXA 4W5RA 3EYZA 2ATQA 1HPZA 3QEPA 4CEOA 3U3YA 2FBXA 4ID1A 1T05A 2GUIA 4BDZA 3L2QA 4DS4A 1YVUA 4KTZA 2XY6A 1NJYA 3HPHA 2FC0A 2YHBA 1WLJA 3CQ8A 1QSSA 4CF2A 3L8BA 3OYCA 3OS1A 1UWBA 4FCYA 4XIUA 1RBUA 3BDPA 1N6QA 2FBTA 5EU7A 2XRIA 1WSJA 4PY5A 3NF8A 4DQRA 3SUOA 4FVMA 3NAEA 1X9WA 4FJJA 3DOKA 1N5YA 4Q0BA 1C0TA 2LSNA 3NFAA 1S1WA 3KKSA 4BDYA 3P83D 5JS1A 3UIQA 4O5BA 4CK2A 3RRHA 4JS4A 1KFSA 5CYQA 3QLHA 3ZSOA 3ZSZA 3DRRA 4CGHA 1RDDA 3OYEA 4CEDA 1RNHA 4EZ9A 4FYDA 3T1AA 2G8IA 2O4IA 4C8NA 2YNGA 2YV0X 3A2FA 1SUQA 5C42A 2F96A 1HYSA 1C1AA 1RDCA 3V81A 4O44A 5I3UA 4KHQA 4C8KA 5D3GA 3KLFA 4O0IA 4Y1DA 2YKMA 4C8OA 1Q8IA 2OPSA 3V1OA 1HMVA 5FRNA 1F21A 2Z1GA 4CHNA 1QHTA 2EHGA 3I8DA 4JRPA 3U6FA 4QCLA 4E1MA 2P5GA 4F8RA 3SUPA 3OYLA 4M3RA 3KJVA 3F73A 4DU1A 4O55A 1BCMA 1RBSA 2BANA 5CYMA 1VSHA 5HRSA 4F4KA 2VG5A 4DSFA 1A5XA 2E6LA 5SWMA 4KHSA 2PYJA 4OPKA 1JLCA 3K58A 4AILC 4DU4A 5DK5A 3ASMA 3LALA 4FJHA 1CLQA 4FJXA 3TAFA 2XY5A 3CM6A 1HNIA 2EX3A 4F3TA 3C95A 1XI1A 4DTUA 3OYFA 1X1PA 4E3SA 1TL3A 5J1EA 5CZ1A 4DSKA 1NKCA 1S1TA 3SV4A 4WE1A 3K59A 3AVBA 5HBMA 3KLGA 4C8MA 3V9UA 3CM5A 5I42A 2Y1JA 1ITGA 1KVCA 2F8SA 1REVA 5HP1A 1WAFA 4M3WA 4EP5A 3TAPA 3RTVA 3P1GA 4IFYA 3LWMA 1QS4A 1VSKA 1RTHA 1VSFA 1GOCA 3IS9A 3L2RA 1NKEA 4DQQA 2HNZA 1LW0A 3F9KA 4Z0UA 3VN5A 3NHGA 1S1XA 1ZBIA 1S9EA 2DFEA 1LWCA 4KHWA 3CFPA 4ELVA 2AJQA 2DY4A 1W9HA 3ZT0A 1JLEA 4KHYA 3AVCA 3DMJA 3FFIA 4IBNA 4M41A 4ZTFA 1J9AA 1BI4A 3ZSVA 1CZBA 2KZZA 1FK9A 3SJJA 1T8EA 2HNDA 3CYMA 3S9HA 1IKVA 4CFBA 4RW9A 1C0MA 2RKIA 3WNEA 3ZT2A 2GBZA 3AO4A 4FW2A 3OS2A 3OYDA 4CCHA 4B3OA 4OVLA 1ZBUA 3LP3A 4I7FA 4HUGA 3ZSQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HW3A 3LP0A 3FZMA 1XQSC 3NE6A 3KHYA 4DTOA 4EZ6A 2QKKA 4J2AA 3VQ8A 4IJAA 1JCEA 1ASVA 4NLCA 3OYKA 4EAHD 3THXB 1IKWA 3OY9A 3V9XA 3KK2A 3HK2A 4JI7K 1KLMA 4L8RB 3EKUA 3SMPA 3FLCO 1Q82O 1NK4A 3G6EN 5K14A 1SAZA 1HNXK 3UKRA 3CCJN 3AAPA 2HHHK 5KGXA 3ZT1A 1S5JA 5ADXH 4FJMA 1IJJA 3EY1A 4CJSA 3KD1E 3VQPA 3O9QA 4JI1K 5AQKA 5LJVA 4NXNK 1FW6A 1T3VA 4DR5K 3WQTA 1RBVA 5HROA 1HKBA 3G25A 1IH7A 2W42A 3ID8A 4E7KA 3AVGA 4DSJA 1KLNA 2Q0RA 1KAXA 1HNWK 1U4BA 4AHUA 5GINA 2O8FB 1SL1A 2O8CA 1K8KA 5FDLA 3H1VX 1NJZA 3DWLA 4AM7A 4C23A 5LMUK 2P5OA 2HSTA 2ZQBA 2V52B 4FM0A 4CIFA 3L2UA 4JKBA 4N76A 3BUZB 1XUPO 2HB5A 3MXJA 1WBBA 3C6AA 3JXUA 2HNYA 1RGIA 2YCHA 3J7ZO 3KLEA 3CPWM 1NK7A 3M8SA 4PKGA 3AVNA 5BPMA 4YOVA 4JK7A 1O1WA 3SQ4A 3MDQA 4YORA 4IG0A 2ZJPL 4E1NA 1TKDA 3PO5A 5FPMA 2UU9K 4FJLA 3AVFA 2E88A 1KQSM 2HHSA 2OCEA 3AO3A 4JI0K 2P9KA 2E2NA 3O80A 4CJ4A 2W40A 1D4XA 3VETA 3L3UA 3QDKA 1NK5A 5BN9A 1IO2A 3NH0A 1DT9A 4FWKA 5DM7L 3SQ1A 4FJKA 4H0OA 4PHTX 1TK5A 1BQNA 3V9WA 1OH7A 3U9DA 2DY4A 4JRQA 2HHWA 3I8BA 3VENA 4BRPA 3ULDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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