4CF2A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf2A00
4IBNA 5J2PA 4FJ8A 2HHXA 3AO2A 3I0SA 3KTQA 4J2DA 1IH7A 1IKXA 3ZSVA 2BANA 2VWKA 3NH2A 3HP6A 2HNZA 3AVFA 4I2QA 1J9AA 4OVLA 1XHXA 1XWLA 4HTUA 4B9SA 3KKSA 1O1WA 3VQ4A 5J2NA 1JKHA 3KD1E 1X9WA 3L2QA 3TAGA 3DLBA 4BDYA 2I5JA 4KTWA 4DS5A 3VN5A 2E6MA 5HRPA 3VQPA 4I7FA 1IKVA 4DU3A 1D9FA 1KFSA 4DMNA 1B92A 4AILC 4KHNA 4KRFA 1IKYA 3O4QA 2VG6A 3V4IA 4CJKA 1U45A 4C8MA 4Q5VA 3AVMA 3HPGA 4IFVA 2RPIA 4CJTA 5C24A 4B3OA 4LSNA 1NK6A 1KVCA 4IFYA 2R7YA 2E6LA 1DTQA 4CJWA 1S1TA 1SL1A 2O4IA 1CLQA 3AVAA 1NK0A 4KAZA 4ZTFA 4GW6A 2DFHA 4OKJA 5CZ1A 4BE1A 4IDKA 2HHTA 3FFIA 1QSYA 1L3UA 4DQSA 3VQEA 3KLEA 1S6QA 3ZCMA 4K8ZA 4NYFA 4CHQA 3HJFA 3H08A 4DFPA 1UOCA 2YHAA 1S6PA 4CHYA 1HQEA 3TAFA 5EU7A 3SUOA 4JS4A 2GBZA 3AO5A 3CG7A 4CERA 1Z26A 4CJ3A 4F3OA 4BE0A 1VSEA 3ZT1A 2HHWA 2OZMA 1CXQA 1D9DA 3LALA 1RBSA 1NJWA 3CM5A 2F8SA 2FBXA 3OYCA 3QIPA 4W5QA 3HK2A 4GVMA 4FJIA 4IKFA 4CEQA 4CJEA 3KK2A 4C8OA 3LDSA 4B9MA 4DFJA 4OLBA 2EHGA 3K5LA 1WLJA 1RBTA 1S9EA 4FLXA 2RF2A 1JXBA 2ITGA 1JLBA 4CJ5A 1KCFA 3V1OA 3ZSQA 1WSHA 1LWCA 1SL0A 4CGFA 3HPHA 4K8XA 4PUOA 2XY5A 1D5AA 4CEAA 5FROA 4CHOA 4E7IA 2KFNA 4DU1A 4CJUA 2A1RA 3AVGA 3QNNA 2DY4A 1Q9YA 3AVNA 3LAKA 3L2WA 1A5XA 2VWJA 5SZTA 4CJLA 3HVTA 4CF9A 2G8IA 1NK8A 3HYFA 2DFFA 1D8YA 4CIFA 3EZ5A 4CE9A 3F9KA 1ZBHA 4M3UA 3QERA 3IRXA 3OYJA 3AVIA 1FKPA 4M3TA 4DTUA 2KTQA 1FXXA 4KB0A 2HHVA 3NF8A 3NHGA 4Z4EA 1C0MA 3OYMA 1VRUA 2IS3A 2IDOA 4FW1A 4CF1A 4DSIA 3DOLA 4J2EA 3D45A 3L3UA 5HRNA 4OJRA 3DOKA 1RBVA 4KTZA 1KVAA 3ZT2A 4PY5A 5HBMA 3ZSRA 4B9TA 3MXMA 1EETA 3AA2A 4OLAA 1HNVA 4CJFA 3LP3A 4DTJA 1C6VA 4M3WA 4M3XA 1N6QA 4CIGA 4IG3A 4HCCA 4FVMA 3T19A 1HPZA 3SQ4A 1RT5A 1ZYQA 3RMBA 4M3ZA 4KB1A 4KHQA 2B5JA 1RDDA 2OYQA 3V9UA 5K14A 3B6PA 1CZ9A 5J1EA 4FLYA 4DQRA 5CZ2A 1W9HA 3QIOA 4OKKA 3AV9A 1REVA 3K59A 3QEXA 4FJ5A 4CJ4A 3NE6A 1U48A 2WOMA 3NGYA 2DTUA 2D5RA 1EX4A 1VSJA 2E4LA 3MEDA 2QKBA 1ASUA 2KFZA 3ITHA 1BIZA 1CZBA 1TV6A 3SUPA 4FJLA 4LH5A 4N56A 2A1SA 3DLRA 3TWHA 1B9FA 1HQUA 2OPSA 1WSJA 3DRPA 3QO9A 3RR8A 3TAEA 3O3HA 2G8VA 1KRPA 4OKEA 3RR7A 1Q8IA 1WSIA 4CEZA 2OZSA 2FC0A 1Y97A 4GMJB 1RT4A 1YTAA 3VQ9A 1TKXA 5KTQA 4DS4A 3SV3A 1BIUA 4N47A 2G8KA 2XHBA 4BACA 3V9SA 4ELTA 4RG8A 1R0AA 1NJXA 2FBTA 1JL2A 4AHVA 4I2PA 4KKOA 4CEBA 3L2VA 2Z1GA 1LWFA 3P83D 4CK2A 4E7KA 3DLHA 3HM9A 4DSJA 1ZBFA 1RTDA 3OYGA 3ZSOA 1JLQA 2FBYA 3RMCA 4TSXA 4DSLA 3SI6A 3UIQA 3SJJA 5HRSA 1VSKA 4O4GA 3PX4A 1YTUA 3HSTB 4PQUA 2GUIA 4RW6A 3CFOA 3V9WA 3KLHA 5KGXA 2NUBA 3MECA 4BE2A 4NYNA 1VSMA 1VK0A 1TAQA 2JGUA 3IAYA 5J2MA 4FJGA 4EZ6A 4KHYA 4FM2A 3QINA 3TI0A 4DG1A 3AVBA 3OYKA 4KTQA 1DTTA 1ITGA 3RMAA 1IG9A 1TKZA 3LPTA 2VG5A 3ZSYA 3C6TA 3OYEA 4E3SA 4CEEA 4CFAA 1Z25A 1TKDA 3RRHA 2OPRA 1S5JA 1RCHA 4CGDA 3JSMA 3MXIA 4FK0A 4AH9A 4M41A 1WAFA 1KTQA 3KLGA 3BGRA 1N5YA 3NH1A 3PX6A 5I42A 3VQ5A 3OYNA 1TGOA 4CF0A 5SWMA 3ZT4A 3OYLA 1IKWA 1YT3A 1BISA 2QXFA 4FCYA 2F96A 4LY7A 4MQ3A 4ELVA 4J2AA 4KFBA 3ZSZA 4CGHA 3SYZA 3PV8A 1UA0A 1RT1A 2OA8A 4QAGA 1BQMA 1S1VA 4Y1CA 2XY6A 3K5OA 2KZZA 4FJXA 2D0BA 4NCBA 4O55A 4M3RA 3OYIA 1TL3A 3MAQA 2HNDA 4B08A 1TK5A 4CGGA 4DTRA 4AHCA 3CFPA 3C95A 3HVRA 1S1UA 2DFEA 4B9NA 4E7HA 3OJSA 1L3SA 1RT6A 1FK9A 1JLAA 4DQQA 4H4OA 4DF8A 2YKMA 3NF6A 5DK5A 4CEFA 4E1NA 4DTNA 1X9MA 2PYJA 4EZ9A 4QCLA 3S9HA 4KI4A 4C8NA 3AO1A 4JLHA 3MXJA 4E7JA 3QETA 2G8WA 3ZSWA 4CFDA 3NF9A 4FLTA 1RTHA 4G1QA 1WSEA 3CYMA 3QNOA 3SUQA 1G15A 3O3GA 4FJMA 1VRTA 2HMIA 1WN7A 5KGWA 2QK9A 3SNNA 4F2SA 1BI4B 1JL1A 1CXUA 4N5SA 4H8KA 3NGZA 3OY9A 4HUGA 4HCBA 3QLHA 3HL8A 2X6NA 3L3VA 5KRTA 1BQNA 3S3MA 3KLFA 1RBUA 1QQCA 3JYTA 4OGEA 4WE1A 2G8HA 3ISNC 3OS0A 4CFBA 5DMRA 4JRPA 1C0TA 4ZTJA 2LSNA 4KO0A 4DLGA 3NFAA 4CF2A 2FBVA 3TR8A 4FLWA 3V81A 3HP9A 1J54A 1L3VA 1MU2A 1NK7A 3D0PA 3ALYA 5CYMA 3KKRA 3PY8A 3DLGA 4BDPA 3AVKA 1JLCA 5FRMA 3AO3A 3T3FA 3L8BA 1A5VA 3DLEA 3I0RA 4ID5A 4CEOA 1WNSA 2HNYA 5KRSA 1QS4A 1TK0A 4CHZA 2HB5A 3OYFA 4HHTA 1SKSA 4F2RA 3PO4A 4FJKA 3M8RA 2ETJA 3AVCA 4Z0UA 4RW7A 3KK3A 1J5OA 1RT7A 4FK4A 4IG0A 2D0CA 3RRGA 3C6UA 3SV4A 4I9QA 3U3YA 4DQIA 3F73A 2KW4A 3CQ8A 5C42A 3TABA 3OYHA 3KLIA 4YFUA 4KHSA 3AA4A 1F21A 1XI1A 4C8KA 3O4NA 1EKEA 5HP1A 2PY5A 4B8CA 2W42A 2X6SA 1BL3A 3V1RA 4F3TA 1QSSA 2P51A 1QSLA 4E19A 4J2BA 4FLZA 2QKKA 4EP4A 2G8FA 4C8LA 1J53A 4HVJA 5E41A 1TL1A 3QEWA 2G8UA 4DSEA 1HNIA 4Z4GA 1QHTA 1RDAA 1GOAA 3WNHA 2AJQA 1KFDA 3AVLA 1WSFA 3AO4A 1S1XA 1XC9A 4AHUA 1VSIA 5J2QA 2P5GA 3VQDA 1L5UA 4M45A 3VQBA 4CF8A 1HRHA 4L8RB 1X1PA 3LP1A 4Y1DA 4FLUA 3TANA 3E01A 1ZBIA 4OPJA 1NOZA 4FXDA 1HYZA 1RDCA 4FM0A 3LWLA 1TK8A 4OPKA 3RWUA 1U4BA 1TVRA 4YNQA 3I8DA 4B9VA 3OJUA 3ZSXA 2PZSA 1S9GA 1RT3A 2XY8A 3SUNA 4KHUA 3V6DA 4CK1A 3ASMA 4FLVA 3TAPA 1T7PA 4B9LA 4W5RA 3RTVA 1GOCA 5CYQA 4F4KA 1I39A 1W0HA 1A5WA 3PO5A 4O5BA 3IS9A 1T8EA 1SKWA 3QEPA 3SPZA 4E0DA 1NK4A 4ELUA 3WNEA 3NH0A 4FJNA 3AA5X 1VSLA 1SUQA 2F8TA 4ID1A 1DLOA 4FYDA 2YNFA 2XO7A 3OVNA 3G10A 3SQ2A 4DU4A 3VQ8A 1FKOA 4CESA 4CFCA 4DTPA 2Y1IA 4BDZA 3TARA 1T03A 1RTJA 3M8QA 4CHNA 3THVA 4ZHRA 4FZYA 2YNGA 3KD5E 1U47A 4KI6A 4W5NA 3B6OA 4I9LA 3T1AA 3L2UA 1U49A 1NKCA 3OYAA 4O0JA 3OYDA 3HT3A 1LV5A 3M8PA 4KPYA 4DTMA 2O4GA 4H4MA 1T05A 3QESA 1BI4A 4CHPA 1KSPA 2IC3A 2EX3A 2YHBA 3CM6A 2KQ2A 3KK1A 3OS1A 1ZBLA 3LP2A 3HXMA 2WONA 3QEVA 4E7LA 4HUEA 3VA0A 3DM2A 2BDPA 4DWIA 1NOYA 4N41A 3NCIA 3O3FA 5JS2A 4PA1A 1VSDA 4O0IA 3ULDA 1NJZA 2KZMA 1WAJA 4KHWA 1VSHA 2VG7A 4BWJA 4FJ9A 2ATQA 2Z1IA 3LAMA 4AHTA 3LANA 4FM1A 3V1QA 1SKRA 1UA1A 1SV5A 3MEEA 4KREA 2P5OA 3KJVA 2GV9A 3SQ1A 3KIOA 4FJHA 5D3GA 5FRNA 3V9ZA 1LAVA 1XHZA 4LH4A 4OGCA 3DYAA 1VSFA 4KV8A 1ZBUA 1BCMA 3P1GA 3U3GA 1KLMA 4CEDA 3K58A 4DFMA 2HW3A 2HVHA 2OPPA 1HMVA 4NCGA 1TAUA 4MFBA 2JLEA 3OS2A 1C1CA 1NJYA 1NKBA 2Z1HA 5FDLA 4JS5A 5KI6A 1B9DA 2ZQBA 1RDBA 3CFRA 4FZXC 4DTSA 5HROA 4HUFA 4ICLA 3VQ7A 4FZZA 3U6FA 1EP4A 1EXQA 3HPOA 1I3AA 2IOCA 1NK5A 5JS1A 2HHQA 1RILA 1K6YA 4LSLA 3V9XA 1X9SA 1L3TA 3DRRA 3VQ6A 1JLGA 1UWBA 4CJQA 1TKTA 3TAMA 2BGGA 3DMJA 4F8RA 2YV0X 3WNGA 3RMDA 1ASVA 1GOBA 1LAWA 3SQ0A 3TAQA 4B9UA 3A2FA 4CJPA 4FW2A 2XY7A 4CIEA 1YVUA 4AHRA 3C94A 3K57A 1LW2A 3IG1A 4CJVA 3NF7A 3WNFA 2RKIA 3DI6A 5HRRA 1RNHA 3G0ZA 2Y1JA 4CCHA 1BCOA 4UQGA 4DF4A 2HHSA 1C1BA 1JLFA 3AVJA 1BHLA 4FJJA 2YNHA 3VQCA 4Q0BA 4E1MA 1JXEA 1JLEA 1RBRA 2YKNA 2Z1JA 3ZT0A 1ASWA 3NBPA 4CJRA 3NDKA 4FJ7A 4RW8A 4W5OA 2HVIA 3VQAA 1S1WA 4CJSA 4W5TA 1Q9XA 4JRQA 1RTIA 1KLNA 4BWMA 2P1JA 4DSFA 3SZ2A 3VA3A 1HYSA 2HHUA 4AHSA 4DQPA 3P5JA 4O44A 1WSGA 5C25A 2ZE2A 3PX0A 3VQQA 3L2RA 3K5MA 5HLFA 4QOZB 1C1AA 3EYZA 3LP0A 4DTXA 5I3UA 3QEIA 2X74A 3AVHA 4XIUA 2IAJA 3EY1A 3SPYA 4CGIA 3LPUA 4LD0A 3NAEA 3S3OA 3DRSA 3S3NA 3OYBA 3LZJA 3DLKA 1NK9A 4EP5A 2B6AA 4Z4IA 4PWDA 4DSKA 4CECA 3HO1A 2X78A 3BDPA 4Z4HA 1IO2A 1KVBA 1NKEA 4M3YA 5T7BA 2B4JA 2BE2A 4M42A 4N76A 1RT2A 3NGIA 1C0UA 1SL2A 4CGJA 1QTMA 4Z4FA 2IGIA 3AA3A 4B8AB 1HJRA 2RN2A 4RW9A 2YNIA 2XRIA 4DLEA 1BGXT 2Q3SA 3PUFA 4NCAA 2ZD1A 4Z4CA 2OPQA 2D0AA 3LZIA 1QE1A 4R5PA 4E89A 1LW0A 4DFKA 3SCXA 4FK2A 1LWEA 4RW4A 1HYVA 3M8SA 1UAXA 4CK3A 3K5NA 2PYLA 4DTOA 1U04A 5CY4A 3LWMA 3MEGA 3ZT3A 3K2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9KB 2P9SA 3I0SA 5AQJA 1IH7A 2VWKA 3NH2A 3AVFA 1GLEG 4AM7A 2QI2A 4MO4A 4HTUA 4WCEL 4H0XB 2FSNA 1X9WA 3L2QA 3JXUA 4BDYA 2D4WA 1KFSA 1D9FA 3EO3A 4KRFA 3O4QA 4I6MA 1N8RO 1SQKA 1VAZA 2E2PA 3AVMA 3HPGA 4IFVA 2RPIA 3C6HA 3CETA 4JI8K 2GEMA 5AJ3K 4LSNA 2JWLA 2R7YA 5ELZA 1DTQA 2NRWA 2DFHA 4OKJA 4XH1A 3VQEA 5M1NA 1QQMA 3ZCMA 5BRFA 1YHQN 4K8ZA 4CHQA 3R8EA 2YHAA 4CHYA 3TAFA 1HNZK 1V4TA 3SUOA 4BE0A 2OZMA 3I33A 1RBSA 4MDBA 4DV0K 2FBXA 2E5LK 3HK2A 4FJIA 4IKFA 4CEQA 4DV4K 1S9EA 2RF2A 4CJ5A 2ITGA 3V1OA 4PUOA 4CGFA 5I9EB 2XY5A 5FROA 3LL3A 4BQZA 3QNNA 3TTCA 1Z6RA 4CBWA 5FPMA 1A5XA 3KVGA 2VWJA 1NK8A 4CIFA 4CE9A 4FPAA 3GE1A 4M3UA 3QERA 4EFHA 3KHYA 4LF6K 2D0PA 3NF8A 4Z4EA 2VQEK 1FW6A 3OYMA 3DXKB 3L3UA 2IVPA 4U67L 4OJRA 3FE1A 3CERA 4DTJA 3H3NO 1N6QA 4FVMA 2FSKA 4GV9A 1RT5A 4IJNA 3VF4A 2Q31A 5E84A 5K14A 5AQIA 1WBBA 4GKKK 4WYBA 4FLYA 2P9KA 1W9HA 5CZ2A 1VQ8N 4M7YA 4CJ4A 4BR4A 2WOMA 2A6AA 2D5RA 1EX4A 2QKBA 3MEDA 2QWRA 1ASUA 2KFZA 5AFUA 2O8DA 2A1SA 1HQUA 3QO9A 3RR8A 3O3HA 1WSIA 4H5NA 1RT4A 4DR3K 4N47A 2XHBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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