4CF9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf9A00
3L2UA 1IH7A 3G0ZA 3ZSWA 3RWUA 1CZBA 1LWCA 4CJWA 1U48A 4KB0A 4OVLA 1DLOA 4FW2A 3V1OA 5HP1A 2RF2A 4F2SA 4PQUA 4C8KA 2D0AA 4FYDA 2JGUA 2XRIA 3P83D 4FM2A 1TVRA 4FLWA 3AVGA 4M42A 3D45A 4CGHA 1UWBA 1WSJA 3L2WA 3K5NA 3SI6A 4CJQA 3V1RA 3KTQA 4M3RA 2A1RA 1A5WA 5KGWA 4DU4A 4FXDA 1RNHA 3HP6A 4CJEA 4CEDA 3BDPA 4B9LA 4KO0A 3DLKA 3ZCMA 2YKNA 4FK0A 2HB5A 2FBTA 2EHGA 4KHNA 2OPRA 3DM2A 3HT3A 3VQDA 3SQ0A 4IKFA 3HPHA 4BDZA 1NK8A 1RDAA 3RMDA 2OPSA 3IS9A 3M8SA 1TK0A 3CYMA 3U6FA 4LH4A 3HSTB 1BIUA 1RTHA 3P1GA 3DLRA 3LWLA 3HPGA 4W5TA 1LW2A 1RT3A 3DRRA 1TK5A 4GW6A 3OYFA 1ASUA 4XIUA 4E3SA 1X9MA 3PY8A 4M3ZA 2KZMA 2XY5A 2YKMA 2DFEA 3OYDA 4DQQA 4CHQA 3OJSA 4ZTJA 3AVMA 4Z4GA 4CJLA 3OYNA 4Z4IA 3HK2A 3L3VA 1EETA 3E01A 3OJUA 3KK1A 4Y1CA 5C42A 3JSMA 1HMVA 4FJIA 5FRMA 1BL3A 1ZBIA 4CEQA 1TGOA 2DY4A 4UQGA 1WSEA 1O1WA 5FROA 4JS4A 3TARA 4DQPA 4HUGA 2G8VA 4CHYA 1S6PA 4KFBA 3HVRA 2X6SA 2ZE2A 3T1AA 4DU3A 1QE1A 3VQ5A 1TL1A 4DTUA 2P1JA 1B9DA 3QESA 2VWJA 1ZYQA 4KI6A 1X1PA 3PX6A 4DSKA 1NJWA 1Q9XA 3KLIA 1NOZA 2G8FA 4BWMA 1TL3A 4H4OA 1VSMA 3MXJA 4CJVA 3L8BA 1LWEA 3NGIA 3SQ4A 1S1XA 1RILA 4AHCA 1SKWA 2G8WA 1GOCA 4KAZA 4RW4A 5EU7A 2YNHA 1BI4B 3DLBA 1CLQA 4DQRA 4DU1A 3L3UA 4F2RA 4BWJA 1QTMA 3ZT3A 2GBZA 1HNVA 4KKOA 1MU2A 3H08A 1VSHA 4RW6A 2KW4A 2HMIA 1B92A 1B9FA 2VG6A 1N5YA 1SUQA 3K2PA 2P5OA 4NYNA 4CJ5A 1KCFA 3PX4A 4M3TA 4L8RB 2Q3SA 3NH1A 4PY5A 5JS2A 4B8CA 3DLEA 1LV5A 4DTMA 4CE9A 4CHNA 4O44A 4BACA 4CEZA 3QNNA 1NOYA 1WN7A 4DS5A 4E89A 4IFVA 4CF8A 1BQNA 1TKZA 1KTQA 4W5NA 4Z4EA 1REVA 3WNGA 3C94A 2YNGA 4OGCA 2Z1IA 4CEFA 4IFYA 1UAXA 1Z26A 3S9HA 4HTUA 3AVIA 4CJFA 4HVJA 1WSGA 3V1QA 4FJJA 3SZ2A 4EP5A 3AO4A 4ELVA 4KHSA 1FKOA 4CFCA 4CK3A 1D9FA 4O55A 5CY4A 3AA5X 4CFAA 3K59A 2DTUA 1FKPA 3RR7A 3VQBA 1TAUA 2HNZA 1W0HA 4KV8A 4F8RA 3VQQA 4DSIA 3CG7A 1QSSA 5KGXA 3OYAA 1C0MA 4CHZA 2X78A 5KRSA 3KLGA 4KHYA 3CFPA 3OYJA 4KTZA 4CGIA 1UOCA 3NH0A 3VA0A 3TAPA 2G8KA 1HYSA 4DTXA 1GOAA 5KRTA 4OKKA 1RBRA 3L2QA 4YFUA 1C1BA 1EKEA 3QINA 4O4GA 4CHPA 1CXUA 1RTDA 2P5GA 2HHUA 2ZQBA 4G1QA 3KLFA 3VQ9A 1BISA 2G8HA 3TR8A 1RDCA 2B6AA 3AA3A 4KTQA 3PUFA 3AO3A 1C6VA 4DTRA 1HNIA 2PY5A 3PO5A 4ZHRA 3KLEA 1VRUA 4LSNA 3QEIA 1WSFA 3LALA 4J2DA 3K5OA 1RTIA 2F8SA 4ELTA 2B5JA 4M3XA 4C8MA 1S1WA 1WAFA 1BHLA 4PWDA 4CCHA 3NHGA 1JLAA 1ASWA 3QIOA 4DQIA 2QKBA 3ZSRA 3VQ6A 3RMAA 1BIZA 1FXXA 1S6QA 1UA1A 4K8XA 3OYGA 3HPOA 4NCAA 4AILC 1BGXT 1VSJA 5CYQA 1NK9A 4CIEA 1SL2A 4E0DA 1L3SA 4FLTA 2HHQA 1VSEA 1L3UA 2IAJA 4E1NA 4DSEA 3F73A 4FLVA 4DWIA 3LPUA 1ZBFA 4FZXC 3NF6A 3B6PA 4DSJA 4Z4FA 3RR8A 2HHTA 3VQ4A 2Y1IA 4FJGA 3OYLA 2WOMA 1BCMA 1RBSA 4FW1A 4CK2A 3QEXA 4B9UA 4EZ9A 3HP9A 4W5QA 4FK2A 4M3UA 1VSKA 1T8EA 5HBMA 1LAWA 4TSXA 2G8UA 1K6YA 1HRHA 1RDBA 3LAMA 4LY7A 3S3OA 1RBVA 4N47A 3LZIA 2IS3A 1NJZA 3NFAA 1JLGA 3DLGA 1C1AA 4FJLA 3KKRA 4Q0BA 4MFBA 2F96A 4I7FA 1WSIA 4BE0A 1QHTA 3CFOA 2IGIA 3CFRA 4DF4A 2OZMA 2XY6A 2YHAA 3VQ7A 5CYMA 3ZT4A 3NAEA 4DLEA 5J2NA 4DLGA 4FJMA 1VK0A 4FJNA 4CJPA 4AH9A 2QKKA 1ZBLA 1D8YA 5FRNA 3SPZA 4M45A 3LDSA 1XHXA 2VG5A 4O0JA 4DTJA 1TV6A 4M3YA 1WSHA 1TKTA 4OGEA 1XHZA 1IKYA 1QQCA 2E6MA 3MECA 4NCGA 2JLEA 3TWHA 3TAGA 1VRTA 2Z1GA 3AVNA 1NK0A 3OY9A 2EX3A 3K58A 4CEOA 3AO2A 3HJFA 3G10A 1KFDA 3SNNA 2VG7A 4R5PA 5CZ1A 5D3GA 4FLYA 2B4JA 4AHTA 4RW9A 3HXMA 5I3UA 1TKDA 2FBXA 3NF7A 3VA3A 4CFBA 3WNFA 4KB1A 4ID1A 5J1EA 4CHOA 4HUEA 4E7JA 4ZTFA 1ITGA 1RT2A 1QSYA 4CF2A 2Y1JA 4FJ7A 2ETJA 4CGJA 5T7BA 3RMBA 1W9HA 1I3AA 3SV4A 3ALYA 3O4NA 1X9SA 4CF0A 4N5SA 5HROA 1SKSA 1U45A 4GVMA 4F4KA 1J54A 1BI4A 4MQ3A 3MXIA 3V4IA 4CGFA 4FZYA 1JL1A 3V9ZA 4GMJB 3NCIA 2ITGA 4DSFA 2FBVA 4QAGA 3NGZA 2F8TA 2KZZA 3AA4A 3HYFA 3NF9A 3LWMA 1EP4A 3SUQA 1U47A 3CM6A 1T05A 1HQUA 1NKBA 4RW8A 3TAEA 3FFIA 1VSDA 1JXEA 1U04A 1L5UA 1LW0A 4OLAA 4F3OA 4DFPA 1HQEA 1C0TA 2DFHA 2DFFA 4CEEA 4FJHA 3I0SA 4CF9A 3AVJA 4CESA 3MAQA 4AHUA 3CM5A 4J2EA 4C8NA 2R7YA 5K14A 2RKIA 3ZSQA 3HM9A 4OPKA 4DF8A 4NCBA 3NH2A 5HLFA 3QEVA 4KRFA 1VSIA 3WNEA 4B3OA 1IKVA 1C0UA 4DFKA 3C6TA 3ZT2A 3EY1A 4W5RA 2D0BA 2O4GA 2PYJA 1DTTA 4FLZA 1L3VA 2IDOA 4IDKA 3PO4A 3KK2A 4AHVA 1ASVA 4I9QA 2XY8A 4Z0UA 2KQ2A 2XHBA 4CF1A 3SPYA 4FK4A 5HRRA 2ATQA 1RT1A 1QS4A 2ZD1A 1RCHA 2I5JA 4CECA 2RPIA 3KD5E 3KJVA 3TI0A 3DRSA 3OYMA 3PX0A 3AVHA 1KVCA 2E4LA 1WNSA 2HNYA 4JLHA 4EZ6A 2GUIA 1YT3A 3I8DA 1NK4A 3SV3A 3TAFA 2G8IA 3VQAA 1Z25A 3OS2A 3QERA 1JKHA 1Y97A 3AVAA 1HPZA 4HCBA 3LP2A 2HHVA 2RN2A 2HHWA 3DMJA 1J53A 4OKJA 3VN5A 4ID5A 3LAKA 3V9SA 4E7KA 1JLFA 3OYIA 4CK1A 1NK6A 4WE1A 1S5JA 1YVUA 4RW7A 5C24A 4CERA 1XWLA 2QXFA 1A5VA 3TAQA 2BGGA 4B9TA 4Q5VA 4IBNA 4AHSA 1T03A 1YTAA 3P5JA 4CEBA 3QEPA 5FDLA 2HW3A 3VQEA 5I42A 1RBUA 2NUBA 3RRHA 3C95A 3VQ8A 4CJRA 3OYKA 1CXQA 2YV0X 1JLEA 1KLMA 3VQCA 3OYEA 3SUNA 1X9WA 1F21A 1RT6A 3AVCA 1T7PA 4J2AA 4KHQA 5CZ2A 4CFDA 1S1TA 5HRPA 1G15A 3O3FA 1L3TA 4JRPA 4B08A 1SV5A 3NE6A 3AO1A 2HNDA 4AHRA 4RG8A 1BCOA 3SYZA 4E7IA 2FC0A 3ISNC 3S3MA 1S1VA 1TAQA 1WAJA 1GOBA 2OPQA 3HVTA 3NF8A 4CGGA 2PYLA 4DSLA 3MEDA 1LAVA 4PA1A 3KK3A 1XC9A 5SWMA 4LD0A 4OPJA 1CZ9A 4BDYA 3AVKA 4C8LA 3A2FA 5DK5A 3MEGA 3M8QA 2W42A 3CQ8A 3AA2A 3TANA 1C1CA 2A1SA 4B8AB 4E7LA 4OLBA 4O0IA 3T19A 5HRNA 3QIPA 4BE2A 3PV8A 3AO5A 3QETA 4FJXA 3VQPA 1JL2A 1RTJA 1U49A 3DYAA 3L2RA 4KHUA 1KRPA 3QNOA 3DOKA 1Q9YA 2BDPA 2QK9A 3ZSZA 1R0AA 1VSLA 4DFJA 1TKXA 3IG1A 3LZJA 2WONA 4FVMA 4HCCA 1ZBUA 3K5LA 3KLHA 3DRPA 3NBPA 4DQSA 1RDDA 4JS5A 4FJKA 3NGYA 5J2QA 1XI1A 1RBTA 4FJ5A 1YTUA 1DTQA 4FM0A 1KLNA 3ZSOA 3AV9A 4IG3A 1RT4A 3L2VA 4DMNA 4B9VA 1KSPA 2GV9A 4KREA 1D5AA 3ZT0A 4DG1A 3AVLA 3JYTA 4DTNA 1S1UA 3UIQA 2HHSA 1SKRA 1LWFA 1N6QA 2FBYA 1IKXA 4Z4HA 3RTVA 3SCXA 4QOZB 4CIGA 4K8ZA 1NK5A 4QCLA 3WNHA 2OPPA 3S3NA 3OVNA 3V9XA 3KD1E 4FM1A 1JLQA 2BE2A 4PUOA 3ZSYA 2YNIA 4YNQA 1U4BA 1IG9A 4N41A 4ELUA 4JRQA 3AVFA 4FLXA 3V6DA 3C6UA 2X6NA 5KI6A 4I2PA 3MEEA 3O3HA 4BE1A 2HHXA 4O5BA 2KFNA 3V9WA 3EYZA 4J2BA 3I0RA 3OYBA 4IG0A 4I9LA 1FK9A 3DI6A 4Y1DA 4CJ4A 5KTQA 3OYCA 1BQMA 1SL1A 5C25A 4F3TA 3LANA 3M8RA 2Z1JA 1HYZA 4DTPA 3B6OA 2KTQA 3RMCA 3QEWA 2O4IA 3O4QA 1ZBHA 1A5XA 4H8KA 2LSNA 4BDPA 5JS1A 2X74A 4KI4A 4FJ9A 2IC3A 1JXBA 4ICLA 4KTWA 3OS0A 2D5RA 4OJRA 2P51A 2OA8A 3ZSXA 2XO7A 4FJ8A 3ZT1A 4B9SA 2IOCA 1KVBA 3ITHA 3O3GA 5HRSA 3IAYA 1RT5A 4I2QA 1EX4A 1NJYA 4E1MA 1NK7A 4CGDA 3EZ5A 1RT7A 1NKCA 3SQ1A 1IKWA 1J5OA 1EXQA 3ASMA 3T3FA 4B9MA 1J9AA 1UA0A 1NKEA 3OS1A 2D0CA 3ZSVA 1KFSA 4FLUA 2Z1HA 4HHTA 1HJRA 1WLJA 2BANA 3IRXA 2VWKA 4CJTA 1HYVA 4CJSA 4DTSA 3SUOA 4KPYA 3K57A 5J2MA 4B9NA 3DLHA 4FCYA 3LP1A 4DTOA 3KIOA 4CJ3A 4E7HA 3AVBA 3NDKA 4NYFA 3V81A 3V9UA 1NJXA 3BGRA 2YHBA 3ULDA 4KHWA 4OKEA 4E19A 3SJJA 3HO1A 3DOLA 4HUFA 4DFMA 3LP3A 4CJUA 1KVAA 1S9GA 3U3YA 1JLBA 3RRGA 4N76A 5E41A 4EP4A 4Z4CA 4CJKA 4FZZA 3OYHA 3M8PA 2OZSA 4H4MA 1VSFA 3LP0A 4N56A 3K5MA 3THVA 2PZSA 2AJQA 1Q8IA 3U3GA 4M41A 5SZTA 4DS4A 1D9DA 1I39A 1IO2A 1JLCA 5DMRA 4CEAA 2E6LA 3KKSA 1TK8A 4C8OA 4LSLA 3TAMA 4M3WA 1SL0A 3SQ2A 5J2PA 2KFZA 3D0PA 3QO9A 3LPTA 4CIFA 1QSLA 3HL8A 3SUPA 2OYQA 3MXMA 2XY7A 1S9EA 2HVHA 2HVIA 2YNFA 3QLHA 3F9KA 4LH5A 3TABA 4W5OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z94A 1LWCA 4CJWA 4V19S 1DLOA 4F2SA 3VENA 4C8KA 2D0AA 1VQ8N 4FM2A 1TVRA 1QVFM 3AVGA 1W2BM 1YJWN 3D45A 4CGHA 1UWBA 3CCJN 3SAHA 5AQSA 2A1RA 3VEVA 5KPRA 4FXDA 3HP6A 3BDPA 2QXLA 4B9LA 2YKNA 3C7NA 5BR8K 4FK0A 3HSCA 3D2EA 3SQ0A 3ULEB 3SK3A 4BRFA 5H1SQ 3RMDA 2OPSA 1NGHA 5FLXO 5HL7L 2HHHK 3K9KA 3P1GA 1RTHA 5JICA 1NLVA 4X64K 1S3XA 3H1VX 3OYFA 2D1KA 3VTIA 3THYA 2Q31A 3VEZA 4CJLA 4Z4IA 3HK2A 3JSMA 1EETA 3O1WA 2E20A 4FWLA 5FRMA 5FPDA 1O1WA 3TARA 4DR7K 3THXA 3CD6N 4B1ZA 3HVRA 2X6SA 3T1AA 4XH1A 4DU3A 4BRMA 1TL1A 4DTUA 5KQ8A 2VWJA 4JHDB 4CVNE 4I6MB 4KI6A 1GLAG 3KLIA 3FZFA 2G8FA 4BWMA 4H4OA 3SQ4A 3E1YA 3EE9A 3EZWA 1SKWA 2E5LK 4AQYK 1KXPA 3MX2A 5ADXH 4F2RA 3ZT3A 5HOOA 4RW6A 2HMIA 1B9FA 2P5OA 1SUQA 4CJ5A 1KCFA 4B8CA 4CZIA 1LV5A 2GELA 4A59A 4BC5A 1REVA 1ATRA 5LJWA 5EXWA 2YNGA 5JVHL 4DCHA 3E9OA 1EQYA 1I94K 1JCGA 4H5TA 3OTOK 4ELVA 4CFCA 1D9FA 5CY4A 1FKPA 4WQ5C 3RR7A 1TAUA 3CJ9A 3H3NO 5JVGL 3VQQA 3CG7A 5IWAK 3GG4A 2X78A 5KRSA 3KLGA 1NGCA 4KTZA 1Q82O 2KLAA 5AQUA 2D0PA 1HYSA 2YJFA 4OKKA 1JCFA 4DR4K 4B9QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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