4CFCA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfcA00
3U3YA 5HP1A 4W5TA 4E1NA 4YNQA 3KIOA 3IS9A 4M41A 1RBUA 5CYMA 2BANA 3VN5A 3ZT1A 3O3FA 4FJ8A 1C0UA 2X74A 4OVLA 4OLBA 1VSDA 4CK3A 3AVAA 3MECA 2ITGA 5HRSA 4RW8A 5I3UA 1QSYA 4DFMA 3TAQA 4EZ6A 2PY5A 3K2PA 4CJRA 2B5JA 1QSSA 4FXDA 4DSEA 3TAGA 1JLCA 3NDKA 1BCMA 3MXMA 1L3TA 3HP6A 4AHTA 4KO0A 4AHSA 4CGHA 3NF8A 3HVRA 1NK6A 2LSNA 1TV6A 2GUIA 2HNYA 4CF9A 5KRSA 3K57A 3AO2A 1K6YA 4IKFA 3TI0A 1I3AA 1TKTA 3HK2A 2FC0A 3OJUA 4G1QA 1XI1A 3O4NA 4N5SA 4ELVA 3SUPA 3DLEA 4Y1DA 1B92A 5J2NA 3RWUA 1J54A 1NKCA 4B08A 3B6OA 4EP5A 3NH1A 2YNGA 4DSFA 2ATQA 3OS0A 3KLHA 4E7JA 3QETA 1D8YA 1TL3A 3QIOA 3ZSRA 1FK9A 1HMVA 4CJ4A 4CECA 1KRPA 3LZIA 4KKOA 3V1OA 4CJQA 1NJYA 2EX3A 1EP4A 4AH9A 3DLGA 3MEDA 4B9TA 4Q0BA 1TGOA 1RDBA 3OYDA 4FJKA 1C0MA 1WSEA 4Z4GA 4CJTA 4IBNA 4BE1A 1YVUA 3NGZA 5J2PA 1XC9A 2XY8A 3KJVA 4DG1A 4KHWA 1NK4A 1S5JA 4J2DA 3UIQA 4Z4CA 3MXJA 1NK0A 4E7IA 1W9HA 4KTWA 4FJXA 2IOCA 4CJ5A 1QTMA 3VQEA 3AVNA 1HYZA 1JLGA 1BQNA 3CFOA 4LSLA 3V6DA 1DTTA 4CHQA 2X78A 3ZSZA 4CE9A 2RPIA 2XHBA 4FK4A 2QKBA 4M3YA 2VWKA 1JLEA 3SPYA 4FJ7A 2JGUA 4CEDA 4RW4A 4C8LA 4EZ9A 1CXUA 3L2QA 3I0RA 4DTMA 1J9AA 4O55A 3MAQA 4CGJA 4DTXA 1JLQA 2Z1GA 1JLFA 2FBVA 3DYAA 3K5OA 4ID5A 4E7HA 3P1GA 3OYAA 1SKWA 3IAYA 2YHAA 4B3OA 4J2BA 3VQ9A 2OPQA 3IRXA 4DTUA 3LPTA 3SUQA 1A5WA 4O44A 2QXFA 4DQSA 2XY5A 1IH7A 3ZT3A 4CF0A 2OZSA 4FZZA 3VQAA 4HUFA 1RT3A 3QEXA 4CGFA 1ZBHA 1ZBLA 2IS3A 1Q9XA 3I8DA 4QCLA 3S9HA 1NOYA 4E3SA 4JS4A 3QNOA 3ZSYA 1WAFA 2KFNA 3AVIA 1L5UA 3TAPA 1SL0A 4DQQA 4DLGA 1LW2A 4YFUA 3MEEA 4O5BA 4FM1A 4N41A 3O4QA 2D0CA 3SPZA 1UWBA 2ETJA 3HPGA 4I9LA 5JS2A 1EX4A 3CM5A 2XY7A 4CCHA 3SUNA 3HVTA 4OKEA 4DSIA 3PX0A 4HCCA 4HHTA 4CJ3A 1RT5A 3LAMA 2PYJA 3OYIA 4I2QA 3NAEA 1QHTA 2G8HA 4L8RB 4KREA 4DU4A 1ZYQA 4F8RA 3ZT2A 4H4MA 3QESA 1HQEA 3ASMA 3LP1A 2AJQA 3T3FA 5C24A 1IKXA 3HO1A 2F8TA 4KAZA 3ISNC 1NKEA 3AVJA 3DMJA 3TAMA 3TR8A 1JLBA 3HPHA 4DTJA 1U49A 1UOCA 1UA1A 4R5PA 4I2PA 3PX6A 1C1AA 3LWLA 3AVHA 4N76A 4ELTA 3SNNA 4B8AB 2F96A 3AO1A 2DFFA 2ZD1A 4JS5A 3PV8A 3RMDA 3DM2A 3DOLA 1LW0A 3D45A 3HL8A 4MQ3A 1VSJA 3EY1A 2VG7A 4CESA 3AA2A 3AVKA 5J2QA 3LDSA 4Z4HA 5HRNA 4FLWA 1HNVA 4FZXC 3RRHA 1UA0A 1TVRA 2OPRA 4GW6A 2JLEA 1BI4B 3TABA 1S9EA 4DSKA 4DQPA 2O4GA 3DRSA 2RKIA 4KTZA 4FK2A 1JL2A 3CYMA 3S3MA 2OYQA 1Z26A 4Z4IA 4N47A 1VK0A 3HP9A 4ID1A 4KI4A 4DSJA 2GV9A 3KK3A 5K14A 1IKVA 5KGWA 4OPJA 3OS1A 3L2UA 3LP2A 4IFVA 1TAQA 1JXEA 3KD5E 3ZSWA 4JRQA 4HVJA 4WE1A 1KFSA 4FYDA 2ZQBA 5SWMA 3HM9A 5J2MA 3AA3A 2D0BA 4DLEA 3CM6A 1KVCA 2B6AA 2BE2A 3OYCA 1VRUA 1X9SA 4DU3A 4FW1A 1TK5A 4J2AA 3AA4A 3P5JA 3OS2A 3T1AA 4M45A 3ZSQA 3KD1E 1BIZA 4ELUA 3G0ZA 4Z4EA 1ZBUA 1QQCA 2E6MA 3SQ4A 4CJFA 1A5VA 1U47A 1C6VA 1T03A 2G8IA 3OYNA 2P1JA 1NJXA 1LV5A 3QNNA 3OYEA 1QSLA 3LZJA 1GOAA 1T05A 2BDPA 2FBTA 3M8QA 3P83D 4OKJA 4F4KA 4CEOA 3LP3A 5DK5A 1U04A 4LH4A 3VQ4A 5CZ2A 3SQ2A 4FJLA 4CEBA 3OVNA 3VQ5A 5HRPA 4BE2A 4DTOA 3V9WA 3TARA 1RNHA 5CYQA 5HRRA 1ZBFA 4CGIA 3ALYA 1VSHA 3ZT4A 3L2VA 4DFPA 3NH0A 4M3ZA 4OJRA 4CGDA 4CJUA 4E89A 3V81A 3HPOA 3MEGA 4BWJA 1QS4A 2Y1JA 1U45A 4B9VA 1X1PA 3WNGA 1NK7A 3ZSVA 1SKSA 4M3TA 1FKOA 2YKNA 4AHVA 4FM2A 2G8KA 2NUBA 3AO5A 3C6TA 3BGRA 1IO2A 2HVIA 2HHVA 3ULDA 1LWCA 1VSEA 1REVA 3ZSOA 3DLHA 4RG8A 5CY4A 2X6SA 3VQ8A 2KQ2A 3HSTB 3QIPA 4DFKA 3HJFA 2WOMA 3OYMA 4M42A 1S9GA 5JS1A 1UAXA 4H8KA 1S6PA 2QK9A 1X9MA 3HXMA 4OLAA 1S1UA 3KLEA 2EHGA 1WLJA 3B6PA 3K5NA 4HUGA 3KLIA 4DF4A 4BDYA 3NFAA 4C8NA 3IG1A 4K8ZA 3OYFA 3DLRA 2E4LA 3NGIA 4Z0UA 1NK5A 1YTAA 1QE1A 1KTQA 1RCHA 1WSIA 4NYNA 4OKKA 4CJPA 4UQGA 1J5OA 3BDPA 2DY4A 4F2SA 3OYHA 2Z1JA 4CJLA 3OYGA 1D9DA 4AILC 3SYZA 4LH5A 4FJHA 1NK8A 3ZSXA 5I42A 1VSKA 1C0TA 1CZBA 3V4IA 2XY6A 3TANA 1HYSA 4FZYA 1CLQA 1J53A 3U3GA 1F21A 4FJIA 1JLAA 4CEAA 2KW4A 3V9UA 3PO4A 1LAWA 1C1CA 1D5AA 1B9FA 1JKHA 3TAFA 5T7BA 1X9WA 1BL3A 5SZTA 3ZCMA 4FJJA 3AA5X 1NOZA 1S1WA 2P51A 1RTJA 2ZE2A 4H4OA 3OYBA 3L8BA 4OGCA 3VA3A 4FJNA 2DTUA 4CEZA 1LWFA 1RILA 5J1EA 2XRIA 3H08A 2BGGA 3RMBA 4B8CA 1N5YA 1KFDA 1SUQA 2YNHA 3DI6A 5KRTA 3RRGA 2HHXA 4PUOA 3VQDA 4BE0A 2KZMA 1WSJA 4KTQA 1VSMA 2YV0X 4M3RA 4RW7A 3KLFA 5C42A 3RMAA 3SI6A 1RDAA 1BQMA 1KVAA 3HYFA 4ICLA 4CFCA 2G8FA 2HMIA 3EZ5A 5HLFA 1RT7A 3K5MA 2HHQA 1KLMA 1NJWA 4PWDA 2O4IA 3L3UA 4KHNA 4KRFA 3O3HA 3QERA 4AHUA 3SV4A 5D3GA 1XHZA 3QEWA 3M8SA 1LAVA 3F73A 2DFEA 4E1MA 4BACA 1T7PA 3E01A 4E7LA 4KB1A 1BISA 4RW9A 2HB5A 4KHSA 3C95A 4IG3A 5DMRA 5FROA 4LY7A 1Q9YA 2IAJA 2GBZA 4O4GA 4CEFA 3CFRA 1L3VA 1N6QA 4B9MA 3M8PA 1G15A 1CZ9A 2Z1IA 3VQ7A 5HROA 2VG5A 3AVMA 3AVBA 3SQ1A 4HUEA 1ASUA 4C8MA 4E0DA 4KI6A 4O0IA 1GOBA 3D0PA 1VSLA 4KHQA 1VSFA 4CFAA 4PQUA 4AHRA 3NF9A 4W5QA 4BDZA 4M3XA 1S1TA 1KLNA 4Z4FA 4CF8A 1U4BA 2Y1IA 3DLKA 1I39A 1HRHA 1TKDA 2HHWA 2HHTA 3EYZA 4FVMA 4KFBA 3NCIA 3SCXA 4GMJB 4HCBA 4TSXA 3QINA 5E41A 1TL1A 1O1WA 1B9DA 1WN7A 1RT2A 4OGEA 2OA8A 4W5RA 4O0JA 1S6QA 4FCYA 3M8RA 4DSLA 4AHCA 4CFDA 1WSFA 3VQQA 3NHGA 2P5OA 4K8XA 1FXXA 2G8WA 2HHSA 3CG7A 2G8UA 1NJZA 3DRRA 5HBMA 4FLXA 5C25A 1SV5A 1C1BA 4CERA 3NE6A 3OYJA 4DU1A 1TK0A 3OJSA 3PY8A 2OPSA 4JLHA 4LD0A 4BWMA 3AO3A 4CHOA 4DFJA 3AVGA 3T19A 3SQ0A 2IGIA 4B9LA 1RDCA 1WSGA 3LPUA 2YHBA 2D0AA 2YNIA 2B4JA 4RW6A 4CK2A 3NH2A 4FM0A 4PY5A 4FLVA 4FLYA 3QLHA 5KTQA 1U48A 3NF7A 3MXIA 4FJGA 1JXBA 1ZBIA 4E7KA 1SL2A 4KB0A 1BI4A 1HYVA 2WONA 3SUOA 4ZTJA 1NKBA 3C94A 1WNSA 2FBXA 4OPKA 3DLBA 2FBYA 4CJVA 4PA1A 2G8VA 3QO9A 3CFPA 2HW3A 3ITHA 2HNDA 3DOKA 2HHUA 3ZT0A 3LALA 2DFHA 5FDLA 3SV3A 1T8EA 3VA0A 1RTDA 3HT3A 4CGGA 3SJJA 3V9XA 1RBTA 2E6LA 2VG6A 1KSPA 5KGXA 4DWIA 3K58A 4FK0A 4CJWA 1IKWA 2YNFA 1XWLA 3S3NA 2P5GA 1SKRA 1Y97A 4NCGA 4CIFA 3V1RA 3PUFA 1EXQA 1TKXA 4NCAA 4FJMA 4M3WA 4FLZA 3K5LA 3NBPA 1W0HA 4I9QA 1GOCA 4CJSA 3WNHA 1VRTA 1KVBA 3KTQA 1BGXT 1IKYA 3VQBA 3NF6A 5KI6A 1MU2A 4ZHRA 3L2WA 4HTUA 3RTVA 4CFBA 4IG0A 4QOZB 3VQ6A 4DF8A 4B9UA 1S1XA 1R0AA 4XIUA 3RR7A 2D5RA 1RBSA 2Q3SA 3LWMA 2R7YA 3V1QA 2KZZA 1IG9A 1L3UA 3F9KA 4IDKA 1DTQA 2VWJA 2RF2A 3TAEA 3RR8A 3K59A 3QEVA 2IC3A 1XHXA 4CHZA 3U6FA 1HJRA 1RDDA 4FW2A 3DRPA 4KHUA 3OYKA 4DS4A 4KPYA 4KHYA 4ZTFA 3NGYA 2PYLA 4DS5A 1LWEA 3OY9A 1FKPA 4F2RA 3THVA 3JYTA 3AVLA 3C6UA 4I7FA 3VQCA 2W42A 1RT1A 2RN2A 3V9SA 2HVHA 3KKSA 3QEPA 1SL1A 3AV9A 4CHPA 4B9SA 3A2FA 2XO7A 1RT4A 3LP0A 2QKKA 4KV8A 1RBRA 4CJKA 2X6NA 2I5JA 2A1SA 4J2EA 3FFIA 3RMCA 5EU7A 2YKMA 3G10A 1DLOA 2Z1HA 3LAKA 4FJ9A 3AVCA 3CQ8A 4MFBA 4W5NA 4IFYA 4CEQA 4CJEA 4CIEA 4DTSA 1HNIA 1JL1A 3S3OA 2KFZA 4DTPA 4LSNA 1Q8IA 3PO5A 4FLUA 4BDPA 3SZ2A 2KTQA 2OPPA 4FJ5A 4FLTA 1TK8A 4DQRA 1BCOA 2F8SA 4N56A 4B9NA 3QEIA 4C8KA 4M3UA 1RTIA 2PZSA 4NYFA 1EKEA 1BHLA 5CZ1A 4CEEA 4Q5VA 4DTRA 4CF1A 4CIGA 1TKZA 4GVMA 3WNEA 3I0SA 1VSIA 3AVFA 2IDOA 4Y1CA 3O3GA 2OZMA 3LANA 1BIUA 3L3VA 1WSHA 4E19A 3KK1A 1RTHA 1ASWA 4JRPA 1ASVA 1HQUA 1KCFA 1S1VA 4QAGA 3AO4A 1RT6A 1HPZA 1YT3A 1WAJA 1Z25A 1A5XA 4EP4A 3KK2A 1L3SA 4C8OA 5FRNA 5FRMA 3V9ZA 1CXQA 3KKRA 1NK9A 1YTUA 1RBVA 3VQPA 1ITGA 2A1RA 4W5OA 3KLGA 3WNFA 1D9FA 3OYLA 4NCBA 4CHYA 4CHNA 4F3TA 2HNZA 3L2RA 3JSMA 3TWHA 4DQIA 4CF2A 4DMNA 4CK1A 1EETA 4F3OA 1TAUA 3PX4A 4DTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U3YA 4E1NA 3KIOA 4M41A 1RBUA 3E66A 4A2BA 4CK3A 4FWMA 3EZWA 4DFMA 3MWPA 1BCMA 4AHTA 3K0SA 3BZKA 4YOUA 3O80A 2KLAA 5KRSA 3K57A 1WBDA 4JKEA 4DUZK 2DPNA 4QS7A 2D0OA 3OJUA 1XI1A 3O4NA 3THYB 3GG4A 2YNGA 4ILGB 4HWIA 3LZIA 3V1OA 4CJQA 4AH9A 4LFAK 3E9OA 3PIOL 4Q0BA 4PKHA 5BRHA 1WSEA 3A5OC 4A62A 4IBNA 4CJTA 1XC9A 3NGZA 4Z4GA 4KHWA 1S5JA 3UB5A 3U9DA 4Z4CA 3MXJA 1NK0A 1NNEA 3EO3A 3O08A 4FJXA 1QTMA 1BQNA 4FK4A 2RPIA 2HBLA 3D2FB 1JLEA 3SPYA 4EZ9A 4RW4A 4AQYK 1NGEA 3BZCA 3DXMA 3VTHA 2V52B 4O55A 1ILYA 4CGJA 3K5OA 3PX0A 4ID5A 3QBWA 4DTUA 1U45A 1A5WA 4DQSA 2OZSA 3ZT3A 2E5LK 2W41A 4HUFA 2A6AA 1RT3A 3VGLA 1Q9XA 1JCEA 1SS6A 3S9HA 4QCLA 3ZSYA 2NRZA 2KFNA 1L5UA 1DT9A 5JVGL 3TAPA 2ASOA 1GLAG 4DV6K 4YFUA 3MEEA 1VHXA 3L6QA 5AQKA 4YOVA 3SPZA 2PFUA 2ETJA 4I9LA 4CCHA 3T69A 3CM5A 3SUNA 4H0VB 5TKWA 4CD3A 1RT5A 5M1FA 4H0XB 5AQSA 3OYIA 1QHTA 4JKDA 3ASMA 2AJQA 1GLEG 5AZJA 4KAZA 4H5WA 3DMJA 1JLBA 4FL9A 2AP1A 4H0PA 1C1AA 3LWLA 3AVHA 2D0PA 4K43A 3SNNA 3HL8A 1IBMK 5J2QA 3AA2A 4FZXC 1JJ2M 3ENBA 2O8CA 1K8KB 2OPRA 1VQPN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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