4CGDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgdA00
3ZT0A 3NF9A 5HP1A 2OZSA 1TKDA 2QKBA 1S9GA 3B6PA 1JL2A 1RDBA 2YNHA 4N41A 1WNSA 5SZTA 3CFOA 4DFKA 3DMJA 4KHNA 4FJNA 4DTSA 3EY1A 2YV0X 4BE0A 3DLEA 4H4MA 1RTDA 1F21A 1REVA 1JLFA 3PO5A 4CEZA 3HJFA 1HYSA 1UAXA 2ZE2A 2RF2A 3AO1A 4W5OA 3TARA 4HCCA 2VG5A 4DU3A 2XY6A 4NCAA 3QEPA 3PO4A 2ZQBA 3TAPA 4DSKA 3O3GA 3C94A 1SL1A 4DQSA 3PX0A 4CEOA 1U47A 3CQ8A 2QKKA 2KZMA 4FVMA 1VK0A 3PUFA 4HUEA 3AO5A 4KKOA 1K6YA 4BDZA 4GVMA 4J2BA 4CJQA 3HSTB 4KO0A 3SNNA 4CESA 2DY4A 2XY8A 2B5JA 2YNGA 3ZSWA 4E3SA 3OVNA 1HYVA 1L3VA 4KI6A 2F8SA 3O3HA 3OJSA 3L8BA 5HBMA 4BE2A 1ZBIA 3AVNA 4FJ7A 3TAFA 1TGOA 4JRQA 2IGIA 4FK4A 1WSIA 3OYNA 4F3OA 4WE1A 4LH5A 3KK1A 2DTUA 3RR7A 2GBZA 4DSFA 3QESA 3WNGA 3OYIA 1YTUA 3OS0A 4DFPA 1RBSA 4QCLA 1EXQA 2D0CA 1BI4B 3MAQA 2XHBA 3ZT2A 5FRNA 4BDPA 3LZIA 3SUQA 2HNDA 4CJTA 5CYQA 1IG9A 1KRPA 1J9AA 3L2UA 2QK9A 4CEEA 1SL2A 1S6QA 3NH0A 4H8KA 3HYFA 4JLHA 4CHQA 4G1QA 4LY7A 2HHWA 1JLAA 3KTQA 4I7FA 4B9SA 2OPPA 3NBPA 3TAGA 1R0AA 3E01A 3ZSRA 3SZ2A 3V9WA 1ZBHA 4E7JA 1D9FA 1LWEA 3D45A 3KD5E 1SKSA 3SQ1A 3K58A 4HUGA 1G15A 2NUBA 2VWJA 3VQ9A 2P5GA 1TV6A 4O44A 2HNYA 5FRMA 4FJJA 3EYZA 2XY5A 4B9MA 4JS5A 2WOMA 1VRTA 2OZMA 4Z4GA 1KVCA 3DOKA 1T03A 2BDPA 1C6VA 4FZXC 1A5VA 4E1NA 1WLJA 3LALA 4QOZB 4CHOA 1T7PA 3KK2A 4OLAA 3HO1A 4FJIA 5SWMA 3QLHA 5I42A 4ELUA 4EP4A 5HRPA 2HHSA 1QSYA 3QIPA 3VQ8A 2KTQA 4IBNA 4B9NA 1TK0A 2G8WA 1ASWA 3OYJA 3RRGA 4YNQA 1UWBA 3LANA 1RT3A 4CF0A 4KRFA 5D3GA 3SPZA 2KFZA 1SV5A 1S1VA 4FLWA 2DFFA 3M8RA 3NH1A 3AVLA 1U4BA 4PQUA 4CFDA 4YFUA 4E7LA 3ZT1A 4JS4A 4M3YA 1UOCA 2IC3A 3VQQA 1XC9A 5HRRA 4M3WA 3K5LA 1VSLA 4M41A 3TABA 1WSJA 3OS1A 4NYNA 1NJZA 2XY7A 1U49A 1NK9A 4FZYA 4B9LA 1RBUA 3AA2A 3WNFA 4N5SA 3OYAA 3DLBA 4IG3A 2P1JA 3RMBA 1KSPA 4HCBA 4FYDA 3DLGA 5HRSA 1NJYA 1QE1A 3ULDA 1WAJA 1NK0A 3L2WA 4OVLA 4IDKA 2JGUA 2Q3SA 4CCHA 3ISNC 1S1TA 3RMCA 3DRPA 5FDLA 4CE9A 1W0HA 1TVRA 1WSGA 4RW9A 3M8SA 4DTJA 4CK3A 3MXMA 4FK0A 4O0IA 4XIUA 3OYDA 1X9WA 2G8UA 1B9FA 3DOLA 4DMNA 3AVIA 1C0TA 4RW6A 4Q5VA 2JLEA 2QXFA 1RBTA 3L3UA 3NF7A 1FXXA 3U3YA 2D0AA 4CGGA 4J2AA 1XHZA 4B8AB 4CGDA 2OPRA 3G10A 1QQCA 3LPUA 1KVBA 3D0PA 3T19A 4FJKA 4AHCA 1S5JA 4CJSA 4I2PA 3SQ0A 2AJQA 3MECA 3V9SA 4KFBA 1VSFA 2HNZA 4CJEA 4DTRA 3B6OA 1L3UA 4KI4A 3HK2A 3MXIA 1GOBA 1NK6A 2FBYA 4B3OA 4H4OA 1TL3A 1C0MA 1RBVA 1WSHA 1VSEA 3C6UA 4F8RA 4M3UA 1O1WA 1YVUA 1S6PA 4DTUA 1SUQA 4KHYA 4M3RA 1VRUA 5C25A 3LP1A 3SCXA 4Z4HA 3AVBA 3VQ5A 2YKNA 4IKFA 1VSIA 5HRNA 3PV8A 2B4JA 4GW6A 4OKKA 4OGCA 3K5MA 4OJRA 3L3VA 3VQ7A 4DFMA 3U6FA 1ZBLA 4CJFA 4FM0A 4E7HA 3LDSA 3NE6A 4DG1A 4DTOA 3ZSVA 4JRPA 3QNOA 4C8OA 3T1AA 3HP6A 4KV8A 2GV9A 1JLQA 1EX4A 3AA4A 1UA1A 4FJHA 3QNNA 1RNHA 1S9EA 3SQ4A 1N5YA 3NH2A 3ZCMA 2IDOA 3I0SA 2GUIA 4AHUA 4CF9A 1L3TA 3VQ4A 1GOAA 1BCOA 1CXQA 5KTQA 4UQGA 4W5QA 3S3MA 3NF6A 4CHNA 1FKOA 1DTQA 3HPGA 4HUFA 3O4QA 3KLFA 3L2QA 3LZJA 1JLCA 4OKEA 4B9VA 2X6NA 1LAVA 1SKRA 1BHLA 4OPKA 5J2PA 3A2FA 5KI6A 2PYJA 4Z4FA 1HYZA 1HPZA 1VSJA 3G0ZA 3QIOA 5J2QA 2WONA 4C8LA 3IG1A 1KCFA 4Q0BA 4CEFA 1LWFA 1D5AA 3DLKA 4AHSA 2FBVA 3AO3A 3C6TA 3OYCA 3DYAA 2F8TA 3OS2A 3VQPA 3ZSZA 3ZT4A 4FCYA 1CXUA 3AO2A 3CYMA 1QSLA 4O4GA 4KTWA 1TAQA 2Z1HA 1RTIA 1TKTA 2ETJA 2F96A 3AVHA 4CJVA 4LH4A 4Z4CA 3EZ5A 3IS9A 4B8CA 1L3SA 4FJ5A 4PY5A 4PWDA 2PYLA 1DLOA 4CHPA 4BDYA 4CHYA 4BWMA 4FXDA 1RDCA 3JYTA 4W5TA 4KB1A 2XO7A 1JXBA 3AVFA 4MQ3A 5I3UA 2A1RA 3OYBA 4KTZA 1ITGA 3AVMA 4KPYA 1FKPA 2VWKA 3LPTA 5J1EA 1TKZA 4CJWA 3OY9A 4DU4A 1ZBFA 3NCIA 4CGFA 1RT4A 4C8KA 1VSHA 2G8VA 3KLHA 1U45A 4CFCA 4CF1A 3MEEA 4CF2A 2ZD1A 3AA3A 4ELVA 5C42A 1QSSA 3NGYA 4EZ9A 3ALYA 2BANA 1NJXA 3BGRA 4ELTA 1NK7A 5HLFA 1C1AA 3QEIA 4ID5A 4DQIA 3DRSA 1TAUA 2XRIA 3V6DA 2P5OA 3AVAA 1KVAA 4CEAA 3P83D 4CGJA 1RT1A 1SL0A 4MFBA 3TAMA 3QO9A 3L2RA 3PX4A 1W9HA 4CF8A 3K57A 4FM2A 4GMJB 4CJ5A 4BWJA 4FJ8A 4NCBA 4HHTA 3T3FA 1ASUA 1LW0A 5CYMA 2HVHA 4E7IA 2Z1GA 1RILA 4CIEA 3QEXA 2Y1JA 3NGZA 3TI0A 1HQUA 4M3XA 2HMIA 2G8HA 4O55A 5DK5A 2G8KA 5KRTA 5EU7A 4Z0UA 5CY4A 2ITGA 1BIZA 3O4NA 4R5PA 2DFHA 2LSNA 1CLQA 3LP0A 3AVKA 1HNIA 5E41A 4I2QA 4AH9A 3LWMA 4DLEA 4FJLA 2HHVA 1XI1A 2HHTA 1RT6A 2BE2A 3K2PA 4F4KA 3OYFA 3SUPA 3HVTA 3S3NA 4CEDA 3V1QA 3DRRA 1JLGA 4CJKA 4C8NA 1I39A 4EP5A 4FJ9A 4N47A 1TL1A 3RWUA 4CEQA 1T8EA 3HVRA 2OPSA 4NCGA 2HHQA 3CM5A 3OJUA 3NAEA 1Q8IA 3NF8A 3LP3A 4K8ZA 4N56A 3VA3A 3CFRA 3C95A 4M3ZA 3K5NA 2YNIA 3V9UA 3KKSA 3LP2A 1X9MA 2KW4A 3F73A 1HJRA 1JKHA 3S3OA 1Q9XA 1A5XA 3NHGA 2RN2A 1HRHA 1QHTA 4AHRA 3TAEA 4FJXA 4KHSA 3O3FA 1IH7A 3AVJA 3KLEA 4DSLA 2KZZA 1NK4A 1JLBA 2IAJA 1YT3A 3LWLA 3M8QA 1TK8A 1X1PA 3QEVA 3HXMA 1TK5A 3ASMA 4CERA 1WSFA 4E19A 4DTMA 4W5NA 4OGEA 4CJ4A 2YHAA 3KJVA 3P1GA 2B6AA 4CJRA 3RMAA 1WN7A 1CZ9A 3HPOA 4F2SA 1UA0A 4I9LA 2IOCA 1JXEA 2E6MA 4Y1CA 4CJUA 1NK5A 2PZSA 4N76A 4RW8A 1NOYA 4CEBA 3WNEA 4FM1A 1C0UA 3V81A 1L5UA 3SV4A 1RT7A 3AA5X 4LSNA 1J5OA 1NKEA 2D0BA 3DLHA 1VSKA 3I0RA 4Z4IA 2HHXA 3P5JA 3VQEA 4FW1A 1NKCA 4FJGA 4CHZA 4DSJA 4BE1A 3AVGA 2E6LA 3TAQA 3DI6A 1VSDA 3M8PA 4FLVA 4B9TA 2YKMA 2KQ2A 3WNHA 1LAWA 4DQQA 3OYHA 4DFJA 5CZ2A 4CJPA 3VQDA 3OYLA 4FLXA 3ZSYA 2X78A 1VSMA 2FC0A 1XWLA 2Z1JA 4C8MA 1Z25A 3ZT3A 3RTVA 4CIFA 1ASVA 1D8YA 2BGGA 1CZBA 2HW3A 4RG8A 2G8FA 5CZ1A 3RR8A 3H08A 1XHXA 2X6SA 2HHUA 1LW2A 1NOZA 3OYEA 4FLYA 1JL1A 4K8XA 1EKEA 4CFAA 3OYKA 3V9ZA 2O4GA 2I5JA 1S1WA 3KLIA 5J2MA 2OA8A 1U48A 4CJ3A 3TWHA 2O4IA 1QTMA 3NGIA 3PX6A 3SQ2A 1KLMA 2ATQA 3JSMA 4KHWA 4FK2A 3SI6A 2HB5A 4IG0A 1WAFA 2OYQA 4KHQA 5K14A 1IKXA 4LSLA 4ICLA 4E7KA 5KRSA 4E1MA 4CK2A 4FLUA 3RRHA 3SPYA 1ZYQA 1Q9YA 3CG7A 1LV5A 4Z4EA 3QERA 2KFNA 3V9XA 5J2NA 4KTQA 2E4LA 4M45A 3VQ6A 4CFBA 3KKRA 2VG7A 1B9DA 4FW2A 4DF8A 3V1OA 5FROA 4FLZA 2VG6A 1KFSA 4Y1DA 3SUOA 1B92A 1Y97A 2OPQA 4M42A 3LAMA 2HVIA 1DTTA 1S1UA 4O0JA 1SKWA 3K5OA 2A1SA 3CFPA 4FZZA 2P51A 1LWCA 4AHVA 1IKWA 1RT5A 3IRXA 5T7BA 4ZHRA 1MU2A 1BQMA 4LD0A 1BQNA 3MXJA 4IFYA 3AVCA 3HL8A 1HNVA 2W42A 4DS5A 4AILC 1HMVA 3IAYA 3F9KA 4OKJA 1I3AA 2EHGA 4BACA 4FLTA 2YHBA 3HPHA 2YNFA 3S9HA 1NKBA 4DSIA 3SYZA 4KB0A 5C24A 1KFDA 1Z26A 4TSXA 4ID1A 4KHUA 4EZ6A 2D5RA 4FJMA 4DTXA 1RTJA 1GOCA 4PA1A 4QAGA 4DF4A 1EP4A 3TANA 5KGWA 1BCMA 3L2VA 4NYFA 1KLNA 3HP9A 4DQPA 1QS4A 1BI4A 2DFEA 2Z1IA 2Y1IA 3BDPA 2G8IA 4CJLA 1WSEA 3AV9A 3HM9A 4CGHA 4DSEA 3V4IA 4KREA 1RT2A 4RW4A 3HT3A 1C1BA 4DQRA 3QINA 4DTPA 3CM6A 3K59A 4CK1A 1IKYA 4DTNA 2RKIA 3PY8A 4O5BA 1TKXA 1C1CA 4RW7A 3V1RA 1JLEA 1ZBUA 3QETA 3QEWA 3I8DA 1D9DA 3ZSQA 1N6QA 1RBRA 5JS2A 5DMRA 4HTUA 4L8RB 4W5RA 3SJJA 1HQEA 2IS3A 2RPIA 4E89A 1RDDA 3OYGA 4PUOA 4HVJA 4CIGA 1U04A 1BISA 3SV3A 3SUNA 4ZTJA 4OLBA 1RDAA 3ZSXA 4E0DA 2X74A 1NJWA 4F3TA 3DLRA 4KAZA 4J2EA 3AO4A 3MEGA 3MEDA 1J53A 4OPJA 2PY5A 4M3TA 4F2RA 2FBXA 3THVA 4IFVA 4B9UA 4CECA 3LAKA 3KLGA 1IO2A 3OYMA 3U3GA 1EETA 1T05A 1YTAA 3RMDA 1X9SA 3VQBA 2FBTA 4CGIA 4DLGA 1RTHA 1FK9A 1BIUA 4I9QA 3NDKA 3UIQA 4DWIA 1RCHA 1BGXT 4B08A 3VN5A 3ITHA 3KIOA 1J54A 3ZSOA 1A5WA 4DS4A 5HROA 5KGXA 1NK8A 4AHTA 1IKVA 1KTQA 1S1XA 3VQAA 3VQCA 3VA0A 4DU1A 5JS1A 3NFAA 3DM2A 4ZTFA 3TR8A 1BL3A 2R7YA 3KD1E 3FFIA 2EX3A 4J2DA 3KK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NF9A 3CI5A 3CC2N 3VERA 1OH7A 3F9MA 1RDBA 1WNSA 5AQVA 4JAXA 3E9PA 4FJNA 2YV0X 3LDQA 3ZETB 1HYSA 3AO1A 3PO4A 1YJWN 3O3GA 1SL1A 3MWTA 3PX0A 1U47A 3CQ8A 4FVMA 2E2QA 3AO5A 5GIOA 1K6YA 4BDZA 4PKIA 1Q18A 2DPNA 4GVMA 4CESA 3VEZA 3EKSA 2YNGA 3TU5A 1HYVA 2F8SA 4BY9C 3TAFA 4F3OA 4WE1A 2Q31A 1YTUA 3OYIA 1EXQA 1OH5A 3WUHA 2XHBA 3ZT2A 4BDPA 3IMXA 3P4IA 3SMPA 2D1KA 1KRPA 3L2UA 4NLCA 3CQXA 1S6QA 1SL2A 5GAHP 4H8KA 4JI8K 4JLHA 5EXWA 4LY7A 4CHQA 3IUCA 3R3LA 3TAGA 1R0AA 3SZ2A 3SMSA 2I7NA 1LWEA 1SKSA 1DT9A 4O44A 4E1JA 5FRMA 4BVOA 3WEEB 3EYZA 1HNXK 1T3VA 1VRTA 3SAGA 4Z4GA 1KAZA 5LJVA 3IKMA 2IVNA 4AF1A 4FJIA 3OA9A 2QWNA 5I42A 3E66A 2P9IB 2PBDA 4EP4A 2HHSA 4K43A 3QIPA 3FZMA 3RRGA 2G8WA 1ASWA 4Y0WA 3VTHA 4KRFA 5AFUA 2KFZA 1WUAA 1LOTB 2YCHA 2O8EB 2GX9A 4YFUA 4E7LA 1J5EK 2IC3A 2YJFA 1ZBIA 4PKHA 5HRRA 4M41A 3OS1A 1NK9A 4FZYA 3OHRA 1GLBG 3NMUA 3CJ1A 3OYAA 4IOCL 2P1JA 3VOVA 2E88A 3RMBA 1Q81O 1QE1A 3L2WA 2JGUA 5FDLA 1W0HA 4RW9A 3M8SA 4FK0A 4CK3A 3C7NA 1TUUA 4DMNA 1I94K 4Q5VA 4U7BA 4CGGA 4EFHA 4L3QA 1XHZA 1VQKN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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