4CGGA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cggA00
1UWBA 1JLGA 3S3OA 2DTUA 4KAZA 4M3ZA 2YV0X 3OYCA 1DTQA 5C24A 3OYNA 4DQSA 4NCGA 4CJSA 1ASVA 4YFUA 4CGHA 3NH0A 4E7LA 1RT3A 5DMRA 2HHSA 4CHQA 4JRQA 1HJRA 2G8WA 4BE1A 4OVLA 1BCOA 1NK8A 2BGGA 5C42A 2HB5A 5SWMA 5T7BA 1CZBA 2GV9A 5HROA 1IKVA 3OJUA 4KHWA 4CF1A 4FYDA 4B9UA 3MECA 3AVIA 3L3VA 1BI4B 1L3UA 4GMJB 3SCXA 3SI6A 4B9SA 3HP6A 3SUOA 2VG7A 3DMJA 3K5NA 4TSXA 4Y1DA 4IBNA 3IG1A 1SKWA 4DTUA 4DSLA 1SUQA 4CERA 3M8PA 4IDKA 3HVRA 3L8BA 1RT6A 1JLEA 5J2QA 3QEPA 5I42A 2IDOA 3JSMA 3KKSA 1LWCA 4FM0A 2QXFA 3QERA 3TAGA 2XRIA 3U3YA 3F73A 1XHZA 4BWMA 3ISNC 3KLGA 1WSJA 3S3MA 4ELTA 3QESA 2Q3SA 4E3SA 4FZYA 4M45A 4DQRA 4ELUA 5CYMA 1LWFA 3AVBA 1REVA 3DLEA 3P5JA 4RW4A 4ZHRA 4Q5VA 3ZT2A 4FJXA 4DMNA 4C8LA 4I9LA 4Z4IA 3L2VA 2DY4A 1KFSA 3IS9A 2BANA 3K57A 3ASMA 1T7PA 3D0PA 4IKFA 1FK9A 3P1GA 3AVGA 4CFBA 5KTQA 1C0TA 1HNVA 3VQEA 1DTTA 4CF8A 2ZD1A 3K5MA 1A5WA 1A5VA 5C25A 5KGXA 3OS0A 4FW2A 3SPZA 1NK6A 3KD1E 4KI6A 1RBVA 1C1AA 1I3AA 1RILA 1RDBA 2R7YA 4EZ9A 4N47A 4LY7A 2ITGA 3SUPA 4FJKA 3NH1A 3QEIA 5I3UA 3HT3A 1WSGA 2G8KA 2Y1IA 4E19A 2QK9A 1YTUA 1J9AA 4JS4A 5EU7A 3QEWA 3C94A 3KLFA 2ZE2A 4KB0A 4F3TA 2X78A 4DF4A 3DI6A 1YT3A 3QIOA 3RMDA 1R0AA 5FDLA 4CJ3A 1BIUA 1RT2A 3KK1A 3KTQA 3PO5A 4B9MA 3AVJA 3SZ2A 2P51A 1NKCA 4J2EA 1WNSA 3L2RA 4IG0A 4KKOA 3VQPA 1ZYQA 3LP1A 1KLMA 1Z26A 3AA3A 3NGYA 1CXQA 3TR8A 3VQ5A 3OS1A 1KVAA 3PY8A 2KFZA 4FW1A 3BDPA 1TKZA 4DQPA 5J2PA 3QNOA 4ZTJA 2HHTA 3V6DA 3NFAA 3VQ8A 4MQ3A 4B8CA 1GOAA 4DF8A 5HLFA 4K8XA 3LDSA 4CJKA 3PX4A 4CIFA 3TAEA 1NK5A 3S9HA 4ID1A 4LSNA 1RNHA 3LALA 3L2QA 4CECA 1CZ9A 4XIUA 1S1WA 4W5QA 3EZ5A 3ZSZA 5KRSA 3MXMA 1SL0A 1Z25A 4CF0A 1TKXA 1WLJA 3HL8A 4CESA 1VRUA 3TWHA 4FCYA 3AO4A 4RW6A 3I0RA 1SL2A 1BISA 3DOLA 1JLCA 1WAJA 4FK2A 3QLHA 5FROA 4GW6A 4OKJA 3ZSWA 4CIGA 4F4KA 3HO1A 3HPHA 1NOYA 3VQBA 4DQIA 3SJJA 4E7JA 2QKKA 4HHTA 1U49A 1BQMA 1FKPA 1HPZA 4PY5A 1YVUA 2B5JA 2O4IA 3TAQA 1VSHA 3OJSA 4NCBA 2YHBA 3SUQA 2GBZA 1RDAA 3PX6A 4N76A 3VQDA 4PQUA 3VN5A 4BDPA 4DU3A 2DFHA 1EXQA 2WONA 1MU2A 4O4GA 2D5RA 5CY4A 1ZBIA 3LPUA 4C8MA 4CE9A 3CFPA 2QKBA 4FLUA 4F2SA 3T1AA 3SUNA 1D9DA 2Z1GA 5SZTA 2WOMA 2RPIA 4DFPA 1WN7A 3OYAA 1X9SA 1BGXT 5CZ2A 4CJWA 5HRNA 2XHBA 3V4IA 1EKEA 4ZTFA 3DM2A 1NJYA 5E41A 4E7IA 2P1JA 3LWMA 2E6LA 4KHSA 2G8IA 1KVBA 3T19A 1UA1A 4DFKA 4AHRA 3LP2A 1QSLA 2P5GA 4CJUA 3AO1A 1RTHA 3C95A 4OKKA 1X1PA 1O1WA 3DLGA 4CHYA 4OGCA 3OYLA 3NHGA 3NDKA 4LH5A 3ZSOA 1ITGA 1KLNA 3SV3A 4RW7A 4OPJA 2FBXA 3QINA 2HNDA 2E4LA 2P5OA 4MFBA 4PWDA 1JL1A 1VSMA 2A1SA 1Y97A 3C6UA 4AH9A 1TVRA 4CEAA 3PO4A 1HYSA 4KHYA 4I2QA 1NJXA 2B6AA 3K58A 4RW9A 1BL3A 2YKNA 5HP1A 3DOKA 1A5XA 2F96A 3G0ZA 1U45A 3L3UA 3M8SA 4AHUA 3V81A 4GVMA 2PZSA 4CCHA 2X6NA 4OLBA 1ASUA 1BCMA 2PYJA 1QQCA 3DYAA 3TABA 4W5NA 3RMAA 5J2MA 1VSKA 1QE1A 2HHUA 2YNGA 4CHNA 4KTZA 1NKEA 2RN2A 4E0DA 3CQ8A 4KPYA 3P83D 2EHGA 3LZIA 3NBPA 2VG6A 3V1OA 4CFCA 1WSEA 3OYGA 2OPRA 3VA0A 3WNGA 2D0CA 4AHCA 4FM1A 4DTMA 4I7FA 1WAFA 3V9SA 3SQ2A 3E01A 4W5TA 1L3SA 1LV5A 3NF6A 2IGIA 1KTQA 2Y1JA 3AV9A 3EYZA 4FLTA 4QCLA 3IRXA 4B9TA 3DRRA 3ZT1A 4FK0A 1RTDA 3OYMA 1U4BA 1RT5A 3AVNA 1IH7A 4HTUA 4FJ9A 3B6OA 4ICLA 1LAVA 4DSKA 4M3UA 1K6YA 3RR7A 4F2RA 3KLHA 4DLEA 1J5OA 3K5LA 4AILC 4CEQA 2OPPA 4FJ7A 4KREA 4DLGA 1RTJA 2EX3A 1RT7A 2HHWA 3O3GA 3WNHA 2KQ2A 2HNYA 3QEXA 1TAUA 3HPOA 4WE1A 4EZ6A 3RWUA 4FZXC 4CJ4A 1JLQA 3MAQA 1TK8A 1XWLA 2HHVA 2I5JA 2G8FA 4Z4FA 3B6PA 2AJQA 3NAEA 4CJPA 3V9WA 4FJ5A 3NE6A 3M8QA 2XY6A 4J2AA 4FJ8A 4KHUA 4OGEA 4J2DA 1VSIA 2OA8A 3L2WA 2OPQA 4FXDA 5JS1A 4CHZA 1HRHA 3MXJA 4M3YA 3DRPA 3ZT3A 2ETJA 1DLOA 2XY8A 3AVAA 2FBTA 4M3TA 1RDDA 4QOZB 1L3TA 1BQNA 1ZBUA 3KJVA 2PY5A 2FBYA 1KRPA 4KB1A 2YNFA 3O4QA 4QAGA 3HPGA 1KFDA 1RTIA 3NF9A 3S3NA 2Z1JA 4CEFA 1QTMA 4PA1A 4DTPA 3HYFA 4DSJA 3NCIA 4EP5A 3AA5X 4AHTA 3K59A 2VG5A 4RW8A 3O4NA 3TI0A 3U3GA 1NK4A 1G15A 2GUIA 3C6TA 3DLKA 5K14A 1J54A 2XY5A 3NH2A 1JXEA 4OPKA 4EP4A 4E7KA 3T3FA 1QSSA 1UAXA 3AO3A 1HQEA 4N5SA 1RDCA 1C0UA 1C1BA 3DRSA 2KTQA 5FRMA 1W9HA 3NF7A 1NK0A 2OPSA 1F21A 4CFAA 4FM2A 2ZQBA 2PYLA 4NCAA 4KHQA 1S9GA 3CG7A 3LZJA 3MXIA 2F8SA 1QS4A 1B9FA 4M3RA 1XHXA 4B9VA 1GOCA 4KV8A 3NGIA 4KTQA 1HMVA 3OYHA 1RBUA 1XC9A 2HMIA 5CZ1A 4JRPA 4DTSA 3QETA 1Q9YA 1WSHA 4W5RA 4B9NA 4DSIA 3ZCMA 3KD5E 3UIQA 1S5JA 4CJTA 3ZT0A 4DTJA 1X9WA 4CJFA 1N5YA 4KTWA 4HCCA 1HYVA 3MEEA 4HUGA 3AA2A 4CGGA 4F8RA 1SV5A 4DFMA 4Z4GA 1JL2A 1S1TA 3BGRA 4DS5A 1FXXA 3VQ6A 4H4MA 1RT1A 1IO2A 1VSJA 3OYKA 3LAMA 3OVNA 2B4JA 3ALYA 5JS2A 1VSEA 4FLVA 1XI1A 1U04A 4E7HA 2OYQA 1TGOA 1J53A 2FC0A 4CF9A 1S1UA 4BACA 2F8TA 4BDZA 5J1EA 3EY1A 4DFJA 3O3HA 4N41A 1CXUA 2JGUA 3HXMA 4BDYA 1BIZA 1B9DA 4NYNA 4FLWA 3WNEA 3VA3A 2IS3A 1VSDA 4JLHA 2Z1HA 4CEDA 1RT4A 4H8KA 1VK0A 4HUFA 3TARA 2HHQA 1T05A 1B92A 3LP0A 2BDPA 4OLAA 4YNQA 2IOCA 4OKEA 4J2BA 4M41A 3RMBA 3CM6A 4DU4A 3HK2A 4H4OA 4FVMA 2A1RA 2IC3A 4CEEA 1T8EA 3ZSRA 4KI4A 4IFVA 3SV4A 2OZMA 3V9ZA 4BE2A 2E6MA 4CK3A 1LW0A 3AVCA 3AVHA 4DG1A 1HYZA 2W42A 4FLXA 3V9XA 4DS4A 1SL1A 2G8UA 2YNIA 4DWIA 4DSFA 3AVMA 3SPYA 1HNIA 1D8YA 3IAYA 2YHAA 3H08A 5KGWA 4I9QA 4ID5A 3SQ1A 3LPTA 1I39A 1WSFA 2IAJA 4CJ5A 4FJMA 4FJGA 5DK5A 3OYDA 4Y1CA 1JLAA 1NK7A 5KRTA 4CGFA 4FK4A 4FJNA 4C8KA 2XO7A 1U48A 3ULDA 3NGZA 3D45A 3AA4A 1Q8IA 5HRSA 3QEVA 4HCBA 3LANA 1VSFA 2KFNA 2LSNA 4Z4CA 2KZMA 4E1NA 3TAPA 1QSYA 2RKIA 4Z4HA 4Z4EA 4B8AB 1SKSA 4JS5A 3I0SA 2G8VA 3M8RA 3HM9A 3L2UA 4FLZA 2VWKA 4OJRA 1EP4A 1D5AA 1BI4A 3RRHA 4F3OA 3RRGA 4DTXA 3PUFA 3NF8A 1EX4A 2OZSA 4AHSA 1KSPA 1TL3A 3V9UA 3ZSYA 3MEGA 1NOZA 1W0HA 5FRNA 3KK2A 1ZBFA 1VSLA 3V1QA 1YTAA 3DLRA 2NUBA 3CFOA 3HVTA 4CHOA 4N56A 4DSEA 4FJHA 1JLFA 1BHLA 4LH4A 4CJRA 3O3FA 3AO5A 1JKHA 2FBVA 3K5OA 3VQQA 1QHTA 1S6QA 3VQ9A 4B08A 4RG8A 2G8HA 1KCFA 1S6PA 4O55A 1VRTA 3ZSQA 2YNHA 3TAFA 3LAKA 3AVKA 1C0MA 4BWJA 3TAMA 1S9EA 4CJLA 3OYEA 3CM5A 3LP3A 3AVFA 3U6FA 4PUOA 1CLQA 4O5BA 1RBRA 1UA0A 4CFDA 4CJEA 4UQGA 4C8OA 1IG9A 1NK9A 1L5UA 4K8ZA 1TK5A 3AVLA 5HRPA 3QNNA 3TANA 3V1RA 3OYJA 1TAQA 1Q9XA 2HNZA 2X74A 4DTNA 4B9LA 2Z1IA 5KI6A 4CK1A 4Z0UA 1RBTA 3CYMA 1LWEA 4LD0A 4E1MA 3RTVA 4CGDA 4NYFA 4CK2A 2JLEA 4CEOA 4M3XA 3HP9A 4Q0BA 1SKRA 4O0JA 4B3OA 3KLIA 3KK3A 1C6VA 5CYQA 4CIEA 1ZBLA 2KZZA 1EETA 4FZZA 1IKXA 2RF2A 3HSTB 1X9MA 4DTOA 1RBSA 3DLBA 4FJIA 1ASWA 2HW3A 4G1QA 4DTRA 4O0IA 3VQCA 1L3VA 3SQ4A 3VQAA 4W5OA 3F9KA 3JYTA 1LAWA 1IKWA 1HQUA 2X6SA 1TKDA 1ZBHA 3OYIA 4KHNA 3OS2A 2D0AA 3OYBA 4ELVA 2DFFA 5HBMA 1S1VA 4CF2A 4O44A 3OY9A 3I8DA 3RMCA 1NKBA 4HUEA 1NJZA 1TKTA 3RR8A 3HJFA 2BE2A 2HVIA 3OYFA 4BE0A 4KRFA 1IKYA 4CJQA 4IG3A 3WNFA 3ITHA 1LW2A 2D0BA 5J2NA 3KLEA 2HHXA 2VWJA 4KFBA 1U47A 1TK0A 1T03A 1KVCA 1FKOA 3AO2A 2XY7A 1TV6A 4CGIA 3K2PA 1JLBA 1D9FA 3DLHA 3FFIA 1RCHA 5D3GA 3THVA 2ATQA 2KW4A 3G10A 4IFYA 4DQQA 3SYZA 4CEZA 4M42A 3PV8A 2DFEA 1WSIA 4DU1A 3VQ4A 4CGJA 4L8RB 4C8NA 4FJJA 3KKRA 3PX0A 3SNNA 3A2FA 3CFRA 1NJWA 4CEBA 1S1XA 5HRRA 4FJLA 4M3WA 3QIPA 2HVHA 3ZSVA 1JXBA 1TL1A 4HVJA 3KIOA 3QO9A 1C1CA 3LWLA 3SQ0A 4CJVA 1N6QA 2YKMA 3ZSXA 1GOBA 4KO0A 4I2PA 3ZT4A 4CHPA 4FLYA 4LSLA 4AHVA 3MEDA 2O4GA 3VQ7A 4E89A 4R5PA 1UOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FZFA 3S3OA 1Y64A 5C24A 1S22A 4NCGA 2V7YA 1ASVA 4CGHA 3NH0A 5DMRA 4CHQA 4U67L 4JRQA 1SAZA 2G8WA 1BUPA 2HB5A 2E8AA 4BG8A 4B9UA 3MECA 3AVIA 1BI4B 1L3UA 3R9PA 4B9SA 4GNIA 3K5NA 5AQVA 3A5OC 1W7AA 4IDKA 3L8BA 1ATRA 1JLEA 5E84A 5AQNA 3TAGA 1LWCA 3QERA 3P31A 2UXDK 4Z94A 4BWMA 1M1KO 1WSJA 5HL7L 4ELTA 4EAHD 3D2EA 4Q5VA 3ZT2A 5AQKA 5JLHA 3B8AX 4E89A 2BANA 3K57A 3ASMA 3WXIA 1FK9A 2YI1A 3P1GA 5KTQA 4BRPA 1DTTA 4CZGA 2E2PA 5C25A 3OS0A 3UKRA 1NK6A 2ZF5O 2O8CB 3NVKA 4EIAA 5TKWA 1RILA 4EZ9A 3R1XA 3FR0A 2ITGA 3IKMA 4LY7A 3SUPA 4FJKA 3PIOL 5A2QO 2G8KA 3WQUA 1VAZA 1YTUA 1J9AA 3C94A 4KB0A 2ZE2A 4F3TA 4DF4A 3QIOA 2YHYA 3RMDA 5FDLA 4CJ3A 2J4RA 3G6EN 1NGBA 3AVJA 2P51A 3OW2M 1WNSA 4PKGA 4IG0A 1S3XA 2Q31A 2KFZA 4FW1A 5AQTA 4ZTJA 3QNOA 2E1YA 1BOTO 3NFAA 1M90O 2RE2A 3LM9A 4CJKA 4CZLA 3S9HA 4LSNA 2F9WA 4C1NI 4LC9B 1CZ9A 1T3VA 1S1WA 3GE1A 4CECA 3ZSZA 5KRSA 2WBNA 4XIUA 3HL8A 1VRUA 3TWHA 4RW6A 3OA9A 3VERA 2P9UA 1N34K 4NLBA 1OH5A 1NGFA 4BRFA 3U8XA 3R8EA 1U2VA 3HPHA 2V52B 2HSTA 4CZKA 2QWNA 1BQMA 1FKPA 3SAGA 3OBYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VRT A;  3C7N A;  1LCU A;  2ASP A;  4WQ4 A;  3WXJ A;  3MX2 A;  5F2R A;  1RBR A;  1UA0 A;  2QI2 A;  4H0T B;  4MO5 A;  1QZ6 A;  2EWS A;  4AM7 A;  3QNN A;  1QHA A;  3J7Y P;  3GOI A;  1VQN N;  1BO5 O;  4CK1 A;  2OTL N;  4CGD A;  3I55 N;  2IIR A;  2IVP A;  2JLE A;  4CEO A;  3EZW A;  1SKR A;  3QDK A;  2P9N A;  4JKE A;  5HOO A;  1EET A;  1GLA G;  3DLB A;  4FJI A;  4JKF A;  1TUY A;  1L3V A;  4W5O A;  2ASM A;  3JYT A;  3GL1 A;  4WF9 L;  3OYB A;  4ELV A;  4CF2 A;  3U9Z A;  4LFA K;  5ADX A;  1WB9 A;  4YDU C;  4WQ5 C;  2JWK A;  3CMA N;  1NJZ A;  2BE2 A;  3GDQ A;  4NXM K;  5AQZ A;  3MN6 A;  2A3Z A;  1HKG A;  1KVC A;  3P4I A;  1EWQ A;  4CGI A;  1RCH A;  1BWF O;  3G10 A;  2DFE A;  4DU1 A;  3EKU A;  1JCF A;  3HSC A;  1K8K A;  4CEB A;  1NJW A;  4M3W A;  3ZSV A;  4I6M B;  2HMP A;  1FJG K;  3QO9 A;  3MED A;  3UKU B;  2E5L K;  4FWM A;  2OAN A;  4LSL A;  3QBW A;  1HUX A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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