4CGIA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgiA00
1GOAA 2F96A 3WNGA 2D0BA 4I9QA 3KKRA 1SKRA 3TWHA 3QEIA 4CJFA 1U4BA 1VSMA 3HPHA 3NF6A 4Q5VA 4BE2A 5HRSA 4FJGA 1RDDA 4KTWA 4M41A 3ZSYA 3TAEA 4KHQA 4CJ4A 1YVUA 3AO5A 1QSLA 3KIOA 2G8KA 4DSJA 4N56A 2X74A 3NCIA 4DFKA 2EHGA 1A5WA 4LSLA 4FLUA 1Q9XA 1B9DA 3OYBA 1L3SA 1WSGA 5FDLA 4CHZA 4NYFA 3V9WA 1NK9A 4CHQA 5CYMA 3ZT2A 4BACA 4DLGA 4OLBA 4B9MA 4E3SA 4B9VA 4FJKA 2E6LA 4CJEA 4AHTA 1IKWA 1VSIA 2HVHA 1QSYA 4KO0A 4CGJA 3F73A 3HP9A 3HJFA 2F8SA 4ZHRA 2OA8A 1JL1A 3L2UA 3PX4A 3DOLA 3VN5A 1JKHA 3LPTA 3KJVA 3M8RA 4CEFA 2Y1IA 3SUOA 2KW4A 2XRIA 2G8FA 1Z25A 4DTSA 5KTQA 2XY6A 3DLRA 3HP6A 1QSSA 1VSFA 1NK8A 3L2RA 4FM2A 4M42A 1EKEA 4CJPA 1SL1A 3AVKA 3DYAA 4KHUA 1HQUA 3LP1A 4E7IA 1TAUA 4CJKA 1FK9A 4B9NA 3OYEA 2G8IA 1QE1A 4CJUA 4OKKA 1T8EA 2D0AA 4GVMA 4YFUA 1N6QA 2P5OA 3OYGA 1G15A 1FKPA 5HBMA 3KLGA 3RRHA 1L3UA 4IDKA 4DWIA 1YTAA 3B6OA 3NGIA 4Z4EA 3ITHA 2IAJA 4FJ8A 2WOMA 4Z0UA 1FXXA 1QTMA 3AO1A 4CCHA 3MXJA 3DLHA 2HHSA 3D0PA 5HRPA 1HYVA 2GUIA 3ZSOA 1HPZA 3KLHA 3RMBA 3QIOA 4FLZA 3DRSA 1T7PA 1ZBUA 1W9HA 3DLGA 2W42A 3CFRA 4H4OA 2F8TA 3VQ6A 1TVRA 2G8UA 1JLBA 3TABA 4Z4CA 3L2VA 2G8HA 3ZSXA 3PV8A 1SKSA 1LWCA 1RBRA 4W5OA 3K5MA 4DTOA 4E1NA 1XI1A 4BWMA 3O3FA 4AHSA 4E7KA 4B9SA 4F2RA 4M3WA 1B9FA 3AA3A 3AV9A 1HMVA 3P5JA 1RTIA 3SPZA 3LZIA 1JL2A 1C0UA 1C0TA 1O1WA 4CGHA 3MEEA 4CHOA 4H4MA 1NKCA 4KI6A 2Y1JA 1JLFA 3SV3A 5J2QA 4HCCA 1FKOA 2B5JA 3TR8A 3V1RA 4CGGA 1RT1A 3K5LA 4Q0BA 4AILC 3AVGA 3I0SA 3AO3A 3CG7A 1HQEA 3VQPA 5DMRA 1S1XA 5EU7A 3RMCA 2Z1HA 2YHAA 4GMJB 5HRRA 3HPOA 2YNGA 4CECA 2KZMA 4RW4A 3OYLA 2E4LA 4DU4A 2XO7A 3E01A 4JS5A 1XC9A 1UA0A 1C1AA 2KZZA 2ZE2A 3QNNA 4FK4A 2IGIA 3KK3A 2BGGA 1TK0A 4WE1A 4CFDA 3QEVA 1U04A 3SQ0A 4CK3A 3OY9A 4KTQA 4GW6A 3L3UA 1S1UA 1RTHA 5CZ2A 4FW1A 1J54A 4CGDA 1HYSA 2FBTA 1WSHA 3VQ9A 1K6YA 4QAGA 3ZSWA 4KB0A 4C8LA 1NOYA 1T05A 2HNYA 4ELVA 3C6UA 3AVAA 4O5BA 1S1TA 3OS2A 3KK1A 3SUPA 1NK0A 2HHVA 2X6SA 1TKZA 5J2PA 3V81A 3SPYA 1RNHA 3NHGA 3NH1A 3OYCA 1KSPA 4F2SA 2OZSA 3OJSA 3V9SA 3PX0A 4NCGA 4MQ3A 4TSXA 3PO4A 4W5QA 3T19A 2QKBA 4PQUA 5KGWA 4E1MA 3VQ5A 2YKNA 2XY7A 2KTQA 2I5JA 1TKXA 1I3AA 4ELUA 4N76A 3SUQA 3HYFA 4DS4A 3QEWA 4W5RA 2DTUA 1UOCA 4C8MA 3QLHA 4L8RB 2XY8A 4EP4A 3K5NA 3K57A 1ZBLA 1JXEA 2QXFA 4HHTA 3P1GA 1KLMA 4HUFA 1HNVA 4DTXA 1NK4A 3ZSRA 1I39A 1SV5A 1JLQA 1WLJA 3AVMA 4BE0A 3PO5A 3CQ8A 3C6TA 4DQQA 4FJIA 2VG7A 4RW6A 4DTJA 1IG9A 2HVIA 3LPUA 4F3OA 4CJRA 1LW0A 3V1QA 4CEZA 4CHYA 3RTVA 4ID5A 3OS0A 3SI6A 1ZBFA 4CEOA 1TV6A 4CFAA 2R7YA 3AVNA 3TANA 4ELTA 2Z1JA 4M3UA 3IG1A 4OKJA 4RG8A 5CYQA 4CEDA 4O44A 5C25A 3OYIA 3NF7A 4N47A 4QOZB 2FC0A 4M45A 2KQ2A 4FLYA 4KI4A 4HUEA 1TK5A 1CLQA 2B4JA 1S1VA 2DFFA 2GV9A 1XHXA 3D45A 3K58A 2Z1GA 1MU2A 1SL2A 1U48A 3SNNA 3T1AA 3NFAA 1LWFA 3AA2A 3SV4A 4FZYA 2NUBA 3CFOA 3VQEA 4IKFA 5CZ1A 2AJQA 4LH5A 4IBNA 4DLEA 3DLBA 4CJ3A 4W5NA 1RDBA 4FLXA 2DFHA 3NAEA 4DF8A 3QIPA 3TI0A 3AVIA 1IH7A 1HYZA 3DM2A 1GOBA 2RN2A 3NGYA 4OJRA 3TAQA 2X78A 1LW2A 1D9FA 2PYLA 4CF2A 3RR8A 3AO4A 3O4QA 3LWMA 4Z4FA 1RT2A 3VQ4A 3BGRA 1DLOA 3RRGA 3DRRA 4K8ZA 1S9EA 3KLEA 3KLFA 2OZMA 2HHXA 2RPIA 2E6MA 1EP4A 1A5VA 1Z26A 2LSNA 2VG6A 4C8NA 3LWLA 1KLNA 1KRPA 3ISNC 2EX3A 4I2QA 1VK0A 2XY5A 4CHNA 2FBYA 3NH0A 1CXQA 4IG3A 1RT6A 3V4IA 1RBUA 4FJHA 2VG5A 4FK2A 4DU3A 1RDAA 4JRPA 1L3VA 4OGEA 4O4GA 1YT3A 1CZBA 3AA5X 2YNIA 3LP0A 4CEQA 3DI6A 4DMNA 1L5UA 4RW9A 1ZBIA 3O4NA 4CF9A 4KHYA 1HJRA 1R0AA 1SKWA 1C1BA 3HO1A 1Y97A 3QINA 3VQAA 1RTDA 3HVRA 3IAYA 1NKEA 2BANA 4ZTFA 3S3OA 4Y1CA 3ZT4A 4B9UA 4FW2A 4F4KA 4DU1A 1RT4A 3M8QA 4OLAA 1RBTA 1JLEA 4DG1A 3NGZA 1ASWA 1IKYA 4ICLA 3ZSZA 1NKBA 4Y1DA 4DS5A 3QERA 3DRPA 4BE1A 3TAPA 5HLFA 3OYAA 4DTUA 3NF9A 1BISA 3LALA 4O0IA 4KPYA 1C6VA 3SQ2A 4PWDA 4YNQA 3VA3A 1UAXA 4DTNA 1NJZA 1TKDA 4J2BA 4B3OA 1IO2A 2YHBA 3UIQA 1RBVA 1LV5A 4PUOA 4N5SA 3L2WA 1U45A 1KTQA 5SWMA 1BI4A 2Z1IA 4KKOA 4ID1A 1S9GA 3M8PA 1XHZA 3K5OA 3VQDA 2HMIA 4FJXA 3V9UA 4DQPA 1U49A 2D0CA 3LAMA 4M3TA 1D9DA 5SZTA 1WSIA 4DFMA 4E0DA 1GOCA 3AA4A 5C24A 4FM1A 3K59A 1TAQA 1N5YA 2HHUA 1BQNA 2BE2A 4FJ7A 3HVTA 1J9AA 2A1RA 3S3NA 3AO2A 3WNFA 3AVLA 1VRTA 3QESA 3PUFA 3SYZA 1NJWA 4FJNA 4CESA 4OKEA 1S5JA 4MFBA 4I9LA 3HXMA 4J2DA 4KHSA 3TARA 2GBZA 5DK5A 4CJWA 3VQBA 4DTPA 3SJJA 3TAMA 3FFIA 4CJQA 2YKMA 3LAKA 4PY5A 1ASUA 3F9KA 5JS1A 1UWBA 3MAQA 1RT7A 4F3TA 3LDSA 1NK5A 1BCMA 3A2FA 4FCYA 1TK8A 4E19A 5KRSA 3ASMA 1QS4A 3P83D 4JS4A 1IKVA 4KHNA 5HRNA 3OJUA 1KVCA 4CEEA 3MEGA 4CK1A 3B6PA 5KGXA 4FLVA 4DSLA 4FJ9A 1VSDA 1BGXT 1TL3A 3AVJA 3C94A 4OVLA 3OYDA 4CE9A 4DFPA 2OPRA 3AVHA 1X9SA 2OYQA 3MEDA 3ULDA 4E7LA 2HHTA 1RT3A 3HM9A 1BIZA 4AHUA 4CJVA 2ATQA 3OVNA 3QEXA 2IDOA 2ZQBA 3LZJA 3PX6A 3VQCA 3MXMA 4RW8A 3S9HA 1D8YA 1WSEA 1B92A 3ZSQA 2VWJA 4BDYA 4NCAA 1U47A 4DFJA 1IKXA 1ITGA 2IC3A 4G1QA 1ZBHA 4CFBA 3IRXA 4FM0A 3MECA 4JLHA 4CGIA 2B6AA 3C95A 4O0JA 4FXDA 3ZSVA 3ZT3A 3THVA 4PA1A 3TAFA 4C8OA 1J53A 2JGUA 4IFVA 4DTRA 4LH4A 2RF2A 2QKKA 2HHQA 4KREA 1TKTA 3I0RA 1TGOA 1BHLA 3OYNA 3JYTA 3SQ4A 1BQMA 3EY1A 3AVCA 4FJLA 4LSNA 1RT5A 3L2QA 4NCBA 3NBPA 3NH2A 3AVBA 2ETJA 2VWKA 5CY4A 5KRTA 1RBSA 5I3UA 3U3YA 2PY5A 2IOCA 3HL8A 4FJMA 3I8DA 5FRMA 4CGFA 4HUGA 1A5XA 2A1SA 1WAFA 3EZ5A 3O3HA 3QEPA 4FK0A 3WNHA 4B9TA 4Z4IA 1JLGA 4KV8A 4AH9A 3SQ1A 2DFEA 4KTZA 2O4IA 1LWEA 1XWLA 3OS1A 2WONA 1REVA 3WNEA 3KK2A 5HP1A 3OYHA 4CJ5A 2P5GA 1RDCA 4XIUA 3QNOA 4K8XA 2HHWA 1C0MA 4O55A 4B8CA 1CZ9A 4FLTA 3PY8A 1NJXA 4E7JA 4HCBA 2OPQA 2XHBA 2G8VA 1SL0A 4HVJA 5E41A 3V6DA 4M3RA 4M3ZA 5HROA 5J2NA 3V9ZA 3T3FA 1X1PA 4M3YA 1J5OA 2PZSA 2RKIA 3QETA 3S3MA 5C42A 4HTUA 3NF8A 4FYDA 1W0HA 3EYZA 4H8KA 1RILA 3RMAA 1YTUA 1DTTA 4AHVA 5J1EA 3LP3A 4CHPA 3HPGA 4CEBA 1RTJA 5T7BA 1Q8IA 4CIGA 3U6FA 2YNFA 3LP2A 3O3GA 1KFDA 1LAVA 2HW3A 3CFPA 1D5AA 2D5RA 2YNHA 4NYNA 2ITGA 4IFYA 1X9WA 4CIFA 1RCHA 1KFSA 4BDZA 4B9LA 4I7FA 3CM6A 3V9XA 1L3TA 4BWJA 2IS3A 1BCOA 1HRHA 4F8RA 1NK6A 4M3XA 4J2AA 1DTQA 3CYMA 3RWUA 4CK2A 1JLCA 2HNDA 4FLWA 1F21A 3SUNA 4RW7A 1VSEA 1Q9YA 3LANA 4DSEA 4OGCA 1EX4A 5K14A 1WSFA 4AHRA 4E7HA 3VQ8A 1X9MA 1C1CA 3IS9A 4DTMA 4N41A 5KI6A 3NDKA 1BL3A 1EXQA 1VSKA 1ZYQA 2Q3SA 1KVBA 2P1JA 1KVAA 2HNZA 3KLIA 3OYFA 3MXIA 4W5TA 4FZXC 3SCXA 2G8WA 4I2PA 1NOZA 3K2PA 4B08A 4C8KA 5J2MA 1CXUA 4CJTA 3L8BA 2P51A 1UA1A 2O4GA 4DSKA 3DOKA 4ZTJA 2HB5A 3ALYA 4OPKA 4FJ5A 4E89A 3ZCMA 1VRUA 1T03A 4DSFA 3KD5E 3VQ7A 1NJYA 2FBXA 1VSJA 2OPPA 1SUQA 5JS2A 3G0ZA 4CJSA 4EP5A 3HT3A 3TAGA 2ZD1A 3G10A 3RR7A 4KB1A 3HK2A 3QO9A 4KHWA 3L3VA 3KTQA 4IG0A 4OPJA 3NE6A 4Z4GA 2JLEA 4B8AB 2PYJA 1KCFA 3ZT0A 2KFZA 5FRNA 4DF4A 4LY7A 2QK9A 4JRQA 4FZZA 3H08A 1VSLA 1BI4B 1JXBA 3OYJA 4FJJA 4CF0A 3OYKA 4BDPA 2KFNA 2OPSA 3OYMA 1QQCA 1S1WA 1WNSA 2FBVA 1S6QA 1VSHA 4DQSA 3DLEA 1WAJA 4CEAA 4CERA 5I42A 4DSIA 3DLKA 5FROA 1QHTA 4FVMA 1HNIA 1WN7A 3V1OA 4KAZA 4J2EA 2DY4A 1BIUA 1LAWA 1WSJA 2X6NA 4CIEA 3CM5A 4CJLA 4R5PA 3JSMA 4CFCA 3KKSA 5D3GA 4KRFA 1EETA 1JLAA 4EZ9A 1TL1A 4UQGA 3BDPA 3KD1E 4LD0A 4CF8A 4DQIA 4KFBA 1S6PA 3ZT1A 3DMJA 3SZ2A 3VA0A 4DQRA 4AHCA 3RMDA 2BDPA 4EZ6A 4Z4HA 3M8SA 3HSTB 4CF1A 1NK7A 3VQQA 3U3GA 1ASVA 4QCLA 3AVFA 2YV0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWLA 4H5RA 1SKRA 4A2AA 2ZGZA 4BE2A 5AQUA 4LF5K 1OKJA 1RDDA 4XH5A 2Q0RA 3ZSYA 4BVOA 4CJ4A 1K8KB 4H0XB 3AO5A 2WFBA 5CR4A 4DSJA 2X74A 1K9MO 1B9DA 4WF9L 1L3SA 1WSGA 3G25A 4H5WA 3ZT2A 4H03B 4FJKA 4CJEA 1M90O 3CJ7A 3HJFA 2F8SA 4ZHRA 3L2UA 4JI8K 3DOLA 1HYSA 3D2FB 3Q7BA 2XRIA 4DTSA 3Q7CA 3T1YK 3DLRA 3HP6A 1GLLO 1NGDA 1NWKA 3ZYYX 2E2PA 2HF3A 2VQEK 1TAUA 4PKIA 2A42A 4CJUA 1T8EA 2D0AA 4GVMA 3RRHA 4DWIA 3B6OA 5M1QA 2I7NA 4GKJK 4JK9A 3ZEUA 2IAJA 2HSTA 1FXXA 3AO1A 3EE8A 2ZWHA 1W7AA 4FLZA 3DRSA 3T7ZA 1ZBUA 3CFRA 3VQ6A 1TVRA 2G8HA 3QB0A 4A57A 3K5MA 4LC9B 3J80O 4FOEA 4E7KA 5IT9O 3VEXA 5JMVA 3AA3A 1RTIA 3SPZA 3LZIA 1JL2A 1C0UA 4CHOA 3MMVA 3VF2A 2O8FB 4KI6A 1BUPA 3TR8A 3HI0A 4Q0BA 3I0SA 3WQUA 3CG7A 5AQJA 3EN9A 4GV9A 4CZMA 1S1XA 3RMCA 5BPMA 2A3ZA 2O8CB 3OW2M 3OYLA 2XO7A 3R8EA 2ZE2A 1NGBA 3KK3A 4DR4K 3GBTA 2UXBK 4I6MA 3OBWA 4BQZA 3L4QA 2QA4N 4AQYK 5CZ2A 2I7PA 4QAGA 3C6UA 3FZKA 1S1TA 4FWOA 2HHVA 2X6SA 2HMPA 3NHGA 3NH1A 3IFRA 4Y0WA 4F2SA 4JI4K 3OJSA 3V9SA 4NCGA 3QBWA 3U9DA 4PQUA 5KGWA 2XY7A 1ESVA 2I5JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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