4CGJA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgjA00
3THVA 3V9XA 2QK9A 1JXEA 1VSKA 3SQ1A 3ZSVA 2OZMA 1IKWA 1X9SA 3VQEA 5KRTA 4O0JA 2YKMA 4DTSA 2KQ2A 1GOBA 4NYNA 4Z4CA 4DTOA 2IS3A 1ASVA 4BE0A 4DQIA 3ITHA 3SUOA 1RDCA 4KTWA 4M3XA 1BCMA 3A2FA 3SQ0A 1B9FA 2IDOA 3AVGA 4GVMA 3VQBA 3U3GA 1NOZA 4CJPA 3I8DA 1S1XA 1Q9XA 1NK0A 2G8HA 1WSJA 1XWLA 4B9VA 4CEBA 1NJXA 4F3TA 3QIOA 3V4IA 4N5SA 4DU3A 1KFSA 2RN2A 5J2PA 1GOCA 1VSJA 2IC3A 3DM2A 3ISNC 4KV8A 4C8MA 2KFZA 3HVTA 4B3OA 3QETA 4FJLA 3WNHA 3NGIA 1RCHA 3NAEA 3CYMA 1FKPA 1RT3A 4CEQA 3LDSA 2X78A 4J2AA 1KRPA 3SUQA 3KD1E 1TKDA 2BGGA 4AHVA 3AA2A 4AHSA 2KW4A 2YNIA 4CGJA 3NH2A 3OYFA 3LWMA 4AHCA 4E7JA 1JLGA 1I39A 4CFCA 3RMAA 3VQ8A 3L2QA 3V81A 1TAQA 2HHUA 3B6OA 5KTQA 4DSFA 4YNQA 5J2QA 4E3SA 2Q3SA 4ELUA 4B9LA 4FJIA 4OJRA 5KRSA 1FXXA 4B8AB 4CJTA 4HUFA 2HHSA 4N56A 4OPJA 2P5OA 4DF4A 3I0RA 5EU7A 1S5JA 4CECA 1ASWA 1RDBA 1S1VA 4CJRA 1ZYQA 4L8RB 3TAQA 4OLBA 2JLEA 2VG7A 1U04A 4FLTA 3WNEA 2W42A 4ELTA 4KHYA 3V6DA 3QESA 1RBSA 1TKZA 1D9FA 4CJEA 3OS2A 2Y1IA 3AVFA 4KI4A 2KFNA 1KSPA 1EX4A 3AVAA 4KB1A 4F2RA 4FM1A 2OPQA 4FJKA 4I2PA 3ZT3A 5C25A 4CEEA 3K5LA 2GBZA 4BE1A 4JRPA 3QEWA 3SQ4A 5HRNA 2D5RA 4C8OA 2Z1GA 1TL3A 1LWCA 1KTQA 5FDLA 4KHQA 4GMJB 3G0ZA 3AVLA 3RTVA 4BE2A 2HHVA 3QERA 4GW6A 4KTZA 3OYLA 2RF2A 3VQQA 1RT7A 4FJGA 5CY4A 5C24A 3KLIA 3B6PA 4RW4A 3O3FA 3C6TA 2F8TA 2FBTA 5CZ1A 4E0DA 2RKIA 4FJHA 4ICLA 5J1EA 4O44A 3ZCMA 5E41A 1LWFA 3M8RA 2XHBA 3AVMA 4CF1A 4DTPA 1XI1A 1S1WA 2D0CA 3MXJA 1L3TA 4BWJA 1FK9A 1HMVA 1YTAA 2B6AA 2ZQBA 3CG7A 1B9DA 2XY6A 2OA8A 1SV5A 3RRGA 4CF9A 4E1NA 4FJXA 1J54A 3KK2A 3O3GA 3RWUA 4KHWA 4BACA 1L3VA 3AO1A 2KZMA 4H8KA 4DF8A 4F4KA 4CF0A 1HQEA 4KAZA 2YNHA 3HJFA 4K8ZA 1VSEA 4CEZA 4G1QA 1KVAA 3OYHA 2VG6A 1TK5A 4FJ9A 1RNHA 4Z4IA 1BHLA 1JL2A 1RBVA 5D3GA 1T05A 4PWDA 4Q5VA 3QEVA 4M3RA 4H4MA 1TK8A 2QKKA 2PYLA 3ZSRA 3DLHA 3OS1A 3S9HA 5FRMA 2HHXA 2HB5A 3TAPA 4FVMA 2LSNA 3OYAA 1XHZA 2I5JA 1CXQA 5I3UA 4RW8A 4CJKA 2OPSA 1YTUA 3NF6A 3DOLA 5C42A 1REVA 1KLNA 4DSKA 4QCLA 2Z1HA 3OYNA 1HNIA 1EKEA 1NK8A 2IAJA 4Y1CA 1NOYA 2AJQA 4CJSA 3O3HA 2G8KA 1S9EA 2EX3A 3QIPA 4CJ4A 3K57A 1NKBA 3PO4A 1T03A 2P1JA 2GV9A 3RRHA 4IDKA 5KGWA 1KVBA 2R7YA 4CJUA 3PX4A 4FZYA 1NKCA 1TK0A 4C8NA 4HVJA 3K59A 1BGXT 4CHQA 4EP5A 2XY8A 3V1OA 4DTRA 1LWEA 3RR7A 4IBNA 4OGCA 3IS9A 1NK4A 1S9GA 3WNGA 3SJJA 4ID1A 3VQPA 1C6VA 4CESA 4C8LA 4FXDA 4JRQA 3SUNA 1RT6A 4DFKA 4FK0A 1QTMA 4QAGA 1MU2A 1QSLA 4I9LA 3OYJA 3KLEA 5HP1A 1RDAA 2Y1JA 3AO2A 5SZTA 3HPOA 2HVIA 1EETA 4FLXA 4H4OA 4E7LA 4CHZA 1NK7A 1U49A 2PY5A 3HK2A 3SV4A 2Z1JA 4BDYA 4EP4A 4DS4A 1ITGA 1RTDA 4FJMA 1JKHA 1G15A 1ZBUA 1TKTA 1VSDA 3NCIA 2HMIA 1UA0A 1A5XA 1SKWA 4F3OA 4KFBA 5CYQA 3ZSXA 4CF8A 4IG3A 3NH1A 3L8BA 3OYGA 1CLQA 3ULDA 1L5UA 3TANA 1I3AA 5JS1A 1TL1A 3KKRA 3HL8A 3VN5A 1TV6A 1C1CA 5HRPA 1RT2A 2JGUA 3CFPA 1B92A 4B9SA 3TAFA 4RG8A 1D5AA 4O55A 3VA0A 3LZJA 3L2RA 3P83D 1QQCA 3JSMA 3WNFA 3KD5E 3TAMA 4KKOA 3DMJA 4DLEA 3K5NA 4J2BA 3CFOA 2WOMA 1WLJA 4DSEA 3ASMA 4CJ3A 3KK1A 3NE6A 3K5MA 3QINA 2XY7A 4WE1A 1NKEA 1RT5A 1VSHA 1TKXA 3HXMA 2E4LA 4FJ7A 4ZTFA 4DQRA 2HVHA 3NGZA 3NF7A 4M3WA 3VQCA 3V9WA 1DTQA 3AA3A 3VQ7A 3L2WA 1HYSA 4OVLA 4M45A 2F8SA 3U3YA 4DSIA 4CK2A 3KLGA 4AHRA 1FKOA 1ZBHA 4M42A 3SQ2A 4LSLA 4B08A 3LP0A 3C6UA 4ZHRA 5SWMA 3E01A 5HLFA 3ZSYA 4B9TA 2FBVA 2P5GA 2XRIA 4DQPA 1C0UA 2DFHA 4DU4A 4KHNA 1BISA 2ATQA 4HUGA 3AA5X 2PZSA 4LD0A 3P5JA 4F8RA 1JLQA 2OPPA 2O4GA 4YFUA 4DQSA 1TAUA 1KCFA 3TAGA 3QLHA 2KZZA 3PV8A 4I9QA 4FK2A 2DFFA 3ZSZA 5HBMA 2D0BA 3ZT2A 1BL3A 4KB0A 1XC9A 3RMBA 4CJQA 3TWHA 3M8QA 4F2SA 3M8PA 2YHAA 4LY7A 4B8CA 1IG9A 4PUOA 4DFPA 3IRXA 1NJZA 4DWIA 2YV0X 1T8EA 3OY9A 4CF2A 4OGEA 1GOAA 4W5OA 1VK0A 3F73A 4CFDA 1DLOA 3QEIA 4C8KA 4M3YA 1U4BA 1SL1A 2IOCA 4DSLA 3LANA 3NGYA 4R5PA 5HROA 1RBRA 4FYDA 3VQ4A 3HSTB 1C0MA 4CGIA 3HVRA 4CEFA 4QOZB 4E7HA 1J9AA 3MXIA 3AO4A 1KFDA 1C1AA 3PX6A 3TARA 1L3UA 2QKBA 3DLRA 3KLHA 1CXUA 1RILA 3OYBA 4NCAA 3VA3A 1Z26A 3L3VA 1VRUA 1ZBLA 3LALA 4HCCA 2HW3A 4CHPA 3NHGA 4NCGA 4FCYA 4KI6A 3L2UA 4FJJA 1S1UA 3P1GA 4CIGA 1YT3A 3TR8A 3HYFA 1U45A 1JXBA 3OYDA 2HNDA 3AVJA 3V1QA 3SUPA 4LSNA 3PX0A 3MEEA 3V9SA 2FBXA 1NJYA 4TSXA 4CHNA 4O0IA 1BQMA 4DTXA 3TABA 2NUBA 3AVBA 1LW0A 4CJVA 4KRFA 3IG1A 3V9ZA 3BDPA 1RT1A 3UIQA 3RMDA 3NF9A 5DK5A 3LPTA 1UOCA 3ZSWA 1Q8IA 4OKKA 3H08A 3KTQA 4HUEA 3NFAA 3K58A 3AV9A 4DTUA 3PO5A 1J53A 4DFMA 4IKFA 4B9UA 3SCXA 1EP4A 3QEXA 4CEDA 1LW2A 1LV5A 1WSFA 4FLWA 2G8WA 3AVKA 5HRRA 2FC0A 1ASUA 4KO0A 3D0PA 1UA1A 4CJLA 4Z4EA 4KREA 5KI6A 3LZIA 4O4GA 4W5TA 2X6NA 1IKVA 4N76A 3AVHA 3LP1A 3QNOA 1HYZA 4HCBA 1IKXA 2O4IA 1SUQA 3ZT0A 3NH0A 2E6MA 3LWLA 1NK6A 1RTJA 4CERA 3OYKA 3AVNA 3VQAA 1YVUA 2BANA 3PY8A 1RBTA 4DQQA 3T3FA 3LAMA 1DTTA 3BGRA 2ZD1A 3DI6A 3AO5A 4AHTA 4J2DA 1S6QA 3QO9A 4AHUA 1SKRA 4PY5A 2B4JA 1IO2A 3K2PA 4EZ9A 2KTQA 4J2EA 1UAXA 1JL1A 4CJ5A 4DS5A 3RMCA 1BIUA 1VSIA 3QNNA 1HQUA 3CM5A 4IFVA 3VQ5A 3MAQA 3EY1A 4UQGA 3HT3A 3AA4A 4M3UA 2YKNA 2IGIA 1HRHA 1K6YA 4CFAA 3QEPA 4Z0UA 3ZT4A 4FW1A 3OYCA 2RPIA 3C95A 3SNNA 3KLFA 3SZ2A 3CM6A 1QSSA 4KTQA 1S6PA 3OYMA 1Q9YA 2FBYA 4E19A 2YNGA 4BWMA 1LAWA 2HNYA 1JLCA 4E89A 1XHXA 3DLKA 1HJRA 2VWKA 4CE9A 4HTUA 4FJNA 4N41A 4NCBA 3ALYA 2DTUA 4B9NA 2DFEA 4HHTA 1WAFA 4CEAA 1A5VA 3DRSA 3KKSA 2ITGA 4M3TA 3HPGA 1BI4A 4EZ6A 4PA1A 4I2QA 3MECA 1RBUA 4FW2A 3OYIA 4FLZA 3TI0A 1JLEA 2G8FA 4MFBA 3DLGA 1VSMA 1TGOA 1VSFA 2VG5A 3VQ9A 3M8SA 3EZ5A 3CFRA 3OYEA 4N47A 4DTJA 4E7IA 1X9MA 1Y97A 3LP2A 4LH4A 4CJFA 3D45A 2G8VA 3OJSA 3KIOA 1SKSA 4OKEA 4DLGA 3IAYA 4JS5A 4NYFA 3NF8A 3OVNA 4DFJA 4AH9A 4W5QA 1JLBA 3SPYA 3TAEA 3AVIA 1J5OA 2HNZA 3L3UA 3FFIA 3VQ6A 4FM0A 3S3NA 4DU1A 1CZ9A 1JLFA 1WAJA 4ZTJA 3OS0A 4RW9A 1WN7A 5HRSA 3LAKA 4FLYA 3SPZA 4PQUA 2HHWA 5CZ2A 1BCOA 3S3MA 4Z4FA 4E7KA 4JLHA 2YNFA 4CCHA 3HO1A 3DLBA 1ZBFA 4CHOA 4DSJA 1LAVA 4AILC 3V9UA 1IH7A 2D0AA 1SL2A 4FM2A 4E1MA 1N5YA 4KHSA 3ZSOA 1QS4A 1QHTA 4CHYA 4FJ5A 1X9WA 2GUIA 4W5NA 4CIFA 4OPKA 1F21A 2VWJA 2YHBA 4DG1A 1NJWA 1L3SA 1T7PA 2DY4A 3G10A 3MEDA 3V1RA 3K5OA 4RW7A 4BDZA 1BIZA 3L2VA 3ZSQA 3HP6A 4IG0A 4Q0BA 4ID5A 3PUFA 4KHUA 1D8YA 3OJUA 3KJVA 1NK5A 4LH5A 3SI6A 3DRPA 1W9HA 1QSYA 1CZBA 1RT4A 4CGHA 2X6SA 5DMRA 4CJWA 2PYJA 2G8IA 4FJ8A 2P51A 1U47A 5CYMA 1EXQA 2B5JA 3S3OA 1VRTA 2A1SA 1U48A 3EYZA 3RR8A 1WSHA 5FROA 3I0SA 4B9MA 4CIEA 2OYQA 2BDPA 4FZXC 4I7FA 4FK4A 2HHQA 2F96A 4CFBA 1R0AA 3T1AA 4CGFA 4FLUA 3SYZA 1JLAA 4Z4HA 3HM9A 4CK3A 2ETJA 3DOKA 4FLVA 4DMNA 5FRNA 4Z4GA 1KLMA 4CEOA 1Z25A 1N6QA 1C0TA 4KPYA 4OLAA 4M41A 3NDKA 3O4NA 4ELVA 1UWBA 5JS2A 2E6LA 3DYAA 1SL0A 1O1WA 1X1PA 4CK1A 2X74A 3DRRA 5KGXA 4DTMA 4O5BA 1W0HA 1IKYA 1QE1A 2Z1IA 3U6FA 2QXFA 2HHTA 4RW6A 3DLEA 3MEGA 4XIUA 1ZBIA 1RTHA 4FZZA 1VSLA 1RDDA 4W5RA 3MXMA 1NK9A 4MQ3A 3NBPA 3SV3A 3KK3A 2OPRA 3LP3A 4JS4A 4K8XA 3O4QA 3LPUA 1BQNA 1C1BA 3CQ8A 1A5WA 1WSEA 1TVRA 3HPHA 5T7BA 3JYTA 3AO3A 1BI4B 4IFYA 4DTNA 1HPZA 1KVCA 3C94A 4Y1DA 3T19A 1S1TA 5J2NA 1WSGA 4CGGA 3F9KA 1WNSA 2XO7A 1D9DA 2BE2A 1HYVA 3HP9A 3VQDA 5J2MA 2XY5A 1HNVA 5K14A 2ZE2A 4M3ZA 2OZSA 4OKJA 1WSIA 4CGDA 4BDPA 2EHGA 3AVCA 2G8UA 2WONA 3ZT1A 2A1RA 5I42A 1RTIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSVA 1IKWA 3SJHA 1X9SA 4ISEA 2YKMA 1GOBA 5AQRA 4BR7A 5JLHA 3M6GA 3CPEA 4M3XA 3BUZB 2JWKA 3D7EO 3DAWA 3WXLA 3IUCA 4GVMA 3U3GA 1NOZA 1NLVA 1Q9XA 1WSJA 4XH4A 2HMPA 2P9IB 3EE9A 3QIOA 3V4IA 3GG4A 5AQIA 2RN2A 5J2PA 4DV7K 1VSJA 3DM2A 4C8MA 1SZ2A 4OPHA 3QETA 4BY9C 3NAEA 3CYMA 4IJNA 1RT3A 4J2AA 1BO5O 2X78A 1KRPA 2P9NB 3NH2A 2KW4A 2YNIA 3LWMA 4H0OA 4AHCA 3O6WA 1I39A 4CFCA 3RMAA 1TAQA 3J7YP 3B6OA 5KTQA 1TYQB 4FJIA 4DQ8A 4ELUA 4B9LA 4CJTA 4B8AB 2P9LA 5FPDA 2UU9K 2IVPA 1W97L 4CECA 1ZYQA 1RDBA 3K0SA 4L8RB 2JLEA 1HLUA 2VG7A 1U04A 3VERA 4A5AA 4KHYA 3QESA 1D9FA 3MX2A 2Y1IA 2F9TA 2CGLA 3AVAA 4KB1A 4F2RA 2O8CB 1QVFM 2GBZA 4JRPA 3VGKA 2UXCK 2NZTA 4CZMA 5FDLA 1KTQA 4ISGA 4KH5A 4B1YB 4BE2A 4GW6A 3VGMA 2RF2A 3K9KA 3P4IA 2UUAK 4FPBA 5AZJA 3B6PA 4B1XB 3O3FA 3WUHA 2E2PA 4WQ5C 4O44A 3M8RA 2XHBA 4CF1A 1HPMA 1S1WA 1YUWA 2D0CA 3AARA 2B6AA 5BPMA 1ATRA 2XY6A 3BY5A 4CF9A 1K8AO 4JKGA 4KHWA 5BRFA 1YXQA 3Q7BA 4F4KA 4CF0A 1HQEA 4KAZA 2YNHA 3O9SA 4CEZA 1Q86O 4PHTX 1VHXA 1BHLA 4AM7A 3CJ7A 2GTDA 3DLHA 3THYA 3S9HA 2E88A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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