4CHYA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chyA00
3V81A 3KLIA 2YNGA 3ZSOA 4E7LA 1JLGA 4PWDA 3QO9A 4OVLA 1SL2A 1WNSA 3DRRA 1TV6A 2WOMA 1BCMA 1HYZA 3DM2A 4BWJA 3WNGA 1L3VA 1U48A 3LANA 1IG9A 3OYBA 4ICLA 1WAJA 3NFAA 3NH1A 4CEDA 1BISA 5HP1A 2BGGA 3TANA 1KVAA 3ZSYA 4G1QA 1IKYA 3DLGA 4CF9A 3A2FA 4BE2A 1VSKA 3LPUA 4EP4A 4H4OA 3V1QA 3QLHA 4MFBA 5FRMA 1W0HA 4KHQA 3ZSZA 1U4BA 4KHUA 2KFZA 4IBNA 4CJVA 4OPKA 3SCXA 1S9GA 3HVRA 3KKRA 4CEBA 4F2SA 3AVAA 1LWCA 4FLTA 4HUGA 2WONA 2HHTA 3I0SA 3K5OA 1LAWA 4ELTA 4M3UA 5CZ1A 3THVA 4BE0A 5HRSA 4LSLA 2YKNA 2GV9A 1ASUA 3O3HA 2XHBA 3PX6A 4CFAA 4PQUA 1WSFA 2XRIA 3ASMA 4F2RA 4FJHA 4PY5A 3KLGA 3B6PA 2Z1JA 1XI1A 3UIQA 4CHPA 4CFBA 1NOYA 3ALYA 1QE1A 2ZD1A 3P1GA 4OKEA 4BDPA 4FJ9A 1KFDA 4CGHA 4CJ4A 3CM5A 4CEFA 1GOBA 2A1SA 3SUNA 5KGWA 4F3OA 4CEZA 3HT3A 3VA3A 1KCFA 3VQ6A 4W5NA 3QERA 3AVFA 4JLHA 4CJ5A 3IS9A 4N56A 1A5XA 3OS2A 1RDDA 5HRNA 3S3NA 2HHWA 3HPOA 4J2EA 3EZ5A 3HSTB 4FVMA 3K5MA 1S5JA 3CM6A 3TARA 4FK4A 4Z4IA 1QQCA 1XWLA 3OYAA 2G8HA 4F4KA 2FBTA 3DLKA 1FKPA 2PYLA 1JLEA 1VSHA 4M3YA 1BI4A 2OPQA 3QESA 4ZTJA 2QKBA 4FJMA 1ASVA 4QAGA 2RN2A 3AVCA 3HP9A 3MEDA 3RWUA 3OYFA 1RILA 4FM0A 2VWJA 3LP2A 1KFSA 4OGCA 1FXXA 3MXJA 4CIGA 3C95A 4DF8A 4B9MA 2RPIA 4E7HA 2F96A 3DMJA 4AHVA 1D5AA 4F8RA 4DU4A 4M42A 3PUFA 1RNHA 2QXFA 3V1RA 3M8RA 1JLCA 1D9DA 4EZ9A 2Y1JA 5C25A 2KQ2A 4KPYA 3PY8A 5J2MA 2E6MA 4K8XA 1BGXT 3T19A 4KI6A 2FBVA 1K6YA 4DWIA 4KHWA 2O4IA 1CLQA 1O1WA 1RT5A 3SUOA 2YHBA 2X6SA 2G8FA 3KIOA 3ZSXA 2DY4A 4C8OA 3DI6A 3O4NA 1XC9A 3VQPA 1VSJA 3K57A 2GUIA 1IKVA 3VQCA 1EP4A 3PX4A 2G8WA 2LSNA 2HW3A 3M8SA 2KFNA 2OPSA 1UA1A 4FLVA 3I0RA 1SKWA 1RBVA 4QCLA 1QSSA 1HNVA 3CQ8A 1U49A 3SI6A 3B6OA 4FM2A 3VQ7A 3VQ4A 3AVBA 3H08A 2YHAA 1DTQA 3DLRA 4CFCA 4KI4A 3LPTA 5HRPA 2YV0X 5HBMA 1JLBA 3HPGA 1U45A 4FJJA 4KO0A 3S9HA 1BIUA 1NJWA 3AVGA 1T03A 2Z1HA 1RBUA 2QK9A 3HXMA 2IGIA 3F73A 1DLOA 3V6DA 3SQ1A 3QIOA 3FFIA 2E6LA 3P5JA 1TL3A 1LWFA 4PUOA 4DSIA 4B08A 4RW6A 1I3AA 1J9AA 4ELUA 1NK6A 4DU3A 3VQDA 2G8KA 1X1PA 1NK8A 1JLFA 4HUEA 3AVHA 3AO5A 1VSLA 4H4MA 3ZSVA 4CJFA 4DSLA 4O0IA 1BL3A 3QEIA 3ZT4A 4J2DA 2NUBA 3NCIA 3KKSA 3ZSRA 2FBXA 1WLJA 4YNQA 1WSJA 2XY8A 3OYIA 3K58A 4AHSA 2A1RA 2Z1IA 3NGIA 4LH5A 4DQRA 1RT1A 4DTJA 2HB5A 2DFFA 4CGGA 3QEXA 3EY1A 4OLBA 1HMVA 1B9FA 1KLMA 1I39A 4NYFA 1REVA 2FBYA 2HNDA 4FCYA 3PV8A 1S1TA 3V9WA 3S3MA 3RR8A 4Q0BA 3C6UA 4DLEA 5C42A 1BCOA 4IDKA 2ETJA 1HPZA 1XHZA 3NF7A 4B9SA 1TGOA 1VSEA 3HYFA 4AHUA 1SV5A 5I42A 2DFEA 1T8EA 4B3OA 4Y1CA 3AVKA 1TKZA 4W5OA 4E7KA 3NF8A 2Q3SA 3ZT3A 4CEEA 2OPRA 4CJUA 4CJQA 1J54A 3SJJA 1D9FA 1S6QA 2G8UA 4C8KA 2HHVA 1TAUA 2HNYA 4DSKA 3OYHA 4CESA 4CJLA 4CEAA 1TKXA 4E3SA 3AVNA 4DLGA 4CJ3A 3KJVA 1QSLA 1NJYA 1VRUA 4CJSA 4CGFA 1JL1A 1J5OA 5J2QA 4AHTA 3RR7A 1ZBIA 2RF2A 3DRSA 4B8CA 4KB0A 3KLEA 2XO7A 4FJIA 1RTJA 4BWMA 4ZHRA 3OYKA 3LZIA 2X74A 4RW9A 1RCHA 2D0BA 5FDLA 4DSFA 4I9LA 2HNZA 3ZCMA 3DLBA 4DTSA 1YT3A 4BACA 3L2RA 3RTVA 4M3XA 5KI6A 3G10A 1KVCA 4FLYA 1Y97A 5DK5A 1LAVA 4AH9A 2HHSA 4W5QA 4CGJA 4FXDA 1JKHA 3K5NA 4ID1A 3DYAA 1ITGA 1C1BA 2ZQBA 4LH4A 4CE9A 1U04A 2VG7A 3NAEA 1HQEA 1VSDA 2E4LA 2Y1IA 1CXQA 1JLQA 3L3VA 3L2QA 3QEPA 1TK5A 1BHLA 2O4GA 1Q8IA 4FZZA 1ASWA 2IC3A 3LWLA 2G8VA 3OS1A 1B92A 3VQQA 4B9NA 1SL0A 4FJXA 3QNNA 3G0ZA 3K59A 1Z25A 3V9SA 1KTQA 1A5VA 3JYTA 4KRFA 3VQBA 4NYNA 1LW0A 1NKEA 3CFOA 1RDCA 4Z4HA 4CEQA 4N5SA 4DF4A 2P5OA 4DFKA 3OYEA 4KHSA 1XHXA 1Q9YA 2IOCA 3VQEA 1W9HA 3LAKA 4KTWA 3CYMA 1NK4A 1NK9A 1S6PA 3DRPA 1C1AA 3E01A 3L2VA 4FJGA 4CK3A 4HVJA 4YFUA 1N6QA 2D5RA 3WNEA 4CHZA 3PO4A 3P83D 3TAGA 3OYNA 4KREA 3V1OA 1ZYQA 4Z4CA 1BIZA 1WSGA 1HYSA 1RT6A 4C8MA 3F9KA 3ULDA 3TABA 1FKOA 4IG3A 3SQ0A 1UOCA 3MXIA 4JS4A 3LP3A 4DG1A 1JL2A 3OS0A 5J1EA 2ATQA 2HMIA 1TAQA 4DQIA 3AO2A 4CJRA 1VSFA 4CF1A 3SNNA 4CEOA 1L3SA 3K2PA 1RT4A 3LWMA 4KHYA 4I7FA 4GW6A 1JXEA 1N5YA 4C8LA 5KRSA 1R0AA 3LP0A 4LD0A 1RBRA 1D8YA 2B5JA 4FW2A 4O5BA 4CK2A 3OYDA 3AO4A 3TAEA 4DTPA 3SQ4A 2B4JA 4BE1A 3M8PA 4FLZA 3QNOA 4CHOA 4KTQA 4CJTA 2VWKA 3QEWA 3VQ5A 4KAZA 2VG5A 5T7BA 3PX0A 2AJQA 1C1CA 3SPYA 4KHNA 1CXUA 2YKMA 3NF9A 1TKDA 4FLXA 1HRHA 3AVJA 2BDPA 5SWMA 1CZBA 1HJRA 3ZT2A 4CGDA 3NH0A 3L2UA 3PO5A 3U3GA 4KKOA 4CJEA 4E1NA 4BDYA 3HL8A 4R5PA 4CJKA 4DSJA 4M3WA 3U3YA 3IAYA 3KD1E 1SKRA 4E7IA 4E7JA 5I3UA 1SL1A 2P1JA 4K8ZA 3HJFA 2YNIA 4IFVA 3EYZA 4UQGA 3D0PA 3AO3A 3NF6A 4J2AA 5CZ2A 1ZBUA 5CYMA 5KRTA 1X9SA 4TSXA 1RT2A 1NK0A 3TAPA 1QHTA 5JS1A 3BDPA 1C0MA 4JRPA 3SUQA 4IFYA 3V9XA 1NJXA 2I5JA 1SUQA 1UA0A 1S1WA 4NCBA 2BANA 3MEGA 4M41A 4DTMA 3T3FA 2HHXA 3HPHA 3KLHA 2EHGA 4GVMA 1L5UA 4OJRA 3KD5E 3NGZA 1X9MA 1WN7A 4W5TA 4ELVA 4FJNA 2GBZA 3NGYA 3SZ2A 4Z4EA 3AVMA 2EX3A 3QETA 3NH2A 4LSNA 4CJWA 3NHGA 4JS5A 4CCHA 1YTUA 4DTNA 4AILC 4FJ7A 1UAXA 3KLFA 4DTRA 3VN5A 4XIUA 4DTXA 2OPPA 4M3ZA 2IDOA 1NOZA 3TAFA 2HVHA 4L8RB 1HQUA 1S1UA 3AA4A 2R7YA 3U6FA 4Z0UA 1NK7A 4CIEA 3RMCA 4E0DA 2KW4A 3L8BA 4FLUA 2XY7A 4CGIA 2KZMA 2KZZA 1QSYA 1VSIA 3D45A 4CF2A 4FJKA 1QS4A 1WSEA 3KTQA 1TKTA 3AO1A 1VK0A 4KTZA 4MQ3A 5J2NA 2HHQA 3L3UA 4LY7A 4DTUA 4F3TA 1MU2A 1RTDA 2F8TA 5SZTA 4B9TA 1RDBA 1RTHA 3DOLA 1KRPA 1KSPA 1EKEA 5CY4A 3OYCA 1IKXA 4DQPA 2X78A 2PZSA 3VQ8A 2VG6A 3VQ9A 2ITGA 4NCGA 2YNHA 5JS2A 1NKBA 4E89A 3CG7A 4OGEA 3V4IA 4RW4A 3RMDA 3LP1A 3S3OA 4EP5A 1NKCA 2P51A 1S9EA 4CERA 3NE6A 3MAQA 1J53A 4H8KA 1C0UA 3HK2A 5FRNA 1GOAA 1TL1A 3AA3A 3IRXA 4B9LA 1C6VA 5D3GA 3LAMA 3AVLA 4IG0A 4FK2A 2QKKA 4DQQA 2B6AA 1DTTA 5KTQA 4FZXC 1RT7A 1Z26A 3OVNA 4RG8A 5CYQA 2RKIA 1F21A 4KB1A 2ZE2A 3CFRA 3MEEA 4W5RA 1Q9XA 1LWEA 4CF8A 3MECA 5KGXA 4WE1A 3DOKA 4DFMA 3SV4A 4FJLA 5HLFA 3HVTA 4PA1A 3TI0A 4FW1A 4O55A 3KK1A 2OYQA 4IKFA 3ITHA 3LDSA 3OYMA 3TWHA 4DS4A 4E1MA 3HM9A 3L2WA 2DFHA 4N47A 3MXMA 3V9UA 4OKJA 3RRGA 1ZBHA 3ISNC 4HTUA 3NBPA 3ZSWA 1ZBFA 3I8DA 4HUFA 3ZT1A 2OZMA 1IH7A 3C6TA 3TAQA 1KLNA 1EETA 3OJSA 2DTUA 2X6NA 1T7PA 4Z4FA 3AA2A 3CFPA 4CJPA 1HYVA 4FZYA 3O3FA 3QEVA 1EX4A 4AHCA 4O44A 4GMJB 3OYGA 3ZT0A 3KK2A 4DSEA 3QINA 4Z4GA 1JLAA 1LV5A 3C94A 1HNIA 3AA5X 3SUPA 4B9UA 3HP6A 4ZTFA 1WSIA 4FJ5A 1TK0A 1RDAA 2OA8A 2HVIA 4OKKA 4DU1A 1FK9A 2IAJA 4CIFA 3DLEA 3WNHA 4DMNA 3SV3A 4CK1A 2P5GA 4NCAA 3OY9A 3O3GA 4DFJA 1NJZA 5EU7A 5K14A 4AHRA 1C0TA 4I2QA 1S1XA 4FM1A 4C8NA 4CFDA 2D0CA 3OYJA 4I2PA 1S1VA 3VQAA 4KFBA 4Q5VA 4J2BA 1TK8A 4DQSA 3SQ2A 1RTIA 3JSMA 3DLHA 1NK5A 2BE2A 4EZ6A 4ID5A 2Z1GA 4JRQA 1IO2A 3SYZA 4DFPA 4CHQA 1IKWA 2YNFA 4HCBA 2HHUA 4BDZA 5HRRA 1UWBA 4RW8A 4N41A 3BGRA 4N76A 4B9VA 4RW7A 2FC0A 3VA0A 4FK0A 4FJ8A 3O4QA 1WSHA 2KTQA 3AVIA 3M8QA 2XY5A 4M3TA 1RBSA 3V9ZA 1CZ9A 1VRTA 1U47A 1B9DA 1RT3A 5DMRA 4CHYA 5J2PA 4O4GA 5C24A 3WNFA 5HROA 4FLWA 4QOZB 2JLEA 2D0AA 1EXQA 3RMBA 4HHTA 4M3RA 4E19A 1KVBA 4DS5A 2JGUA 1X9WA 2W42A 1L3TA 1QTMA 1LW2A 4CF0A 3RRHA 2F8SA 4DTOA 3T1AA 4OLAA 1VSMA 1ZBLA 1TVRA 3TR8A 3HO1A 5E41A 3LZJA 4M45A 1L3UA 2IS3A 2OZSA 3SPZA 2PY5A 4FYDA 3LALA 1YVUA 4B8AB 3QIPA 3NDKA 1G15A 3AV9A 3ZSQA 3OJUA 3IG1A 4I9QA 4OPJA 1BQNA 4O0JA 1YTAA 1SKSA 3KK3A 3OYLA 3RMAA 4KV8A 1BI4B 5FROA 4CECA 1BQMA 1GOCA 4CHNA 1WAFA 4Y1DA 3TAMA 4HCCA 1JXBA 3K5LA 2G8IA 1RBTA 2XY6A 2PYJA 1A5WA 1T05A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V81A 1JLGA 4BRHA 4CZEA 4PWDA 1SL2A 3DRRA 1TV6A 1ZC6A 2WFBA 2WOMA 3OYBA 4LF9K 3NFAA 4BGBA 4DKWA 3ZSYA 3E9LA 4G1QA 4CF9A 2NRXA 4BE2A 4EP4A 2NNWA 1NGHA 3DJCA 1NLVA 1U4BA 2UU9K 4KHQA 4CJVA 1G99A 1S9GA 3SCXA 2BTFA 2GWJA 4CEBA 4F2SA 3BY5A 3FZFA 5AQLA 4ELTA 5CZ1A 3THVA 1VQKN 2QWNA 2YKNA 2GV9A 4PHTX 1ASUA 1VQ4N 2XRIA 3ASMA 2Z1JA 1GLEG 3ALYA 4OKEA 3VGMA 4BQZA 4CJ4A 3CM5A 1C0FA 3AAPA 4B1XB 4YORA 1KCFA 3O5BA 2P9IA 3VQ6A 4JYAK 1NGJA 4CJ5A 4N56A 3OS2A 2HHWA 3EZWA 1NGIA 2QM1A 4X65K 3HSTB 4FVMA 3BEXA 1S5JA 3U9ZA 3OYAA 1XWLA 2G8HA 2W6LA 1JLEA 4M3YA 1BI4A 4ZTJA 3KHYA 3RWUA 3OYFA 2VWJA 3IUCA 3LL3A 4CIGA 3MXJA 3BP8A 3C95A 4DF8A 2RPIA 4B9MA 4NXNK 2F96A 4F8RA 5FPEA 2RHKA 4B1VA 3RSEA 5M1FA 4CD3A 3K0SA 3BUZB 2FBVA 4BREA 4DWIA 1O1WA 2FF6A 2F4VK 2YHBA 5EX5A 3DI6A 3CQYA 1SKWA 4BGAA 3PSFA 4DB3A 3VQ4A 3AVBA 3H08A 2NRZA 4CFCA 1K8KA 5KQDA 3S9HA 3L4QA 4GV6A 4H0XB 2QK9A 4V19S 3F73A 1XC3A 3V6DA 3SQ1A 3J7YP 1Q81O 4L3QA 4PUOA 4DSIA 2P9IB 1NK6A 3N4PA 1DT9A 3BF3A 5BRFA 4H0YB 2CH6A 3HM8A 2G8KA 1W7AA 2ASMA 2IVOA 3WT0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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