4CJEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjeA00
2BGGA 3U3GA 4FJGA 3AA5X 3P83D 4FJHA 4E19A 4PQUA 4E3SA 2R7YA 1RTJA 4DF8A 3O3GA 1JLQA 1GOBA 4CECA 3NF9A 3V9ZA 1EETA 1I39A 4KHQA 1ZBIA 3VQAA 1T7PA 2IGIA 1CXQA 2GV9A 2KZZA 2DFHA 1B92A 2WOMA 3AO4A 3CFOA 4CE9A 1RDAA 3DYAA 2OPQA 2HNYA 3L2WA 5J2MA 2P5OA 4BDYA 1RDBA 2VWKA 1EP4A 1S9GA 3MXJA 3PO5A 4OKKA 4KHWA 3AV9A 2G8IA 4OJRA 4F3TA 4BE1A 3TI0A 1KLMA 5KGWA 1NK5A 4KHNA 4CIFA 3F73A 3AA2A 1BGXT 1JL1A 3OYNA 1C1CA 4E1MA 3MEDA 2QKKA 4EZ6A 3WNGA 3IG1A 3DRSA 3OS2A 1LV5A 1D9DA 4F2RA 4FJLA 4E7HA 3QO9A 4M3YA 1TKTA 3UIQA 1IKWA 2ZQBA 1C1BA 3EZ5A 2G8VA 1RBSA 3ZT3A 1C0MA 1ZBHA 3QINA 4FLVA 4CFAA 3K5OA 2G8FA 4E1NA 4JS4A 5HRNA 3ITHA 4CIGA 4I9LA 1RT2A 4DTUA 2A1SA 3SZ2A 4RW6A 3I0SA 1SKWA 3NF6A 4BWJA 5DK5A 4J2AA 4Y1CA 3L2RA 1JLGA 3K5MA 1TK8A 1VSEA 4CK2A 1X9SA 2Z1JA 1N5YA 2BDPA 1CXUA 3SNNA 1RT3A 4CFDA 1KTQA 4KV8A 3P5JA 2OYQA 2KFNA 3VQ6A 3OYCA 4FJKA 4NYFA 4F3OA 1WSHA 4BE0A 1T8EA 1VRTA 4KTWA 4DLGA 4DFMA 3QNNA 1IKYA 1S1XA 2YNHA 3ZT2A 3MXIA 1NOZA 3E01A 4O0IA 1LW0A 1QHTA 3PX6A 1JLBA 3LDSA 1TAQA 1BIUA 4TSXA 3SQ1A 3SQ0A 3OYBA 3DM2A 3V9XA 4DFPA 1T05A 2OZSA 4DSKA 5FRMA 2AJQA 1WSFA 1YTUA 1RDCA 1C0UA 3HT3A 1UA1A 3QESA 5JS2A 3SCXA 4Z4FA 3VA0A 5CYMA 3JYTA 1TKXA 2GBZA 4DTJA 3SUNA 3AVGA 4Z4GA 3NH0A 3SUPA 1L3VA 4J2DA 2FBYA 2HHXA 1HQEA 4ICLA 1UA0A 4DTRA 1NJZA 3TARA 4N41A 2X6SA 4KAZA 2X78A 1SL2A 2ATQA 3CYMA 2F8SA 5J2PA 3WNFA 3OYLA 2QXFA 3RMAA 3ZT4A 4DTNA 4CJPA 4KI6A 4EZ9A 4CCHA 3G10A 2HHTA 3OYEA 3DLRA 4DS5A 1VK0A 3KKRA 1YT3A 3CG7A 3WNHA 3ZT0A 4EP4A 3L2UA 3V9SA 1LW2A 4CEZA 4CJTA 2HB5A 3LWMA 4DFJA 3G0ZA 2Z1HA 4XIUA 3M8PA 1ZBLA 1LWCA 4AH9A 4CGJA 2IOCA 4B8CA 5CZ2A 3TANA 1JL2A 1HJRA 1TV6A 3NBPA 4GMJB 4LH5A 4FCYA 4DTXA 4KTQA 1L3SA 4OLAA 3M8RA 4CF9A 4UQGA 3SUOA 1NK7A 1RTHA 3VQ7A 4Z4HA 4W5OA 3BDPA 4AHSA 4KHYA 3C6TA 4B9VA 1WAJA 3SI6A 4M41A 3H08A 3KLEA 4N5SA 4C8MA 3L8BA 1J54A 3MECA 2PZSA 1KSPA 3QIOA 2JLEA 3ZSVA 4DSLA 4GW6A 2B4JA 3DLKA 2KW4A 3TR8A 2OPPA 5CY4A 3SQ4A 1N6QA 1BQMA 3THVA 1QSLA 4PY5A 4CEFA 3C6UA 3KKSA 3L2VA 4FK4A 1TAUA 4HCBA 4AHRA 3EYZA 1BL3A 1DLOA 4DSIA 1MU2A 4PUOA 1UWBA 4HVJA 3DOKA 3T1AA 1VSMA 3V1RA 4CESA 4ZHRA 2D0CA 3OVNA 3NH1A 3VQQA 3ALYA 3VN5A 1LAWA 1VSJA 4ZTJA 1BCMA 1R0AA 1K6YA 4OKJA 4RW9A 3MAQA 2O4GA 2VG6A 3LP2A 1ZBUA 4NCBA 4G1QA 4ID5A 3KK1A 2NUBA 3L2QA 4K8XA 4DU1A 3TWHA 1RCHA 2FBVA 2D0BA 1U48A 4DTMA 5T7BA 3O4QA 2F96A 3AVHA 5D3GA 1ZYQA 1RNHA 4JRPA 3CM5A 4L8RB 1KCFA 3O4NA 1KLNA 3O3FA 3RTVA 5C25A 4CJVA 1BHLA 3LZJA 5C24A 3K57A 4HTUA 1RT1A 1HYSA 3NGYA 4DFKA 2XY8A 1KVBA 2OZMA 1DTTA 1RT5A 4LSLA 4KFBA 3PUFA 2G8UA 4OPJA 1VRUA 3ZSOA 3QLHA 3SQ2A 1IO2A 4FYDA 4I7FA 3IAYA 4CEOA 4FJXA 3KIOA 1Q9YA 4LD0A 4FJ8A 1XWLA 1X9MA 2HNZA 3TAFA 4AHTA 3HPGA 5I42A 3IRXA 2VG7A 4M3RA 1S6PA 2KQ2A 3HYFA 1NK0A 1TVRA 4CGFA 1NJYA 4FLYA 3NF7A 4FK2A 3OYKA 2QKBA 1BCOA 1SKSA 2BE2A 4CEBA 4FK0A 1S6QA 3KLIA 1HNIA 4DTOA 2A1RA 4FLXA 4E7KA 3TAMA 3KTQA 4ELVA 3ZSYA 1JLEA 1KVCA 1ASWA 3K2PA 4EP5A 2IC3A 3K58A 4FLZA 1TK0A 3LP1A 4Z4CA 3NF8A 3L3VA 3QEIA 3KLGA 4CF0A 3V6DA 1L3TA 4FXDA 5KTQA 3DLGA 4WE1A 4CERA 2DFEA 4O4GA 1WSIA 3LANA 1NK6A 4KRFA 2G8KA 4QOZB 2YKMA 1G15A 5J1EA 1F21A 4KI4A 1JLAA 1EXQA 3SV4A 3M8QA 3QERA 3T3FA 4M3TA 3ZCMA 4DQQA 2YHBA 1XC9A 2KTQA 1VSDA 2JGUA 4DSEA 2EX3A 3CM6A 4JS5A 3S3OA 3VA3A 1Z26A 3OYIA 3MEEA 3CFPA 4I9QA 3KK3A 2OPRA 4CHNA 3LALA 3EY1A 1NJWA 3ASMA 4H4MA 4E7IA 4PA1A 3ZSWA 1O1WA 2X74A 5EU7A 1JLFA 2RN2A 2Y1JA 4DG1A 4MFBA 4FW1A 4LSNA 5DMRA 4B8AB 4LY7A 4FJ9A 1TKZA 1RDDA 2IAJA 4CHQA 3QNOA 4IKFA 3VQPA 2P5GA 1RTIA 4HCCA 1C6VA 1WAFA 1YVUA 1CZ9A 3DLEA 3WNEA 1Q9XA 3TAQA 4M3XA 1HRHA 2ITGA 4DSFA 2IDOA 3LAKA 4CGIA 3OYHA 3AVAA 4F4KA 4CGHA 4CJWA 3PY8A 1VSKA 4DWIA 4CEEA 4CJKA 1SKRA 2DFFA 4CEQA 1A5VA 3NE6A 3NDKA 4IG0A 1LWEA 1WSJA 1XHZA 4FLUA 1TGOA 1VSIA 4CJQA 4CHZA 5KI6A 1YTAA 4AILC 2OPSA 3DRPA 2YNIA 4IG3A 3ZSZA 1NK9A 4Z0UA 1S1VA 2XHBA 3T19A 3OJSA 4FJ7A 3PX4A 5J2NA 3AVKA 4B9SA 3D45A 4FJJA 4CHOA 3NFAA 4FJMA 1LAVA 1WN7A 4QCLA 3DLBA 4QAGA 4BACA 2RPIA 1IKVA 2YV0X 3QIPA 4FW2A 4IFVA 2HHSA 4HUGA 3I8DA 4FM1A 1QSYA 2IS3A 1RILA 1ASUA 3OS0A 2XO7A 3O3HA 1UAXA 1JXBA 3OS1A 5HLFA 1U49A 4C8OA 4FZXC 2HVHA 2DY4A 1WSGA 1NJXA 2Q3SA 3DRRA 3DI6A 4FJ5A 1QS4A 4YFUA 2P1JA 4OGCA 4DF4A 5SWMA 4ELUA 3VQ8A 2Z1GA 4HHTA 1W0HA 2FBXA 1HYVA 1XHXA 4M42A 4KO0A 1UOCA 4CJLA 3ZSRA 1C1AA 1EX4A 4IDKA 3D0PA 2KFZA 3K5LA 3KK2A 3OY9A 1S9EA 5HRSA 3NAEA 4CJEA 1NOYA 1RBTA 3OYJA 3VQDA 5JS1A 1BI4B 1VSLA 4J2EA 2E6MA 1TK5A 4Z4EA 2VWJA 4O0JA 2G8WA 4OVLA 1ZBFA 4M45A 1NKEA 1B9DA 4CJUA 1LWFA 4CHYA 2B5JA 4OPKA 3HM9A 4C8LA 4KPYA 3C94A 3VQ5A 4E7JA 1RTDA 3CQ8A 2Z1IA 1U45A 4NCAA 3PX0A 4RW7A 4B08A 1HYZA 1WLJA 3TAPA 4M3UA 4DTSA 2HHQA 4IBNA 1RBUA 3LP0A 4NCGA 1RT4A 2LSNA 3ZT1A 4CJ5A 3OYMA 1NK8A 4CFCA 4CF2A 1ASVA 1ITGA 3LPTA 3V9UA 4E89A 1IH7A 3MXMA 3FFIA 3HVRA 1I3AA 4FM2A 3VQCA 5I3UA 4B9MA 2PYLA 1HMVA 3PO4A 2HNDA 3HVTA 4W5NA 3RRHA 3ULDA 5HROA 3DOLA 3KD5E 4AHUA 4C8KA 2F8TA 1JXEA 3AVCA 4Y1DA 2I5JA 5K14A 2W42A 3S3NA 4M3ZA 1RT7A 2RKIA 3AVMA 3C95A 4CJ4A 3RWUA 3SUQA 1JLCA 4CJFA 4HUEA 4FLTA 4K8ZA 3LWLA 1BI4A 4DQPA 1FKOA 3AVLA 5SZTA 5HBMA 3NH2A 3NGZA 3L3UA 4BE2A 3QEWA 3TAGA 3P1GA 5C42A 3U6FA 3LP3A 3B6OA 1EKEA 4CHPA 4DMNA 5KRTA 3HJFA 3VQ4A 4B9NA 1HPZA 1A5XA 4BDZA 4E7LA 2WONA 3OYDA 3V4IA 3RR8A 3AA3A 1X9WA 1IKXA 1GOAA 3S3MA 4DU3A 4CF8A 4RW8A 1CZBA 3S9HA 3SPYA 2D5RA 1SL1A 1Q8IA 3IS9A 4FVMA 4DQSA 3OYAA 1RBVA 4CIEA 4RW4A 3VQBA 3K59A 5J2QA 4DQIA 1TL3A 4MQ3A 3HP9A 3BGRA 2EHGA 1L5UA 2B6AA 1D9FA 4DSJA 1JKHA 2VG5A 1J53A 4CGGA 4NYNA 3K5NA 4JLHA 1BQNA 1S1WA 4R5PA 3KLHA 3ZSQA 3HO1A 4O55A 4CK3A 2HHVA 3ISNC 3HL8A 1Z25A 2XY6A 1SL0A 1CLQA 4J2BA 3VQEA 1U04A 2DTUA 3RMBA 4CJRA 4B3OA 3VQ9A 3KD1E 2ETJA 1D5AA 1REVA 2O4IA 3AO3A 1FXXA 1QE1A 3HK2A 2ZE2A 3DLHA 3AVBA 4IFYA 4C8NA 1QTMA 1KFSA 4E0DA 1RT6A 1D8YA 3HPHA 1TL1A 4FM0A 3U3YA 4W5QA 5HRRA 1NKCA 2HVIA 1FK9A 3RMDA 4CFBA 4ID1A 4I2PA 1BIZA 4CJSA 5E41A 3SJJA 1NKBA 3OYGA 3V1OA 4Q5VA 5CYQA 4ZTFA 4RG8A 1WNSA 2FBTA 3ZSXA 3RMCA 1KVAA 3OYFA 3QETA 5KGXA 4ELTA 2FC0A 3NCIA 3LPUA 5HP1A 2E6LA 4KTZA 4OLBA 5KRSA 4H8KA 3V1QA 4JRQA 3PV8A 4FJNA 1GOCA 5FROA 4CJ3A 1SUQA 4CF1A 4Z4IA 2P51A 4PWDA 3AVIA 4Q0BA 3QEXA 4AHCA 1S1TA 1WSEA 4CEAA 3RRGA 4CGDA 2ZD1A 3HPOA 2HMIA 2HHUA 1KRPA 1RBRA 2RF2A 4DQRA 5FRNA 1U47A 2E4LA 4AHVA 1FKPA 2Y1IA 4FZYA 1XI1A 3LAMA 3AO5A 2D0AA 2HHWA 4FLWA 4O44A 3SYZA 1A5WA 1DTQA 1S1UA 2X6NA 3AO1A 4W5RA 3OJUA 4KHUA 1IG9A 1KFDA 1T03A 3HXMA 2XRIA 3QEPA 3A2FA 2PY5A 4N47A 1HNVA 4KB1A 4F2SA 1BISA 3JSMA 3AVNA 4FJIA 4CEDA 4KKOA 4OKEA 3KLFA 5FDLA 3NHGA 5HRPA 2QK9A 2YHAA 3MEGA 1QQCA 1L3UA 4H4OA 4M3WA 4F8RA 3KJVA 4N56A 4B9TA 3AO2A 2YNGA 4HUFA 1U4BA 1J5OA 4B9UA 4O5BA 3QEVA 1TKDA 3M8SA 3F9KA 3B6PA 3HSTB 2G8HA 3TABA 3AVJA 1J9AA 3AVFA 1VSFA 4N76A 1SV5A 3LZIA 1W9HA 2YKNA 2HW3A 4FZZA 3SV3A 3I0RA 2GUIA 4YNQA 4DU4A 1QSSA 4DS4A 1C0TA 1VSHA 4W5TA 4BDPA 4CK1A 3TAEA 1NK4A 4BWMA 4KB0A 2BANA 2XY5A 3SPZA 2XY7A 4KREA 4GVMA 4B9LA 2OA8A 2PYJA 3DMJA 4DLEA 2YNFA 1HQUA 1X1PA 3HP6A 3V81A 1Y97A 1S5JA 3NGIA 4DTPA 4KHSA 3AA4A 5CZ1A 4OGEA 3CFRA 3V9WA 3RR7A 2KZMA 4LH4A 1B9FA 4I2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CD3A 4FWQA 4FJHA 4PQUA 3HTVA 2R7YA 1JLQA 1GOBA 3NF9A 1T7PA 4JEPA 2GV9A 3F2KA 2ZJPL 2JWLA 1B92A 3CFOA 3L2WA 2HNYA 3O9SA 2P5OA 3J81O 3NVMA 1W7AA 3C7NA 4KHWA 5AQYA 5LMUK 2G8IA 4CBXA 1KLMA 1ATRA 1E4FT 3F73A 3AA2A 3MEDA 4NXMK 1LV5A 4CW7B 5FPNA 4NXNK 1C1BA 2EWSA 1RBSA 1HNWK 3QINA 4FLVA 4CFAA 4K0KK 3CJBA 1NU0A 1RT2A 4M7XA 3SZ2A 3NF6A 3NVKA 3K5MA 1CXUA 1KTQA 4KV8A 3P5JA 3VQ6A 3OYCA 4FJKA 4NYFA 1S1XA 3ZT2A 4A2AA 4CZIA 3E01A 4O0IA 3PX6A 2W41A 1T05A 2OZSA 2D4WA 2HF4A 3BUZB 2P9NB 5M1OA 4WF9L 4Z4FA 3D7EO 2VWBA 5CYMA 1NMNA 1TKXA 3SUNA 3PIPL 4DTRA 1NGAA 1QVFM 2ATQA 2F8SA 3OYLA 2P9PA 4EZ9A 3KKRA 3CG7A 4JYAK 1LW2A 4CEZA 1ZBLA 4GY2B 1VQNN 1LWCA 3LDLA 4LF4K 4FCYA 4DTXA 2FSJA 1YVNA 3M8RA 4UQGA 3FZKA 4LFBK 2RE2A 1NK7A 5F2RA 4O5FA 3BDPA 1WAJA 3SI6A 1J54A 2HHXA 2JLEA 3ZSVA 4DSLA 4GW6A 4JD2B 5CY4A 1Z6RA 2VCPA 1WB9A 2VGNA 1TAUA 4AHRA 3EYZA 1DLOA 4DSIA 3CJ9A 2FXUA 4H0OA 4RW9A 3T69A 1VQ7N 4MO4A 4X64K 4NCBA 2Q1NA 5EOYA 4DU1A 3VOVA 4BR0A 5AQKA 3TWHA 2O8FB 4DTMA 1Q7YO 4JI0K 4IWVA 5GIPA 3O4NA 5AZJB 2E8AA 3O08A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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