4CJEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjeA00
2HHSA 1RCHA 3AO4A 1C1CA 3S3MA 4B9NA 4M3RA 1HNVA 4KHQA 3LANA 1RBVA 4QAGA 2AJQA 3TAGA 4O4GA 3P1GA 4E7JA 1NK8A 3CYMA 3NH2A 1C1BA 2X74A 1VSFA 2ITGA 2X78A 5HRRA 3VQ4A 1Z26A 3QINA 3ZSRA 1GOAA 3VA0A 3SPYA 2YNGA 5HROA 1B9FA 4FM2A 1HNIA 4LH4A 1CXQA 2IOCA 4HVJA 1KLMA 3ZSYA 3G0ZA 5KTQA 1U47A 4KHYA 1J9AA 3DLKA 2VG5A 3LAMA 4CIFA 1CXUA 4EZ9A 1CZBA 3IRXA 1Y97A 3M8PA 3QERA 3OYIA 3V9UA 4ELUA 1JKHA 2E6MA 2OPQA 5JS2A 4FJKA 4N76A 2KFNA 2I5JA 3CG7A 1S1WA 5CYMA 1L3UA 2PZSA 1BGXT 3RMCA 3OYEA 3ULDA 4I2PA 1D8YA 4CEEA 3AVGA 5CY4A 3K57A 4DQRA 1ASVA 2G8WA 2GV9A 4CCHA 2JGUA 1T05A 4CJ5A 5J1EA 3EY1A 1A5VA 1KVAA 2HHUA 4KREA 1TK8A 1JL1A 1WSHA 4OKJA 5HBMA 3AVJA 3ISNC 3QEXA 4E7LA 3HP9A 2OA8A 3OS1A 1LWFA 4FLZA 4CEDA 4CK1A 3C94A 3O4NA 4M41A 4LD0A 3L2RA 2BE2A 1L5UA 2IDOA 3B6OA 5FRNA 4CJLA 1QQCA 1RTIA 2B4JA 1EX4A 1IH7A 3KK1A 4M3UA 4IG0A 4ELVA 1TAQA 4M42A 3ZCMA 4B3OA 4PY5A 2BANA 2PYJA 1IKWA 2QKKA 4KHNA 1SL1A 4CEAA 1S1VA 3SUNA 4NYNA 2YNFA 1I3AA 1RT1A 1ZBFA 3DOLA 3SQ1A 4EP4A 3L3UA 3ZSZA 2YKNA 4JS4A 2XHBA 1HQUA 1WAJA 4HCBA 2YKMA 4BDYA 3C95A 4FJ9A 1Q8IA 3K5LA 4CHZA 1UA0A 1RDDA 2FBYA 2HNDA 5CZ2A 1S1TA 5J2NA 1J53A 4AHUA 3AVBA 3LP3A 4WE1A 3PX6A 1VSHA 3ZSVA 4CEOA 1RTHA 3OYAA 3V4IA 3HYFA 1QHTA 3D0PA 4C8OA 4CIEA 3L2WA 1X9SA 4O55A 2Z1IA 1WSIA 4H4MA 2HNZA 4AHRA 4KHUA 4CERA 3DYAA 2ZE2A 2IAJA 1NKBA 3PUFA 4KO0A 3CFRA 5SZTA 1JL2A 1LW2A 1W9HA 1TK0A 2VG6A 3QO9A 2HMIA 1CZ9A 1JXEA 3OYDA 2B6AA 2PY5A 3FFIA 4CHPA 4W5NA 4I9LA 2X6NA 1TL1A 1RDCA 5EU7A 3TR8A 1T8EA 3HJFA 1KRPA 1U45A 2XY7A 4DU4A 4JRPA 3PX4A 1SL2A 5JS1A 1LV5A 4AH9A 3TAFA 4F2SA 5I3UA 1RTJA 4Z4GA 5J2PA 3TAPA 1TKXA 1SL0A 1NK6A 2P51A 2HHXA 3NGIA 4FLXA 2QXFA 2GUIA 1BIZA 3AA5X 4EZ6A 3OYCA 5J2QA 4HUEA 2YNIA 3CFPA 3LP1A 3KLFA 1NK9A 3QEVA 4B9TA 2GBZA 1S9GA 3PO4A 1NJXA 3ASMA 3M8QA 1VRUA 3MECA 2RF2A 4HUFA 1N5YA 4NCBA 2HVHA 1TKZA 1WSGA 4CGIA 3QETA 4K8ZA 4CJQA 3WNFA 1YTAA 3HL8A 4DU3A 3SI6A 1RILA 3VQDA 1KVCA 3PY8A 1JLEA 4G1QA 4ICLA 3V6DA 1NKCA 2KTQA 3OYKA 4DTSA 2DFEA 3VQCA 1NK7A 4CJEA 3S9HA 1FKPA 2ZQBA 3U3YA 3V1OA 5SWMA 4K8XA 1UAXA 5HRNA 1X9MA 4C8LA 4FK2A 3QLHA 3OS2A 4DF8A 4DTNA 1ZYQA 1VSJA 4I9QA 3KIOA 4FW1A 3HPGA 1VK0A 5K14A 1NK5A 3O3HA 4DQIA 2OYQA 1HRHA 1QS4A 4FM0A 3SYZA 4KFBA 1JLBA 3OS0A 3O3GA 4OKEA 1BISA 1FK9A 1RT5A 1WSJA 5T7BA 4KB1A 4FJNA 4QCLA 3V9ZA 3F73A 4LY7A 3K59A 4IDKA 1FXXA 4OLAA 4F4KA 2B5JA 1NOZA 3RR8A 4C8MA 3TAEA 3RMAA 1KFSA 4FJ7A 4CEFA 3HP6A 1REVA 4CEZA 4FJIA 3VQ8A 3NH0A 4M3TA 4GVMA 1D5AA 2FBVA 1NJYA 3AO1A 1ASUA 1L3TA 4KI4A 2Y1IA 1EETA 3ITHA 4FW2A 3KLHA 4L8RB 1RT7A 4DLEA 3VQ6A 1YTUA 1DTTA 3WNGA 1G15A 3T1AA 4CJ4A 4BACA 3DLBA 3D45A 4E1MA 1LAVA 4CF0A 4FK0A 4DF4A 3OYNA 4FLYA 3K5MA 4N5SA 4Y1DA 3LZIA 4FJHA 1S9EA 2G8UA 3MXMA 3LP0A 4CF8A 4DSLA 1HYVA 2IS3A 1QSLA 4CK3A 3VQ9A 4B9MA 3LPTA 3T19A 4UQGA 1QTMA 4BE0A 3M8SA 4CIGA 3U3GA 1XHXA 5D3GA 3I8DA 4FLVA 1ZBHA 2O4IA 4Z4IA 1Q9XA 3TARA 4KI6A 3KTQA 1D9DA 4FK4A 3AVNA 4AHSA 4E0DA 4BE2A 4CJRA 3L2VA 5C25A 3NFAA 2XO7A 4OLBA 2OPRA 4OKKA 1T7PA 4BE1A 4FLUA 1RDAA 4QOZB 4KRFA 3QNOA 2D0AA 4IKFA 4DS4A 4CHQA 4DTMA 1IKVA 4BDZA 3RMDA 4FJXA 3NAEA 3NCIA 2XY5A 3SUPA 3ZT4A 1U49A 4CFDA 4B9UA 4F3OA 4LH5A 1HYZA 5KRSA 4B9VA 4C8NA 4FJGA 4CGJA 3QESA 4J2AA 4FXDA 2ZD1A 3LPUA 3OJUA 2VG7A 4CFBA 4OGCA 4OVLA 2XRIA 4F8RA 3ZSQA 1VSDA 4I7FA 3VA3A 2G8VA 1RBSA 1HMVA 4E7HA 2D0BA 3MEDA 1KSPA 1BHLA 1IKXA 3JYTA 4O5BA 2OPPA 4JRQA 4LSLA 1S1UA 4B8AB 1DLOA 1RT2A 1CLQA 4DS5A 2ATQA 4LSNA 3NGZA 1BIUA 3U6FA 3MXIA 3V81A 2G8HA 2A1RA 3HM9A 2Q3SA 4NYFA 3DOKA 4N56A 3OYGA 4PWDA 4DTUA 1KTQA 4N47A 4O0IA 4E89A 4AILC 4IFVA 5FDLA 1XC9A 3MAQA 4KPYA 2W42A 4RW6A 3NDKA 4DTOA 1NK0A 1TV6A 3ZSWA 2Z1GA 1LAWA 1LW0A 3VN5A 1HPZA 3TANA 2Z1JA 1ZBLA 1QSSA 1HJRA 4C8KA 1RBUA 1XWLA 2WONA 5CYQA 4CJWA 3AVHA 3KLEA 1VSKA 3SV4A 1B9DA 4DTRA 2PYLA 4CECA 1RDBA 4F3TA 4AHCA 4FJ5A 4W5OA 2DTUA 4FZYA 1SV5A 2BDPA 3S3NA 4DFPA 1NKEA 3K58A 4M3XA 1ZBIA 3NE6A 3KKSA 5E41A 3DLRA 4DQQA 4FZXC 2Y1JA 3LZJA 2DFHA 4M3WA 3SQ2A 4E19A 3VQQA 4YFUA 5C24A 3OYLA 3SUQA 1TGOA 3DRRA 3AVLA 3OVNA 1UWBA 4CF2A 3WNEA 5CZ1A 1JLCA 3AA3A 4AHTA 2YHAA 3S3OA 1RTDA 1RT3A 3QEPA 2KFZA 3KLIA 3NF8A 3ZSXA 1C1AA 1KCFA 2FBXA 4DG1A 2KW4A 3TWHA 1JLQA 1HYSA 3ALYA 3TABA 4KTQA 3SQ0A 1VSIA 2EX3A 4CFAA 4YNQA 4DSIA 1TVRA 3G10A 3V1RA 3C6TA 2RKIA 1QE1A 3V9WA 4DLGA 3SPZA 1SKSA 1IG9A 4OPKA 3TI0A 1WNSA 1C6VA 4BWMA 3NF6A 3I0RA 3AVCA 4GW6A 3TAQA 4W5RA 3QEIA 1EXQA 1X1PA 2A1SA 5KRTA 1GOBA 1WLJA 4O44A 3PV8A 1RNHA 1NJWA 3HK2A 3SV3A 4CJPA 4F2RA 4R5PA 4Z0UA 5KI6A 1A5XA 1JXBA 3IG1A 3NGYA 1W0HA 1BQNA 2D5RA 4PUOA 1N6QA 1JLGA 3OJSA 3P5JA 3E01A 3VQPA 2YNHA 3L2QA 1BCOA 2E6LA 4RW4A 2KQ2A 4FM1A 4E3SA 3VQEA 2P1JA 4HTUA 4DTJA 1A5WA 1NK4A 4IFYA 1TKDA 1J5OA 4FLTA 4CJVA 4ZTFA 1QSYA 3DLHA 3HO1A 4W5TA 5KGXA 2OZSA 2EHGA 2QKBA 3HVTA 1I39A 4E7IA 4J2EA 1XHZA 1JLAA 4DTXA 4KTZA 4KTWA 1UOCA 2F8TA 3KK2A 1Z25A 3HVRA 3LDSA 2HB5A 3JSMA 4RW7A 3OYHA 1K6YA 3K5OA 4ID5A 4IG3A 1YVUA 1L3VA 1IKYA 3AO5A 2O4GA 1MU2A 4NCGA 3F9KA 4ZHRA 4Q5VA 1BI4B 1U04A 3V9XA 4KAZA 2P5GA 1B92A 4KKOA 4XIUA 4H4OA 1LWCA 3MXJA 1EKEA 4N41A 2FBTA 3DM2A 3DMJA 4Z4HA 3O3FA 1WSFA 3VQ7A 3HXMA 3K2PA 4FVMA 4CF9A 3DRPA 1SKRA 1D9FA 3QEWA 3B6PA 4DSKA 4PA1A 3H08A 3C6UA 3NF7A 3BGRA 3KJVA 2P5OA 3AO3A 4KB0A 3DI6A 2Z1HA 2YV0X 3SCXA 1VSLA 4FZZA 2HVIA 3IS9A 3ZSOA 1C0TA 1WSEA 2G8KA 3AVAA 4RW8A 3KD1E 4FLWA 1WN7A 1UA1A 4DQPA 1L3SA 3TAMA 3LALA 4OPJA 4FJJA 2X6SA 4Z4EA 3VQBA 1FKOA 3AVIA 3RMBA 4EP5A 4CJUA 3A2FA 4CEBA 4NCAA 4DWIA 1KLNA 3AA4A 1GOCA 5C42A 5I42A 3QNNA 1U48A 3DLGA 2HHVA 3PO5A 4FYDA 4DFJA 3O4QA 2F96A 5DK5A 4CGGA 4DSEA 1ITGA 1F21A 1S5JA 3ZT2A 3WNHA 1SKWA 4DU1A 3HSTB 3CM6A 4ZTJA 4B8CA 2IGIA 1TAUA 3PX0A 2HNYA 4DSJA 2OZMA 3LAKA 5KGWA 2BGGA 3UIQA 1NJZA 3P83D 3OY9A 2WOMA 4CJTA 2G8FA 4ELTA 3SQ4A 1S1XA 4FJ8A 2HW3A 3IAYA 4CE9A 4E1NA 2XY8A 5HRPA 1VSEA 3RRHA 4Z4CA 3OYJA 1TL3A 3CQ8A 3V9SA 1VSMA 3MEGA 4IBNA 1ZBUA 3SNNA 3K5NA 1NOYA 4J2DA 1YT3A 2HHQA 1BQMA 1S6PA 4BWJA 4Q0BA 3M8RA 2KZMA 3MEEA 1ASWA 1TKTA 3CM5A 2QK9A 3L3VA 4DSFA 4GMJB 4CF1A 1C0UA 3KKRA 1T03A 4KHWA 3L2UA 4E7KA 4MFBA 4ID1A 3CFOA 3NHGA 2DY4A 2RN2A 4KHSA 2LSNA 4TSXA 3DLEA 3HPHA 5HRSA 3SJJA 4Z4FA 4MQ3A 3KK3A 3SZ2A 1KFDA 2XY6A 4O0JA 3NBPA 1XI1A 2KZZA 4PQUA 3OYFA 3AVMA 2JLEA 3I0SA 4CGHA 1Q9YA 4B9SA 4B9LA 1C0MA 5DMRA 1IO2A 4CGDA 3KD5E 4HHTA 4BDPA 5FROA 4CFCA 1O1WA 4H8KA 3NF9A 4CHNA 1TK5A 2RPIA 2DFFA 4KV8A 1KVBA 4CJFA 4CESA 1RBRA 2FC0A 5J2MA 2D0CA 4CJ3A 4W5QA 4CK2A 4DQSA 4DTPA 1X9WA 3NH1A 3LWMA 2HHTA 4OGEA 3T3FA 1U4BA 1VRTA 3L8BA 2HHWA 3AO2A 4I2QA 4DMNA 3RR7A 4FJLA 1LWEA 3V1QA 4RW9A 3ZT1A 3VQAA 4CHOA 4HUGA 3HPOA 2VWJA 2YHBA 4FCYA 4FJMA 4M3YA 4M3ZA 3VQ5A 4HCCA 4M45A 1BL3A 3LWLA 4J2BA 3KLGA 4OJRA 2E4LA 2VWKA 3AV9A 3AA2A 3ZT3A 4JS5A 4CEQA 5FRMA 1RBTA 4CHYA 3AVFA 1R0AA 1DTQA 4RG8A 2F8SA 3RWUA 3ZT0A 2IC3A 4CJKA 3OYMA 5HLFA 3DRSA 1HQEA 2ETJA 1SUQA 3QIPA 4CGFA 4CJSA 2R7YA 1BI4A 2NUBA 3EYZA 3LP2A 3BDPA 1WAFA 1EP4A 4B08A 5HP1A 3THVA 3AVKA 2OPSA 1JLFA 3OYBA 3EZ5A 3RRGA 3RTVA 1RT6A 2G8IA 1J54A 4Y1CA 1S6QA 1RT4A 4JLHA 3SUOA 4AHVA 3QIOA 3HT3A 4DFKA 4DFMA 1BCMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BPMA 3AO4A 1C1CA 4QAGA 4O4GA 4E7JA 3CYMA 3VQ4A 3ZSRA 4CD3A 1CXUA 4EZ9A 1E4GT 3QERA 3OYIA 3V9UA 4ELUA 4O8KA 2QWNA 4FPAA 4IDHA 2UXDK 4FJKA 4H0TB 4GKJK 5M1KA 3SAFA 3I55N 1BGXT 3THWA 2VYPA 4CEEA 2YJEA 3VERA 4FPBA 4Z94A 1T05A 4CCHA 5M1OA 4CJ5A 4DV6K 2HHUA 3EL2A 4GV9A 4KREA 5JICA 4DQ8A 1TK8A 3ISNC 5H1SQ 2DPNA 3OS1A 1LWFA 4EIAA 5AZJA 1L5UA 4A2AA 3E9LA 4BR7A 1ESVA 2O8FA 4M42A 4JNEA 1TAQA 4PY5A 3CMEN 3LL3A 2QKKA 4CEAA 2YHXA 4NYNA 1I3AA 1ZBFA 3FZHA 3SJHA 1NGIA 2QW9A 2VGNA 4JS4A 2HSTA 1N34K 2XHBA 1HQUA 2Q31A 4DR1K 4B1WB 1Q8IA 3K5LA 1UA0A 3ZX0A 1RDDA 4KH6A 1J53A 3LP3A 4MO5A 4WE1A 3ID6A 4B3MK 1RTHA 3FZLA 3LDNA 4RWTA 1QHTA 5GINA 2VQFK 4C8OA 1ILYA 4LFBK 4CERA 3PUFA 4JHDB 4KO0A 3KWGA 1JL2A 4YORA 2QWOA 1VQON 1JXEA 4CHPA 1EQYA 2KKZA 3H6EA 2X6NA 4I9LA 4FWKA 5EU7A 1T8EA 1KC8O 2XY7A 5JS1A 5J2PA 1NK6A 3P38A 3NGIA 3C6HA 1V4TA 1NK9A 3LP1A 3QEVA 4BRNA 3J7YP 2GBZA 3ULEA 4HUFA 1GLCG 2P9KA 2Q0UA 4NCBA 4BC3A 1NGDA 1NGJA 3HL8A 4WQ4C 4DU3A 3VQDA 2QWLA 3KK7A 1SZ2A 1JLEA 3RSEB 1NKCA 5BPLA 3MMVA 4O8UA 2ZQBA 1K8KB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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