4CJFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjfA00
1JLQA 4NCAA 2O4GA 1A5XA 3AA5X 5C24A 1DTQA 1ASWA 4DLGA 3SQ4A 1LWCA 2NUBA 1XHXA 1HQUA 3VA0A 1DLOA 3WNHA 4M3YA 1NK6A 1D9FA 2QKKA 1C0MA 3F73A 3A2FA 1CLQA 1QHTA 1B92A 3NF8A 4NYFA 4CERA 1VSDA 2EX3A 3AV9A 4FLWA 3S9HA 2AJQA 3P1GA 1BCMA 3NF7A 4CGDA 4NYNA 2IGIA 4CJQA 4AHSA 3LPTA 3LP3A 5HBMA 4KI6A 1C1BA 1RDAA 4H8KA 4QAGA 4DF4A 3PV8A 1VSLA 3HVRA 3OVNA 3AO5A 1WNSA 1KFSA 4FLVA 2B5JA 1WN7A 3OYFA 3V1QA 1N6QA 4RW9A 3SQ1A 3LDSA 4RG8A 4OKJA 4W5TA 3OYHA 4F4KA 4JS5A 1GOAA 3ZT1A 2X6NA 3BGRA 3VQEA 1KVCA 3LPUA 2ATQA 3OYJA 3VQ6A 3TWHA 1VSHA 1QS4A 4CJ5A 4BWMA 1TV6A 3C94A 3AVBA 3VQAA 1BQMA 4FVMA 3V9ZA 1WAJA 1RTDA 4FK0A 3PO4A 1TL3A 1L3SA 3ZT2A 1RDDA 1U47A 4E7LA 4KB1A 3T3FA 1Y97A 4YNQA 3WNFA 3DLEA 4DTSA 1U48A 1RBRA 2FC0A 3K5OA 3AVKA 4DU3A 1L3UA 4CJEA 1NJWA 3OYIA 3AVJA 1YVUA 3T19A 3M8PA 4CEOA 4DTXA 4OKEA 4LH5A 4IDKA 3LAKA 1HYZA 1SL0A 3ZSWA 3SUQA 1XI1A 2WONA 4FJ5A 3P83D 4Y1DA 2YKNA 3O3FA 3VQCA 4J2BA 3M8SA 1VSMA 1NK0A 4M3TA 4M3XA 3AVNA 4FJNA 3ZSZA 2QXFA 4KFBA 3V9XA 3KLHA 3L2WA 4DQRA 3SJJA 1X1PA 2OPSA 3OYKA 4AILC 4B9VA 4B3OA 2X78A 4K8XA 4AHRA 4AHTA 3ALYA 5FROA 4LSNA 4EZ9A 3D0PA 2P51A 3K59A 1A5WA 1VRTA 4OVLA 1IO2A 2JLEA 4DFKA 3L2VA 4CEBA 3C6TA 1UAXA 1RTIA 3OS1A 3QLHA 4CCHA 1NOYA 2KW4A 3AO2A 3SUNA 1KRPA 3LP2A 4CK2A 3K58A 1T05A 4CK1A 4DQQA 3ZT4A 3IS9A 4M3UA 3V6DA 4KTZA 4FJIA 2E6LA 3WNGA 1TK0A 4QOZB 3G10A 2D5RA 1WSHA 3ULDA 3L2QA 4CJTA 3SCXA 4CEFA 3SQ0A 2G8IA 4L8RB 3VQ8A 5K14A 4I7FA 4E1MA 1NJXA 4CHPA 2Q3SA 2OA8A 3NH2A 1KCFA 3PX4A 1IH7A 3KIOA 4FLTA 1LAVA 2ZQBA 1RTJA 3ISNC 3SUPA 3DLRA 3CFOA 4G1QA 3K57A 4FJKA 4YFUA 1NOZA 1ZBHA 4FLYA 1IKVA 1IKXA 1J9AA 2RPIA 2OYQA 2VG7A 2XY5A 4BDPA 1JL1A 1TKXA 4E7HA 2GBZA 4LH4A 3I0SA 5SWMA 4TSXA 3TAMA 1S1TA 1Z26A 3AVMA 4CJPA 4DF8A 1I3AA 3PX6A 1KLNA 2PZSA 1G15A 5KI6A 4N76A 3QEIA 3TAFA 4DSIA 1TGOA 3NGIA 4KHNA 1F21A 3LAMA 2HHUA 4ID5A 1DTTA 1QSYA 1LV5A 3DOLA 2YNHA 1JLCA 2Z1JA 3RMBA 4KHUA 1NJYA 2P5GA 4FCYA 1BCOA 3HK2A 5HP1A 3LWMA 1NKEA 4OJRA 4DWIA 1W0HA 3CG7A 1S1UA 4HUGA 4B9MA 4JS4A 4CGGA 4Z4GA 4O0JA 5HRPA 3QINA 1XHZA 1TKZA 1WSIA 3O4QA 3TANA 3OJUA 3SUOA 4KI4A 1RDBA 3VQDA 3EZ5A 3CYMA 1K6YA 4DS4A 4PUOA 1JLFA 3ZSXA 1J53A 4NCBA 3THVA 1JXBA 1LWEA 3DLGA 4XIUA 3DMJA 4KV8A 4I9LA 4O4GA 4DG1A 1JKHA 3TR8A 3VA3A 1NK7A 1D9DA 3DI6A 4CF0A 4HHTA 4OPKA 3ZSOA 4CJ4A 3EYZA 1UA0A 1T7PA 4J2DA 3HO1A 3AVIA 2IAJA 5HROA 4O0IA 1MU2A 3S3OA 3QO9A 1VSJA 1ZBFA 2F8TA 1NKBA 2YNGA 4IBNA 3NHGA 4F8RA 4FLUA 4B9NA 2FBTA 1IKWA 4E19A 3ASMA 4DFJA 4FJGA 2XY6A 4ELVA 3KLGA 1BI4B 1ASUA 2DFHA 3SV3A 5J2NA 1CZ9A 4BDZA 4B9UA 1KVBA 4HUEA 1X9WA 1NJZA 4Q0BA 4W5QA 3NH1A 1U04A 3L2UA 4N41A 4CHZA 2VG5A 1EKEA 4ZHRA 4I2PA 4CF2A 3S3MA 3C95A 3V4IA 3DLHA 4DFMA 5C42A 1QSLA 3O4NA 5CZ2A 3VQBA 3RRHA 1LW2A 1RT5A 4BE2A 3KD1E 4OLBA 1CZBA 5KGXA 4CJLA 3V1OA 4AHCA 4M3RA 5JS2A 4MQ3A 4CESA 2GV9A 3SPZA 1RBUA 1S6PA 3KKRA 2HB5A 4AH9A 1XWLA 1WSGA 1CXQA 3MEEA 3KK3A 3CFPA 3MEDA 2A1SA 4HTUA 4N5SA 4CHOA 1ASVA 2LSNA 4Z0UA 4KHYA 4KREA 3D45A 3TAQA 1JLAA 4EP4A 4E1NA 1CXUA 4DS5A 5SZTA 4DTRA 1C0UA 1HNVA 1T03A 5CZ1A 4AHVA 2OZMA 5D3GA 4AHUA 2P5OA 1VRUA 4RW7A 3U6FA 3KLEA 1SV5A 3IG1A 5CYQA 3CM5A 3HPGA 4DFPA 1SL1A 1HJRA 4DSEA 4PY5A 1J54A 3QERA 2YHBA 3DRPA 3I0RA 1HPZA 4GMJB 1X9MA 2ZE2A 4FJLA 4IKFA 1EP4A 2A1RA 2B4JA 1VSKA 3OYEA 4CGHA 4DTMA 1QSSA 2Z1HA 4FM0A 1BGXT 3BDPA 4M3WA 4C8KA 3L3VA 5CYMA 3NFAA 1RT6A 3DRSA 1KLMA 3VQPA 4CHYA 4MFBA 1SKWA 1UOCA 5J2QA 3LANA 3M8RA 1FK9A 4Z4EA 2XHBA 3ITHA 2RF2A 4CF8A 2PYLA 2FBVA 3K2PA 3AO1A 2HHVA 2HHTA 1WSJA 3NF9A 2G8KA 2BDPA 4ELUA 2KFZA 3NBPA 5HRRA 3KKSA 4DSFA 3AA3A 3HPOA 3V9SA 2OPPA 3NGYA 4HUFA 4C8NA 3SQ2A 4CJUA 1BHLA 3HXMA 3SZ2A 1FKOA 4QCLA 3HL8A 4CJFA 4O5BA 1RBTA 1YT3A 5FDLA 5HRSA 3QEPA 4CJVA 3UIQA 3K5MA 1W9HA 1SKRA 3VQ7A 4Z4IA 2HW3A 2DY4A 3OJSA 4CEDA 1LWFA 4C8MA 4J2EA 4FLXA 2W42A 4N56A 3S3NA 3VN5A 1BIZA 1WAFA 4BE1A 4F3OA 1KTQA 2KFNA 2PY5A 3ZSRA 3O3GA 1D5AA 1FKPA 4E7IA 2JGUA 3O3HA 4I9QA 4M45A 1RILA 4KO0A 4M41A 5FRMA 1B9DA 4BWJA 4CFCA 3OYMA 4Z4FA 2OPQA 3SV4A 3AVAA 1B9FA 4FJMA 1HYVA 5E41A 4BE0A 1BI4A 4E0DA 4OGCA 1VSFA 4CK3A 5J2PA 3KLIA 4F3TA 4C8OA 4BDYA 2IOCA 1HYSA 3LP0A 3CQ8A 1C1AA 3OYAA 4B8CA 5KRSA 1EXQA 4PWDA 2HHSA 3HSTB 4Z4CA 3NAEA 4CGFA 1JLEA 1RT3A 4FJHA 4FW1A 3OYNA 3MAQA 3ZT3A 4DMNA 3SPYA 5T7BA 3AA4A 5HRNA 1Q8IA 1L5UA 4GW6A 2DFFA 2IC3A 2HHXA 4Y1CA 3SYZA 2G8UA 4CJKA 1REVA 3AO3A 4OPJA 3KLFA 2X74A 3DRRA 1Q9YA 2F8SA 1JLBA 4DQSA 1EETA 3HYFA 2VG6A 4KTQA 4IFYA 1Q9XA 3K5LA 3TABA 4FK4A 3LZIA 1C1CA 3LZJA 1RTHA 3HP9A 4CEAA 4FZYA 2G8HA 3RMCA 3P5JA 4CIFA 3L2RA 3NH0A 4E7JA 1J5OA 4FJ8A 4CJRA 4ZTJA 4KHWA 1TKTA 3G0ZA 1JLGA 4R5PA 4Q5VA 4DU1A 2QK9A 4FW2A 3OY9A 2KTQA 4CE9A 3HVTA 3PY8A 4B9TA 1RBSA 4O55A 1RNHA 2HVHA 3JYTA 1SUQA 4DTJA 3DLBA 4EZ6A 1UA1A 5HLFA 3DLKA 4FJ9A 1S6QA 1QTMA 4H4OA 1BQNA 2DFEA 2X6SA 4RW4A 3JSMA 3TI0A 3E01A 4C8LA 1I39A 4FJ7A 4JRQA 2G8WA 5KGWA 3ZCMA 3TAGA 2RKIA 1KVAA 3K5NA 1UWBA 1N5YA 4ELTA 4J2AA 3QIPA 4NCGA 4CIGA 4CGIA 2RN2A 4DTPA 2BE2A 3ZSVA 4DTNA 3AA2A 2O4IA 3RTVA 1WLJA 3MEGA 4LD0A 3M8QA 3NE6A 4DTOA 1S5JA 1SL2A 4FM1A 3AVLA 4ID1A 4KHSA 3CM6A 1RDCA 2D0AA 2FBXA 4O44A 4KB0A 3L3UA 1IKYA 1R0AA 1BL3A 1WSEA 3FFIA 3ZT0A 4FJJA 1IG9A 4WE1A 4FYDA 4EP5A 3MXMA 3KD5E 1S1VA 1HRHA 3PUFA 5DMRA 3NGZA 5J1EA 3PX0A 3NDKA 4CF1A 1NK5A 2G8VA 4RW8A 4K8ZA 3V9UA 5C25A 3NF6A 5KTQA 3RR8A 4M3ZA 2HNZA 2WOMA 2Y1IA 1NKCA 4CJ3A 3EY1A 4HCBA 1QQCA 2VWKA 1U4BA 3RWUA 1S1XA 3LALA 4BACA 4DSLA 1FXXA 4IG0A 5CY4A 3OYDA 1EX4A 1TKDA 4W5NA 3VQ9A 1O1WA 3V1RA 4FZXC 3IRXA 1VK0A 5I42A 3RMDA 3HPHA 1ITGA 4CHNA 3ZSQA 3QNNA 1LW0A 4E89A 2KZZA 4W5OA 3IAYA 4CF9A 2HVIA 3TAPA 4FZZA 3MXIA 4CHQA 4GVMA 4FM2A 3AVGA 1U45A 1ZYQA 2ZD1A 4FJXA 1YTUA 2QKBA 1RT1A 2HHWA 4IFVA 2E4LA 4IG3A 3DYAA 4CEQA 3DOKA 4CJWA 2Z1GA 3RR7A 4FK2A 1S9GA 3H08A 4W5RA 1SKSA 1XC9A 4PQUA 1TAUA 1S9EA 2DTUA 2OZSA 1QE1A 2D0CA 3T1AA 1ZBIA 3AO4A 3I8DA 2YNFA 1ZBUA 3AVHA 2YNIA 3B6PA 4KKOA 5JS1A 1X9SA 2HNYA 4LY7A 3RMAA 4JLHA 4CGJA 2F96A 4DLEA 1C0TA 4DQIA 3SNNA 3KTQA 2XY8A 4OGEA 5J2MA 4OLAA 4F2RA 4KTWA 3VQQA 3MECA 1C6VA 1HMVA 2R7YA 2E6MA 1NK4A 2PYJA 2Z1IA 4I2QA 4CFBA 4CIEA 1TAQA 3HP6A 1NK9A 3OYGA 3WNEA 1JL2A 3KJVA 1KSPA 3VQ4A 1L3TA 3C6UA 1ZBLA 2XRIA 2KZMA 1VSEA 2IDOA 3RRGA 3U3YA 5EU7A 1JXEA 2Y1JA 2IS3A 4N47A 3TAEA 4CFAA 2I5JA 3F9KA 3MXJA 4OKKA 2VWJA 3U3GA 2XO7A 3QEVA 4CFDA 4KPYA 3HM9A 4FLZA 4M42A 2BANA 1NK8A 1L3VA 1Z25A 2ITGA 3CFRA 4B9SA 2FBYA 4HCCA 3LWLA 4CECA 4DSKA 4E3SA 1S1WA 4H4MA 1GOCA 2XY7A 1RT2A 1D8YA 2HNDA 3QETA 1RT4A 1WSFA 3KK1A 1HNIA 5DK5A 4HVJA 1TL1A 1LAWA 2YHAA 2KQ2A 1KFDA 2B6AA 2YKMA 3DM2A 1RBVA 1GOBA 1A5VA 2P1JA 3LP1A 3OYCA 3B6OA 4ICLA 2OPRA 4CJSA 4F2SA 4KHQA 1U49A 3HT3A 2D0BA 5FRNA 3NCIA 3TARA 3L8BA 3QEWA 3QIOA 3HJFA 1TVRA 3AVCA 2ETJA 4RW6A 3ZSYA 3VQ5A 4DU4A 3QESA 1VSIA 2HMIA 4LSLA 4E7KA 2G8FA 1YTAA 4FXDA 3V81A 1T8EA 4B8AB 5KRTA 1BIUA 3AVFA 3OS2A 1HQEA 3QEXA 3V9WA 4DTUA 3OYBA 3SI6A 4DQPA 3KK2A 1RCHA 4CEEA 4Z4HA 4UQGA 3OYLA 4KAZA 3OS0A 2BGGA 4ZTFA 1TK5A 3PO5A 4PA1A 1RT7A 4CEZA 5I3UA 2HHQA 4JRPA 2GUIA 3QNOA 1TK8A 4DSJA 2EHGA 2YV0X 4B9LA 4KRFA 1BISA 4B08A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JLQA 2O4GA 3AA5X 3SQ4A 5AQZA 1XHXA 3A8YA 4JKEA 1IBLK 2GWKA 4GKJK 5C10A 1B92A 1VSDA 1Q7YO 3P1GA 3LPTA 2Q0UA 4H8KA 4B9QA 3WXLA 3CC7N 1WN7A 2IVPA 4IO8A 3OYFA 3V1QA 3ATVA 3LDSA 3OYHA 4OPAA 3QDKA 5AQPA 1KAZA 3VQEA 1ZC6A 3OTOK 5DM6L 4CJ5A 4BWMA 3C94A 3AVBA 1NGHA 3VQAA 3VETA 2QWOA 4BRFA 2HBJA 3ZETA 1RTDA 2QTDA 2YI1A 1TL3A 4G9ZA 5M1PA 3ZLJA 4KB1A 1EWQA 3T3FA 1Y97A 2GX9A 4DTSA 4DU3A 2FC0A 3AVKA 4U67L 5AQQA 1NGIA 3AVJA 3OYIA 4CEOA 1ATRA 4FJ5A 2YKNA 3VQCA 4J2BA 5IT9O 1NK0A 4CZKA 5AQIA 4GV6A 4EAHD 3V9XA 4YOWA 4H03B 4IXCA 4AHRA 4AHTA 3ENOA 5AQYA 3CC4N 1OVYA 4DFKA 4LC9B 4CEBA 3ENHA 1TYQB 3QLHA 5GINA 4B1YB 5FPNA 4KH6A 4WQ5C 4FJIA 3WNGA 2UXDK 4QOZB 3G10A 2D5RA 3IUCA 4CJTA 3VQ8A 5K14A 4H5RA 3UE5A 3NH2A 1KCFA 3VGLA 1N8RO 2ZQBA 4GVEA 3PSFA 5HL7L 4YFUA 5LY3A 2RPIA 2VCPA 4JYAK 3FZFA 4E7HA 4IOCL 3O9UA 1GLLO 3TAMA 3I8BA 1S1TA 4CJPA 3PX6A 2PZSA 4IOXA 3HBTA 4DSIA 4KHNA 3LAMA 4H0OA 4B3RK 1LV5A 2YNHA 3RMBA 2NRWA 3H3NO 4OJRA 2ZGYA 3CG7A 3LDOA 3ENBA 4CGGA 4JS4A 4AQYK 1MWKA 1XHZA 1TKZA 3QFUA 3TANA 3CD6N 4LFAK 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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