4CJLA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjlA00
4AHRA 4BDZA 1Q9XA 4F8RA 4C8NA 4CHQA 2G8HA 2HHSA 5K14A 4CGHA 2Y1IA 2OPRA 1N6QA 3LP2A 1KFSA 3F73A 1C0TA 2D0AA 3A2FA 4W5RA 3O3FA 4C8OA 1GOBA 4FLZA 3THVA 1EX4A 2RN2A 4F2SA 4FJLA 3V81A 2Z1GA 1ASWA 4K8XA 4N47A 4OGCA 3QEWA 4DMNA 4CF1A 1IKXA 5SZTA 5FDLA 4E89A 3K59A 4CFBA 1TKZA 2VG6A 4LSNA 1EETA 1LWFA 4BACA 4FJGA 4KPYA 1FKPA 4H4MA 4M45A 3AV9A 1SL1A 2WOMA 1Q8IA 3NH1A 1U45A 1BCMA 3KLIA 1IH7A 4DFJA 4KHQA 1Z26A 5KRTA 2KZZA 2X6SA 3ZSVA 2GBZA 4CJTA 4BWJA 4FM2A 2E6MA 3SQ1A 3HVRA 3NF8A 3LWLA 4QOZB 5HROA 2F96A 4CF9A 5KTQA 3OYFA 1SKWA 1BIUA 2RKIA 4CEZA 1C1AA 2IC3A 4CIEA 3SYZA 4IDKA 4M3ZA 1REVA 4I9LA 3VQ9A 4KREA 1ZBUA 4ID5A 3K58A 3NHGA 3K5OA 4E3SA 1ZBFA 3VA0A 4JLHA 3OS0A 4FLVA 1BI4A 1Q9YA 4CF8A 4DG1A 3DM2A 1RBSA 4N41A 4O5BA 2HVIA 3D45A 3HM9A 4AH9A 1KTQA 3CM6A 4CIFA 3TI0A 3MXMA 1X9SA 4C8LA 2XRIA 4DU3A 3TAMA 4DLGA 4OGEA 1NK7A 3AVAA 4BDYA 4DTOA 3NH2A 2W42A 1ZYQA 2XY7A 5CYMA 4NYNA 3V9ZA 1WLJA 1EP4A 1T03A 3HSTB 3ALYA 1UOCA 4OPKA 4F3OA 4L8RB 3HPHA 1WSGA 2IGIA 2VG5A 4E7LA 2OPSA 3UIQA 4JRQA 3AA2A 1BCOA 5J2NA 4TSXA 1TL3A 4ZHRA 1JLGA 1J53A 1RBVA 1F21A 2BE2A 3OYHA 4J2AA 4B9SA 3IS9A 4GVMA 1RTIA 1RBRA 3VQAA 4Z4CA 1HNVA 3QO9A 1BIZA 4F4KA 2KFNA 2B5JA 2E4LA 2HB5A 3ZSWA 3OYAA 1L3SA 1WAFA 3MEGA 4CEEA 1S9EA 1RT4A 1S1WA 3OYKA 3SQ4A 2IS3A 2G8FA 4DSIA 3M8PA 1WSIA 2P5OA 1SL0A 4W5OA 4KHYA 2ETJA 3V1QA 4B9MA 5CYQA 3OYJA 3SV4A 1RT2A 3AVNA 5CY4A 4CJ5A 4YFUA 3V1RA 5CZ2A 3DLHA 2HVHA 2EX3A 4BDPA 1N5YA 1JL1A 4FJ7A 3C94A 3DYAA 3AVIA 2Y1JA 3F9KA 3O3GA 4RW8A 2B6AA 3DI6A 5KGXA 5I42A 4M3WA 4ELTA 4FLUA 1S5JA 2I5JA 4LH4A 1BQMA 4LY7A 3SUQA 4KTZA 1D8YA 4KHSA 4Z4IA 1BQNA 3LDSA 1NKEA 1C0MA 1B92A 5C42A 3AO4A 2OZSA 1U04A 1VSKA 3KK3A 4KHUA 4FLTA 4E1NA 4AHVA 2R7YA 4CFAA 3HVTA 4DSFA 1S6QA 4DTRA 3OYGA 3TAQA 3OYIA 4ID1A 5J2QA 3RRGA 2HMIA 1KVAA 4DTNA 4M3UA 2ZD1A 2XY8A 3V6DA 2DY4A 2YNHA 4CJQA 5I3UA 3DMJA 4O4GA 1EKEA 3NF9A 4MQ3A 4CJFA 4KHNA 3VQ4A 3AVMA 4FJ8A 4AHTA 4FXDA 4CGFA 3OS2A 2IOCA 3L2VA 2PZSA 5HRSA 4OJRA 3VQPA 1A5XA 1CXQA 3NGZA 1FKOA 3T1AA 5D3GA 2GV9A 4DTSA 5HRNA 4HTUA 1XHZA 2ATQA 4KB0A 3VQDA 3L2RA 3TWHA 1I3AA 4JS4A 3TARA 3QEPA 4Z4HA 1HYSA 2HHXA 4CFDA 3SV3A 1D9FA 4H8KA 3ZSYA 4KV8A 4KTWA 5KI6A 4CJKA 4FYDA 3OVNA 4HUEA 4W5QA 2ZQBA 3SQ0A 3SUPA 2YHBA 1JLCA 3VQQA 4CGJA 3SPZA 3AVLA 2YNFA 2ZE2A 2G8IA 2YKNA 3AA5X 1S1XA 2Z1IA 4Y1DA 3WNEA 2WONA 4IFVA 4CEDA 1IKVA 3QIPA 4AILC 4CJWA 1GOCA 1HYZA 2VWJA 2PY5A 1ZBIA 1S1VA 3AVKA 5HBMA 4CHOA 3CM5A 3G10A 3V9SA 3QNOA 5EU7A 4EP5A 1RDBA 5KRSA 1YTUA 2Z1JA 1RNHA 2YKMA 4CJ3A 3B6OA 4KI4A 4E7KA 4E7JA 4DWIA 4CEBA 2G8VA 1QQCA 4B8CA 1RDDA 3K5NA 1ZBLA 1T8EA 1LWCA 4FJKA 2HHTA 1QTMA 1BGXT 1JL2A 3H08A 3RTVA 3DRPA 4PUOA 2AJQA 5J2MA 1RBTA 3SNNA 4B9LA 4WE1A 1LW2A 1U47A 3AVGA 3SQ2A 1X9MA 1JXEA 4ZTJA 3AVHA 2Z1HA 4B9UA 3DLKA 1RTDA 4CGGA 4Q0BA 4I9QA 2FBXA 2OPPA 4FLXA 1KSPA 3LANA 3VN5A 3MAQA 3RR7A 3ZT3A 1NKBA 4CHPA 3V9XA 3DLBA 4CF0A 1QS4A 1CZ9A 1VSJA 2IDOA 3S3OA 3HK2A 2HHQA 1VRTA 3K5MA 3IAYA 3PO4A 3ZT1A 4NCBA 1NJZA 4DSEA 1RT1A 5HRRA 4RW4A 1ASVA 1JLEA 3AO2A 4OKEA 3L8BA 1KVCA 4BE2A 3SCXA 3BDPA 4KB1A 1A5WA 1UAXA 3AA4A 4B9VA 2PYJA 3DLEA 4FJMA 1VSLA 4AHUA 4FJ5A 3HYFA 3OS1A 4DTMA 1D5AA 4I2PA 3AO1A 4GMJB 4LH5A 4I2QA 3QEXA 3CG7A 3MXJA 4FK0A 3M8QA 3MEDA 3NGYA 4IFYA 3DLGA 2RPIA 4OKKA 1TK0A 4CJSA 1U48A 3OYBA 2OYQA 5J2PA 2OA8A 3TR8A 4AHCA 4OLBA 3AVBA 4PQUA 4IG0A 1JLFA 3ULDA 2PYLA 1HQUA 5FROA 3KLHA 3KKRA 3L2QA 4E19A 2FBTA 1BL3A 3NBPA 3KLEA 3QINA 2A1RA 1NK4A 1VSDA 1DTTA 1BHLA 1T7PA 4DLEA 2QKKA 4M41A 2Q3SA 4O0JA 4RG8A 1KFDA 4DU4A 2B4JA 1MU2A 3G0ZA 4CF2A 4I7FA 3KLFA 4HHTA 3L3UA 4BE0A 3RMCA 1T05A 2OZMA 1HPZA 4G1QA 3RR8A 1IO2A 3DOLA 4FW1A 5CZ1A 3M8SA 1TK5A 1ZBHA 1S1UA 1TKTA 1B9DA 1VSFA 1W0HA 1WSJA 3OYCA 4R5PA 3NAEA 1W9HA 4CEOA 3O3HA 4DSJA 4CEFA 2DTUA 2A1SA 3JYTA 2YNIA 3MECA 4EP4A 3RMDA 3ZT0A 3MEEA 5DK5A 3ZT4A 3I0SA 3LZJA 2HNYA 3SJJA 4EZ9A 2JGUA 3T3FA 4CEAA 1RT6A 4UQGA 4KHWA 1ASUA 3QEVA 3CYMA 4W5TA 1NK6A 3O4NA 4FK4A 3V1OA 3K5LA 4KI6A 1RT3A 2LSNA 1JLBA 1X9WA 1C1CA 2GUIA 3NFAA 2RF2A 4DTPA 2FC0A 5HRPA 3EY1A 4PY5A 3L2WA 3OYNA 4W5NA 2D0BA 1RDCA 1WSFA 4NCGA 4CECA 3HT3A 1S6PA 2VG7A 3KJVA 2P5GA 4QAGA 4FCYA 4E7IA 1GOAA 3LZIA 4FM1A 3TAGA 1SKSA 1TKDA 3AVJA 4DTXA 3QEIA 4DSKA 5C24A 1JKHA 3P1GA 4CK1A 1WN7A 3K2PA 3AA3A 3ZSQA 3AO3A 4RW9A 2HHVA 2DFHA 1L5UA 4Z4GA 3NH0A 1I39A 1TV6A 1YT3A 4IG3A 4KAZA 1Y97A 2G8UA 4BWMA 3DRSA 2XY5A 1RDAA 1VSMA 3KIOA 4KRFA 3ITHA 4CJPA 1O1WA 1YTAA 4RW6A 2X6NA 4DS4A 1RCHA 3SI6A 2HHWA 4N76A 3C95A 2FBVA 1C6VA 4PA1A 3QNNA 3LWMA 2KZMA 3ZT2A 3WNHA 2YV0X 3LP1A 2HNZA 1XHXA 3KTQA 4AHSA 3PX0A 3WNGA 3ZSRA 2DFEA 3LALA 4FLYA 3AVCA 2D5RA 3SZ2A 4B3OA 1EXQA 4DU1A 2XHBA 3QERA 2XY6A 1LW0A 1YVUA 3VQ7A 3OYMA 3QETA 3BGRA 2QKBA 3VQEA 3HPGA 2P1JA 3C6TA 4CESA 4J2BA 4M42A 2EHGA 4N5SA 1RBUA 4DS5A 2HNDA 1XI1A 4MFBA 4DSLA 2F8TA 1DLOA 4E1MA 1RT7A 4M3RA 3KK1A 4IBNA 4ELUA 1IKYA 4FZZA 1NK9A 4Z0UA 1UWBA 3RMBA 4E0DA 4HUGA 3LP3A 1SKRA 3L3VA 3ZSZA 3ZSOA 5FRMA 3NE6A 4DQSA 4CJEA 1LWEA 4OKJA 1VSIA 2NUBA 4CJVA 3RMAA 4DFMA 4OLAA 1X1PA 1A5VA 4XIUA 1QHTA 2KQ2A 2YHAA 4CGIA 1SUQA 5E41A 3VQ8A 4Q5VA 3M8RA 3DOKA 3ZCMA 3D0PA 4B8AB 5HP1A 4OPJA 4Y1CA 3S3MA 4B9TA 3NF6A 3T19A 1TAUA 1SV5A 4CIGA 2X74A 4FVMA 1Z25A 1HYVA 1TKXA 1WNSA 3S3NA 2BGGA 4CGDA 4C8MA 3OYDA 4CJ4A 1QSYA 4DQRA 3VQ5A 3SUOA 1TL1A 3QIOA 5C25A 5HLFA 1WSEA 5JS1A 4FZXC 3QESA 1L3TA 1QSLA 3CFOA 4O0IA 1QSSA 3V9UA 3AVFA 3K57A 2DFFA 4FW2A 4H4OA 3PX6A 1NJYA 1HRHA 2G8WA 1C0UA 2JLEA 4HVJA 1KRPA 4DQPA 4FJHA 1TAQA 1XC9A 2BDPA 3NDKA 4J2EA 4CHYA 4YNQA 3RRHA 3HP9A 3OJSA 2E6LA 1J9AA 3V9WA 5J1EA 3HXMA 3LAKA 2HW3A 4KTQA 4M3YA 3HJFA 3ASMA 1NKCA 2VWKA 3WNFA 5SWMA 4OVLA 2D0CA 4O44A 1TGOA 2FBYA 4F2RA 3PV8A 1ITGA 3E01A 2G8KA 1L3VA 4Z4EA 3VQCA 3OJUA 4FZYA 4FJ9A 1BI4B 1VK0A 3LPTA 5KGWA 1K6YA 4JS5A 1IG9A 1NOYA 3P5JA 4JRPA 1S9GA 4FJNA 3V4IA 1R0AA 4ELVA 1QE1A 3JSMA 1D9DA 4J2DA 4FJXA 4F3TA 3VQ6A 1S1TA 1WAJA 4CHZA 3MXIA 4DF4A 1LAVA 4CFCA 1KLNA 4ICLA 1HMVA 3CQ8A 2XO7A 3DLRA 1G15A 1TK8A 2ITGA 5JS2A 4CERA 4DFKA 1RTHA 4CK3A 1UA0A 2KTQA 1VSHA 3CFPA 4PWDA 4CJUA 3FFIA 4HUFA 4ZTFA 4DQIA 1NJWA 3IRXA 2O4IA 3ISNC 4O55A 4FM0A 3VA3A 1HJRA 4CK2A 3EZ5A 3RWUA 1JXBA 4CE9A 3I8DA 3TAFA 4HCCA 1FK9A 4DTUA 2F8SA 2IAJA 4LSLA 4RW7A 3LPUA 2KW4A 1CZBA 1HQEA 3OY9A 4DF8A 1RT5A 3KD5E 1WSHA 3NGIA 3ZSXA 4FK2A 2YNGA 4DFPA 3NF7A 3PX4A 4B9NA 3S9HA 3U6FA 3CFRA 1RILA 2HHUA 4CHNA 4BE1A 3VQBA 4FJJA 3DRRA 3B6PA 2P51A 4FJIA 4IKFA 3PY8A 1UA1A 1J5OA 1BISA 1LAWA 3NCIA 3LAMA 3L2UA 1LV5A 4KFBA 3HPOA 3QLHA 3SUNA 3SPYA 3PO5A 2KFZA 1FXXA 2QXFA 4M3XA 3TABA 3KLGA 1L3UA 1B9FA 1KLMA 4FLWA 5DMRA 3OYEA 1J54A 1KCFA 2BANA 1U49A 3OYLA 3HP6A 1SL2A 1HNIA 1RTJA 3HO1A 4CEQA 4DQQA 3O4QA 4LD0A 1JLQA 3IG1A 4KO0A 1C1BA 1NK8A 3LP0A 1JLAA 2X78A 4NCAA 4Z4FA 4KKOA 2OPQA 4GW6A 1U4BA 4K8ZA 4CJRA 4HCBA 1NOZA 5T7BA 3P83D 3KD1E 5FRNA 3TANA 2QK9A 4CCHA 1VRUA 3EYZA 3KKSA 4N56A 3KK2A 1KVBA 2O4GA 3PUFA 4B08A 3TAEA 1NK5A 4M3TA 3HL8A 4CJLA 1CLQA 1NJXA 4E7HA 3I0RA 1XWLA 3AO5A 4DTJA 1NK0A 4C8KA 1IKWA 1VSEA 4NYFA 1DTQA 4QCLA 1TVRA 1CXUA 3TAPA 3U3YA 3C6UA 3U3GA 4EZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCMN 1VQ7N 2G8HA 5K14A 4CBWA 1KFSA 3EN9A 3A2FA 3VEZA 1GOBA 4AQYK 3IDHA 5AQSA 2RN2A 2W6KA 4JAXA 5AFUA 2Z1GA 3EEQA 4OGCA 5FDLA 1EETA 4FJGA 2OTLN 4H4MA 3AV9A 2WOMA 3PSFA 3WXJA 2HBLA 1BCMA 4FOIA 4FWPA 1S72N 3HZ6A 4BWJA 3SQ1A 3HVRA 2WTUA 1I94K 5KTQA 4BRGA 1SKWA 1BIUA 4CIEA 2GX9A 4I9LA 3K5OA 2BH1A 4JLHA 4JN4A 4XEIA 2ZGYA 4IFEA 3M1FA 3D45A 4AH9A 1KTQA 3S41A 3MXMA 2O8DA 5C2FA 4DU3A 1OVQA 3D2EA 3NH2A 2P9PA 5CYMA 1T03A 1N33K 3ALYA 1UOCA 1VQKN 4BRHA 4NXNK 2NRWA 3LL3A 3AA2A 5C12A 5J2NA 1JLGA 4J2AA 3OYHA 1XQSC 1P90A 4GVMA 1RTIA 4H0OA 4JHDA 1L3SA 4I6MA 4WYBA 2G8FA 2I7PA 4W5OA 3PSIA 1M90O 2KLAA 4GNIA 3DXKB 3MN7A 3G25A 2HVHA 5JLFA 1N5YA 5A2QO 1EWQA 5BR9A 1OH5A 4KHPK 3C94A 2Y1JA 3F9KA 3O3GA 4RW8A 2B6AA 3DI6A 5I42A 3EL2A 3ULEA 4FLUA 1S5JA 2I5JA 4WQ5C 2GWJA 3LDSA 4BC4A 1GLFO 3AO4A 2OZSA 4JI5K 3KK3A 2ZJQL 3BEXA 4AHVA 2D0OA 4DSFA 3ID6A 4ID1A 1YIJN 4DV3K 5AQOA 5J2QA 3RRGA 5GIPA 3OTOK 5C2DA 4EFHA 3V6DA 4NLBA 5I3UA 3FZHA 5JLHA 3DMJA 3J7ZO 3D2FB 3NF9A 2Q36A 1OVYA 4DB3A 2HMPA 3OS2A 2PFUA 1FKOA 1E3MA 2YCHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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