4CJPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjpA00
3H08A 3ZSYA 3OYDA 4KI4A 3ZSVA 3KD5E 3HPGA 3C6TA 4FJJA 3AA5X 3PUFA 2KQ2A 4CF2A 4W5RA 4DTRA 2OPQA 4CEZA 4OKKA 4XIUA 3AVFA 4E7HA 3PX6A 2F8SA 4QOZB 2YNGA 3AO1A 4CIFA 4I9QA 3OYFA 4CGIA 5CZ1A 3RTVA 1S1XA 3QETA 4CIEA 1A5WA 3AVKA 1U45A 3OY9A 4J2BA 4K8XA 3AVBA 3L3UA 5EU7A 3HVTA 4CEFA 1U04A 3O3HA 3V81A 3SV3A 3HPOA 3EZ5A 4GW6A 2PZSA 3LANA 1ASUA 4LSLA 4AHUA 1JLCA 3OS0A 3AVMA 4H8KA 3K58A 5HRPA 4FJ5A 4OVLA 5T7BA 2FBXA 1LAWA 1TVRA 3LP2A 4DTUA 1U49A 4BE1A 4CF9A 3E01A 4NYFA 1BHLA 3K5LA 3SNNA 4LH4A 3HL8A 5KGXA 2BDPA 3TANA 4DTJA 4KHYA 1JXBA 2B5JA 1JL2A 1ZYQA 4N56A 3TI0A 4EZ6A 3AVGA 3MXJA 3V1QA 2YNHA 5HLFA 2KW4A 3IS9A 4O44A 4FM1A 1KLMA 1RT3A 3DRRA 2Z1JA 4AHCA 1IG9A 3MXMA 1KLNA 2FBYA 3LAMA 1B92A 1Z25A 3PX0A 2PYLA 3D0PA 4M3YA 3V9ZA 5DMRA 5J1EA 3OYBA 3TR8A 4BWMA 4E1MA 3M8RA 2HHXA 2OPSA 2VWJA 2D0CA 1HYZA 1UA1A 4DFKA 4B08A 4L8RB 1JLQA 4ID1A 4IDKA 3FFIA 1VRUA 3OYJA 1WAFA 1NJZA 3NFAA 3CFRA 4E89A 4IKFA 1HYVA 1RT6A 1C0TA 3DRSA 4DWIA 1XHXA 5J2QA 2G8KA 2D5RA 5C24A 1C1CA 5J2NA 4HHTA 4NCGA 1EKEA 1LV5A 4CK2A 3QEIA 2IC3A 5I3UA 2XRIA 1U47A 1KTQA 4CJ3A 1U4BA 3G10A 1WSFA 1RT2A 1REVA 3C95A 1TV6A 1TK5A 4CHPA 2R7YA 4DU4A 3SYZA 4OJRA 4EZ9A 2DTUA 2RN2A 4HUFA 3AVAA 4QCLA 1S1UA 3KKRA 4JLHA 4M3TA 3SUPA 3VN5A 4DG1A 2G8WA 1S6QA 4RW4A 2ZD1A 1GOCA 3HPHA 4HCCA 2Z1GA 4B9SA 4BWJA 4N47A 1ZBFA 2F8TA 4FJ9A 4OLBA 4FZYA 2P51A 3TAGA 1RDAA 4ELUA 1HNVA 2A1SA 2VWKA 1S9GA 4CJTA 4W5TA 4FLUA 3ZT0A 2ATQA 2E6MA 4PUOA 5KGWA 1ZBUA 2XO7A 4FJ7A 1RBSA 3JYTA 4HUEA 1TKXA 4JRPA 3MXIA 4NCAA 2VG5A 4HUGA 4ZTJA 1HQEA 1BIZA 3OYMA 3KK3A 3PX4A 1FXXA 3ULDA 1HQUA 4M3UA 1HNIA 1VSMA 2YNFA 4DTOA 2B4JA 4FVMA 4Q0BA 2ZQBA 3TABA 5SZTA 3LPUA 4AHTA 3NGZA 1EP4A 1GOAA 3ZSRA 1TGOA 1KRPA 3ZSXA 5DK5A 1J53A 2B6AA 4E7LA 1XI1A 1BL3A 2LSNA 3O3GA 4KHSA 2QKBA 1G15A 3ZT1A 3SPYA 4M3ZA 3OYHA 1VRTA 3AO2A 1L3TA 3HSTB 1J5OA 4N76A 1Q8IA 4HCBA 3HP9A 4M42A 3M8QA 1C0MA 4CGJA 1HJRA 2O4IA 3OJSA 2XY6A 4NCBA 4CEOA 2DFEA 1NJXA 1D5AA 4RW7A 3SZ2A 1W0HA 1RCHA 4UQGA 3TAQA 2P5OA 1RBTA 1UA0A 4FJGA 1EXQA 1JLBA 1QE1A 4CHZA 4KTZA 3L2WA 3KLEA 4OKEA 3MEEA 1ZBIA 5FROA 1BI4A 4DSIA 3EY1A 4Z0UA 4KKOA 3M8SA 2OYQA 4KB1A 3P1GA 1QSSA 3PO4A 3OJUA 1S9EA 4CJRA 4FJHA 3RMAA 1SKSA 1QSYA 4J2EA 3ZSZA 3ITHA 3QLHA 3RR8A 4MQ3A 4O5BA 1X9MA 4K8ZA 4FLXA 4CJEA 1JKHA 4M3XA 1UOCA 4DQQA 2OZMA 1KVAA 3ISNC 4BACA 1NK5A 3QEXA 4C8NA 3KJVA 3T19A 4KFBA 1VSJA 4DLGA 1A5VA 2IDOA 4DS4A 3QERA 1UAXA 3CM6A 3O4NA 4DS5A 3PV8A 4PA1A 4DSKA 4IG0A 1L3SA 3K5NA 3V9WA 4C8KA 3DLKA 3A2FA 4Z4EA 1B9DA 4KTWA 4CFBA 3OYCA 3V1OA 3TWHA 1L3VA 1KFSA 3DLBA 4KPYA 4FJXA 1NK4A 2BGGA 4PY5A 2JLEA 3LPTA 4E3SA 2GBZA 5KTQA 3V9UA 4J2DA 3HVRA 1IKXA 1HRHA 3NF7A 4DLEA 4F2SA 1MU2A 2HHWA 4W5OA 3OYNA 4CF8A 3NHGA 4F3TA 3IG1A 1RDCA 4FW2A 1JLFA 1BCMA 1T8EA 2KFZA 1RBUA 2OPRA 5FRMA 2FBTA 3LAKA 2X6SA 3AV9A 1J54A 3NCIA 2EX3A 3RWUA 3NF9A 2P5GA 5I42A 4LSNA 3SUOA 3WNHA 4O4GA 4DTSA 1JXEA 3VQPA 4KREA 3QIOA 4I2QA 5J2PA 2Y1JA 3OS1A 1SKWA 2YHBA 1TKTA 1XC9A 3OVNA 3KLGA 3QNOA 4ZTFA 3NGIA 1LW2A 4OPKA 2W42A 1ZBLA 2BE2A 1RTIA 2E4LA 2G8FA 1C0UA 3K5MA 3HYFA 3QESA 4PWDA 3AVJA 1XWLA 3KD1E 2HHVA 2HVHA 4FM2A 2X6NA 1C6VA 2G8VA 3MECA 4W5QA 4Z4FA 3T3FA 4B9MA 1YTUA 3KTQA 4H4OA 3OYEA 4DU3A 3RRGA 4FM0A 3DLRA 1D9FA 4LD0A 5J2MA 1NK6A 4I9LA 4M45A 1NOZA 4KB0A 4Z4IA 5HRNA 3OYKA 1KFDA 4KHNA 4KHQA 4PQUA 1S1VA 3DRPA 3VQ9A 3LZJA 4FLYA 2HVIA 1WSEA 2D0BA 4CK3A 4ID5A 3VQ7A 4FK0A 2KZZA 3QNNA 2PY5A 4CJFA 1IKVA 1VSFA 3QINA 4BDPA 3V4IA 4F4KA 3C6UA 4BE0A 3VQEA 1KVCA 4BE2A 3V9XA 3TAPA 3ZT4A 2HW3A 1WSGA 1TAQA 3DMJA 3NGYA 3U3YA 4KTQA 3ALYA 3L2RA 4N5SA 2ITGA 2O4GA 5HP1A 5HBMA 4CIGA 2AJQA 4DQSA 1F21A 4Q5VA 3QEVA 5JS2A 3DLEA 1LWCA 3TARA 4CEBA 2YNIA 4CECA 1HPZA 4TSXA 1IH7A 4CK1A 3SV4A 1D8YA 4CJKA 1BQMA 3PY8A 1O1WA 3QIPA 1I3AA 1UWBA 3T1AA 4B8AB 3OYGA 2I5JA 4E19A 2Y1IA 4OLAA 2KFNA 4FJMA 2BANA 1WSHA 2DFFA 5KRTA 3KKSA 1SUQA 2RPIA 4FJLA 1CZBA 3OS2A 1NK7A 1Y97A 3L3VA 3LALA 3P83D 4CGGA 1BGXT 3B6OA 4CJSA 3LDSA 1N5YA 3SQ0A 3S3NA 4ELVA 3HO1A 1S1WA 2HHQA 5JS1A 3AVIA 2HB5A 3VQQA 1SL2A 4Z4CA 5FDLA 1T03A 1GOBA 2ZE2A 3KLIA 4FLVA 4CE9A 3HM9A 2XHBA 5C25A 3L2VA 2KTQA 1TAUA 2WONA 4DQRA 3HJFA 4B9UA 2FBVA 3VQ8A 2HMIA 3WNEA 1JLGA 3AO5A 2Q3SA 1CXQA 3EYZA 1CXUA 1S5JA 4IFVA 4AHVA 3SUQA 1HMVA 3QO9A 3K5OA 3DLGA 2E6LA 4H4MA 3ZSQA 3VQBA 3ZT3A 4BDZA 2P1JA 4RW9A 4NYNA 5HRSA 2YHAA 3K59A 3TAFA 1CZ9A 1Z26A 3CG7A 4LH5A 2XY8A 4CJLA 4M3WA 2VG6A 1TL1A 4IBNA 1S1TA 1NK8A 2G8UA 3LP1A 4B3OA 3AA2A 4W5NA 4AH9A 1RBRA 1WLJA 4RG8A 5CZ2A 4C8MA 3AVLA 1QHTA 3KIOA 1NKEA 2QK9A 1VK0A 1WAJA 3VQCA 3LWLA 4FXDA 4RW8A 2YV0X 4EP5A 1WN7A 3AVHA 4CJ5A 3M8PA 3NDKA 3RMDA 4C8OA 4FJNA 1VSIA 3WNFA 1IKWA 1FKPA 4ELTA 1K6YA 3SUNA 4N41A 3LP3A 3VQAA 3VQDA 3KK2A 3L2UA 4CJQA 4E7JA 2IOCA 2GUIA 3NBPA 4CEQA 4CGFA 1L3UA 4IG3A 4HVJA 3DI6A 4AHRA 2OZSA 1XHZA 3JSMA 4I2PA 3L8BA 4CJ4A 4E7IA 1QSLA 4KI6A 2YKNA 3MAQA 1T05A 1LWFA 2EHGA 5HROA 1LW0A 3AO4A 3OYLA 3V1RA 4QAGA 2IS3A 4CESA 4CJPA 3I0SA 4DU1A 3F73A 4J2AA 3HT3A 3NF8A 3NH0A 1U48A 3NE6A 3OYAA 4B9VA 4F2RA 1EX4A 1VSHA 4FCYA 1TK8A 4Z4GA 2WOMA 4FLWA 3S9HA 3HXMA 2XY5A 3D45A 4DSJA 3NF6A 3THVA 1I39A 3ASMA 2HNDA 3C94A 3IRXA 3NAEA 4FK4A 2OPPA 1YVUA 3DM2A 5SWMA 4IFYA 4M41A 1NJYA 4DFPA 4DSEA 1N6QA 3SI6A 1RBVA 3SCXA 1W9HA 4CFAA 4KRFA 3CM5A 2G8HA 1TL3A 4E1NA 4Z4HA 4JS5A 3U6FA 5D3GA 3QEPA 3DOLA 2IAJA 3HP6A 3VQ4A 1NJWA 3S3OA 4KAZA 2RF2A 1RT4A 4O55A 1BI4B 3VQ5A 3L2QA 1NK9A 4FJIA 1BISA 1RDDA 3G0ZA 3SQ4A 4DF8A 1Q9XA 1J9AA 4CF1A 3MEDA 4CGDA 3AA3A 2IGIA 5CYQA 1X1PA 4WE1A 5E41A 5K14A 5C42A 4FLZA 1TK0A 1YTAA 4CCHA 4FZZA 1TKDA 4CFDA 1WSJA 1Q9YA 1EETA 3SQ1A 1VSLA 1CLQA 1FK9A 4YFUA 1DLOA 1C1AA 3IAYA 3RMCA 4CEAA 4KHWA 3AO3A 1VSEA 1RT7A 3ZT2A 1RT1A 3DYAA 4KO0A 4CHNA 4CHQA 2QKKA 4DQIA 2HHUA 3ZSWA 5FRNA 4I7FA 1LWEA 2RKIA 1BCOA 4OPJA 2F96A 1NKCA 1KCFA 1T7PA 4DSLA 1HYSA 3I0RA 3AVCA 5KRSA 2D0AA 2OA8A 4RW6A 2JGUA 3KK1A 1QTMA 3NH2A 2Z1IA 1ZBHA 5CY4A 4DTXA 2DY4A 3UIQA 1X9SA 1RILA 4YNQA 4DSFA 4AHSA 2X78A 2XY7A 1JL1A 3KLFA 4DTNA 1X9WA 1SKRA 1RTDA 4JRQA 3RR7A 4FYDA 4GVMA 1BQNA 1RTHA 2NUBA 4CHOA 4EP4A 5CYMA 4DTPA 4FJKA 1R0AA 4B9NA 4FK2A 4FLTA 4CF0A 1KSPA 1IKYA 1FKOA 2DFHA 4O0JA 3VQ6A 4O0IA 3CQ8A 1RNHA 4CEEA 1IO2A 3NH1A 1L5UA 3BDPA 1VSKA 4MFBA 4F8RA 4DF4A 4LY7A 2G8IA 1SL0A 1NK0A 3CFPA 1YT3A 4DFMA 3SJJA 3CFOA 4AILC 4FZXC 1ASWA 3WNGA 1RDBA 4C8LA 4CGHA 3RMBA 1TKZA 3AA4A 4ZHRA 3MEGA 4B8CA 3VA3A 3SQ2A 4GMJB 4B9TA 4E0DA 1QS4A 2QXFA 4OGCA 1S6PA 4OKJA 5KI6A 4CERA 3SPZA 2HHTA 1LAVA 1ASVA 4M3RA 4DQPA 3LWMA 2GV9A 3O4QA 1ITGA 3TAEA 1RT5A 1JLAA 1C1BA 1JLEA 3ZCMA 4CJWA 3OYIA 3K57A 1A5XA 4Y1DA 3I8DA 4CHYA 1DTQA 4JS4A 3VA0A 1WSIA 1KVBA 3K2PA 1B9FA 2YKMA 2KZMA 4Y1CA 4ICLA 2A1RA 2ETJA 1D9DA 4G1QA 3LZIA 3DLHA 1DTTA 4FW1A 3V9SA 3B6PA 4OGEA 3RRHA 2VG7A 4F3OA 4HTUA 4BDYA 3V6DA 1SV5A 4DFJA 3P5JA 3KLHA 4B9LA 4FJ8A 3CYMA 3HK2A 4CJVA 1RTJA 4KV8A 5HRRA 2FC0A 3TAMA 4CEDA 3F9KA 2HNYA 4E7KA 4DMNA 2X74A 3BGRA 3U3GA 1NOYA 1QQCA 3LP0A 1SL1A 2Z1HA 2HNZA 3O3FA 4CJUA 4DTMA 2PYJA 1WNSA 4KHUA 2HHSA 1NKBA 3DOKA 3AVNA 3PO5A 1BIUA 4CFCA 3QEWA 3S3MA 3ZSOA 1VSDA 4R5PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZLJA 2P9IA 4A2AA 4WQ5A 4CEZA 4OKKA 4B1UB 3AVFA 4E7HA 4FWSA 2F8SA 3VF6A 4QOZB 2D0OA 2YNGA 3AO1A 2O8EA 4CGIA 3RTVA 1S1XA 1A5WA 4BG9A 5F0XA 4FSVA 3R6MA 3HPOA 3LANA 2V7YA 4LSLA 2QWNA 4H8KA 1QVFM 2EWSA 4FJ5A 5AQFA 5AZIA 2FBXA 3I33A 4R79A 1U49A 4N41A 4BE1A 4CF9A 3E01A 4NYFA 3K5LA 3UKRB 2QW9A 4BG8A 3PSFA 3AVGA 2YNHA 3DXMA 4YOVA 3EO3A 4FM1A 1KLMA 4AHCA 2Z1JA 2FBYA 1Z25A 3D0PA 4ISGA 3V9ZA 1X3NA 5J1EA 4E1MA 4B3RK 2UXDK 3G6EN 1Z6RA 1JLQA 1NJZA 4AF1A 3OYJA 1WAFA 4DR7K 4E89A 4IKFA 1HYVA 3EKUA 1XHXA 5C24A 5J2NA 3MWPA 5I9EB 1EQYA 3EL2A 4CJ3A 4AM7A 3QFUA 2O8FB 1WSFA 4H03B 1TV6A 1SS6A 1TK5A 3SYZA 4OJRA 4EZ9A 3WQUA 4QCLA 1KAXA 3KKRA 3U4LA 3SUPA 4N47A 5M1NA 1ZBFA 3CJ9A 1XMOK 4OLBA 1RDAA 1U6ZA 2O8DA 1S9GA 4W5TA 3ZT0A 3C65A 2ATQA 3LDPA 4NXMK 4PUOA 4HUEA 5M1FA 4NCAA 2E2OA 1BIZA 5EVZA 1QQOA 3ULDA 1V4SA 1VSMA 2GELA 2ZQBA 1MDUB 4AHTA 3CCLN 3E1YA 1J53A 3B8AX 1XI1A 1BL3A 3O3GA 1VQ6N 1G15A 4M3ZA 2QWOA 1J5OA 3M8QA 4LF5K 2O4IA 2Q97A 3R9PA 4JEPA 3H3NO 1RBTA 4FJGA 4JKDA 1JLBA 1KAYA 4U67L 3MEEA 5FROA 4Z0UA 4KKOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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