4CJUA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjuA00
4DQIA 1KVBA 1RILA 3LANA 3SUPA 2KZZA 4M3ZA 4CEOA 3NGIA 2G8UA 3DI6A 3ASMA 1VRTA 4AHCA 1J9AA 3HPHA 3NH0A 3OYDA 1XC9A 3OYCA 1U4BA 1NK7A 4NCAA 1KTQA 2IDOA 4CJPA 3OY9A 4HCBA 2YV0X 2HHWA 2X6SA 1U45A 4BWJA 4DTJA 3C6TA 1A5XA 4O5BA 3M8PA 4DSKA 3NH1A 1DTQA 1A5WA 1C0UA 1TKXA 4CFBA 3ZSZA 4FJ5A 2HHQA 3CQ8A 4DTSA 3O4QA 3AVGA 4Q5VA 4B9VA 4CECA 4Z4FA 5CY4A 3M8SA 4B9TA 5SZTA 4M3UA 1LW2A 3DRSA 1JLGA 4FW2A 3KKSA 4N76A 3MXJA 4UQGA 1RBUA 2YNFA 5HRSA 3MAQA 4OKJA 3ULDA 1WSGA 3NF9A 4DF8A 1L5UA 2ETJA 4KREA 3IS9A 1GOBA 4AHRA 4FJ8A 1BQNA 1ZBLA 2X78A 2HHVA 1S1UA 3IRXA 2IS3A 1RTJA 3QLHA 4LSLA 1N5YA 1HQEA 1LWCA 3HL8A 3IG1A 3RTVA 3PO4A 4RW9A 1J53A 1QHTA 4CJLA 4NYFA 3QNNA 4C8OA 1SV5A 4ICLA 3G10A 1FXXA 1NOZA 1QE1A 3D45A 3VQBA 3RMCA 2Z1IA 3O3HA 2A1RA 4B9LA 1L3SA 2HVHA 1RTHA 1L3UA 2HHUA 4DQSA 1U47A 4CIGA 3D0PA 4FVMA 3P1GA 4DTOA 4DU1A 1D9FA 1IG9A 2F96A 1JL1A 2YHBA 3RWUA 4FJJA 3U6FA 3HVTA 1L3TA 3HP6A 1Q9YA 2DY4A 1ASUA 2VG7A 4BDYA 1S6PA 4FLTA 4DTUA 3NCIA 2XY7A 2KW4A 3KLHA 3EYZA 4KTWA 1CZ9A 4FZXC 4OPKA 3AA5X 4PQUA 1HNVA 4N56A 4J2BA 4O55A 3DMJA 1RT1A 3MEDA 4IG3A 4HUEA 4DTMA 3SJJA 3ZT2A 1X9MA 3K57A 4IBNA 3TARA 1RT4A 4JLHA 4H4MA 2Q3SA 3SYZA 4MQ3A 3LPTA 1QSLA 4W5RA 2VG5A 4B08A 1NK5A 5CYQA 1SKRA 3CFPA 3I0RA 1C6VA 1D5AA 4CIFA 2B4JA 4PUOA 4KTQA 4CHOA 2OZMA 4CGJA 3K5MA 1RNHA 1WSJA 3ZT1A 2D0BA 4FLUA 1NJWA 3TAGA 3TAPA 3TABA 1JL2A 4LSNA 1IKWA 4FZZA 4CJWA 2A1SA 3ZSYA 4FLXA 2G8HA 1YTUA 3OJSA 1T05A 1VSKA 2DTUA 4CF0A 5J2NA 4DSLA 4E19A 2FBTA 4IKFA 1TKDA 1BI4A 4BE2A 1KFSA 1VSMA 1B9DA 4CGFA 3AV9A 1T03A 4DSIA 4EZ6A 4KI4A 2BGGA 3VQCA 5C24A 3SNNA 4I9LA 4M3WA 4FLWA 5HP1A 4F8RA 1JLCA 1QQCA 3OYEA 3TI0A 4K8ZA 4J2AA 3RRHA 3QETA 3WNHA 3AVAA 5CYMA 4LD0A 5HRNA 2PY5A 1Q8IA 3SI6A 3TAMA 2Z1JA 2HMIA 5T7BA 4BE0A 3AO5A 1DTTA 3VN5A 3CG7A 2GUIA 3P83D 1RT3A 4M41A 1FKPA 4B9MA 1O1WA 3VQ6A 4PA1A 3C95A 3DLKA 3SV3A 1NK4A 1Y97A 2IC3A 3NFAA 1VK0A 1ZBFA 3V1RA 4EP4A 4CF2A 4B9UA 4M3RA 4I7FA 4CJ3A 3KJVA 2JLEA 4RW7A 3TWHA 3PUFA 2OPRA 3CM6A 1C0MA 3L8BA 4HUFA 3QEVA 4EZ9A 3KLEA 5KGXA 4CGGA 4FM1A 4TSXA 3S3MA 2QXFA 4AHVA 1HYVA 4CJRA 4CEQA 1ITGA 3ZSOA 1GOAA 3OYGA 2G8IA 4DF4A 1EKEA 1TK0A 2ITGA 3VQ8A 4AHSA 4KB1A 4FK0A 1MU2A 4CEEA 3M8RA 3TAEA 4KHYA 4CIEA 5C25A 5E41A 3V9XA 3PO5A 4B8CA 3THVA 3KK1A 3HO1A 4JRPA 4ID1A 3OYLA 4J2EA 4HCCA 4DLEA 4FM2A 1D9DA 3NF6A 3HP9A 1WSFA 4BACA 3QEPA 4DSFA 4DSJA 4CFCA 1VSFA 4CHNA 4CK3A 3NAEA 4RW8A 3DRPA 4KHNA 4NCGA 2F8TA 1LWFA 3NBPA 3A2FA 4KI6A 3B6PA 4C8LA 1CXQA 4AHTA 4FJ7A 4FK2A 3LP2A 1WNSA 3ZT0A 1NJZA 1SL0A 4OKKA 1RBSA 1RT7A 1UA1A 4FLVA 3WNEA 2GBZA 1IKXA 5KGWA 3VQ7A 4H8KA 2HVIA 4GVMA 4CGHA 4W5NA 1LAVA 4CK1A 4Z4GA 1B9FA 3VQQA 2P5GA 1RDBA 4FLZA 4CJUA 3SQ2A 1W9HA 4O44A 5J2PA 1UAXA 1NK0A 4C8NA 3K58A 1QTMA 4E1NA 2RPIA 3PV8A 3K5NA 1BI4B 4E7IA 2RF2A 3SUOA 4F2SA 4PY5A 1BCOA 3L3UA 1HQUA 3OS0A 4B3OA 3K59A 1RCHA 4CHYA 4FW1A 2EHGA 3V9ZA 1NJXA 3AO3A 4M42A 4N5SA 2HHXA 4IDKA 3HT3A 4DQQA 3QESA 1EX4A 2HNZA 3JSMA 2OA8A 4AHUA 2PYJA 3F73A 3LALA 1YT3A 3HM9A 1S9GA 3EZ5A 4FJ9A 3LP0A 1CZBA 4CK2A 1KCFA 2I5JA 3FFIA 4W5TA 1J54A 2BE2A 2KZMA 2E4LA 2QKBA 4M45A 3LZJA 3RR8A 4OGCA 2Y1JA 3NGZA 3KKRA 5I3UA 3NHGA 1NJYA 4BWMA 3KTQA 4FJLA 3AO2A 1QS4A 4DTNA 3ZSVA 1G15A 4KFBA 3QIOA 1JLEA 4DQRA 1IKVA 4KHUA 5KI6A 2HNYA 4DS4A 2PZSA 3QEWA 3U3GA 4GMJB 4M3XA 3V9WA 3ITHA 3LP1A 4DFPA 2DFEA 1FKOA 1TKTA 4ELUA 1EETA 1BL3A 1VSIA 3LPUA 1T7PA 3NGYA 1VSEA 3OYFA 4F2RA 2BDPA 4M3YA 4RG8A 4CEFA 5KRTA 3BGRA 3ZT4A 4R5PA 1W0HA 4FLYA 1HYZA 4WE1A 1KLMA 1X9WA 4HTUA 1LAWA 4M3TA 1ASWA 3AVBA 4Y1CA 1IO2A 1BQMA 3ZCMA 4CEAA 3NE6A 1WLJA 3I0SA 4CFAA 1Z26A 3SUQA 1ZYQA 1S9EA 2HW3A 4E89A 4KB0A 3OYMA 2R7YA 4HUGA 4CJSA 2ZQBA 1TGOA 4CHZA 1XWLA 4CFDA 1YTAA 3KLIA 4MFBA 2IGIA 1S1WA 4KV8A 3OVNA 3OJUA 3VA3A 4DMNA 1J5OA 4FJMA 3ZSQA 4Z4IA 4CJQA 5JS2A 3V9UA 3NDKA 2E6LA 2O4IA 3L2VA 3RMDA 4CF8A 3QNOA 4FJHA 1SL1A 1Q9XA 3V1QA 1K6YA 2VWKA 2FBYA 3DLEA 4Z4HA 3SCXA 2Z1GA 3DLHA 1TKZA 2D5RA 4CE9A 4NCBA 2E6MA 3S3NA 5HROA 1LV5A 1BIUA 4RW4A 4CGIA 3V81A 3K5LA 3VQ5A 4FYDA 3DLRA 2HHTA 1JLBA 1RDCA 2EX3A 4DFMA 4KPYA 2D0CA 1TK8A 2XRIA 3RR7A 3KIOA 3OYAA 3OYBA 3PY8A 4FJKA 1JLFA 3AVMA 4DQPA 1JLAA 4OGEA 5KRSA 3KK3A 4Z4CA 2XO7A 3DOKA 5C42A 1ZBUA 3T1AA 4KAZA 3RRGA 3OYNA 1EP4A 2YKMA 3QINA 4DTXA 4CJFA 2G8VA 3VQ9A 3SZ2A 3LWMA 2HNDA 4CERA 1SKSA 3ISNC 4Y1DA 3L2RA 1GOCA 4I2QA 1RTIA 1TVRA 1WN7A 3QO9A 4CGDA 3OYHA 2RN2A 3QIPA 3SQ0A 2AJQA 4ELVA 4ZHRA 5J2MA 1XHZA 2PYLA 3ZSWA 1I3AA 1NK8A 3DOLA 1CXUA 1WAJA 1C1AA 1WSEA 1NK6A 5HRPA 3HPGA 3VQDA 3O4NA 4B8AB 3I8DA 2HB5A 4RW6A 1QSYA 5JS1A 3KK2A 4H4OA 3TAQA 2WONA 4CJKA 1N6QA 4I2PA 3HSTB 3IAYA 1SUQA 5K14A 1UWBA 5FDLA 4E1MA 4J2DA 3P5JA 1ZBHA 3SV4A 1HMVA 2ZD1A 4E3SA 4DSEA 4NYNA 4OLBA 1NK9A 1UOCA 1HJRA 1B92A 2Z1HA 1RBVA 3PX6A 3SQ1A 1RBTA 1HYSA 5EU7A 4G1QA 3HPOA 2KFZA 1JXEA 1WAFA 2YNGA 3CYMA 3K5OA 3SPYA 4KHSA 5D3GA 1FK9A 1LW0A 1IH7A 3VQEA 3AVFA 2QK9A 1TV6A 1IKYA 3L2QA 4CHPA 3T19A 3CFOA 1C1CA 4KTZA 3LWLA 2JGUA 3KD1E 1TAQA 4YNQA 4K8XA 3HJFA 3SPZA 3AVLA 3AVHA 3L2WA 3C6UA 2P5OA 2YNHA 3EY1A 3HXMA 3V4IA 3M8QA 3RMAA 1KVAA 3DRRA 3F9KA 2YHAA 2ZE2A 3OYIA 3AVIA 4DFJA 1D8YA 5FRNA 4KRFA 3PX4A 5HBMA 4E7JA 2VG6A 1DLOA 3G0ZA 1NKCA 4KKOA 1YVUA 2KTQA 4IFYA 3L3VA 4O0IA 3TAFA 5KTQA 1I39A 3T3FA 4DTRA 4C8MA 1S1VA 3B6OA 1S6QA 4CHQA 2GV9A 1BIZA 2OPQA 1WSHA 4F3TA 5CZ1A 3E01A 1HPZA 4YFUA 2W42A 4CESA 1RDDA 2BANA 4QCLA 2DFFA 2WOMA 1VSJA 3OYJA 3NF7A 2VWJA 3SUNA 2HHSA 1KRPA 1S5JA 5J1EA 3OYKA 3KLFA 5HRRA 2OYQA 2OZSA 4F3OA 3DLBA 3AA4A 4EP5A 4Z0UA 3L2UA 3AA3A 4N47A 3V6DA 4ZTJA 1RT2A 3VQAA 4OKEA 3PX0A 2NUBA 1KFDA 4L8RB 2G8FA 3MXMA 4BDPA 2XY5A 4I9QA 4CEZA 4OPJA 5FROA 3CFRA 3NH2A 3V9SA 1L3VA 2X74A 1S1TA 2IOCA 3LAMA 1NKEA 1KSPA 2IAJA 3V1OA 1VSHA 3AVJA 1KLNA 4IG0A 1RT5A 1HRHA 4FM0A 2G8WA 2DFHA 2YKNA 1BCMA 1ZBIA 3QEIA 1UA0A 1CLQA 1C0TA 4OJRA 1RDAA 4CF1A 1RT6A 4DS5A 4DFKA 5I42A 3QERA 4E7KA 3HK2A 3OS2A 4CJ4A 1WSIA 3TR8A 4BE1A 4FK4A 4OVLA 4FJIA 1EXQA 3DM2A 3MXIA 5FRMA 5DMRA 4W5QA 4FJXA 3WNGA 3C94A 3U3YA 4O4GA 1LWEA 1KVCA 5CZ2A 3QEXA 4B9NA 2ATQA 3MEGA 3NF8A 1SL2A 4FJGA 4BDZA 1BISA 4FXDA 4W5OA 3O3FA 3MEEA 3ZSRA 3UIQA 3ZT3A 3WNFA 3DYAA 2FBVA 2YNIA 3OS1A 4DU4A 3ZSXA 4ELTA 3VQ4A 4Z4EA 2FBXA 2B5JA 2G8KA 2F8SA 4N41A 1S1XA 2O4GA 1NOYA 1XHXA 2D0AA 4KHWA 4DTPA 4KHQA 4HVJA 4O0JA 3LP3A 3LDSA 4DLGA 4CJEA 1QSSA 4QAGA 3AO4A 4AILC 4JS4A 4IFVA 3VQPA 4CEBA 4DG1A 3VA0A 4KO0A 4E7HA 3S3OA 3AO1A 1C1BA 2OPPA 4CEDA 4ZTFA 2OPSA 1BGXT 5HLFA 1U49A 4JRQA 3JYTA 4CF9A 2P1JA 5SWMA 2Y1IA 3KD5E 1NKBA 4JS5A 4AH9A 4FCYA 3HVRA 4QOZB 2XY6A 3H08A 1SKWA 4HHTA 3AVCA 1X9SA 2RKIA 1Z25A 4PWDA 4FZYA 1ASVA 3AVNA 3HYFA 4LH4A 1T8EA 3TANA 5J2QA 1REVA 4LH5A 2XHBA 3RMBA 1JXBA 1U48A 4CJTA 1TK5A 1TAUA 4Q0BA 2XY8A 4F4KA 1VSLA 2P51A 4OLAA 3LZIA 4E7LA 3MECA 4DU3A 3CM5A 3LAKA 3S9HA 1VRUA 4CCHA 1HNIA 1R0AA 1BHLA 1JLQA 2X6NA 4DWIA 3AA2A 2QKKA 1TL3A 3AVKA 1TL1A 2B6AA 3KLGA 1F21A 1RTDA 1U04A 1A5VA 3O3GA 3ALYA 1RBRA 4XIUA 4GW6A 3K2PA 4ID5A 5DK5A 1JKHA 3BDPA 4CJVA 4B9SA 4E0DA 2KFNA 2FC0A 1XI1A 3SQ4A 4C8KA 1X1PA 2KQ2A 4FJNA 3DLGA 1VSDA 4LY7A 4CJ5A 2LSNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUPA 2KZZA 4GV6A 4CEOA 2G8UA 4BVOA 3DI6A 3CHWA 1HUXA 5KPZA 3NH0A 3CPWM 3OYCA 2Q2RA 4NCAA 3OY9A 3ZEUB 2HHWA 4BWJA 4O5BA 4A2BA 1U6ZA 4CFBA 3ZSZA 4FJ5A 5M1PA 4DTSA 1YJ9N 1LW2A 2GX9A 5CHIA 3MAQA 1HKBA 2A5XA 4YHHK 3IS9A 4AHRA 4PKHA 4FPAA 3ZETB 2HHVA 4H0XB 1S1UA 2IS3A 1HQEA 3M1FA 3RTVA 3QNNA 1NOZA 2W40A 2Z1IA 5F0XA 3OBYA 2I7NA 4CIGA 4DTOA 5DM7L 1JL1A 1IBLK 4FJJA 4H0YB 3HVTA 4H5TA 1Q9YA 5HOOA 2D4WA 4FLTA 3NCIA 2ZJPL 3EYZA 2ZJRL 1HNVA 3MEDA 4HUEA 4LFCK 4DTMA 4IBNA 4LF8K 4CD3A 4H4MA 2WTUA 2J4RA 1QSLA 3LPTA 3ATUA 4W5RA 1D4XA 1X3NA 5CYQA 1N8RO 1C6VA 1J5EK 1HX1A 5HL7L 3ZT1A 2D0BA 2F7TA 1NJWA 3TAGA 3TABA 1IKWA 2QW9A 4FZZA 4CJWA 3J80O 4JKGA 4CF0A 2D1KA 5GAHP 1JCEA 3HM8A 1VSMA 1B9DA 4EZ6A 1XC3A 4KI4A 3SNNA 3MN6A 3H1QA 3VOVA 1NGAA 4WFBL 3SI6A 2O8EA 3TAMA 2HMIA 2IVOA 4FWKA 4BRNA 2GWKA 2GUIA 3P83D 3WQUA 3DLKA 3THYA 1Y97A 2IC3A 1Z05A 1ZBFA 3A0IX 3NFAA 2JLEA 4LF9K 3K9KA 3L8BA 2Q0RA 4H5VA 3KLEA 5KGXA 5AZIA 1NGHA 2QXFA 1N36K 1WB9A 4C1NK 5BRFA 3SAFA 1IG8A 1ITGA 3ZSOA 4BRKA 3OYGA 3CMEN 3ZLJA 3VQ8A 4AHSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SUP A;  2KZZ A;  4GV6 A;  4CEO A;  2G8U A;  4BVO A;  3DI6 A;  3CHW A;  1HUX A;  5KPZ A;  3NH0 A;  3CPW M;  3OYC A;  2Q2R A;  4NCA A;  3OY9 A;  3ZEU B;  2HHW A;  4BWJ A;  4O5B A;  4A2B A;  1U6Z A;  4CFB A;  3ZSZ A;  4FJ5 A;  5M1P A;  4DTS A;  1YJ9 N;  1LW2 A;  2GX9 A;  5CHI A;  3MAQ A;  1HKB A;  2A5X A;  4YHH K;  3IS9 A;  4AHR A;  4PKH A;  4FPA A;  3ZET B;  2HHV A;  4H0X B;  1S1U A;  2IS3 A;  1HQE A;  3M1F A;  3RTV A;  3QNN A;  1NOZ A;  2W40 A;  2Z1I A;  5F0X A;  3OBY A;  2I7N A;  4CIG A;  4DTO A;  5DM7 L;  1JL1 A;  1IBL K;  4FJJ A;  4H0Y B;  3HVT A;  4H5T A;  1Q9Y A;  5HOO A;  2D4W A;  4FLT A;  3NCI A;  2ZJP L;  3EYZ A;  2ZJR L;  1HNV A;  3MED A;  4HUE A;  4LFC K;  4DTM A;  4IBN A;  4LF8 K;  4CD3 A;  4H4M A;  2WTU A;  2J4R A;  1QSL A;  3LPT A;  3ATU A;  4W5R A;  1D4X A;  1X3N A;  5CYQ A;  1N8R O;  1C6V A;  1J5E K;  1HX1 A;  5HL7 L;  3ZT1 A;  2D0B A;  2F7T A;  1NJW A;  3TAG A;  3TAB A;  1IKW A;  2QW9 A;  4FZZ A;  4CJW A;  3J80 O;  4JKG A;  4CF0 A;  2D1K A;  5GAH P;  1JCE A;  3HM8 A;  1VSM A;  1B9D A;  4EZ6 A;  1XC3 A;  4KI4 A;  3SNN A;  3MN6 A;  3H1Q A;  3VOV A;  1NGA A;  4WFB L;  3SI6 A;  2O8E A;  3TAM A;  2HMI A;  2IVO A;  4FWK A;  4BRN A;  2GWK A;  2GUI A;  3P83 D;  3WQU A;  3DLK A;  3THY A;  1Y97 A;  2IC3 A;  1Z05 A;  1ZBF A;  3A0I X;  3NFA A;  2JLE A;  4LF9 K;  3K9K A;  3L8B A;  2Q0R A;  4H5V A;  3KLE A;  5KGX A;  5AZI A;  1NGH A;  2QXF A;  1N36 K;  1WB9 A;  4C1N K;  5BRF A;  3SAF A;  1IG8 A;  1ITG A;  3ZSO A;  4BRK A;  3OYG A;  3CME N;  3ZLJ A;  3VQ8 A;  4AHS A;  4FK0 A;  2EWS A;  5C25 A;  4NO7 A;  3THV A;  3OYL A;  1QQO A;  4B3T K;  3NF6 A;  3HP9 A;  2NZT A;  4H0V B;  5BPM A;  1LCU A;  4CHN A;  3DRP A;  3G71 N;  4KI6 A;  2CGK A;  4FJ7 A;  1NJZ A;  3E9P A;  5TKW A;  1UA1 A;  5GAD P;  4FLV A;  2HVI A;  4H8K A;  4I6M A;  5FPM A;  4CVN E;  3SQ2 A;  4JKG B;  2GUP A;  1UAX A;  1NK0 A;  1ZC6 A;  1QTM A;  3AAR A;  4F2S A;  2RF2 A;  4NLC A;  2UUB K;  3CIP A;  1HQU A;  1BA0 A;  3OS0 A;  4JKA A;  4EIA A;  4FW1 A;  4A61 A;  2EHG A;  3B8A X;  4MO5 A;  3V9Z A;  4BQL A;  2FSK A;  4IDK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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