4CJVA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjvA00
1JLFA 3SQ1A 4KB0A 3DYAA 4LD0A 3OYNA 3V81A 1UOCA 1T7PA 4CF1A 3NE6A 2OPPA 4FJKA 2QK9A 2OA8A 2WOMA 5SWMA 4BE1A 1S6PA 3NGZA 3RMCA 3KD1E 2YNHA 4RW6A 3IAYA 2WONA 4YFUA 4BWJA 4DQRA 3I0RA 2YHAA 4DU3A 1BQMA 5J2NA 1SL0A 1KVCA 1EETA 1HNVA 2KZZA 1HYZA 4O55A 2IC3A 4HVJA 1KLMA 4DQQA 4FK2A 3QEPA 4F2RA 2BGGA 1XHZA 3RRHA 5DMRA 4PA1A 1MU2A 2HHUA 2G8KA 1KSPA 3V6DA 4J2DA 1RBRA 3MXJA 4KB1A 4HUGA 1RT7A 1IH7A 4M41A 5SZTA 1S6QA 4DSIA 3KLFA 3NCIA 4BWMA 1KLNA 5CYQA 4Z0UA 4AHUA 4Z4HA 3LZJA 3SCXA 3KLIA 4CEDA 4EP4A 1DTQA 3AVGA 4TSXA 3QEIA 1HJRA 4R5PA 2PY5A 1NJWA 3BDPA 4FJ9A 2G8FA 2B6AA 1EX4A 4GMJB 1REVA 3O4QA 4DS5A 3PO4A 4XIUA 1RDCA 5CY4A 1IKXA 3OYLA 4NCAA 5HRNA 4FK0A 1Q9YA 1WAFA 4B9VA 3NF9A 3OYHA 2HVIA 1G15A 2YNFA 1IKWA 3OYEA 1NK9A 1D8YA 4CIGA 4B9NA 3L2VA 1VSJA 3M8PA 3NF6A 3RMAA 2QXFA 3G10A 4NYNA 3K5MA 1B92A 4CHZA 4JS5A 4DTNA 3TAEA 2BE2A 4I7FA 1BGXT 1C0MA 2XY6A 4ELVA 5DK5A 4DFPA 3AVLA 4DU4A 5J2QA 2OYQA 2KQ2A 1X9WA 4CF8A 4EP5A 4C8OA 3PX4A 3V1QA 3K5OA 3TR8A 4HCBA 2EHGA 5KGXA 3L2RA 2OPSA 1SKWA 1LV5A 5JS1A 3V9XA 3HVTA 1KTQA 4G1QA 3SUOA 4CK2A 3VQPA 3VQQA 4M42A 4CIEA 1NKEA 2PYJA 1F21A 3V9UA 1NK8A 3DLRA 3WNFA 2HHXA 1NOZA 4I2PA 1ZBLA 1C0UA 4M3YA 3HXMA 3OYCA 3U3YA 3T1AA 4FM1A 3AO1A 4DTXA 4HCCA 1S9EA 2HHTA 1FK9A 4CJUA 3TAFA 4KTQA 5K14A 4FLXA 2ATQA 2HHWA 3F9KA 5HLFA 3AVAA 2BDPA 2KFNA 3CQ8A 2Z1GA 1S9GA 3C95A 4RW8A 4CHNA 1RT2A 1LW0A 1CXQA 3H08A 3ZSZA 3C6UA 1NK4A 4KHQA 3SQ0A 4K8ZA 4GVMA 3DLGA 4CJ3A 1YTAA 1QE1A 1D9FA 3AV9A 4E0DA 4J2AA 2HHQA 4KTZA 3RR7A 4W5QA 1S5JA 3THVA 4FLUA 3OS2A 3AA5X 2RPIA 1U47A 3HP9A 4B9LA 4M3TA 2ITGA 4JRQA 4CK3A 2AJQA 3K2PA 4OJRA 3QNNA 1NOYA 3QIOA 2ZD1A 2OZSA 3O3HA 1L5UA 3RR8A 1VSFA 4FJ5A 2E4LA 1LW2A 3AVJA 3AVHA 3NGYA 1NK5A 3KKSA 3HO1A 4OLBA 1XC9A 4Z4GA 1RT1A 5HRSA 4YNQA 2IAJA 4KHUA 1RTDA 1NK6A 3KK1A 4AHSA 2FBYA 2GBZA 1BIUA 1JLAA 3OYFA 3NH0A 4L8RB 1JL2A 3TARA 2KTQA 1L3VA 1KRPA 1X1PA 4M45A 4DF8A 4Z4IA 4FJNA 2X78A 2X6NA 4M3UA 3VQAA 5J2PA 1EP4A 3SQ2A 4C8LA 4F3OA 4LH5A 1VSMA 1BI4A 3OYMA 1HYSA 3ULDA 1ZBUA 1RBSA 1TAQA 3LANA 4DQIA 5CZ2A 1TKDA 2ZE2A 3SNNA 1CXUA 4O0IA 4FJXA 4OVLA 1QQCA 3VQ7A 3CG7A 1WNSA 3ZT3A 2PYLA 4FK4A 1DLOA 4H4OA 5CZ1A 4DQSA 4DFJA 3SQ4A 1BL3A 5E41A 3CM6A 4CEZA 3HYFA 3DLKA 3TAMA 4KTWA 3OYGA 4JRPA 1ITGA 4AILC 2QKBA 2NUBA 1WAJA 4RW7A 3DLEA 3EZ5A 1BI4B 4E7LA 1ASWA 4CF0A 2YV0X 3I8DA 4J2EA 1S1XA 4BDYA 4B9SA 1UA0A 3MEEA 1TV6A 4IBNA 1XWLA 3SPZA 2YKMA 1VSDA 3LWLA 3LWMA 1K6YA 1O1WA 4KHSA 1KFDA 3V1OA 4FM0A 4CFCA 3LAKA 3TAQA 1LWEA 3SV3A 3ZSVA 1DTTA 4I9LA 4LSLA 4N76A 1JLEA 4CEFA 4CJTA 1BCMA 2R7YA 3ALYA 4E19A 4Z4CA 4KO0A 1J53A 2ZQBA 1XI1A 1W9HA 1WSIA 1RILA 2HB5A 2VWJA 3G0ZA 4CJPA 3NF8A 4FZZA 3T19A 5HP1A 4EZ9A 1TAUA 1RTIA 5KGWA 3NH2A 1NKBA 1Q9XA 4CEQA 3MEGA 3BGRA 3TWHA 2A1SA 4FZYA 1U48A 4W5NA 4E3SA 2D0CA 4NCBA 4LH4A 4KAZA 3QEWA 2HHSA 3JSMA 3AVMA 4FLTA 3TANA 4CGGA 4FCYA 1BIZA 5HBMA 1TK0A 2LSNA 3VA0A 4Y1DA 3QETA 3MEDA 3RRGA 3B6OA 4DSKA 3S3OA 3AA3A 4DSLA 4JLHA 3KLGA 2G8IA 4N56A 3AO2A 3AVNA 3LPTA 3AVCA 1C1CA 2XO7A 1VSIA 1S1VA 4OGEA 1WSEA 4KV8A 4BACA 1RT4A 1CZ9A 1SV5A 4M3RA 4FM2A 2E6MA 4N41A 3FFIA 3HT3A 3HM9A 1YTUA 3C6TA 4CE9A 4CJ5A 3MXMA 3ZSYA 3AA4A 4C8MA 4FW1A 4FLWA 2F8TA 3OYJA 1SUQA 1Z26A 5KRTA 3RMBA 3CFRA 4CEOA 3ZSOA 3OVNA 4CHQA 1SL1A 4LSNA 4LY7A 1RDDA 2VWKA 3NFAA 4Z4EA 5T7BA 3KTQA 4CFAA 5I42A 1RBTA 4MQ3A 4CFDA 4F4KA 5HRPA 4F8RA 1NKCA 1FKPA 1X9MA 3CFOA 1WN7A 3D0PA 4N5SA 1LAWA 4FJIA 3TI0A 4FJ7A 3KLEA 3VQBA 1GOAA 3CFPA 1RBUA 2I5JA 1CLQA 1IG9A 4DU1A 3HL8A 1KVAA 2DY4A 3P5JA 3V9WA 2JGUA 1WSHA 1CZBA 4CCHA 1L3UA 1J9AA 3V1RA 1T05A 1LWFA 3VQ8A 3NF7A 4KKOA 2X74A 2O4IA 5KI6A 4AHCA 3RMDA 4KFBA 3ISNC 1C1AA 3OYIA 3DI6A 3QLHA 2JLEA 2Q3SA 3OJUA 3DOLA 3SV4A 4MFBA 4CK1A 3VQ4A 3VN5A 4E7HA 3SUNA 3KD5E 4GW6A 4M3ZA 4OLAA 2IOCA 4DTPA 3SUQA 1N6QA 3U3GA 4QCLA 3QIPA 3S9HA 4CGFA 4CGDA 1ZBIA 1QSLA 3AO4A 2W42A 4FJGA 4NCGA 4N47A 4CGHA 4DSJA 1GOCA 4FXDA 3K58A 1U49A 3VQCA 1BCOA 3SI6A 1NJXA 1QTMA 1VSLA 4DFMA 4CESA 4CJSA 5CYMA 2X6SA 4HTUA 1J5OA 2F96A 1WSFA 4CJRA 4HUFA 3E01A 3NH1A 3HPGA 1A5WA 1RDAA 3ZT2A 3LP1A 3M8QA 4FLYA 2Y1JA 1J54A 1TK5A 3VQ5A 4CHYA 2G8HA 2Y1IA 1JLGA 4IFVA 2VG6A 4FZXC 4E1MA 1W0HA 3WNHA 1RDBA 1VK0A 4FW2A 1SKSA 1TL1A 2DFHA 3O3GA 4FJJA 1VRTA 3TAPA 3PO5A 1A5VA 2EX3A 3AVIA 1RT3A 4CEAA 4UQGA 1QS4A 2D0BA 3L3VA 4AHVA 4RG8A 3HPOA 4O4GA 4B9MA 4C8NA 1TKXA 2GUIA 3HPHA 2XHBA 3NBPA 3NDKA 3LAMA 4DSEA 1I3AA 1QSSA 1TL3A 3OJSA 3QESA 2DFFA 4QAGA 3VQ6A 4FLVA 4DF4A 2D5RA 3AO3A 4E7JA 3ZCMA 3MXIA 4E7IA 3CM5A 2FBVA 2O4GA 4OKJA 3B6PA 3K57A 4IKFA 2GV9A 1IO2A 1JKHA 3MAQA 3AVKA 4CGJA 4DSFA 3KIOA 4PUOA 1IKYA 3HK2A 1ASVA 1S1UA 3VA3A 1JLBA 2B5JA 1SL2A 1LWCA 4AHTA 1ZBHA 2KW4A 1C0TA 2P1JA 5C24A 4CEEA 4DTUA 4KHYA 3L2WA 4FJMA 1KCFA 3DM2A 4DTJA 1RT6A 1C6VA 1VSEA 2XY5A 1JLQA 1NJZA 4CJVA 4WE1A 3U6FA 4KREA 3ZSWA 3T3FA 1JXBA 1HYVA 3M8SA 4PWDA 5FRNA 1HRHA 2PZSA 3DLBA 4CHOA 3SPYA 4C8KA 2P51A 4M3WA 4KPYA 3QO9A 4DTSA 3JYTA 3A2FA 4ZHRA 2OZMA 4NYFA 2HHVA 4ID1A 2E6LA 3ZT0A 4OPJA 4ZTJA 4CJKA 3DRPA 4KHNA 3AVBA 2DFEA 4AHRA 4W5RA 4CJLA 4W5OA 3SUPA 2HVHA 3D45A 3KK2A 4CHPA 2P5OA 4BE0A 1B9DA 1BHLA 4O0JA 5J2MA 1U4BA 3SZ2A 4FLZA 1HPZA 2HNYA 4FJ8A 1HNIA 5KRSA 3KJVA 4H4MA 1JLCA 4B9TA 2G8UA 4DFKA 3L2UA 1U45A 4CECA 4Q0BA 2RKIA 4B08A 1RTJA 4DS4A 1D9DA 1YVUA 1L3SA 3M8RA 5C42A 4IDKA 4FVMA 2FBXA 1RBVA 4ID5A 4W5TA 4Q5VA 3LPUA 3P83D 1UA1A 2KFZA 2XY8A 5JS2A 4BDZA 3DRRA 4PY5A 4FYDA 3IG1A 4RW4A 3VQ9A 2YNIA 3PUFA 3LP2A 3LZIA 3V4IA 2FC0A 3I0SA 4DLEA 3ASMA 3L3UA 3QNOA 4CJQA 2XY7A 4CJFA 2IDOA 3QEXA 3DRSA 4OGCA 4OKKA 3ZSRA 4DWIA 2Z1IA 2D0AA 1C1BA 4KRFA 3IS9A 5FDLA 3L8BA 3K5LA 3NGIA 2G8VA 3EY1A 2RF2A 4B8AB 3PY8A 4Z4FA 4AH9A 1QHTA 3HVRA 4CF2A 1VSKA 1KVBA 2BANA 4Y1CA 1EKEA 3NHGA 4DLGA 2QKKA 3ZSQA 3KK3A 4DMNA 3KLHA 4O5BA 3O3FA 3QERA 1NJYA 4KI6A 4B9UA 2FBTA 1U04A 1R0AA 2DTUA 3OYAA 1L3TA 4O44A 4F2SA 3TABA 4OPKA 3SJJA 2YKNA 4FJLA 2ETJA 3IRXA 3O4NA 3OS0A 3LDSA 4F3TA 1LAVA 3DLHA 3CYMA 5J1EA 2OPRA 3C94A 1Q8IA 5C25A 4HHTA 1BQNA 1YT3A 4FJHA 3WNEA 1TKTA 3ZT1A 3HJFA 4E1NA 5KTQA 2HW3A 1ZYQA 1HMVA 3K59A 3LP3A 1HQEA 2A1RA 2HNDA 2Z1JA 4CEBA 4ZTFA 4CERA 4B3OA 3S3MA 2B4JA 4BE2A 1SKRA 3UIQA 1S1TA 1FKOA 3AA2A 1NK7A 3RWUA 4QOZB 4EZ6A 1D5AA 3OS1A 4KHWA 2RN2A 1JL1A 1JXEA 1NK0A 3P1GA 1S1WA 1Y97A 1X9SA 1WLJA 1TGOA 1IKVA 1UAXA 2YHBA 4I2QA 4JS4A 2F8SA 1RT5A 3K5NA 4RW9A 3V9ZA 4DG1A 4DTOA 2VG7A 1HQUA 1T03A 1KFSA 1RCHA 4IG0A 3HP6A 5EU7A 2HMIA 2G8WA 4BDPA 1RTHA 1Z25A 3ZT4A 4CIFA 4HUEA 5HROA 5FRMA 1TVRA 2VG5A 2OPQA 4J2BA 1WSJA 2HNZA 1I39A 4IG3A 3DMJA 3OY9A 3QINA 3OYDA 3PV8A 4DQPA 3QEVA 3VQDA 4CF9A 3VQEA 4CJEA 4DTMA 1ZBFA 1RNHA 4E7KA 4ELTA 3RTVA 1FXXA 3V9SA 4B8CA 3NAEA 3KKRA 3EYZA 3LALA 2P5GA 2IS3A 4OKEA 1QSYA 2Z1HA 1ASUA 4ICLA 3HSTB 4IFYA 4DTRA 3AVFA 1UWBA 4CJ4A 4KI4A 3L2QA 1XHXA 4E89A 4K8XA 3OYKA 3OYBA 1VRUA 3ITHA 3AO5A 5I3UA 1TKZA 4ELUA 5D3GA 3TAGA 3ZSXA 1N5YA 4PQUA 4I9QA 1TK8A 1GOBA 5HRRA 4H8KA 4CGIA 2IGIA 5FROA 2YNGA 1T8EA 4CFBA 3PX6A 2XRIA 1VSHA 3SYZA 1B9FA 3MECA 4CJWA 1EXQA 1BISA 1WSGA 3LP0A 3F73A 3DOKA 3PX0A 4M3XA 1A5XA 2KZMA 3S3NA 3WNGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CERA 3O9QA 5AQSA 3CJCA 4LD0A 3OYNA 5BN9A 1KQSM 2QK9A 2WOMA 4BE1A 3NGZA 4FVUA 4Y0WA 4KBOA 4LF8K 4BWJA 4BROA 3I0RA 1HNVA 3R1XA 4O55A 4DQQA 4F2RA 4ILHA 1MU2A 2HHUA 2HF3A 1KSPA 1OKJA 1RBRA 3FE1A 4HUGA 2YHYA 5JVGL 5C15A 3KLFA 5BREA 4AQYK 1KLNA 4Z0UA 4IXCA 3LZJA 2FF3B 1JCEA 3AVGA 3QEIA 1NJWA 2G8FA 4DS5A 4GMJB 2ITMA 3JXUA 1RDCA 5CY4A 1IKXA 1ATRA 1BUPA 4FK0A 4I6MA 1YUWA 1G15A 4B9NA 1D8YA 3L2VA 3M8PA 3MN5A 4NYNA 3G10A 3K5MA 5E26A 4CHZA 2WFBA 3SAFA 1KC8O 3L6QA 3VEWA 1I94K 2XY6A 5GINA 3AVLA 3V1QA 2VGNA 5ADXH 3L2RA 4YORA 3HVTA 4I6MB 1KTQA 2V51B 4G1QA 3SUOA 2NRZA 3VQPA 4BY9C 4JI8K 1OH8A 1NKEA 2PYJA 3TSPA 3V9UA 1NK8A 3WNFA 4KH6A 1ZBLA 3SBTA 2PBDA 3WQUA 1S9EA 2JWLA 3KHYA 4PKHA 3WXJA 2HHWA 5AQKA 4U67L 3AVAA 2BDPA 2KFNA 5GAGP 3C95A 4CHNA 4A5AA 1LW0A 3ZSZA 1NK4A 3SQ0A 1D9FA 3DLGA 4CJ3A 2HHQA 3AV9A 4E0DA 4KTZA 4FLUA 2E5LK 2RPIA 1U47A 4JK8A 4JRQA 3BZKA 2AJQA 3H46O 2OZSA 3EE9A 3O3HA 3RR8A 1VSFA 3AVHA 1RTDA 4AHSA 2GBZA 2ASMA 1NGHA 3NH0A 3TARA 4KH5A 2F9TA 1X1PA 4DF8A 2X78A 2X6NA 3CC7N 1EP4A 3SQ2A 4LH5A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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