4CK1A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck1A00
4FK2A 2HVHA 3OYCA 1U47A 2F96A 1VSEA 3SJJA 4W5OA 4M3RA 4QCLA 3ZSQA 3KD5E 1YTAA 4I9LA 3RWUA 1ZBLA 4FJ7A 4BWJA 3WNHA 4ELTA 1NKCA 3HJFA 2PYJA 2B4JA 1C0MA 3WNEA 2DFEA 2OYQA 2RF2A 4LH5A 1WLJA 1HQEA 2YNHA 1UOCA 1BQMA 2OPPA 5EU7A 3ALYA 4AHRA 1VSKA 3DOLA 3IS9A 4CGGA 3VQ7A 4W5TA 3D0PA 1R0AA 2P51A 3SZ2A 2HMIA 4F2SA 3OYGA 1J53A 4Z4EA 3QEIA 3NCIA 1X9WA 4DQIA 4DQQA 3QEWA 3TAPA 4QOZB 3QEPA 1TKTA 3E01A 4MFBA 2BGGA 1HYZA 3HM9A 3V4IA 1SUQA 1C6VA 2B6AA 4FLZA 4N47A 3ZT1A 3RMBA 4Z4IA 4FJKA 1HYVA 1VK0A 4RW7A 3NFAA 3DRPA 1U49A 4NYNA 5KTQA 4CFAA 2O4GA 3OS0A 4CEEA 2HW3A 2HHUA 3DYAA 4M41A 3NE6A 3S3NA 2ATQA 4W5RA 4C8OA 3NAEA 3G10A 1NJXA 2O4IA 3PX6A 2HHQA 1A5XA 4B8CA 3ASMA 4EP5A 1QTMA 3S3MA 3ZT0A 1SL0A 3K5OA 1HMVA 4CEBA 2W42A 2WONA 3NGZA 4DTUA 4M3ZA 1WSEA 5J2PA 4YFUA 4AHCA 2X74A 4M3TA 4CEQA 1RBRA 4PQUA 1TK5A 3C95A 3QEVA 5JS2A 5HLFA 3ZSYA 3KLGA 3L2UA 3ZSVA 1TVRA 3NH0A 2VWKA 4DLEA 4FJHA 4EP4A 3DLKA 4IBNA 4DG1A 3SUNA 1RT7A 4KTWA 4AHSA 2YHBA 3M8QA 3TWHA 3WNGA 3K5LA 3TAQA 1CXUA 3U6FA 4R5PA 1QHTA 3DLEA 3HP9A 4E7IA 5CY4A 4LD0A 2RN2A 3SQ4A 3ZT2A 1JLBA 3THVA 3QIOA 2QXFA 2G8VA 5HRPA 3MEGA 1VSFA 1W0HA 3QO9A 1SKWA 3ZSXA 4OLBA 4M3YA 1BCOA 1X1PA 3MECA 4CJFA 4Z4CA 4DSJA 3V9ZA 3LWLA 4KPYA 4DQPA 1WSFA 1BCMA 2YKNA 3AVKA 4ELUA 4FZYA 2A1SA 4K8ZA 5SZTA 2E4LA 4CJRA 4E19A 2OPSA 4NCAA 3VA3A 4OPKA 2VWJA 4KHQA 4DF8A 1EETA 3L2WA 4CGJA 3V9WA 2HHWA 4NCBA 4CHYA 2PY5A 2BE2A 5J2QA 3VA0A 2KFZA 4FM1A 3MEDA 3VQQA 4KTQA 1U45A 4FM2A 4ZTFA 4FK4A 1WNSA 4J2BA 4DTXA 2OA8A 4IG3A 2XO7A 3KK1A 4FCYA 3ZT4A 3KJVA 1SKSA 1LWCA 3LPTA 1VSHA 3EY1A 4FM0A 3CQ8A 4B9LA 3QIPA 4FJ8A 4J2EA 3QLHA 3LAKA 3LP1A 2QKBA 4DQRA 3FFIA 4CJ3A 4F2RA 4KTZA 2RPIA 3A2FA 2Z1IA 4JS5A 4Q5VA 2D0BA 1NOZA 3LANA 4B9UA 2G8HA 2HB5A 1C1CA 4C8LA 4DSLA 1JLCA 3V9XA 3DI6A 1X9SA 4HCCA 4BDZA 3RR7A 3P5JA 1VSLA 1EP4A 2EX3A 4I7FA 4O5BA 3V6DA 3KLEA 3VQDA 3HO1A 4BWMA 4LH4A 1BQNA 2HNDA 1ZBUA 3RTVA 3HYFA 4ID1A 1UAXA 3TANA 1CXQA 3HL8A 4OVLA 1U48A 4GW6A 4CHOA 4F4KA 2EHGA 2D5RA 3NGIA 1RNHA 4DFPA 4DSKA 2KZZA 5CZ1A 4DFKA 4KHYA 2FBXA 4KO0A 3ZCMA 3F9KA 4FLYA 3SI6A 1XC9A 4KB0A 4HTUA 3OYIA 2ITGA 3M8PA 4KHNA 3CG7A 3M8SA 4FJMA 1KTQA 4KKOA 3DLGA 1L3TA 4CERA 4HCBA 2HNZA 5KGXA 1TKZA 4KAZA 2JGUA 4PUOA 4CCHA 4CFDA 1WSGA 2FBVA 4JS4A 2XRIA 1S1VA 4CF1A 3OYMA 3AVAA 4OJRA 4CGFA 4NYFA 3SYZA 4DFMA 1XWLA 3IRXA 3NDKA 3SNNA 3K58A 2RKIA 3AVGA 3OYBA 5J2NA 4XIUA 4FLXA 2XY6A 4DTOA 5JS1A 3MXJA 4E0DA 1HRHA 4DTRA 1NJWA 4ID5A 1NK6A 4W5QA 4BE1A 4CF9A 4CK1A 3KLIA 2XY7A 1EKEA 1DTQA 1RDCA 3SUOA 3S9HA 5C42A 2ETJA 4RW6A 1RTJA 1KFSA 4G1QA 2YNGA 1F21A 3DLRA 3LAMA 3AO1A 3NF8A 4CFBA 4EZ6A 3O3HA 1YTUA 3EYZA 2DFFA 5KGWA 3C94A 3WNFA 1BGXT 1VSJA 3ZSZA 1UA1A 3VQ9A 2YHAA 3OS2A 3VQEA 4M3UA 1N5YA 3T3FA 3TAGA 1S5JA 3QNNA 1GOCA 3SPZA 3V9UA 3PY8A 3OS1A 2A1RA 2FC0A 1ZBIA 4CGDA 2LSNA 2VG5A 3VQPA 3DM2A 4CE9A 1RTDA 3UIQA 2KQ2A 4CIGA 3MXMA 1L5UA 1REVA 3O4NA 4Z4FA 2OZMA 3ULDA 3AA5X 1NK9A 1KCFA 2YNFA 4ZHRA 3P1GA 4CGIA 2YNIA 4DF4A 1BIUA 2P1JA 5E41A 1HYSA 1NK7A 4CHPA 1KFDA 4CJTA 4H4MA 4LY7A 4B9MA 3AA4A 3HSTB 4Z4GA 4HVJA 4DLGA 3C6TA 2FBYA 1I3AA 2X78A 3AVCA 2HHVA 1BISA 2NUBA 4DU1A 3RMAA 1U04A 4OPJA 4CGHA 3HVRA 1ZYQA 1NJYA 3KLHA 4AILC 4E7KA 3LWMA 5KI6A 4KV8A 1T8EA 5CZ2A 4L8RB 4FJXA 1D5AA 3C6UA 2P5GA 1ASUA 2XHBA 4ELVA 2VG7A 3AVIA 1KVAA 1T05A 2IOCA 2HHTA 4B9SA 4KI6A 3HVTA 1LV5A 1RT2A 3D45A 4DMNA 5HP1A 3U3GA 3TARA 3PO4A 1JLAA 3MEEA 4DTPA 3B6OA 5DMRA 4DFJA 4KB1A 4RW9A 1Y97A 1EXQA 2Y1IA 2AJQA 4O4GA 1RDBA 4WE1A 3V9SA 3NGYA 3SUPA 1KRPA 1TK8A 1NK5A 4MQ3A 3AVBA 4HUFA 3ITHA 1NK8A 2P5OA 4DQSA 1UWBA 4O0JA 1GOAA 4RG8A 3VQ6A 3LP3A 3L2VA 1JLGA 4CHZA 1X9MA 4KHSA 3OYJA 2KTQA 1SL1A 4KI4A 4KHUA 4B9NA 1HNVA 4HHTA 4BDYA 3PV8A 4B9VA 2F8TA 4CF8A 4CIEA 4CEDA 4C8NA 1XHXA 1NKBA 3ZT3A 1LW2A 4OKJA 5FDLA 2G8FA 3LP0A 3DOKA 2GUIA 3CM5A 1S6PA 1LW0A 4C8KA 1RDAA 4FJGA 5D3GA 1KVCA 2I5JA 4CEAA 1ITGA 1RBVA 3RRGA 1RBUA 4DSEA 2Z1GA 3OY9A 3AVFA 4OGCA 4B9TA 3P83D 1TAQA 3AA3A 4Z0UA 4B08A 3K59A 5FRMA 4CFCA 3CFOA 1WAJA 1TK0A 4BDPA 2BANA 3SCXA 2G8KA 4FLWA 2DFHA 5HROA 3NF7A 4F3OA 1QQCA 1I39A 3K2PA 4CIFA 3CFPA 1XHZA 1L3UA 1Q8IA 4DS4A 4DS5A 3V1QA 3OYFA 1WSIA 4LSNA 4CJ4A 1G15A 3G0ZA 3QERA 1NOYA 1S1XA 3H08A 3BDPA 3HPGA 2PZSA 1ZBFA 3M8RA 1Z25A 4HUGA 1TL3A 1KVBA 3QEXA 4E7LA 4CEFA 4BACA 4N56A 3KK3A 4PY5A 3NH1A 2HHXA 1HNIA 3VQAA 3PX4A 4M3XA 4DU3A 3JYTA 4RW4A 4FJJA 2OZSA 4KHWA 2KFNA 4FZZA 4AHUA 4DTJA 4FJNA 2WOMA 3DMJA 1RTHA 3VQ8A 5J1EA 3KD1E 3B6PA 4FW2A 3OYDA 3I0SA 4CJKA 3SQ2A 2BDPA 4NCGA 4JRPA 3EZ5A 3HK2A 2ZE2A 3L2QA 2Z1HA 3SQ0A 4BE2A 1A5WA 3KLFA 1RBSA 2DY4A 5HBMA 4IFYA 1C0UA 4PWDA 1TKDA 3CM6A 1JLQA 4RW8A 3SV3A 4I2PA 3TAEA 1FXXA 3NBPA 3OYEA 3SUQA 3DLBA 3TAMA 3K5MA 2ZQBA 1B9FA 1DTTA 1L3VA 4J2DA 5HRSA 2KZMA 3LZJA 2VG6A 3L3VA 1IO2A 2X6SA 5CYMA 4AHVA 4CJPA 3DRRA 3OJSA 4E89A 1T03A 4K8XA 4FXDA 1JL1A 2JLEA 5HRRA 3VQCA 3OYKA 4TSXA 3SV4A 4CJ5A 2XY5A 1ZBHA 1BI4B 1WSHA 2B5JA 4F3TA 2Z1JA 4CK3A 2PYLA 3IAYA 1S9EA 2GV9A 2E6LA 4DTMA 4IG0A 1YVUA 1IG9A 3HXMA 5SWMA 1HJRA 4OGEA 3MXIA 1TAUA 4FLTA 4M45A 1RT1A 3O3GA 3IG1A 4B8AB 1Z26A 5C25A 4OLAA 3AO5A 3NH2A 4IDKA 4C8MA 3BGRA 1J9AA 4QAGA 3L3UA 1FK9A 1B92A 1HPZA 1FKOA 3TAFA 4PA1A 1TKXA 3NF9A 2GBZA 3L2RA 2E6MA 1GOBA 3T19A 4DSIA 4B3OA 5KRTA 3LP2A 1QS4A 3AVNA 4CEOA 4J2AA 2IC3A 4Y1CA 3AVMA 3K57A 3QESA 2Y1JA 1SKRA 1N6QA 3KKRA 4EZ9A 4CK2A 3TR8A 4FK0A 1S9GA 1KLNA 1WAFA 1T7PA 1C1AA 4FJ9A 1RT3A 3SQ1A 1XI1A 4Q0BA 3HT3A 3KK2A 3MAQA 3F73A 1S1WA 1VRUA 2Q3SA 1J54A 1W9HA 3QNOA 5J2MA 4I9QA 3AVLA 5I42A 3QINA 2IGIA 4I2QA 4CHQA 1B9DA 3LALA 4E3SA 3NF6A 2G8IA 5T7BA 1YT3A 4OKEA 1JLFA 4W5NA 4FLVA 4CF2A 1ASWA 4CJWA 1RT4A 4O55A 3VQ4A 3QETA 1S1TA 1IKVA 4Y1DA 1LAVA 4JLHA 3K5NA 4E7HA 3OYNA 5CYQA 4FJLA 1VSMA 4DU4A 2X6NA 1NK4A 4KRFA 3KIOA 2XY8A 4GMJB 3VN5A 3ZSOA 4CJVA 4DTNA 3PUFA 3V1RA 1BHLA 4CJEA 4YNQA 1J5OA 5KRSA 4DWIA 1JLEA 1O1WA 3AO4A 1A5VA 3T1AA 4ZTJA 2YV0X 1SV5A 1LWFA 4FVMA 4KFBA 1JKHA 5K14A 3LZIA 4CJLA 2QK9A 4FLUA 1HQUA 1CZBA 4N41A 1BI4A 3U3YA 1ASVA 1L3SA 1IKXA 3PO5A 3VQ5A 2HHSA 1QSSA 1S6QA 1CZ9A 1VSDA 1LWEA 3LPUA 3OVNA 3DRSA 3CFRA 1BL3A 1QE1A 1TL1A 2D0CA 3O4QA 1SL2A 3ZSRA 1LAWA 2D0AA 1KLMA 1K6YA 1BIZA 4CJQA 3PX0A 3KTQA 2HVIA 1D8YA 1TGOA 3V81A 1U4BA 1DLOA 4O44A 2IAJA 1RT5A 4DTSA 2IDOA 1UA0A 3NHGA 1RT6A 4DSFA 1D9DA 3I8DA 4CJUA 4HUEA 1CLQA 1S1UA 3HP6A 3AO2A 1NKEA 4GVMA 4CECA 4IKFA 1IKYA 5FRNA 3OJUA 1TV6A 4ICLA 1IH7A 4BE0A 3HPHA 4OKKA 1FKPA 1NK0A 1MU2A 1KSPA 1RBTA 5DK5A 3V1OA 3OYLA 3TABA 3RRHA 4E1NA 3SPYA 3TI0A 4LSLA 3S3OA 1VRTA 3DLHA 3RR8A 2ZD1A 1D9FA 2G8UA 4AH9A 4CEZA 5I3UA 4H4OA 1Q9YA 2IS3A 1VSIA 4O0IA 4CJSA 3ISNC 2R7YA 4FZXC 2HNYA 4IFVA 3OYAA 2KW4A 4UQGA 3AVJA 2FBTA 3AVHA 4N76A 1RCHA 2G8WA 2QKKA 1WSJA 3O3FA 4FJ5A 1JXEA 4CF0A 4F8RA 3VQBA 4E7JA 3RMCA 4M42A 2OPQA 4N5SA 3AO3A 1IKWA 3AV9A 3ZSWA 1WN7A 1EX4A 1Q9XA 5HRNA 4JRQA 1RDDA 5C24A 4H8KA 4KREA 3AA2A 4FW1A 4E1MA 2OPRA 3OYHA 3L8BA 1RTIA 1JXBA 3CYMA 2F8SA 3KKSA 2YKMA 3HPOA 3JSMA 2DTUA 1RILA 4Z4HA 1JL2A 4AHTA 3LDSA 1QSYA 1C0TA 4M3WA 3I0RA 1NJZA 4FJIA 1QSLA 4CHNA 4CESA 5FROA 1C1BA 3RMDA 4FYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCSN 4FOIA 3ZSQA 3KD5E 4I9LA 3RWUA 4FJ7A 3WNHA 4ELTA 2UU9K 4BRNA 3HJFA 3MK6A 2DFEA 4LH5A 1YI2N 4JEPA 3ALYA 2GWJA 1NGJA 1VSKA 4CGGA 3CETA 3D0PA 3VQ7A 3AAQA 1YITN 3SZ2A 3WQTA 2HMIA 3EL2A 2ZJPL 3TAPA 3E01A 3EKSA 1HYZA 2Q36A 3V4IA 1SUQA 1C6VA 3ZT1A 3RMBA 3SJHA 4RW7A 1HNWK 5JMVA 1NGFA 4YOWA 4CEEA 4WFAL 2HHUA 3H3NO 3NE6A 4JAXA 4W5RA 4JI1K 3NAEA 1A5XA 3CMEN 2FF3B 4EP5A 1QTMA 3ZT0A 3K5OA 1HMVA 4FWOA 5GAEP 2W42A 1K8KB 3H1VX 1ZBSA 5J2PA 4YFUA 3GOIA 5JS2A 5AJ3K 2ZM6K 1TVRA 4IBNA 4AHSA 3H6EA 3O9TA 1NG9A 1QHTA 3HP9A 5CY4A 2RN2A 3CC7N 1HX1A 4B1YB 5AQNA 2BTFA 4BC2A 2F4VK 3C7NB 4OLBA 3ZSXA 4CJFA 5FPDA 4DQPA 1WSFA 1XQSC 3D7EO 3R3LA 4FZYA 4K8ZA 2E4LA 4CJRA 4M7XA 3VA3A 2HF3A 4OPKA 4KHQA 4V19S 4QS8A 3L2WA 2W6KA 4CGJA 2HHWA 3LDQA 3JAMO 3VA0A 3MEDA 3FZMA 4KTQA 4C1NK 4ZTFA 4FK4A 1WNSA 4DTXA 2XO7A 1RDWX 3ZT4A 4YOYA 4B3SK 3KJVA 1VSHA 4PL8A 3VF4A 1YJNN 1VQPN 5AZIA 1Q81O 2QKBA 4CJ3A 4KTZA 3TSUA 3A2FA 4Q5VA 2D0BA 3CC4N 1N34K 4B9UA 3CJ9A 3VOVA 1C1CA 3D6RA 2Q31A 3DI6A 4BDZA 1W7AA 1JCEA 1EP4A 2EX3A 3MN6A 4I7FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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