4DMNA

Hiv-1 integrase catalytical core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
145
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Multimode, cooperative mechanism of action of allosteric HIV-1 integrase inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Integrase
total genus 49
structure length 145
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dmnA00
3PX0A 1ZBUA 2F8TA 1LW2A 1NOZA 4RG8A 3C6TA 1SV5A 2OPQA 4M3ZA 4B3OA 1NJYA 4KAZA 3KTQA 1RCHA 4CIEA 3OYJA 1FKPA 4B9NA 4OGCA 3V1OA 2IS3A 1J54A 1B9DA 3OYLA 3MXIA 1RILA 4EP4A 1RBUA 4LY7A 4OKKA 3QNOA 3NGZA 1VSLA 1C0UA 3OYEA 5I3UA 4DFPA 2F8SA 3HPHA 3SV4A 3V81A 4FJ9A 1KLMA 4B9LA 1ASWA 4JLHA 4CF0A 3VQ7A 3ZCMA 3EZ5A 1EP4A 1RT6A 4OKJA 3B6OA 3TR8A 4CJQA 5E41A 3KD1E 4CF8A 2QXFA 1L3VA 3P1GA 3IS9A 2YV0X 4WE1A 3OYKA 4AHTA 2P1JA 4CJKA 2XRIA 1NK6A 1ZYQA 4N56A 2KZZA 4HTUA 3CFPA 3ZT4A 4DFMA 2Y1JA 1L3SA 1KRPA 1JXBA 4B9VA 4J2AA 4QAGA 5J2MA 1CLQA 1IH7A 3VA0A 1Q9XA 3VQCA 3EYZA 3RR7A 4E7JA 1WSGA 3THVA 3LP0A 1NK4A 4N76A 3IAYA 1BQMA 4AHRA 3KLEA 1X1PA 3ZSZA 3O3HA 4J2BA 4I9LA 3TAPA 4M42A 1WLJA 3KLGA 3PO4A 1HQUA 2P5OA 1JL2A 4AHUA 1S1XA 5KRSA 2X6SA 1XHZA 4RW4A 4FLZA 4G1QA 2PZSA 2PYLA 4KB1A 3RMBA 5HRRA 4Z0UA 4IFVA 4KO0A 3AVHA 3RMDA 3E01A 4OKEA 3DOLA 3VQ5A 3WNGA 4CEDA 5DMRA 1N5YA 3UIQA 2HHSA 2XY6A 1B9FA 4IG3A 2RF2A 3AO3A 1KLNA 2RPIA 3FFIA 1HMVA 4HUGA 1HRHA 4BACA 1U48A 5SWMA 2B6AA 3K5NA 4F3OA 2PY5A 4FJGA 4KV8A 4ZHRA 4CJWA 3MAQA 3SJJA 3VQQA 1CZ9A 3LANA 3NH1A 4DFJA 5HRSA 3V6DA 3SPZA 1ZBHA 4FLYA 3K5MA 2FBTA 1LW0A 3NF7A 3SQ1A 1W9HA 3KKSA 4JRPA 4W5NA 4Y1CA 1L3UA 1Y97A 4N5SA 4FJMA 3V1QA 1C0TA 2HHQA 1T7PA 4RW6A 3SI6A 4FJKA 1N6QA 4CIGA 4CJPA 4DSKA 2IOCA 1S1VA 1RBRA 3OYGA 3S3NA 2OA8A 4N41A 4KHWA 2BGGA 3JSMA 2IAJA 4HUFA 2R7YA 4DS5A 4H4OA 2HHXA 3SNNA 3KLHA 1WAJA 1L5UA 4E7LA 4DWIA 3NBPA 4JRQA 4LSNA 3WNFA 2Z1JA 2Y1IA 3BDPA 1VSMA 5CYQA 4Z4HA 3CM6A 4CFDA 2OPSA 1XC9A 4H4MA 4FK2A 3B6PA 1IKXA 1S6PA 3U3GA 1RT3A 2DY4A 1TK8A 4TSXA 1NKBA 4DTRA 1SUQA 4FJJA 4E89A 3S3MA 5J2PA 1LAWA 3L2VA 2DFHA 4C8OA 1HYSA 1GOBA 3DRSA 2ITGA 3OJUA 4ICLA 2OPPA 4CJFA 1GOCA 1QHTA 1CZBA 2HNDA 1SL1A 3LPTA 2ATQA 1TK5A 1T03A 4FLTA 4CE9A 1KTQA 3KKRA 3SUPA 1HJRA 1TKZA 4ELUA 1LWFA 1O1WA 1Z26A 4CECA 3KK2A 3DI6A 4O5BA 4DU4A 3QEIA 4DSJA 4K8ZA 1RTIA 1NJWA 4JS5A 1RBTA 3D0PA 3NHGA 5I42A 4B9SA 1LAVA 5EU7A 4DSLA 4FM2A 3K5LA 2G8KA 3SQ0A 2HNZA 3NDKA 4DFKA 1NK7A 4KHYA 4BE2A 3QIOA 3NAEA 3MXMA 1IO2A 3V9UA 1WAFA 4EZ6A 3TAGA 1X9SA 1TL1A 2X74A 1BL3A 1VSJA 3C6UA 4CHPA 3PY8A 4DLGA 4C8KA 4KHUA 3QERA 3VQ6A 4Z4GA 3L2UA 2A1RA 1SL0A 5JS2A 1NK0A 1GOAA 2HVIA 4W5RA 4CJEA 3AVKA 4MFBA 4CGFA 4LH4A 5DK5A 1TVRA 4FZXC 2ETJA 1RTJA 1FK9A 2HMIA 2OZMA 3PUFA 2KQ2A 5C24A 3ZSWA 3TABA 1RTHA 3ZSYA 4B9UA 1C1CA 1KVAA 4FK0A 3VQ9A 1JLGA 1KVCA 1DTQA 3LP1A 5HRPA 3ULDA 1U4BA 4KHQA 1TKTA 2G8IA 3ZSRA 3RWUA 4OLAA 4BE0A 4KHNA 4LD0A 4FLVA 4DQSA 3SUQA 4HCCA 1NK8A 2VG7A 4CHNA 4DU3A 4ZTJA 3KJVA 1EX4A 1ASUA 3AVMA 1TKDA 2Z1IA 3L2QA 1RDDA 1FKOA 4GW6A 3P83D 5J2QA 2O4IA 1D9DA 1NK5A 4FJ7A 5HLFA 3V4IA 4CFAA 4J2EA 2YHBA 1C6VA 4AHSA 3ITHA 3O4QA 4OPKA 4Q5VA 4DG1A 4IKFA 1JLBA 4FVMA 3SUOA 3SQ2A 1JLCA 4C8LA 4M3YA 1CXUA 3DRRA 4DLEA 3RTVA 1WNSA 4DTNA 4FK4A 3I8DA 1NJZA 1MU2A 3WNEA 3DM2A 3DMJA 2AJQA 5JS1A 1UOCA 1YTUA 3QINA 1A5WA 2QKBA 4IDKA 2JGUA 4CJTA 3AO1A 4CEFA 3AO2A 1JLQA 3T19A 4Z4CA 4AILC 4DTJA 4KPYA 1F21A 4KRFA 1SKRA 4CJSA 3ZSVA 3IRXA 1VK0A 1XWLA 3HXMA 2VWJA 3RMCA 1VRTA 2KFNA 4DTSA 4BWMA 3QIPA 4C8NA 4PA1A 1LWEA 2I5JA 2NUBA 1BCOA 1I39A 1TGOA 2VWKA 2XY8A 5KGWA 2KW4A 3T3FA 3S9HA 1Q8IA 2BANA 4I7FA 4RW7A 1TL3A 1HYZA 4DS4A 3OYDA 4K8XA 5FDLA 4DTXA 1NK9A 3V1RA 4UQGA 4B9MA 2OYQA 1DLOA 3ISNC 2YNIA 4OGEA 2HNYA 3ZT2A 5SZTA 1BI4B 3AVCA 4ZTFA 2KFZA 1RT7A 1L3TA 2LSNA 3DOKA 3G10A 3NF6A 1QSLA 2YKMA 5HBMA 4CJVA 4PQUA 3OYHA 2DTUA 1J5OA 4KTWA 4CK2A 3SYZA 1QSSA 1IKYA 4EP5A 1U45A 2HHTA 3O3FA 3SPYA 4NCBA 4KKOA 1B92A 1X9MA 3RRGA 1JLAA 3SCXA 4E3SA 3LAKA 4H8KA 1VSKA 2BE2A 3DLRA 4CHQA 2X78A 1JLEA 4R5PA 3ZT3A 2YHAA 3CQ8A 4DSFA 4KI6A 3HSTB 1VSDA 4CGDA 3NH0A 4CGGA 4DQRA 3K58A 1S6QA 1VSHA 1IKVA 2Z1GA 1BIUA 4HVJA 2XHBA 4PY5A 3SZ2A 1NKEA 2ZE2A 4GVMA 3AA2A 4KFBA 1BCMA 5D3GA 1KFDA 1A5XA 1HPZA 4CEAA 1VSFA 1S1TA 2IGIA 1RT2A 3OVNA 3O4NA 1S9GA 4CEEA 3TANA 4E7IA 5CZ1A 3CFOA 1QSYA 4FZYA 4EZ9A 4CGHA 3LAMA 4DTUA 1IG9A 4DF8A 4FLUA 4CJ5A 4NYNA 3DLBA 4FW1A 5J1EA 3HM9A 2A1SA 3AA3A 4XIUA 3LZJA 1UAXA 3V9XA 2FBYA 4CK1A 1QQCA 4O0IA 1VSIA 3K57A 1YTAA 3PX4A 1FXXA 3A2FA 4B8AB 3KK1A 2HHWA 4CEOA 4CFBA 2Z1HA 3EY1A 2W42A 3SQ4A 2G8FA 2G8WA 5FRNA 3LP2A 3TAFA 1S1WA 2YNHA 3HL8A 4GMJB 3PX6A 1YVUA 4NYFA 4RW8A 2GV9A 3OYBA 3OYCA 2Q3SA 3TAEA 5FRMA 4FW2A 4CJ3A 3OYMA 4OPJA 1WSIA 3HVTA 4CF1A 3OJSA 3MEEA 2EHGA 4E7HA 1BHLA 1UWBA 3L3VA 3ASMA 3SUNA 3HO1A 1D5AA 3OYIA 1CXQA 1S9EA 2GBZA 4CEQA 3O3GA 3TWHA 4ID1A 1RT4A 2YNFA 2XO7A 3ZT0A 4PUOA 4BE1A 5K14A 3AO4A 1D9FA 1D8YA 3HT3A 4AHCA 3LWMA 5KTQA 3QLHA 3C95A 4HHTA 4O0JA 4CIFA 1JLFA 2E6MA 3L2WA 2X6NA 3NCIA 3HPOA 3VA3A 4BWJA 2KZMA 4E7KA 4PWDA 3ZSOA 4FM1A 3LDSA 3NFAA 3VN5A 4E0DA 2G8HA 1RDAA 1WSHA 4W5QA 2E4LA 3HPGA 1RNHA 3T1AA 1TV6A 4CJUA 3NH2A 3L8BA 4KHSA 3S3OA 3IG1A 3NGYA 3QESA 4O4GA 2P5GA 1YT3A 5CYMA 4CHOA 4E1MA 3RRHA 3AVGA 4CF9A 2VG6A 3TI0A 2HHVA 1TK0A 1XI1A 1UA0A 3M8PA 2O4GA 2E6LA 3VQAA 2DFFA 1LWCA 4F3TA 4CHZA 1J53A 4W5OA 4I2QA 2FC0A 1BIZA 1S5JA 3AVLA 3CG7A 3VQ4A 4CGJA 3M8RA 1NOYA 4DMNA 2FBVA 2BDPA 4I2PA 2ZQBA 4O44A 4B8CA 4DQQA 3DLHA 3DRPA 1A5VA 4CEZA 2OZSA 3HYFA 3KIOA 3K5OA 1ZBFA 3MECA 1R0AA 4B9TA 4CESA 3VQBA 4CERA 4E19A 4CJRA 4YFUA 3LP3A 4AH9A 2F96A 4CEBA 3OS2A 4CJ4A 3HP6A 1ZBLA 3HK2A 1K6YA 2WOMA 4ELVA 2JLEA 1G15A 3AVFA 3DLKA 4CGIA 3U6FA 4CJLA 4Z4FA 1WSFA 1RT5A 3WNHA 4Y1DA 5FROA 2FBXA 1NJXA 4FJ8A 1U49A 3AA5X 1KFSA 1TAQA 2IC3A 5HP1A 3ZSQA 2G8UA 5CZ2A 4NCAA 3PV8A 4M3XA 1IKWA 4NCGA 2XY5A 2YKNA 1RDCA 3U3YA 2G8VA 1RTDA 1JKHA 3OS0A 3OS1A 4DU1A 1RDBA 4AHVA 1I3AA 3G0ZA 1UA1A 4DTPA 4DSIA 3QO9A 4FJLA 3TAMA 4DF4A 1SL2A 1REVA 2KTQA 4KTZA 3M8SA 1WSJA 1JXEA 4M3WA 2D0CA 3LWLA 2HW3A 1ZBIA 1HYVA 1VSEA 2D0AA 3DYAA 3V9SA 3QNNA 2IDOA 3ZT1A 3CM5A 2D5RA 1BISA 3RR8A 1BGXT 1T8EA 3F9KA 4DQPA 3KD5E 4F4KA 4HCBA 1Q9YA 2OPRA 3CFRA 4CHYA 4FXDA 3L3UA 4M3TA 3ALYA 3BGRA 4CFCA 3KLIA 4B08A 1BQNA 3AVJA 1QTMA 3I0RA 3F73A 2B4JA 1NKCA 2HVHA 1DTTA 3C94A 3OY9A 3KLFA 1EKEA 4DTOA 4ID5A 3AVAA 1SKWA 1ASVA 4MQ3A 3TAQA 4CK3A 2P51A 1RBSA 4KI4A 1QS4A 1U47A 4CF2A 4Z4EA 4HUEA 3AVNA 3LZIA 1KVBA 3K2PA 1ITGA 3AV9A 4RW9A 1X9WA 4FZZA 1WSEA 4M41A 1SKSA 4J2DA 4BDPA 3VQPA 4O55A 4F8RA 3AVIA 3VQ8A 1RBVA 5HRNA 4F2SA 3K59A 4BDYA 1EETA 3AO5A 4LH5A 4FJIA 2PYJA 3TARA 1LV5A 5KGXA 4ELTA 1C1BA 1BI4A 3AVBA 3CYMA 5CY4A 1JL1A 3M8QA 3QEPA 3D45A 4M3RA 4F2RA 4FYDA 1QE1A 2ZD1A 3V9WA 4IG0A 1WN7A 3MXJA 5T7BA 4BDZA 1VRUA 3HVRA 4FJHA 2HHUA 1HNIA 3QEVA 4Q0BA 1C0MA 3JYTA 4FJNA 3MEDA 4C8MA 1S1UA 4FJ5A 2XY7A 3ZSXA 3NE6A 3RMAA 2YNGA 4KTQA 1KSPA 3QEXA 3H08A 3MEGA 4M3UA 4DQIA 4OJRA 4N47A 5KRTA 4DTMA 4OLBA 4KREA 3QETA 3QEWA 2GUIA 2VG5A 3HJFA 3VQDA 3SV3A 3VQEA 5HROA 1HQEA 2DFEA 2RN2A 3OYFA 1XHXA 4FLXA 3V9ZA 3PO5A 4W5TA 4OVLA 4FJXA 4Z4IA 3HP9A 4IBNA 4FM0A 4FLWA 3DLGA 4JS4A 1KCFA 2RKIA 3KK3A 2WONA 3OYAA 4YNQA 1TAUA 2B5JA 3L2RA 4CCHA 3NF9A 5C42A 2D0BA 4L8RB 1U04A 2QKKA 4LSLA 1T05A 4QOZB 2HB5A 4KB0A 2QK9A 3AA4A 5KI6A 4QCLA 4E1NA 1EXQA 3LALA 1W0HA 1RT1A 3I0SA 3NF8A 1Z25A 3P5JA 1HNVA 1J9AA 4IFYA 4M45A 4FCYA 4I9QA 1C1AA 3NGIA 2EX3A 4DSEA 5J2NA 3OYNA 1TKXA 5C25A 3LPUA 3DLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VOVA 2F8TA 5AQXA 4RG8A 3C6TA 4DV7K 4M3ZA 2W40A 1NJYA 4KAZA 2ASPA 4B9NA 2HMPA 3MN7A 4OGCA 1B9DA 3MXIA 4BY9C 4OKKA 5A2QO 4BGBA 4YOXA 3LDQA 3SV4A 5JMVA 4H0XB 4FJ9A 1VQNN 5LJVA 2E2NA 1SQKA 4JI8K 5M1KA 2OCEA 1XNRK 4AHTA 3A5NC 3MK6A 3CCRN 4B9VA 2Y1JA 1L3SA 1JXBA 3H6EA 1NGHA 1IH7A 4EAHD 3VA0A 2QI2A 2P9UB 4E7JA 4GKJK 1WSGA 3LP0A 1U2VB 3KLEA 3O3HA 4I9LA 3QB0A 3B8AX 4DR2K 1WLJA 4DV1K 3THWB 3E9OA 4CD1A 2X6SA 3C7NA 4FLZA 1SZ2A 2UXDK 3CJ7A 3RMBA 5HRRA 4Z0UA 3AVHA 2GEMA 3O4WA 3CCMN 1WOQA 5DMRA 2FSJA 1B9FA 2RHKA 2RF2A 3EE8A 3FFIA 2B6AA 5AQWA 3O9TA 3C6AA 4KV8A 4OPAA 5M1QA 3MAQA 3NH1A 5HRSA 1VQ6N 1E4FT 4U67L 3SQ1A 4W5NA 3CETA 1NLVA 4Y1CA 4AM7A 5FPEA 4N5SA 3V1QA 3VEOA 4BR7A 4CIGA 4CJPA 4DSKA 2IOCA 4ILGB 4HUFA 4H4OA 3SNNA 3KLHA 1LOTB 3OBYA 4E7LA 1WBDA 2ZJRL 2Z1JA 3BDPA 5M1PA 5CYQA 4GVEA 3P31A 4CZJA 2IVNA 3VEVA 1IKXA 5AQPA 2KKZA 4TSXA 2HBLA 3S3MA 5KQDA 2FF6A 4J2EA 4CJFA 1J5EK 4JI3K 1CZBA 2HNDA 3EL2A 4FLTA 4CE9A 1KTQA 5DM7L 2FSNA 3M6GA 4ILJA 4ILHA 1HJRA 4YOVA 4CECA 1O1WA 1Z26A 4DSJA 3D0PA 5I42A 3HM8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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