4DMNA

Hiv-1 integrase catalytical core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
145
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Multimode, cooperative mechanism of action of allosteric HIV-1 integrase inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 145
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dmnA00
3L2RA 1KLNA 3SQ1A 2IOCA 3D45A 1NK7A 4DWIA 3KD5E 1R0AA 4J2BA 2WONA 3F73A 3KK2A 4Z4EA 1NKBA 3RR7A 1N5YA 3DM2A 5KGXA 4CIEA 1BHLA 1WAJA 3IG1A 3PX4A 3MXMA 2DY4A 3OYIA 2G8HA 3SUPA 3SQ0A 1S1XA 2KFZA 1TAUA 4DSJA 4FJLA 5C25A 4AH9A 1FKOA 1T03A 1JLFA 4FLTA 1D8YA 1RBUA 3E01A 3K5LA 4PQUA 1C0TA 4BWMA 1ZYQA 5EU7A 4M3UA 2IGIA 2XY5A 4W5NA 4JRQA 1HRHA 2YHAA 1JLAA 5FRNA 1T05A 1QQCA 3QIOA 1HJRA 4Z4GA 5DMRA 4E7KA 1Z25A 4Q5VA 4ZTJA 4C8KA 4PWDA 4DQIA 3LALA 4QCLA 1NK8A 3ZSVA 5J1EA 1XI1A 2HHVA 1IG9A 1FKPA 4CGHA 1RTJA 3AO3A 3K5NA 1L3SA 3ULDA 4KHYA 1S5JA 4ZHRA 2OPRA 1LAVA 3DMJA 1RBVA 3EZ5A 3S3NA 3WNEA 3ISNC 3LPUA 2E6LA 1WSIA 4DFKA 3ZSRA 2HHTA 2D0CA 3AVMA 3S3OA 3O3GA 1NKCA 4CE9A 3OYNA 3TAQA 4F3TA 3TAMA 4CJSA 1BI4B 4B9VA 4L8RB 1XC9A 3HYFA 2I5JA 3OYGA 4CHOA 3H08A 4FLXA 2HHWA 5JS1A 1WLJA 3AA4A 3DRPA 2IAJA 3PO5A 5KGWA 4CF8A 4B8AB 1NJZA 5SWMA 3ZSOA 4BDZA 3KLIA 1CXQA 3RMAA 4KTQA 2KZZA 2R7YA 2GUIA 4I2PA 2AJQA 1S1VA 3SNNA 1JLBA 4DG1A 4B9MA 1BCMA 2HHSA 1YVUA 4CEAA 3QEXA 1U4BA 3ZSWA 4DLGA 4B9LA 1RCHA 5HRPA 3KLGA 4IG0A 1JXEA 1JLQA 2B4JA 3I0SA 4EP4A 1J9AA 4CJTA 4MFBA 3PX6A 1RNHA 3NF6A 2XY6A 3NGZA 3TAGA 3NH0A 4KTWA 5HRSA 1C1BA 3M8QA 3V9WA 2XHBA 4JS5A 3HPGA 2ATQA 4KHNA 5E41A 4FJ5A 2NUBA 1VK0A 1KVAA 3MXJA 4NCGA 1HPZA 4CFAA 4FXDA 4AILC 4TSXA 1I39A 4CEFA 4HUGA 1SKWA 4CEEA 3CG7A 4AHCA 4LSLA 3VN5A 4M3WA 2OYQA 4DQSA 2Q3SA 4OPKA 4B9UA 2O4GA 1S1TA 4LH4A 4CHYA 2F96A 5K14A 1HQEA 3BGRA 3OYBA 1VRUA 2KQ2A 3AA5X 2FBVA 3U6FA 4KREA 3DLHA 3HP6A 3S9HA 1RT6A 1VSDA 3G0ZA 3VQ8A 1RDCA 5I3UA 3IAYA 4KI4A 2YNHA 1TKXA 3ALYA 3ZT3A 4O4GA 4FZZA 1KVBA 1WSJA 3VQ6A 1BCOA 2Z1IA 4O55A 4RG8A 2W42A 4CHQA 1LV5A 2D0AA 1RT1A 4J2EA 4DMNA 3LWLA 2FC0A 1VSMA 2OZMA 4E0DA 4F3OA 4E1MA 3PY8A 3KLEA 3O3FA 5HLFA 5KTQA 4FJJA 1IH7A 1EKEA 4CEZA 4BE2A 4PY5A 2YKMA 4CHNA 3DI6A 4RW9A 4DTXA 1RT5A 1RT7A 1QSSA 1RDAA 4DF8A 3HVTA 4W5RA 1X9WA 4C8MA 2IS3A 1QHTA 4FLYA 1BI4A 4JLHA 3AVIA 1TL1A 3KKSA 1HYVA 4CHPA 1B9FA 3V9SA 1S1WA 2ITGA 1NOZA 2YNIA 4N41A 4C8NA 3O4QA 4DTPA 1CZ9A 1VSKA 3CQ8A 4FZXC 3VQCA 4DSLA 1K6YA 3V1OA 1DTQA 1KTQA 4CEQA 1S1UA 1CXUA 1SV5A 3ASMA 4O5BA 3LP2A 3NF7A 1C0MA 4H8KA 4FJIA 4OVLA 5C42A 1HYSA 3OS0A 4CEOA 4G1QA 4LD0A 4CIFA 5SZTA 4F2RA 1LW0A 4KB1A 3DRRA 2G8UA 3AVNA 4KHUA 3LP3A 1I3AA 1YT3A 3AVKA 3DOKA 5FRMA 4IG3A 4W5OA 2LSNA 3DOLA 3V9ZA 2FBXA 4CGGA 3V9XA 3TAEA 3I0RA 5HROA 4KHWA 4M3XA 1T8EA 3TARA 2DFHA 1RT3A 4FM0A 1BQNA 1IKVA 2ETJA 2VG6A 4QAGA 2HNYA 3V1QA 4E1NA 1SL2A 1D9DA 2F8TA 4EZ9A 1JL2A 4CESA 1VSFA 4NCAA 3KK3A 4ELVA 2ZE2A 3VQAA 3L3UA 1LWCA 4B3OA 1JLEA 3OVNA 4FM2A 1X9SA 4FYDA 1BGXT 4AHSA 4IFYA 3CM6A 4DTUA 3NH1A 3EY1A 3AA2A 5FROA 2XRIA 3K5MA 1TKZA 2OPSA 5C24A 5KRTA 1XHXA 4KI6A 2E4LA 4FJ9A 3SUQA 1B92A 3KD1E 1JXBA 4PA1A 3NHGA 4NYNA 4FLZA 1MU2A 4CJWA 3DLBA 4N56A 3RTVA 4CJ3A 4DS4A 5J2NA 1EP4A 4CJ5A 1RILA 1WNSA 1WSFA 4Z4HA 1RTHA 3TANA 4CJFA 4IKFA 3O3HA 4DTRA 3PX0A 3QO9A 1J53A 4EZ6A 1F21A 2FBTA 4B9TA 4GMJB 3B6PA 1VSLA 3KLFA 1TK8A 1A5VA 4FJGA 1CLQA 3K59A 3KTQA 3TWHA 1RBRA 3TI0A 3HVRA 1C1CA 1L3VA 5HRRA 1N6QA 4DSFA 4W5QA 4KHSA 1RTIA 4C8LA 4I9QA 4Z4FA 1FK9A 4XIUA 1GOBA 4DTSA 3SZ2A 3AO1A 1SL1A 1ZBFA 4O0IA 4OPJA 3VQQA 1SKRA 4CGIA 3KKRA 1KLMA 2IDOA 4DTMA 1J54A 1TKTA 3T1AA 2PYLA 1BL3A 1TV6A 3CM5A 4FVMA 1RDDA 3VQ9A 2YNGA 1U49A 1BQMA 1LWEA 2DFEA 4CK3A 3KIOA 4B08A 3OS2A 3HP9A 4O0JA 3SUNA 1IO2A 1EXQA 2HVIA 4K8XA 4BDPA 2X74A 1C0UA 4DQQA 2RF2A 2HW3A 5CZ2A 3TABA 3THVA 4CHZA 4FJ7A 1EX4A 4YNQA 3OJSA 3QLHA 3S3MA 2G8FA 2XY7A 1WN7A 3LDSA 1FXXA 4KPYA 3K57A 4FJNA 2X6SA 1KSPA 1L3UA 2PZSA 4J2DA 3T3FA 5I42A 4CFDA 2P5OA 4OKJA 3RMBA 3RRHA 1JLCA 1X1PA 3NF8A 4I2QA 3QEWA 1XWLA 3OY9A 4FK2A 4KV8A 4OKKA 1TGOA 2HB5A 3LZJA 4DU4A 4E3SA 5HP1A 4PUOA 2KTQA 3MXIA 2Z1HA 4FW1A 3VQPA 4CJUA 4OJRA 3AVCA 3LP0A 4HHTA 2HNZA 4Y1CA 4DU3A 4DQPA 3ZCMA 4FJHA 4AHTA 1QSLA 4EP5A 3OJUA 3P1GA 3AO5A 3QNNA 4CGFA 2E6MA 1ASUA 2QK9A 3AVAA 1EETA 1B9DA 3VQ5A 1L3TA 4HTUA 3DLRA 4FM1A 4ID5A 1X9MA 3K2PA 1BISA 1Q8IA 2D0BA 3NGYA 3NCIA 4ELTA 1VSHA 4Z0UA 1YTUA 1ITGA 4IDKA 3HM9A 1KVCA 4CF1A 3OYCA 3KJVA 2EHGA 3TR8A 2ZQBA 3C6UA 3A2FA 3ZSQA 4WE1A 5CYMA 3NAEA 4BE0A 4CK2A 4HVJA 2Z1JA 3IS9A 3HXMA 4F4KA 5CYQA 1NOYA 1JLGA 2BE2A 3NF9A 3L2QA 1DTTA 3M8PA 3QERA 1NK0A 1RDBA 3BDPA 1T7PA 2BGGA 1A5WA 1WSHA 2A1RA 2QKKA 1WSGA 4BWJA 4RW8A 4B8CA 3CYMA 4CERA 4N5SA 4W5TA 3V1RA 5DK5A 4LSNA 3QEPA 3U3GA 1VSIA 3DRSA 4N47A 4JRPA 1JL1A 3B6OA 4CJ4A 4YFUA 3UIQA 2XY8A 4ID1A 3L2WA 1RBTA 2P1JA 1NJWA 3RR8A 2VG5A 3OYKA 3AVJA 1KFDA 4E7JA 5J2MA 3M8RA 4CJLA 3SV4A 4FZYA 4CF2A 4RW6A 4FJMA 3VQDA 2KW4A 3M8SA 2B6AA 3LP1A 3ZSXA 4CCHA 1A5XA 2D5RA 1W0HA 5CY4A 2Y1JA 3AVLA 2YNFA 4E89A 3LPTA 3MAQA 4O44A 3V4IA 4DFJA 1TKDA 4LY7A 5CZ1A 1ZBIA 1VRTA 5T7BA 2A1SA 1ASVA 3AO4A 3RMCA 4IBNA 1VSJA 1UOCA 1NK6A 3C94A 3PV8A 1Q9YA 1Y97A 3L2VA 1BIZA 3OYAA 4FLUA 3TAFA 3C6TA 3SJJA 4AHUA 4OLBA 2YKNA 1VSEA 3F9KA 2YHBA 4DQRA 5J2PA 2PY5A 2GBZA 5D3GA 2Z1GA 3PUFA 1KCFA 1KRPA 2P5GA 2HHQA 2RN2A 3OYJA 4E7IA 3JYTA 2X78A 1NJYA 1RT4A 4N76A 4Z4IA 4DLEA 2PYJA 4FJ8A 3AO2A 4FLWA 4KFBA 3HL8A 1XHZA 4M45A 3VA3A 1SKSA 3ZT0A 1UA0A 3O4NA 1SL0A 5JS2A 1RT2A 2F8SA 2QXFA 3MECA 4FW2A 4CJQA 4BDYA 1Q9XA 2G8VA 3RWUA 4CF9A 3K58A 4CJPA 2OZSA 3SQ4A 4M42A 1RBSA 1Z26A 4DS5A 2KZMA 4KRFA 1S6PA 3JSMA 3WNGA 3ZT4A 1NJXA 4FJXA 1UA1A 1TK5A 4C8OA 1L5UA 1D5AA 4DSEA 3DLGA 4CGDA 3OYLA 1G15A 1U47A 2G8WA 3LZIA 3G10A 4KKOA 3QEIA 1BIUA 3LAKA 4J2AA 4OKEA 4M41A 1D9FA 1NKEA 3SYZA 3AVHA 4CEDA 2JLEA 4H4MA 1TL3A 3QEVA 2RPIA 3NGIA 3AVBA 2IC3A 4CFCA 3KLHA 4KB0A 4LH5A 1ZBHA 2O4IA 4F2SA 1HNIA 3HSTB 3L8BA 4DFPA 4E7LA 2HHXA 4UQGA 4H4OA 4RW4A 4AHRA 4CJVA 4ZTFA 3ZSZA 2X6NA 4GVMA 4BE1A 4M3ZA 4FK4A 3HK2A 2G8IA 1GOCA 1HYZA 1CZBA 2GV9A 3T19A 4CEBA 1W9HA 1TAQA 3AVFA 4IFVA 1QTMA 4QOZB 3AV9A 3AA3A 4CK1A 3ZT1A 4Z4CA 4ELUA 1ASWA 3L2UA 4RW7A 3QINA 4BACA 1QS4A 3RRGA 4KO0A 4KTZA 4DTNA 4FJKA 3MEEA 1HNVA 4FK0A 3SQ2A 3EYZA 4Q0BA 4HUEA 3SI6A 5KI6A 2HHUA 4K8ZA 3MEDA 2OA8A 3OYFA 3OYEA 3VQ7A 3U3YA 1S9EA 3LWMA 2Y1IA 3V9UA 4CFBA 3PO4A 2YV0X 3HT3A 3V81A 2ZD1A 4MQ3A 3VQBA 3NDKA 4JS4A 3QETA 1QSYA 2OPQA 3L3VA 5J2QA 4CGJA 1LWFA 1HMVA 2RKIA 1REVA 2JGUA 1U45A 3V6DA 1C1AA 2HNDA 4NCBA 3ITHA 1NK5A 3DLKA 3MEGA 4CJKA 4CJRA 3WNHA 3OYDA 4FCYA 3RMDA 4DSKA 1WSEA 3LAMA 2DTUA 1GOAA 3OYHA 4I7FA 4R5PA 2XO7A 4NYFA 3NE6A 3HO1A 4DF4A 3OS1A 1SUQA 3VQEA 4KHQA 4M3YA 1S6QA 1TVRA 2BANA 3QESA 1LAWA 3IRXA 2G8KA 3QNOA 1TK0A 4M3RA 4AHVA 4E7HA 3CFOA 4CJEA 3NBPA 3NH2A 3SPYA 3SPZA 1O1WA 1ZBUA 3K5OA 3SCXA 2BDPA 4GW6A 4M3TA 4HCBA 1IKXA 2P51A 1U48A 2EX3A 3I8DA 4HCCA 4ICLA 2HVHA 2VG7A 3VA0A 1U04A 4CF0A 4OGCA 5FDLA 4DTJA 4DFMA 1WAFA 2VWJA 3ZT2A 4F8RA 3D0PA 1NK9A 4E19A 1UAXA 3DLEA 3CFRA 4B9NA 4CIGA 4DSIA 3P5JA 1ZBLA 3SV3A 1UWBA 1QE1A 2HMIA 3CFPA 4CECA 3SUOA 1J5OA 1KFSA 1HQUA 2B5JA 1S9GA 1IKWA 3QIPA 5HBMA 3TAPA 4DU1A 2QKBA 2KFNA 3C95A 1IKYA 3ZSYA 4DTOA 4OLAA 3P83D 3WNFA 2WOMA 3KK1A 2OPPA 2DFFA 4OGEA 3HPOA 3NFAA 1RTDA 4KAZA 4Y1DA 1NK4A 4B9SA 2FBYA 1DLOA 3AVGA 4I9LA 3VQ4A 5HRNA 3OYMA 3DYAA 5KRSA 2VWKA 1C6VA 3HJFA 1JKHA 3HPHA 4FLVA 3FFIA 3LANA 1YTAA 1LW2A 4HUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M5RA 1NGEA 3D45A 2F9TA 4DWIA 1R0AA 2FSNA 1NBWA 4NXMK 3F73A 1NKBA 1EQYA 3VEXA 2DY4A 4K0KK 3SUPA 2GEMA 1S1XA 3VTIA 1XUPO 1ATSA 3MN7A 1K73O 1C0TA 2W40A 1ZYQA 2IGIA 2XY5A 3VPZA 4W5NA 1HRHA 4QS8A 1T05A 1QQCA 4E7KA 4F9OA 3CMEN 5M1FA 2A5XA 1RTJA 3AO3A 4CZFA 3ULDA 4U7BA 1NGCA 1S5JA 2OPRA 3DMJA 3ENHA 3ISNC 1WSIA 1QZ6A 3A0IX 3VMFB 5I9EB 5IWAK 3TAQA 1NKCA 2QWMA 1BI4B 1MDUB 4B9VA 1XC9A 3OYGA 4FLXA 1ZXOA 3F2KA 4MDAA 4OX9K 3PO5A 5KGWA 4IO9L 1YIJN 2KZZA 4CZKA 3QICA 4I2PA 2AJQA 1S1VA 5JLFA 1JLBA 3HTVA 2HHSA 1YVUA 2NRZA 3QEXA 2P9KA 4B9LA 1RCHA 4WQ4A 3KLGA 4PL8A 2WC9A 3NF6A 3CMAN 2XY6A 3TAGA 4YOVA 3NH0A 5AZIA 4KTWA 4B3MK 3EZWA 3VEZA 3K9JA 2NUBA 1IG8A 1KAZA 1VHXA 1HPZA 4FWQA 1YJ9N 4DQSA 3W3DA 4LH4A 2F96A 3C7NA 3AA5X 3CHWA 2CGLA 2OTLN 4FZZA 1KVBA 3CCLN 1BCOA 1LV5A 1YI2N 2D0AA 3EKSA 4BGAA 3O3FA 5HLFA 4PY5A 4CEZA 4DTXA 3MX2A 3VEOA 5LMUK 4EFHA 4JK8A 1BI4A 5BRDA 1TL1A 4IJNA 3KKSA 1HYVA 3O1WA 4CHPA 5C12A 4LF5K 1VSKA 3FR0A 4DSLA 2CH6A 1SAZA 3UKUB 4JI6K 4DR7K 4OVLA 3ENOA 4BRGA 3OS0A 4CEOA 3BUZB 3GG4A 3N4QA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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