4E19A

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
molecule keywords ribonuclease H1
molecule tags Hydrolase
source organism Halobacterium salinarium
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e19A00
3LZJA 2GBZA 3TABA 1GOCA 3DI6A 2XY7A 1S6QA 5CZ2A 3NH1A 4FJ8A 1TV6A 4BDYA 1S1WA 1T05A 1WSEA 4NYFA 2PYLA 4O44A 3AVKA 3HP9A 1TK0A 3AVBA 3RMCA 1U47A 4CGJA 1ZBFA 4CEOA 1JLBA 3ULDA 2G8FA 3LANA 3ITHA 4N41A 1KFDA 2WOMA 4CJRA 4FJ5A 3I0RA 3JSMA 3L2VA 1FK9A 4KFBA 3NDKA 4DWIA 4Z4EA 4C8NA 1RT1A 4EP4A 4UQGA 1KVCA 1IO2A 4KKOA 4NYNA 3ZT4A 1Y97A 4H8KA 3HP6A 4AILC 4QCLA 4OPJA 4KTQA 4DMNA 1RBUA 3S3NA 3ALYA 3KK2A 3RWUA 1WAJA 3OJUA 3ISNC 3L2UA 4KV8A 4DS4A 2OA8A 2RF2A 4ZHRA 4DFKA 3KLIA 3HM9A 1XI1A 3TAQA 4CK3A 2KFNA 4DS5A 1A5WA 1JKHA 2X78A 3DLEA 2Z1IA 3WNEA 4HUGA 4KHQA 3AVGA 4M3TA 3TAMA 4E3SA 3AA3A 4IFVA 4OKJA 1EP4A 3V1RA 1K6YA 1RTHA 2B5JA 4M41A 4KAZA 4HCBA 3LAKA 4E7HA 4CHZA 5J2MA 3TI0A 1SKRA 1RTIA 4M42A 4CF8A 1RDDA 3K57A 4JRQA 1KCFA 3NHGA 1JXBA 2QKBA 3VQ6A 2QKKA 1IKXA 2FC0A 4FXDA 3HPOA 4CJEA 4L8RB 5JS1A 1BISA 4FM0A 1L3SA 1XWLA 4WE1A 3QINA 4CJWA 4CJUA 3V9WA 1CZBA 5I3UA 3PY8A 2G8IA 1ASWA 1W0HA 3U6FA 4FZYA 4RW4A 1IH7A 4DG1A 3QIPA 2D0CA 1JLFA 3RTVA 2P5OA 3VQDA 2F96A 1SL0A 4BACA 5HRNA 3QEPA 3QEVA 3SPYA 4PUOA 3CFPA 4QAGA 3OYBA 3K2PA 3OYJA 4BE1A 3OJSA 1VSHA 1IKYA 4B08A 1S9EA 5EU7A 4DTNA 3RR8A 4C8OA 1ZBHA 2HHUA 4Z4GA 5K14A 3SCXA 4BDPA 3V6DA 4CJPA 3MEDA 4ZTFA 3TAPA 2B6AA 4Z4FA 1X9SA 4ID5A 2I5JA 4OGCA 3OYCA 4DF8A 1JL1A 4I7FA 4KO0A 4KTZA 4JS4A 4FW2A 1T8EA 1YTUA 3NCIA 5FRNA 3AO4A 4B9TA 3SUOA 3JYTA 3HVRA 3SQ4A 1NJXA 1EX4A 3PO5A 2HHQA 3ZSYA 3IRXA 1XHXA 1Q8IA 1XHZA 1U4BA 4CEZA 5T7BA 1UWBA 2P1JA 3OYEA 4B9UA 2HVHA 2G8WA 1TVRA 4E1MA 1TGOA 1CLQA 4Z4IA 3TAFA 1JLGA 4IKFA 4B9SA 1JLEA 1W9HA 2BANA 2RN2A 3L3UA 3KK3A 3QERA 1L5UA 4M3YA 3O3GA 4CFDA 3QEWA 3CFRA 1RDCA 3OS2A 1VRUA 3VQ9A 4FW1A 2BGGA 5HRPA 3RRGA 3MAQA 2Z1GA 1D9DA 4FJJA 2ZD1A 4XIUA 3DLGA 1ZBLA 1D5AA 1IKWA 3TAEA 1NJWA 3ZT2A 4E0DA 1VSLA 4HVJA 5KRTA 1FKOA 4JLHA 3UIQA 3KLGA 4CK2A 3SUQA 1VK0A 3TAGA 2Y1IA 2QXFA 1HYSA 3KLHA 5JS2A 2QK9A 3NE6A 2DTUA 4W5TA 2YHBA 1VRTA 4E89A 3NGYA 4DTPA 3SQ2A 3MXJA 1RT7A 1NOZA 1L3VA 4PQUA 5SWMA 3VQ7A 3L2WA 3AVCA 3DM2A 3HJFA 3C94A 1R0AA 2OYQA 4DTXA 2HMIA 5CYQA 4B9VA 4CCHA 3O4NA 4EZ9A 4FJNA 2Z1JA 4JRPA 5HP1A 3AA2A 3V1OA 3BDPA 4FVMA 1KRPA 4KB0A 5J2NA 3NH0A 5I42A 1RBSA 3QIOA 3PX0A 4FZZA 4CJ5A 3MECA 4HHTA 1RDAA 5SZTA 3NF8A 3SQ1A 1C6VA 3KLEA 4KHSA 5C24A 3AVAA 1UA0A 2IAJA 4ELVA 1QTMA 4O55A 3LALA 3D45A 3NF7A 3QETA 1BHLA 4J2DA 4CGIA 4KTWA 1RT2A 4RW7A 1HYZA 2A1RA 3CQ8A 4F2SA 4CHNA 1LW2A 2JLEA 4HUEA 4OKEA 3SJJA 3HL8A 4B8CA 2Z1HA 3SI6A 4AHSA 4EP5A 4B9LA 1KLMA 4F4KA 2X74A 1JLCA 3QEIA 3V4IA 1ZBIA 5HBMA 1KFSA 1KVAA 3DYAA 4PY5A 5CYMA 4DTUA 4KI6A 4DQRA 3IAYA 2JGUA 3AVJA 4RW6A 4CHQA 4FJHA 2HW3A 4CE9A 4CK1A 1RNHA 4O4GA 3PX4A 2FBTA 1NK5A 4TSXA 2XY8A 3SZ2A 1HYVA 4GVMA 2IC3A 3VQPA 3LP1A 3VQCA 4CJSA 3SV3A 3QEXA 3AVFA 4E19A 3HXMA 4FJXA 4DFMA 4DTRA 1RCHA 1JL2A 3K5OA 5KGWA 4DTMA 3S3MA 4J2EA 1X9MA 3HYFA 2OZMA 3NF9A 2BE2A 4FJMA 4JS5A 1UAXA 3ZSWA 3AVMA 2OZSA 4CGDA 1U49A 4C8LA 1J5OA 4CEAA 4CIFA 3SUPA 3AO2A 2O4GA 3KJVA 4Y1DA 3DRPA 4FYDA 1RILA 2KQ2A 4DQIA 1SV5A 4FJIA 1TL1A 3RMDA 3AVNA 3KD5E 3OYLA 4N47A 3M8QA 3OYIA 1CZ9A 4FLTA 2D5RA 1CXUA 1GOAA 4DLEA 3L2QA 4EZ6A 1ITGA 4E7LA 3RMAA 4CFCA 3MEGA 4H4MA 1NK4A 2PYJA 1BGXT 1VSKA 3U3GA 4NCAA 4E1NA 4KHYA 1T03A 3T19A 1TAQA 4F3OA 2GV9A 2XRIA 3C6TA 4J2BA 1RTDA 2WONA 4CF9A 4YNQA 3KKSA 3NF6A 4GW6A 1JXEA 2KW4A 1QS4A 4BWMA 3LZIA 4FJ9A 2G8VA 3QO9A 4FLWA 4DF4A 5HROA 3IS9A 3SV4A 3V9ZA 3P1GA 4ICLA 2XY6A 4YFUA 4CGFA 1SKSA 3ZSXA 4E7JA 3NFAA 2HHSA 4OGEA 3NBPA 4MFBA 3V1QA 3OYKA 1KTQA 3KTQA 3I8DA 4K8ZA 4QOZB 1VSDA 4CERA 4AH9A 3LWLA 4BE0A 3K59A 5J2QA 4F8RA 4F3TA 1JLQA 3SQ0A 3ZT0A 1QSYA 3CM6A 4Z0UA 3O4QA 1ASVA 1X1PA 3F9KA 2FBXA 1LWFA 3AO3A 4LY7A 3V9UA 1HQUA 4Z4HA 3V9SA 3WNGA 4DFJA 3NH2A 1NK7A 3HK2A 4I9LA 4Z4CA 4RG8A 3OYHA 2VG7A 3V81A 1LWCA 2D0BA 1DTTA 1WSHA 2DY4A 1F21A 2ETJA 4CFBA 1EETA 4OPKA 3LP0A 2KZZA 1C1BA 1U45A 2YNGA 1SL2A 4AHVA 4FK0A 4DFPA 1QSSA 1RDBA 3DRRA 2KFZA 1ASUA 3TARA 4GMJB 4CESA 4E7IA 3ZSZA 4FLYA 3LAMA 3E01A 3PUFA 2G8HA 1SUQA 2P51A 2EHGA 1ZBUA 2IGIA 1YVUA 1HMVA 1Z25A 2YNFA 4IDKA 3LPTA 4BWJA 4CJQA 4FLUA 2Q3SA 2Y1JA 1BI4A 1LW0A 3IG1A 4KB1A 1NKEA 2OPRA 1L3UA 4CHOA 1BI4B 3KLFA 2F8SA 1LV5A 2PZSA 3P5JA 1QHTA 3OY9A 4RW8A 2HHVA 2PY5A 4I9QA 5KI6A 3ZSQA 4RW9A 3ASMA 3SUNA 4KRFA 4CJKA 5HRRA 4N76A 5CZ1A 3AV9A 4LH4A 3PO4A 4E7KA 4CGHA 3LDSA 1I3AA 4K8XA 5FROA 5KGXA 3G10A 4DTOA 2HNYA 3I0SA 3O3FA 4DSEA 4MQ3A 3K5MA 3B6OA 4FLVA 3DOKA 4M3UA 4KHWA 3OS1A 1Z26A 4B8AB 4ID1A 2OPSA 1IKVA 2E4LA 4IFYA 3T1AA 4CF2A 4FLZA 4CF1A 1CXQA 1S6PA 1O1WA 1UOCA 5J1EA 3TR8A 4DU1A 1ZYQA 5FRMA 2KTQA 1B9DA 1DTQA 4B9MA 3M8PA 4DTJA 3VQ8A 4DU3A 3U3YA 3FFIA 2G8KA 1KLNA 3KK1A 3K58A 4HTUA 1HJRA 5C25A 3NGZA 1NK8A 3WNHA 4OVLA 4M45A 1HNVA 3AO5A 4Q5VA 1VSJA 4CJTA 3BGRA 3M8SA 4CEDA 2HNZA 2YV0X 3THVA 1TKZA 4CJVA 2A1SA 4B9NA 4O0JA 3KKRA 4FLXA 2E6LA 3LP2A 4FJLA 2GUIA 3OVNA 1C0MA 3VQAA 4CFAA 1NOYA 1D8YA 4FM1A 1C0TA 5KRSA 1BCOA 4FJ7A 3CYMA 3HO1A 1T7PA 1BQNA 3CM5A 1WSIA 1WLJA 1EXQA 3L8BA 3K5LA 3HT3A 4KI4A 5J2PA 4LD0A 1D9FA 1TKDA 3VQ5A 3VQQA 1I39A 1RBTA 1G15A 1WSJA 3AVIA 4CJFA 2IOCA 3A2FA 1L3TA 4CGGA 1NKBA 3OYGA 3SYZA 3F73A 3RR7A 2VWKA 3CG7A 1MU2A 2X6SA 2IDOA 1VSMA 2VG5A 4DSFA 1YTAA 1DLOA 1BL3A 1REVA 1TKXA 4CJLA 2G8UA 3SPZA 2YNHA 2XO7A 1B9FA 2XHBA 1LAWA 1BIUA 4KHUA 1NJZA 2B4JA 1FXXA 5HLFA 2FBYA 3AO1A 1NK6A 4M3WA 3NGIA 4ELTA 1HPZA 1U04A 3P83D 4R5PA 3T3FA 2W42A 2D0AA 1BCMA 1TL3A 1WSFA 1HQEA 4LSNA 5HRSA 3ZCMA 1LWEA 2YKNA 4OJRA 3NAEA 2P5GA 1QQCA 1RBVA 3PX6A 3HPGA 3L3VA 4IBNA 4I2PA 3MXIA 2HVIA 4DSIA 3HVTA 3QESA 1B92A 3QNOA 3M8RA 2RKIA 2E6MA 4CIEA 4M3XA 1S1XA 1C1AA 4FJKA 4KREA 4N56A 2HNDA 1WNSA 4FM2A 2YHAA 2OPQA 4F2RA 3D0PA 1Q9YA 1BIZA 3H08A 4ELUA 3MXMA 1Q9XA 3L2RA 4O0IA 4J2AA 3VQ4A 2R7YA 3DLKA 4ZTJA 1NJYA 3ZSOA 1HRHA 3C95A 1S1TA 3DLHA 4B3OA 2IS3A 3QLHA 3CFOA 1KSPA 3KD1E 3OYNA 4M3ZA 2DFFA 1TK8A 4W5NA 4DSLA 1A5VA 2HB5A 2YKMA 1VSIA 3DMJA 2EX3A 4CJ3A 3TANA 2O4IA 1S9GA 1TKTA 4Y1CA 4DQQA 3QNNA 2DFEA 2X6NA 1NKCA 3TWHA 3RMBA 2FBVA 1NK0A 3K5NA 3V9XA 3G0ZA 2LSNA 3WNFA 3OYFA 4G1QA 3OYAA 1JLAA 3SNNA 1SKWA 5D3GA 4DSJA 4FK4A 3ZT3A 4H4OA 1S1VA 4CF0A 2OPPA 1J9AA 5KTQA 1RT6A 2DFHA 4N5SA 3S3OA 1XC9A 3VA3A 3B6PA 3LP3A 5FDLA 3RRHA 3PV8A 2ITGA 1RT3A 4DQSA 2ZQBA 2XY5A 1J54A 2NUBA 3AA4A 3LPUA 3VQBA 3ZT1A 4AHRA 4OLBA 3VN5A 4FCYA 4CEFA 1WAFA 4FJGA 4W5RA 4CEEA 1S5JA 4I2QA 4HUFA 4BDZA 1S1UA 1N6QA 4KPYA 1RBRA 3OYDA 3AA5X 1WSGA 1VSEA 1BQMA 1RT5A 1GOBA 2ZE2A 4AHCA 4CJ4A 3S9HA 3AVLA 1HNIA 1RT4A 3DRSA 4PA1A 3ZSVA 4CEBA 1QSLA 2HHXA 4CHPA 3AVHA 3C6UA 1UA1A 2YNIA 5DK5A 4DLGA 1N5YA 1RTJA 1QE1A 5C42A 4LSLA 3DLBA 4OLAA 4CEQA 4HCCA 4C8MA 3ZSRA 2VWJA 1FKPA 3LWMA 1NK9A 4W5OA 1C1CA 4DU4A 4O5BA 4LH5A 4NCBA 1U48A 4OKKA 4IG3A 4PWDA 3DOLA 1X9WA 4DSKA 4CIGA 5CY4A 3OS0A 3VA0A 4W5QA 2BDPA 4IG0A 4FK2A 4Q0BA 1TK5A 2F8TA 2KZMA 2HHWA 1YT3A 3MEEA 3VQEA 2VG6A 1EKEA 1SL1A 1LAVA 4M3RA 3EY1A 4CECA 2HHTA 3HPHA 5DMRA 4BE2A 1KVBA 3OYMA 3EZ5A 5E41A 4CHYA 1A5XA 4C8KA 3DLRA 4AHTA 4DTSA 1VSFA 1WN7A 3EYZA 1TAUA 4DQPA 3HSTB 2AJQA 4AHUA 3KIOA 4FZXC 2ATQA 1C0UA 4KHNA 2RPIA 1IG9A 1J53A 3O3HA 4NCGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XEIA 3DI6A 3I55N 2XY7A 1S6QA 3H46O 3CERA 4J8FA 3A5OC 4IZ9A 5ADXA 2WFBA 3TSUA 3VGMA 3JSMA 4KFBA 4Z4EA 3UKUA 4KKOA 5AQQA 3UKUB 4OPJA 3O9UA 3T1HK 3ALYA 5IT9O 4DS4A 4ZHRA 4H5TA 3KLIA 3HM9A 1XI1A 3TAQA 1U2VA 4BGBA 3DLEA 2Z1IA 4CI6A 1U2VB 2QWNA 3O5BA 2PAVA 4M3TA 3O9SA 1EP4A 1G99A 1RTHA 2B5JA 4M41A 3LAKA 5AQTA 2NRVA 4JN4A 1JXBA 3CETA 2W6KA 1L3SA 3QINA 3C65A 1W0HA 4H5WA 3QIPA 2D0CA 5BR8K 3RTVA 3SPYA 2CH5A 3K2PA 4IOCL 2ASOA 4WYBA 2HHUA 1IV0A 5K14A 3SCXA 3H3OB 4CJPA 3TAPA 1V4TA 1X9SA 2I5JA 1JL1A 4KO0A 4H5VA 4KTZA 4JS4A 1T8EA 3WQUA 4M63C 3NCIA 4LF9K 4BRIA 3HVRA 3K0SA 3O08A 5AZJA 3BF3A 1JLGA 3TAFA 4IKFA 5AZJB 1N33K 2RN2A 3L3UA 3OS2A 3VQ9A 3VF2A 4B1WB 2ASMA 4XIUA 1IKWA 1NJWA 3AAPA 1VSLA 5KRTA 1Q18A 3Q7CA 3UIQA 4CK2A 3SUQA 2QK9A 4BR9A 4W5TA 5ELZA 4FL9A 3NGYA 3MXJA 5SWMA 3VQ7A 3L2WA 3ZX0A 2D0PA 5JLHA 2HMIA 5HP1A 3AA2A 4JKHA 3V1OA 5J2NA 3HBTA 3QIOA 4IO8A 1RFQA 3A8YA 3MECA 4HHTA 5IWAK 3R1XA 5LJWA 5SZTA 3NF8A 5C2FA 1QQOA 4YDUA 3CMAN 1YJ9N 2IAJA 4DV5K 1QTMA 3U8XA 1RT2A 2HSTA 2A1RA 4F2SA 3E9OA 1EWRA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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