4E19A

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Halobacterium salinarium
molecule keywords ribonuclease H1
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e19A00
4CJFA 4BWMA 1S1WA 1SKWA 3PX0A 3HP6A 1QSLA 5T7BA 4I2QA 1LWEA 4KO0A 4CEDA 4DSEA 3QIPA 4NCBA 5HP1A 4DG1A 4AHSA 3L2VA 4CESA 3RRHA 2AJQA 5FRNA 4CJ5A 1YTAA 3HL8A 4FLYA 3QETA 4C8LA 1UAXA 1WSHA 4C8NA 4CHNA 4JLHA 4KTZA 1C1BA 3KLFA 1JLAA 1ZYQA 1HYVA 4DSJA 3RRGA 3VQCA 3NF9A 2IAJA 3V1OA 4FLXA 3HYFA 1X9MA 1U47A 4UQGA 3U6FA 4J2AA 4I9LA 1VRUA 1Q8IA 3M8SA 1NOYA 4ZTJA 5HRRA 3RR7A 4DF4A 4O4GA 4FM1A 2RF2A 2DY4A 1F21A 1UWBA 4NCAA 1RNHA 1J5OA 3G10A 3DLKA 4FM0A 4KHYA 2OA8A 3AA5X 3TAQA 3DYAA 4AILC 3QEXA 3K57A 3VQ8A 3KKSA 4CERA 3ZT2A 4LSLA 5J2PA 1TAQA 1WSEA 1A5VA 3KJVA 4B8CA 3KLIA 3VQ6A 5FROA 4KI6A 1NK7A 4F2SA 4NYFA 1VSIA 5C25A 2XO7A 2OYQA 4DF8A 5KGWA 3HO1A 1EXQA 3VQ9A 4CEEA 3NFAA 4CF8A 3DM2A 4CHZA 4Z4CA 3O3HA 3D0PA 1JL1A 3S3OA 1BISA 3TANA 2YV0X 2YNHA 4H4OA 1S1TA 4CJ3A 2G8IA 2JLEA 4CJKA 4CJSA 4IKFA 1TL3A 4PA1A 2EX3A 4W5TA 1JL2A 3TAMA 3U3YA 1C1AA 2IS3A 4JS4A 4M3RA 3SQ4A 4C8MA 2QXFA 4CGFA 4HUFA 4M42A 4IFVA 3QIOA 3LAMA 3SQ0A 1NKBA 1BI4B 1MU2A 4CHYA 4CJ4A 2YNIA 3VQAA 4HHTA 2HNYA 3HPHA 3AVJA 4BE2A 1Q9XA 2VWJA 3IAYA 4W5NA 4O55A 1WNSA 4AH9A 1NK9A 3HXMA 2HHVA 4Y1CA 2P51A 4CGHA 3VQPA 5J2QA 1QE1A 1BIUA 4DSLA 4HUEA 4ELVA 1JXEA 4CIFA 3PX6A 1S6QA 4Z4FA 1VSEA 1ZBUA 1QSSA 2O4GA 3NBPA 4N5SA 3OYBA 1U4BA 2F96A 4FXDA 1WN7A 4XIUA 2F8TA 4CJWA 1HYZA 2QK9A 2B4JA 1LWFA 4RG8A 3K59A 4E7KA 1FXXA 3SUOA 3PO4A 2HNZA 4Q0BA 2RPIA 3ZSWA 1Q9YA 1ASWA 1UA0A 2P5OA 3LAKA 4DSIA 1YVUA 1RBRA 1WLJA 2IC3A 4M3UA 4DU3A 1RT5A 4DTXA 4IBNA 1UA1A 1VSFA 4CJUA 1DTTA 1KRPA 4DSFA 4YNQA 4DQRA 4N56A 3AVKA 4W5RA 4F3OA 2NUBA 4FJ8A 3DLBA 3SPZA 3AO4A 3VQEA 4DFJA 1U49A 2HW3A 3QESA 2D0AA 4R5PA 1NJXA 3ZT4A 2W42A 5FDLA 5KRSA 3V9XA 4WE1A 3AO2A 3WNEA 1BQMA 4FJHA 5CY4A 3KK2A 1C0UA 5DMRA 1NK6A 3V9SA 3ZT1A 1B9DA 1WSFA 1GOBA 3HK2A 1NK5A 4B9SA 1Z26A 1J53A 3C6UA 1GOCA 4CEOA 4DU4A 4I2PA 4FZXC 4PY5A 3RMBA 3DOLA 3AA3A 3NAEA 2VG5A 4J2BA 2JGUA 3VQQA 3OJUA 2IOCA 3L3UA 1FKOA 3ZSXA 3QEWA 2KQ2A 4IFYA 1KFDA 4OLBA 1KLNA 4HCCA 1JLFA 2KW4A 3G0ZA 4CK3A 4CJPA 3O3GA 3SQ1A 5HROA 3K5NA 3CM6A 2I5JA 3CFOA 3QNNA 3I0SA 2OZMA 2OPRA 3UIQA 4FK0A 4OKKA 4KREA 2ITGA 2KFNA 1QHTA 1UOCA 3E01A 3L2UA 4PUOA 4FJXA 4DTPA 2OPSA 5FRMA 4M45A 4Z4GA 4CJQA 4DTMA 1FKPA 1SKRA 5CZ2A 3OYCA 3HPOA 3HPGA 3NF8A 1JLGA 4KB0A 3S3MA 4FJ9A 3AO5A 3TAGA 2KFZA 1DTQA 3ZSVA 3KLEA 4KB1A 2D0CA 3OYHA 2YNFA 4M3YA 3V1RA 1HQUA 4C8OA 3AO3A 4ICLA 3LANA 1JLEA 1W0HA 3WNFA 4LD0A 3T3FA 4IG0A 3LP1A 3NGZA 4FLUA 1QS4A 3PX4A 4CEZA 1ZBLA 4KAZA 3ZSZA 4W5QA 3OJSA 5D3GA 1T03A 1L5UA 3QO9A 4IG3A 3SNNA 1RBUA 1KVBA 1BGXT 2VG6A 3IRXA 4AHTA 2P1JA 1XHXA 4CGIA 4CHQA 4DS4A 1SL0A 3K5LA 2Q3SA 4ID1A 4DFMA 3DLGA 1GOAA 1W9HA 1XWLA 4KKOA 2Y1JA 1D9FA 5JS2A 2ATQA 3NDKA 4MQ3A 4CGDA 4E7LA 4CIEA 3IS9A 5I42A 2HMIA 1HMVA 2HB5A 2E4LA 1T7PA 1J54A 4Y1DA 3SJJA 2P5GA 4B3OA 4CEBA 3QINA 4QAGA 3FFIA 1RDCA 4HTUA 1I39A 3RTVA 4E7IA 2FBXA 4I7FA 4CCHA 1ASVA 4E7JA 4FLVA 3SUNA 3P1GA 1RILA 3AA4A 3JSMA 3MEGA 5HLFA 3AVLA 4CJTA 2G8HA 1S6PA 4DTSA 4L8RB 1LAVA 3MAQA 4KI4A 3HSTB 3ITHA 2X78A 3L2QA 2YHBA 3I0RA 4F4KA 4ZTFA 3SI6A 3OYFA 1EKEA 4CGGA 2WONA 4FJMA 1K6YA 2G8KA 3RWUA 5I3UA 1TKTA 3LP3A 3NCIA 4BDZA 1RTDA 3SQ2A 3MECA 3QNOA 4B9MA 3DLRA 4E7HA 2XY8A 4CF9A 4DQIA 4FJJA 4RW4A 1RTIA 2IGIA 4DFPA 5SWMA 2PZSA 4ID5A 4OPKA 3OS0A 4DSKA 4E3SA 4PWDA 4DQPA 4CK2A 1BQNA 4ZHRA 4FLWA 3LPUA 5HRNA 1YT3A 3AV9A 4G1QA 1TK0A 2WOMA 2KZZA 1RT7A 2QKBA 1SUQA 4CFCA 4CJEA 2GV9A 1TK5A 4Z0UA 3TAPA 3HJFA 1HRHA 2GUIA 4OVLA 3NHGA 3MXIA 4B08A 2YHAA 1TAUA 4LSNA 1JLQA 2GBZA 1A5WA 3VQBA 1ITGA 1O1WA 4CFDA 2XY5A 4M3WA 1IKWA 4LY7A 3P83D 3AVNA 1HQEA 3QERA 3EZ5A 1NKEA 5CYMA 4FW2A 3RMAA 1RBVA 1C1CA 4OGEA 1R0AA 4CF1A 2HVHA 4M3ZA 4B8AB 4AHRA 4CF0A 4LH5A 4DTJA 3NF6A 3LZJA 2XY6A 1KTQA 3V9ZA 4EP5A 1X9SA 2FBTA 4QCLA 3I8DA 2RN2A 4E0DA 1IKXA 1TVRA 3OVNA 2HHSA 3O4NA 4DS5A 3DMJA 4CECA 1IG9A 3VN5A 4O0JA 4E1NA 1HJRA 4FLZA 4K8XA 1XI1A 1QQCA 3F9KA 5DK5A 3S9HA 3AVCA 1JXBA 2YNGA 1Z25A 2HHQA 4FJGA 4CFBA 3S3NA 1CZBA 1VSMA 3V9WA 2DTUA 3SV3A 1HYSA 1REVA 1VSLA 2G8UA 4FJKA 4N76A 2HHXA 3MXMA 4KTQA 3ZSQA 3TWHA 2OPQA 3AVIA 1S1XA 2Z1IA 3ZSYA 4CHOA 4Z4HA 3V6DA 4OJRA 2D5RA 2FBYA 5K14A 1RT3A 2DFEA 1B92A 1C0TA 1EETA 3TAFA 5KI6A 3L2RA 3KK3A 3DRRA 4KTWA 2X6NA 3HP9A 4CEFA 3KD1E 2EHGA 4HVJA 3EY1A 4FW1A 4FZYA 3LDSA 5HRSA 3BDPA 2Z1GA 4BE0A 2QKKA 1S5JA 3AA2A 3D45A 4DWIA 4E19A 4M3TA 1CZ9A 1RBSA 1IO2A 1BI4A 3NF7A 4FCYA 3KIOA 1S9GA 3CG7A 1WSIA 3RMDA 1CLQA 1D5AA 3CM5A 4J2EA 1NJYA 3QEPA 1NK8A 3VQDA 4LH4A 4RW6A 3WNGA 5C42A 5J1EA 4O0IA 3LWMA 4JRQA 4DLGA 3VA0A 3VQ5A 4KHWA 4DQSA 3LPTA 4IDKA 3LWLA 1LWCA 3HVRA 1NJWA 3OYDA 4BDPA 1LAWA 1X1PA 3OYMA 2ETJA 3OYNA 1XC9A 3CFRA 3C94A 3OS2A 1NK4A 5SZTA 2F8SA 1BL3A 4KV8A 1TKZA 5CYQA 3NGIA 4CEAA 3PO5A 3WNHA 2G8VA 1RTHA 2BDPA 1T8EA 4J2DA 1A5XA 3T1AA 2HNDA 2RKIA 3AVMA 2XHBA 3OYKA 3PY8A 1RDBA 1S1UA 3OYIA 1ZBFA 1QSYA 3OY9A 2LSNA 3IG1A 1U45A 2ZE2A 1HPZA 1VRTA 4FJIA 1D9DA 1KSPA 3C95A 4BACA 4CF2A 3O4QA 4N41A 3DRSA 4KHQA 2HHUA 3HVTA 1RDDA 3V81A 3ZT3A 4B9UA 2XRIA 1LW0A 4NYNA 3SV4A 3KK1A 3C6TA 4GMJB 1VSJA 1BHLA 1KVAA 3TR8A 4CJRA 4FM2A 1CXQA 1G15A 4RW9A 2ZQBA 2YKNA 4DTUA 3U3GA 3RR8A 1WSGA 3ULDA 1LW2A 3M8RA 3ZT0A 4K8ZA 3VQ4A 3SPYA 2FBVA 1TKXA 1FK9A 3K5OA 4MFBA 3OYEA 3PV8A 1RTJA 4B9NA 3VA3A 1J9AA 4B9VA 4KHNA 3QEIA 1TGOA 1L3VA 3MEEA 1BIZA 3L3VA 3OYAA 4JRPA 2IDOA 5E41A 1NK0A 3AO1A 4F2RA 1VSKA 2VWKA 1RBTA 1WAFA 3NE6A 2E6LA 3TAEA 3OYGA 4DMNA 1ZBIA 4N47A 3AVBA 3KD5E 2R7YA 2DFHA 4H8KA 4DU1A 2PY5A 3A2FA 4M41A 4CIGA 3SCXA 2KTQA 1JLCA 1RT1A 4FK2A 3SZ2A 1TL1A 3OS1A 1SV5A 1RT2A 1Y97A 3MXJA 1KVCA 4EZ9A 4E89A 4KRFA 4CHPA 1RT6A 3K2PA 1EX4A 1U04A 1IKVA 3LALA 3CYMA 2B6AA 2X74A 4CEQA 4DTNA 2Y1IA 2XY7A 3QLHA 3TABA 3THVA 4CE9A 2B5JA 3CQ8A 3V4IA 2X6SA 3H08A 3JYTA 3KKRA 1XHZA 1SL1A 2BGGA 1KCFA 3DLHA 4DQQA 1CXUA 4KFBA 2YKMA 3KLHA 4FJ5A 1BCOA 1X9WA 2HVIA 3MEDA 4GW6A 2O4IA 4M3XA 4FZZA 4AHUA 4B9LA 1U48A 1LV5A 4DTOA 2G8FA 4Z4EA 4QOZB 3LP0A 3ZCMA 4AHCA 1HNIA 3B6PA 4DTRA 3CFPA 1BCMA 3O3FA 1NJZA 1YTUA 2PYLA 1RDAA 1QTMA 3ALYA 4F3TA 3ASMA 4FVMA 4CK1A 1JLBA 5HRPA 3T19A 1VK0A 4YFUA 4CFAA 4OKEA 3AVGA 3SUPA 1EP4A 4RW8A 3L8BA 3TI0A 1SKSA 5J2MA 4ELUA 4PQUA 4Q5VA 4ELTA 3K5MA 3BGRA 4F8RA 4TSXA 4H4MA 1NKCA 4KHSA 3ZSRA 1ZBHA 1I3AA 1JKHA 1RT4A 2A1SA 3AVHA 3NH0A 2G8WA 4KPYA 2E6MA 1IKYA 4GVMA 1TKDA 1L3UA 1NOZA 5C24A 4OPJA 3L2WA 1L3TA 4FK4A 1VSHA 2HHWA 2BANA 4DFKA 1L3SA 2BE2A 4OKJA 4RW7A 1ASUA 2Z1JA 4C8KA 3KLGA 4BDYA 1RCHA 1TK8A 2OZSA 1WAJA 5KGXA 1IH7A 1B9FA 5KRTA 1SL2A 4KHUA 4FYDA 4HUGA 4BE1A 3RMCA 3DLEA 1C0MA 1KLMA 1S9EA 3M8PA 2FC0A 2VG7A 1N6QA 4EP4A 4B9TA 4OGCA 4CGJA 4JS5A 3OYJA 1KFSA 1N5YA 2A1RA 4E1MA 3P5JA 4AHVA 1TV6A 4FJLA 3QEVA 4NCGA 3B6OA 4CJLA 4CJVA 3SUQA 1HNVA 5EU7A 2PYJA 3K58A 3NH1A 4FJ7A 5HBMA 4BWJA 5CZ1A 3AVFA 3M8QA 3V1QA 5J2NA 2ZD1A 4O5BA 3VQ7A 4OLAA 4W5OA 3HM9A 3LP2A 1C6VA 2D0BA 3EYZA 5KTQA 4HCBA 3PUFA 4I9QA 2KZMA 3NH2A 1D8YA 1T05A 3SYZA 3ZSOA 3OYLA 3HT3A 3F73A 2OPPA 3LZIA 3TARA 3V9UA 4EZ6A 5JS1A 4O44A 4Z4IA 1VSDA 1DLOA 4DLEA 3AVAA 1WSJA 2Z1HA 2DFFA 3DI6A 3ISNC 4FJNA 2HHTA 3NGYA 4FLTA 1S1VA 3DOKA 3DRPA 3KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ENOA 4BWMA 2NLXA 3T1YK 4R79A 4CEDA 3L2VA 4WQ5C 4BY9C 3HL8A 2P9NA 4JLHA 4CHNA 1JLAA 3RRGA 3V1OA 3HYFA 1U47A 4I9LA 1Q8IA 4B1UB 3J7AP 2DY4A 1VQ7N 3ZX0A 2HMPA 4FOIA 3TAQA 3P31A 3BF3A 1RFQA 3N4PA 3K57A 3VQ8A 4LSLA 2E2QA 4BRDA 5GAHP 3VQ6A 4NYFA 3CC7N 1EXQA 3T1HK 4CF8A 4CHZA 1BISA 2O8EB 1OVQA 5F2RA 3MN9A 4CJ3A 2G8IA 4O8KA 4AM7A 4A5BA 4CJSA 1TL3A 4PA1A 4W5TA 2VQFK 3U3YA 1C1AA 2IS3A 4JS4A 4CJ7A 4M3RA 3QIOA 4H0YB 2QWPA 2HF4A 3VQAA 1M1KO 3UKRB 2VWJA 4C1NK 4O55A 3FZKA 4AH9A 2HHVA 3VQPA 1BIUA 4HUEA 3VEOA 2FF6A 4ELVA 1ZBUA 4DR6K 3OYBA 1BUPA 4FWNA 2F96A 1WN7A 4XIUA 4LFAK 4BRNA 3SUOA 1E4FT 4Q0BA 3ZSWA 1Q9YA 1ASWA 3BP8A 4LF7K 4DSIA 4NLCA 3CMEN 1UA1A 4NXNK 3R1XA 4A61A 4IEEA 1DTTA 4DSFA 3D2EB 3SMPA 4F3OA 4CBXA 2O8BA 3AO4A 4H0XB 4DFJA 5M1FA 2W6LA 4WE1A 3AO2A 3CCJN 1QVGM 4FJHA 1NK6A 4JI2K 3ZETB 1B9DA 1NK5A 1NMNA 5BPLA 3K9KA 1Z26A 1J53A 3C6UA 3WXIA 3C6AA 3DOLA 2CGKA 2JGUA 4C23A 1KLNA 1JLFA 3CERA 3G0ZA 4CK3A 4CJPA 2OZMA 3I0SA 3SBTA 5AQOA 4KHPK 4PUOA 3R6MA 4DTPA 4CZMA 4GY2B 4DHYA 1HPMA 4Z4GA 5KQ8A 1SKRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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