4E19A

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Halobacterium salinarium
molecule keywords ribonuclease H1
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e19A00
3V9ZA 2YNFA 4B9TA 1CLQA 2Y1JA 4CEDA 1S1WA 4FK0A 4I9QA 3ZSRA 3AO1A 3MXMA 4B3OA 3C6TA 4N47A 2HHQA 4FJ9A 4M3TA 4E0DA 1S1UA 4O0IA 4RW9A 3QETA 2OZMA 4AHCA 5HROA 4KFBA 5I3UA 2RF2A 3BGRA 4KAZA 2YKMA 3ZSQA 3F73A 4BWJA 4PUOA 3ZT3A 3LP3A 3K59A 3LPTA 4FLZA 3SYZA 3THVA 4CJSA 4FZYA 1B9DA 4CHYA 1TV6A 2A1SA 4N41A 3I0SA 3CM5A 3EY1A 1ZBUA 1ZBIA 4LH5A 1LWFA 1YVUA 3DLBA 3V9XA 4CGJA 3SUNA 3SQ0A 1VSKA 4FW1A 5EU7A 3K5NA 2Z1HA 3OYIA 2FC0A 4CGFA 3D0PA 3RTVA 2ETJA 3AVJA 3KD5E 1D9DA 3P83D 3L3UA 3O4NA 3VN5A 3KK3A 1UA0A 1NOYA 4DQIA 1A5VA 2WOMA 4W5TA 1NKEA 3HYFA 3HSTB 4BE0A 4CK2A 4W5NA 3QEIA 3L3VA 2X74A 5KRSA 3RRHA 1EKEA 2XY6A 3PY8A 4BDZA 3TWHA 3K5LA 1T7PA 1ZBHA 1Y97A 3MAQA 1CZBA 1LWCA 1RDAA 3ASMA 3CFPA 1RTDA 4HUGA 3RWUA 3RMBA 4QCLA 1TL1A 1S6QA 3KKSA 1KVAA 3TR8A 4NCAA 3I0RA 1YTUA 3PV8A 2OPRA 4FLVA 2KW4A 3AVIA 1J5OA 4FLTA 4CEFA 4ZTFA 3NHGA 4B9MA 2HW3A 2OPPA 4FJGA 2BE2A 1ZBFA 1Q9YA 2KZMA 3SJJA 1TAUA 3HP6A 4CJKA 3C95A 4DSLA 4HTUA 2PY5A 4FLUA 2B5JA 1ITGA 4I2PA 4OKJA 3OYEA 3KK1A 4GMJB 4WE1A 2E6MA 4FLYA 3WNFA 1C1BA 3AA3A 4CHQA 3ULDA 4BDPA 3RMCA 3KJVA 1HYZA 2E6LA 4DQPA 4AHUA 4CJTA 3JSMA 1SKWA 3WNGA 2X6NA 4B9NA 2R7YA 2IAJA 1SKRA 2G8IA 4FJIA 1NK6A 1KVCA 4KI6A 2A1RA 1KLMA 4CF0A 2DTUA 4KTZA 4E7KA 4FM0A 1BQMA 3SV3A 3LAMA 3NH0A 3V9UA 1SUQA 3KLIA 1FKPA 3OYJA 4HUEA 5J2NA 4ZTJA 4CJUA 3RRGA 3OJUA 2ZE2A 3ISNC 1Q9XA 4DTMA 3B6PA 3ZT0A 1TK0A 3OYMA 3CM6A 4FZZA 3DLGA 4CFAA 4EP4A 1Q8IA 3OS0A 3BDPA 1U04A 3OYHA 4FJHA 1NKBA 1O1WA 2FBVA 2G8UA 4I9LA 2X78A 3SV4A 4FJ8A 4NCBA 4KHUA 2P51A 2DFEA 4CJVA 5SWMA 3OYFA 3KLFA 5J1EA 1ASVA 3KK2A 2G8FA 2GUIA 4L8RB 1VSFA 1TL3A 3C94A 4M45A 3L2UA 4OGCA 1TKXA 1F21A 4Z4CA 3SPYA 4O55A 3SQ2A 4DLGA 4F3OA 4GW6A 3CQ8A 3K5MA 4BWMA 1G15A 2F96A 3QLHA 4OPKA 4FK2A 3HXMA 4M3ZA 4MQ3A 3OYAA 4QOZB 3G0ZA 4HHTA 3NF6A 4OJRA 4E7LA 1S5JA 3NF8A 1DLOA 1JLEA 4AHVA 4DMNA 3JYTA 2VWKA 1KRPA 2XY7A 1N6QA 1WSEA 4CJ5A 4FJ5A 3VQ4A 4BE2A 4EZ6A 1BCOA 1J53A 3M8PA 3S3MA 2HHTA 1X9SA 3AVCA 4CK1A 4I2QA 3FFIA 3PO4A 4FJXA 5JS1A 3U3YA 3VQDA 2VG7A 3QNOA 2G8WA 3TAMA 2O4GA 4H4OA 1SL0A 1ASWA 3IG1A 4NYNA 4OKKA 4AH9A 4OVLA 3M8QA 3PX0A 4C8MA 4F3TA 3DRSA 3LAKA 1VSIA 4CGDA 4CJEA 2HMIA 4ELUA 5HP1A 3CG7A 3L2RA 3EZ5A 2B6AA 4KHNA 1KTQA 3U6FA 3AVHA 3DRRA 3L2QA 3PUFA 2DY4A 3L8BA 1CZ9A 4CHOA 1TKTA 3QIOA 3LZJA 4J2BA 2KZZA 3UIQA 1IH7A 1U4BA 2NUBA 1WSGA 2G8VA 3SUQA 3TAGA 1JL2A 1VSMA 4KO0A 4CEOA 4BE1A 3V4IA 5HLFA 4KHSA 1D9FA 4ZHRA 2FBYA 3HM9A 2RKIA 4CHPA 4OLBA 3I8DA 4PWDA 2HHXA 2EHGA 5FRNA 3B6OA 4CGIA 3RR8A 4F4KA 1QSYA 5DK5A 3MECA 1TKDA 4B9VA 2IS3A 1YT3A 1RTJA 1BHLA 1I39A 4QAGA 3VQ5A 2HHSA 1RT1A 2RN2A 1RDCA 3ZCMA 4LH4A 5CZ1A 4DTRA 5I42A 1KFSA 1BI4B 2BANA 4DU3A 1IO2A 1JLBA 2D0AA 4KTQA 2JGUA 3ALYA 3NGIA 4PY5A 4N56A 1RBVA 2PZSA 4CEQA 3AA5X 1U48A 3OYBA 1FK9A 4CEBA 4FK4A 3HL8A 4FLWA 1W9HA 3ZSXA 2VG6A 4KHWA 4FYDA 3HO1A 3LP2A 3MEEA 3HPHA 4CJFA 2Y1IA 2QKKA 1RNHA 3AVLA 4LSLA 2XY5A 1IKXA 4E7HA 3LPUA 4DFKA 4XIUA 3AO2A 1DTTA 2PYJA 4CEZA 1X9WA 4AILC 3DOLA 2Z1IA 4CHNA 3T1AA 5FRMA 1RDBA 4CHZA 2HVIA 2HNZA 3AO3A 3KD1E 4Z0UA 4FJMA 5C25A 4FXDA 4KREA 4CJ4A 1HYSA 5E41A 1EETA 1EX4A 3QEPA 2QK9A 1S1XA 3VA0A 3KKRA 4N5SA 3ZSZA 1RTHA 1A5WA 4IFYA 3O3GA 4E7JA 1TAQA 4DU4A 3SUOA 2YV0X 3VQAA 3VQQA 1NJYA 5CYMA 3V1QA 4C8OA 2BGGA 2X6SA 1BIZA 4DTJA 1JLAA 3DLHA 3SI6A 5CY4A 3DM2A 3TARA 3HPGA 3NBPA 1FKOA 3OVNA 3V1RA 4CCHA 2F8TA 1QQCA 1RT4A 3AA4A 4LY7A 4FJKA 1C6VA 1RT7A 3WNHA 4B9UA 2P1JA 3V81A 1QSSA 2OPQA 4JRQA 2YNGA 3P1GA 4CJPA 4ELTA 4M3WA 3E01A 3OYGA 3HPOA 4F8RA 1LV5A 3AVAA 3NGYA 4CIEA 1C0UA 1TVRA 4C8NA 1ZYQA 4CF9A 4JLHA 4M3UA 5K14A 4M3RA 4FLXA 4DSJA 1Z26A 5JS2A 1RDDA 3LP0A 1KVBA 4CERA 4W5RA 4DTNA 1LW0A 1RBUA 3T3FA 4FJJA 4FJLA 3O4QA 4C8KA 3QO9A 5J2MA 3VQ6A 4E89A 4DU1A 3HT3A 3DMJA 4DTOA 3DI6A 3OYKA 2GV9A 3NF9A 4FM1A 4DS5A 1N5YA 1RT6A 2PYLA 3S9HA 3CFOA 2AJQA 1NK9A 1YTAA 4Z4GA 4CF2A 1L3SA 4CJRA 5HBMA 1CXQA 3NH1A 1LAVA 3TABA 4M3YA 1BL3A 2YNHA 4FM2A 5KGWA 1NKCA 5DMRA 1WAJA 1L5UA 3LP1A 3OYDA 2F8SA 1RT2A 4F2RA 3PX4A 2YHBA 2ZD1A 4DTUA 4I7FA 4JS5A 1I3AA 4HCCA 4RW4A 3CYMA 4TSXA 4FJNA 1HMVA 4MFBA 4KHYA 4K8ZA 2DFFA 3V6DA 3D45A 3PO5A 2P5GA 1NJWA 1XC9A 4BDYA 3LWMA 3AV9A 4CJLA 4ID1A 3SUPA 1QS4A 2D0CA 3VQPA 3VQCA 4CJQA 4F2SA 4CGHA 3ZT1A 1Z25A 2OPSA 1QE1A 4IKFA 2JLEA 1U49A 1RT3A 2VWJA 3LDSA 1NK7A 2O4IA 2ITGA 4O0JA 3K5OA 3MEDA 4Z4FA 1UOCA 3P5JA 3NAEA 3VQEA 3K2PA 4G1QA 3L2WA 2XHBA 1QSLA 3HJFA 3OS1A 2XRIA 4IDKA 3S3NA 2OYQA 1B92A 3VQ9A 5D3GA 3AVMA 3MXIA 5SZTA 4IG3A 2KFNA 1J54A 4E3SA 4DF8A 1SKSA 4FW2A 1IG9A 2QKBA 4KRFA 1LW2A 4DQRA 1L3TA 4CJ3A 1T03A 1A5XA 1GOAA 4CF8A 2BDPA 2QXFA 4BACA 1JLFA 4CE9A 4DG1A 3OYNA 3KLHA 3NDKA 1J9AA 1R0AA 4DQSA 3OS2A 1JXEA 2DFHA 4CEEA 2ATQA 3CFRA 5FROA 4ICLA 2LSNA 4C8LA 2B4JA 3ZSYA 1WSIA 2IOCA 1SL1A 1WNSA 2Q3SA 5J2QA 3PX6A 1FXXA 1S6PA 4B8AB 1UAXA 1L3VA 4RW6A 1TGOA 2KTQA 2D0BA 1C0TA 1D5AA 4OGEA 4CFCA 4ELVA 2VG5A 3DLEA 4JRPA 4IFVA 3L2VA 4DTPA 1SL2A 4OPJA 1HQEA 1XI1A 4N76A 4GVMA 4M41A 1D8YA 4O44A 1HPZA 4ID5A 1VSEA 3NF7A 4YFUA 1X1PA 4DFJA 1TKZA 1NK4A 4Z4HA 3AA2A 3RMDA 1NK0A 3QERA 1REVA 1RBTA 3QNNA 1HNVA 3H08A 5KGXA 2KFZA 2XO7A 1X9MA 3SPZA 2YKNA 1KLNA 1RILA 1S1VA 4RW8A 3HVTA 3NE6A 3OY9A 4KHQA 1C1CA 5CZ2A 1NK8A 4KB0A 2G8HA 4AHTA 1KCFA 2HNDA 3IAYA 3ZSOA 1KFDA 3WNEA 2WONA 1JKHA 3VQ7A 3OJSA 1VSHA 3NCIA 1U47A 1HYVA 2HVHA 4H4MA 1C1AA 3V1OA 4DSKA 3TAFA 3TANA 1XHXA 2OA8A 4M3XA 1JLQA 3MEGA 3G10A 4RW7A 4E1MA 4J2DA 2HHWA 2OZSA 1T8EA 5HRPA 1RBSA 1C0MA 1QHTA 3V9SA 3MXJA 3QINA 3LWLA 4FJ7A 3EYZA 1W0HA 1IKVA 4R5PA 1MU2A 3VQ8A 3U3GA 1QTMA 1NOZA 3DRPA 1S1TA 4RG8A 1RBRA 4AHRA 5HRNA 3M8SA 4O4GA 1LAWA 2IDOA 3RR7A 3T19A 5HRRA 3NH2A 3HP9A 1JLGA 4DFMA 3QEWA 4E19A 4HVJA 1K6YA 3KIOA 4UQGA 1HRHA 1NJXA 1BCMA 4B8CA 4H8KA 3RMAA 3DYAA 4FZXC 3TAQA 4OLAA 2KQ2A 3IS9A 3SQ1A 4Q5VA 1WN7A 3SNNA 4CJWA 4FVMA 3V9WA 5J2PA 3LZIA 4CIFA 4DTXA 1S9EA 3AO4A 3A2FA 1WSFA 3IRXA 4DF4A 1UA1A 1IKYA 3DOKA 3QIPA 4DSIA 3AVFA 4K8XA 4DFPA 4CFBA 5T7BA 1RCHA 1SV5A 5HRSA 3M8RA 4J2EA 1JL1A 2IC3A 4IG0A 4KB1A 4DWIA 4DSFA 2Z1GA 4CECA 3SQ4A 4DLEA 4LD0A 1CXUA 4PA1A 4B08A 1VSJA 3DLKA 1XWLA 3SZ2A 4CESA 1DTQA 3TI0A 1LWEA 1EXQA 2P5OA 1BIUA 1GOCA 5FDLA 5KI6A 4EP5A 2W42A 4CFDA 4HUFA 2I5JA 4DTSA 1HQUA 4KTWA 1WLJA 4KV8A 1WSJA 4CF1A 3F9KA 5C42A 4W5QA 3ZSWA 4JS4A 2HHVA 1VSLA 4Q0BA 1NJZA 2HB5A 1BI4A 1ASUA 3TAPA 1ZBLA 4Z4EA 3VQBA 2RPIA 1TK8A 1VK0A 1RTIA 1EP4A 3AVGA 1GOBA 2HNYA 3KLGA 5CYQA 3O3FA 4DQQA 4EZ9A 1RT5A 3DLRA 1VRUA 3S3OA 1T05A 3QEVA 4B9SA 3KLEA 4B9LA 2FBXA 2D5RA 3AVBA 1B9FA 2E4LA 5KRTA 2IGIA 4M42A 1HJRA 3ZT2A 3K57A 1BQNA 4KKOA 4E7IA 2HHUA 1HNIA 3QEXA 3ITHA 3KTQA 3NFAA 4E1NA 3ZT4A 3AVKA 4LSNA 4FCYA 4OKEA 1UWBA 1NK5A 4CGGA 1U45A 1S9GA 3LANA 1JLCA 3C6UA 4DSEA 3HVRA 2GBZA 2YHAA 2ZQBA 3OYCA 1KSPA 3LALA 4O5BA 4J2AA 1L3UA 4Y1DA 1BISA 4CIGA 3K58A 2EX3A 4DS4A 1XHZA 4NYFA 4Z4IA 3HK2A 3OYLA 3SCXA 4NCGA 5KTQA 4W5OA 4KPYA 1BGXT 3AO5A 4HCBA 4IBNA 5C24A 3VA3A 1VSDA 1WAFA 3QESA 4KI4A 4CEAA 2XY8A 3AVNA 2Z1JA 1VRTA 2G8KA 4YNQA 1IKWA 2YNIA 4PQUA 1JXBA 4Y1CA 3TAEA 3ZSVA 4CK3A 1WSHA 1TK5A 3O3HA 3NGZA 4AHSA 2FBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IIRA 4B9TA 1NGEA 4CEDA 1NMDA 4JKDA 3DXMA 4B3OA 1IBLK 2HHQA 1MWKA 2P9PA 2PBDA 4RW9A 4LF8K 1YXQA 3DXKB 4A57A 3JS6A 2OZMA 5I3UA 5CHIA 3ZSQA 3ZT3A 4CZEA 3LPTA 2KKZA 4CJSA 1B9DA 4NLBA 4CHYA 3OBYA 4CGJA 3MN7A 4K41A 2Z1HA 5I9EB 3KD5E 4JI8K 2HBLA 5JLFA 4DQIA 3VEXA 3EN9A 5AQQA 4W5TA 3T69A 4W5NA 2X74A 2XY6A 5JMVA 4FPAA 3T1HK 1LWCA 1RDAA 3O5BA 1TL1A 4A5BA 4YOYA 3I0RA 2OPRA 4A2BA 3ZX2A 4FLVA 2KW4A 5ADXH 2Q0RA 4B9MA 4FJGA 2BE2A 4XH4A 3ENBA 4DSLA 3VEOA 4HTUA 2PY5A 3KK1A 4FLYA 3AA3A 3ULDA 4IO8A 3JSMA 1VQKN 3WNGA 2GTDA 4GY2B 2IAJA 3LDLA 2G8IA 1KLMA 1IG8A 4DR3K 4E7KA 2P9LA 1E4FT 1T6CA 1FKPA 4AQYK 4IOAL 3E66A 1P8ZA 2P9PB 2YI1A 3O6WA 1H1VA 4FZZA 4EP4A 1U04A 1O1WA 5EXWA 2NRHA 2V7YA 5LJWA 3SV4A 3WUHA 4KHUA 3HOTA 4XEIA 3H3OB 1N8RO 1OVQA 5J1EA 2GUIA 3QB0A 2ASMA 4OGCA 3SPYA 3MWTA 2WBNA 3CC2N 1X9JA 4F3OA 3CQ8A 2F96A 3HXMA 3KVGA 2NNWA 3G0ZA 3CJAA 1TYQA 1S5JA 3TTDA 3DAWA 1N6QA 4CJ5A 4EZ6A 5EX5A 3SK3A 1J53A 1X9SA 4I2QA 3FFIA 3U3YA 2VG7A 1W97L 4QS8A 3TAMA 4FO0A 3ULEA 1ASWA 3ENHA 4H0OA 4AH9A 4OVLA 3M8QA 3PX0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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