4E1MA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Integrase
total genus 48
structure length 146
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1mA00
2D0BA 2KZZA 1U47A 2OPQA 1VSEA 4CEOA 1A5WA 1RBSA 3DLKA 4E1NA 1ASWA 2VG7A 4Z0UA 4CK1A 1JLEA 3QEWA 2E4LA 3O3GA 1FKOA 4EP4A 3AVMA 3KLEA 4FXDA 1HMVA 4Z4CA 4CIFA 1WSHA 4ELUA 2BDPA 4OPKA 3H08A 4W5QA 4F2RA 3OYCA 2OPPA 1QTMA 2G8IA 1NKBA 3HSTB 3VA3A 2XRIA 4EP5A 4BE0A 1TAQA 4YNQA 3ALYA 3HJFA 4CHPA 2RPIA 1BQMA 3QERA 1X9SA 2ZE2A 3U3GA 3DLRA 2RKIA 1X1PA 2ZQBA 3PV8A 1T03A 3V81A 4LSLA 3ZT3A 1CZ9A 4BE2A 3CYMA 4DTSA 3DRRA 1YTAA 2A1RA 1UA1A 3ZT2A 3A2FA 1L3VA 3ASMA 4DQRA 4ZHRA 2XO7A 2BE2A 1X9WA 4KTZA 1TKXA 1FKPA 3WNEA 2ETJA 2YHBA 4M3YA 3P1GA 1QSLA 2P5GA 1UWBA 5J2NA 4FZXC 3CQ8A 3HXMA 4MQ3A 1NK6A 3VA0A 3UIQA 3RR8A 4CEFA 3NH0A 2Y1JA 3HO1A 4E7IA 4XIUA 1FXXA 1RT3A 2ITGA 1LV5A 3O4NA 1JLCA 5CY4A 4FJIA 2OPRA 4KV8A 3SQ4A 3V6DA 4FK2A 2X74A 1TL3A 3M8SA 1TL1A 1RDCA 2RF2A 4FM0A 4RW7A 3C94A 4CJLA 2RN2A 1A5XA 4F2SA 3AO2A 4KI6A 2ZD1A 1WSFA 3QESA 3V9XA 5CYMA 3S9HA 2HHQA 1JLGA 1NK8A 3AVJA 4C8KA 3LP1A 4J2DA 3F73A 3HL8A 4UQGA 1RBUA 1KSPA 4B8CA 4I2QA 3ZSYA 3NH1A 4CJ5A 2PY5A 1BGXT 3V9SA 1EX4A 3LP3A 3P83D 3MXIA 3RR7A 3ZSRA 4CJVA 2EX3A 1LWEA 1NKCA 4FJKA 4HCCA 3IRXA 1JLBA 4N5SA 3RMAA 3PO5A 5C42A 3AVKA 4DFPA 1Q9YA 3QEVA 4IG0A 3BDPA 4NCGA 3RMBA 3RTVA 1D9FA 3KK2A 2X78A 1KFDA 1KTQA 3OYLA 2HNZA 3T19A 5J1EA 4DTUA 1GOBA 1L3SA 3U6FA 2QK9A 2IGIA 2YNHA 3DLBA 4OLBA 2AJQA 3VQCA 4CIEA 1VSFA 1CLQA 1JXEA 1UAXA 3ZT0A 5HROA 3L8BA 5CZ2A 1IO2A 2IC3A 4CGFA 4CFDA 4DFMA 4BDYA 2FBXA 1XC9A 1NJYA 1TKTA 3LANA 4LD0A 1U04A 3ITHA 1HNVA 1SL0A 3OJUA 4CGIA 1BIUA 1TKZA 4W5TA 2Z1HA 3TAEA 3IG1A 4YFUA 4Z4IA 3K5LA 4DF8A 5JS1A 2G8WA 4FJ7A 3KD5E 4DSEA 1XWLA 2BANA 4LY7A 3OS1A 3V9ZA 3QEPA 2G8KA 2HW3A 1EETA 4CCHA 4FLXA 1S9GA 3LZIA 2HB5A 4FJXA 3DRSA 1SL2A 2PZSA 3ISNC 3THVA 2HHUA 1HQEA 4RW9A 3DI6A 5HRRA 4DMNA 2KQ2A 3OYBA 2KFNA 1WSJA 1L5UA 4E3SA 3JSMA 5C25A 1NK7A 4AH9A 1D9DA 4E7KA 3AO1A 3TI0A 3VQ5A 2X6SA 4CJRA 3DLHA 1IKVA 1HNIA 4DQIA 2Z1GA 4JS4A 2GBZA 3TAMA 1RTDA 4G1QA 3M8RA 1QSYA 3DYAA 3BGRA 1HYZA 4I7FA 4CHOA 4RW6A 4BWMA 4FJJA 4CHQA 4CFCA 4KB1A 3DOLA 4BDPA 4KFBA 5HBMA 2Y1IA 4IFYA 3AVBA 4FLZA 4CHZA 2OYQA 3NFAA 3C6TA 3AO4A 2FBVA 3U3YA 3SUOA 1KVCA 2WONA 3V1RA 4FLWA 4DQSA 4B9LA 1RBVA 2O4IA 2GUIA 3SV3A 4DWIA 4KTQA 1FK9A 3CG7A 4B8AB 1U48A 3KTQA 3TAPA 4FLTA 2DTUA 3SQ0A 3SV4A 3LAMA 4M3UA 1CXQA 4CGGA 3RRGA 1SV5A 4CESA 1TK8A 1B9FA 2B6AA 4M3TA 1RNHA 5SZTA 3VQ7A 3V9UA 1REVA 1HYVA 3QNOA 1T05A 4B9MA 2LSNA 3ZSXA 3MXJA 4DTPA 1DTQA 1BHLA 3TAFA 1WSIA 2XY8A 1I39A 4KHYA 4O0JA 1UA0A 1S1XA 3LWLA 5DK5A 4I9LA 3C6UA 5SWMA 4DG1A 1LWFA 3NGZA 3L2UA 2YNIA 4FZZA 1C1BA 1WSEA 5KRSA 3PO4A 3P5JA 2HHWA 3EYZA 2IS3A 1KCFA 3LAKA 4FM1A 2KFZA 3HVTA 5HP1A 3ZSWA 3VQ9A 1S6QA 1RBRA 3PX4A 3NE6A 4JLHA 3SYZA 1RDDA 1DTTA 1Q8IA 4HTUA 3MEEA 4DQQA 5I42A 1EP4A 2D0AA 3MEDA 4GMJB 3ZSVA 4FJLA 1BI4B 3LZJA 4O5BA 3JYTA 3ULDA 4KREA 3AO5A 1BQNA 4M3XA 1C1CA 1IH7A 5HRSA 1Z26A 5FRNA 3AA2A 4FCYA 4H8KA 4B9TA 3VQPA 1SKSA 4C8OA 4KHWA 3LALA 3AVFA 5K14A 3OS0A 2G8FA 3M8QA 1KRPA 4CEDA 4BDZA 3LPTA 4E7HA 2PYLA 3NGIA 2VWKA 1GOCA 1IG9A 3TR8A 2DFHA 2P5OA 4FJ9A 2HHVA 4CJUA 4DS5A 4IDKA 4C8LA 3S3NA 3DLEA 4GW6A 3V1OA 3KD1E 2WOMA 4HUGA 4CJWA 4BACA 5FRMA 4CECA 3SQ2A 2HVIA 3HP9A 1O1WA 3OVNA 4HUEA 1RTHA 3KLHA 4KKOA 3OYHA 4MFBA 3HK2A 1RT7A 1XHXA 1YTUA 2Q3SA 4F8RA 2KZMA 1EKEA 1JLQA 3ZT1A 3I8DA 4Z4HA 3SJJA 3SPZA 4QOZB 2KW4A 2IOCA 4OKJA 4W5NA 4CF1A 5J2PA 2XY5A 1LAWA 2D0CA 3RWUA 1TV6A 4M3RA 4KRFA 3VQAA 1S5JA 4JS5A 1NJZA 1S9EA 1S1UA 3QLHA 4ZTJA 2XY7A 1VSIA 1TAUA 4Z4GA 4KI4A 4IBNA 4B9NA 4CIGA 2R7YA 3S3MA 1ZBUA 3NF9A 3QEXA 1N6QA 4FK4A 2PYJA 2D5RA 4QAGA 4J2EA 4OPJA 3SUNA 1NKEA 2GV9A 4AHRA 4E0DA 4IG3A 4B9UA 4OKKA 3L3VA 1WLJA 3ZSQA 4DSFA 1U4BA 4DTJA 4HCBA 4FJGA 1TKDA 4DF4A 4AHUA 1J54A 1Y97A 5I3UA 4N41A 3F9KA 4Q0BA 1NK9A 1RDAA 2Z1JA 2G8VA 3NF8A 4HVJA 5KTQA 1UOCA 3NF7A 4DTOA 3DLGA 3TABA 1NJXA 3E01A 3TWHA 5CZ1A 1ZYQA 3G0ZA 3D45A 3QIOA 4ZTFA 4CJKA 2IAJA 4E19A 3KK3A 4DSIA 3KLIA 3SQ1A 3HM9A 1BL3A 4ID1A 3AVIA 1ITGA 4CJ3A 3SPYA 1CXUA 4B9SA 3VQEA 4KO0A 4O44A 2HHSA 2VG5A 3G10A 4CJ4A 4FW1A 5E41A 5HLFA 1LW0A 1S1VA 1WAJA 3K2PA 3DRPA 4CEQA 4AHTA 1TGOA 3DMJA 1B9DA 3AVAA 3NDKA 4DLGA 3TAGA 1NK4A 5KGWA 4NYNA 2P1JA 4O4GA 3OYEA 4E89A 4DU1A 4AHSA 1W0HA 1BISA 1IKYA 2XY6A 3QINA 4OLAA 1VK0A 1ZBLA 2G8UA 3MAQA 2OA8A 4FYDA 1T7PA 1U45A 4CEZA 2JLEA 4FJMA 3PUFA 1NOZA 1YVUA 4CE9A 3AVNA 2E6LA 1VSDA 3O3HA 1K6YA 1RBTA 1JKHA 3OYDA 3OYFA 4ELTA 4EZ6A 4L8RB 1S1TA 4KAZA 3NCIA 4OKEA 4CK2A 1IKWA 2JGUA 4DFJA 1SKWA 1KLMA 3PY8A 4NCAA 3NBPA 3RMCA 3AVGA 2F8TA 4DTMA 3VN5A 1J9AA 3T3FA 4CF0A 1ASVA 4B08A 1HPZA 1XI1A 1WAFA 1RT6A 4CF8A 3AO3A 5HRPA 1EXQA 1C0UA 3OYNA 1WNSA 3B6OA 4DU3A 4FLYA 1QQCA 4M41A 4H4MA 3OYMA 2YKNA 4CJQA 4AILC 1VRTA 2F96A 1RT5A 3WNFA 1QS4A 3VQQA 1RTJA 4Y1DA 1QE1A 4KHQA 1B92A 2QXFA 2YNFA 3HP6A 5DMRA 3OY9A 3HPOA 2HVHA 4DSJA 4CGDA 4E1MA 3QEIA 4TSXA 4W5RA 2FC0A 1HQUA 2F8SA 3LPUA 1VSKA 4GVMA 4KTWA 3NAEA 1HYSA 3LP0A 3CFPA 2HHXA 4OGEA 1SKRA 5T7BA 3NF6A 4JRQA 3SZ2A 3VQDA 4AHCA 4C8MA 3HYFA 3K57A 1HRHA 2YHAA 4E7LA 3TARA 4HHTA 1RILA 4M42A 1IKXA 1VSMA 3HPHA 4CEBA 4B3OA 1JLFA 4CHYA 1D5AA 1R0AA 4OVLA 1VSHA 5KI6A 3S3OA 4KPYA 4HUFA 3ZSZA 3V4IA 2BGGA 4DTNA 3I0SA 3MXMA 3CM5A 1KVAA 1T8EA 4Z4FA 1BCOA 1CZBA 3K59A 2YKMA 3AA4A 3ZT4A 3ZCMA 5FDLA 4O55A 1VSLA 3OYKA 3K5NA 3HPGA 1HJRA 5CYQA 1C1AA 4E7JA 3I0RA 4CJSA 3AA5X 4CK3A 3RMDA 2OZSA 4ICLA 1TK5A 3L3UA 3MEGA 2VG6A 3OYGA 4R5PA 1JXBA 4F4KA 4J2BA 2O4GA 3HT3A 4PQUA 4IFVA 4J2AA 3KJVA 2P51A 2KTQA 4FJNA 3NH2A 1NOYA 1F21A 1ZBIA 4O0IA 1S6PA 1RT1A 4KHSA 1RTIA 3DM2A 4CF2A 3VQ4A 1A5VA 3QO9A 1DLOA 2FBTA 3OJSA 4K8ZA 4DU4A 3NHGA 2DFEA 1BIZA 1GOAA 2W42A 4FLUA 4FJ5A 3TAQA 3K5MA 4PWDA 4M45A 1NJWA 2QKKA 1RT2A 4I2PA 2DY4A 1NK5A 3DOKA 1LW2A 4C8NA 1QHTA 1BI4A 2I5JA 1LWCA 3QIPA 5J2QA 4NCBA 1YT3A 4CJTA 1Z25A 4FK0A 4FM2A 1WSGA 4CFBA 3SUPA 2FBYA 4M3WA 1JLAA 4LH5A 1ZBHA 3AVCA 5HRNA 4W5OA 4NYFA 3KLGA 1KVBA 1C0TA 4DFKA 3T1AA 1I3AA 4ID5A 3RRHA 4DSLA 1XHZA 4KHNA 2A1SA 4QCLA 2VWJA 3L2RA 2B4JA 3K58A 4N76A 3D0PA 2EHGA 1TK0A 2ATQA 3LP2A 2G8HA 4DQPA 4DSKA 3LWMA 1BCMA 3TANA 1G15A 3PX6A 4Q5VA 4CHNA 4K8XA 3OYJA 3IS9A 4Y1CA 4CEEA 3C95A 2Z1IA 5FROA 2OPSA 3KK1A 3VQ6A 5EU7A 5KRTA 3EY1A 3LDSA 3V9WA 3ZSOA 2NUBA 4B9VA 4FLVA 4BE1A 4LSNA 3SUQA 4CFAA 1SL1A 3NGYA 1TVRA 1WN7A 5D3GA 4FJHA 3O4QA 4CF9A 3L2WA 1KFSA 2XHBA 3SCXA 3KKRA 3SNNA 1RT4A 4DTXA 2HMIA 1JL1A 1LAVA 1SUQA 2DFFA 4FVMA 3KLFA 4RW4A 1VSJA 4CERA 4PY5A 3K5OA 3B6PA 3WNHA 2B5JA 2IDOA 1ZBFA 2HHTA 1ASUA 4CGHA 2YV0X 5JS2A 2OZMA 4FZYA 4Z4EA 4OGCA 3FFIA 1NK0A 4F3TA 4LH4A 4JRPA 1S1WA 4CJFA 4BWJA 2E6MA 3OYAA 3M8PA 4RG8A 4CJEA 1J53A 4CJPA 3L2QA 4KB0A 4PUOA 3AVHA 3IAYA 3OS2A 4H4OA 4WE1A 4AHVA 4F3OA 4KHUA 3EZ5A 4RW8A 4M3ZA 3QETA 3VQBA 4IKFA 1C0MA 2HNYA 5J2MA 3QNNA 3PX0A 5KGXA 4OJRA 4DLEA 2YNGA 1RCHA 2X6NA 3VQ8A 3OYIA 3CFRA 3KIOA 3CM6A 1QSSA 3L2VA 3O3FA 1MU2A 1N5YA 1L3UA 4CGJA 4FJ8A 3V1QA 4CEAA 4ELVA 1L3TA 1D8YA 3CFOA 1VRUA 4DS4A 3SI6A 1Q9XA 3HVRA 4EZ9A 4I9QA 1JL2A 3AV9A 1X9MA 1C6VA 3MECA 5C24A 3KKSA 4N47A 3AA3A 3WNGA 4N56A 1U49A 4DTRA 4FW2A 1W9HA 1J5OA 3AVLA 4PA1A 2HNDA 2QKBA 1RDBA 1KLNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JK9A 3ZETB 1VQPN 2OPQA 4ISGA 1RBSA 3HTVA 2EWSA 2NRWA 4CK1A 1JLEA 2OTJN 3AVMA 3KLEA 4FXDA 4Z4CA 5C2FA 3DLLL 1P8ZA 3H08A 4W5QA 4EFHA 1EWRA 4QS7A 3HSTB 5GAGP 1GLJO 3A8YA 1TAQA 3ALYA 4CI6A 5DM6L 3MDQA 3OW2M 2ZE2A 3ZYYX 2CGKA 2QEXN 4BE2A 4NXNK 3DRRA 1YTAA 4I6MA 1VQON 1UA1A 3ZT2A 1KAXA 4ZHRA 3VGKA 2XO7A 1K8KA 4EAHD 1VQ4N 4ILJA 1TKXA 5LMNK 1FKPA 2YHBA 5E26A 4H5VA 1TYQA 3CCJN 4DV3K 2E8AA 4CEFA 3UKRB 2OTLN 2Y1JA 3O08A 4YOXA 2ZJPL 1OH7A 2X74A 1TL1A 1RDCA 2RF2A 2P9IB 2ZF5O 3EN9A 3O9QA 3TTFA 4GV3A 2RN2A 1A5XA 3AO2A 2ZD1A 3J80O 1Y64A 1K9MO 4GV6A 4FWLA 3ULEA 4BGBA 4FWQA 4C8KA 3GE1A 2P9NB 1KSPA 3NH1A 3ZSYA 2PY5A 3V9SA 3RR7A 3CCLN 1NKCA 2FSNA 2J4RA 3C6HA 2ASPA 4JNEA 3BDPA 4BROA 3RSEB 3RTVA 1L3SA 1KFDA 3T19A 3WXJA 5J1EA 2QK9A 5LJVA 3PSFA 3U6FA 2YNHA 4OLBA 2AJQA 1JXEA 3CC7N 5HROA 5CZ2A 1IO2A 3DWLA 2FBXA 2O8BA 4Y0WA 1HNVA 4A5AA 4FL9A 4CGIA 1BIUA 4W5TA 2Z1HA 5M1OA 3K5LA 4DF8A 4FJ7A 3MN6A 4DSEA 3QEPA 4JEPA 4FLXA 1S9GA 2HB5A 4FJXA 2PZSA 4JKHA 3EKUA 3OYBA 1L5UA 3VQ5A 2X6SA 4MDAA 4DQIA 3TSPA 3OBWA 4A62A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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