4E1MA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 48
structure length 146
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1mA00
4OKJA 1U49A 3SPYA 1ITGA 4DG1A 1KVCA 5KRSA 4NCAA 1BI4B 1JL2A 3V9UA 4CEQA 2VG5A 1VSHA 1Z25A 3O4QA 2ITGA 5D3GA 4ZTJA 4CJKA 2XHBA 3A2FA 1D8YA 2LSNA 4FK2A 3KTQA 3CQ8A 1W0HA 4K8XA 2XRIA 3AVNA 1RBVA 1QSSA 4HTUA 1SL2A 2FBVA 1UAXA 3G0ZA 4CHQA 1YTAA 3KK3A 1YT3A 4DFJA 3THVA 4CK2A 3OYMA 3OYJA 3K57A 2IGIA 3QEPA 1ASWA 1C1AA 4E7LA 3KD1E 2VWJA 5J2MA 1FXXA 2YHAA 3D0PA 2DTUA 3RRHA 3HO1A 4OGCA 3S3OA 4BACA 1HQUA 4O0JA 4BDYA 1VSLA 2VWKA 1VSDA 1KTQA 2AJQA 2QKBA 1KCFA 1UWBA 2D0CA 2BANA 3AO5A 2F8SA 4CEEA 1RT6A 3RWUA 3HP9A 4GVMA 3ASMA 4NCGA 5J2PA 2IC3A 4CJVA 4F3TA 1HJRA 4CJTA 4FK4A 5FRNA 1S6PA 4LY7A 4B9MA 2DY4A 3AVMA 4J2AA 1VSIA 1Z26A 2KFZA 4M3RA 4FLYA 3OYEA 1TKDA 1RDCA 3VQBA 4AHCA 3PV8A 5CY4A 1UA0A 3LAMA 1JXEA 3O4NA 2P51A 3QINA 5HBMA 4CF8A 4Y1CA 5T7BA 4I9QA 1HNIA 3RR8A 2OPQA 1D9FA 1RDBA 4CFBA 4CGIA 2YHBA 3L2RA 3L3VA 3IAYA 4DTUA 3AA5X 1NK7A 2G8UA 1RNHA 4CIFA 3OYBA 4RW6A 3HVTA 3MXMA 4YNQA 4F4KA 3QERA 3DLRA 1S9GA 5HRSA 1BL3A 1S1UA 3AO4A 3H08A 4FW1A 3U3YA 4CERA 3RMCA 3E01A 4C8LA 4PUOA 1S1XA 4FW2A 4E19A 3QIPA 2OZSA 2BE2A 4FLVA 2ETJA 3DM2A 3OYIA 1XHZA 4W5NA 3NF6A 1VSKA 4WE1A 1LW0A 1WAJA 5DK5A 3L2UA 4N76A 4FJLA 5CZ1A 4FM0A 2HHUA 4E3SA 2ZD1A 3ZSXA 4CEDA 1RDDA 3QETA 2HHQA 4FK0A 3NFAA 4Z0UA 2Z1GA 4BDZA 3LP2A 4IKFA 3ZT1A 3M8SA 3SQ4A 3MAQA 3ZCMA 1T03A 4DSJA 4DU4A 1D5AA 4C8MA 4FJXA 1SUQA 3TAFA 3TARA 3NF8A 3TANA 1EKEA 4ELVA 2Z1JA 3NBPA 4FXDA 2IS3A 2YV0X 3C94A 3LZIA 4KTZA 3OVNA 4AHTA 3NGIA 3SV3A 2HW3A 1FKOA 2KZMA 3NGZA 4B3OA 3KLEA 3L3UA 4DSFA 4EP5A 5KRTA 1NKEA 3M8PA 5CYQA 2I5JA 3JYTA 3EYZA 4ELTA 4I2PA 4ID5A 1HYSA 3DLEA 5SZTA 4AHSA 4ZHRA 4DMNA 4E7JA 1A5XA 1VSFA 1XC9A 4CGFA 4DSLA 1O1WA 3AVFA 4Z4FA 3HP6A 4ICLA 4CFCA 1RTDA 3ZSOA 3CM6A 3DRPA 4AHRA 4BWJA 3AVKA 1JLEA 1BCOA 1S6QA 4H4OA 2EHGA 4IBNA 4I9LA 3VQPA 3AO2A 4KREA 3AVIA 1VRTA 4FM2A 4CEOA 2F8TA 5I3UA 1F21A 4E7KA 2XY5A 1SKWA 2D5RA 3VA0A 4C8OA 2XY8A 4KHSA 4OLAA 4CEZA 4FLZA 3U3GA 3TWHA 4KTQA 3LPUA 1UOCA 4N56A 3M8QA 4W5RA 4FJGA 3DLKA 3P83D 1RT5A 5CYMA 3BDPA 3O3GA 3KKSA 3TAPA 3RRGA 1J9AA 1DTTA 3MXIA 1KSPA 3DLBA 3SV4A 4NCBA 5HRPA 4N5SA 4LH5A 1T8EA 3MEEA 1NKCA 4CEFA 3OYAA 1T7PA 1HNVA 4GMJB 5FRMA 3QEVA 4AILC 1JLAA 4CE9A 3DOLA 5FDLA 1NK8A 4UQGA 4J2BA 4M3ZA 2PZSA 4JS5A 3HK2A 3HT3A 2YNGA 4FJ9A 1TVRA 1S1VA 1WLJA 4W5QA 3DLGA 4KPYA 3OY9A 5EU7A 1L3TA 2DFFA 1VRUA 1BQMA 1QQCA 3L8BA 3ZT4A 3AVBA 4OGEA 1B9DA 4KRFA 1IH7A 5C24A 3M8RA 4JRQA 1IKXA 3SNNA 4CF0A 1RTJA 4KAZA 4DTRA 2HHSA 1EXQA 2Z1HA 1U4BA 4DF4A 4B8AB 4DF8A 4FJNA 4HCBA 1RDAA 4R5PA 2G8FA 3RR7A 4E0DA 2OPRA 4B9TA 3K2PA 4K8ZA 1ASVA 2YKNA 4CK1A 2D0AA 2HNYA 4DTJA 4IG3A 1RT3A 3VQ4A 1JLQA 3OJUA 1RTHA 2OA8A 2A1RA 3ITHA 1G15A 1IKYA 1X1PA 3VA3A 4G1QA 2G8VA 1J53A 4ELUA 4AHVA 3NH1A 3SI6A 1WNSA 1D9DA 4B9LA 4NYNA 4M45A 4FLWA 4HUFA 4M3WA 1BGXT 1U45A 2QXFA 3RTVA 1YTUA 2BGGA 4F3OA 4O0IA 3OS0A 4CJUA 4F2RA 3K5OA 1HRHA 4DU3A 4CJSA 2ATQA 4AHUA 1N6QA 2RF2A 1T05A 3DYAA 2KW4A 3ZSZA 1SL0A 3D45A 4CJ3A 2E6MA 2X6SA 4KHNA 3NDKA 4CHNA 1ASUA 3EY1A 4E7IA 2QK9A 2HHVA 2KFNA 1JXBA 3OYDA 3TAEA 3KLGA 4W5TA 4CJRA 4N41A 4O55A 2P1JA 4Z4CA 1BIUA 1LV5A 4DFKA 1UA1A 5HRRA 1S1TA 1A5VA 3LP3A 1ZBLA 1BISA 4OLBA 1GOAA 3AVGA 1EETA 3ZSWA 3QIOA 4DS5A 3PX6A 4FJJA 4L8RB 2FC0A 4M3TA 3TR8A 3SQ1A 4DU1A 1L3VA 2FBTA 3VQEA 2Y1JA 1S9EA 1N5YA 2PYLA 3AO1A 3ZSRA 1LWEA 4KO0A 4FLTA 1CZBA 1GOBA 1VSMA 1NK4A 1KVAA 4CF2A 4DQPA 3B6PA 1HYZA 4IFYA 1NOZA 4O5BA 3I0SA 2OZMA 1JLFA 2EX3A 4Z4HA 3JSMA 4HCCA 1J54A 2RPIA 1C0TA 4CGJA 1TGOA 4O4GA 3F9KA 4KHUA 1XHXA 4DSEA 4B9UA 4FCYA 4Q5VA 3L2VA 3TAMA 3NH2A 5K14A 3ZSQA 3NF9A 4KKOA 3LAKA 1NJXA 2RN2A 3S9HA 2G8WA 3PUFA 4B9NA 4RW8A 4CGHA 3ISNC 1RBRA 1S5JA 5HROA 4RG8A 1RT1A 2KZZA 3CG7A 3VQAA 3KK1A 4AH9A 4BE1A 4I2QA 2B4JA 2B5JA 1SL1A 2G8HA 1B92A 3SYZA 1NK5A 3TAGA 4LSLA 2VG7A 3AVJA 4M41A 4CESA 4DTPA 3KKRA 4YFUA 4HHTA 4OKEA 1HYVA 1TKXA 4OPKA 1RT2A 5CZ2A 5I42A 4KI4A 4CJLA 3C95A 1XWLA 3I8DA 4DTSA 2WOMA 2HMIA 3NF7A 5KTQA 2ZQBA 1ZYQA 3MECA 3OS2A 1CXUA 3SZ2A 1ZBIA 2YNIA 3L2QA 2PYJA 4RW4A 4QCLA 1BQNA 4CGGA 3V1OA 2E6LA 2NUBA 2OPPA 2R7YA 2B6AA 4IG0A 1LWFA 1YVUA 2BDPA 1HPZA 2OYQA 4DTXA 4OKKA 1RCHA 4CHZA 4NYFA 1WSEA 4ID1A 3SUPA 1KRPA 4CEAA 1VK0A 4KFBA 4KB0A 4KHYA 3VQ7A 3MEGA 2XY6A 2YNFA 4DQQA 1WSFA 3WNHA 3KIOA 3SCXA 1BI4A 2HNDA 4PY5A 2E4LA 1EX4A 4GW6A 4FYDA 3K59A 4HUGA 5FROA 1C0MA 3SUQA 5JS2A 4J2EA 1WSJA 1DLOA 1TL1A 5DMRA 3K58A 4DQIA 2HHXA 3B6OA 1C6VA 1QSLA 1BCMA 4FJMA 1KLNA 1MU2A 4DLEA 1XI1A 4B8CA 3NCIA 3K5MA 3WNEA 5SWMA 1HMVA 3AA2A 3VQCA 4PA1A 3DI6A 1LAVA 3HL8A 3HSTB 3LP1A 3CFPA 4HUEA 2XO7A 4ZTFA 2HVHA 3CFOA 3V1RA 4PQUA 1VSEA 1U48A 3WNGA 5HP1A 4DFMA 4Z4EA 4DQRA 3NHGA 1HQEA 3OYKA 3V9SA 4RW7A 2FBXA 2KTQA 4N47A 4CJQA 1TKZA 3KJVA 1ZBUA 3TABA 3LWLA 2HHWA 2P5OA 4IFVA 5KGWA 1A5WA 4CCHA 4DLGA 1ZBFA 4M3YA 2HB5A 2YKMA 3V9WA 3V6DA 3NAEA 3PO5A 2O4GA 3PX0A 1NK9A 3QEXA 1TK5A 1SKRA 3PY8A 2G8IA 4LSNA 4FJHA 1QE1A 1DTQA 1QHTA 3LDSA 4E89A 4DFPA 3TI0A 2GUIA 1L3SA 3SPZA 4DSKA 4DTNA 3HPOA 2GV9A 4DQSA 4CF1A 3AA3A 3T19A 1C0UA 3OS1A 4M3UA 3QNNA 5C42A 4OPJA 1TAUA 1IO2A 4H4MA 4EZ9A 4DSIA 4Q0BA 1C1CA 3HXMA 3SQ0A 3S3NA 1LAWA 3LZJA 3O3FA 3ZT3A 3VQ8A 4KV8A 1Q8IA 4CJFA 1RT4A 3MXJA 3EZ5A 3C6TA 1CZ9A 1Y97A 5HRNA 2X74A 3OJSA 2RKIA 3VQ9A 5JS1A 1SV5A 2PY5A 4JRPA 3V81A 1TV6A 5J1EA 4CHYA 3QEWA 3S3MA 4M42A 2X78A 3HVRA 1I3AA 3FFIA 3ZT2A 3NE6A 2A1SA 2HNZA 4FLXA 2XY7A 4B08A 4FZYA 5KGXA 4QOZB 3NH0A 2GBZA 3OYHA 1IG9A 1L3UA 4KHQA 3OYGA 4KHWA 3KLIA 5E41A 1JKHA 3AO3A 3KK2A 1X9SA 4FJIA 3LP0A 3LWMA 2Z1IA 2ZE2A 2QKKA 3HYFA 3IS9A 4CJWA 4JLHA 3F73A 2P5GA 1EP4A 3ZSVA 2G8KA 4FJ5A 1IKVA 3HJFA 2VG6A 3OYLA 5KI6A 3AA4A 3UIQA 4KB1A 1REVA 5J2NA 1WSGA 3QO9A 1NJZA 4FJ7A 3KLHA 4LD0A 3ALYA 1U47A 2O4IA 4CHPA 3AVHA 4BE2A 4I7FA 1RBTA 3G10A 4MFBA 3PX4A 2FBYA 3KLFA 1Q9XA 3DRRA 3WNFA 3KD5E 1KVBA 3VQQA 3NGYA 2WONA 1NK0A 4TSXA 2DFEA 1NOYA 1S1WA 3DLHA 4DTOA 4IDKA 3LALA 1Q9YA 4HVJA 2JGUA 5HLFA 3AV9A 4OVLA 2IDOA 3DMJA 1RTIA 1TK0A 3C6UA 1JLGA 1BIZA 4CJ4A 4E1MA 4RW9A 4CF9A 1JLCA 3IG1A 4Z4GA 2F96A 4FVMA 1ZBHA 4CJPA 4BWMA 1BHLA 3OYFA 1KFSA 1WN7A 3U6FA 1NJYA 3QESA 3SJJA 3L2WA 3V9XA 4C8NA 1RBSA 1TK8A 4F8RA 3I0RA 1LWCA 2IAJA 2HHTA 1TAQA 3IRXA 4BDPA 3V1QA 4B9SA 3RMDA 4J2DA 3AVCA 4BE0A 4DWIA 1CXQA 2OPSA 4O44A 4JS4A 1R0AA 1B9FA 4FZZA 3DRSA 1WSIA 3CYMA 5J2QA 1QSYA 4MQ3A 3T3FA 3AVAA 1C1BA 4C8KA 3OYNA 3VQ6A 3O3HA 3VN5A 3OYCA 3CFRA 4B9VA 1RT7A 4CIGA 3P5JA 1GOCA 3VQDA 3HM9A 1NJWA 4H8KA 4OJRA 3MEDA 3DOKA 1KFDA 3CM5A 3HPGA 4DTMA 4FJKA 1JLBA 1IKWA 1TKTA 1U04A 3P1GA 4E1NA 1WAFA 3SUNA 4E7HA 4DS4A 2D0BA 1FKPA 3QEIA 2Y1IA 2HVIA 2W42A 1QTMA 4M3XA 3QLHA 3PO4A 3ZT0A 3QNOA 1SKSA 4KI6A 4W5OA 3SUOA 4PWDA 4CK3A 1I39A 4CJ5A 3LANA 4Y1DA 3V9ZA 1WSHA 3HPHA 4CEBA 1RILA 3ZSYA 1K6YA 1VSJA 4CECA 3RMAA 3LPTA 4FJ8A 4LH4A 1NK6A 4Z4IA 1X9MA 3AVLA 3T1AA 4CHOA 1CLQA 2Q3SA 3SQ2A 4CJEA 2DFHA 1NKBA 4FZXC 4FM1A 1X9WA 2IOCA 1RBUA 1W9HA 1FK9A 1TL3A 1L5UA 4XIUA 4CFAA 2X6NA 5C25A 2YNHA 2KQ2A 3V4IA 4EZ6A 3ULDA 4FLUA 4F2SA 1LW2A 4CIEA 2JLEA 3K5NA 3TAQA 1QS4A 4EP4A 3RMBA 3BGRA 1J5OA 1KLMA 1JL1A 4CFDA 4QAGA 3K5LA 3VQ5A 4KTWA 4CGDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KVCA 4BGAA 5KRSA 4NCAA 4CEQA 1SQKA 1VSHA 1YJWN 3A2FA 3KTQA 3CQ8A 1W0HA 1HKBA 1RBVA 4DUZK 3SAFA 2FBVA 1YTAA 1YT3A 4X62K 2E2PA 4CK2A 3QBWA 3OYMA 3QEPA 4E7LA 3KD1E 3SLCA 2VWJA 5J2MA 4H0PA 4JKDA 3ZETA 3RRHA 1HQUA 4BDYA 2VWKA 2AJQA 1IV0A 2CGJA 2BANA 4DV4K 2PFUA 3QDKA 4FPAA 3RWUA 4BVPA 5J2PA 1D4XA 2IC3A 3PSFA 4CJTA 4PHTX 2V7ZA 5FRNA 5H1SQ 4B9MA 2DY4A 4J2AA 2FF6A 3EEQA 1ATSA 1RDCA 1UA0A 1JXEA 3CXCM 4IOAL 1RDBA 3O9UA 2YHWA 2YHBA 1HJOA 3AA5X 1NK7A 2G8UA 1RNHA 3OYBA 4JK7A 3L4QA 4F4KA 3FZHA 4FW1A 3D2EB 3G6EN 4FL9A 4K42A 4FW2A 2OZSA 2BE2A 3CPWM 3DM2A 1Q86O 2O8DB 1HNZK 1WAJA 2HHUA 3EL2A 1GLDG 5CZ1A 4NLBA 4E3SA 3VGKA 3ZSXA 2HHHK 3NFAA 1BU6O 4IKFA 3M8SA 3CJBA 1T03A 3CJAA 3TSPA 4C8MA 1JCEA 4YORA 3NF8A 3MWTA 1EKEA 4ELVA 3NBPA 3SV3A 3LZIA 3OVNA 2HW3A 3TSQA 3NGZA 4B3OA 3KLEA 2FSKA 3M8PA 3JYTA 3EYZA 1HYSA 3DLEA 3F2KA 5SZTA 4ZHRA 3O6WA 4CGFA 1XNRK 4DSLA 3E9LA 3AVFA 3MN5A 1Q81O 4Z4FA 1HKGA 3J81O 3AVKA 1S6QA 2EHGA 4FM2A 2OCEA 2HMPA 2D5RA 4LFCK 3TTDA 2NRXA 3FZKA 4CEZA 3I56N 1YHQN 2ZWHA 1RT5A 3M3ZA 4EIAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KVC A;  4BGA A;  5KRS A;  4NCA A;  4CEQ A;  1SQK A;  1VSH A;  1YJW N;  3A2F A;  3KTQ A;  3CQ8 A;  1W0H A;  1HKB A;  1RBV A;  4DUZ K;  3SAF A;  2FBV A;  1YTA A;  1YT3 A;  4X62 K;  2E2P A;  4CK2 A;  3QBW A;  3OYM A;  3QEP A;  4E7L A;  3KD1 E;  3SLC A;  2VWJ A;  5J2M A;  4H0P A;  4JKD A;  3ZET A;  3RRH A;  1HQU A;  4BDY A;  2VWK A;  2AJQ A;  1IV0 A;  2CGJ A;  2BAN A;  4DV4 K;  2PFU A;  3QDK A;  4FPA A;  3RWU A;  4BVP A;  5J2P A;  1D4X A;  2IC3 A;  3PSF A;  4CJT A;  4PHT X;  2V7Z A;  5FRN A;  5H1S Q;  4B9M A;  2DY4 A;  4J2A A;  2FF6 A;  3EEQ A;  1ATS A;  1RDC A;  1UA0 A;  1JXE A;  3CXC M;  4IOA L;  1RDB A;  3O9U A;  2YHW A;  2YHB A;  1HJO A;  3AA5 X;  1NK7 A;  2G8U A;  1RNH A;  3OYB A;  4JK7 A;  3L4Q A;  4F4K A;  3FZH A;  4FW1 A;  3D2E B;  3G6E N;  4FL9 A;  4K42 A;  4FW2 A;  2OZS A;  2BE2 A;  3CPW M;  3DM2 A;  1Q86 O;  2O8D B;  1HNZ K;  1WAJ A;  2HHU A;  3EL2 A;  1GLD G;  5CZ1 A;  4NLB A;  4E3S A;  3VGK A;  3ZSX A;  2HHH K;  3NFA A;  1BU6 O;  4IKF A;  3M8S A;  3CJB A;  1T03 A;  3CJA A;  3TSP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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