4E1NA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 integrase
total genus 46
structure length 144
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1nA00
1CZBA 2ZE2A 5HLFA 4KRFA 4F8RA 3AO4A 4C8LA 2OPQA 3AVCA 3B6OA 1BISA 2FBTA 4AHSA 3OYEA 4DQSA 4DTXA 4JLHA 1RDAA 3JSMA 4DTPA 4O44A 3A2FA 4I2QA 4E89A 2XY8A 1S6PA 1T8EA 3QETA 4PWDA 4PUOA 3ZT4A 4Z4IA 4KHUA 3ASMA 3T3FA 2D0AA 1FXXA 3KLIA 2ZQBA 2F8SA 1QQCA 4DTNA 4FJIA 3OYDA 1BCMA 3V9XA 3CQ8A 3SUNA 4C8OA 4ELVA 1LWCA 4DU4A 4KHWA 3V1QA 1C1CA 4CF0A 4J2DA 5CY4A 1KLNA 4FM2A 3ITHA 3TANA 2RPIA 1LWFA 1Q9XA 1RCHA 3O3FA 3SQ4A 4CIEA 4M41A 3AVBA 4E19A 4E7IA 3AA3A 3SCXA 3C6TA 1C0TA 1KVCA 3NF7A 4CJ4A 1NK9A 2BDPA 4FJHA 3M8PA 4LH4A 3VQ4A 5J1EA 3DMJA 5KRSA 5C24A 4FM1A 1NJZA 3D0PA 1QSLA 3BDPA 4CF1A 2Z1IA 4C8KA 3QEVA 1BIZA 1JL2A 3OYIA 1WSGA 1FKPA 3D45A 1CZ9A 2YNGA 3IG1A 4AHUA 4IG0A 4CJPA 3OYKA 5J2NA 1SKRA 2ITGA 1K6YA 4CFBA 4HTUA 4WE1A 3OY9A 3SV4A 2ATQA 3UIQA 3V81A 2E6MA 1JL1A 4M45A 3HXMA 4GW6A 5DMRA 1J54A 1O1WA 4CHNA 3NE6A 1WSFA 2DFHA 4DLGA 1VSDA 3V6DA 3KD1E 5HRRA 3AVLA 3ZSWA 3RMDA 4FJLA 2AJQA 1RNHA 4FLWA 4ZTJA 4OLAA 1GOAA 4FZZA 2FBYA 1HPZA 4CEFA 1J5OA 1Y97A 4OVLA 4OGCA 1BI4B 2IAJA 2Z1GA 3MXMA 3RTVA 3K5LA 4JRQA 4N47A 2R7YA 4DWIA 4CJTA 2X6NA 3THVA 1VSKA 3VQ8A 3L3VA 5HRPA 3DLBA 1D9DA 3LDSA 3O4QA 1X9SA 4N76A 3CFPA 1TKDA 4OKJA 4QAGA 5FRNA 3OYLA 3PX4A 5I3UA 4CGGA 1RTDA 3SQ0A 1WAJA 4FZYA 3HPHA 4Z4GA 3ZCMA 1J53A 3LAKA 4DG1A 4O0IA 1JLEA 3OYCA 1BIUA 4IBNA 2VWKA 3TAGA 2OZSA 3AVJA 4FJGA 4DS4A 3KLHA 4BE1A 2HB5A 1TK5A 1W0HA 3OYMA 4Y1DA 2X6SA 2YNHA 1TVRA 2WONA 3DI6A 2HW3A 4OKEA 3MEGA 4CGIA 5SZTA 1U4BA 3AVHA 1IKXA 4E0DA 5CYQA 1EKEA 1BHLA 3P5JA 3V1OA 1Q8IA 1QSSA 1KSPA 4FK2A 4N56A 4B3OA 1LV5A 4DSJA 3ZT0A 4NYNA 4Z4CA 4NYFA 4CJQA 5C42A 3I8DA 4BE2A 3SPZA 2P5OA 1VSIA 3HP6A 3VQ6A 4DSIA 4R5PA 4M3TA 5DK5A 3KKSA 1GOBA 3MEDA 3PUFA 1FK9A 4IG3A 3TAEA 1TV6A 1UA1A 2KFZA 4AH9A 4BDPA 3AVAA 4CEQA 4KTWA 1U47A 3RRHA 4CF2A 1QTMA 1B9FA 1JLBA 2B6AA 3M8SA 2W42A 2XY7A 4HCCA 5JS1A 3VQBA 1JXEA 2RF2A 1HYVA 1ASUA 4M3XA 1TAUA 1JLCA 1LAWA 1KCFA 3AVKA 2EHGA 4AHTA 2OZMA 4I9LA 3V1RA 1EX4A 2G8HA 1HRHA 1I39A 4CJWA 3PO4A 1S1VA 3DLRA 4DLEA 3K57A 4JS4A 3TI0A 1N5YA 1KTQA 1VSHA 5KGXA 3V9ZA 4CIFA 4KB1A 4G1QA 4ID1A 1LAVA 3RMCA 2A1RA 3V9SA 1BQMA 3SV3A 3OYGA 3S3OA 2G8WA 3V4IA 5HBMA 3SQ2A 3LPUA 2Q3SA 4LD0A 3RMBA 3MXIA 4LY7A 3I0SA 1ZYQA 4CCHA 3TWHA 4CIGA 4Z0UA 4QOZB 3K58A 3KKRA 2HVHA 4BDZA 1IKYA 4DSFA 2HNZA 3DRRA 2HMIA 3KK1A 4HHTA 4I2PA 2XY5A 3S9HA 1TKTA 1WN7A 4F3OA 1TL3A 3K5NA 1HNIA 4FW2A 4ID5A 4HUEA 4OKKA 2FBVA 2X78A 3ULDA 4FJKA 2NUBA 2G8UA 1RBRA 3P1GA 3BGRA 4MQ3A 3U3GA 2E4LA 4KTZA 5I42A 1ZBLA 4BWMA 1SL0A 4LH5A 1KFDA 1UA0A 1EETA 1D8YA 3HSTB 1JLGA 3F73A 1NK7A 2KTQA 1U04A 1UAXA 4DSEA 3P83D 1RBUA 4LSNA 3V9WA 4CFAA 1C1BA 4CFDA 1SKSA 2DFEA 3VQ9A 3VQQA 5KGWA 4KHYA 4EZ9A 3OYHA 2DTUA 1NKCA 4CJLA 4DTJA 4KHSA 5FRMA 3U3YA 1C0UA 3QIPA 3ZT1A 1NJXA 3RR7A 4FK0A 2DFFA 1S9GA 3L3UA 4O5BA 5EU7A 1RBSA 3IRXA 3TAFA 2I5JA 3SQ1A 4MFBA 4GMJB 4OPJA 3KTQA 3T1AA 1S5JA 3AVMA 4FVMA 4J2BA 4C8NA 3HM9A 4H4MA 4M3ZA 3F9KA 4EP5A 3V9UA 4KHNA 3L2UA 4M3UA 4FLVA 3AA5X 2B4JA 3HVTA 3KLGA 4B9UA 4HVJA 3SUOA 3LZIA 1D5AA 1NKEA 1L3VA 3SI6A 3LP2A 2XY6A 1ZBUA 4KB0A 3ZSVA 3AO3A 2EX3A 1R0AA 2HHWA 4DQIA 1C6VA 3IS9A 3CFOA 3LZJA 1J9AA 2YKMA 3ZT2A 4H8KA 1RT6A 3OYJA 4JRPA 2G8KA 1T03A 1XI1A 4DTUA 4Q0BA 5SWMA 3NDKA 1VSFA 3HPGA 3K59A 3DLKA 4IFVA 1JLFA 4FJJA 4CEAA 3L8BA 3QEXA 3DRPA 4ZTFA 4B9VA 1REVA 1CXUA 1VK0A 3LP1A 1L3TA 1DTTA 3ALYA 3LP0A 1WAFA 3DLEA 3T19A 3OS2A 4CJVA 3L2WA 4DF8A 4DFKA 5J2PA 5HROA 1L3UA 3SJJA 1TK0A 4RW9A 4B9LA 1TKZA 2KZMA 1RTIA 3ZSOA 3E01A 2HHTA 3NH2A 1B9DA 2O4GA 3MXJA 1W9HA 4RW6A 5T7BA 3L2RA 2BGGA 2BANA 3C94A 3AVFA 4E7HA 3SPYA 3CM5A 2RKIA 1RDBA 2E6LA 4B8AB 4ZHRA 4IFYA 2OPRA 2DY4A 2XRIA 4M3YA 2LSNA 4FJ7A 1S1XA 1LWEA 4CERA 3OVNA 3QEPA 1NOZA 1XHZA 3OJUA 1RBVA 4E1NA 2G8IA 4UQGA 3LP3A 1KVAA 5CZ2A 1NKBA 2HNYA 1KLMA 1B92A 3DOLA 3HVRA 4OLBA 1LW2A 1S1WA 1Z26A 3LWMA 3AO5A 4E7KA 1RTJA 4O4GA 2D5RA 3KK3A 2PYJA 3AA4A 4DQQA 1Q9YA 5JS2A 4M42A 4KREA 2QXFA 1JXBA 4CJFA 1TGOA 1U49A 3VA3A 4DSKA 4FLXA 4FLUA 4Y1CA 4E7LA 4CHOA 4BACA 1KFSA 4KV8A 3TAQA 4J2EA 4FK4A 3OYFA 2D0CA 1NOYA 1HNVA 3AO1A 4FJXA 4K8ZA 3O4NA 4DTMA 4DFMA 1ASVA 1RT4A 3O3GA 1WNSA 3LALA 1S6QA 1BQNA 1HYZA 4DF4A 4QCLA 3QLHA 4RW4A 4BDYA 4PA1A 3WNFA 5D3GA 1SUQA 4CJEA 4KO0A 3OYAA 3QNNA 3OYBA 1ZBFA 3K5MA 3AVGA 4RW7A 3SNNA 1XC9A 3ZT3A 1SL1A 4B9MA 2IDOA 3M8QA 3O3HA 3DRSA 2ZD1A 1VSMA 4CGJA 4M3WA 3ISNC 3PX6A 4CJUA 4CF9A 3CG7A 4CGHA 4CHPA 3NGZA 1NK6A 2KFNA 2JGUA 4CESA 4HUGA 3KLFA 4W5OA 4FLTA 2PYLA 3DLGA 1HMVA 3RWUA 3TR8A 3RMAA 4NCGA 2BE2A 4DU1A 1CLQA 1ZBHA 1F21A 3PY8A 4W5TA 1SKWA 4B9TA 4OGEA 4CK1A 3SZ2A 1RDDA 1LW0A 2FBXA 2A1SA 4HCBA 1RBTA 2GBZA 4FJMA 1RDCA 3KLEA 1SV5A 1TK8A 1IO2A 3DM2A 3QERA 1QE1A 4W5NA 1RT5A 4OJRA 4EZ6A 4FYDA 1NJWA 1WSJA 2VG5A 1S1TA 5FROA 1VSEA 4CHYA 3AVIA 4CJKA 5HRSA 1QHTA 4J2AA 3SUPA 4KI4A 1SL2A 4CGFA 3L2QA 4KPYA 4PQUA 3QINA 3DOKA 1TKXA 3OYNA 4FM0A 3PV8A 2PY5A 4Z4FA 3K5OA 5C25A 1WSIA 3KJVA 2QKBA 3SYZA 2G8VA 3G10A 1ASWA 4F2SA 4DSLA 3HT3A 4AHCA 4PY5A 4I7FA 1RT7A 1ITGA 4DU3A 4CEDA 2YKNA 4DQRA 4ELTA 3C95A 3WNEA 4FZXC 2D0BA 1FKOA 3VQEA 2ETJA 1NK8A 4I9QA 4DFJA 3TAMA 1VRUA 4KKOA 4CEEA 3QEWA 1BI4A 2YV0X 4B08A 1S9EA 4KI6A 1XWLA 4DMNA 4FJ8A 2Z1HA 2XO7A 3ZSXA 3ZSYA 1YT3A 5KTQA 4FLZA 3TARA 4CJSA 1T7PA 1IKVA 1VSJA 2OYQA 4KTQA 3FFIA 1NK4A 4KFBA 1JLQA 5K14A 4CE9A 1CXQA 3ZSZA 1S1UA 5J2QA 4NCBA 3LPTA 3K2PA 4O55A 3TAPA 3VQDA 4LSLA 2VG6A 1TAQA 3HL8A 2HHQA 1VRTA 1ZBIA 1TL1A 3M8RA 4CJRA 5J2MA 2XHBA 1G15A 1YTAA 3KD5E 3QO9A 2YNFA 2X74A 3AO2A 4CK3A 1EP4A 5KI6A 3QEIA 2HHXA 5CZ1A 2VWJA 4CHQA 2KZZA 3NAEA 3KIOA 3QNOA 2HHVA 1BL3A 2F8TA 2IGIA 3KK2A 3CFRA 4L8RB 1I3AA 4GVMA 3S3NA 4YNQA 4FJ9A 2QKKA 3DLHA 4KAZA 4M3RA 3AVNA 1NK5A 1HQEA 3NHGA 3I0RA 4BWJA 3NGYA 3VQPA 4RW8A 3NH1A 1IG9A 4Z4EA 4RG8A 2QK9A 3HPOA 1JLAA 4CECA 1UOCA 1QSYA 4W5RA 3HK2A 2JLEA 4F4KA 2HHUA 4CJ5A 1IH7A 4IKFA 1X9WA 1DTQA 1WLJA 4E3SA 3RRGA 3LAMA 1L5UA 4DTRA 4B8CA 1NK0A 2O4IA 2B5JA 5CYMA 1HYSA 4CEZA 2YHBA 4CGDA 2OPPA 4N5SA 3WNHA 4CFCA 1RT3A 3ZSRA 4Z4HA 3IAYA 1JKHA 3AV9A 4BE0A 4F2RA 2KQ2A 1WSEA 3MECA 2Z1JA 4O0JA 1U45A 2PZSA 1T05A 4F3TA 1RILA 1RTHA 3NF8A 4CEBA 4FLYA 4NCAA 4B9SA 4DTOA 4K8XA 2IS3A 3SUQA 3MEEA 1HJRA 4AHRA 4EP4A 3OJSA 2G8FA 2FC0A 4DQPA 1A5VA 3VQAA 3VQ7A 4CK2A 1VSLA 1XHXA 3H08A 1C1AA 3MAQA 1IKWA 3HYFA 3CM6A 2P1JA 3CYMA 4C8MA 3VQCA 1Z25A 4ICLA 1A5WA 3VA0A 4YFUA 2RN2A 4FW1A 2WOMA 2HNDA 4E1MA 3EYZA 2Y1IA 4AILC 3PO5A 2VG7A 1UWBA 1EXQA 1KVBA 4H4OA 4XIUA 3NBPA 3OS1A 2YNIA 4ELUA 2GUIA 4DTSA 1RT1A 2GV9A 3PX0A 3L2VA 2Y1JA 1C0MA 3DYAA 4DS5A 1GOCA 2YHAA 3HO1A 3QESA 3WNGA 1A5XA 4Q5VA 3NGIA 4CF8A 3OS0A 2HVIA 5KRTA 4JS5A 3NFAA 1L3SA 4HUFA 1U48A 2OPSA 3NCIA 4CJ3A 5HP1A 5FDLA 2IOCA 2P51A 5HRNA 1RT2A 4B9NA 1WSHA 3QIOA 3TABA 4FJNA 3NH0A 3EY1A 1X1PA 4FCYA 3S3MA 1KRPA 3C6UA 3HP9A 1D9FA 3B6PA 5E41A 2P5GA 4W5QA 4FJ5A 3NF6A 3EZ5A 4OPKA 4DFPA 1DLOA 2OA8A 4KHQA 3JYTA 3NF9A 2HHSA 4CEOA 3G0ZA 3RR8A 1MU2A 4IDKA 1BGXT 4AHVA 3LANA 4CHZA 1N6QA 3HJFA 1BCOA 4N41A 3ZSQA 1X9MA 4TSXA 2KW4A 3U6FA 1NJYA 2F96A 3LWLA 1YTUA 3AA2A 3VQ5A 2IC3A 4FXDA 4E7JA 1HQUA 1YVUA 1QS4A 3VN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CZBA 5CE3A 4KRFA 4F8RA 3U9ZA 3B6OA 4JLHA 2NRWA 4E89A 5HL7L 4PUOA 1WOQA 3CJAA 1NGBA 3DXMB 5M1KA 1QQCA 4DTNA 2O8EB 1JCEA 3VGLA 4FWKA 1XNRK 5CY4A 3THYA 3TANA 1HUXA 1Q9XA 4JI2K 1MWMA 4CIEA 4E19A 3AVBA 4FJHA 5AQUA 4CJ4A 4DB3A 2O8FA 3O4WA 4IFEA 1QSLA 4CD3A 2Z1IA 2CH5A 5M1FA 3CCQN 4FOIA 3OYIA 1U2VA 2Q36A 3D45A 2CGJA 1J5EK 1CZ9A 3OYKA 4JKGA 4WE1A 5AQKA 1JL1A 4GW6A 1J54A 1O1WA 3NE6A 4JD2A 2DFHA 4DLGA 2V7ZA 3MN6A 3O80A 1GOAA 4CEFA 1J5OA 1Y97A 2IAJA 2Z1GA 3TU5A 3RTVA 5LMNK 3K5LA 3A8YA 3M6GA 4BR7A 4N47A 2R7YA 4HWIA 2X6NA 4CJTA 1VSKA 3VQ8A 1VQ8N 3O4QA 3CFPA 2ZJQL 5M1OA 3I55N 3HPHA 3SK3A 3DJCA 1JLEA 2QWLA 3OBYA 1BIUA 2VWKA 3N4QA 3OYMA 3NVKA 4Y1DA 5EY4A 5F0XA 4B1YB 3MEGA 1U4BA 4BVPA 4YHHK 3P5JA 3VEZA 3U8XA 3SPZA 1WUAA 3W3DA 3HP6A 4DSIA 1YHQN 1GOBA 3PUFA 1FK9A 1YJNN 1OH5A 4KTWA 4CF2A 1B9FA 3M8SA 5LL6Z 1HYVA 5B8HA 4R79A 1IJJA 2EHGA 1HKGA 4I9LA 1EX4A 1HRHA 1I39A 4CJWA 1S1VA 4DLEA 1TYQA 1VSHA 5KGXA 2FF6A 2QW9A 3RMCA 2A1RA 3OYGA 3V4IA 3RMBA 2GWJA 2Q3SA 4LD0A 4FWOA 3HTVA 1N34K 4LY7A 5IWAK 4L3QA 2ZJPL 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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