4E89A

Crystal structure of rnaseh from gammaretrovirus
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
PDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of xenotropic murine leukaemia virus-related virus (XMRV) ribonuclease H
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule keywords RNase H
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e89A00
1QQCA 2OPRA 1WSEA 3RTVA 3PY8A 4GVMA 5KGWA 1JKHA 3DM2A 3JSMA 3PX0A 4M42A 4BACA 2B4JA 4DQRA 3KD1E 1JLEA 4B9SA 4LSLA 4Z0UA 1YTUA 3OYKA 1F21A 3T19A 4HUFA 3RMCA 4FJ7A 4OKEA 4CHNA 4DTJA 2Z1IA 4Z4CA 2E4LA 2GUIA 4CGGA 4DTSA 4PA1A 4M3RA 1X9WA 1GOAA 1IH7A 2WOMA 3P83D 4C8MA 3NF8A 3OVNA 1UA1A 2OYQA 4FJHA 1LW0A 2RN2A 3DOLA 4DWIA 1KLNA 1GOBA 4BWJA 4JLHA 4CCHA 4FZXC 3ZSQA 3RMAA 3OJUA 1JL1A 2YNHA 3K57A 1HRHA 1QSSA 4N76A 4OLBA 4O0JA 3DLGA 4RG8A 3AVIA 1JLCA 1VSJA 1IO2A 1I3AA 3NFAA 4QAGA 3TR8A 5E41A 2DTUA 3HM9A 3T3FA 3CFRA 4L8RB 1DTQA 4CHQA 5HROA 4RW7A 1BL3A 4KB0A 2AJQA 3KTQA 3ZT0A 3NH2A 3SQ0A 3DLBA 2KW4A 1S9GA 4CF8A 4KTQA 1HQEA 1S1XA 3LP3A 1J5OA 4DSKA 4DSJA 2X74A 3WNGA 1WSHA 3DLKA 1BIZA 2X6NA 4CESA 1BHLA 3HVRA 4CGHA 3NF7A 2W42A 3SQ4A 4I2QA 4C8LA 3K2PA 4YFUA 3TAPA 1D8YA 3HVTA 1BCMA 4UQGA 5FRNA 4OLAA 1T7PA 4FK2A 4FLTA 2OZMA 4C8KA 3LP0A 4DU3A 3H08A 5FRMA 2IDOA 4CEAA 3D45A 4DFPA 1CXQA 5HLFA 2A1RA 4H4OA 4ELVA 5J2PA 2PY5A 1VSHA 2DFFA 2ZQBA 1U4BA 2KFNA 1C0MA 3DMJA 3NF6A 3MEGA 3AVBA 3G10A 3V9ZA 4CJVA 2YV0X 3OYHA 1VRUA 2QXFA 4EP5A 1NK0A 3AVGA 5J2MA 4FJ8A 1D5AA 3ZSRA 4Z4FA 1KFDA 1NOZA 1B92A 3SUQA 2GBZA 4JRQA 3RR7A 4B9TA 2QKBA 3RMDA 1RDBA 5FROA 1KCFA 2XY7A 1QE1A 1C6VA 5KRSA 4CEBA 3RRHA 3AVCA 3NE6A 5CYQA 4RW9A 1KRPA 2HVHA 2FC0A 3CG7A 2PYLA 3AA3A 2ITGA 2RF2A 1RT7A 3SPZA 3OYBA 5HRNA 4J2EA 1MU2A 1BI4B 2O4GA 4DSFA 4BDYA 4FLWA 1NJXA 4FZYA 3V9XA 3AO1A 2YKMA 3ZCMA 2KFZA 1Z26A 1HJRA 3NH1A 2HMIA 4NYFA 3AV9A 3VQEA 1XC9A 2GV9A 1LWEA 4FJGA 2Z1HA 3ASMA 3VQAA 3SQ2A 1RT1A 4ZHRA 3KLGA 2VWKA 3HP6A 2D0AA 4KRFA 2YHBA 3O4QA 1C0TA 3C6UA 3TAEA 1KVCA 4IFYA 4Q0BA 3SUOA 4EZ9A 5I3UA 1CZ9A 3DRSA 4CFDA 3KJVA 1T8EA 2BDPA 3KD5E 4DU4A 4KI4A 3KK2A 3RRGA 1NK7A 4CF9A 1BGXT 4G1QA 4HCCA 4AHRA 4FJMA 4Z4GA 1J54A 2OA8A 2HHSA 2OPPA 1ASVA 4E7JA 3VQDA 1NOYA 4B9VA 1BIUA 2HNZA 3NDKA 3PX6A 1N5YA 3SPYA 3SCXA 4QOZB 5C24A 4N5SA 5SZTA 1G15A 5CZ1A 4B9MA 1S1UA 1ITGA 4CHZA 3NHGA 1ZBLA 1WSIA 3DYAA 3AA5X 4JS4A 3O4NA 3SZ2A 1D9DA 4E19A 3PUFA 4AHVA 4FM1A 3C95A 3LWMA 1SUQA 4DSLA 3SI6A 3OYJA 1N6QA 4B9UA 3DLEA 4FW1A 4B3OA 3LANA 3QIPA 3OS2A 1BQNA 3VQ7A 4KV8A 1C1CA 1RDCA 1T03A 4E1MA 1D9FA 4NCAA 1X1PA 3WNFA 4GMJB 4B08A 4CJKA 4ZTJA 1LWCA 3MECA 3QEIA 4BWMA 1EX4A 3ZSOA 4KB1A 3M8RA 2X78A 4FK0A 4KHYA 1RT6A 1FKPA 1ZBIA 3MXJA 3ZT4A 1TK0A 3VA0A 5KGXA 4CJ5A 1ZBHA 2JLEA 4Y1DA 1VRTA 4B8CA 1TK8A 1A5WA 1SL0A 2PYJA 1YTAA 3HYFA 3TAGA 3D0PA 3OJSA 1U49A 1SKWA 1HNVA 4AHSA 4ELUA 5D3GA 4Z4IA 1T05A 4MQ3A 4M3ZA 2G8FA 4CJ4A 4B9LA 2Q3SA 1HPZA 3DRPA 4ID1A 4KTWA 4CGFA 4CGDA 3NF9A 3LAKA 4CFBA 3O3FA 1X9MA 4OPJA 3LZJA 1KLMA 1YVUA 3O3GA 1NJWA 1Q9YA 2IS3A 2KQ2A 3KLIA 4CE9A 2EX3A 3F73A 3SYZA 3TAFA 3L2WA 3E01A 2FBVA 3OYLA 2HNYA 3V9SA 1S9EA 5HRRA 1IKXA 3AVAA 3LAMA 3MEEA 4BE0A 1REVA 1KVBA 1WAFA 1Q9XA 3HK2A 3KKSA 3ZSVA 3V1QA 4YNQA 3L2UA 3JYTA 2YNGA 3QNNA 4OVLA 1QS4A 2DFHA 1HYZA 3B6PA 4CEEA 2P5OA 1WSGA 4CEFA 5CYMA 4ID5A 3KK3A 5CY4A 4B9NA 3M8PA 4E7LA 5J1EA 4ELTA 3KLEA 1HYSA 1TL3A 3AVLA 3C6TA 3ULDA 4CJEA 1RNHA 3B6OA 3V81A 4KHQA 1VSFA 4KKOA 2IC3A 3ITHA 2HHQA 3LPUA 1I39A 3NGYA 4DQPA 3VA3A 3QLHA 3OY9A 2Y1IA 1L3VA 3K5LA 1QSYA 2BE2A 4CF0A 3OYIA 1RT3A 1L5UA 1LAWA 2HHXA 4W5NA 4F2SA 4LSNA 3DOKA 1CLQA 4CJQA 2IGIA 4DTNA 4E89A 4M41A 2D5RA 1KFSA 4CJTA 3PX4A 4DSIA 4FJXA 4FK4A 4F3TA 5EU7A 2KZZA 2E6MA 1A5XA 2XY8A 1LW2A 3AVJA 1TGOA 3I0SA 3IS9A 4IBNA 4IG3A 3CM6A 3OYNA 3EY1A 2G8UA 5SWMA 4CGJA 3BDPA 4DFKA 2XY5A 4CK3A 3L2RA 3U3YA 3U6FA 2VWJA 4HHTA 1QTMA 2E6LA 4RW4A 3HPOA 2G8VA 3DI6A 4LD0A 4BE1A 1K6YA 4C8OA 3UIQA 2I5JA 3TAQA 3VQPA 2VG5A 3MXIA 2G8KA 1TKDA 4CEOA 2YNFA 3AO5A 4PWDA 1LAVA 1WLJA 2HB5A 4O55A 5K14A 3V1RA 3L8BA 2P5GA 2YNIA 4O44A 1EXQA 1RTJA 4KHSA 1FKOA 4MFBA 3V9WA 1EP4A 4FXDA 3AVNA 4GW6A 3ZT2A 3DLHA 3VQ5A 1TKTA 2OPQA 3KLFA 3ALYA 2ETJA 4FW2A 4CJSA 1ZBFA 3CQ8A 1IKYA 4ICLA 1LWFA 2B5JA 2JGUA 4FM0A 1TK5A 1QSLA 1ASUA 4CF1A 4IFVA 1NKBA 1XHXA 4IKFA 3OYGA 1TAQA 3LWLA 4PY5A 3K5MA 3VQ4A 4NYNA 4K8ZA 4N47A 1EETA 1VSDA 4RW8A 4KHUA 4JS5A 4FJIA 3VN5A 4CECA 1S1WA 5HBMA 2HHWA 3EYZA 4IG0A 1WSFA 4TSXA 5HP1A 3PO4A 3ZT1A 3I0RA 4NCGA 4KI6A 3KKRA 1XWLA 1IKVA 1RDAA 4AH9A 4Q5VA 4I9QA 1JLQA 3KLHA 2O4IA 1KTQA 3LP2A 1L3UA 5JS1A 1DLOA 3AVFA 1IKWA 3ZSZA 1SL2A 4J2DA 4DG1A 2FBYA 1RT5A 3OYDA 1LV5A 1B9DA 2F8TA 3VQBA 2OZSA 4BDPA 4DFMA 4CHOA 3CM5A 4RW6A 4KO0A 4FZZA 4NCBA 2VG7A 3AO2A 1VSMA 4FM2A 4AILC 5T7BA 2BGGA 1JLGA 2D0CA 4CFAA 2DFEA 3AVHA 4CJFA 2HW3A 3WNEA 4DQQA 3VQQA 3OS1A 3HXMA 1NJYA 2B6AA 4FCYA 4HTUA 1U48A 4LY7A 3LP1A 4N41A 4M45A 3M8QA 3MEDA 4M3TA 2OPSA 3IAYA 1JL2A 4OKJA 4DSEA 2VG6A 4FLXA 4DQIA 4W5OA 1J53A 4H4MA 3TAMA 4K8XA 3IG1A 2HHTA 3BGRA 1BI4A 3SJJA 1Z25A 4F4KA 3RMBA 1J9AA 2EHGA 2LSNA 3QINA 4OGCA 4C8NA 2HNDA 3OYAA 4DF4A 3RWUA 3NH0A 4AHTA 3L2VA 3RR8A 2KTQA 3V1OA 1B9FA 3HL8A 3DLRA 4Z4EA 1CZBA 3QNOA 1KVAA 4FLZA 1NK4A 3C94A 2F8SA 1FXXA 2FBTA 4CJRA 4AHCA 3OYCA 3K59A 4FJNA 1BISA 3T1AA 3OS0A 3HP9A 1C0UA 3K58A 2XO7A 1ZBUA 3TARA 5DK5A 2WONA 2A1SA 3THVA 4EZ6A 4OPKA 5KI6A 3PO5A 2NUBA 1W9HA 2Z1GA 3ZSWA 4FLYA 2Y1JA 1L3TA 4M3UA 1BQMA 3S3MA 4F3OA 2ZD1A 4DTUA 3QESA 3QIOA 3ZSXA 4EP4A 5J2QA 3OYFA 3ZSYA 4IDKA 4DU1A 4KPYA 1NKCA 1WSJA 3LZIA 4N56A 3HO1A 2IOCA 3HPHA 4E3SA 2G8WA 1VSIA 4DFJA 3V9UA 4CHYA 3CFOA 4OGEA 5C25A 1NK8A 1UWBA 2G8HA 1TAUA 2YKNA 3VQCA 4HUEA 3U3GA 3I8DA 1ASWA 1TKZA 3P1GA 3A2FA 1KSPA 1WN7A 3G0ZA 1Y97A 4OJRA 4DLGA 4FJ9A 3ZT3A 1S6PA 4O4GA 4KHNA 4KHWA 4FVMA 3WNHA 2DY4A 4O0IA 1S5JA 4CF2A 4DLEA 5C42A 3HT3A 3K5NA 1RT2A 2QKKA 4CJUA 1JXEA 3S9HA 4KTZA 1RBVA 4I9LA 3VQ6A 1IG9A 1RBTA 4PQUA 4DMNA 2YHAA 4HUGA 2XRIA 4FLVA 3AO3A 2KZMA 4CEZA 3M8SA 2QK9A 1CXUA 1S1VA 4LH5A 4CIGA 3CFPA 1RCHA 1S6QA 3K5OA 3QEPA 1TV6A 1TVRA 4WE1A 4DTXA 2ZE2A 1VSKA 3NAEA 3QERA 3AA2A 3P5JA 3KIOA 2D0BA 3QETA 3QEVA 3L3UA 3LPTA 4DF8A 3V4IA 5JS2A 3V6DA 3HPGA 1JLFA 1C1AA 4FLUA 3LALA 4QCLA 1NKEA 3SUNA 1RBSA 1UOCA 2RKIA 4I2PA 3CYMA 4CK1A 4E0DA 3AA4A 3NBPA 5I42A 1HYVA 1WAJA 3O3HA 4O5BA 3L2QA 3QEXA 2XY6A 4BE2A 3S3NA 3TABA 1JXBA 4W5RA 3QO9A 4M3WA 2Z1JA 1U45A 4KFBA 3NCIA 4R5PA 1HQUA 1L3SA 4FYDA 1RBRA 1S1TA 4DTMA 3SUPA 2R7YA 1SKSA 1NJZA 4E1NA 1ZYQA 3OYEA 1U04A 1Q8IA 4BDZA 1RT4A 4HVJA 1JLAA 3SV3A 3SNNA 2HHUA 3AO4A 5KTQA 1RTHA 1WNSA 4CEDA 1C1BA 3L3VA 3F9KA 4KREA 3VQ9A 3IRXA 4H8KA 3LDSA 1VSEA 1SL1A 5HRPA 2HHVA 2ATQA 1DTTA 1X9SA 1QHTA 1VK0A 4B8AB 1NK6A 1W0HA 3HSTB 3S3OA 4M3XA 3MAQA 4DS5A 3HJFA 4FJLA 4Y1CA 3AVKA 3DRRA 4DTPA 1RTIA 2P51A 1UAXA 1R0AA 3NGZA 5KRTA 1SV5A 4CEQA 1SKRA 2HVIA 4F8RA 2PZSA 1GOCA 2RPIA 4CJWA 5FDLA 2X6SA 3EZ5A 2BANA 5CZ2A 4CK2A 1NK9A 4CFCA 4F2RA 4CGIA 3MXMA 1RBUA 5DMRA 4E7IA 3VQ8A 1RTDA 4AHUA 5J2NA 3AVMA 3NGIA 2XHBA 4DS4A 1TL1A 2F96A 1U47A 4KAZA 4J2BA 1VSLA 4W5QA 4DTOA 2P1JA 3TWHA 4CJLA 3TI0A 3OYMA 1NK5A 1BCOA 4JRPA 4CIFA 4E7KA 4Z4HA 3KK1A 4DTRA 1A5VA 4E7HA 3ISNC 4W5TA 4HCBA 2G8IA 1EKEA 4PUOA 1YT3A 4LH4A 1XI1A 1TKXA 4OKKA 4CERA 5HRSA 4J2AA 1HNIA 4CJPA 1FK9A 4CJ3A 1RILA 3TANA 4FJKA 3SV4A 3PV8A 4FJ5A 4ZTFA 2IAJA 4DQSA 3SQ1A 1XHZA 1HMVA 1O1WA 4CHPA 1RDDA 4M3YA 4FJJA 4CIEA 1UA0A 3FFIA 3QEWA 4XIUA 2FBXA 4I7FA 1JLBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EO3A 1Q18A 4M42A 3JSMA 3DM2A 4LSLA 3CJAA 1F21A 4FJ7A 3C6HA 4OKEA 4BR7A 2Z1IA 4Z4CA 5EY4A 1TUYA 3ZX3A 2OANA 3THYB 4PA1A 4C8MA 1UA1A 1W2BM 2RN2A 3DOLA 4FZXC 1KLNA 4CCHA 3CQYA 4QAGA 5B8HA 1VSJA 2DTUA 2QA4N 5LY3A 3T3FA 4CHQA 4FWPA 4CBUA 3NH2A 3DLBA 2KW4A 1J5OA 4DB3A 1QQNA 2X74A 1WSHA 1FW6A 1VQPN 4CESA 4CGHA 3MN9A 4RWTA 2W42A 4C8LA 1BCMA 1VQ8N 4BRDA 5MLCQ 4H0XB 3SJHA 3LP0A 5FRMA 3AGRA 4CEAA 3W3DA 2P9SA 4ELVA 1CXQA 4E1JA 4H4OA 5J2PA 2DFFA 3VENA 4CJVA 3OYHA 1VRUA 3AVGA 3WT0A 5J2MA 1KFDA 2GBZA 5C15A 3RMDA 5F2RA 3CC4N 3NE6A 3ATVA 1RT7A 3SPZA 3OYBA 4FVUA 1MU2A 3U8XA 4FLWA 3V9XA 2YKMA 3QDKA 5GAGP 2HMIA 4NYFA 4DV4K 4YOVA 1XC9A 3VEWA 3SQ2A 3KLGA 3HP6A 3C65A 1HUXA 2E88A 1C0TA 3HOSA 3FFKB 4A5BA 3THWA 1TYQA 3I55N 1BGXT 5GAHP 3EL2A 5M1QA 1IV0A 1J54A 3KHYA 1N36K 1YHQN 2UUCK 2HNZA 3QBWA 3H46O 4QOZB 4N5SA 4GVEA 3DAWA 4CW7B 5KPRA 5AFUH 1Q86O 4DKWA 5AR0A 4B9MA 4CHZA 1ZBLA 1WSIA 3DYAA 4B1WB 5ADXH 4JI3K 3AA5X 4B1XB 1D9DA 3SZ2A 3PUFA 3WQUA 4JK9A 1ATSA 4DSLA 3SI6A 1N6QA 3GG4A 3CIPA 5E84A 3ZX0A 1BQNA 3OS2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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