4E89A

Crystal structure of rnaseh from gammaretrovirus
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
PDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of xenotropic murine leukaemia virus-related virus (XMRV) ribonuclease H
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule keywords RNase H
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e89A00
3VQ5A 2DFEA 3KJVA 3JYTA 1MU2A 2Z1GA 3QLHA 4I2QA 4KO0A 3OYCA 1D8YA 4IKFA 3L2QA 4FJKA 4FJ7A 2FBYA 2OPRA 2BDPA 2OZMA 3A2FA 5T7BA 5HLFA 4J2AA 3OYIA 3AVBA 3AVHA 4HCCA 3SQ1A 2HHQA 2D0BA 4AHCA 3H08A 4CESA 1KRPA 4FK0A 5FRNA 4PWDA 1EETA 4CFCA 3VQ8A 4DQQA 4F8RA 3SQ4A 3O4QA 2B6AA 3VQDA 2IGIA 4CIFA 4F4KA 3O4NA 3RMDA 1L3UA 4CJEA 1RNHA 2HHXA 2PYJA 4CHQA 2RKIA 3LP1A 4E0DA 4ELUA 5HRNA 3AVJA 4OPJA 4RW4A 3KK2A 1DLOA 3ZT4A 5KGXA 2X6NA 4B9UA 4Z4CA 4GW6A 4I9LA 1RT5A 4M3YA 4IG0A 2FBXA 1KVAA 3SQ2A 3BGRA 2AJQA 1B9DA 3O3HA 4BDPA 4CJTA 1LWFA 4DWIA 4DLGA 3OS0A 1KLMA 4M41A 1R0AA 3RR8A 3U6FA 3B6PA 2G8VA 2P5OA 3HP6A 4J2EA 3QEWA 3AO2A 3DLRA 3OYFA 1N5YA 3ISNC 3DLKA 4Y1DA 1G15A 3OYEA 1T03A 3PX4A 3QERA 1KCFA 4LD0A 4HCBA 3CFRA 3DM2A 4B9LA 4I7FA 3SQ0A 3OYAA 3LZIA 1D9FA 2KTQA 4CGIA 2E4LA 2EHGA 4DG1A 2E6MA 5J2MA 1C1CA 3DLEA 3VQ9A 4CFBA 3V81A 4Z4FA 4KKOA 4FLUA 4DF8A 4H8KA 1LWEA 4FJLA 4L8RB 4XIUA 1C0MA 4FLYA 1QE1A 4E7KA 3OVNA 4KHUA 4B9SA 4N5SA 4O55A 3K5NA 2YHBA 2HVHA 1TVRA 3RRHA 4CGJA 3AA3A 4ICLA 3SV4A 1RBVA 2OZSA 2DFHA 1JXEA 3C6TA 3NFAA 4DS5A 3V9UA 3QNNA 4CGHA 3NH1A 2G8KA 5CY4A 1TKZA 4J2BA 3S3MA 1BIUA 4FZZA 3ZSQA 3OYLA 2R7YA 3PY8A 1X1PA 4DTNA 1TK5A 1NJYA 1JLBA 1ASWA 5CYMA 1RDAA 2A1RA 2XHBA 1NKBA 3K2PA 5FRMA 4FM2A 1FXXA 3ITHA 1GOBA 4HVJA 4FCYA 3AO4A 3DRPA 3SI6A 1QSSA 2G8WA 1EKEA 3TR8A 3KD5E 2HHUA 4UQGA 2YKMA 3HO1A 3D0PA 2XY7A 5KTQA 3THVA 4FJIA 3PX6A 1W0HA 3HP9A 3AVGA 3I0RA 4FW2A 3L2UA 2HNYA 4GVMA 3HT3A 3VA3A 3TANA 1NKCA 3KTQA 1I39A 4KTQA 4EP4A 1IKXA 5CZ2A 4E89A 1SUQA 3KLEA 4FJ5A 2QKBA 3VA0A 4DSIA 4ZTFA 4KTWA 3NF6A 5HRSA 1RBUA 1YVUA 3P83D 4M42A 4Z4IA 3PV8A 2F8TA 1S6QA 1C1BA 3JSMA 1VK0A 4FJNA 1BQNA 4N47A 4FJXA 4CEBA 1B9FA 4LSLA 4CEQA 2D5RA 3ZSYA 3VQ7A 1XC9A 2QK9A 1TKXA 1VRTA 2DTUA 1D5AA 2WONA 1JL1A 5HRRA 4CJLA 1IG9A 4BE2A 3LP2A 4FYDA 1CLQA 1JLFA 4DQSA 4LY7A 4AHSA 3QIOA 1WSJA 3AA5X 3HM9A 4I2PA 4N76A 1K6YA 3TARA 2YNGA 4B9NA 3IG1A 4C8NA 3KLIA 2BE2A 3LALA 4FLZA 2O4GA 4CIGA 1I3AA 1RILA 1VSLA 3P1GA 4CJUA 1ZBLA 4K8ZA 4DTSA 2PYLA 4B9TA 1KVCA 2IC3A 4C8MA 3SPZA 1S9GA 4PY5A 1F21A 1GOAA 2VG6A 3AA2A 1D9DA 4FJJA 3K5OA 1FKPA 3VQQA 4ID5A 1JXBA 4CERA 3ULDA 3KLFA 4KI6A 4QCLA 2W42A 1W9HA 5SZTA 1FK9A 3ZCMA 4AHRA 1SL0A 3C94A 4HHTA 1N6QA 1U4BA 4FZYA 3LWLA 3CQ8A 4Q0BA 4RW9A 1RT2A 2NUBA 3EYZA 3MAQA 3U3YA 1ZBHA 1BCMA 3TAEA 2B4JA 3OS1A 3OYHA 4BDYA 1TGOA 1JLQA 1JLGA 4CF1A 1CXUA 1TAUA 4ELTA 3NGYA 3OY9A 1C0TA 4CEOA 3LP3A 4E3SA 4JRQA 1U48A 1S6PA 2HHVA 1LW0A 4LSNA 1IO2A 2DY4A 4N41A 2ZD1A 3HPGA 3QEIA 3LPTA 1L3TA 3RWUA 3DMJA 4FLXA 4OKKA 2OPSA 3AO3A 3L2RA 4EP5A 3SUOA 3NF9A 1BIZA 4H4OA 2F96A 2HNZA 1KFDA 2D0CA 4E7HA 3VQAA 3P5JA 4CF8A 4BE1A 2Y1JA 3HPHA 4DU1A 1J54A 3NF8A 3LAKA 4OJRA 2PZSA 1EXQA 3SV3A 1XI1A 1SKWA 3AVKA 4Z0UA 4E1NA 3SYZA 3OYGA 3I0SA 3QINA 2XO7A 3HJFA 1RTIA 1UA1A 1L5UA 1BI4B 2P5GA 4KPYA 2HHSA 1XHXA 1IH7A 3SUPA 1HYZA 3AVIA 4DU4A 1A5VA 4CK3A 1UWBA 4Z4HA 3I8DA 5SWMA 1BGXT 4DFPA 1QSLA 3PO5A 1HQEA 5FDLA 3OYKA 1KLNA 4AHVA 5JS2A 3ZSRA 4FM0A 3NCIA 1NOYA 4DSLA 2XY8A 5DMRA 4G1QA 4CHZA 5J2QA 2XY6A 3EZ5A 3QEPA 1VSDA 1RCHA 3O3FA 1RT3A 1X9WA 1BL3A 4DFKA 4KV8A 1HYVA 4B08A 1RBSA 4NYFA 2XY5A 3RMBA 3VQ4A 1S1UA 3ASMA 1WSIA 2KQ2A 3EY1A 1TL3A 4IFYA 3V9SA 1HPZA 2IDOA 4CK1A 3WNGA 3C95A 3OS2A 1IKYA 3VQEA 2HNDA 1FKOA 3DLBA 3AO1A 1HJRA 3NH2A 1NJZA 2PY5A 4DSFA 2JGUA 3DOKA 4DFJA 1LAVA 1NK4A 2YNFA 2E6LA 5HBMA 3CFPA 3TAQA 1TL1A 1CZ9A 3KIOA 4LH5A 1U45A 3ZT1A 4O4GA 3K5LA 1RTHA 5C24A 3DLHA 5C42A 5JS1A 4Y1CA 3OYMA 4C8KA 1RBRA 4HUFA 4FZXC 4CEDA 2ZE2A 1JLAA 5KRTA 1QSYA 3WNFA 3OJSA 4RW6A 5CYQA 4W5QA 3AVNA 3ZSZA 4KI4A 3KD1E 3S9HA 1QS4A 1S1TA 3V1RA 1U49A 4CK2A 4KHQA 4CJRA 2YNIA 4OGCA 3ZSVA 3ZT2A 4FJ9A 1YTUA 3OYJA 1NK5A 1JL2A 4DF4A 1WAJA 4EZ6A 1JKHA 3HYFA 4BWJA 4KB0A 3L3VA 3MECA 1VSIA 1NK9A 3RMCA 2P1JA 4IDKA 2IS3A 4O44A 1RDBA 4RW8A 4DQIA 1RT1A 2HVIA 1VSJA 2YV0X 1HYSA 3SUNA 4BWMA 1S1WA 3V9WA 1TAQA 1VSMA 4BDZA 4E7JA 2GUIA 4M3RA 4AHUA 1HNIA 1S5JA 3MEGA 4IFVA 3CM5A 1NKEA 1UOCA 2YNHA 1CZBA 1C1AA 2YHAA 3C6UA 1BHLA 2HMIA 4DTMA 4K8XA 1CXQA 4RW7A 3VQCA 1SKRA 2XRIA 3RTVA 3LP0A 2OYQA 4KAZA 1NK7A 2RPIA 4TSXA 4CE9A 1TV6A 1WLJA 3HVTA 3ZT0A 1B92A 4CJWA 3OYDA 4DS4A 4DU3A 1L3SA 4CFAA 4M3WA 3U3GA 1LWCA 1GOCA 3SNNA 1NK0A 5K14A 2OPQA 3DRRA 4CHPA 1ITGA 1T8EA 2G8FA 1ASUA 3KLGA 4FXDA 1SV5A 1QHTA 4QOZB 2OA8A 3PO4A 1DTTA 3IS9A 4CEZA 4CHYA 3RMAA 4LH4A 1JLEA 4JS4A 4PA1A 1BI4A 4FLTA 2ETJA 4MFBA 3M8QA 2WOMA 2Z1JA 1RBTA 2P51A 3PUFA 3VQ6A 1Q8IA 3L2WA 1XWLA 3MEDA 4NCGA 5J1EA 1TKDA 5I3UA 1QTMA 2KFZA 1RTJA 5CZ1A 4KHYA 4CJ3A 4KB1A 4JRPA 1RT4A 4CIEA 4F3OA 4HUGA 1VSKA 2HB5A 1ZBUA 3LAMA 3M8SA 4FLVA 3ALYA 2LSNA 3O3GA 3K59A 4M3UA 4KREA 4W5OA 4IBNA 1A5XA 4CJ4A 4R5PA 3IAYA 4CCHA 3HL8A 2Z1IA 3NGZA 4CF2A 2HHWA 1SL2A 4AH9A 3OJUA 3QIPA 2DFFA 1KFSA 3RR7A 2VWKA 3LANA 4JLHA 3LDSA 4OPKA 5J2PA 3T3FA 2QXFA 4QAGA 4CJKA 3SPYA 1DTQA 2VG5A 1SL1A 4ELVA 4FJHA 4J2DA 2RF2A 1NK8A 1BCOA 2X78A 4DMNA 3LPUA 4Q5VA 4N56A 3NH0A 3V4IA 1U47A 4DSKA 3HVRA 3NAEA 4DTXA 1WSEA 4PUOA 4M3XA 3ZT3A 1S1VA 1QQCA 1VRUA 1WN7A 1LV5A 4Z4GA 4FLWA 3L8BA 1EP4A 4DQRA 2KW4A 3NBPA 4Z4EA 1HMVA 2FBVA 1EX4A 1RT7A 2EX3A 5C25A 3WNEA 2FBTA 1XHZA 4CF0A 1LAWA 4B9MA 3CFOA 1T05A 4EZ9A 4CEFA 1JLCA 2D0AA 3VN5A 4W5RA 2VG7A 3SUQA 4E19A 1ZYQA 4DFMA 1C0UA 4DTUA 4OLAA 4CJ5A 3OYNA 3M8RA 3QEXA 4RG8A 4HTUA 2ATQA 4CF9A 3QEVA 4JS5A 3WNHA 5I42A 4ZTJA 3AA4A 3DRSA 3NDKA 3K58A 3CG7A 1T7PA 3V1QA 4DQPA 4CEAA 2OPPA 3MXMA 4WE1A 4M3ZA 1ASVA 1HRHA 1VSFA 3T1AA 5KI6A 4B8CA 4MQ3A 3HPOA 3M8PA 1KSPA 2FC0A 4ID1A 4CHNA 1X9SA 3KKRA 1L3VA 3TABA 4DSEA 3ZSXA 4B9VA 4FVMA 3DLGA 4OGEA 3KK1A 3AO5A 3IRXA 2Z1HA 4HUEA 5DK5A 4F2RA 4ZHRA 1YTAA 3FFIA 1WSFA 4M3TA 3PX0A 3ZSWA 4CJPA 4E7IA 5HROA 1WNSA 1BISA 3NF7A 2Q3SA 3G0ZA 3TAGA 1RTDA 5E41A 3E01A 3KK3A 3NGIA 1O1WA 3TAPA 4IG3A 4C8LA 4CGGA 3NE6A 4FK4A 3NHGA 3HSTB 1RDDA 1Y97A 3V9XA 3HK2A 3DYAA 1VSHA 2RN2A 4W5NA 1VSEA 3AVFA 3QETA 4KRFA 4AILC 4CGDA 2IAJA 3SCXA 3F9KA 1NOZA 3K5MA 3QNOA 3V6DA 4B3OA 4F3TA 2HW3A 2KZMA 3TWHA 4KHSA 3ZSOA 4FM1A 2HHTA 2G8HA 4E1MA 1ZBFA 4BACA 2QKKA 4M45A 4CEEA 3SJJA 4FJ8A 2ZQBA 3TI0A 4O0IA 3TAFA 4KHWA 3AVCA 4CJFA 2BGGA 3AV9A 3DOLA 2JLEA 4GMJB 2G8IA 4CHOA 1Q9YA 4CJQA 2I5JA 4YFUA 4AHTA 2BANA 2YKNA 1WAFA 1U04A 5EU7A 1IKVA 1NJWA 3UIQA 3MXIA 1HQUA 1UA0A 5J2NA 4I9QA 4KTZA 4B8AB 3QESA 3D45A 3B6OA 4NYNA 3F73A 2B5JA 4NCBA 1A5WA 3LZJA 3L2VA 2ITGA 1BQMA 1KTQA 1REVA 3MEEA 4KFBA 4OKJA 5D3GA 3CM6A 4DTRA 5KGWA 1WSGA 4FK2A 1IKWA 3RRGA 4DSJA 4W5TA 3LWMA 3L3UA 2IOCA 4DTOA 4F2SA 1ZBIA 1LW2A 2A1SA 4CGFA 1HNVA 1J9AA 3KKSA 3AVAA 3AVLA 4YNQA 4CECA 2VWJA 3OYBA 3AVMA 3VQBA 4E7LA 1Z25A 1C6VA 4OVLA 2GBZA 4PQUA 3QO9A 1SKSA 4DTJA 4FW1A 3S3NA 3S3OA 1TK0A 3G10A 4H4MA 4CJSA 4C8OA 4O0JA 4KHNA 5HRPA 1J53A 3CYMA 4CJVA 2Y1IA 1YT3A 4FJMA 3HXMA 3K57A 3TAMA 5FROA 4NCAA 1NJXA 1NK6A 5HP1A 2GV9A 1Z26A 4BE0A 2KZZA 2KFNA 2X74A 3BDPA 4FJGA 3VQPA 1S9EA 4DLEA 3V1OA 4OLBA 1KVBA 3SZ2A 2F8SA 1WSHA 1J5OA 2O4IA 5KRSA 2G8UA 3MXJA 1UAXA 3T19A 1Q9XA 4DTPA 1RDCA 3DI6A 4O5BA 3V9ZA 3KLHA 1S1XA 1TKTA 4CFDA 1X9MA 1TK8A 4OKEA 2X6SA 1RT6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KJVA 1D8YA 3EN9A 4EHTA 5JMVA 3J81O 2O8BB 2WTUA 2OPRA 3SQ1A 2JWLA 4CESA 4GVEA 3VQ8A 3RVCA 3SQ4A 3H6EA 3O4NA 1L3UA 3UE5A 4BRGA 4E0DA 1GLFO 4OPJA 4RW4A 4BR5A 3AARA 4Z4CA 1OH5A 4GW6A 4G9ZA 4JHDB 1GLAG 3O3HA 4CBXA 4DWIA 4BREA 4DLGA 2KLAA 3OS0A 1R0AA 5GAGP 3HP6A 1YIJN 3VEWA 2IIRA 4CZHA 3ULEA 2HMPA 3DLKA 1VQPN 1T03A 5C0YA 3CI5A 3PX4A 2WUSA 2P9SA 4B9LA 4I7FA 3SQ0A 2E2NA 3LZIA 1D9FA 5HL7L 1YF5L 3DLLL 4Z4FA 4FLUA 4DF8A 2V7ZA 2F9WA 2JWKA 4WQ4A 4E7KA 3OA9A 4N5SA 4O55A 3MX5A 4B1UB 2YHBA 3GBTA 3O9TA 5AZJA 3C6TA 3V9UA 4CGHA 5CY4A 4JN4A 2QWPA 1N8RO 5CYMA 2A1RA 4FM2A 4HVJA 2G8UA 2PFUA 3AO4A 3KD5E 4UQGA 2XY7A 1W0HA 3AVGA 5AQLA 3KTQA 5LMUK 3I33A 3TANA 3VA3A 1IKXA 5CZ2A 1HUXA 2W41A 3KLEA 4FJ5A 2QKBA 1RBUA 1YVUA 1GLDG 4IFEA 1BQNA 2HF3A 4B3MK 1NGFA 1YITN 1VRTA 4KH4A 1D5AA 3EZWA 4JKFA 4FYDA 4A61A 4DQSA 1RDUA 3HM9A 1K6YA 4NB4A 4B9NA 4C8NA 2ASPA 4JI5K 2D4WA 2BE2A 4FLZA 4CJUA 1BA0A 4M7XA 5LJVA 1KVCA 1NGJA 4C8MA 3VETA 4PY5A 2VG6A 4FJJA 3ATUA 3ULDA 3KZBA 4ISGA 1FK9A 2O8DA 4WF9L 2QWMA 3CJ1A 3IDHA 1KQSM 5M1KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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