4E89A

Crystal structure of rnaseh from gammaretrovirus
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
PDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of xenotropic murine leukaemia virus-related virus (XMRV) ribonuclease H
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNase H
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e89A00
1JL1A 4BWMA 4CJEA 1BI4A 4I2PA 3AVFA 3QIPA 4OPJA 2RPIA 1TVRA 3I0RA 1VRUA 1NK9A 1D8YA 4CEOA 4E7KA 3VQ7A 4FK4A 3QIOA 1NK8A 1U48A 3HT3A 4B9MA 2DFFA 1RT5A 5HRNA 3L3UA 3OYFA 1TL3A 1F21A 4FJJA 4CF1A 1ASVA 1KSPA 3OYNA 3ZT0A 1JLBA 3LAKA 3MEEA 4C8MA 4CEEA 2BDPA 4DSJA 5HP1A 1XC9A 3AVGA 3OYDA 3KKRA 5J2QA 4BDZA 1RT3A 3V1OA 4EP4A 3VQEA 3V4IA 1W0HA 2IAJA 3HPHA 5FDLA 1FKPA 1S1TA 3OVNA 3KK2A 1ZBLA 1RTDA 3VQ4A 2FBTA 1IKVA 4DTUA 4FCYA 1ZBFA 3NH1A 4FLTA 4CF8A 1L3VA 3WNGA 4CF9A 3V9XA 4CJ5A 3KTQA 3VA0A 1C0TA 4FVMA 3SV3A 4FYDA 3BDPA 1I39A 3DLGA 3QNOA 3SUPA 4RW7A 1KTQA 4KREA 3RTVA 4CGHA 2O4IA 3SZ2A 4E7IA 1DLOA 2QXFA 3QLHA 2NUBA 4KTWA 3ZT1A 5JS1A 4F2SA 1EXQA 3WNEA 4OLBA 2BE2A 3ZSWA 4CERA 1BHLA 4RW8A 4F2RA 1RDCA 3NGYA 3DM2A 1WN7A 4HCCA 5HRSA 4M45A 1J53A 4W5QA 3VQ9A 3OS1A 2OPQA 3ASMA 3KKSA 4DTOA 1TKTA 2YKMA 4CF2A 2Q3SA 3AVMA 1UA1A 1NKCA 3C95A 1TGOA 1CZ9A 1RDBA 4DLGA 4BDPA 4FJIA 4M41A 4PUOA 4AHVA 3ZSYA 1X9SA 3UIQA 5HRPA 2HHWA 2HMIA 4W5TA 2FC0A 4KO0A 3TAPA 3DRRA 4B9UA 1VSKA 4KHQA 4AHCA 5KI6A 1IG9A 1EKEA 3LPTA 1YT3A 3OYBA 3MAQA 4KHNA 2YKNA 1A5XA 3QEIA 1TKZA 4H4MA 3NDKA 3KIOA 3RWUA 1IKWA 4DSEA 4Z4HA 4F4KA 4E7JA 2ZQBA 3K5MA 3QNNA 3OYJA 4LSNA 4ZTJA 3AVAA 2RN2A 3C6TA 1VRTA 4DU3A 5CYQA 3OS0A 1LV5A 3AO3A 3TAMA 4G1QA 4DFPA 5FRMA 5J1EA 4Q5VA 2F8TA 4KHUA 2KQ2A 3AO2A 4KFBA 2P5OA 1NKBA 1C6VA 3AVNA 1BCOA 1MU2A 3ZT4A 1HYVA 5KRSA 4NCBA 1RDDA 2JGUA 2PZSA 1JLAA 1VSDA 3ZT2A 3LANA 4CJTA 1TKXA 1IO2A 2HHVA 3TI0A 2E4LA 3NH0A 5CZ1A 1YVUA 1Z26A 4K8XA 4M3UA 1QS4A 1RT1A 3MXMA 4FJHA 1ITGA 4RW9A 3PY8A 1D5AA 3VN5A 3L2RA 4DTXA 1SKSA 4EZ6A 4DQIA 1RCHA 2YNIA 1QSLA 3AA4A 3THVA 3TAQA 4FM1A 4J2AA 3K5NA 2HVHA 1WAFA 4FJNA 4W5NA 3MEGA 3RMAA 3RRGA 4O5BA 4DTPA 4CK3A 3EZ5A 3PX6A 4CFCA 1SL1A 3HK2A 1S6QA 1XWLA 4YNQA 1J9AA 5HLFA 1UWBA 2KFNA 1TKDA 1FK9A 3TAFA 4FJ9A 4I9LA 4FLXA 4CGIA 4FJ5A 4B3OA 1TAQA 1QQCA 3PX0A 2ITGA 4ZHRA 4CGFA 4KAZA 1KVBA 4CJWA 1NOYA 4QOZB 1RILA 3NFAA 3NAEA 2VG5A 5HRRA 2KFZA 4OGEA 3QO9A 1HNVA 1C0UA 3LALA 4M3TA 1NJYA 4CCHA 4N41A 1WSEA 1D9DA 2HHQA 2B4JA 3CFOA 2P1JA 3ZSZA 2A1RA 4HCBA 1S1VA 3K59A 3T3FA 4DSLA 4JRQA 3VQ5A 3LWMA 1L3TA 3VQBA 3HXMA 4E7LA 1KFDA 1L5UA 1VSJA 4DS5A 1WSGA 3O3FA 1S6PA 4B8AB 3OJSA 2E6LA 4CJLA 3NGIA 4KPYA 1W9HA 4HHTA 2OPSA 2YNFA 4KRFA 1KFSA 3RMBA 3TAEA 3LZIA 4KI6A 4N76A 2XY6A 1JKHA 1GOCA 1JLCA 4CJUA 4OLAA 1NJXA 1JLFA 1LWEA 3KK3A 2O4GA 3TARA 2FBXA 4N56A 1C1BA 1KRPA 4Z4EA 4AILC 4J2EA 3PV8A 3SPZA 4FW2A 4CEFA 3K57A 3LZJA 3ALYA 2OZSA 1QTMA 2XY7A 3DRPA 4LH4A 2HNYA 3T1AA 4FJKA 4B08A 2DFHA 1T03A 1RTHA 3DOKA 3DOLA 3K58A 3SUNA 4AHTA 2HHXA 1SKRA 4I9QA 5C24A 4KV8A 4FXDA 2X6NA 3IG1A 4CEBA 4CFDA 2Y1IA 4Y1DA 4FZYA 3F9KA 4BACA 1HNIA 4OKJA 3ISNC 4M3RA 3DLRA 4CJFA 2R7YA 3QEVA 1C1CA 5C25A 4B8CA 4MFBA 4OJRA 3RRHA 2DY4A 4CEAA 3LDSA 1UOCA 3AA5X 1KVAA 4CJSA 3MEDA 2PYLA 3K5OA 1EP4A 3SUQA 4F3OA 2VG6A 3D45A 3LAMA 3G10A 4CHQA 3SNNA 1CLQA 2B5JA 2YHBA 3DLKA 1X9WA 4M3XA 3B6OA 3M8PA 1JL2A 4DS4A 2KZZA 2Z1IA 4C8NA 4FM2A 4KB1A 4J2DA 4CJKA 2Z1HA 3NF9A 1BIUA 1BQNA 3LP2A 4E1MA 5SZTA 3OYKA 3V9ZA 3PO4A 3NF7A 1B9FA 3AO4A 4FJ8A 1BQMA 3H08A 3HSTB 4W5RA 2G8VA 4CEZA 5KGXA 3G0ZA 3ZSQA 5HROA 2HW3A 1ZBUA 2Z1JA 3AVLA 3PUFA 2HNDA 4IG3A 5FROA 3QESA 4N47A 5SWMA 1LAVA 4FLUA 3KD1E 3HO1A 4CJRA 2B6AA 4B9LA 4UQGA 1S1XA 1L3UA 3HL8A 3T19A 3MXJA 4NCAA 3M8QA 1Q9YA 4FM0A 1JLGA 1BI4B 4DTNA 2X6SA 3K5LA 4O0IA 3VQ6A 2XY8A 4KTZA 3ZSRA 4HUGA 2D0CA 1S1WA 2XRIA 4JLHA 4RW4A 4CECA 3HM9A 4DFMA 3RMCA 1G15A 1DTTA 1JXBA 1WSJA 1T05A 2IGIA 3RR7A 3O4NA 1LW0A 4FW1A 3OYGA 3TANA 3IRXA 2VWKA 3P83D 4CESA 2VG7A 3U3GA 4GVMA 4E7HA 4FJ7A 4PY5A 3WNHA 3U3YA 4LY7A 3VQDA 3AA3A 4QAGA 4DSKA 4GW6A 3LWLA 2OPPA 3AVJA 4BWJA 4E3SA 3RMDA 3L8BA 4EZ9A 4AH9A 2WONA 3D0PA 4DFKA 4DFJA 2A1SA 3SI6A 1VSHA 4FLVA 2YNGA 5J2PA 4M42A 4NYNA 1RBTA 1LAWA 4WE1A 3AO5A 1BCMA 2LSNA 4JS5A 3OYLA 3SV4A 2BANA 3O4QA 5J2NA 2PYJA 4C8OA 4CHPA 4PWDA 4Z0UA 3IS9A 4DMNA 3M8RA 1KCFA 1R0AA 3CFRA 4RG8A 2EX3A 2D0BA 2DTUA 4EP5A 3KJVA 3VQPA 4DF8A 4CHOA 4CK1A 5KRTA 3DMJA 3M8SA 1Z25A 3NH2A 2VWJA 3HPGA 3ZSOA 1UAXA 2X78A 1XHXA 1VSLA 4HUEA 2ETJA 2I5JA 3AO1A 5T7BA 3NGZA 3O3GA 1T8EA 1VSEA 4ID5A 3OYMA 1O1WA 3OYCA 3KLEA 2GBZA 4CHZA 3SUOA 1RT4A 4FJLA 4Y1CA 2ZD1A 4QCLA 4B9NA 4K8ZA 2ZE2A 4NCGA 3A2FA 3OJUA 4JRPA 1RBSA 3TAGA 2G8FA 1SL0A 4R5PA 2HVIA 3L3VA 2ATQA 3ZCMA 1HQEA 3CG7A 4NYFA 1K6YA 1REVA 1WSIA 3VQ8A 1QHTA 2HHTA 3V6DA 3VQAA 3OYEA 3L2QA 1VSFA 4OVLA 1WAJA 1T7PA 1WNSA 4KHSA 1YTUA 1U45A 3HYFA 4DTJA 1HYZA 3S3MA 4FJGA 1FXXA 3TABA 4Z4CA 1CXUA 3OYHA 2BGGA 3DLBA 5KGWA 3EY1A 4PQUA 4CEQA 1JLEA 1RBUA 2KZMA 4H4OA 3NHGA 4CJPA 4B9TA 2RF2A 1BIZA 1HMVA 2FBVA 2YHAA 2Z1GA 4BDYA 4C8KA 1L3SA 2XY5A 1CZBA 1S1UA 1U49A 1GOBA 5CYMA 4KHYA 3S9HA 1ASUA 4TSXA 3KK1A 4FLYA 3QEXA 4F8RA 1TL1A 4FZXC 1GOAA 1DTQA 1J54A 4DQSA 4FZZA 3CM6A 5D3GA 5J2MA 1NJWA 1UA0A 1NK7A 4OKEA 2P51A 2G8UA 1RT7A 1ZBIA 4CJ4A 4CFAA 3L2VA 3VA3A 1TV6A 3V1QA 3JYTA 3F73A 2OYQA 2OPRA 3SQ0A 1VSMA 4DSFA 3CFPA 2YV0X 3IAYA 2IC3A 3B6PA 3LP0A 3DRSA 4O44A 3V9WA 1NK5A 2JLEA 3K2PA 1RTJA 3DLHA 4FLZA 4F3TA 3SPYA 4KI4A 3QEPA 1C0MA 1I3AA 3KLIA 3NBPA 4IG0A 4BE0A 4IFVA 1FKOA 4FK0A 3OY9A 5I3UA 1TK8A 2OA8A 4Z4IA 2AJQA 4DQPA 2F8SA 4DWIA 1Q9XA 1LWFA 4LD0A 4AHRA 4CF0A 1U04A 3LPUA 3JSMA 3QETA 4HUFA 5E41A 3ZT3A 2GV9A 1RNHA 4BE1A 3PO5A 2IS3A 4H8KA 4CHYA 4J2BA 1HJRA 2HNZA 5JS2A 5I42A 4CEDA 4B9SA 3AV9A 2QKBA 4ZTFA 1X9MA 1QSYA 3NE6A 3MXIA 1A5WA 1S9EA 1SV5A 4CJ3A 4E19A 4W5OA 3DYAA 3O3HA 1XHZA 1U4BA 3AVKA 3OYAA 3SJJA 1J5OA 2HHUA 3TR8A 1BGXT 2GUIA 4IDKA 3DI6A 4I7FA 2FBYA 5DK5A 4IKFA 3KLFA 5KTQA 1S5JA 3L2WA 2DFEA 3P1GA 1NOZA 4LH5A 4AHSA 1X1PA 4CJQA 3E01A 1RTIA 3HVRA 3SCXA 3KD5E 3NCIA 5DMRA 4CIGA 1HRHA 1EETA 1WSHA 1NKEA 1TK0A 2WOMA 2W42A 2P5GA 2F96A 2Y1JA 4DLEA 5FRNA 1TK5A 1KVCA 3AA2A 1RBVA 3WNFA 1IH7A 2D0AA 3CQ8A 3ULDA 1VK0A 4DQRA 4DTSA 4MQ3A 1RDAA 1QSSA 2G8IA 3NF8A 1NK4A 4Z4GA 1SUQA 5EU7A 3ZSVA 3AVHA 1Q8IA 1NJZA 4C8LA 1RT2A 4E1NA 3TWHA 3LP1A 4CGGA 1ZBHA 4DU1A 5HBMA 3SQ2A 3I8DA 3V9UA 1XI1A 1LWCA 3SYZA 3QERA 3HPOA 2HB5A 2QKKA 1ASWA 3HP9A 4E0DA 3AVIA 4DF4A 2OZMA 4OKKA 3EYZA 4KTQA 3V9SA 1Y97A 2IOCA 2E6MA 3ITHA 4HVJA 3VQCA 4Z4FA 4FLWA 5CZ2A 3C6UA 4B9VA 1RT6A 4L8RB 1HPZA 4IBNA 4KHWA 2HHSA 3I0SA 3HVTA 4OGCA 3OS2A 1LW2A 4HTUA 1ZYQA 2G8KA 4FK2A 4JS4A 4KB0A 4FJXA 1D9FA 4ELUA 1RBRA 4LSLA 4RW6A 3VQQA 4CGJA 2PY5A 1N5YA 1IKYA 1S9GA 1SL2A 2KW4A 4CFBA 1JXEA 3S3NA 1CXQA 4CIEA 3V81A 3V1RA 4DTRA 3L2UA 3SQ1A 2IDOA 2G8HA 3DLEA 3LP3A 4ICLA 1NK0A 4KKOA 3SQ4A 3KLGA 1KLNA 3KLHA 3NF6A 5C42A 1C1AA 3OYIA 4M3WA 1IKXA 4YFUA 1YTAA 1NK6A 4M3YA 1BL3A 2XO7A 1KLMA 4DQQA 4CIFA 1SKWA 4N5SA 1HYSA 1VSIA 2X74A 4O4GA 1B9DA 4DTMA 4IFYA 1A5VA 1BISA 4GMJB 4ID1A 2QK9A 1JLQA 2EHGA 4CE9A 4XIUA 3AVCA 1QE1A 2D5RA 4CGDA 3PX4A 3QINA 5K14A 3U6FA 4I2QA 2G8WA 4FJMA 3BGRA 4O55A 3C94A 4Q0BA 4OPKA 3AVBA 3FFIA 4AHUA 4CHNA 3CM5A 1U47A 5CY4A 4M3ZA 4O0JA 3CYMA 4DG1A 3QEWA 1WLJA 4CK2A 4E89A 3S3OA 4CJVA 4ELVA 4DSIA 4ELTA 1EX4A 1WSFA 4PA1A 1B92A 2YNHA 3P5JA 4DU4A 2XHBA 1N6QA 3HP6A 3HJFA 3ZSXA 1TAUA 3RR8A 3MECA 1HQUA 2KTQA 2RKIA 4BE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FLCO 4CJEA 5C2FA 3AVFA 3QIPA 4OPJA 3U8XA 3C7NB 5TKYA 1D8YA 4CEOA 4BVPA 3VQ7A 5ELZA 3QIOA 3W3DA 2DFFA 3OYFA 3J7YP 1TL3A 3UB5A 3ZLJA 1XC9A 5GIOA 3AVGA 4B3MK 4BDZA 2O8FA 1W0HA 3VGLA 4L3QA 2WC9A 4BGAA 4BC3A 3KK2A 1ZBLA 4H0TB 3E9PA 4FCYA 4FLTA 4CF9A 4A61A 5AQOA 1I39A 3ZETB 3DLGA 3SUPA 4FO0A 4RW7A 4KREA 3RTVA 2QXFA 4KTWA 2P9IB 3OBWA 4JKDA 2BE2A 3ZSWA 4BR4A 4CERA 3OS1A 3RSEA 4DTOA 5AQRA 1UA1A 2EWSA 3C95A 1NKCA 1CZ9A 4OLAA 4PUOA 4AHVA 2O8BA 5I9EB 2HMIA 2FC0A 2Q36A 3DRRA 1EKEA 2Q1NA 3LPTA 2YKNA 2J4RA 1VHXA 4H4MA 3NDKA 3KIOA 4E7JA 3QNNA 3CJCA 1WB9A 4IWVA 2W6LA 4DU3A 1K8KB 5LMUK 1GLEG 4Q5VA 2F8TA 4KHUA 3AGKA 4WQ5C 5AQMA 1C6VA 3ZT4A 1BCOA 1OKJA 1RDDA 2PZSA 3LANA 3FZMA 4JKCA 4CW7B 3NH0A 5AQXA 1Z26A 1QS4A 1D5AA 4BRLA 2A41A 5FLXO 3THVA 4FM1A 4H0VB 1WAFA 4W5NA 3MEGA 4DTPA 4K41A 5JICA 4GNIA 5B8HA 1J9AA 2KFNA 1TKDA 1ATSA 2ZJPL 4JV5K 4ZHRA 4QOZB 4FWPA 5HRRA 3QO9A 1W97L 1C0UA 2O8DA 4CCHA 1WSEA 3CCLN 2HHQA 2B4JA 3CFOA 2GWKA 3LWMA 3DJCA 3VQBA 1L5UA 4E7LA 4DS5A 5AQFA 1NGFA 4B8AB 3OJSA 2A6AA 2E6LA 4YOYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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