The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI4 K; 4DR6 K; 4B3T K; 4DR4 K; 2UU9 K; 1N36 K; 1I94 K; 4DR2 K; 4DUZ K; 4DV0 K; 4X65 K; 4CVN E; 4DUY K; 5FLX O; 4JI6 K; 4X62 K; 2UXC K; 4LFA K; 4DV3 K; 4LF7 K; 4LFB K; 4JI5 K; 2E5L K; 4YY3 K; 5IWA K; 4DR3 K; 2HHH K; 4CW7 B; 1XMQ K; 4DV6 K; 1HNW K; 1XNR K; 5BR8 K; 4DR5 K; 1J5E K; 4B3M K; 4B3R K; 5LL6 Z; 2F4V K; 4LF5 K; 4JI3 K; 4NXM K; 4YHH K; 4LFC K; 4LF8 K; 4GKJ K; 4JYA K; 1N34 K; 4AQY K; 2UUA K; 4DV4 K; 4B3S K; 5LMN K; 1FJG K; 2UUC K; 5LMU K; 4V19 S; 1IBK K; 3T1H K; 1N32 K; 4JI0 K; 5IT9 O; 4X66 K; 4JV5 K; 1XNQ K; 4JI1 K; 4KHP K; 4DV2 K; 1N33 K; 2VQE K; 4DV7 K; 1IBL K; 3J81 O; 2UUB K; 1HNX K; 4LF9 K; 4JI7 K; 1HR0 K; 1IBM K; 4JI2 K; 2UXD K; 5A2Q O; 4NXN K; 4JI8 K; 4DR7 K; 4LF6 K; 4OX9 K; 4K0K K; 4DR1 K; 3J80 O; 2ZM6 K; 4X64 K; 4LF4 K; 4DV1 K; 1HNZ K; 2VQF K; 3J7Y P; 3J7A P; 4GKK K; 3JAM O; 3OTO K; 1XMO K; 3T1Y K; 5AJ3 K; 2UXB K; 4DV5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OS1 A; 1J9A A; 4DTO A; 3H46 O; 1W97 L; 1W0H A; 3SLC A; 2V7Z A; 2ZD1 A; 4GNI A; 3TAG A; 3TU5 A; 4Q0B A; 3CCU N; 1JCG A; 1CZA N; 2IVO A; 1KCF A; 2Z1J A; 4E7H A; 5J2M A; 5TKY A; 3R9P A; 1G15 A; 2YKN A; 5EOY A; 2G8F A; 3OYE A; 4BR5 A; 3HBT A; 2V51 B; 1S1W A; 3CPE A; 3WT0 A; 2CH5 A; 4BR4 A; 4DV3 K; 3H1Q A; 3T19 A; 4EHT A; 1GOA A; 3VOV A; 2BGG A; 1NGD A; 2W6L A; 2GEM A; 4C1N K; 2QW9 A; 3A2F A; 3GL1 A; 1YTA A; 4JS5 A; 3THY A; 5AQU A; 5AQZ A; 1YI2 N; 4BC5 A; 5C10 A; 3VQD A; 4H0P A; 1SQK A; 4DR5 K; 2DTU A; 2F8T A; 3K5L A; 1T6D A; 5AQQ A; 1Z05 A; 4JI3 K; 2W41 A; 4CHZ A; 4JKG B; 5HRO A; 3LDQ A; 4TSX A; 1RDB A; 4DQ8 A; 4M3Z A; 4H0O A; 2BH1 A; 4PWD A; 2Z1H A; 5C24 A; 3ISN C; 3NBP A; 5LMU K; 1T03 A; 5JIC A; 2NZT A; 1NJW A; 2QKK A; 3H1V X; 3ZT1 A; 4JKD A; 2F96 A; 3RR7 A; 3HI0 A; 3LAL A; 4KHU A; 4GW6 A; 3OW2 M; 1IBL K; 3V9W A; 3VQ7 A; 3NF9 A; 1RBR A; 1TV6 A; 1RTD A; 3WXL A; 2O8B B; 5AQT A; 1C0M A; 4FOI A; 3C94 A; 5KPZ A; 1HJO A; 3QDK A; 1NJZ A; 3C7N A; 4AHC A; 4G9Z A; 4LF6 K; 5BRF A; 1WSI A; 1QS4 A; 3LP3 A; 1QVG M; 3WQU A; 1NBW A; 2HBM A; 4OKJ A; 1WSH A; 3RRG A; 1P8Z A; 4JS4 A; 3DOK A; 3RMA A; 3PIP L; 3Q7C A; 1VRT A; 3G71 N; 1XMO K; 3L3V A; 3TI0 A; 3T1Y K; 2VG5 A; 2HB5 A; 4BR0 A; 3OYB A; 4FZZ A; 4QAG A; 2E6L A; 4DV5 K; 4BRH A; 3LWL A; 1X9M A; 5HLF A; 5C0Y A; 1A5V A; 1NGH A; 1LV5 A; 1ITG A; 3CC7 N; 3V1O A; 3K57 A; 1SL0 A; 2OAN A; 5AQM A; 4CZJ A; 4PUO A; 4ICL A; 2HHU A; 4IZ9 A; 3QFU A; 1WLJ A; 4DSF A; 4CHY A; 1LW0 A; 2IOC A; 3OBY A; 4FLY A; 1KAY A; 4EP5 A; 4KHQ A; 2NRT A; 1LWC A; 4PKH A; 4BR9 A; 3EZW A; 3WNG A; 4DTN A; 1CLQ A; 2Q36 A; 4DSL A; 3LAM A; 3TWH A; 3M8P A; 2A1R A; 2E5L K; 4Z4I A; 3IFR A; 4B9S A; 4YOU A; 3E66 A; 3ATV A; 3R3L A; 5I9E B; 2G8H A; 1LWE A; 1EO1 A; 3MK6 A; 3G4S N; 4EZ6 A; 4B3R K; 4M3X A; 1JLC A; 4DWI A; 5J2N A; 2ASO A; 4E19 A; 3KWG A; 3AA2 A; 3D7E O; 2RPI A; 4FJ9 A; 4YDU C; 4Z4E A; 2P9N B; 1XWL A; 3BF3 A; 1ZBL A; 3VF6 A; 3O1W A; 4H0V B; 1IG8 A; 3NHG A; 3EL2 A; 1M1K O; 4IOC L; 4FO0 A; 1B9D A; 3O9R A; 3CM5 A; 2ITM A; 4N56 A; 4BAC A; 3VQE A; 4KPY A; 2YHB A; 3H3N O; 1K8K B; 5AFU A; 3UKR A; 4FLT A; 1HPZ A; 4K0K K; 4DR1 K; 3AA4 A; 1IH7 A; 5AZJ B; 4CHN A; 3O8M A; 4B9V A; 3RR8 A; 3ALY A; 3WUH A; 2QWQ A; 3HJF A; 4CZH A; 3LPT A; 3CHW A; 3KD5 E; 3RMD A; 1GOB A; 4AHR A; 2PYJ A; 3ZYY X; 1YHQ N; 4KAZ A; 4JI4 K; 1REV A; 2I5J A; 4B3T K; 1RIL A; 2O8C A; 2YNI A; 3WXJ A; 5ELZ A; 1WBB A; 4WE1 A; 2YX6 A; 3SUN A; 1I94 K; 1VSM A; 5E84 A; 2FBV A; 3QLH A; 2GBZ A; 2QWO A; 1JLQ A; 3SQ1 A; 4O8K A; 1RT1 A; 4O5F A; 1U04 A; 4GV3 A; 4QS8 A; 1MWK A; 4DUY K; 3PX6 A; 3M8R A; 1Q8I A; 4CJ5 A; 1BL3 A; 4JI5 K; 3C95 A; 4OPH A; 4L3Q A; 3VQ8 A; 3O1B A; 4K8Z A; 4FXD A; 4BRG A; 3VF4 A; 4DR3 K; 4CW7 B; 3AGK A; 3P38 A; 4BE1 A; 3MEE A; 3MX5 A; 5CE3 A; 4ISF A; 2HVI A; 5KGX A; 3DRS A; 2OPS A; 4B3O A; 3IAY A; 3L2Q A; 2FF6 A; 5EXW A; 2F4V K; 3MN6 A; 3MDQ A; 3PX4 A; 4Z4F A; 3U3Y A; 4FJ7 A; 1T8E A; 1UAX A; 5BPL A; 1NGJ A; 4R79 A; 2PAV A; 4KTZ A; 3SV3 A; 1VQ8 N; 1VSF A; 4AQY K; 1HNV A; 3QIN A; 2A3Z A; 2ATQ A; 4KTW A; 1SL2 A; 3I8B A; 1GLB G; 5GIN A; 3CJ1 A; 2HNY A; 3V1Q A; 1JLF A; 4RCH A; 4DLG A; 3P1G A; 4XH4 A; 3QEP A; 1XC9 A; 4CIE A; 5E26 A; 2E1Z A; 4CGH A; 3LPU A; 4KRE A; 5KGW A; 3KKS A; 3I33 A; 5GAH P; 4EAH D; 4FVU A; 4PKI A; 4DTS A; 1YT3 A; 3ZT3 A; 3DWL A; 1TL1 A; 4Z4G A; 1H1V A; 4UQG A; 3EKU A; 1GLJ O; 1N5Y A; 5FPN A; 1U47 A; 3OYK A; 4JKE A; 2ZJP L; 5AQR A; 4NCA A; 3NVK A; 2ZGY A; 3HZ6 A; 3O08 A; 3PO5 A; 3C0B A; 1RGI A; 3QIP A; 1IKY A; 4JAX A; 4KH5 A; 2G8I A; 4YOY A; 2DPN A; 3SZ2 A; 3NMU A; 3M8S A; 2ZF5 O; 4FJG A; 3MEG A; 5FRM A; 1ASV A; 1E4F T; 5FDL A; 2Q0U A; 3SCX A; 3SNN A; 3AVA A; 3WNF A; 3SAG A; 3C6U A; 4FWS A; 5JLH A; 1S6P A; 3K5O A; 1NNE A; 4RTF D; 3PX0 A; 5AZJ A; 1QE1 A; 4J2A A; 5BPM A; 1ZYQ A; 3UE5 A; 1NK9 A; 4N47 A; 2AJQ A; 3S3O A; 4F2R A; 3E9P A; 4FM1 A; 1Q82 O; 1YF5 L; 4M41 A; 3V9Z A; 3N4Q A; 3SJJ A; 1KVA A; 4JKF A; 3QEI A; 1HNI A; 1HPM A; 4RW7 A; 4H03 B; 3F5T A; 3LZJ A; 4L8R B; 1HKB A; 3ATU A; 3EEQ A; 2WFB A; 1XUP O; 1NMN A; 3F9K A; 2XY5 A; 4IOA L; 3VQA A; 3ZSO A; 5I3U A; 4BRL A; 4CF1 A; 4CJ3 A; 4JKA A; 2P9U B; 2PYL A; 1YVU A; 5C42 A; 4CZG A; 2P9P B; 4OLB A; 1TK8 A; 4C8O A; 2I7N A; 4AIL C; 2QI2 A; 3FZH A; 2QWP A; 3SV4 A; 4CCH A; 4BRP A; 3OS2 A; 1VAZ A; 4IDH A; 4BQL A; 1S6Q A; 3V9S A; 1KVC A; 2O8D B; 3FE1 A; 3AVC A; 2VQE K; 1WNS A; 3TAE A; 2W42 A; 2E2O A; 3H08 A; 3D2F A; 2QM1 A; 3C65 A; 5CR4 A; 2D0C A; 3OHR A; 5ADX A; 1EKE A; 2HHX A; 1BCM A; 4XH5 A; 2P9S B; 4ELU A; 1TK0 A; 2NRR A; 2QXF A; 4NB4 A; 3J80 O; 1T6C A; 1D5A A; 1NGA A; 3SAH A; 1O1W A; 1S9E A; 4PQU A; 5HRR A; 1T7P A; 3OYM A; 3FZK A; 4DLE A; 1GLF O; 3AVK A; 3QML A; 4CK2 A; 3DAW A; 4CEZ A; 4NCB A; 4AM7 A; 5M1F A; 3O3H A; 4FYD A; 2KZZ A; 2P51 A; 5HOO A; 3AAQ A; 4J2D A; 1X9S A; 3U4L A; 3MEC A; 1NK8 A; 3MN5 A; 4DR4 K; 3LP2 A; 3RVC A; 4M42 A; 4E7J A; 3BZK A; 4I2P A; 1FK9 A; 2E4L A; 1EQY A; 4CJU A; 3O9U A; 3ZLJ A; 4ILJ A; 4DR2 K; 3HST B; 4YDU A; 2QEX N; 1GLA G; 3QIC A; 4I6M B; 4FJI A; 4BQZ A; 2HBJ A; 3HPG A; 4DU4 A; 4CJ4 A; 3DJC A; 4I9L A; 4LFA K; 1BQN A; 3P31 A; 3RRH A; 2NRW A; 2KW4 A; 2QWR A; 4B1W B; 3K9K A; 2I7P A; 5EY4 A; 3U9Z A; 3ZSY A; 4B1V A; 3OYH A; 2RF2 A; 3K5M A; 2E2Q A; 4KB1 A; 2RN2 A; 4J2E A; 4CK3 A; 4KRF A; 3O4Q A; 4KHS A; 2A1S A; 4CF9 A; 3LAN A; 3KK3 A; 3THX B; 4E7K A; 4ELT A; 4FJK A; 3LZI A; 4FJM A; 5DK5 A; 2XY8 A; 5HRP A; 5SWM A; 3KK2 A; 3JXU A; 4NYN A; 2KTQ A; 4FWO A; 4FK4 A; 1FJG K; 4JI0 K; 4CZI A; 3RMC A; 1CXQ A; 3DXM B; 3EY1 A; 2P9K A; 4B9U A; 5AQX A; 3HL8 A; 3HYF A; 5GAD P; 2O8E B; 3T1A A; 3C6A A; 3QER A; 5CYQ A; 4IFV A; 3J81 O; 1WBD A; 5HRS A; 3LDL A; 4HCC A; 1ZBU A; 1JLB A; 1KVB A; 1U2V A; 3FFK B; 3TTD A; 1K73 O; 4ISE A; 4DFP A; 1XI1 A; 2GUP A; 2P9U A; 4O0J A; 4HVJ A; 2VYP A; 2P9P A; 4B1Z A; 4B1X B; 3ZEU B; 1VQ6 N; 4H5N A; 3IDH A; 3QNO A; 3SPY A; 1U4B A; 5LY3 A; 4GVM A; 1VSI A; 2E2N A; 1KC8 O; 3NAE A; 4JLH A; 2WTU A; 1NGE A; 3NH0 A; 3PO4 A; 5HL7 L; 5FRO A; 3ASM A; 1ATR A; 1YAG A; 3HRG A; 3PSI A; 3HXM A; 2V7Y A; 4RW6 A; 1IJJ A; 3ZT4 A; 2P9S A; 4BE2 A; 3E9L A; 4DUZ K; 1JCF A; 4JEP A; 2HHW A; 1QQM A; 2NRV A; 4J2B A; 3FZF A; 3LP0 A; 4IFE A; 5HP1 A; 2H3G X; 4B9L A; 1DGK N; 1NJY A; 1TVR A; 4A61 A; 2YHX A; 4B9M A; 1QQO A; 1DLO A; 1EX4 A; 3DRR A; 2G8K A; 3OYC A; 3U9D A; 1Q81 O; 4ISG A; 3KLH A; 1WN7 A; 5T7B A; 2OZM A; 2NNW A; 1LWF A; 4H0X B; 4CEO A; 1V4S A; 4LF5 K; 3VMF B; 3CME N; 1HYZ A; 1DT9 A; 1KTQ A; 4CBX A; 3SMP A; 3SI6 A; 4JD2 A; 3CCV N; 4KHW A; 4LSN A; 4F2S A; 3CER A; 2KFN A; 4NYF A; 3T3F A; 3L2U A; 1RDW X; 3AY9 A; 3VET A; 4CJE A; 1LW2 A; 1C0U A; 2B4J A; 3CYM A; 4WFN L; 3NVM A; 4FZX C; 4J8F A; 4CES A; 3OYA A; 4YFU A; 2DY4 A; 3CF5 L; 3T69 A; 2DFF A; 2A40 A; 3A5L C; 3G10 A; 5AQH A; 3AVL A; 1RT4 A; 3FGU A; 4CE9 A; 3ULE B; 3THX A; 2OCE A; 4AHT A; 4KI6 A; 3CCR N; 1NGB A; 1HMV A; 2KQ2 A; 3SQ0 A; 2OZS A; 4H0Y B; 4DTP A; 3V81 A; 3IUC A; 4CIG A; 3QO9 A; 4MLH A; 3DOL A; 3DXM A; 5EX5 A; 3UKU B; 2WON A; 3J8A A; 2IVN A; 1YUW A; 4LSL A; 2O8E A; 5DMR A; 5GAE P; 3VQ5 A; 1RT2 A; 3L4I A; 4CEA A; 3LM2 A; 1U6Z A; 2ZJQ L; 3CMA N; 3QEV A; 1SKS A; 1SKR A; 1ZBF A; 3S3N A; 3G6E N; 3GE1 A; 4ILG B; 4YOX A; 3ZET A; 5M1Q A; 4FLU A; 5AZI A; 2ZWH A; 4U67 L; 1SAZ A; 1BI4 B; 1FKO A; 4M45 A; 1UWB A; 1K8A O; 4FM2 A; 3ZSR A; 2OTL N; 1OVQ A; 2FBT A; 1T3V A; 2HND A; 4LH4 A; 1Q9Y A; 5M1K A; 4OPK A; 5FLX O; 3VQP A; 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3V6D A; 1S5J A; 3AA3 A; 4YOV A; 2O8B A; 2HST A; 1VQL N; 4JN4 A; 3CPW M; 1HKG A; 1VSH A; 1TKZ A; 3C6T A; 2G8V A; 1EWQ A; 2FSJ A; 3RSE B; 4CGG A; 2A6A A; 4DB3 A; 1I3A A; 3IG1 A; 4WYB A; 5BR8 K; 3WEE B; 4B3M K; 3AAP A; 4I2Q A; 3AVM A; 3OJU A; 3ZX0 A; 4M3U A; 2NRZ A; 4LF8 K; 3NF8 A; 5BRD A; 1GLD G; 3TPQ A; 4DV4 K; 3WQT A; 4DU3 A; 1NG9 A; 3K59 A; 1SL1 A; 2E8A A; 5KTQ A; 1MWM A; 3HOS A; 4FK2 A; 4KHP K; 5SZT A; 4FPA A; 4WFA L; 1CZB A; 2HVH A; 1Q7Y O; 3CCS N; 1NK7 A; 1HLU A; 5FPE A; 2ETJ A; 1HNX K; 3DYA A; 3SPZ A; 1YIJ N; 1VQM N; 2GEL A; 4HTU A; 5B8H A; 1OH5 A; 3M8Q A; 2YNF A; 3ZSZ A; 4CJK A; 1WUA A; 2HHV A; 5A2Q O; 3F9M A; 4CBW A; 1XQS C; 4CJW A; 1BIU A; 4CD1 A; 1KAZ A; 2XRI A; 4BG9 A; 4DQI A; 2GUI A; 3TAR A; 1HNZ K; 4F8R A; 3CQ8 A; 3PV8 A; 4QS9 A; 1VQ9 N; 4FZY A; 3ZSX A; 3J7A P; 2VWJ A; 4GKK K; 4JK8 A; 3DLE A; 3CC4 N; 4JHD B; 1NM1 A; 1J6Z A; 4XIU A; 2ZQB A; 3D2E B; 1T05 A; 5AJ3 K; 3M1F A; 4DR6 K; 5J1E A; 2HF3 A; 2YHW A; 2JWK A; 4IDK A; 4CJP A; 3VN5 A; 3LP1 A; 3FR0 A; 4OO1 J; 3ULD A; 5AQV A; 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