The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
|
structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI0 K; 4CVN E; 5LMU K; 4NXM K; 3T1H K; 1HNW K; 5AJ3 K; 4DV1 K; 1J5E K; 3J7A P; 1IBL K; 4X66 K; 4DV2 K; 4X64 K; 4KHP K; 4DR1 K; 1I94 K; 3J81 O; 4LF8 K; 4DR3 K; 4DR7 K; 4JYA K; 4B3S K; 4B3M K; 4LF4 K; 4DV4 K; 4LF7 K; 4JI2 K; 4YHH K; 4DV7 K; 2VQE K; 1XMQ K; 4X62 K; 4DV3 K; 4LF6 K; 4GKJ K; 4LFB K; 4V19 S; 1XNQ K; 4DR6 K; 4K0K K; 1IBM K; 4JI8 K; 3J7Y P; 3J80 O; 4JI4 K; 4B3T K; 5IWA K; 1XMO K; 1HNX K; 1HR0 K; 4DV6 K; 1HNZ K; 4JI6 K; 4LFA K; 4AQY K; 1FJG K; 4JV5 K; 4LF9 K; 4DR5 K; 5IT9 O; 4LF5 K; 4LFC K; 2UXC K; 1N33 K; 5A2Q O; 5LL6 Z; 2VQF K; 5LMN K; 1XNR K; 5FLX O; 1N34 K; 2ZM6 K; 4CW7 B; 2UUB K; 2UUA K; 2UXB K; 4JI3 K; 3OTO K; 4JI7 K; 5BR8 K; 2UU9 K; 2E5L K; 4GKK K; 4DV5 K; 4NXN K; 2F4V K; 4DUZ K; 4DUY K; 1N32 K; 4DV0 K; 3JAM O; 4JI5 K; 1N36 K; 4B3R K; 2HHH K; 3T1Y K; 2UUC K; 4DR2 K; 4DR4 K; 4X65 K; 1IBK K; 2UXD K; 4JI1 K; 4YY3 K; 4OX9 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VET A; 3T1H K; 3OY9 A; 3TAN A; 1N8R O; 5KRT A; 3V1R A; 2QM1 A; 4CZK A; 1UA1 A; 4YNQ A; 3KK3 A; 1BHL A; 1Y64 A; 1GLL O; 2G8F A; 1S1W A; 4BRF A; 2ASM A; 2FSK A; 1RBR A; 3VQA A; 4H0O A; 4DV4 K; 1HQE A; 4PKI A; 3KD5 E; 5J2M A; 4WE1 A; 3LP0 A; 3VQ8 A; 3TAM A; 3VTI A; 2BE2 A; 3MX5 A; 5JVG L; 3V9U A; 3UKR A; 2ZWH A; 4LFB K; 3FZH A; 1VQ4 N; 3M8P A; 5HRR A; 4KI6 A; 4WFA L; 3W0L A; 2I5J A; 3L2V A; 3WNE A; 4KTZ A; 4BRP A; 1KLN A; 4XH5 A; 4AHT A; 1TKD A; 4FVU A; 4CCH A; 4KI4 A; 5AQR A; 4CZE A; 1BA1 A; 5F0X A; 3SQ4 A; 4KHU A; 1C0M A; 4AHV A; 1YIJ N; 1RDW X; 1BGX T; 1YJW N; 4IEI A; 3IFR A; 2E1Z A; 1I3A A; 3L0Q A; 1N33 K; 3H3O B; 1WNS A; 3SQ2 A; 3BY5 A; 3AGK A; 5EY4 A; 4F4K A; 5C25 A; 3CJB A; 2O8E A; 5J2Q A; 1CLQ A; 2PYL A; 1ZBF A; 2YNH A; 4CZF A; 1LCU A; 4E3S A; 4BR4 A; 4FZY A; 2GBZ A; 5KGX A; 3CFP A; 4HUG A; 4DSF A; 2P9K B; 3TWH A; 4CHY A; 3K9J A; 4AM6 A; 1JCF A; 4RW6 A; 2BUP A; 3OBY A; 4QS8 A; 5HRP A; 3VQC A; 2P9N B; 1S9E A; 3LZJ A; 3MK6 A; 2O4G A; 3FZK A; 4OPA A; 3V4I A; 2O4I A; 3NH0 A; 1RDB A; 3CJ1 A; 4PY5 A; 4LY7 A; 5C24 A; 2FBV A; 4I9L A; 1VQ5 N; 3OYN A; 2P9I A; 3VQQ A; 2HHX A; 5AJ3 K; 2KHO A; 2VWJ A; 5AQV A; 3DRS A; 1L3U A; 2P1J A; 1OH8 A; 4X66 K; 4FWQ A; 5AQJ A; 3U9D A; 3SUN A; 2ITM A; 1ZBH A; 1WB9 A; 3BZC A; 1NGA A; 2OCE A; 5JLF A; 3JSM A; 2D0A A; 2VGN A; 3V9X A; 3THX B; 1WBD A; 4OLB A; 2NRX A; 3MCP A; 3CXC M; 4JI2 K; 3V9Z A; 1FW6 A; 1VSI A; 3QIO A; 5BPN A; 3ITH A; 4BE2 A; 3AO3 A; 3TAE A; 3O4Q A; 1BUP A; 1TVR A; 2IVP A; 3EZW A; 2IC3 A; 1HQU A; 1JLC A; 2HVH A; 2FSJ A; 1QQC A; 3WT0 A; 5GIN A; 3GDQ A; 3WXJ A; 4CEQ A; 4FZZ A; 1KQS M; 3R6M A; 2QKK A; 1KVA A; 3DM2 A; 4J8F A; 1D9D A; 5HBM A; 2BDP A; 3I33 A; 4CJK A; 3OYB A; 3KD1 E; 3LAK A; 2EWS A; 4YDU C; 4JI6 K; 3NDK A; 5AQN A; 4CBW A; 3ENB A; 3EKS A; 5HRN A; 3AO1 A; 3P39 A; 5HL7 L; 3LAN A; 1NGJ A; 4Y1D A; 4EAH D; 3SAF A; 4CZL A; 5FPM A; 1CZ9 A; 3U6F A; 2NLX A; 1ITG A; 2NRH A; 2ZM6 K; 1TGO A; 4NB4 A; 5AR0 A; 4DTO A; 3OYF A; 4CGI A; 3MAQ A; 5FPN A; 3VA3 A; 4DS4 A; 4CZH A; 1OH6 A; 2BAN A; 2X74 A; 1BWF O; 1HLU A; 1IBK K; 3RSE B; 5M1O A; 3LWL A; 3AVB A; 4XEI A; 2KW4 A; 4N47 A; 1R59 O; 4DU4 A; 1NKE A; 2GWJ A; 3AO4 A; 4EP4 A; 2IAJ A; 4CGJ A; 4M3R A; 4U67 L; 1WOQ A; 4FVM A; 5HLF A; 4KH4 A; 1IBL K; 2VGM A; 1RTI A; 3SQ0 A; 4DQQ A; 1VQL N; 4CBX A; 2YNF A; 4ID1 A; 5CZ2 A; 3IUC A; 3BP8 A; 4GNI A; 3BDP A; 4YOV A; 1Q86 O; 4FJM A; 2A40 A; 4OKE A; 3ZX2 A; 4O44 A; 1GLC G; 4IDK A; 3PIO L; 4RG8 A; 2G8W A; 1F21 A; 1VSM A; 1X9M A; 1CZA N; 2XY8 A; 4LF6 K; 3SUP A; 1NGI A; 2D0C A; 1YIT N; 3AVK A; 4WYB A; 4R79 A; 4FJG A; 2VYP A; 3O9T A; 4Z4E A; 3P83 D; 2VG5 A; 4KH5 A; 3NH1 A; 5AQL A; 4FSV A; 1RBU A; 2NRR A; 5CYQ A; 1B9F A; 4BAC A; 4N76 A; 4FWL A; 4H0P A; 4RWT A; 4JKA A; 1S6Q A; 3GG4 A; 3NGY A; 5JMV A; 3J80 O; 3THY A; 3KWG A; 4LC9 B; 3SLC A; 2O8D B; 1RT4 A; 3D2F B; 1FKO A; 2YNI A; 1S22 A; 1K8K A; 3KLF A; 3OYD A; 1RTH A; 1TAQ A; 2HMP A; 4Z0U A; 2KKZ A; 3DJC A; 4JAX A; 1Q81 O; 4M7X A; 2D5R A; 2G8I A; 3UKU A; 3RRH A; 1T05 A; 3WXK A; 1N34 K; 3VQP A; 3MCA B; 4CW7 B; 3HM9 A; 2UYT A; 3OTO K; 2YHX A; 1NU0 A; 4OGC A; 3KTQ A; 4GKK K; 3TSU A; 4BVP A; 3ZSO A; 4CFA A; 4A5B A; 3JAM O; 4IOA L; 3HBT A; 1OVY A; 3UIQ A; 2FBT A; 1HKB A; 4BRK A; 4O4G A; 4X65 K; 1GLJ O; 3MX2 A; 2AA4 A; 2ASO A; 3QEI A; 1BI4 A; 4KHW A; 4JI1 K; 4BRC A; 4LH4 A; 4J2D A; 1K8A O; 1A5V A; 3AVG A; 1LWF A; 5E41 A; 4B1X B; 3GBT A; 2Z1H A; 1J9A A; 1SS6 A; 3MXJ A; 4BE0 A; 3VEX A; 2Q31 A; 1HNW K; 3LDO A; 3NVK A; 5HP1 A; 3Q7C A; 1IKX A; 4CFC A; 5JS2 A; 4CJW A; 1BCO A; 3NH2 A; 3UKR B; 4FW2 A; 5AZI B; 4M42 A; 2HW3 A; 4AHU A; 2FBY A; 1U47 A; 1I94 K; 2A41 A; 3IG1 A; 4O0I A; 1TK8 A; 3QBX A; 3HPH A; 4H5W A; 3PO4 A; 3BGR A; 2HHT A; 4EHT A; 1Z05 A; 4C1N K; 2KZZ A; 1WSH A; 3DMJ A; 4C8O A; 4FLU A; 3SUQ A; 5EOY A; 1SZ2 A; 4B8C A; 4Z4G A; 2FC0 A; 1XQS C; 1VRT A; 2HNZ A; 1XNQ K; 2G8V A; 3VTH A; 1BCM A; 1X3N A; 3M3Z A; 4CZM A; 2CGK A; 4NCA A; 3J7Y P; 3AV9 A; 3LDS A; 4DLE A; 5CYM A; 2HBL A; 3RWU A; 4W5O A; 1QE1 A; 3VGM A; 4PL7 A; 3QIC A; 2E2P A; 3AA5 X; 3AAP A; 4BE1 A; 2O8E B; 3B6P A; 5ELZ A; 4CEZ A; 3CPE A; 4AQY K; 3NMU A; 3A5O C; 3H46 O; 3O08 A; 5E26 A; 2YHY A; 4MQ3 A; 1D8Y A; 3O1B A; 5JIC A; 2VWK A; 4E89 A; 3QB0 A; 1ZXO A; 2GUP A; 1P8Z A; 1J54 A; 2W40 A; 3RR7 A; 2E4L A; 4BR9 A; 4DFM A; 3F5T A; 3WNG A; 3CM6 A; 2WFB A; 4A61 A; 4CK3 A; 2VG6 A; 3M5R A; 1YVN A; 4CBU A; 1C0G A; 4ELV A; 2YHW A; 3K5O A; 4DR4 K; 3ZSQ A; 2PZS A; 4BC5 A; 2HHV A; 4WQ4 A; 2OTJ N; 3I55 N; 3TTC A; 4ILJ A; 4BR2 A; 4CF2 A; 1RGI A; 3EY1 A; 4DSL A; 2RE2 A; 2I7N A; 4OGE A; 3FLC O; 3AVA A; 4NXM K; 4Z4F A; 4JRP A; 1SKS A; 1NWK A; 2PYJ A; 4BGA A; 1SKR A; 4FLY A; 5JLH A; 1Q9X A; 4OVL A; 1JLQ A; 4R5P A; 3A8Y A; 3DRP A; 4PUO A; 1UAX A; 4H0V B; 1C0U A; 1K6Y A; 3DLL L; 1VSK A; 4ZTJ A; 1QHT A; 5EXW A; 3CPW M; 1DTQ A; 1NGH A; 4LF8 K; 2VWB A; 4RTF D; 1MWK A; 3DLE A; 2A42 A; 3KZB A; 2XRI A; 4F3T A; 4FJI A; 1Q8I A; 3O9R A; 3H1Q A; 3OBW A; 2FSN A; 1HNI A; 1GOA A; 3E01 A; 1TV6 A; 3ZCM A; 4EIA A; 3DXK A; 1IBM K; 3HL8 A; 3OYJ A; 3HVR A; 3NVM A; 3SZ2 A; 3AAR A; 4YDU A; 2ZJQ L; 3OW2 M; 3AO5 A; 4TSX A; 4DG1 A; 3VEZ A; 3AVL A; 4DV6 K; 3DLB A; 2Q97 A; 1LW2 A; 5J2N A; 3WQU A; 4CF8 A; 2AP1 A; 3K5N A; 3EKU A; 3QEX A; 1VQK N; 4ILG B; 2QXF A; 2QWM A; 3MWP A; 3WEE A; 5LJW A; 1HJR A; 4NYN A; 4B3O A; 4Z4C A; 3RR8 A; 4KB1 A; 4CZG A; 1NM1 A; 1KSP A; 4AHC A; 3A0I X; 1KCF A; 2E2Q A; 3O9Q A; 4DTR A; 2QWO A; 3HST B; 3KLG A; 3HPG A; 4DFJ A; 3VGL A; 4JI3 K; 2OPS A; 3BUZ B; 3CMA N; 4KAZ A; 2Z1G A; 3L2Q A; 4A62 A; 4W5R A; 1FXX A; 2JLE A; 2P9L A; 3VQD A; 1C1B A; 3WXI A; 1YF5 L; 4JKB A; 3K57 A; 1BQN A; 3VGK A; 3WUH A; 4E7K A; 3SAG A; 1KVC A; 4DTX A; 4IDH A; 3C7N B; 4CIE A; 1NK5 A; 3M8Q A; 3S3N A; 1D4X A; 1ATR A; 2XY5 A; 3TAF A; 2HOE A; 3R8E A; 3VPZ A; 1GLE G; 1GLF O; 3CJ9 A; 3DLK A; 5T7B A; 3LL3 A; 5M1Q A; 1BDG A; 1IKV A; 3FGU A; 4M41 A; 1J5E K; 5AQX A; 1WLJ A; 4E0D A; 3CQX A; 2HBK A; 2WON A; 1JLB A; 3ZT2 A; 3UB5 A; 2QA4 N; 5HRO A; 1NGD A; 4DFK A; 4DHY A; 4IG3 A; 4CZI A; 1TUY A; 3D2E A; 1E3M A; 3SV3 A; 4BC4 A; 2FF3 B; 3VOV A; 4N56 A; 3LP2 A; 4FWO A; 3NE6 A; 2QTD A; 3THY B; 1DTT A; 3B6O A; 4CJU A; 1DLO A; 3DLR A; 3DXM A; 3MWT A; 1U04 A; 3MN7 A; 4KRE A; 3L4I A; 2Y1I A; 2O8F A; 1MU2 A; 1NJZ A; 4FJJ A; 3NGZ A; 5CE3 A; 3ISN C; 3UKU B; 1HRH A; 3KK7 A; 2E20 A; 2F7T A; 2P9P A; 4K43 A; 3ZEU B; 2GX9 A; 4DQ8 A; 3CCJ N; 3SBT A; 1V4T A; 2D0O A; 4JKD A; 2G8U A; 2P9S A; 3QIN A; 1YTA A; 3P1G A; 3O80 A; 2F9T A; 3HYF A; 4LF9 K; 5C15 A; 3QFP A; 3AVF A; 5AQY A; 1QQN A; 4DQI A; 1T3V A; 4E7H A; 4OPH A; 1XNR K; 1RDA A; 5DMR A; 4M3T A; 3T19 A; 1BI4 B; 2GWK A; 4JI7 K; 3PY8 A; 1BU6 O; 4OKJ A; 4DUZ K; 5M1F A; 4BRH A; 5FPD A; 3VER A; 1P90 A; 4PKH A; 3TSP A; 3L6Q A; 3VQ7 A; 1N36 K; 4H5R A; 2X6N A; 5I3U A; 2ATQ A; 1NOY A; 2OPR A; 2HHU A; 1VQP N; 4J2B A; 4JEP A; 4BQZ A; 3HT3 A; 3A5N C; 2OPQ A; 2PAV A; 2NZT A; 1YJN N; 1ZBU A; 2H3G X; 4CER A; 3LDQ A; 4KFB A; 3VN5 A; 4CJE A; 3V9W A; 4DB3 A; 3M1F A; 4B9S A; 4DTP A; 3CER A; 3CIP A; 3L3U A; 1Z26 A; 3KKR A; 1NK0 A; 1VSL A; 3EN9 A; 2NRT A; 1TYQ A; 5KQD A; 2O8B A; 1LW0 A; 3PUF A; 3ULE B; 2A3Z A; 3MEC A; 2IGI A; 4CJP A; 4XIU A; 3LAL A; 3ALY A; 1TKT A; 1W2B M; 4WQ4 C; 4QS9 A; 1RT6 A; 2E1Y A; 1MWM A; 1E4F T; 3THW A; 4E1J A; 4E1M A; 1YT3 A; 3HOT A; 4DV3 K; 4CJV A; 5LY3 A; 1HYV A; 4MDB A; 4CEO A; 2XY7 A; 4CD3 A; 2Q0R A; 3WXM B; 4FJH A; 4MLH A; 3PX6 A; 4I6M A; 3R1X A; 4K0K K; 4H0T B; 3KK1 A; 2V7Z A; 2HF3 A; 3E9P A; 3R9P A; 2QWQ A; 4EFH A; 4DQS A; 5KPZ A; 5C2D A; 4IKF A; 1LAV A; 1T8E A; 4OLA A; 3I8D A; 2OTL N; 3SMP A; 4HUF A; 4JKF A; 5GAD P; 3K58 A; 3CCE N; 3B8A X; 1RTD A; 3ZYY X; 3WNF A; 3NCI A; 5MLC Q; 4JKH A; 1U6Z A; 4LFC K; 4I2P A; 4ZHR A; 3SPZ A; 4BRO A; 3C6T A; 4NCG A; 5AQK A; 1GLB G; 3ENO A; 5F2R A; 1KXP A; 3L2U A; 3ZT3 A; 5AQI A; 4YOT A; 4CIG A; 2UUA K; 2UXB K; 3HK2 A; 4BG8 A; 4ZTF A; 1SQK A; 1VAZ A; 3O4W A; 3UE5 A; 3OS1 A; 3SI6 A; 4BRG A; 2HHS A; 1VQ9 N; 1EX4 A; 1OH7 A; 1QQM A; 2NUB A; 2HHH K; 5M1K A; 2HHW A; 3C6A A; 4YOY A; 5DM7 L; 4CZJ A; 1BIZ A; 1WSJ A; 1SL1 A; 4CHO A; 3SYZ A; 3SCX A; 1NK9 A; 3LDL A; 1VQO N; 1TL3 A; 4FJK A; 3L3V A; 1S72 N; 1VQ6 N; 5CZ1 A; 1NNE A; 4JS5 A; 3CC7 N; 4FM1 A; 4CVN E; 1QQO A; 2ZQB A; 1HMV A; 3D6R A; 1L5U A; 2QKB A; 4NO7 A; 4AHS A; 3EE8 A; 2E8A A; 4FPB A; 1YJ9 N; 1OKJ A; 1EO1 A; 1G15 A; 1JL2 A; 4CJT A; 5B8H A; 5AZJ A; 5M1N A; 1EKE A; 4H0Y B; 1A5W A; 1HX1 A; 3Q7B A; 1XC9 A; 2YHA A; 2GTD A; 3DXK B; 3OJS A; 1QVF M; 2Y1J A; 4H0X B; 3WNH A; 4B1Y B; 3OA9 A; 3ZET A; 4JK8 A; 1Z25 A; 1QSS A; 3SUO A; 5GAH P; 3D45 A; 3HO1 A; 4EZ9 A; 2WUS A; 4A5A A; 1TAU A; 4V19 S; 2FF6 A; 4CJR A; 1TKZ A; 4WF9 L; 3HSC A; 4B8A B; 3M8S A; 3WEE B; 1B92 A; 5CR4 A; 1NGG A; 2IVO A; 2NRW A; 4JNE A; 1W7A A; 2OA8 A; 3K9K A; 4DU1 A; 4B3T K; 4BRM A; 4BQL A; 4M63 C; 3E9L A; 1HNZ K; 4BRD A; 1TK0 A; 2DTU A; 5AQZ A; 3TAP A; 4ELU A; 1M1K O; 4KBO A; 3QEW A; 3VF4 A; 4LF5 K; 4BDY A; 3VQ9 A; 3PLA A; 5F1X A; 5J1E A; 1RT1 A; 1W9H A; 4G9Z A; 3P4I A; 1XI1 A; 5A2Q O; 1BOT O; 1DGK N; 2VQF K; 5GIP A; 4BRI A; 4Y0W A; 4GY2 B; 4AIL C; 1X9J A; 3QLH A; 3U4L A; 3CME N; 1T7P A; 1HJO A; 1HUX A; 4CJ5 A; 4NXN K; 3O6W A; 3S3M A; 1NGC A; 3NBP A; 2BTF A; 4JN4 A; 2G8H A; 4ICL A; 1TUU A; 1EXQ A; 4DU3 A; 3QET A; 3MN5 A; 4OJR A; 4C8L A; 1HPM A; 5TKW A; 3ZSW A; 1X9S A; 2P51 A; 4W5Q A; 2QK9 A; 3OYA A; 1RBV A; 3S41 A; 4E7L A; 3LPT A; 4CK1 A; 3SNN A; 1KAX A; 1BIU A; 5KGW A; 1CZB A; 1I39 A; 1S3X A; 4CHP A; 1UOC A; 5AQW A; 4N41 A; 5SWM A; 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