4GVMA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
148
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTACWWAGIKQEFGIPYNPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (new york-5 isolate)
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 44
structure length 148
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gvmA00
3AA4A 4KTWA 1RDBA 3AVHA 5DMRA 4UQGA 3KLGA 4ELTA 1REVA 3D45A 3SV4A 3T19A 4RG8A 5SZTA 4OKEA 3OS0A 4O44A 2P1JA 2VG6A 4BE1A 4FM0A 3TAQA 4M3ZA 2HHVA 1UA0A 3ALYA 4HUGA 1IKWA 4I2PA 1KLMA 3NHGA 3RWUA 2QK9A 2KW4A 3NF7A 4Y1CA 4CFAA 3RR7A 2P5OA 2OPRA 3IRXA 3CFPA 1ASVA 4LSNA 4DU4A 4KAZA 2ZE2A 1VK0A 4AHCA 3CFRA 2JGUA 2Y1IA 3VQ4A 4CIEA 4ELVA 4OKKA 3NF6A 3BDPA 4E89A 3SI6A 4CJUA 3MEEA 4HTUA 4NYNA 3HL8A 3DLHA 3JYTA 5C25A 3HPGA 3TAFA 1J9AA 4FLZA 3OY9A 1S9EA 4KI4A 4CHPA 1CXQA 1IH7A 2P51A 1JKHA 5C42A 4OKJA 4AHUA 1JLBA 3LWMA 3QEXA 4F3OA 2BGGA 1QHTA 3DLKA 2VWKA 2RKIA 5C24A 3V1OA 3VQ9A 4DTUA 1KTQA 3V4IA 3V6DA 1NKBA 1B9DA 1S6QA 3O3FA 1JLEA 2XY8A 4BDZA 3SV3A 3MXIA 4B9MA 3K2PA 4IFYA 3EY1A 3V1QA 3PX4A 1NOYA 3MAQA 4FLUA 3M8SA 3SZ2A 1D8YA 4OPJA 4DTNA 4NYFA 4CJLA 4EZ9A 2YNHA 3I0SA 4C8OA 2GBZA 1QSYA 1NJYA 4CGJA 4E1MA 4IKFA 5J1EA 3ZCMA 1BHLA 3L2UA 4JS4A 4ID5A 1LW0A 4OJRA 1RTIA 2WOMA 3AA2A 1L3VA 1BISA 2OA8A 2HHXA 1NKEA 1T05A 5JS2A 1RBUA 4FJ9A 1BQMA 4DFKA 3PX0A 4KFBA 2G8IA 3AVIA 1RBSA 1J54A 1HJRA 3DLRA 4DTXA 2HNZA 4XIUA 1VSLA 3OYAA 2F8TA 1LWCA 4CJEA 4DTJA 3QO9A 2ETJA 3E01A 3VQDA 3QERA 1QSSA 3IAYA 4M3UA 1WSEA 4AH9A 3SJJA 4FCYA 4N41A 1X9SA 2YNIA 3AVBA 4OLBA 2DY4A 4DSKA 4KREA 1JLGA 1JL1A 3KIOA 3HVTA 5J2NA 2QKKA 4G1QA 2D5RA 2KFNA 3V9WA 4CFCA 4O55A 2XY7A 4PY5A 2IAJA 1U4BA 3HK2A 2AJQA 1TGOA 1HNVA 1S1WA 3NAEA 1ASUA 1EXQA 1A5WA 4F3TA 4RW4A 1VSDA 5DK5A 4C8NA 3RMDA 4Z4EA 5KTQA 1JXBA 3I8DA 1BQNA 4FJIA 4FLTA 1XHZA 1K6YA 4CERA 4CHQA 2HW3A 1YVUA 3ZSZA 2B6AA 1VRUA 4FJ5A 4DS5A 1WSFA 4Z0UA 3HM9A 4DSLA 4OLAA 4CESA 1TK0A 2E6MA 3CM6A 5HBMA 3NGZA 3OJSA 1GOAA 4FLXA 4CIGA 5HRPA 3RR8A 3DLBA 4W5OA 4Z4IA 3NH0A 5KGXA 1D9DA 3L8BA 1B9FA 3VQ7A 3SQ2A 1IG9A 1CLQA 1ZYQA 4W5QA 5CYQA 3QINA 4RW9A 4B8CA 1KRPA 4FK2A 2OZMA 1YTUA 2RPIA 4Z4CA 5E41A 1KCFA 2FC0A 4M42A 1WAJA 3AA5X 1NK0A 4MQ3A 4IBNA 1UA1A 1R0AA 1TKXA 2D0AA 3HVRA 4FJJA 3KLHA 5KRTA 1JLCA 1C6VA 2BANA 4Y1DA 3DI6A 5CYMA 4E0DA 1QE1A 3NGIA 4J2AA 1ZBLA 1JL2A 4CEDA 3NBPA 3VN5A 3L2QA 4HUEA 2FBVA 4N5SA 4DSEA 1KFSA 4JS5A 4L8RB 3CQ8A 4HCCA 4KI6A 1RT4A 4DFJA 3ZT3A 1X9MA 3NGYA 4JLHA 4O0JA 2G8UA 1HPZA 1TVRA 2X6SA 3L2RA 4JRQA 4AHTA 3SPYA 4CE9A 2HB5A 3WNEA 3KK1A 3SCXA 3ITHA 4IDKA 5T7BA 3LPTA 4FLVA 3DM2A 4CF8A 1TKZA 3NF8A 2HHQA 4Z4HA 2OPSA 3DOKA 4K8ZA 1ZBHA 2EX3A 2F8SA 1BIUA 2I5JA 4E1NA 2HVHA 3AVMA 1IKYA 3V9ZA 4N76A 4FJHA 4KTQA 1CZ9A 3PV8A 4CF2A 1FKPA 1HRHA 1RDAA 1NK4A 3OYKA 3LWLA 1VSEA 3F73A 5KGWA 1FKOA 4CGFA 2Z1IA 2NUBA 3AV9A 4DLGA 4CEFA 4LH4A 4CHNA 4I2QA 3OS2A 1LAVA 4DU1A 1ASWA 3T1AA 1RT3A 3G0ZA 1CZBA 1NK8A 3ASMA 1NJXA 1S1XA 3K59A 3AO1A 2FBXA 3LAMA 1S5JA 3LALA 4EZ6A 4OVLA 4JRPA 4N56A 3RRHA 3SQ4A 4DQSA 4M3YA 5K14A 4W5TA 2RN2A 4KHSA 1BGXT 4NCBA 4KB1A 2HHTA 1EP4A 2HHWA 3M8PA 2X78A 2KZZA 3AVKA 2G8VA 3V9XA 4W5NA 4CJVA 3HPOA 4CGIA 1C0UA 3LAKA 4C8MA 2Y1JA 4B9VA 1F21A 3ULDA 3V9UA 1UWBA 4AILC 1LWEA 4IG3A 2KFZA 1FXXA 1BIZA 4YFUA 2PY5A 1ITGA 2FBYA 1VSJA 4J2BA 4GMJB 5J2QA 1RT1A 2G8HA 3VQ8A 1I3AA 4FK0A 3VQPA 4FJGA 3L3UA 4DFMA 4CEOA 3LP1A 1S1VA 3VQ6A 1TK5A 1X9WA 1SKRA 1NK6A 4CFDA 1A5VA 4FVMA 4C8LA 1RDDA 4BACA 4CJWA 4E7LA 3RMCA 4DQPA 3KD5E 5I3UA 3QLHA 1C1CA 3SUPA 4E3SA 1SL1A 3UIQA 5JS1A 1L5UA 1WSHA 1NK7A 2FBTA 3K57A 2IGIA 4B8AB 4ID1A 4DF4A 4CEQA 3OYHA 4F2SA 1G15A 2B5JA 2JLEA 4FZYA 4E19A 4CF9A 1HNIA 3A2FA 1TAQA 2WONA 3SPZA 3TAPA 4CHZA 3KTQA 4FJKA 5HRRA 5KRSA 2OPQA 1LW2A 2YHAA 3TAEA 2IOCA 2IDOA 3NH1A 2XHBA 4BDPA 4J2DA 3HPHA 3AVJA 1EX4A 4Q5VA 1JLFA 3LP0A 1RTHA 3ZSVA 4FLWA 2DFEA 1RT2A 3LDSA 4E7HA 1U48A 3T3FA 1NJWA 3PY8A 4CJQA 2ITGA 2X6NA 1C1AA 2YKMA 2XY5A 4B9SA 2YHBA 4OPKA 3KK3A 2KZMA 2LSNA 1UOCA 3HP6A 3RMAA 4AHRA 1N5YA 1BI4A 4PQUA 2HHUA 4DQQA 1S9GA 4M41A 4HCBA 3CYMA 3HT3A 3OYBA 5CZ2A 4CF0A 3LP2A 4M3WA 3RMBA 1U47A 3MECA 1FK9A 2DFFA 4M3XA 3VQ5A 2G8KA 1EETA 2B4JA 3IG1A 3JSMA 4O0IA 3AVGA 3NFAA 3OJUA 3MEGA 3VA0A 3LP3A 1NJZA 1D5AA 4CEEA 4CECA 4R5PA 4CHOA 2VWJA 4DTOA 4B9NA 3HJFA 2IC3A 4B9TA 4DU3A 3VQCA 3DYAA 5HROA 4B08A 1KVAA 3ZT2A 1KFDA 4BWJA 4CGDA 4HUFA 3VQEA 4PWDA 3F9KA 2HHSA 4TSXA 1VSKA 4KHNA 4KHWA 2P5GA 3WNGA 4DQRA 3BGRA 1KVBA 2YNGA 4LSLA 1SUQA 4DTPA 3QNOA 1RBRA 3TI0A 1TK8A 4ELUA 4QCLA 1BCOA 4BWMA 1X1PA 2D0CA 4AHSA 3K5OA 3SUOA 5J2MA 5HLFA 1VSMA 4KRFA 4CJPA 3PX6A 3SQ1A 4I7FA 4CHYA 3IS9A 3TAGA 1NOZA 1RT7A 3TR8A 2IS3A 1WAFA 3ZSOA 3ZT4A 1QSLA 4I9LA 3AVLA 2GUIA 4E7JA 2RF2A 2PYJA 4CJFA 3VA3A 3K58A 1WSIA 4RW7A 3NE6A 3KJVA 1T7PA 4M3RA 2Z1JA 4N47A 3KLFA 4Z4FA 3AO5A 4CGGA 4DTRA 1C0MA 1DTQA 2QXFA 2E4LA 2VG7A 5I42A 3SYZA 3SUQA 4FJNA 2YKNA 5KI6A 2DFHA 1S6PA 1VRTA 1D9FA 2A1SA 2YNFA 3FFIA 3KD1E 3QESA 4CK1A 3AVFA 4BE0A 2ZQBA 3H08A 5HRNA 3OYMA 4J2EA 4CEBA 1Z26A 2O4IA 4EP5A 4QOZB 4QAGA 3ZSRA 1TL3A 3TANA 3L3VA 3OYFA 4B3OA 4F2RA 4CJ3A 3RTVA 3VQBA 4GW6A 1DLOA 3HXMA 3MEDA 3AA3A 4FM2A 3THVA 1U04A 1C1BA 1TL1A 1T03A 2Z1GA 1IKVA 1YT3A 4BDYA 1C0TA 1QQCA 1RTJA 3C94A 3SQ0A 2PZSA 3D0PA 1Q9YA 3C6UA 3DLEA 3OYGA 2OZSA 5SWMA 2A1RA 1XC9A 2GV9A 4IG0A 3KLIA 3ZSXA 3OYLA 1QTMA 2ZD1A 1N6QA 4DG1A 1JLAA 3KKSA 4CK3A 3V81A 3CG7A 4KB0A 1SKWA 3PUFA 4FW1A 3ZSYA 1JLQA 3AVAA 1SL0A 1ZBIA 3DRPA 3G10A 5HP1A 2BE2A 3I0RA 4CJ5A 3PO5A 1VSFA 1XHXA 4H4OA 1L3UA 3LPUA 2W42A 1SV5A 5HRSA 1T8EA 1MU2A 4LD0A 3P5JA 4CJSA 2HNYA 1I39A 1W0HA 4DF8A 1XI1A 3CFOA 1L3TA 4FJXA 4F4KA 2XRIA 1WN7A 4ICLA 3KK2A 3LZIA 3M8RA 3SNNA 4KV8A 1RILA 2HVIA 4NCAA 4CGHA 1CXUA 2X74A 3QEVA 2KTQA 1TKTA 4FJLA 3TARA 3NCIA 1Z25A 2KQ2A 4KHQA 3OYEA 1S1UA 1WSGA 4O4GA 1RDCA 1RT6A 3ISNC 4FZXC 1BL3A 2R7YA 4DTMA 4KHYA 1IKXA 4W5RA 3K5LA 3P83D 5FDLA 4E7KA 4DTSA 2HNDA 4CIFA 4I9QA 5FRMA 4H8KA 4AHVA 3NH2A 1O1WA 3DRRA 3WNHA 3C6TA 2Q3SA 3U6FA 1WLJA 2EHGA 3CM5A 4FK4A 1Q8IA 5FRNA 3QEWA 1SL2A 4FJ7A 2XY6A 5EU7A 4CK2A 4K8XA 4YNQA 4KKOA 3O4NA 3WNFA 4KO0A 1RBVA 3NF9A 3V1RA 1U49A 1RTDA 1QS4A 1TV6A 3DMJA 1LWFA 3AO2A 3OYJA 4ZTFA 2YV0X 3K5NA 4DS4A 3ZSWA 4FW2A 3O3GA 4CF1A 1HMVA 4O5BA 4WE1A 3KLEA 4DMNA 4CCHA 4FXDA 2QKBA 1J53A 4Z4GA 1WSJA 3OYNA 1SKSA 4HVJA 4CEZA 4DLEA 3O4QA 3VQQA 3TWHA 3OS1A 3DLGA 4FLYA 2ATQA 4C8KA 4BE2A 1HYZA 3DOLA 1WNSA 4F8RA 1NK5A 1J5OA 4MFBA 3S9HA 3RRGA 3V9SA 4PUOA 2DTUA 1B92A 1U45A 3S3NA 2XO7A 1HYSA 3AO3A 1HQUA 4FYDA 3HO1A 1RNHA 2OPPA 1L3SA 1ZBFA 1TAUA 3K5MA 2F96A 3DRSA 3MXJA 5CZ1A 1EKEA 2VG5A 5CY4A 2OYQA 3PO4A 4NCGA 3EZ5A 3QEIA 1GOCA 4B9LA 3OYDA 4FZZA 4GVMA 1KSPA 3VQAA 3TAMA 4B9UA 1UAXA 4ZHRA 3LANA 1S1TA 1Y97A 3HP9A 1HYVA 3QIPA 4IFVA 4CJTA 4KPYA 3S3OA 3OYIA 4Q0BA 2BDPA 3S3MA 2O4GA 3EYZA 3QEPA 3TABA 1VSHA 1NKCA 4M3TA 4H4MA 5J2PA 1KLNA 3SUNA 3B6PA 3P1GA 4DFPA 3QNNA 1KVCA 1JXEA 1NK9A 2E6LA 4CJ4A 4LY7A 2D0BA 4M45A 4OGCA 1BI4B 4CEAA 3QIOA 3AO4A 4E7IA 1RCHA 1RBTA 3U3GA 1A5XA 3C95A 3LZJA 4DSJA 4EP4A 4HHTA 4DSIA 5D3GA 1ZBUA 4PA1A 3MXMA 4RW6A 3AVNA 1HQEA 4LH5A 1LV5A 3L2VA 3OVNA 2HMIA 3AVCA 1DTTA 4CJKA 4FM1A 1YTAA 3ZT0A 3O3HA 1TKDA 3HSTB 1IO2A 3B6OA 4RW8A 4KHUA 1LAWA 4DSFA 1RT5A 1GOBA 3QETA 1Q9XA 1XWLA 2PYLA 1W9HA 3KKRA 1BCMA 2Z1HA 4KTZA 4CJRA 3HYFA 2G8WA 4DWIA 5FROA 4DQIA 3ZSQA 3U3YA 3NDKA 2G8FA 4FJMA 3OYCA 3ZT1A 4CFBA 3L2WA 1VSIA 4OGEA 4ZTJA 3M8QA 4FJ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLBG 3UKRA 4UQGA 4RG8A 3CCJN 3T1HK 2P1JA 4JKBA 3TAQA 4CD3A 4A57A 3ALYA 4HUGA 1IKWA 2QK9A 4MLHA 4Y1CA 2WFBA 3QMLA 2ITMA 3VESA 3H3NO 5AQSA 3CFRA 2Y1IA 3EKSA 3CMEN 3WUHA 2V51B 5AZIA 2P9SA 4CJUA 3MEEA 4BG8A 3O9QA 5EX5A 1J9AA 3AGKA 3OY9A 4CHPA 4YDUA 3VERA 3QEXA 4WYBA 5KQDA 1QHTA 3DLKA 3V1OA 1S6QA 1JLEA 2XY8A 1ZBSA 3SV3A 3MXIA 4B9MA 1VQ8N 1VHXA 3V1QA 4BRNA 3PX4A 1NOYA 5AQGA 1XNQK 2W40A 2FF6A 3CCRN 2V7ZA 2YNHA 1NJYA 4E1MA 3LDQA 2OA8A 4OJRA 5C15A 2HHXA 3MDQA 1CZAN 1YJ9N 2G8IA 3PX0A 4DV5K 1LWCA 2ETJA 3VQDA 2YHYA 4AH9A 2VQFK 1ATSA 3GL1A 4DSKA 4KREA 4FWKA 3QFPA 1JL1A 3VF6A 3HVTA 1WBDA 2KFNA 3V9WA 3LL3A 5BN9A 3HK2A 1HNVA 1X3NA 1ZC6A 3T1YK 1KD1O 4F3TA 4Z4EA 2GUPA 5KTQA 3I8DA 4G9ZA 1K6YA 1TUUA 5MLCQ 1YVUA 2B6AA 4FJ5A 2VGMA 4B1UB 4JKGB 4CESA 2E6MA 5HBMA 4FLXA 3RR8A 2A6AA 3DLBA 4W5OA 4B1WB 3NH0A 5KGXA 2V7YA 1B9FA 3SQ2A 5CYQA 3ZX0A 3QINA 3A0IX 2RPIA 3C6HA 3GOIA 5DM7L 4MQ3A 4IBNA 4BRHA 1R0AA 4CZMA 3HVRA 3KLHA 5CE3A 3VEVA 4Y1DA 1QE1A 1J5EK 1HR0K 1HPMA 4HUEA 1KFSA 2VGNA 3KWIA 3Q7CA 5M1NA 1X9MA 3NGYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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