4GVMA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
148
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTACWWAGIKQEFGIPYNPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (new york-5 isolate)
total genus 44
structure length 148
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gvmA00
1TK0A 1IKVA 3VQDA 4HUEA 3SPZA 1S9GA 4IBNA 4OJRA 5CZ2A 4CJQA 1HRHA 1HMVA 1UOCA 3DOLA 3KKSA 1NOYA 4HUGA 4ELVA 1RT1A 4DQRA 4BACA 4ZTJA 3AA4A 4UQGA 4AHTA 3D0PA 1RBTA 2LSNA 1W9HA 3KLGA 4HUFA 4E7KA 1NOZA 4DU4A 1YVUA 2HNYA 3CFRA 4DSJA 2DY4A 4KHYA 3NH1A 3WNHA 4B9TA 5SZTA 4CF8A 4B9LA 4E3SA 1ZBIA 3LALA 1WAFA 3ZSXA 4M3XA 4OPKA 4F4KA 3VQ4A 4DTXA 1JLGA 1JLEA 3G10A 1S6QA 3OYAA 2FC0A 3AO3A 2GV9A 3LPUA 3K5MA 3S3MA 2RN2A 3P5JA 3IS9A 1NJZA 3RMCA 4M45A 1Q8IA 4ICLA 4CGFA 5T7BA 3F9KA 5HRRA 3AVLA 1C0MA 1TKZA 3VA0A 4IG0A 4KKOA 3RWUA 3TWHA 1U4BA 4G1QA 3VQ8A 4DFKA 4CJPA 3NH2A 4FLZA 4F2RA 1NK4A 1BIZA 2KW4A 3AA2A 5CY4A 5CZ1A 1N5YA 3DLBA 3AA3A 4KO0A 3O3FA 2HHSA 4LSNA 4CEOA 3SQ2A 2PYLA 2ETJA 2HNDA 3QINA 4N56A 1KLMA 4DU3A 1ZBUA 3IG1A 1JL2A 1XC9A 4M42A 4FJ5A 2B4JA 4Y1CA 3VQAA 4CEEA 4O0JA 4KAZA 4CHYA 1X9WA 4FJLA 4OLBA 1ZBHA 1J54A 2B6AA 4FW1A 5E41A 3L2QA 3LZIA 4Q0BA 3VQEA 3OS2A 3ISNC 5J2QA 4CJKA 4CGGA 3U3YA 3SCXA 4CFBA 4PWDA 4CJ5A 3ZSVA 1U49A 2HHUA 4KB0A 3SUQA 3OS1A 4KB1A 1TAUA 3QNOA 1KSPA 1KCFA 3MEEA 1XHZA 4DSFA 3AVAA 4FLYA 3DYAA 2HHTA 1FKPA 2DFFA 3L3UA 4FLVA 1CXUA 1RTIA 3SV3A 2YKMA 4AHUA 4DU1A 4CGDA 5K14A 4N5SA 3KLEA 3ZSZA 3PV8A 4C8LA 2HHVA 3JYTA 4E7HA 1SL1A 4CJ4A 2HNZA 2IGIA 2E6MA 4O55A 5J2NA 3T1AA 3OYDA 3IRXA 4ZTFA 1J5OA 1NJYA 3PX0A 2BDPA 4E89A 2YHBA 3TAQA 1FKOA 3HP6A 3ZCMA 1YTAA 4M3RA 3ZT4A 3MEDA 2RKIA 1FXXA 4BE1A 3LP1A 1WN7A 3OYHA 4FCYA 4FW2A 1JLBA 1KTQA 1VRTA 1S1TA 5HROA 3HPGA 3LAKA 3OYFA 4IKFA 1UA1A 1VSIA 3S3OA 3QNNA 1NJWA 1BHLA 2IDOA 1VSJA 4CK3A 3M8RA 1JLQA 1FK9A 4CERA 4BE0A 3LAMA 1JLFA 3CM6A 4BWJA 4E7JA 1C1BA 2PYJA 1CZ9A 4B08A 4CEFA 3OJSA 3TAGA 4ELUA 4H4OA 4DS4A 4YNQA 4TSXA 4LH5A 2YNHA 1QE1A 4Q5VA 2I5JA 4LY7A 4DSKA 4CESA 4W5NA 2EX3A 1S1WA 2FBTA 1K6YA 1WSGA 3UIQA 4OGEA 5HRPA 3E01A 3M8SA 4E7LA 4FVMA 4DTJA 4AILC 5JS2A 4CJRA 4FM1A 4E1NA 1S1XA 3IAYA 2O4IA 3ULDA 2OPRA 2G8HA 2P5OA 1KVBA 4QAGA 3VQPA 3P1GA 4K8XA 1TK5A 2G8IA 4DFMA 3TAMA 2YHAA 1D9DA 3QLHA 5HRSA 4W5QA 2G8FA 2FBVA 3JSMA 4FZZA 3VN5A 2WOMA 5KGWA 3VQ5A 3WNEA 4DS5A 3V6DA 4RW6A 1WSHA 2YKNA 3OYKA 5FRMA 4Z4EA 1WSJA 1HJRA 1LW2A 3DRRA 1HNVA 2Q3SA 1MU2A 2IOCA 3VA3A 4PUOA 3SZ2A 3M8PA 2FBXA 2KQ2A 3KLHA 4PA1A 4FJ8A 3QO9A 1LAVA 1WAJA 3NF6A 4Z0UA 4CEAA 5I42A 4B3OA 2GBZA 4GW6A 3K58A 4M3YA 2XRIA 3DLKA 3HP9A 3AVBA 4O44A 1S9EA 1WSIA 3RR7A 3V81A 4RW8A 3DMJA 3QEVA 2GUIA 2YV0X 1O1WA 3G0ZA 3I0SA 3QERA 4J2DA 4E7IA 3AO5A 3OY9A 2HHWA 3SNNA 3O4NA 4FJNA 1JLCA 5C25A 4DF8A 2PZSA 3K2PA 2IS3A 4DFPA 4DSLA 4NCBA 4M3UA 3SPYA 2R7YA 4CECA 3V9UA 4DTOA 2F8TA 4NYNA 1QSSA 4AHRA 3EYZA 1EKEA 4CJSA 3AVJA 4FM2A 1TKTA 3NFAA 4FLXA 1NK7A 4NYFA 4DQPA 1BCOA 4IFVA 1HPZA 3HO1A 1RDDA 4FXDA 1U45A 2AJQA 3HPOA 1RT5A 3DOKA 3QIOA 1IKWA 2E4LA 1J53A 2HW3A 1C1AA 3LPTA 4CK2A 1Q9XA 1CLQA 1TL3A 1L3SA 4DTRA 1TKXA 4FJ7A 2VWKA 3FFIA 1C0TA 3KTQA 1RT3A 3OYEA 3MAQA 4W5RA 3SQ0A 1L3TA 5C42A 2QKBA 4FJKA 1J9AA 4DTMA 3EZ5A 3RRHA 3NHGA 3T3FA 1BQNA 1I39A 4FJ9A 4DTSA 1TVRA 2PY5A 3BDPA 3TI0A 2X74A 4IDKA 3HT3A 1T8EA 4CHQA 3SUNA 1S6PA 1VRUA 5KI6A 3O3GA 2KZMA 1RCHA 1RBUA 1UWBA 4BWMA 4CIEA 1BIUA 4KV8A 4DTPA 2ITGA 4CJWA 3OYNA 3K5NA 3LZJA 2OZSA 1B9FA 1RBRA 3NDKA 4EZ9A 4CHPA 3K57A 4F3TA 1BI4A 1GOAA 4AH9A 4W5OA 4FM0A 1EP4A 3TAFA 2HHQA 4DG1A 3ZSQA 5CYMA 4DQSA 3THVA 3B6PA 1BL3A 1QQCA 2W42A 3RRGA 4RG8A 1NKEA 4QCLA 2X6SA 1HYVA 3NCIA 3HXMA 4AHSA 3SYZA 1U04A 1RNHA 1SV5A 3DI6A 5DMRA 4CJTA 1NKBA 1CXQA 3NGZA 3VQBA 2Z1GA 3H08A 3ITHA 3NBPA 4OKJA 1NKCA 1DTQA 1JLAA 4I7FA 1VSEA 3HVTA 1A5WA 4XIUA 4E1MA 4C8MA 4DFJA 4MFBA 2XY5A 1LV5A 3SJJA 4DQIA 5KTQA 3L2WA 3DRPA 3KKRA 2WONA 4H8KA 4CCHA 1TAQA 3L2RA 1B92A 2F8SA 2QKKA 2DFHA 4CF0A 3V4IA 2VG7A 3P83D 3OYIA 4RW4A 3SUOA 1KVAA 2HB5A 4CJEA 1RTDA 2JGUA 4CK1A 1VSLA 1C1CA 5KRTA 4EZ6A 1ITGA 2YNGA 2Z1IA 3KK1A 4CGIA 3KIOA 3F73A 4B9SA 4KHWA 1TGOA 1VSMA 1WSFA 4I2PA 3CFOA 3NH0A 3OYBA 1LW0A 3LDSA 2VWJA 4OGCA 3OYMA 4FZXC 3MECA 4KTQA 3OVNA 1QSLA 1SL0A 2HHXA 3AVNA 3NF8A 4JRQA 4KHNA 2KFNA 4KFBA 2A1SA 3TR8A 1NK0A 4W5TA 3AO2A 4KHUA 3ASMA 1RT7A 2JLEA 2QXFA 4IG3A 4J2BA 4ID1A 3K5LA 1Y97A 4CE9A 2B5JA 5C24A 4B8CA 3LWLA 3O4QA 3HYFA 4DSIA 2IC3A 3DLHA 4YFUA 1JL1A 1WSEA 3B6OA 4DLGA 4M3TA 4BE2A 1ZBLA 1C0UA 4FLUA 3MXJA 2OPQA 1UAXA 1T03A 4AHVA 4ELTA 3KJVA 1QSYA 4FK4A 1RTJA 1RDAA 1S1UA 1A5XA 4I9LA 1SUQA 3ZT3A 1ASVA 3AV9A 3K59A 1TK8A 3V1RA 1KFDA 1HYSA 1SL2A 3AO1A 4EP5A 3L3VA 4FJXA 2VG6A 5KGXA 1X9MA 1G15A 4HCBA 1YT3A 4Y1DA 3SV4A 3QEIA 4B9NA 4LSLA 4H4MA 3WNFA 3TAPA 1VSKA 1KVCA 4CFDA 4AHCA 1NK9A 4OLAA 3C6TA 3CQ8A 1SKSA 1NK8A 4KHQA 4ID5A 2XY7A 4FJHA 1BISA 1ASWA 4FK0A 1CZBA 4DTUA 3V1QA 1DTTA 1VSFA 4Z4HA 4OKEA 1IKXA 1X9SA 2FBYA 2G8KA 2BGGA 5JS1A 2D0AA 3C95A 4CHNA 1IKYA 4LH4A 5J2MA 3KLFA 4HTUA 2Y1JA 1DLOA 3SI6A 4KI4A 3C6UA 4Z4CA 4EP4A 2D0BA 4CFCA 3KD1E 3I0RA 4CJUA 4FJMA 1RT2A 1Z25A 1QTMA 4QOZB 2HVHA 3DLRA 4E19A 4HHTA 1LWFA 2OYQA 3V9SA 4BDZA 3DLEA 1BI4B 1WLJA 1KLNA 4M41A 2XO7A 1IO2A 1X1PA 3NGYA 4MQ3A 1GOCA 3KLIA 3TAEA 4Z4FA 3ZSYA 3QEPA 1HQEA 4JLHA 2P1JA 3PO4A 3OS0A 1RT6A 4CF9A 1TKDA 4K8ZA 2EHGA 4BDYA 2OZMA 1JXEA 2D5RA 3TARA 4I9QA 3VQ7A 4B9VA 1XWLA 1U48A 4KTZA 3KK3A 3HVRA 2IAJA 5CYQA 4C8KA 2P51A 2ATQA 4JS5A 4CHZA 4KRFA 3AVCA 4OKKA 4CHOA 2RPIA 3RR8A 3PUFA 4HCCA 4DMNA 3DRSA 4N47A 4CEBA 5DK5A 5HRNA 4F3OA 4E0DA 2QK9A 3ZT0A 3ZSOA 3V9WA 5EU7A 5J2PA 4CIFA 3RMAA 4OPJA 3HL8A 2HMIA 2X78A 3CG7A 1B9DA 3VQ6A 1VSHA 3LP3A 1S5JA 3AVIA 3RMBA 3C94A 1LWEA 2O4GA 3BGRA 4CF2A 1IG9A 2G8VA 1VSDA 4J2AA 4KHSA 1TL1A 4CEDA 1ASUA 1D9FA 4CJFA 4Z4GA 3OYGA 4Z4IA 4JS4A 4PQUA 3KD5E 4IFYA 1RT4A 1S1VA 1WNSA 3EY1A 4PY5A 4N76A 2DTUA 4RW7A 4RW9A 3AVKA 4NCAA 4KTWA 4F2SA 3NF7A 3ZT2A 3OJUA 1D8YA 3CYMA 3S9HA 4KI6A 1L3VA 3VQ9A 3AVHA 3OYLA 2OPPA 3PX4A 4CJVA 3RMDA 4OVLA 1KFSA 3QEWA 2XY6A 4F8RA 1RDBA 5I3UA 3CFPA 4J2EA 3D45A 4CEZA 3HM9A 4FJIA 3PY8A 4CGJA 3SUPA 4M3ZA 5SWMA 4CJ3A 3HSTB 3LWMA 3L2UA 3QESA 1REVA 5J1EA 2YNIA 1EETA 3ALYA 3QEXA 1YTUA 4FLWA 4O5BA 4FYDA 1BQMA 2Z1HA 1BCMA 3DLGA 4BDPA 3VQQA 3L8BA 3T19A 3DM2A 4B9UA 4KREA 5D3GA 5FROA 4CF1A 2X6NA 3TABA 4O4GA 1NJXA 4FZYA 3MEGA 3PO5A 1L3UA 5HLFA 1KRPA 1TV6A 1D5AA 3SQ4A 3AVMA 4DTNA 1C6VA 1EXQA 4GMJB 3U3GA 1N6QA 4FJGA 1RTHA 4C8OA 2YNFA 4CIGA 3ZT1A 3MXMA 1UA0A 1NK6A 2E6LA 2BE2A 5HBMA 2KFZA 3LANA 2VG5A 4I2QA 3PX6A 1T05A 1HYZA 3LP0A 1XI1A 1JXBA 3K5OA 2Z1JA 5FRNA 3V9XA 4WE1A 1LWCA 3TANA 1I3AA 2ZD1A 1RBSA 1HNIA 1RDCA 2F96A 3AO4A 3NF9A 3AVFA 1VK0A 4ZHRA 3NAEA 1RBVA 4JRPA 3RTVA 4DSEA 3HK2A 1ZYQA 1RILA 1XHXA 3U6FA 3NE6A 2BANA 4DQQA 3LP2A 4L8RB 4FK2A 3HJFA 1T7PA 2KZZA 3M8QA 3A2FA 4CEQA 1BGXT 3OYCA 4C8NA 3V9ZA 2DFEA 4B9MA 1JKHA 2KTQA 1L5UA 2NUBA 3HPHA 4CFAA 4CJLA 4DLEA 1U47A 1LAWA 1W0HA 3QIPA 5FDLA 1HQUA 4KPYA 2OPSA 2XY8A 2G8UA 3KK2A 1IH7A 2ZQBA 3SQ1A 1SKWA 2OA8A 1F21A 1GOBA 4CGHA 4N41A 3ZSRA 3AA5X 4DF4A 4FJJA 3S3NA 4B8AB 3MXIA 1NK5A 4O0IA 2P5GA 4DWIA 1ZBFA 2RF2A 5HP1A 4M3WA 2Y1IA 3NGIA 3AVGA 1Q9YA 1QHTA 5KRSA 3V1OA 3L2VA 1EX4A 4NCGA 3CM5A 2HVIA 1Z26A 4LD0A 2A1RA 4FLTA 2D0CA 3I8DA 1SKRA 4R5PA 3O3HA 4HVJA 1A5VA 1QS4A 3OYJA 1R0AA 3QETA 3WNGA 3VQCA 2G8WA 4GVMA 2ZE2A 3ZSWA 2XHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V52B 4IJNA 4LFBK 3LDPA 1UOCA 2QXLA 4DQRA 1FW6A 3AA4A 2WTUA 4IFEA 3TSPA 4E7KA 4AF1A 4DU4A 1NOZA 1YVUA 2P9UB 1GLCG 1KXPA 3NVMA 3KWIA 5SZTA 3VPZA 2O8CA 3SBTA 1YI2N 2OANA 3MX2A 4DTXA 2UXCK 3AO3A 3LPUA 3IS9A 3RMCA 4M45A 3GG4A 4BRMA 4IG0A 4KKOA 3RWUA 2CGJA 1CZAN 4BR2A 1U4BA 3R9PA 4DFKA 3K9KA 4CJPA 3P38A 3EE9A 5CHIA 3NH2A 3THXB 1NK4A 5CY4A 4KO0A 3O3FA 4LSNA 3SQ2A 2HNDA 2FF3B 4DU3A 5M1FA 1E4GT 1JL2A 3D7EO 3IG1A 1XC9A 2B4JA 4KAZA 3VQAA 1JJ2M 4FJLA 1ZBHA 4OLBA 5AQFA 5E41A 3LZIA 3O5BA 3OS2A 3ISNC 4CGGA 5AQWA 4K43A 4JI1K 3W3DA 3J7AP 3E1YA 1KSPA 3AVAA 1NU0A 4DR6K 5AQZA 4PHTX 3NVKA 4FWRA 3ZSZA 4C8LA 1XNQK 5C2FA 1J5OA 5J2NA 3T1AA 4ZTFA 3IRXA 2BDPA 1NJYA 3TAQA 4BC2A 4K41A 1KAZA 3LP1A 3OYHA 5E26A 1VRTA 3DXKA 4FWNA 2VQEK 1NJWA 2P9NB 3G25A 3M3ZA 4CK3A 1JLQA 1FK9A 4KH5A 2PYJA 1JLFA 4B08A 4CEFA 3TAGA 4B1UB 5C2DA 5AQSA 4J8FA 4YNQA 4CESA 1SAZA 1WSGA 5BR8K 2QWLA 4CBXA 3M8SA 3U9ZA 4FM1A 4IEIA 3LDNA 3ULDA 2P5OA 4H0VB 4DFMA 3TSUA 1S72N 1D9DA 5HRSA 2G8FA 3VGKA 3JSMA 4H5VA 4A5AA 5KGWA 3VQ5A 5CE3A 1LW2A 3DRRA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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