4GW6A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
144
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (new york-5 isolate)
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 49
structure length 144
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gw6A00
3LAMA 4CERA 4E7JA 4DTRA 3RWUA 5DK5A 3K5OA 1VSKA 1T03A 4W5QA 3OJUA 2PZSA 1TKTA 3HP6A 4E7KA 4BDZA 1ZYQA 1SUQA 3FFIA 5FDLA 4NYNA 1L3SA 2IAJA 4PA1A 4JRPA 3KJVA 1IKWA 4KHWA 1MU2A 4Y1DA 4CEOA 3KK1A 1C6VA 2Z1JA 1XHXA 2ZE2A 3LPUA 3KTQA 1J9AA 3AA5X 3SUOA 1YT3A 5DMRA 2HHQA 4DTMA 1S6QA 1NOYA 4UQGA 1EXQA 1SV5A 4CF9A 5SWMA 1HQEA 4FJ7A 4KHQA 3HK2A 1BHLA 3SPZA 1UA1A 1NK9A 1K6YA 3OYJA 3MEEA 1NK4A 5J2QA 3OYGA 4DS4A 1VSHA 4LH5A 5KGXA 3OYEA 1CLQA 3NH1A 1RT1A 3TABA 4DMNA 3OJSA 3ZT3A 4CJRA 5KRTA 4DTOA 4DTPA 1RT3A 3AVAA 3SPYA 1R0AA 5C24A 3CFRA 1EP4A 1Z25A 3S3NA 2P51A 1NJZA 1X9SA 1Q9XA 1TKDA 1X9MA 1WAFA 3V4IA 1L3UA 4DSEA 1BQMA 4BDYA 4DFPA 4CK1A 2YNGA 4FJ9A 3VQBA 3HPGA 2VWKA 4B3OA 2HNYA 4FLWA 4N41A 3DLKA 1TK0A 2HHUA 1S1TA 4W5TA 3ASMA 4DLGA 1CZBA 5I42A 4J2BA 2ETJA 3T19A 3RMBA 4FJMA 4FK0A 3E01A 5HP1A 4J2EA 2QK9A 1VSJA 2OA8A 1FK9A 3K2PA 4KB0A 4ICLA 4W5RA 3EZ5A 4PUOA 4ZTJA 4DTNA 4FJ5A 1DTQA 3LP3A 4RW7A 5FROA 5HRSA 2IGIA 3VQ4A 4RG8A 5CY4A 3O3GA 1XWLA 3AA2A 3CFOA 3L2UA 1FKPA 3TARA 2D0CA 1QHTA 3T1AA 3ZT2A 2F96A 3AVBA 2HHTA 4B9LA 4CIGA 4KHUA 3HO1A 3VQ5A 1RBTA 2ITGA 3PUFA 2R7YA 3QESA 3M8QA 1LAVA 1S1XA 1BCOA 1ZBUA 1QQCA 4BWMA 4CESA 1SKWA 1JLGA 2BDPA 2YNHA 2VWJA 3TR8A 2RF2A 3ITHA 2XY7A 2KFNA 1B92A 2FBTA 4HUGA 4FXDA 4OLAA 3DLRA 4AHCA 4EP4A 3RR8A 1BI4A 4FJHA 4J2AA 4M3UA 2IS3A 4WE1A 2G8IA 2KZMA 4Z4CA 4CJKA 4DU4A 3U3YA 1C1BA 4FJXA 3AVJA 1SL2A 3ISNC 1WNSA 4OLBA 3AV9A 2D0BA 1GOAA 3G10A 3KLFA 3TAFA 3JSMA 1IG9A 4CJEA 2NUBA 1CXUA 4H4MA 4I9LA 4DU1A 3KK2A 2G8UA 4O44A 3V6DA 3PV8A 1NK8A 1KSPA 1RCHA 1TL3A 3VA0A 3AVMA 3SJJA 5SZTA 3SV4A 3AA4A 4DQRA 5C42A 4PWDA 3SV3A 3V9ZA 1S1UA 1WN7A 1HPZA 3MECA 3P83D 4JS4A 4DTXA 3PX0A 3EY1A 4FJIA 2Q3SA 3IAYA 3OYKA 3THVA 1J53A 1TK8A 3PX4A 2HB5A 1T05A 2YKMA 3AVLA 2Y1JA 4CJ4A 3QNNA 4FK4A 1C1CA 1NKEA 5K14A 4E89A 2B6AA 1IKXA 1B9DA 1IKVA 4E7IA 4CJLA 4TSXA 4E0DA 1BISA 1RT5A 5HRRA 3ZCMA 3WNHA 4B8AB 3S3MA 2LSNA 4RW8A 4O4GA 3AVKA 4HHTA 1TK5A 4CIEA 2XRIA 4CEEA 5HRPA 4DTUA 2QKKA 3KKSA 4B08A 3TWHA 3OVNA 4O55A 4AHVA 3DRRA 4B9UA 2VG5A 4CGFA 4KTWA 4HUFA 4FK2A 4KREA 5HLFA 3AVFA 2FBXA 3IRXA 3VQEA 4IG0A 1D9FA 1BGXT 4CGGA 1I39A 3ZT1A 3HJFA 4OPKA 1SL0A 5FRMA 3NF6A 3OYFA 2ZD1A 1EKEA 4EP5A 1X9WA 1ASUA 3VN5A 1NJWA 1BIZA 5EU7A 4FJJA 2QXFA 5KTQA 2HMIA 1YTUA 4ZTFA 4E7HA 1TAQA 4KHNA 1S1VA 3V81A 4I7FA 1N6QA 4CHYA 3TAPA 3B6OA 4E19A 4GW6A 4DSLA 1RBRA 2KFZA 1N5YA 2O4GA 4RW6A 1O1WA 4IFYA 3HPHA 3O4QA 5E41A 4FM2A 1NK6A 1LV5A 4F2RA 1S1WA 4FM1A 3QIOA 1RT7A 1KVAA 4CGDA 3SUQA 4Q0BA 1RBUA 1WAJA 4E7LA 1J5OA 1ASWA 1SKSA 2ATQA 4KB1A 4B9SA 5CZ2A 3I0RA 2YNIA 1I3AA 3AO4A 3HP9A 4DSFA 1A5VA 1JKHA 4IKFA 3OS1A 2F8TA 3KLGA 3SZ2A 2KQ2A 2DY4A 4M3WA 1JLBA 3ZSYA 4JS5A 2EHGA 4CFAA 1NK0A 3TAGA 3O3HA 4M3XA 3ZSZA 3QETA 3DRSA 4OGEA 5J1EA 2RKIA 2Y1IA 3RMDA 2HHVA 4DFKA 3B6PA 1DTTA 4JLHA 2IC3A 4ELVA 3AVCA 2QKBA 4LSLA 4Q5VA 3KLEA 3K58A 3HVTA 4NCGA 5JS2A 3VQDA 3F73A 4FLVA 4DSKA 1NKBA 4OKJA 2FBVA 3AO5A 1SL1A 4CEBA 5HROA 1JXBA 1A5XA 3VQCA 3LP0A 4E1MA 3LP2A 1ZBFA 1U45A 4CK2A 4FZZA 1VRTA 1RT2A 1QSYA 4FW2A 3SUNA 1RDCA 4B9NA 4KAZA 3MEDA 4KKOA 5J2PA 4KRFA 2HNZA 4ID5A 1BL3A 4BACA 4LH4A 1RNHA 4O0IA 2X74A 3DRPA 3HL8A 3OYHA 1RILA 1S9GA 4F3TA 3O4NA 4C8LA 4F3OA 4NCBA 4Y1CA 1DLOA 4DTSA 1VRUA 2XO7A 4KV8A 4CF0A 4CK3A 3K5MA 4M3YA 3L3UA 3QERA 3RRHA 3LP1A 1U47A 4IDKA 4CJSA 4J2DA 3AO2A 1FKOA 4G1QA 1XHZA 3LPTA 1QE1A 3D0PA 2HW3A 4YNQA 1NK5A 2X6NA 3UIQA 1QS4A 1IO2A 2D0AA 4Z0UA 3NHGA 1KRPA 1GOCA 4PY5A 1WSGA 1U49A 2P1JA 3AVNA 4CGJA 5HBMA 1NOZA 4E1NA 5C25A 3NGZA 1EX4A 3A2FA 1U48A 4Z4FA 4OPJA 4FLZA 2WONA 2PYLA 1CXQA 4HTUA 4FCYA 4HCBA 4DLEA 2GUIA 3DLHA 4CHZA 3QINA 2A1SA 1WSJA 4DSJA 1UA0A 3C6TA 2Z1IA 4CJPA 1HQUA 4KTQA 2F8SA 2HNDA 4DF8A 1VK0A 1TGOA 4K8ZA 3CM5A 3NAEA 3P5JA 4ID1A 3SQ4A 4F2SA 2P5GA 3DI6A 4OVLA 5KRSA 1RT4A 4DQIA 5HRNA 3HT3A 3OYNA 3ZSOA 1KTQA 3MXIA 3SYZA 3H08A 4NYFA 4CEQA 1F21A 4W5NA 4FJ8A 1T7PA 1L5UA 3V1QA 3ALYA 1LW0A 4KHYA 4KFBA 3VQ7A 3RMCA 1NK7A 3T3FA 2RPIA 4AHSA 2ZQBA 4N47A 3ZT0A 1KCFA 4CGIA 1KLNA 2G8WA 3HM9A 4N76A 4E3SA 1ZBHA 2FBYA 2DTUA 2BANA 3O3FA 2HHXA 2XY6A 1UOCA 2G8FA 4DQPA 4IG3A 4M3TA 3AVGA 4GMJB 3LWMA 4FLUA 3ZT4A 2G8VA 4ELUA 3RRGA 3QEIA 4CECA 1Y97A 3C94A 4C8OA 1JL2A 1KVBA 3NF8A 1HMVA 4H8KA 1QTMA 4M3RA 1YTAA 4C8NA 4BE1A 4PQUA 4B9VA 4QOZB 3SQ0A 3KD5E 4CF8A 3LZJA 3C6UA 3OYAA 4BE2A 1IH7A 2OPRA 3NF9A 4OGCA 4CJTA 1Q8IA 3QIPA 3MAQA 3RMAA 4CF2A 4CEZA 3M8PA 1S6PA 1W9HA 4DWIA 1JLAA 2IDOA 3KLIA 5JS1A 4FLYA 3OYMA 5T7BA 4DF4A 3SUPA 2OPSA 1VSLA 4CEAA 1TKXA 1KVCA 4IFVA 2GV9A 4CHNA 1D9DA 4F8RA 3VQ9A 3QEXA 3P1GA 4AHTA 3RR7A 4EZ9A 1IKYA 3WNGA 4L8RB 4N56A 3SNNA 4CGHA 4CJ3A 2EX3A 2BGGA 1KFDA 3CYMA 1D5AA 4DFJA 2X78A 4CJWA 1RBVA 2DFEA 1ITGA 2XY5A 3OYLA 3V9SA 4C8KA 1J54A 4CEDA 3VQPA 3WNEA 1S5JA 2HVHA 2E6LA 3V9WA 1HJRA 4Z4EA 3KLHA 1G15A 3TI0A 1HYSA 4BDPA 1TAUA 1HYVA 3VQQA 1HYZA 1HRHA 1C0UA 2HVIA 1WLJA 3OS0A 3L2RA 3AO1A 1SKRA 4MQ3A 3IS9A 4FVMA 3VQAA 4BE0A 1GOBA 1JL1A 1LW2A 5KI6A 3V1RA 3L2WA 5CYMA 4CHQA 3EYZA 2OYQA 4CCHA 4IBNA 3PX6A 4CJVA 3OYIA 3ZSQA 4JRQA 1EETA 3SCXA 4OJRA 3ZSVA 3NE6A 3G0ZA 4QCLA 3V1OA 3KKRA 4AILC 2PYJA 1HNVA 4RW9A 4FJLA 4XIUA 5KGWA 5FRNA 3NGYA 1VSDA 2A1RA 1BI4B 2JLEA 3F9KA 3NDKA 3MXJA 3V9UA 2GBZA 2YHBA 2P5OA 1WSFA 3QEPA 1BCMA 3DLEA 3DYAA 4DFMA 4FW1A 2XHBA 1JXEA 1B9FA 4FJKA 4Z4HA 2HHSA 4HCCA 1XC9A 4LSNA 3NBPA 5J2NA 2VG7A 4M3ZA 2KTQA 1JLQA 3HXMA 1NJXA 3LDSA 1C0MA 3QO9A 3OY9A 4M45A 4LY7A 3NF7A 4B9TA 4FJGA 4ZHRA 1QSSA 4B8CA 2E4LA 3HYFA 2DFFA 4F4KA 1FXXA 3TAEA 3PO4A 4O0JA 2KZZA 2JGUA 4Z4GA 3CM6A 1Z26A 2E6MA 4AH9A 4CEFA 1XI1A 1BIUA 1ASVA 3NH2A 3NGIA 3S3OA 3VQ8A 3SQ1A 1YVUA 1JLFA 3IG1A 1WSHA 3LALA 1RBSA 2W42A 3V9XA 5I3UA 4LD0A 3CQ8A 2PY5A 4DQSA 3ZSWA 4R5PA 2D5RA 1S9EA 3VA3A 3DOLA 2OZSA 3SI6A 2G8KA 4FZYA 1UWBA 2VG6A 5J2MA 1C1AA 1W0HA 3AO3A 2OPPA 3OYDA 3WNFA 1TVRA 3K57A 4FLXA 3LAKA 4HVJA 4CHPA 4DTJA 1NJYA 4B9MA 3OYCA 2B4JA 4CIFA 3DLGA 4FYDA 3QLHA 2RN2A 3RTVA 4CE9A 3ZSXA 1LAWA 3DOKA 4I9QA 1HNIA 3PY8A 3QEWA 1A5WA 3ZSRA 4DQQA 2OPQA 1JLEA 4RW4A 2G8HA 2YV0X 4K8XA 1VSEA 3OYBA 4C8MA 3QNOA 2DFHA 4KTZA 3M8SA 4FJNA 4O5BA 4QAGA 4KPYA 4NCAA 1LWFA 1ZBLA 3SQ2A 4KHSA 3BGRA 1JLCA 4DS5A 4CFCA 1RDAA 2YHAA 4OKKA 3KD1E 2Z1HA 1TL1A 3S9HA 4ELTA 1RT6A 2YKNA 3K5NA 3TAQA 3HPOA 1RTDA 3AVHA 1T8EA 4M41A 3LWLA 3JYTA 3M8RA 3AVIA 2YNFA 3U3GA 3DMJA 4OKEA 1Q9YA 4CF1A 1REVA 1D8YA 1RDBA 4BWJA 2I5JA 3CG7A 1RTIA 1TKZA 3MEGA 4CJFA 1RDDA 4MFBA 2IOCA 2Z1GA 3L8BA 1VSFA 3MXMA 2B5JA 3L2VA 4CJQA 3DM2A 4CJUA 1L3VA 4CHOA 4EZ6A 4DU3A 2AJQA 3D45A 3KK3A 3KIOA 1WSIA 3LANA 4HUEA 2FC0A 3VQ6A 2XY8A 1ZBIA 2OZMA 4FM0A 1X1PA 1WSEA 3TANA 1KLMA 3C95A 3TAMA 4YFUA 1RTJA 4AHRA 1KFSA 4DSIA 4M42A 1TV6A 4FZXC 1UAXA 3U6FA 1L3TA 4H4OA 4CJ5A 4CFDA 4KI4A 4W5OA 4KI6A 4I2QA 3OS2A 3NFAA 3L3VA 1LWCA 4N5SA 2HHWA 3QEVA 4KO0A 3CFPA 1CZ9A 1U4BA 4CFBA 1LWEA 4Z4IA 5D3GA 3I8DA 3K5LA 4FLTA 4AHUA 3L2QA 3PO5A 1U04A 2X6SA 5CZ1A 3HVRA 2KW4A 3AA3A 1QSLA 1C0TA 3I0SA 5CYQA 2WOMA 1NKCA 1VSIA 2BE2A 4GVMA 4I2PA 3K59A 2O4IA 3NH0A 4DG1A 3ULDA 3BDPA 1RTHA 1BQNA 1VSMA 3NCIA 3DLBA 3HSTB 3LZIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HKGA 4A2BA 1LCUA 4BGAA 2ZJQL 1Q86O 4BDZA 2D4WA 2A42A 3KTQA 2Z1JA 1XHXA 3SUOA 2NRTA 1YT3A 2GTDA 2QA4N 4UQGA 3MX2A 5M1FA 1K8KA 3HK2A 1FJGK 2HBMA 1NK4A 3MN5A 1CLQA 4BRDA 3NH1A 1VQNN 4I6MB 4X62K 1EP4A 1Q7YO 3HZ6A 1TKDA 1HPMA 4DSEA 3MX5A 5AQZA 3VQBA 2ZWHA 5BRFA 4N41A 3DLKA 4W5TA 4QS8A 2ETJA 2OA8A 1FK9A 4ICLA 4PUOA 3LP3A 5FROA 2Q97A 2IGIA 1XWLA 3CFOA 2D0CA 3T1AA 2F96A 1E4FT 2HHTA 4BR5A 4B9LA 2ASMA 3CXCM 1SKWA 1ZBUA 1BCOA 2GWKA 1JLGA 4JN4A 2VWJA 2AA4A 2RF2A 2XY7A 3HI0A 2FBTA 4HUGA 4FXDA 3DLRA 3RR8A 4FJHA 1BI4A 2ITMA 4WE1A 3MN6A 3U3YA 2FLOA 3O9UA 1C1BA 4FJXA 3CQXA 3SMSA 3AV9A 2D0BA 3G10A 3KLFA 2F9TA 3JSMA 3TAFA 4BG9A 4CJEA 5LJWA 1CXUA 3UKRB 3KK2A 4CD1A 3DJCA 3CJBA 1WN7A 1HPZA 3P83D 4FJIA 4CJ7A 3U9DA 3OYKA 4LF9K 3PX4A 4OPAA 1T05A 4FWNA 1IV0A 1MWKA 1B9DA 4LF5K 3F2KA 4E0DA 4TSXA 1BISA 4WFAL 3S3MA 1NGHA 1NWKA 3H6EA 1TK5A 3AY9A 2WTUA 1WUAA 3B8AX 3C7NA 3D2FA 3D7EO 1MDUB 4KREA 4WQ4C 2DPNA 1P90A 4MLEA 3VQEA 1MWMA 1D9FA 1BGXT 3TTDA 4OPKA 1SL0A 3L4QA 3J81O 1EKEA 4H0OA 3VN5A 5EX5A 2P9NA 3M3ZA 5KTQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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