4GW6A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
144
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (new york-5 isolate)
total genus 49
structure length 144
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gw6A00
4B9VA 2ATQA 4IDKA 1S6QA 4DF8A 4I9LA 1QHTA 2LSNA 4KI6A 1NK7A 3HP9A 4FJ7A 3NH1A 2OPPA 3DLGA 1RBSA 1UOCA 4O44A 4CFDA 4ZTFA 1JL2A 2VG5A 3NF9A 4BWMA 3VQQA 3SQ1A 3V9WA 2B4JA 1TKTA 3NGYA 3AVFA 3AVGA 4EZ9A 3NE6A 3VQ8A 1XWLA 4GVMA 1ASWA 4CIEA 4I2PA 1IG9A 3MXJA 1EP4A 4H4OA 5KGWA 4B8CA 1LWFA 3K5NA 3SUNA 3AVBA 4ID5A 3ZT0A 1XI1A 1SL1A 3VQ9A 4RG8A 4FJKA 1KFSA 4JS4A 4Z4GA 2VWKA 4PA1A 3HT3A 1I3AA 1Y97A 2BGGA 3VQ7A 4CJLA 4L8RB 5CYMA 4ZTJA 2DY4A 4M3YA 1NOYA 3AV9A 1TKDA 3O4QA 3QESA 2HHWA 1JLGA 4OVLA 1BL3A 1LAVA 1RDCA 4DTNA 5CYQA 2JGUA 5HBMA 1D9DA 3ZSVA 3C6UA 4FJNA 2HB5A 3ASMA 1RTDA 1JLEA 5J2PA 1XHZA 1RT4A 2FC0A 2FBVA 3P1GA 3SUQA 3NF6A 1VSFA 3OS0A 1D8YA 1JLCA 3B6OA 3TABA 3DOLA 1S9GA 1SV5A 1JXEA 2G8FA 1HYSA 3LP2A 4CGDA 1S6PA 2ZQBA 4DQQA 5FROA 4FYDA 3MXIA 5I3UA 1UA1A 4YFUA 2ETJA 4LSLA 1Z26A 3AVNA 1RBUA 1QTMA 2X6SA 1BQNA 4M42A 4FCYA 3KK2A 3O3FA 4M3XA 3O4NA 5JS1A 3S3MA 1SL0A 2QK9A 4BE2A 4HCBA 1XC9A 4DTPA 2BDPA 1C1AA 4PY5A 4FM0A 2YV0X 4ICLA 4GMJB 4KHUA 1WN7A 1B9DA 4N76A 2BANA 3HM9A 1GOAA 2OA8A 1C1CA 2YNIA 4OPKA 2PYLA 4B9MA 4B3OA 3EYZA 1R0AA 3QO9A 4QOZB 4FZXC 1LAWA 1Q8IA 3MEDA 3NF7A 4FLZA 5FRMA 1T7PA 1C0MA 4FJMA 3EY1A 4CK3A 3AO4A 1DTQA 5JS2A 3TR8A 1EX4A 1QSLA 3AVJA 2WOMA 4DSFA 1QS4A 4MQ3A 1T05A 3HPGA 3NAEA 3ZSOA 1S1VA 1EETA 3V1RA 4CF1A 3K5LA 4CF8A 1YVUA 3SPYA 1HPZA 2ZD1A 3DLEA 3AVMA 3TAQA 4XIUA 1UWBA 4GW6A 3TARA 5KTQA 1LV5A 3KD5E 2GV9A 1ZYQA 1NJWA 1KRPA 3QEWA 4CESA 4KRFA 1TGOA 3L2WA 3HSTB 1N5YA 4O0JA 3DM2A 4F2SA 2HMIA 3DMJA 1FKPA 3NF8A 1NK4A 4CGGA 3HPOA 1FXXA 3UIQA 3TAGA 4KAZA 1QSSA 1C1BA 1U04A 4JRQA 4OLBA 4KFBA 4DS5A 2G8HA 3AVCA 1L3VA 4CEZA 3S9HA 3T1AA 2HNZA 3V1OA 3OYDA 4RW7A 3MXMA 4FJJA 4CJEA 3SUPA 1KFDA 4DU3A 3TI0A 3AO5A 1XHXA 4FK2A 1QSYA 2EX3A 5C24A 3VQAA 3SZ2A 2B5JA 4CGJA 2YNGA 3QEIA 2YKMA 3DOKA 4Q5VA 3OYIA 2GBZA 5CZ1A 3AVHA 3LAMA 1SKSA 1HNIA 1S1UA 1TK0A 1SL2A 4ELVA 4E7JA 3D45A 3TAFA 1LW0A 4M3TA 4CEDA 3NHGA 4CJFA 5C42A 1X9SA 3DLRA 3OYCA 3OYHA 4FLYA 4E19A 3RMBA 2HHVA 1BI4A 4DF4A 3F9KA 2Y1JA 2HHSA 4EZ6A 1IKVA 4BE1A 3AA2A 1NK5A 4EP4A 4FLTA 4CJWA 3PX4A 3L3UA 3RMCA 4CF9A 1RT3A 3HO1A 3K5OA 5C25A 4CJKA 4FLWA 3V9SA 5HRNA 1VRTA 3V9XA 1KLNA 4KB0A 4FW1A 4DMNA 4QCLA 1HYZA 1RBTA 3LP1A 2Z1GA 4LH5A 1I39A 4HTUA 4DQIA 4DSLA 4DQPA 3M8PA 2YHAA 3LPTA 3KTQA 3NDKA 4NYFA 1FK9A 4FLXA 2HHTA 1B9FA 1W9HA 4HUGA 4IFVA 3PX0A 3V9ZA 1BIZA 3MEEA 3OYNA 3M8RA 2RPIA 2OPQA 2X6NA 4I2QA 2KQ2A 4Y1CA 2P5OA 5CY4A 3V4IA 3WNHA 5J2MA 1CXQA 3FFIA 4CHYA 3K57A 2QXFA 1RTHA 4QAGA 1JL1A 4CHOA 4W5OA 3TAEA 1TK8A 4DTOA 3ZSWA 3RTVA 3IAYA 1MU2A 4IG0A 3AO3A 3C94A 5HRSA 1TL3A 1CZ9A 4RW6A 4Q0BA 1NK8A 1NJXA 4CCHA 4E0DA 4CFBA 3LWMA 4RW4A 5CZ2A 2WONA 4J2DA 1WSHA 1B92A 3BGRA 3V81A 4KV8A 4DTUA 3S3NA 3SPZA 1IO2A 3RWUA 3CM6A 3LP0A 3O3HA 1JXBA 4AHVA 2F96A 5KGXA 4W5QA 4I7FA 1TKXA 3B6PA 4DS4A 4OLAA 3PUFA 1GOBA 3KK3A 3SI6A 1VSJA 3HJFA 4E7IA 4FM1A 2QKBA 1LWCA 3PX6A 3ZSZA 1RTJA 4CJ3A 4ZHRA 4C8KA 3OYGA 4M3UA 1BCOA 3AVLA 1X1PA 2FBTA 2OZMA 3DI6A 1IKWA 4J2EA 1A5XA 1S5JA 3TWHA 3T19A 3CFOA 3KD1E 2HW3A 1BIUA 1Q9YA 2JLEA 2Z1JA 4H8KA 4KI4A 1VSDA 3ISNC 3RRHA 4FZZA 4AHUA 3LP3A 3HP6A 3C6TA 5HRRA 4N41A 1HYVA 1JLAA 2A1SA 2X74A 5T7BA 2IC3A 2KW4A 3VQ4A 3ZSRA 3DRSA 1GOCA 3NGZA 2HNDA 3OYBA 2XO7A 2XHBA 1KVBA 1KTQA 1A5WA 1KLMA 3KLFA 1VSIA 3LWLA 3EZ5A 4LSNA 3U6FA 1X9WA 1RTIA 3AA5X 4J2BA 3OYLA 2VG7A 3BDPA 1WSJA 3ITHA 1WSGA 4DFKA 1S9EA 3KKSA 2YKNA 2G8UA 1HQUA 2DFHA 3SUOA 3VA0A 4J2AA 3IRXA 1TKZA 1QE1A 3THVA 1TAQA 4DFMA 4CERA 4O4GA 1A5VA 4KHQA 4CJ4A 3V1QA 4HCCA 4C8OA 4AH9A 4WE1A 4LD0A 4DLEA 1TV6A 1RDAA 1RDDA 1NJYA 3S3OA 4I9QA 1ZBIA 2D0AA 4FJHA 1CLQA 3HK2A 1RT6A 4OGCA 4B8AB 4DTRA 3QETA 5HLFA 4KPYA 4KHSA 4IFYA 3L2QA 1S1WA 4CGHA 2G8WA 3PO4A 3ZT3A 4CEFA 5EU7A 3SQ2A 4DFJA 4Y1DA 3ZCMA 4N56A 3ZT2A 3JSMA 4F8RA 1EXQA 1RILA 1RT1A 4CJRA 4JLHA 2PY5A 5KRSA 1ASVA 1TL1A 2BE2A 3L2VA 3ALYA 4IBNA 1U47A 4FJXA 1Q9XA 1NK9A 4ID1A 3DLHA 3RR7A 5I42A 4OGEA 1L3UA 4HUEA 4M3ZA 4ELUA 1NOZA 3AA3A 3KKRA 4E1NA 1EKEA 4Z0UA 3PV8A 4AHTA 1JLFA 3O3GA 3SJJA 4R5PA 2VWJA 2VG6A 3SV4A 4RW9A 4CEOA 3OY9A 4Z4IA 3CG7A 2YNHA 4C8LA 2EHGA 3ULDA 1O1WA 4W5NA 3HVRA 4AHRA 1DLOA 3NCIA 2AJQA 3CFRA 4F2RA 4FJ5A 3TAMA 3WNEA 4B9UA 4G1QA 3CQ8A 4CFAA 4CEQA 3OYEA 4IG3A 4C8NA 2OPSA 4CEBA 4Z4FA 2YNFA 2E6LA 3OJSA 4O0IA 1RDBA 3M8QA 3ZT1A 1VSHA 3I0SA 2HNYA 1L3SA 4DLGA 3VQBA 1BI4B 3HYFA 1U48A 3QEVA 4DWIA 4Z4EA 3WNFA 3DRRA 4FJ8A 2IAJA 3QIOA 3AVAA 1C6VA 5FDLA 4DTJA 2RN2A 5KI6A 1NKEA 2XY6A 4DSJA 4KB1A 4DU1A 1L3TA 4ELTA 1LW2A 3SV3A 4FJGA 4K8ZA 1RBRA 3G0ZA 4B9TA 3K59A 1JKHA 4CF0A 4TSXA 3T3FA 1VSLA 3U3GA 4DTXA 3PY8A 3SYZA 3AA4A 3PO5A 2ZE2A 2IOCA 1VSEA 1S1XA 4BDPA 3U3YA 1NK6A 3D0PA 1VRUA 4DSIA 4E7KA 4KHYA 1VSKA 3QNOA 2QKKA 1SKWA 4B9NA 4IKFA 3OVNA 2XY8A 4JRPA 2P51A 4Z4HA 2XY7A 4FK0A 4F3TA 1HRHA 4AHSA 2Z1IA 1X9MA 4DQRA 3KK1A 3VQ5A 1BHLA 2G8IA 2KZZA 1FKOA 1K6YA 1KCFA 1UAXA 3VQ6A 5SWMA 3KLGA 4B9SA 3TANA 4KREA 2X78A 4OPJA 4NCBA 4CFCA 1ASUA 5HROA 3G10A 4CEEA 4KKOA 1TK5A 1ZBUA 1IH7A 5HRPA 2R7YA 3I8DA 1RT7A 4E7LA 4BWJA 4BDYA 1VK0A 3RR8A 1YTAA 4CF2A 1D5AA 4HVJA 4DTMA 2OPRA 1BQMA 2HHUA 3K58A 4PUOA 3L2UA 3NFAA 3ZSXA 4CE9A 1REVA 2FBYA 5K14A 4BACA 4BE0A 5HP1A 4NCAA 4FZYA 2DTUA 1YT3A 3VN5A 2RKIA 3AO2A 1J9AA 1CZBA 3QEXA 1NKBA 1J54A 2GUIA 3NBPA 1BCMA 1TAUA 1KVAA 3KLIA 2HHXA 3NH0A 4AILC 4FJLA 3LPUA 4JS5A 3HXMA 2F8TA 4H4MA 2IGIA 2P1JA 2ITGA 3HVTA 5KRTA 3KLEA 1SUQA 1WSIA 3M8SA 3OYMA 3LDSA 1Z25A 2F8SA 3K5MA 4HHTA 1U49A 2G8VA 1SKRA 1RT5A 4K8XA 3HL8A 4N47A 3A2FA 1BISA 1WNSA 4CIGA 1KSPA 3OS1A 1HJRA 3VQEA 3SQ4A 2B6AA 1WAJA 1T8EA 1TVRA 2OZSA 5J2QA 3L8BA 3LANA 4KTZA 3OYJA 3QERA 2HVIA 2PZSA 3OYAA 2O4IA 1ZBFA 4M45A 5DK5A 2KTQA 4CJPA 4FM2A 4CHPA 1W0HA 2DFFA 4FK4A 4CK2A 4C8MA 2P5GA 1RNHA 2HHQA 3RRGA 3JYTA 3KJVA 3QINA 3ZT4A 2OYQA 4KHNA 4DQSA 2KFZA 1YTUA 3TAPA 1JLQA 1U45A 2D0BA 3LZIA 3QEPA 4B08A 3DYAA 4E7HA 2Y1IA 2O4GA 2A1RA 2D0CA 5J2NA 4CIFA 2YHBA 4DTSA 2D5RA 1WSEA 3LALA 4MFBA 4LH4A 2RF2A 2XY5A 1NKCA 4FJ9A 2W42A 4W5RA 4NCGA 4O5BA 4M3WA 1D9FA 1BGXT 1RT2A 4CECA 3LZJA 4DSEA 3AVKA 3VQPA 4HUFA 1ZBHA 1JLBA 1WLJA 2IDOA 3V6DA 4RW8A 4CK1A 3ZSQA 3MECA 2XRIA 1UA0A 3MAQA 3IS9A 2HVHA 4OJRA 3RMDA 4CJ5A 1VSMA 3IG1A 5DMRA 1CXUA 2Q3SA 3CYMA 3P83D 3OYKA 4CJUA 3SCXA 1NJZA 1F21A 1IKXA 3L3VA 3MEGA 3K2PA 5SZTA 4YNQA 4CGFA 2FBXA 4W5TA 4FLVA 4DU4A 1C0UA 3AO1A 3CM5A 2PYJA 1WSFA 4DG1A 4CEAA 1HNVA 3DLBA 5FRNA 4B9LA 3I0RA 4CGIA 3NH2A 3F73A 4FXDA 4E89A 4EP5A 4N5SA 1C0TA 4DFPA 1WAFA 2E6MA 5E41A 4E1MA 1L5UA 4CJSA 4AHCA 3RMAA 1HQEA 5J1EA 1T03A 1J5OA 3DRPA 4O55A 3VQDA 3OYFA 3LAKA 3C95A 4NYNA 4CHZA 4KTQA 3VQCA 1NK0A 3QLHA 1ITGA 3ZSYA 4PWDA 3KIOA 3OS2A 3KLHA 2G8KA 1DTTA 4FLUA 3WNGA 4DSKA 4Z4CA 4F3OA 1G15A 3DLKA 4FW2A 3SQ0A 3HPHA 4OKJA 1LWEA 3QIPA 2E4LA 3SNNA 4FJIA 4OKEA 4BDZA 3QNNA 1U4BA 4FVMA 3L2RA 2KFNA 3VA3A 3P5JA 2I5JA 1RBVA 1IKYA 4UQGA 4CHNA 4CHQA 3AVIA 4CJVA 3CFPA 2DFEA 5D3GA 4LY7A 4M3RA 2KZMA 1N6QA 4KO0A 4E3SA 1KVCA 1QQCA 1ZBLA 4M41A 1J53A 2Z1HA 3E01A 1HMVA 4CJQA 2IS3A 4OKKA 1RCHA 3H08A 3OJUA 4KHWA 4CJTA 1S1TA 4PQUA 3V9UA 4F4KA 4KTWA 2NUBA 3NGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B9VA 5JVGL 4IDKA 1HR0K 1S6QA 4DF8A 4KI6A 1QHTA 5LL6Z 1NK7A 1RBSA 5AQKA 4NB4A 3CQXA 3SQ1A 3K9JA 1HNZK 3AVGA 4H03B 3NE6A 1XWLA 4CIEA 3QB0A 4I2PA 4H4OA 1T6CA 1XI1A 4QS9A 3E66A 4H0VB 1I3AA 1Y97A 3F5TA 3QICA 4L8RB 4YDUA 1NOYA 4YOWA 4DTNA 5CYQA 2JGUA 2YCHA 3SMPA 3LDNA 1D9DA 4B1YB 2HB5A 3TU5A 5J2PA 2FBVA 4IOCL 3NF6A 1JLCA 1HYSA 3GE1A 5DM6L 2HBMA 5FROA 3MXIA 4FYDA 2IVNA 2X6SA 2AP1A 2ZWHA 4FCYA 3EZWA 4WF9L 4O5FA 4BE2A 1XC9A 1WUAA 2YV0X 4ICLA 2CH5A 3R1XA 1WN7A 1B9DA 4NXNK 1E3MA 1OH5A 1NLVA 3EEQA 1C1CA 4OPKA 4YDUC 4B9MA 2Q1NA 4B1VA 3CQYA 1K9MO 4FZXC 3MEDA 5FRMA 1T7PA 2KLAA 4CK3A 1ZXOA 1CZAN 3HSCA 3AVJA 5BRDA 4DKWA 3AAQA 3V1RA 3K5LA 1YVUA 1HNXK 1UWBA 4GW6A 3FZHA 2YHXA 2GV9A 1NJWA 1KRPA 3F2KA 3L2WA 3HSTB 5BPLA 2UXCK 3U8XA 4LFBK 3NF8A 4JI3K 4CGGA 4OLBA 4KAZA 4FWNA 4JRQA 1L3VA 2OTLN 5AQQA 4CI6A 3OYDA 5BPNA 3MXMA 4FJJA 3JXUA 4E1JA 5GINA 3SAGA 2EX3A 5C24A 3DOKA 5EXWA 1SL2A 4E7JA 5E84A 2VGNA 1X9SA 3G4SN 1BI4A 2Y1JA 1IJJA 4EZ6A 1NK5A 4EP4A 1GLBG 3V9SA 1VRTA 4KB0A 4LH5A 1I39A 4HTUA 3EL2A 4H5RA 3KK7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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