4H8KA

Crystal structure of lc11-rnase h1 in complex with rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
KIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMNSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of metagenome-derived LC11-RNase H1 in complex with RNA/DNA hybrid
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Uncultured organism
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 45
structure length 138
sequence length 138
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4h8kA00
1WN7A 1LW2A 3AO2A 1D5AA 2XY5A 1VSJA 1XI1A 4FJ9A 3ISNC 1KLMA 5C24A 1X9SA 4B8CA 1JLAA 4FCYA 1NK7A 3QEVA 3AV9A 4CFBA 4N56A 3SUQA 3AA3A 3OYGA 4E7KA 1CXQA 3UIQA 1ZBFA 2D0BA 5FDLA 2KFNA 4FLZA 4CHYA 4LSNA 4CJ3A 1U4BA 1WSEA 1A5XA 1HNIA 3OYAA 4NCBA 3L3UA 5CY4A 3DLBA 4Q5VA 3O3FA 5KGWA 3KD1E 4KO0A 2P5OA 2HW3A 1SUQA 3L2VA 4FJJA 1NOYA 2QKBA 4DSEA 4DMNA 3PV8A 1UWBA 3RRHA 1VSFA 5SWMA 1D8YA 1ZBIA 4J2EA 1RTHA 1VSMA 2Z1HA 4H4OA 1RT5A 3SUOA 1N6QA 2OPQA 4AHVA 4HVJA 3AVAA 1BIZA 3OYNA 4NCAA 3SPYA 3HP9A 4CGGA 4CIGA 1KRPA 3V1QA 3VQ5A 1TK8A 4YFUA 3AVIA 1J9AA 4LH5A 2DFEA 1ASUA 3NH0A 4KV8A 3U3GA 3C6UA 2R7YA 3ZSVA 4DSFA 3AVGA 3U3YA 2P1JA 4B9MA 1ZYQA 4IBNA 5E41A 2IAJA 3DRSA 3QINA 3QIPA 1VRTA 1WAJA 4CGHA 2O4IA 3SJJA 5KI6A 5KRSA 3ASMA 1I3AA 1EKEA 4B9SA 1HQUA 1IKXA 3BGRA 4CF8A 1TAUA 4KHSA 1WSJA 1C6VA 4AHCA 3LP0A 4OVLA 1XC9A 4HCCA 3LZJA 4Z4EA 1BI4A 3G0ZA 5HLFA 3PX6A 3HM9A 1F21A 2FBVA 3KJVA 1RBSA 2Z1GA 4CEQA 4DTJA 3IAYA 4CK1A 4CK3A 1ZBLA 5HRNA 3V81A 4ELUA 4H4MA 1FK9A 4ELVA 1BQMA 3PY8A 2Z1IA 1J54A 4CGJA 2LSNA 4DF8A 2PY5A 2KQ2A 4CJQA 4CHOA 4CF9A 3FFIA 4CIFA 3NAEA 4FM0A 2X74A 4F2SA 1VSEA 3OS1A 1CZBA 3QETA 3C94A 5K14A 4DFPA 4DTXA 1IO2A 1LWFA 1NKEA 4KREA 4O44A 4B9LA 1BHLA 2A1SA 3L2RA 1KFSA 1RTDA 2G8VA 2KZZA 4CHNA 1DTTA 3RMCA 2XY8A 4FZZA 1JLEA 1RTIA 1HJRA 3K5LA 1T7PA 1T05A 4Z4IA 3ZT0A 4DG1A 3NF9A 4KTWA 4Z0UA 3VQEA 2OA8A 3LWMA 4O0IA 1QQCA 1NJXA 3T1AA 2VWJA 2G8WA 3VQ4A 1C0UA 5SZTA 1TK5A 1HYZA 1RT6A 1O1WA 4I7FA 5CZ2A 4HUGA 3RTVA 4GVMA 4FM1A 3O4NA 3PX4A 1U49A 4FW2A 4CF1A 1I39A 1W9HA 1J53A 3ZSOA 5KTQA 4B9TA 4J2DA 1NJZA 3DLEA 1EP4A 4LD0A 4E19A 3QERA 4DWIA 4ICLA 1LWCA 1UOCA 4CCHA 4BACA 3D45A 3NBPA 4BE0A 2YKMA 1S6QA 5HP1A 3SUNA 3LDSA 1IG9A 3SQ1A 2HHSA 4DTUA 4UQGA 5KGXA 2KW4A 1NKCA 4B8AB 4N76A 2XHBA 3P1GA 3SUPA 3KKSA 3EY1A 1X9MA 2PYJA 1NK0A 3V9UA 4CGDA 2KFZA 4CJEA 1C0TA 1JLGA 3DRRA 3V1OA 4BDYA 4DU3A 3TI0A 3VQ9A 2KZMA 4M41A 1W0HA 3OYEA 4M3UA 1DLOA 2IOCA 4EP5A 4CERA 5I42A 1TGOA 3LP2A 4BWMA 3I0RA 2W42A 4FLTA 2QKKA 4DSLA 1FKPA 1S9GA 4OKEA 4W5RA 1S1UA 3K5OA 4M45A 3RMAA 4PY5A 5HRPA 1VRUA 3C95A 1GOAA 3ZSWA 3SV3A 3LWLA 1JLCA 1NK9A 4M3ZA 1YVUA 1A5VA 4JLHA 4CECA 4KTZA 4RG8A 2HMIA 4QCLA 5JS2A 3PUFA 2DFHA 3WNEA 1BIUA 2GV9A 1DTQA 1JKHA 2X6NA 2IS3A 3CM6A 3TR8A 3AVNA 3LANA 4W5QA 3L2UA 3K5NA 1ITGA 1UAXA 3NGZA 2DTUA 3NHGA 3DMJA 4FJMA 1JL1A 1TL1A 4LSLA 3HJFA 1SKSA 1FKOA 3L2WA 4JS5A 3TAEA 3KKRA 1X1PA 4ELTA 4KFBA 2QK9A 5CZ1A 4O4GA 2B4JA 5HRRA 3VQ6A 3V9SA 3QEIA 4PQUA 3PO4A 4GW6A 3AO3A 4RW7A 4BE1A 3NGYA 1TKZA 4M3TA 3TABA 1CXUA 5FRNA 4E3SA 1C1CA 2B6AA 2HNYA 4DTSA 3VQAA 3ZT3A 1NKBA 1WSGA 2QXFA 3MEEA 3HSTB 1D9FA 1B92A 1SL0A 4IDKA 1XHZA 1KLNA 4DQIA 1IH7A 4RW9A 3NF7A 2GUIA 2VG6A 4FM2A 3OYIA 3RMBA 4DLGA 3BDPA 4KHYA 1EXQA 2BE2A 2Q3SA 4EZ9A 4E7IA 1VK0A 1TKXA 4OKKA 4E7HA 3DM2A 3HK2A 3B6OA 1TVRA 3OJSA 4CEAA 1JLFA 4KKOA 1JLBA 3V4IA 2E6MA 4J2AA 4DQSA 1QE1A 3ZSRA 3AO1A 4CHQA 2YHBA 4CEDA 5JS1A 3AO5A 3HL8A 2RPIA 1RILA 3RWUA 1JXEA 3QO9A 4DQRA 4Q0BA 1QHTA 4Z4HA 1TAQA 4F2RA 1MU2A 4CF0A 1RDCA 3OYKA 1D9DA 3G10A 4N47A 2HVIA 4CJVA 4DFMA 3SNNA 4DS4A 1Y97A 3HPGA 3O4QA 4FK2A 2ITGA 4KI6A 3KLIA 3S3MA 2OZMA 2G8HA 3TAPA 4FJKA 3IG1A 2DFFA 1HNVA 2BANA 4CJ4A 4CEZA 2VG5A 5J2NA 5D3GA 2YNIA 2NUBA 3DYAA 3I8DA 3VA3A 4HUEA 2KTQA 2XO7A 2Z1JA 3TANA 3MEDA 1U48A 4Z4FA 3MECA 4HHTA 1WSFA 2XRIA 3F9KA 1BISA 3MEGA 3MXJA 1VSLA 3ZSYA 4OPJA 3SQ0A 4LH4A 4RW4A 4R5PA 1RCHA 3NH1A 4LY7A 3SQ2A 1S1VA 1WNSA 1CZ9A 5CYQA 4JS4A 4DTRA 4C8KA 1RDBA 3DLKA 4CFAA 4M3YA 4CJUA 3OS0A 2G8IA 4QOZB 2DY4A 5KRTA 2HHQA 3CYMA 4KHWA 4IFYA 4GMJB 1U47A 2HNDA 3WNGA 3K57A 4CEOA 4PUOA 3L8BA 2ZQBA 3OYJA 1RBUA 2HHXA 5T7BA 3HXMA 5J2PA 1EETA 1HYVA 2B5JA 1J5OA 1T03A 1QS4A 4AHTA 4FJNA 4KI4A 1B9FA 5I3UA 4FZYA 2E6LA 2P5GA 3IS9A 4CJWA 2OZSA 3AA5X 4Z4GA 3U6FA 1K6YA 4C8NA 2OPSA 1YT3A 1NOZA 4FLYA 1IKYA 2G8UA 3NF8A 3SPZA 1FXXA 3OYMA 3SI6A 4ZTJA 3LPTA 1RDAA 3KIOA 3PX0A 4CJSA 1HRHA 2FC0A 4N41A 1SL1A 1EX4A 3K5MA 4DTOA 4DLEA 1VSKA 3HYFA 3NCIA 3QNNA 3JSMA 5J1EA 3O3HA 1RT2A 4I9QA 3DRPA 4E89A 4ID5A 3OYCA 5CYMA 3IRXA 3V9WA 4PA1A 5C25A 4CFDA 2O4GA 3S3NA 4B9VA 2EHGA 3OYLA 4E1NA 4KAZA 1TV6A 3M8PA 1R0AA 2D0CA 4M3XA 1HPZA 3AA2A 3LAKA 3B6PA 3NDKA 3HO1A 1RT1A 4M3RA 3WNFA 4KB0A 1QSYA 2YV0X 1BGXT 2FBTA 4JRQA 3TAMA 1RBRA 3RRGA 2G8FA 4L8RB 2RKIA 1RNHA 3VQCA 1BL3A 3ZCMA 4DS5A 5J2MA 3SQ4A 3HT3A 1WAFA 3K59A 3HPOA 3A2FA 4C8LA 2X78A 3NGIA 4DQQA 1L3TA 1LV5A 1ASWA 2YKNA 2ETJA 1NK4A 1QSSA 2P51A 4M3WA 1TKTA 4DSJA 3MAQA 1GOBA 2PYLA 5HROA 4FXDA 3ZSXA 4CJ5A 3KLEA 1L5UA 3NE6A 3LAMA 3QNOA 2IGIA 4CJTA 4CJKA 4FLXA 3O3GA 3DLRA 4CK2A 3V1RA 3LALA 1BQNA 4Z4CA 4B9UA 3ZSZA 1C1BA 3MXIA 1WSHA 3M8QA 4FYDA 3TWHA 3EZ5A 2PZSA 4AHUA 4C8OA 4O5BA 3C6TA 4CEBA 1U45A 4CJPA 1NJYA 1ZBUA 2JLEA 3ULDA 3CM5A 2FBXA 4B08A 3TARA 1REVA 3S9HA 4O55A 2A1RA 4DTNA 2WONA 2EX3A 3AVLA 4HTUA 3QEXA 4ID1A 3KK1A 4ZTFA 1RT7A 3D0PA 4OLBA 3VQQA 4DFKA 2IC3A 3L2QA 1VSIA 3ALYA 1C0MA 1VSDA 3CQ8A 1S5JA 3V9XA 4KHUA 4I2PA 4AHRA 3TAGA 1TKDA 1CLQA 4W5OA 4CIEA 4FZXC 4DTMA 1Q9XA 1KVCA 4E7JA 4C8MA 4FJXA 4I2QA 4W5TA 4Y1DA 4CJRA 3HVRA 3I0SA 4HUFA 3AVFA 2F96A 2HNZA 4OGCA 3OYDA 3JYTA 2JGUA 4FLVA 1QTMA 5FROA 4FK4A 4F3TA 1S1WA 4FK0A 2BGGA 3HP6A 3VQBA 4FLUA 1ZBHA 3OYHA 4YNQA 4KB1A 4Y1CA 4N5SA 4IKFA 2D5RA 4DU4A 4EZ6A 5FRMA 2HHVA 3RMDA 3MXMA 3OYBA 3KK2A 3RR8A 3VQDA 1U04A 1KVAA 3AA4A 1N5YA 1XHXA 4CEFA 4AILC 1RT3A 3QIOA 3KD5E 4FJLA 2ZE2A 3VA0A 4CESA 1S9EA 1NK6A 1L3VA 1TK0A 1L3SA 3NF6A 4FVMA 3TAQA 2RF2A 2RN2A 1NK5A 3K58A 4J2BA 2BDPA 3AVCA 4KRFA 1JXBA 1RTJA 2YNFA 2IDOA 3VQ8A 3SV4A 1Z25A 3SCXA 2AJQA 4W5NA 1YTAA 1SL2A 3KLFA 1WSIA 3AVBA 4ZHRA 2YNHA 3KLHA 2Y1IA 4FJHA 4IG0A 4CGFA 1RBTA 4HCBA 3OYFA 4BDZA 4IFVA 5J2QA 1ASVA 3VN5A 3SYZA 1JL2A 4CF2A 2G8KA 4FLWA 1WLJA 4K8ZA 1X9WA 2XY6A 3ITHA 4RW8A 1HQEA 3ZT2A 3OY9A 3F73A 2GBZA 1SKWA 4O0JA 4F8RA 4CHPA 4MQ3A 1BI4B 3EYZA 4OPKA 4K8XA 4RW6A 3TAFA 3P5JA 4AHSA 2HB5A 4NCGA 4DFJA 4OLAA 2ATQA 3CFPA 1KVBA 3KTQA 4OJRA 3E01A 3CFOA 1RT4A 1LWEA 1KFDA 4B9NA 4FJ7A 1HYSA 3DLGA 1C1AA 3KLGA 1SKRA 4MFBA 4NYNA 3PO5A 2FBYA 1BCOA 1XWLA 2D0AA 3H08A 3HPHA 1TL3A 4I9LA 4OKJA 5DMRA 4H8KA 3CFRA 1B9DA 2YNGA 4CHZA 3THVA 1KSPA 2Y1JA 3M8RA 3KK3A 4B3OA 1RDDA 2F8SA 1KCFA 2E4LA 2I5JA 3QESA 1T8EA 3P83D 4FJ8A 3LP1A 4CGIA 4WE1A 1UA0A 1Q8IA 2OPRA 2XY7A 4CEEA 3NFAA 3AVMA 3LPUA 1IKVA 4BWJA 2HHWA 3ZT4A 2OPPA 3AO4A 4CE9A 4IG3A 3WNHA 4CFCA 1LAVA 1Z26A 4FJIA 2VWKA 3CG7A 1SV5A 4FJGA 1LAWA 3V6DA 4KHNA 3DLHA 4TSXA 1QSLA 4OGEA 3RR7A 5C42A 2VG7A 3AVHA 3LZIA 3V9ZA 1NJWA 3QEWA 3LP3A 4G1QA 1S6PA 3DI6A 4XIUA 4M42A 1S1TA 1KTQA 2OYQA 1LW0A 1L3UA 4CJLA 4DQPA 4F4KA 4QAGA 4E0DA 2X6SA 4PWDA 1VSHA 4NYFA 3AVKA 2F8TA 4DU1A 4KHQA 1YTUA 4AH9A 2HHUA 1NK8A 4DTPA 4FJ5A 5HBMA 1A5WA 1RBVA 2ZD1A 4JRPA 3OS2A 4E7LA 1IKWA 3ZSQA 3M8SA 3SZ2A 4DF4A 1UA1A 1JLQA 1S1XA 4EP4A 4F3OA 3T3FA 2YHAA 4CJFA 3DOLA 3DOKA 3AVJA 2WOMA 3HVTA 3VQPA 1Q9YA 4FW1A 2HVHA 4KPYA 2HHTA 4E1MA 1HMVA 5EU7A 4DSIA 1GOCA 4KTQA 3S3OA 3NH2A 4BDPA 3VQ7A 1BCMA 4BE2A 4DSKA 3OJUA 3T19A 5DK5A 3ZT1A 1G15A 5HRSA 3OVNA 3L3VA 3K2PA 3QLHA 3QEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AO2A 1LW2A 3MN6A 3ISNC 3QEVA 3AV9A 3VEVA 4N56A 4E7KA 1CXQA 1ZBFA 4JKBA 2D0BA 4FLZA 2CH6A 4LSNA 3T7ZA 3ZETB 1WSEA 1HLUA 4NCBA 1TYQB 3L0QA 3DLBA 5KGWA 4KO0A 1UWBA 2A40A 3CPWM 1RTHA 1VSMA 4H4OA 1G99A 4HVJA 4B3MK 1BIZA 4NCAA 3SPYA 3HP9A 4CGGA 4DV4K 2F9TA 3V1QA 3VEXA 1BU6O 5GIOA 4YFUA 3NH0A 1ASUA 4IXCA 4KV8A 3JXUA 3U3YA 2P1JA 1ZYQA 4DV0K 3LL3A 2IAJA 3QINA 1WAJA 4K41A 3SJJA 1BDGA 4WQ4C 3ASMA 2NRRA 4B9SA 1EKEA 3BGRA 3HOTA 3L4IA 1EQYA 4KHSA 1WSJA 4HTLA 4BGAA 3I8BA 4HCCA 2NRZA 5AQNA 2E1ZA 4CBUA 2O8DA 3C0BA 3G0ZA 4C1NK 2FSKA 1HPMA 3F5TA 3QBXA 4DHYA 4CK3A 4CBXA 2Z1IA 1W97L 2PY5A 2HF4A 2KQ2A 4CHOA 4CF9A 1CZBA 4DFPA 2VWBA 5JLHA 1WOQA 4HWIA 1KFSA 4CHNA 2CGJA 2XY8A 1RTIA 1HJRA 1T05A 3ZT0A 4NXMK 5LMUK 3LWMA 3TTDA 3WEEB 3VQ4A 3T69A 1HYZA 4WFAL 1LCUA 4FM1A 3PX4A 1U49A 4JKAA 4DR3K 4JAXA 1I39A 1QHAA 4GV6A 5KTQA 4J2DA 3B8AX 3DLEA 4LD0A 1ZC6A 4Y0WA 3VTIA 4BROA 4BQLA 5C2DA 3ZEUA 5C12A 3NBPA 1SZ2A 4CVNE 3QB0A 3SQ1A 2P9NA 2OTLN 2XHBA 2KKZA 3OTOK 1K8AO 5BN9A 3DRRA 1JLGA 3V1OA 5AQUA 3DAWA 4BDYA 3I55N 1VQPN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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