4H8KA

Crystal structure of lc11-rnase h1 in complex with rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
KIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMNSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of metagenome-derived LC11-RNase H1 in complex with RNA/DNA hybrid
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Uncultured organism
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 45
structure length 138
sequence length 138
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4h8kA00
4I2PA 4FK2A 3LANA 4FJNA 2KFNA 3K5LA 1QTMA 3PX4A 4F8RA 2DFFA 4B9TA 1B9FA 4EP4A 3KK3A 1R0AA 4AILC 4LSLA 3HO1A 1VSJA 2Z1IA 4C8KA 3QNNA 2VG5A 2KQ2A 1BCOA 3NAEA 2HNYA 4K8ZA 1NOZA 2P51A 2IS3A 4DLEA 1JLCA 1BISA 4FW2A 2VWJA 3SUQA 1UA0A 4O44A 3LP3A 3K58A 1DTTA 4CGDA 4DSFA 3P1GA 1NJZA 3SQ0A 4OGEA 2JGUA 3DLBA 3ALYA 1NK9A 5KGXA 2B5JA 1KFSA 3DRSA 1Q9XA 4G1QA 3RRGA 1YTUA 4HUEA 3F9KA 2X74A 3QIOA 3ZSXA 3B6OA 3U6FA 4JS5A 3AA2A 3THVA 2QKKA 1DTQA 4EZ9A 4FZXC 2WONA 2YKMA 1TKTA 2G8IA 3MEEA 3TAEA 2GUIA 1GOAA 3VQ5A 4WE1A 3AVCA 4CJKA 2HVHA 3S3OA 4PWDA 3TAMA 1T05A 3KLIA 1LWEA 4QOZB 4H4OA 3WNHA 1TKXA 2HNDA 1EETA 4AHVA 1ZBFA 4CEOA 1EP4A 3RMBA 3IRXA 1DLOA 1RDBA 4BE0A 4CGFA 3AO1A 1IKXA 1HQUA 2WOMA 4QAGA 4CJPA 5C42A 2VWKA 1HYSA 1VSIA 3VQDA 4HCBA 3SQ2A 4DU4A 3D0PA 3ZSQA 1TL1A 4F2RA 3OJSA 2FBTA 5FROA 4W5NA 2I5JA 4OPKA 4FW1A 1NK0A 4FLUA 3I0RA 4CEQA 2G8HA 1KRPA 2QKBA 2HHVA 2IDOA 4FM1A 4O5BA 2ZD1A 3VQEA 3AO4A 4EP5A 1U45A 4RW9A 4Z4CA 2PZSA 4CEAA 2B4JA 3E01A 4H4MA 4FLWA 3CFOA 1VSFA 3DM2A 2G8WA 4DQSA 4YFUA 2ETJA 3PY8A 3KD5E 3VQQA 4DFMA 4ELUA 4L8RB 3D45A 1NKBA 2LSNA 4GVMA 3NBPA 3ZSWA 4CEZA 5J2MA 5D3GA 3SUOA 1U48A 4KV8A 1WN7A 4W5OA 1A5XA 1FKPA 3AVKA 2IC3A 3RMCA 4DFKA 4OLBA 3JYTA 4B8AB 4CFAA 3SI6A 4CJVA 1BL3A 4AHTA 3NHGA 1SL2A 1QSLA 2G8VA 4DSJA 2DY4A 4DS4A 3OY9A 3CYMA 2HHUA 4HUFA 3HPHA 3LPTA 4DTRA 3QEIA 4RW6A 4RW8A 1RTIA 3MAQA 3TARA 5FRMA 1ASWA 1WSEA 3TAPA 3NF9A 3ZSRA 2B6AA 1U04A 3BGRA 4CFCA 4DF4A 1RTDA 4FCYA 1W9HA 3L2RA 1NJYA 3SJJA 3OYKA 2A1SA 5J1EA 3MXMA 4KFBA 3AVNA 1IO2A 1BGXT 1CXUA 5CY4A 4CHQA 4CJ5A 4FLZA 3TAGA 3KD1E 4OJRA 4BE2A 4FJHA 1C1AA 1X9SA 2Z1JA 1UA1A 1Q8IA 4CJSA 4B9VA 4CERA 4CF0A 3OYMA 4CEBA 4CJLA 1U47A 4KB1A 3OS0A 2HHWA 3VQ6A 4O0JA 1B92A 4HHTA 2JLEA 3RR7A 1SV5A 4CEFA 2P5GA 4JS4A 2HHQA 3L2WA 4BDPA 1WLJA 3RRHA 1S6PA 1LAWA 3C6UA 2BE2A 4CIEA 4DTNA 4QCLA 2X6NA 1RT5A 3HYFA 1NKEA 1LWFA 3VQCA 2XHBA 4DQQA 1JL2A 4DG1A 3DLHA 4LH4A 3U3GA 3EYZA 1RTJA 4CK2A 1JXEA 3QINA 3AVBA 4IKFA 1VSDA 4O0IA 1KVAA 4OVLA 1SUQA 4M3RA 3OYLA 1Q9YA 1ASUA 4GW6A 4CHYA 1QS4A 1WSIA 1X9MA 4KO0A 3VQ8A 5KI6A 1HNVA 2ZE2A 2YKNA 3QO9A 1S9EA 3B6PA 3DLGA 3OYCA 3RTVA 1U49A 1VSEA 4PY5A 1HNIA 2YNFA 3PV8A 2F8SA 1TAQA 4E0DA 1JLEA 3A2FA 3ISNC 1KLNA 5T7BA 4FJXA 1KTQA 2BGGA 1XI1A 4J2BA 1SKWA 4R5PA 3OS2A 1BCMA 5KRSA 2W42A 3K57A 3ZSYA 1I3AA 3SZ2A 1SKSA 3DYAA 4HVJA 1NK6A 1T7PA 2HW3A 4NCGA 4CJWA 1JXBA 3VQAA 1TKDA 1L5UA 3DI6A 2OPRA 1NKCA 2HVIA 3O3GA 1C6VA 1X1PA 3AV9A 1HYZA 3SCXA 4J2AA 3RR8A 1C1CA 5E41A 1BI4B 1JKHA 4FJ7A 3CM5A 3DRPA 2EHGA 3LPUA 5JS2A 4PA1A 4M3ZA 4AHRA 4F4KA 1K6YA 2P1JA 3QEVA 4NCBA 4CK3A 1XWLA 3VA3A 1FKOA 3K2PA 1QQCA 1ZBIA 4CGIA 4C8MA 3L2VA 3NCIA 3QNOA 4CFDA 4E7JA 3S3MA 2P5OA 5KTQA 3LAKA 2A1RA 2E6MA 2YV0X 3P83D 3WNEA 4HCCA 3OYAA 4M3TA 5FRNA 3OYHA 2RN2A 1VSLA 2QK9A 4CHOA 5HRPA 3L2UA 4FVMA 3ZSVA 1F21A 2NUBA 4ELVA 3UIQA 2XY6A 2OZMA 1RILA 4KPYA 2E4LA 4CJFA 3HT3A 4ZTFA 4M3UA 2D5RA 4LY7A 3AVIA 1VSMA 5HLFA 1ZBUA 3OJUA 4JRQA 4IG3A 4DTXA 3DLRA 3NDKA 3LP2A 5HRRA 4KKOA 4FLYA 2Z1GA 3S3NA 2YNHA 2R7YA 4BDYA 3TWHA 4DWIA 1JLAA 3VQPA 3OYIA 1A5WA 2E6LA 4BWMA 3KLEA 3KJVA 3TANA 1RBRA 4KHNA 1LWCA 1N5YA 1WSJA 5HBMA 4FJ8A 4KHYA 4CJ3A 5EU7A 1RT1A 1RDAA 2BDPA 4FJIA 4I9LA 3OVNA 4ELTA 3V9ZA 5CZ2A 2G8UA 4E7IA 4DQIA 3QERA 3O4NA 2HNZA 3AO5A 3HSTB 5HP1A 4B9MA 1LV5A 2HHXA 2FC0A 4FLXA 4GMJB 4DQRA 4KB0A 2D0CA 1Z25A 3ZT3A 5KRTA 3SV3A 5J2QA 1WSFA 2PY5A 3AA4A 4OKKA 3DLEA 4DQPA 1VRTA 2XY8A 1CXQA 4XIUA 4OKEA 3K59A 3QEPA 4DLGA 2HMIA 3KIOA 1IKVA 1UWBA 3DOLA 3NF6A 2F96A 3HP9A 3NGYA 1S1UA 4Y1CA 1C1BA 3AVHA 4FXDA 4KTZA 1RT6A 2YHBA 4N56A 4B9NA 3SV4A 4DS5A 1JLBA 4W5TA 4BWJA 3SYZA 1I39A 4N76A 2ATQA 4B8CA 1QSYA 3V1OA 3K5MA 3V9XA 1J53A 4DTUA 4FZZA 4F3TA 4CJTA 2ITGA 3KK2A 4FK0A 1VRUA 4CGGA 3ZSZA 3EZ5A 3OYBA 4M3XA 4FJ5A 3M8SA 4AHUA 2OPQA 1IG9A 4CJRA 3TAFA 3LP1A 3C6TA 1BIZA 5JS1A 3ZT0A 2O4IA 4IFVA 1QSSA 4CJUA 3DMJA 4IG0A 4B08A 1S6QA 1C0TA 2D0AA 2OPPA 4M3WA 1BI4A 3MXJA 3TAQA 1X9WA 1D8YA 2KZZA 4KI6A 4CFBA 3JSMA 4OPJA 4Z4GA 4C8LA 4KHQA 1BHLA 3L2QA 4FJMA 4CJ4A 2G8FA 1W0HA 3M8QA 3MEGA 4KAZA 3F73A 2ZQBA 3HPOA 1RDDA 1TAUA 3V9SA 1O1WA 3VA0A 1D5AA 4F2SA 3HM9A 1TGOA 4Z4HA 1HPZA 1SL1A 1KFDA 5KGWA 4CECA 1L3UA 3H08A 4ZHRA 3HL8A 3KLHA 2OPSA 5CZ1A 4DSKA 1KVBA 2RF2A 4AH9A 3SPYA 4FJJA 3TI0A 4IDKA 1REVA 1BIUA 3VQ4A 3KTQA 1G15A 2RKIA 1ITGA 3C94A 3ZT2A 5I42A 3V81A 4ZTJA 1EXQA 2KW4A 2Y1JA 4FK4A 4FJGA 2Q3SA 4B9UA 1VK0A 3OYEA 4EZ6A 1RTHA 4KTWA 2PYLA 3IAYA 4FJKA 4W5QA 1IKYA 1RBSA 3VN5A 4DSEA 4CHZA 3O3FA 4NCAA 4RG8A 3AO3A 4AHCA 3KKSA 4HUGA 3V9WA 1HJRA 1TK8A 3AVMA 1XC9A 4CF1A 1TK0A 2F8TA 5J2NA 2RPIA 4KREA 4YNQA 1NOYA 4CEEA 4CHPA 1J5OA 3PO4A 3SNNA 1BQMA 4M41A 3RMDA 4CIGA 3MXIA 3ASMA 2IGIA 1CLQA 3VQBA 5CYMA 5SWMA 3VQ9A 4TSXA 3ZT1A 3V1QA 2D0BA 4CF2A 3CFRA 4DTSA 4N41A 3S9HA 1RT3A 4DTPA 2OA8A 2EX3A 3NGIA 5CYQA 3C95A 3IS9A 1HMVA 1NJWA 4FM2A 1XHZA 4K8XA 4BACA 3HJFA 2KTQA 1S1VA 1SKRA 2AJQA 2IOCA 4IFYA 1S1TA 1L3VA 2YNIA 4FZYA 4Z4FA 1KVCA 3PUFA 4I7FA 4KHUA 4M45A 3OS1A 1U4BA 1TK5A 2FBVA 2FBYA 4CF9A 4W5RA 3TABA 3PO5A 3ITHA 5HRSA 3NH0A 4DMNA 4DU3A 3NH2A 4E1NA 1HYVA 1WNSA 2DFHA 4CE9A 4CF8A 3P5JA 3HP6A 1J9AA 3HK2A 1RCHA 1VSKA 3L3UA 3OYGA 3HVRA 3G10A 3V1RA 4HTUA 3ZSOA 1S1XA 4DSIA 1YT3A 1FXXA 1HQEA 1IH7A 3NGZA 1KSPA 1NK5A 3ZCMA 4C8OA 5HRNA 4LSNA 4CEDA 4B9SA 4FM0A 3SPZA 3ULDA 4CESA 3OYJA 3OYDA 2XY5A 1B9DA 2YHAA 2KZMA 2GBZA 3KK1A 3NE6A 5K14A 3CG7A 4Y1DA 3LP0A 4UQGA 2IAJA 1EKEA 3DLKA 3MEDA 1C0MA 3WNFA 1T03A 3V4IA 4DU1A 1NK4A 1LW0A 3NH1A 1QHTA 4CCHA 1TKZA 3RWUA 1TL3A 1CZBA 3KKRA 4NYFA 4RW7A 4BDZA 1S1WA 3G0ZA 3ZT4A 1UAXA 3LWMA 2VG6A 2XRIA 3LZJA 4E7HA 4E3SA 3U3YA 3AO2A 2G8KA 3DOKA 1LAVA 3CFPA 2GV9A 4E19A 3VQ7A 3PX0A 4H8KA 5HROA 1RBVA 1VSHA 4BE1A 3OYFA 4LH5A 4O55A 3I8DA 4DF8A 3AVAA 1WSGA 3QEXA 3RMAA 4M42A 4Z4IA 3QLHA 1Z26A 3KLFA 3CM6A 3L3VA 4Z0UA 1QE1A 3LALA 1JLGA 1ZYQA 1RT4A 3AA3A 3CQ8A 1RT7A 3AA5X 3HPGA 3DRRA 3LDSA 1YVUA 3QEWA 4ICLA 4N47A 4E1MA 5C25A 3TR8A 1HRHA 2X78A 1YTAA 4E7LA 4CJQA 4PQUA 1IKWA 3LAMA 1A5VA 4NYNA 1WSHA 4DFPA 1S5JA 4FJ9A 3K5OA 1KCFA 2O4GA 3M8RA 4FLVA 4J2EA 3IG1A 3HVTA 4E7KA 4KTQA 4Z4EA 3AVJA 1FK9A 1RT2A 4DTOA 4DFJA 2PYJA 4RW4A 2OYQA 3T1AA 1KLMA 3NFAA 3AVLA 4KHSA 2QXFA 3L8BA 2KFZA 4OLAA 1ZBLA 1L3TA 2DTUA 3SQ1A 2XO7A 1XHXA 3LWLA 3LZIA 4DTMA 3SUNA 1ZBHA 5C24A 5FDLA 3O4QA 4MQ3A 2FBXA 3AVFA 5J2PA 4CJEA 4FYDA 1GOBA 1CZ9A 4ID5A 3T19A 1T8EA 4ID1A 1S9GA 3NF7A 3KLGA 4Q0BA 3PX6A 1JLQA 1RBTA 3T3FA 3V9UA 1NK8A 1Y97A 4M3YA 1GOCA 4O4GA 4CIFA 3M8PA 5DK5A 3QETA 4KI4A 3QIPA 4JLHA 4DSLA 5DMRA 4MFBA 2XY7A 4I9QA 3AVGA 2HHSA 1RDCA 1TV6A 3I0SA 1D9DA 4N5SA 3NF8A 1SL0A 4J2DA 3QESA 1C0UA 2VG7A 2DFEA 1NK7A 4F3OA 4IBNA 2Z1HA 4KRFA 1EX4A 1JL1A 4OKJA 3SQ4A 1MU2A 4CGHA 4C8NA 4AHSA 4FJLA 3MECA 1ASVA 4CHNA 4OGCA 3FFIA 1NJXA 3HXMA 1WAFA 4E89A 4I2QA 2Y1IA 2YNGA 1D9FA 4B3OA 1RBUA 4Q5VA 1N6QA 2HHTA 5I3UA 4DTJA 4CGJA 4CK1A 4FLTA 2OZSA 3V6DA 1JLFA 1RNHA 2X6SA 3K5NA 1UOCA 3BDPA 4KHWA 2HB5A 1TVRA 4PUOA 3OYNA 1BQNA 3EY1A 1J54A 4JRPA 3WNGA 1LW2A 5SZTA 4LD0A 2BANA 1WAJA 3SUPA 1L3SA 4B9LA 3O3HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I2PA 3H1VX 3C7NB 2HBMA 3ATUA 3PX4A 4YORA 1B9FA 1U2VA 3UB5A 2OCEA 1R0AA 2Q0UA 2F9WA 4YOTA 4X65K 3HO1A 3ID6A 2WUSA 4C8KA 3QNNA 3FGUA 4RTFD 2VG5A 2KQ2A 2HNYA 1JLCA 1NGAA 3R1XA 4O44A 4DSFA 2UXBK 3CQXA 2VQFK 5AQVA 4QS8A 4BR7A 2B5JA 3DRSA 4G1QA 4LF8K 3JS6A 3U6FA 1KC8O 3AA2A 4EZ9A 4FZXC 2WONA 2YKMA 2G8IA 1GOAA 4B3TK 4PWDA 1DGKN 3M6GA 4QOZB 3CIPA 1EP4A 1RDBA 3A5NC 3E1YA 3CMEN 5BPLA 1BO5O 4FSVA 4BR4A 4PHTX 2HBKA 3DAWA 3D0PA 1K9MO 1MWKA 5FROA 4DCHA 4FW1A 2G8HA 2QKBA 4H0XB 1X3NA 4RW9A 3VEVA 5KPTA 3EE8A 4H4MA 4I6MB 3CFOA 4FVUA 3DM2A 3O9UA 1W2BM 3IUCA 4IOXA 4F9OA 3F9MA 1R59O 3NBPA 3SBTA 5J2MA 2YHYA 1NGEA 4W5OA 3AVKA 3THWA 4DFKA 4CI6A 3JYTA 4CFAA 4FPAA 2DY4A 1BL3A 4AHTA 2D4WA 3OY9A 5EXWA 4CZJA 5DM6L 4HUFA 1W7AA 3HPHA 3OBYA 4RW8A 4B9QA 3MAQA 5FRMA 3TAPA 3ZSRA 1YXQA 1W9HA 3SJJA 4G9ZA 3OYKA 3MXMA 3C0BA 4NO7A 5CY4A 3PX6A 4FLZA 4CJ5A 2A3ZA 2O8EA 2O8FA 1Q8IA 1GLLO 1U47A 4JKEA 3BF1A 4O0JA 3VQ6A 4HHTA 2JLEA 3RR7A 4DR4K 4CEFA 1NBWA 1S6PA 2E1ZA 1OH8A 1RT5A 3LM2A 1H1VA 2XHBA 3DLHA 5BPNA 4EHUA 3CD6N 3H46O 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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