4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
2E4LA 4CIFA 3LANA 4CJTA 3OY9A 3SJJA 1ZYQA 1RDCA 3CM5A 3AO4A 3MEDA 4FJIA 1CZBA 2G8VA 3SUQA 1JLQA 2IS3A 3AVAA 1UWBA 1RBUA 4KTWA 1XHXA 3OYAA 1KLNA 3LAKA 3O3FA 1HYSA 1RBSA 3C95A 1TAUA 4CEOA 5I42A 4NYFA 1VSFA 1VSIA 2F96A 3ULDA 1HQEA 2QK9A 1FXXA 5CY4A 3LP1A 4CJ5A 5HLFA 3HO1A 1C0TA 1QE1A 3OS1A 1T05A 2BANA 3KLEA 1ZBLA 1D9FA 2VG7A 3T1AA 4CJLA 4CHNA 2QKBA 1RNHA 1EETA 2Z1HA 4CHZA 2HVIA 1NK7A 2HHSA 4N47A 1QSYA 4LD0A 1SKWA 4EP4A 1A5XA 5EU7A 1Q9YA 4J2BA 4FVMA 4FJ5A 2HHVA 3VQ6A 1LWEA 4IG3A 2VG5A 3AVBA 3V9XA 4ID1A 1U49A 1RTHA 2RPIA 2Z1IA 3OJSA 4DF4A 2Z1GA 3MEEA 1RTDA 3O3HA 3QO9A 3V1QA 3TAPA 4HVJA 4DTXA 4DFPA 2HW3A 4IFYA 5HRRA 4E0DA 2G8WA 5CYQA 4CFAA 1NK8A 2KFZA 1XHZA 4B8AB 2FBVA 4BDZA 1X9MA 1SL1A 4N5SA 4BWJA 2KTQA 3SUNA 2XHBA 1S1TA 1RT6A 1Z25A 4CJKA 1QSSA 4J2EA 1IKVA 2DY4A 2DFHA 4CGDA 1B9FA 3SPZA 4OGCA 1C1CA 3KD1E 1Q8IA 4B8CA 3SI6A 3K59A 4PWDA 1BI4B 4KAZA 2DFFA 3LP3A 4CF0A 4DQRA 3CG7A 3B6OA 4KV8A 5KGWA 3WNHA 3QESA 1XC9A 4Z4FA 3SUOA 4CHPA 3LWMA 1I39A 3LZJA 3SUPA 4CJVA 2XY5A 4KHYA 3T19A 4OPKA 4CGGA 1C0MA 5KRSA 3LPUA 4DS4A 4CECA 1NJWA 1RT3A 3VQAA 4QCLA 4DMNA 4BACA 5C25A 3NGZA 1KFDA 3ZT3A 5JS1A 4J2DA 1WSGA 3P5JA 2OPRA 1KVAA 3DRRA 1B92A 2BE2A 1K6YA 3RWUA 3BGRA 1D9DA 1WAFA 5HRSA 2FBTA 1DTTA 4JRQA 3L3VA 3RMBA 2IAJA 3OYDA 4H8KA 3C6UA 1QHTA 4FLUA 1Q9XA 3V4IA 1U45A 3THVA 3VQ8A 4LH4A 3ZSZA 3OYJA 4O5BA 4W5NA 4CF8A 4IBNA 3LZIA 2OPPA 4EZ6A 1LWCA 4DFKA 1J54A 4M45A 4KHNA 4O44A 1KLMA 3E01A 1KTQA 3NH2A 2Y1IA 4FXDA 4KRFA 3NBPA 3TAMA 3PX0A 4RW7A 2ZE2A 3V81A 1LW2A 1TVRA 2GBZA 3NHGA 4AHRA 4DQPA 4OLBA 1X1PA 3HVTA 4OLAA 3V9UA 4DG1A 3HM9A 2VWJA 4W5OA 1BI4A 3NCIA 2A1SA 3OS0A 4I9QA 2F8SA 4KHQA 5J2NA 4DQIA 4N76A 1RT4A 3VA3A 4CEBA 4CIGA 3SV3A 5CZ1A 4DFJA 4E19A 1NKBA 3TAQA 3D0PA 3QERA 4LY7A 4W5RA 5HROA 4F3OA 4HUEA 1L5UA 3NFAA 3U3YA 3NF7A 3ZSQA 3NH1A 3K2PA 1EP4A 3VQDA 3RTVA 3SQ0A 1CLQA 1FKPA 3OYGA 1L3VA 5HRNA 3OYNA 2B4JA 4DTSA 1CZ9A 4B9UA 5KGXA 4E7KA 4NCBA 3AVJA 1KRPA 4Z4EA 1LW0A 4TSXA 4CFCA 4B9LA 1KCFA 4F4KA 1BCOA 2KZZA 4O0IA 3K57A 2ATQA 4F2SA 3HSTB 1HRHA 4FLTA 4Y1CA 2ETJA 1S9EA 4C8MA 2FC0A 5J1EA 1S6PA 4JRPA 1QQCA 3WNGA 3BDPA 3V6DA 4NCAA 4H4MA 4GMJB 4KO0A 2B5JA 2ITGA 4DSIA 3HT3A 4DLEA 3KK1A 2VG6A 3QNNA 4O4GA 3QLHA 3OVNA 3NF8A 4CJSA 3OYIA 1DLOA 3DLGA 3CYMA 3HXMA 4DF8A 4KKOA 1ITGA 4ZTFA 4DU4A 2OYQA 4O55A 5J2QA 4RW9A 1TGOA 3VQ7A 4CJRA 1LAWA 2Y1JA 2G8UA 4B9NA 1ASWA 1SV5A 2YNHA 4C8KA 1EX4A 1VRUA 1JLFA 4CEZA 1S6QA 3C6TA 2G8HA 3DLHA 4KHUA 1YTUA 1ZBHA 3TAEA 4AHCA 4ICLA 3AVNA 4CF2A 1TKDA 1S1VA 3QEIA 1HPZA 3LPTA 4AHVA 2PY5A 4CERA 3RRGA 3KK3A 1SKSA 4CFDA 1JLEA 1B9DA 1VSDA 3NGYA 1TV6A 4MFBA 5FDLA 4FLZA 1YTAA 4E89A 1F21A 1S9GA 3M8QA 3WNFA 4FLYA 3SYZA 1N6QA 2OZMA 2DFEA 3DM2A 2IDOA 3OYKA 2BGGA 3TI0A 4E7HA 1I3AA 3DRSA 3QETA 3LALA 1S5JA 1CXUA 4B9SA 2XY6A 4FZYA 2DTUA 5CYMA 4KREA 2FBXA 4DTOA 3MXMA 3EZ5A 3QINA 4CEFA 3ZSXA 4I2PA 3VN5A 4CHYA 4YFUA 5HP1A 4KTZA 1VSJA 2OA8A 4FJGA 3IG1A 4F2RA 1WSJA 1U4BA 4FJHA 1SUQA 1TK5A 1U47A 4PUOA 3L2QA 1NKCA 3HPGA 1HNIA 4I9LA 3PO4A 2Q3SA 3I0RA 3RMDA 1WSIA 5KI6A 3M8SA 4FJXA 4MQ3A 4Q0BA 2EX3A 3DOKA 4CJPA 4CIEA 5HRPA 2QKKA 3PUFA 3HVRA 4R5PA 1ZBUA 3IRXA 2OPSA 3AVCA 3K5LA 2E6MA 4LSLA 1JL1A 3K58A 3V9WA 1BISA 3L3UA 3O4QA 1L3SA 3HPOA 1NK6A 3F73A 4DQQA 3MXJA 3LP2A 3O3GA 3KLGA 4FZZA 1IKYA 4BE0A 4FK4A 3QNOA 2HHUA 1Y97A 4M42A 2O4GA 4AHTA 4CHOA 4FJMA 5K14A 4FK0A 2OZSA 3ALYA 2YNIA 1WNSA 4KFBA 4DTPA 1UA0A 3HYFA 3AO1A 4FCYA 3AA5X 4Z4GA 4IFVA 4NYNA 3NF9A 1J53A 3ZT1A 1NOYA 3PY8A 3D45A 3AVGA 2I5JA 1REVA 4C8NA 4FLXA 2XO7A 3TARA 3EY1A 1VSHA 4KPYA 2D0BA 1NJZA 2VWKA 3OYLA 2PYJA 1YT3A 3NGIA 1C1AA 4E7LA 1NJXA 3QEVA 1HYVA 1VSLA 2EHGA 1QTMA 5FROA 3HK2A 4ELUA 4DSLA 4M3ZA 1RT7A 1HYZA 1JLCA 1RBVA 1W0HA 1BIUA 2IGIA 3SZ2A 4DU3A 4DTUA 1NK0A 2P5OA 4PA1A 2WONA 1G15A 1JXEA 3VQEA 3LWLA 3F9KA 4OKEA 1TL3A 2BDPA 4DTMA 2RF2A 3VQ9A 1NJYA 2P5GA 1VK0A 4CCHA 3ZSYA 4E7IA 5CZ2A 1T8EA 3U3GA 4CESA 3PO5A 3VQ5A 4FYDA 3VQQA 3V1OA 3S3NA 1FK9A 4FM1A 4ZHRA 1MU2A 1VRTA 3AA3A 4ELTA 1A5WA 3QEXA 4KI4A 3NH0A 1XI1A 3HJFA 4F3TA 4CEQA 2XY8A 3SNNA 1RILA 1TKTA 1SL0A 4BDPA 3A2FA 4CJEA 3EYZA 4M3RA 1U48A 4OJRA 1Z26A 5KTQA 3S3OA 3IS9A 1RT2A 4HCBA 2Z1JA 4CK2A 4DSEA 4FJ9A 1HQUA 3TWHA 2HHXA 1HMVA 4OKKA 3DLBA 4CK3A 4W5QA 5J2MA 4B9MA 1RCHA 3TAGA 3DLRA 4JS4A 3VQBA 4BE2A 4K8ZA 3G0ZA 3SPYA 3KTQA 4FJ7A 4DTNA 4CEEA 3V9SA 3DI6A 3ISNC 1WAJA 3MECA 2X74A 3VA0A 5C24A 3TANA 1TK0A 3RR8A 3CQ8A 1WSHA 4OGEA 1IO2A 3TAFA 1T03A 1RBRA 4BE1A 4DLGA 4CGJA 4FJ8A 4KTQA 3OJUA 1NK9A 3KD5E 1JLBA 3SQ1A 4FJNA 4DS5A 3ZSOA 3OYHA 3RRHA 3QEWA 4ID5A 1WN7A 3PX4A 3VQ4A 3ITHA 1R0AA 4M3UA 1A5VA 2D0CA 3HL8A 4JLHA 3LDSA 2HB5A 3I8DA 1RT1A 1WSEA 1J9AA 1EXQA 1O1WA 2HNYA 3VQPA 4C8LA 3NE6A 3MAQA 1BQMA 1HNVA 4LH5A 2B6AA 2YNGA 3DLEA 4DQSA 2HNZA 3RR7A 4Z4CA 4CJ3A 5DK5A 4YNQA 4CJ4A 4B9TA 1GOBA 3CFOA 3K5NA 3IAYA 4KHSA 3AVLA 4AH9A 1C1BA 1RDBA 1NK5A 1BQNA 3G10A 1YVUA 3FFIA 3OYBA 1TL1A 3S9HA 2X6NA 4Z0UA 4B3OA 2G8FA 4CEAA 1LAVA 2YHAA 3NAEA 5SWMA 4M3TA 4RW8A 4GVMA 4LSNA 3S3MA 2G8IA 3SQ4A 1RTIA 4O0JA 4CJQA 1KFSA 3B6PA 4HUGA 1ZBIA 3AO2A 4CE9A 1L3TA 4FZXC 2YKNA 3M8RA 2LSNA 1D8YA 4M3YA 3U6FA 4J2AA 2YNFA 1EKEA 5FRMA 4E1NA 4E3SA 3AA2A 1KVCA 1UA1A 3UIQA 4CF9A 3JSMA 2KQ2A 1BIZA 1XWLA 4DTRA 1VSKA 2WOMA 3KKSA 4CGFA 3OS2A 2OPQA 1JXBA 3V1RA 3ZSVA 4HTUA 4AHSA 4FJJA 3L8BA 1RT5A 4DSJA 4KI6A 2F8TA 3ZT2A 3QEPA 4HCCA 3MXIA 4UQGA 4M3XA 1RDAA 1RBTA 1S1UA 1T7PA 3KLHA 3AVIA 2IC3A 3P1GA 3T3FA 5DMRA 3P83D 4Z4IA 2QXFA 4B9VA 4WE1A 1TKZA 2W42A 1KVBA 2D0AA 4ZTJA 5HBMA 4G1QA 3OYFA 3ASMA 3SV4A 3AVHA 1IG9A 4IKFA 2YKMA 4AILC 3KLFA 1JKHA 3ZSWA 4HHTA 3HP6A 4Q5VA 3SQ2A 4E7JA 3O4NA 1VSEA 3JYTA 3C94A 4DTJA 3DMJA 2HHTA 4CFBA 1GOCA 4I7FA 3AO5A 2NUBA 4FW1A 3AV9A 4KB0A 5D3GA 1C6VA 2X78A 2P51A 3OYEA 1RDDA 1SKRA 3LP0A 3PV8A 3L2WA 3M8PA 5J2PA 4JS5A 3AO3A 3PX6A 2AJQA 1JLAA 4Z4HA 4M3WA 4CGHA 1X9WA 2FBYA 3AA4A 4RW4A 2YV0X 2HHQA 3DRPA 1NOZA 1BL3A 2GV9A 4B08A 3HP9A 3LAMA 1BCMA 1LWFA 3ZT0A 1C0UA 2PYLA 4L8RB 4OVLA 4ELVA 1FKOA 1IH7A 4KB1A 1JLGA 4F8RA 1ASUA 5JS2A 1NKEA 1TKXA 3K5OA 4IDKA 4CHQA 1S1XA 3ZT4A 4K8XA 3AVMA 1BHLA 3RMAA 1LV5A 2D5RA 3DLKA 5E41A 3AVFA 2RKIA 3KIOA 1IKWA 4IG0A 3QIOA 3KJVA 4GW6A 1WSFA 1TK8A 4BWMA 1BGXT 4CJFA 2PZSA 4DWIA 2P1JA 4E1MA 4I2QA 1SL2A 3OYMA 3SCXA 3L2RA 4RW6A 2ZQBA 1L3UA 4PY5A 2HHWA 2KZMA 4H4OA 2XRIA 4FM2A 4N56A 3RMCA 2RN2A 4FK2A 2X6SA 4NCGA 5SZTA 2XY7A 3NDKA 2KFNA 1DTQA 4EZ9A 2JLEA 4FJLA 1WLJA 3TABA 1D5AA 1HJRA 2JGUA 4W5TA 3CFRA 4DU1A 3CFPA 1ASVA 4BDYA 1QSLA 4C8OA 4N41A 4PQUA 1NK4A 3KKRA 3VQCA 4QOZB 4DSKA 1U04A 4OPJA 1IKXA 3L2UA 1QS4A 4FLVA 3I0SA 3HPHA 1S1WA 3L2VA 4Y1DA 5KRTA 4M41A 3ZSRA 4FW2A 3KK2A 4OKJA 2G8KA 1J5OA 3V9ZA 4CEDA 1VSMA 4DSFA 4CK1A 3AVKA 1KSPA 5FRNA 2E6LA 4FLWA 1TAQA 1W9HA 3H08A 3OYCA 4FJKA 2HVHA 3DOLA 1UOCA 3QIPA 4XIUA 4FM0A 5C42A 1RTJA 3KLIA 2HMIA 2IOCA 4CGIA 4CJWA 1UAXA 3K5MA 1X9SA 3WNEA 2GUIA 4RG8A 4CJUA 2R7YA 1N5YA 4AHUA 3TR8A 2ZD1A 4DFMA 2HNDA 3CM6A 4QAGA 4HUFA 4KHWA 2YHBA 4EP5A 3DYAA 4CF1A 1JL2A 3NF6A 3ZCMA 3MEGA 1CXQA 1GOAA 1ZBFA 2A1RA 2O4IA 5T7BA 5I3UA 2KW4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CIFA 3SJJA 3EEQA 4BRMA 2YI1A 3SUQA 2WBNA 1UWBA 1RBUA 4JAXA 1XHXA 3LAKA 1HYSA 1TAUA 2E1ZA 2F96A 1VSIA 3T1HK 2ZF5O 4CJ5A 3ZLJA 4MLHA 1C0TA 3OS1A 1ZBLA 4JD2A 3F5TA 1NJIO 2QKBA 2E20A 1BOTO 1MDUB 2Q97A 1Q9YA 3C6HA 3VQ6A 1LWEA 2Q0RA 2YHWA 4O8UA 2RPIA 4ISGA 3SAHA 4YORA 3O3HA 1HKCA 2E2OA 3QO9A 3VEXA 3TAPA 4HVJA 2G8WA 5CYQA 5EOYA 4IWVA 2AA4A 3I33A 5GADP 1M1KO 2YCHA 1QZ5A 2D1KA 4BWJA 2KTQA 2VCPA 4IO8A 2XHBA 3SUNA 1RT6A 1XMQK 1O13A 3THXB 2JWLA 3DXKB 4DV4K 1BUPA 1XC3A 1B9FA 1GLEG 3KD1E 4B8CA 3SI6A 3A5MC 5I9EB 4K42A 4K0KK 5KGWA 3WNHA 2JWKA 2XY5A 3WT0A 3LDNA 4CGGA 1C0MA 3C7NA 1NJWA 1RT3A 3VQAA 5JS1A 3PSIA 1WSGA 1K6YA 5C2DA 1WB9A 2FBTA 2A5XA 4PL8A 3FE1A 5MLCQ 3L3VA 5CR4A 3OYDA 1Q9XA 1QHTA 2NRWA 1U45A 3VQ8A 2ASPA 4IBNA 4WQ4C 3LZIA 1VQ7N 3ENHA 1J54A 4KRFA 3NBPA 3PX0A 3IUCA 1LW2A 3THXA 4AHRA 5BN9A 4DQPA 3MDQA 5M1FA 4M63C 2V52B 4OLAA 1HNZK 3V9UA 3DWLA 4LFCK 2F8SA 4I9QA 1SAZA 4DQIA 4JHDB 3K9KA 1NGIA 4CEBA 3QFPA 4IFEA 3D0PA 4HUEA 1L5UA 3NFAA 1N8RO 3U3YA 3SQ0A 3ZSQA 1CLQA 3RTVA 1BA0A 3AARA 3OYNA 2B4JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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