4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
1X9WA 3LP2A 3LAMA 4DQIA 3O3FA 4CGDA 3OYKA 3HK2A 1BIUA 1SUQA 2ZD1A 4CJ3A 4CJRA 1QHTA 4K8XA 4BE2A 3PX6A 3NCIA 3QINA 1IKVA 4EZ9A 3LWMA 1IO2A 1ZBIA 4DQPA 3TARA 3DRRA 4AHCA 1JL2A 4DTUA 3QESA 4FVMA 3SV3A 3TWHA 3TAFA 1NK8A 1J54A 1VSEA 4IG3A 4PY5A 3NFAA 3QNNA 3KTQA 3QIOA 4Q0BA 4NCAA 3SPZA 3DLKA 5KTQA 2IAJA 2G8FA 1TAUA 2IGIA 3NF8A 4O5BA 4TSXA 4DTNA 2VWJA 4KHUA 2G8VA 1CZBA 4PWDA 1QS4A 3SQ0A 3AO4A 2PYLA 2HMIA 2X6SA 3DRPA 2HHQA 3V1QA 3QEXA 4OVLA 3VQ6A 3T3FA 3NBPA 1U47A 3FFIA 1TKDA 1IG9A 2HNYA 4DLGA 4CHYA 4DFKA 4CJQA 4NCBA 3ZSZA 3HP9A 3NGIA 4B8CA 3LWLA 3ISNC 2HHSA 1WLJA 2ITGA 1FKOA 1BL3A 1WAFA 2D5RA 4AHVA 5J2NA 2OA8A 3NH0A 2GBZA 4CGIA 4NYNA 1BCOA 2DFHA 4OPKA 4E1NA 1WSEA 4RW8A 3TAPA 1TK0A 3AO2A 2VG5A 2HNZA 3I0SA 5J1EA 1D9FA 2KFNA 1JLBA 3T19A 3LP0A 2IOCA 3H08A 4CESA 3V6DA 2Z1HA 4RW7A 4CEZA 1YVUA 1NJZA 1C0UA 4FW1A 4DS5A 4FK0A 2YHAA 4M3WA 4C8KA 3WNEA 4KHYA 3S3NA 1RTDA 4FJGA 3U3YA 2HB5A 3QEVA 4CHOA 5KGXA 3QETA 3CFOA 3V9WA 4N76A 2O4GA 4DU1A 3KK2A 4KREA 4CJFA 2PY5A 4ID1A 4W5TA 4CCHA 3HVRA 1QE1A 2X6NA 3MXMA 3HVTA 4KHWA 3IRXA 5HROA 4F8RA 3THVA 1J53A 4CERA 4B3OA 3KK1A 5JS1A 4H4OA 4OJRA 4HUGA 4E7IA 3S9HA 3NF6A 5J2QA 4Z4GA 4KRFA 2KFZA 3AO5A 4KHNA 1BQMA 3K57A 2JLEA 3VQEA 2KZMA 3IS9A 2Q3SA 2E6LA 3HO1A 3CYMA 2WOMA 3MEGA 4JRPA 4DSFA 4KPYA 1WSJA 4IFYA 1TL1A 3HL8A 5CYMA 5FDLA 5HBMA 3VQ4A 4DMNA 4AILC 1S1TA 1ZBUA 2P1JA 2XY8A 2YKNA 4O44A 4CJUA 1TKXA 3OYAA 1IKWA 3CQ8A 3VQCA 2RF2A 4BDYA 3LAKA 3B6PA 1KVCA 2E4LA 5CY4A 5HRNA 3V9SA 1X9MA 2DTUA 1VSIA 1REVA 2X78A 3OS0A 1D9DA 4FLVA 1HNIA 1IKXA 5KI6A 3AO3A 4B9UA 4B9LA 1HYSA 3HP6A 3M8RA 4HHTA 3EYZA 1DTQA 3DOLA 1CXQA 2RPIA 4AHTA 2Y1JA 3NGZA 2VG7A 4M45A 4BDZA 4JLHA 4CGHA 4FJIA 3MXJA 1HRHA 3ZSRA 2QKKA 1MU2A 5JS2A 4CGGA 3HPOA 2GV9A 4FLWA 3RR8A 2PZSA 3DM2A 4HCBA 1HMVA 2I5JA 4C8LA 1YTUA 1LWEA 4KFBA 4DTOA 4B9MA 2KZZA 4CJTA 4DWIA 3SYZA 2W42A 4FZYA 3DLGA 1NKEA 4F2RA 4DTXA 4LD0A 4E19A 3LALA 3OJUA 4M3RA 1NK6A 3L3VA 1N5YA 1RDDA 1VK0A 2ETJA 4CJWA 2D0BA 4B9SA 3RWUA 3VQ7A 5HP1A 3TAMA 1JLCA 1C1CA 3K5NA 3DYAA 4CFAA 5HRPA 1KFSA 4E7HA 1Z26A 1HNVA 2YNGA 1F21A 1C6VA 3TABA 3WNGA 1ZBLA 3A2FA 4HTUA 1ASVA 1KTQA 1RDCA 3V9UA 1L5UA 4Z4EA 4CEAA 4M3UA 1U48A 3ALYA 1S1VA 4W5NA 3DI6A 3L8BA 1S6PA 4LH4A 4DSJA 1HQUA 1HYVA 3LDSA 1K6YA 4Y1DA 4CEEA 3L2VA 4BE1A 2F8TA 3ZSQA 1WSHA 4E7LA 4FK4A 1VSFA 4CEFA 1HQEA 1R0AA 3P83D 4B8AB 1TAQA 3OYCA 1RT1A 3JSMA 1RNHA 2VG6A 5D3GA 3I0RA 2A1RA 4FZZA 3RRGA 2Z1GA 4CIFA 3OS2A 2HHUA 3AA4A 1L3SA 3ZCMA 1QQCA 3HT3A 2D0CA 1BI4B 4N41A 3E01A 3OYDA 2G8IA 4ELUA 4IDKA 1TK5A 1W0HA 4CK1A 4OPJA 3RMAA 4F2SA 4OKEA 3C94A 1QSYA 4DS4A 4QAGA 2YNFA 3LP3A 3SNNA 4AHSA 3PV8A 1VSJA 2HVHA 3DOKA 3ZSXA 1RT4A 1ZBFA 5EU7A 4AH9A 3AVHA 3AVGA 4FJNA 4AHRA 1TL3A 1NJYA 4PQUA 2DFFA 1KVBA 1XHXA 5K14A 4IBNA 4FLZA 3G10A 1WNSA 1IKYA 1GOBA 1XWLA 3KIOA 5E41A 2B6AA 1S6QA 3MAQA 1RTIA 3LPTA 3RR7A 4M3XA 4N5SA 1LWFA 4MQ3A 3P1GA 4GW6A 3QEIA 3RMCA 3BGRA 1UAXA 5CYQA 3ZSVA 2X74A 1UWBA 4N56A 3OYJA 3V4IA 1NK9A 4C8MA 1JL1A 4CJSA 2LSNA 1U49A 1KRPA 3C6UA 3HPGA 3NE6A 3V9ZA 1BCMA 3C6TA 3K5OA 4OKKA 4DQSA 3ASMA 3ITHA 1LAWA 1KSPA 4DSKA 3EY1A 5J2MA 1L3UA 2EHGA 4F3OA 2XY5A 4FLXA 4YNQA 1C1BA 4FM2A 3SZ2A 1NKCA 1ASUA 3AO1A 1BGXT 4PA1A 1XHZA 4ID5A 1S9EA 4DFJA 2OZSA 4NYFA 1A5VA 1S1WA 3ZT4A 3OS1A 2XY7A 3AA3A 3SUNA 2HHWA 3QLHA 4Z4FA 1FXXA 3NGYA 2IC3A 4KTZA 4DTPA 1DTTA 1RT7A 4W5RA 4DU4A 3PY8A 4FM1A 1C1AA 4CIEA 1Q9XA 4FLUA 2OPSA 1RT3A 2XHBA 1HPZA 3K2PA 1NK0A 1RCHA 3PX4A 2RN2A 1Z25A 4EP5A 1Q8IA 4DQRA 3S3MA 4LH5A 4FK2A 3CFPA 1LWCA 2FBYA 4Z0UA 3ZSWA 5HRSA 2B4JA 2JGUA 2OPPA 1VRTA 2NUBA 3QO9A 5HRRA 3TAEA 4ELTA 4CJEA 3NAEA 3AV9A 1TKTA 3DLBA 2YHBA 2O4IA 2PYJA 4CGJA 4FJKA 1VSDA 1JXEA 4Z4HA 3K5LA 4E3SA 4JS4A 4B9TA 2P51A 4DG1A 2XO7A 2HW3A 4FXDA 4CF2A 4DU3A 3VQDA 3QEWA 4FJHA 4C8NA 4KTQA 1EKEA 2ATQA 3VQBA 1QSSA 1S5JA 1WSFA 4E89A 3TAQA 5I3UA 1SKWA 4DTSA 4O55A 4FZXC 2P5GA 5CZ1A 2BGGA 1FKPA 4JS5A 3G0ZA 4O0JA 3AVFA 4M3ZA 3EZ5A 4CHQA 3ZSYA 1HYZA 3M8PA 3MECA 3I8DA 3V81A 3IAYA 1GOCA 3NF9A 1NK7A 2WONA 3AVAA 4CF8A 4B9VA 4FJ9A 1B9FA 4KKOA 5T7BA 4OGEA 4LY7A 3QNOA 4UQGA 1ITGA 1BHLA 4FCYA 1A5XA 1EX4A 1VSMA 2XY6A 4M3TA 1CZ9A 1T05A 1RBUA 3OYNA 3KLEA 4CHPA 1WAJA 2OZMA 1W9HA 4EP4A 1U04A 2ZQBA 3M8SA 2YKMA 4XIUA 1BIZA 3LZJA 1RBVA 2A1SA 3KD5E 3TAGA 1J9AA 4I7FA 4Q5VA 2E6MA 3OYGA 3SPYA 4CJ4A 2KW4A 1VSLA 2G8KA 1EETA 2ZE2A 3KKSA 3O3GA 3DLRA 3AVMA 1KVAA 2IS3A 3SJJA 4J2EA 3AVNA 1SKRA 3L2RA 4F4KA 4FJ5A 4J2BA 1S1XA 4I2QA 4KO0A 4CJLA 3L2QA 1X1PA 4CGFA 1RBSA 5KRSA 1RILA 4CJVA 4CHNA 3PO4A 4HCCA 2F8SA 2VWKA 1WSIA 3HXMA 3SI6A 1VSHA 4O0IA 3KLHA 3NHGA 4HUEA 4DQQA 3DLEA 3AVKA 1ZYQA 4OLAA 1TKZA 2FBVA 2KQ2A 1RBTA 3OYEA 1NKBA 4BDPA 4IKFA 4FJMA 5KRTA 4FJ7A 4CK2A 1ASWA 3RMBA 3SQ1A 4K8ZA 4DSEA 3AVCA 1SKSA 3HM9A 3ULDA 1Q9YA 1Y97A 4KB1A 2YNHA 3HSTB 3ZT0A 4CHZA 1I39A 1T03A 3SV4A 1DLOA 4CF1A 3L2UA 3SQ2A 3LANA 3NF7A 4B08A 3SUOA 1UA0A 3L3UA 4OKJA 3VA0A 3TI0A 5FRMA 3F73A 3DLHA 3ZT2A 4CEQA 3QIPA 1TV6A 5C24A 3SUPA 5CZ2A 1XI1A 1UOCA 2HNDA 3BDPA 2Z1IA 3RRHA 2QK9A 4FM0A 4CECA 2IDOA 2RKIA 3QERA 4DLEA 1VRUA 4DFMA 4FJXA 2G8WA 4CEDA 2G8HA 4CK3A 4DFPA 2HVIA 1VSKA 4PUOA 4H8KA 4CEOA 4OGCA 1CXUA 4I9QA 2Y1IA 1D8YA 3D45A 3KLGA 1TVRA 3MXIA 1IH7A 3LP1A 4DF8A 3AVIA 3SUQA 1XC9A 2B5JA 1WSGA 3IG1A 4M41A 4J2AA 3WNHA 4BE0A 2OPQA 1RT6A 3KLIA 4Y1CA 4KHSA 4Z4IA 2OPRA 3VN5A 2EX3A 5DMRA 4M3YA 1JLQA 1NOZA 4YFUA 1NJXA 4R5PA 3AA2A 1S9GA 1J5OA 4FW2A 1EP4A 1LW2A 4E7JA 1KCFA 3NH2A 1A5WA 3LPUA 2D0AA 3CFRA 1GOAA 3OYIA 1U45A 4DSIA 1SL0A 4ZTJA 4KAZA 4L8RB 2BE2A 5DK5A 3UIQA 4GVMA 4CFDA 5J2PA 3VQPA 1BI4A 1C0MA 3OVNA 4KV8A 4ELVA 4H4MA 2DY4A 3NH1A 4CFCA 3TANA 3ZT1A 3OYLA 1D5AA 4FLTA 1T8EA 4FLYA 3VA3A 3VQQA 1JKHA 5KGWA 3OYHA 3QEPA 4DSLA 3AVLA 4CJPA 3K59A 1EXQA 3CM5A 2G8UA 1RBRA 1RDBA 1RDAA 3L2WA 3O4QA 1S1UA 4N47A 3WNFA 3OYFA 1N6QA 4OLBA 1C0TA 4AHUA 2F96A 5FRNA 3JYTA 4HVJA 3RMDA 4KI4A 3PUFA 4O4GA 4WE1A 3ZSOA 3KKRA 5C42A 1B9DA 1JLAA 1JLGA 1UA1A 3MEEA 4DTRA 1TK8A 2BDPA 4CF0A 1YT3A 2YNIA 3KK3A 1SV5A 5SZTA 3OYBA 1SL2A 3PO5A 1BISA 4KI6A 3CG7A 4DF4A 2AJQA 4E1MA 4MFBA 3DMJA 1G15A 4I2PA 4CJ5A 3F9KA 4CF9A 4W5OA 4B9NA 2GUIA 1ZBHA 3VQ8A 1KFDA 3AA5X 4LSLA 3KLFA 3M8QA 3DRSA 3VQAA 3T1AA 4CJKA 1CLQA 1L3TA 4M42A 3RTVA 2YV0X 3LZIA 2QKBA 1WN7A 1LAVA 3K58A 4CE9A 3K5MA 2R7YA 4JRQA 2XRIA 3NDKA 3D0PA 2BANA 5I42A 1NOYA 2FBXA 5FROA 1KLMA 1O1WA 3AVJA 1RTJA 4ZHRA 4BACA 4DTMA 4FJJA 4HUFA 1X9SA 2KTQA 1I3AA 1RT2A 3V1RA 2Z1JA 3AVBA 4J2DA 1LW0A 1KLNA 1TGOA 3B6OA 2FC0A 4C8OA 2HHVA 4I9LA 3ZT3A 3OYMA 4CEBA 3KJVA 3U6FA 5C25A 1T7PA 1JLEA 4ICLA 4LSNA 4BWJA 1NK4A 4FJ8A 4RG8A 4FJLA 2OYQA 4IG0A 3HPHA 3HYFA 3VQ9A 1LV5A 4KB0A 1B92A 3PX0A 3CM6A 4BWMA 4E0DA 4CIGA 4DTJA 1SL1A 2DFEA 3KD1E 3VQ5A 3OY9A 1FK9A 4IFVA 3S3OA 2HHTA 1JXBA 3O3HA 3SQ4A 1NJWA 3TR8A 3O4NA 4CFBA 4QOZB 2QXFA 4ZTFA 1QTMA 3HJFA 4G1QA 5HLFA 3C95A 3U3GA 4E7KA 4RW6A 3V9XA 4RW4A 4Z4CA 1YTAA 3MEDA 3P5JA 2FBTA 4NCGA 4W5QA 4KHQA 1QSLA 1JLFA 1RTHA 5SWMA 1L3VA 4KTWA 3SCXA 2P5OA 1BQNA 4QCLA 2HHXA 1U4BA 3OJSA 1NK5A 1RT5A 3V1OA 4RW9A 4EZ6A 4FYDA 4GMJB 1HJRA 4F3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HPMA 3LAMA 3VESA 4ILGB 1BIUA 2ZD1A 1J6ZA 4CJ3A 1WBDA 1YUWA 3QINA 4IO9L 3LWMA 3DRRA 4AHCA 4BC4A 3TAFA 4DCHA 3TWHA 1J54A 1VSEA 4Q0BA 4NCAA 4MO5A 1NGCA 4B1XB 3NF8A 4TSXA 2VWJA 4KHUA 2PYLA 4WQ4A 2W40A 2HHQA 4KH4A 1U47A 3VF2A 1TKDA 5BRDA 3JXUA 4CJQA 2P9LB 4JKCA 2P9SA 3E9LA 3O5BA 3LWLA 2HHSA 2ITGA 5EY4A 1FKOA 4AHVA 3NH0A 1X3NA 4CGIA 2WC9A 4DUZK 1WOQA 2DFHA 1GLJO 5F0XA 5FPEA 4M7XA 1TK0A 1TUUA 1NGIA 5J1EA 2HNZA 4JI7K 3H08A 3V6DA 1NJZA 4CEZA 1YVUA 4FW1A 4DS5A 2YHAA 3QEVA 5KGXA 3QETA 3V9WA 2O4GA 4DU1A 4IO8A 2D1KA 1RDUA 4CJFA 2PY5A 3FZMA 4W5TA 3MXMA 4CZEA 3A0IX 4A61A 5HROA 4F8RA 2PBDA 4CERA 4OJRA 4YOVA 4K43A 4X65K 3AO5A 3K57A 2JLEA 3IS9A 4UY8O 3CYMA 2WOMA 3MEGA 2UXCK 1YIJN 1TL1A 3HL8A 5CYMA 5FDLA 4DV1K 5CE3A 1U48A 2P1JA 4CJUA 3CQ8A 3TI0A 4DSLA 3VQCA 2RF2A 1XMOK 3LAKA 1KVCA 2DTUA 4FLVA 2UU9K 3AO3A 3HP6A 2QWRA 4H03B 3EYZA 4A62A 4OO1J 2RPIA 3NGZA 3OTOK 4JLHA 4NO7A 2D0OA 3ZSRA 3SAGA 1MU2A 1GLCG 3VMFB 4MDAA 1FJGK 3DM2A 4HCBA 4C8LA 5BPLA 2O8CA 4B9MA 3SYZA 2YI1A 4LD0A 3UB5A 4BRMA 4M3RA 3EE8A 1N5YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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