4HTUA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pair
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4htuA00
1JXEA 3G10A 4FJIA 2FBYA 2IGIA 3JYTA 4I2PA 2NUBA 2XRIA 3KLHA 3G0ZA 3VQ9A 1RTIA 5FRNA 2ATQA 3AVIA 3RTVA 3K5OA 4B9UA 2HW3A 3HL8A 1NK4A 1NK8A 4DTXA 3VQ8A 4DWIA 4FYDA 5HRSA 3I0SA 3QINA 4I7FA 4CCHA 2E6LA 4FJLA 1BCMA 1B92A 3LP2A 3L2VA 3RRHA 4E7JA 3AO3A 4CE9A 3AVFA 3OYJA 4FK4A 1RT1A 1XHZA 4DSFA 3VQAA 3AVNA 4W5RA 3K58A 4I9QA 3PY8A 3M8RA 3DYAA 5KGWA 3KIOA 1JLQA 1RTHA 1SL1A 4FLZA 1VSDA 5HRPA 3NGIA 3SUOA 4DSEA 3PX4A 2HHVA 4LSLA 5HLFA 2B5JA 2VG7A 3NH1A 4F2SA 4HCBA 4FJXA 1NKEA 1RT6A 3P1GA 3AVJA 3SQ4A 1Q9YA 3HJFA 3VQPA 4FJKA 2D5RA 1IG9A 3MXIA 3PX0A 4CGFA 1X9SA 1QSYA 2QKBA 3VQDA 2G8WA 3ZCMA 3RWUA 1TK8A 3DMJA 4KHWA 3AO5A 3QETA 1N5YA 3ULDA 5HBMA 3SNNA 1HYZA 1W9HA 3AO4A 1VSJA 4KTWA 4DQIA 1S9GA 3HT3A 4M3ZA 4LH4A 4B9SA 3D0PA 4L8RB 4KI6A 1JLBA 4AHCA 3MXJA 4RG8A 4HVJA 4RW7A 1Y97A 2Z1JA 1BI4A 4B9VA 2YKNA 4PY5A 1NJXA 4NCBA 4M3RA 4NYNA 4OPJA 1QTMA 1QSLA 2HHUA 3OJSA 4XIUA 2ITGA 2RKIA 5CYQA 2OPRA 3TAMA 4N47A 3H08A 4CK2A 3OYIA 1YVUA 4YNQA 2XO7A 2A1RA 1DTQA 2E4LA 4DFMA 4E7LA 3ITHA 1HQUA 1IKXA 1TKDA 1XC9A 1FKOA 5EU7A 1C0MA 3TWHA 1O1WA 3HPHA 2KFZA 2P5OA 2D0AA 2F96A 3HPGA 3NBPA 5C42A 4FM2A 1NJWA 3V6DA 4N76A 3AA3A 3LP0A 3NHGA 4Z4HA 5J2PA 1F21A 4JRPA 4FLUA 1WSIA 3ZSOA 3BGRA 3LANA 1RT7A 4B9MA 3OS2A 3C94A 5T7BA 2FBTA 3ZT3A 4DFKA 3SI6A 5I3UA 3L2WA 1ZBLA 5HRRA 2BANA 4E7KA 4OGEA 1C1AA 1C6VA 3F73A 3ZSXA 3KLIA 3O4NA 4FLYA 1VSLA 4O4GA 3WNHA 3RMCA 4F3OA 4Z0UA 4CEZA 3THVA 1EKEA 1IKYA 4M41A 1BQNA 5CYMA 5J2QA 4O55A 4DSIA 4AHVA 1REVA 3C95A 1BIZA 1C0UA 3KK2A 3DLHA 3AA2A 1B9DA 4H4OA 3MEEA 4Z4CA 4FJ5A 5KRSA 4DS5A 4ID5A 1WLJA 5JS1A 2VG5A 3FFIA 3ZSZA 1XI1A 4MQ3A 4F2RA 3V1RA 3HO1A 3QEIA 2HHSA 3AVCA 4FVMA 3KK3A 3IS9A 4M3TA 1KFDA 4CFBA 1S1UA 3VQCA 2A1SA 4OKEA 1RDCA 4IBNA 4CJUA 3LALA 1YTAA 1TGOA 4CJPA 4B3OA 2HHQA 4M45A 4ELVA 2YV0X 4CEEA 1GOCA 4CF8A 1JLFA 3P83D 4Y1DA 3LWMA 3QERA 4Q5VA 3OYLA 3QEWA 3RMAA 1NOYA 1UA1A 2BGGA 4BWJA 4DTOA 3OS1A 1JXBA 1S1WA 1S5JA 2Z1HA 1J54A 3U3GA 5KRTA 4FZXC 1XWLA 2PYLA 4KTQA 5KGXA 2PYJA 4N41A 1Z26A 4KB0A 4IKFA 1SV5A 1GOAA 1ZBFA 2FBVA 2EHGA 2IOCA 3V9WA 3T3FA 2HNDA 4CF2A 1TVRA 4B9TA 4CJKA 3SPZA 3P5JA 4FCYA 2YHBA 1RDBA 2YNHA 2X78A 1RDDA 2R7YA 1CXQA 4CEAA 2GUIA 4FJ8A 1WSJA 3S3OA 1Q9XA 1LW2A 3QNNA 1D9FA 2PY5A 2QK9A 1X9MA 3ZT2A 2OPSA 4OGCA 3I0RA 3LP1A 4CEBA 1NKBA 1RNHA 4UQGA 1VSMA 1JLAA 1TL3A 2X6NA 3NF6A 3B6PA 1S9EA 4BDZA 1KFSA 4CK3A 4JLHA 1WAJA 4CF9A 4CHZA 3NF7A 3NGZA 1KVAA 3ZT4A 3U3YA 4Q0BA 4FLVA 4CECA 4E0DA 4QCLA 3VQBA 3T19A 3S3MA 3WNFA 1ZYQA 4FJHA 3DRSA 3JSMA 1BQMA 4B8CA 1QQCA 4CIGA 2OYQA 3UIQA 3NDKA 4CK1A 3OJUA 4ELUA 3CFOA 4OPKA 2G8HA 2P1JA 3EZ5A 4CJEA 3TAGA 1DTTA 4B9NA 3OY9A 4CHQA 4GW6A 3QESA 4J2AA 1VSEA 2P5GA 2PZSA 1RT3A 2F8SA 4FZYA 4PQUA 3A2FA 1S1TA 1KVCA 4BDPA 4Z4IA 2DTUA 3AVAA 5K14A 4FJMA 2RPIA 4KREA 1S6QA 4BE0A 4DU4A 4J2EA 1S1XA 4CJLA 4O0IA 3RMBA 1A5VA 1SKWA 4CJRA 3AA5X 3LPUA 3WNGA 4JS5A 1L3SA 4CFDA 3V9UA 3HPOA 4B9LA 1RT4A 3M8QA 1VK0A 4RW8A 3LAKA 4F8RA 3VQ6A 1VRTA 1ASWA 1SL2A 2GBZA 1CXUA 5JS2A 4PWDA 2FBXA 1KVBA 3PO5A 2E6MA 3WNEA 2HVIA 3SJJA 4O5BA 4FJNA 3V9SA 4FK2A 1JLEA 4CJ4A 4FM1A 2XY7A 1WSFA 3TAEA 1NJYA 3KTQA 4G1QA 1WN7A 4DSKA 2LSNA 2Y1JA 4DQPA 1BISA 4CEOA 1JLGA 1RT5A 4NCGA 3QO9A 1RT2A 3T1AA 1UA0A 2G8VA 1Z25A 4CEDA 4KHYA 5FRMA 4DTNA 4I9LA 3SQ2A 4DU3A 2KTQA 1RBUA 4CJFA 3OVNA 2IAJA 1WAFA 3CM6A 4E1MA 1U48A 2D0BA 4IFYA 2ETJA 5HROA 1KTQA 2DFHA 3OYKA 1HYSA 4EP4A 4CJVA 3CQ8A 1ITGA 3VA0A 3KD5E 3V9ZA 3V9XA 5FROA 3L3VA 3S3NA 3PX6A 1R0AA 3KKRA 4KV8A 3BDPA 3AA4A 2Z1GA 1BCOA 1JKHA 5SWMA 3TABA 2YNGA 1U04A 5C24A 5SZTA 4KKOA 2ZE2A 4BDYA 3V1QA 1FXXA 4DSLA 1LWCA 2XY6A 3V1OA 4HCCA 2HHWA 2KQ2A 1VSKA 3RMDA 3NCIA 3E01A 2KZMA 1K6YA 4CF1A 4CJ3A 5KI6A 2BDPA 1CZBA 4DG1A 4KB1A 1TAUA 2OPPA 3TAPA 3SV4A 3O4QA 1W0HA 3DOLA 4C8MA 1J5OA 3AVGA 4FJGA 4CFAA 4B8AB 4KTZA 3OYDA 1C0TA 4CEFA 1QS4A 4I2QA 4KO0A 1QE1A 3LP3A 4KI4A 1FK9A 3MXMA 3HXMA 3L2QA 3QNOA 1NKCA 2GV9A 4KHNA 3LWLA 4BACA 3DLEA 4CJTA 3VA3A 2G8FA 3NAEA 3TARA 3SUNA 1TV6A 1RBVA 2DFFA 3AV9A 3AVLA 3B6OA 4W5OA 3K5MA 3TAFA 4CERA 3OS0A 2IDOA 4DTUA 2RF2A 1SL0A 4E7HA 3DRPA 3SQ1A 4CHPA 3K57A 4N56A 3OYAA 4CJ5A 4DF8A 2G8UA 4CJQA 1XHXA 1YT3A 2KW4A 3MECA 3SYZA 1D9DA 4BWMA 2Q3SA 4CESA 3L2UA 3DM2A 3OYMA 1KLNA 5KTQA 3PUFA 3NH2A 1RTJA 2Z1IA 3AVKA 4N5SA 3MAQA 4J2BA 2X6SA 3KKSA 4KRFA 3OYFA 4DTRA 4DQRA 3SV3A 2VWKA 5E41A 3C6TA 4ZTFA 2G8KA 1KRPA 4OVLA 3HP6A 4K8ZA 4Z4FA 3OYGA 4H4MA 2B6AA 1KCFA 3DOKA 4LY7A 1VSIA 2OZMA 2HMIA 1BL3A 1TAQA 1HNIA 2B4JA 1B9FA 1TL1A 4ID1A 4HUEA 3ALYA 4IFVA 3KLFA 4IDKA 5CY4A 3TR8A 4LD0A 3ZSVA 2DY4A 4AH9A 1S1VA 4OKJA 3KLGA 4CGHA 1NK0A 4M3WA 1NK7A 1LV5A 3KLEA 3AVHA 3VQQA 4CIFA 3M8SA 1N6QA 2X74A 3NFAA 4CGGA 3OYCA 3OYEA 3C6UA 3ZSYA 3KJVA 4HUFA 1KSPA 1L3TA 4QOZB 1TK5A 5CZ2A 3HK2A 3U6FA 4CHOA 1BIUA 3AVMA 4B08A 2XY8A 2IS3A 4DTMA 3QIPA 3VQEA 2DFEA 2KFNA 1IO2A 1VSFA 2OZSA 4KPYA 4PUOA 3QEXA 1VSHA 3SUPA 1UOCA 3O3HA 4E89A 1BGXT 3M8PA 4E1NA 2XY5A 3TANA 1BI4B 1C1CA 2ZD1A 4KFBA 4CGJA 3D45A 4LH5A 2I5JA 3S9HA 1NK9A 4RW9A 4DTSA 3NGYA 3QEVA 4H8KA 5DMRA 1TK0A 2F8TA 1ASUA 2HHXA 3TI0A 4NCAA 3HSTB 4W5NA 3CG7A 4FJ9A 3DI6A 3ZT0A 2JLEA 3DRRA 3HVTA 5J2NA 1UAXA 1LWEA 4CF0A 3TAQA 2RN2A 1A5WA 1EETA 4RW4A 1X9WA 3MEDA 1D5AA 3V81A 4FW2A 2KZZA 4CFCA 2P51A 3VQ5A 3F9KA 1TKTA 3KD1E 4M3XA 4OLBA 4DTPA 3QIOA 3ASMA 4PA1A 2QKKA 4DSJA 4FLXA 1SKSA 4KHSA 2OPQA 2IC3A 4RW6A 1X1PA 1EXQA 1BHLA 4CEQA 3O3FA 1RBTA 3L2RA 1LW0A 3QLHA 4DLGA 3K5NA 3IRXA 1EX4A 4ICLA 1ZBHA 1CLQA 3LZIA 4AHUA 1L3UA 3IAYA 3CFRA 4EP5A 4DF4A 1ZBIA 4FXDA 5FDLA 4O44A 4DFJA 4DMNA 5J2MA 5HRNA 1HYVA 4C8KA 4KHQA 4Z4EA 4IG3A 2EX3A 4Z4GA 4BE2A 3RRGA 4OJRA 4C8LA 3K2PA 1J53A 1T8EA 1HJRA 3ISNC 3NH0A 1EP4A 1RBSA 2BE2A 4FK0A 3OYHA 4KHUA 4LSNA 1TKXA 3ZSWA 1YTUA 1LAVA 3ZSQA 2WONA 2G8IA 2HVHA 1WSEA 1A5XA 4YFUA 1G15A 3LDSA 4F4KA 2YNFA 3CM5A 3ZSRA 4BE1A 1D8YA 1QHTA 1TKZA 2ZQBA 4ZTJA 3HP9A 1T7PA 3LZJA 3K5LA 1IKWA 4IG0A 4F3TA 1LWFA 4FJ7A 2O4IA 2AJQA 3OYNA 3IG1A 4NYFA 2JGUA 3AO1A 1NOZA 1NJZA 1Q8IA 4E7IA 4FZZA 1HQEA 2YKMA 3DLGA 3PV8A 1U47A 3RR7A 1FKPA 1I3AA 3CYMA 4FLTA 4K8XA 2OA8A 3CFPA 1T05A 4CGDA 1LAWA 2YHAA 2HHTA 3KK1A 3SQ0A 3EYZA 4OKKA 4DQQA 4JRQA 4FLWA 4KAZA 4CHNA 1U45A 4J2DA 4DFPA 1C1BA 4M3UA 1SKRA 3QEPA 4AILC 1VRUA 1HNVA 1MU2A 4FM0A 1U4BA 1JL2A 2HB5A 3NF8A 1WNSA 1ZBUA 1RTDA 5J1EA 4WE1A 1T03A 4ZHRA 3SZ2A 4E3SA 4EZ6A 4W5QA 4FJJA 4C8OA 3NE6A 1DLOA 4CIEA 4HTUA 1HRHA 1NK5A 3LPTA 5D3GA 3V4IA 4OLAA 3SUQA 4GVMA 4CHYA 1JL1A 4E19A 3RR8A 3ZT1A 1RDAA 2Y1IA 1ASVA 4GMJB 4Y1CA 4O0JA 1HPZA 2VWJA 3SPYA 4MFBA 1IH7A 4TSXA 1I39A 3DLKA 3HYFA 3MEGA 4HHTA 4EZ9A 1L3VA 2WOMA 4DTJA 1RBRA 2FC0A 1RILA 1S6PA 1KLMA 1RCHA 4W5TA 3HVRA 4C8NA 1WSHA 2O4GA 3AO2A 3LAMA 3L3UA 5CZ1A 3HM9A 2QXFA 3VQ4A 5HP1A 2VG6A 4CGIA 2HNZA 4AHRA 4CJWA 3OYBA 4DLEA 3VN5A 3I8DA 2D0CA 3L8BA 2YNIA 1J9AA 1WSGA 4CJSA 3O3GA 4HUGA 4DS4A 5DK5A 1GOBA 3AVBA 4M3YA 4JS4A 5C25A 1CZ9A 1SUQA 3VQ7A 4AHTA 3DLRA 2W42A 1NK6A 4ELTA 3DLBA 1UWBA 4AHSA 4R5PA 4DQSA 1JLCA 4FW1A 3PO4A 1U49A 1HMVA 4DU1A 2XHBA 2HNYA 5I42A 1QSSA 3K59A 4M42A 1L5UA 4QAGA 1IKVA 3EY1A 3SCXA 3NF9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N36K 2FBYA 1YJ9N 2IGIA 1O13A 2D4WA 3WQTA 2P9IB 5BREA 1IJJA 2E2OA 3MDQA 2O8EA 3VQ9A 1RTIA 5FRNA 4B9UA 2HW3A 3SBGA 4DWIA 3T69A 4DTXA 4EHUA 4DR1K 3F5TA 3QINA 1BCMA 1RT1A 4DSFA 3AVNA 3CCJN 3PY8A 4KH4A 3KWGA 3ATUA 1SL1A 4FLZA 3EO3A 3CCVN 2HHVA 2B5JA 2QEXN 3F9MA 2F7TA 2Q0UA 3SLCA 2D5RA 1YJWN 1IG9A 2VCPA 3PX0A 4CGFA 3CJBA 2V51B 3DMJA 4IEIA 4KHWA 3QETA 3SNNA 1W9HA 3AO4A 4KTWA 4M3ZA 3D0PA 1Q82O 4KI6A 4AHCA 3ZLJA 3MX2A 1Y97A 4FPBA 3CC7N 3O9QA 5C15A 1QSLA 1XQSC 2ITGA 1RFQA 2RKIA 2A1RA 4N47A 3H08A 4ILHA 1NBWA 1DTQA 3CCLN 3VGKA 3ITHA 5AQHA 3N4PA 3SK3A 2P5OA 2D0AA 5C42A 3HI0A 3D7EO 1WSIA 3LANA 4B9MA 5I3UA 1ZBLA 3WXLA 3L2WA 5HRRA 4E7KA 4IOXA 5ELZA 5AQIA 5EY4A 1C6VA 3ZSXA 4H5RA 3KLIA 4DV3K 1EKEA 4C1NI 2ASPA 4X66K 5AZJA 3UB5A 4XEIA 5J2QA 4Z94A 4DKWA 2I7NA 4FJ5A 4ID5A 1WLJA 3JAMO 3KK7A 4F2RA 3HO1A 4IBNA 1Y64A 3LALA 4H0TB 1XMOK 4M45A 4ELVA 4CF8A 4CEEA 4CZGA 4H0XB 1YI2N 1ATRA 3DXKB 1J54A 5KRTA 3CPWM 2PYLA 1OVQA 1SV5A 4DB3A 3V9WA 4IOCL 5EOYA 4FCYA 1RDBA 2YNHA 1RDDA 4CEAA 3T1HK 1WSJA 2QK9A 3N4QA 3H3OB 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 2YKM A;  1U47 A;  3RR7 A;  4FLT A;  4WQ4 C;  1T05 A;  1NG9 A;  4PKH A;  2YHA A;  2HHT A;  5GAG P;  1VQ4 N;  3VMF B;  1NGH A;  3QFU A;  4FLW A;  3EE9 A;  4CHN A;  4KAZ A;  3CCE N;  4M3U A;  3QEP A;  4AIL C;  3VF2 A;  1U4B A;  4J8F A;  4B1Z A;  3FZF A;  1KC8 O;  4FJJ A;  4W5Q A;  4YDU C;  1DLO A;  4JK9 A;  1SQK A;  4CIE A;  3MMV A;  3V4I A;  3O6W A;  3THY A;  4CHY A;  2HF4 A;  4BRC A;  3RR8 A;  2Y1I A;  4FO0 A;  4BR2 A;  3SPY A;  3BF3 A;  3R1X A;  5CHI A;  2YI1 A;  2ZWH A;  4DTJ A;  1L3V A;  3SAF A;  2CGJ A;  1V4T A;  1S6P A;  2UU9 K;  3HOS A;  4W5T A;  4C8N A;  3HM9 A;  3VQ4 A;  2YX6 A;  5HP1 A;  4CJW A;  2EWS A;  4CZF A;  3OYB A;  4DLE A;  3I8D A;  4CJS A;  1J9A A;  1WSG A;  4JI4 K;  4DS4 A;  2P9K A;  5C25 A;  5CR4 A;  3VET A;  4ELT A;  4FOE A;  5BPL A;  3PO4 A;  1HMV A;  4A61 A;  2HNY A;  4CZI A;  3K59 A;  4JI5 K;  4QAG A;  3WEE A;  3GE1 A;  4B3R K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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