4HTUA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pair
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4htuA00
1W0HA 4FK0A 4CJFA 4RW7A 1XHZA 3HVRA 4KTZA 3OYMA 1TL3A 4H4OA 4ID1A 1U49A 4ZTJA 2X74A 1KLNA 4FJ5A 4CJRA 4CEDA 3BGRA 3KKRA 3L2RA 4B3OA 1NJWA 4BWJA 1RBVA 3VQEA 4HCBA 3LALA 4FM2A 4JS4A 1G15A 4DS5A 4HUEA 3MXMA 4Z4IA 1RDCA 1J54A 3AVFA 4CJVA 4FM0A 1RTIA 4IG0A 4KV8A 1TKXA 1A5XA 1C0UA 4BDPA 4FW2A 3O3FA 2G8WA 4N56A 4CJPA 2KZMA 3NGYA 1VSMA 4AHTA 3SQ2A 3OY9A 3CM6A 4UQGA 1LW0A 1S1XA 1U04A 1VSHA 4IBNA 3OS1A 4FJ7A 1SUQA 1UAXA 4CEQA 3AA2A 1JL1A 3CYMA 1ASUA 4QAGA 4Z4CA 2ITGA 1TAQA 4CIGA 4HCCA 1YTAA 1LWEA 1LAVA 3L3UA 2YKMA 3U3GA 3NF6A 2Z1JA 3PX0A 3K59A 4ID5A 1UWBA 4BDYA 1SL0A 2IAJA 3MEGA 4CJ3A 3QLHA 1RT5A 3H08A 2XRIA 4DSEA 5KGWA 3VN5A 5JS1A 2HNZA 3C94A 4FLVA 1IKXA 1RTDA 4NCAA 3S9HA 1D5AA 4BWMA 5HRRA 3WNHA 4CJ5A 3RR8A 4YNQA 3TAFA 1JL2A 1QE1A 3AO2A 3LP3A 4O0JA 4E19A 4HVJA 2PZSA 2HVIA 2VG7A 1CXUA 2HNDA 1REVA 4KO0A 1NKEA 2OZSA 4FLTA 5KTQA 1S6QA 4QCLA 3KD5E 4KB0A 4DQRA 4ZTFA 1NK8A 2P5OA 4F8RA 3DRSA 4GVMA 3IG1A 3ALYA 3DOLA 2E6LA 3KK3A 3ZSRA 2WOMA 3SI6A 4DTJA 4W5OA 2Z1HA 1LV5A 3WNGA 1WN7A 5C25A 1MU2A 1BCOA 1LAWA 3LZJA 3V9ZA 2HW3A 1CLQA 3ULDA 4Y1CA 5HRSA 5DMRA 2AJQA 1BIZA 5CY4A 5D3GA 1XWLA 2DFEA 4BE0A 3AVLA 1BL3A 5CZ2A 2KW4A 4DFPA 4CHNA 3ITHA 1B9FA 4DU3A 1U45A 1NJZA 4LSNA 1FKPA 4Z4GA 1HYVA 4B9UA 1FK9A 4I2PA 2DFFA 3SUNA 1HQUA 3RMCA 2GBZA 3F9KA 1C1BA 3K58A 2R7YA 4FJ9A 4W5QA 1A5WA 3ZSXA 1NOZA 3CG7A 4Z4HA 1J53A 4RW4A 1TKZA 1RDBA 3HYFA 3U3YA 2HHWA 2Y1IA 5E41A 1YT3A 1WSJA 2E4LA 4B9MA 1XHXA 2VWJA 5FRNA 4IFVA 3SZ2A 1NJYA 1D9FA 4CF8A 3EYZA 3G0ZA 5HLFA 3DLKA 3L2VA 1KLMA 4NCGA 3ZT2A 3RMDA 1EKEA 1KVAA 4FVMA 1ZBFA 1NK9A 3VQBA 1JLGA 2F8SA 1RBTA 4BE2A 2XY6A 3NHGA 1UA0A 1TKTA 4CCHA 4CF2A 5I3UA 3OYLA 3C95A 3DLBA 2HNYA 3LZIA 3SV4A 3TAEA 4DLGA 1U4BA 3HO1A 1S5JA 3HL8A 3OJUA 4FK2A 1HYSA 1GOCA 2GUIA 3PY8A 4H4MA 3SQ0A 4LH5A 4FJKA 2HHVA 2JGUA 3PO4A 3VQDA 3P5JA 4CGFA 5CYMA 2KFZA 1ZYQA 3O3HA 3P1GA 3OYAA 3MXJA 1U48A 4DSLA 3AVNA 3DRRA 1B92A 1SL2A 4B9TA 3HPGA 1QQCA 4CJWA 4YFUA 2XY5A 3K57A 1N5YA 1L3SA 3RR7A 5HBMA 1YTUA 1VRTA 3MEEA 1NK0A 2I5JA 4KHNA 1JLBA 1QS4A 5KI6A 3O4QA 4F3OA 1X1PA 3ZT0A 4M3TA 4FLWA 2X78A 3V9XA 1KSPA 4W5NA 3LP1A 2WONA 4JLHA 4DSIA 3OYCA 2Z1IA 3AVHA 4EP4A 1JXBA 1Y97A 3VQPA 5CZ1A 1RDAA 3SJJA 3KK1A 2JLEA 4MQ3A 4W5RA 4J2BA 4FK4A 3HJFA 3TWHA 4OKKA 4CFBA 3QETA 2OPQA 4FJGA 2BANA 1L5UA 1BI4B 2NUBA 4BDZA 3CQ8A 4CK1A 1ZBIA 4FW1A 4KFBA 2YNFA 3PO5A 3LPTA 3AVCA 4O4GA 3EY1A 4K8XA 2HVHA 4KHWA 1Z26A 3KKSA 1ITGA 3CFRA 4DQPA 3HK2A 3OVNA 3MECA 1RT7A 4M3ZA 2ZD1A 3M8PA 4DLEA 3LP0A 5JS2A 3QEPA 3AVKA 4OKEA 1TAUA 1U47A 4E1MA 4DG1A 4KI4A 1DTQA 1BGXT 5HP1A 1IKVA 2HHTA 3SPYA 1HQEA 4CJTA 1JLCA 3M8QA 4DQSA 2HHQA 4AHCA 5K14A 3PX6A 4Z0UA 3OYHA 2VG5A 3K5OA 1JLEA 3VQ9A 3KTQA 3LWMA 3KLHA 4FJJA 4HTUA 3SPZA 4CFAA 2OPPA 3JYTA 3KJVA 3V1OA 3QEVA 3DI6A 3SUPA 1K6YA 1KFDA 3TAPA 4NYFA 4FJNA 3QIOA 3TAQA 1X9MA 1QTMA 4PA1A 3THVA 4Z4FA 3AA5X 3V1QA 1C6VA 1RT4A 2KQ2A 4BE1A 2OPSA 3DMJA 3S3NA 1XI1A 3DLHA 4FLZA 4AH9A 4DFMA 4E3SA 3RRHA 3F73A 2ZQBA 3KLGA 1DTTA 1RT3A 2P1JA 2D0BA 4G1QA 2YV0X 4KAZA 4E7LA 2GV9A 2Z1GA 4F2SA 4J2EA 4F3TA 4KHUA 2D5RA 3AA3A 1JLAA 1RDDA 3O4NA 4RW9A 5SZTA 4N47A 3ZT1A 2G8FA 5KRSA 4M3WA 4DQIA 3AO1A 3TANA 3ZSYA 3WNFA 1BHLA 1S1VA 3B6OA 1ZBUA 3NBPA 4OVLA 4DTUA 5J2MA 1RBUA 1WSEA 4HUGA 4DTRA 3O3GA 3SQ4A 3V1RA 3V81A 2ATQA 4GW6A 4Q0BA 1ZBHA 1BISA 2VWKA 3V9UA 3TAGA 1YVUA 3TARA 4DTPA 4E89A 3G10A 4CJSA 2RKIA 3NF7A 1ZBLA 4DWIA 1NK5A 2IGIA 4CHPA 1TK8A 4C8KA 4B08A 1JLQA 3OYFA 3SCXA 1RCHA 1DLOA 3EZ5A 3VA0A 5J2NA 1XC9A 1L3TA 4J2DA 2YHBA 1UA1A 1LWCA 3I0RA 4CJQA 1HJRA 2XY7A 4LH4A 3AVBA 2G8IA 3AVGA 3NH0A 4AHVA 3V9WA 1VSIA 3QEIA 1WLJA 3UIQA 4CHYA 4O0IA 3L2QA 4LD0A 1S9EA 3DOKA 4CGIA 3C6TA 3LANA 3NAEA 4JS5A 3VA3A 4FJMA 4L8RB 2FBYA 4FJ8A 4FYDA 4CF1A 1Z25A 4DF4A 3HPHA 1C1CA 3K5LA 1RT2A 1Q9YA 5FRMA 1VSDA 1WAFA 1TL1A 3AO4A 4RW6A 2BDPA 4ELTA 4QOZB 3S3MA 1RTHA 1VSEA 3VQ7A 4CJ4A 3ASMA 3LDSA 3HXMA 1T05A 1J5OA 3NF8A 3SUOA 3PX4A 3DLRA 1S1TA 3MXIA 3AV9A 3K5MA 3AVAA 4DQQA 3M8SA 1JKHA 4OLAA 3HVTA 4CFCA 2DY4A 2KFNA 3K2PA 4CHQA 1A5VA 4CEEA 5DK5A 5HRNA 4IKFA 4Q5VA 2DTUA 4KHQA 2YKNA 5CYQA 4FLUA 1BCMA 4OGEA 4CJKA 4KI6A 2OYQA 2B5JA 3OYIA 4FCYA 1X9WA 1RBSA 3NDKA 4FXDA 1QSSA 3QEWA 4OKJA 3KIOA 1NK7A 4EZ6A 2YNGA 4CJLA 1TK5A 2P5GA 2DFHA 2PYJA 3VQ5A 4B8CA 3BDPA 4CHOA 4FJIA 1EP4A 4ICLA 4C8MA 3LP2A 4DTOA 3ZCMA 3HPOA 3D0PA 4FJXA 4C8LA 4M3YA 3OYEA 3NH2A 3SYZA 1SKSA 3L2WA 3L3VA 4GMJB 4HUFA 1NJXA 1KVBA 1WAJA 4Z4EA 3PUFA 4OPJA 4CJUA 2YHAA 1LW2A 2IOCA 1C0TA 4NYNA 4R5PA 3NE6A 3CFPA 1O1WA 2D0CA 1L3VA 4FZYA 1RT1A 4CHZA 3JSMA 1KTQA 4B8AB 3C6UA 3OJSA 3HP6A 3L8BA 4MFBA 5C42A 5KRTA 1S6PA 4AILC 1EX4A 4OPKA 5T7BA 3PV8A 4KRFA 3VQAA 3QNNA 4EP5A 4E1NA 1IKYA 3TAMA 5J2PA 1VSFA 3OS0A 1SKRA 4J2AA 2HHUA 3QIPA 2HB5A 4M41A 2W42A 4C8NA 1BIUA 4HHTA 1IH7A 4DFKA 4FLYA 4LY7A 2B4JA 5I42A 2KZZA 4B9SA 2B6AA 3NFAA 2RPIA 4M45A 2BE2A 4IDKA 1UOCA 2YNIA 4H8KA 2HHSA 4I7FA 1TKDA 4PY5A 2FBXA 3OYNA 4CESA 4KB1A 3SV3A 2ZE2A 4RW8A 3QERA 4B9NA 3CM5A 4FZZA 4O5BA 2YNHA 3HP9A 1QSYA 1SL1A 4F4KA 4FZXC 1R0AA 4DTNA 4I9QA 4KTQA 1J9AA 1WSFA 4E7HA 4OGCA 3DRPA 3B6PA 1SV5A 3I0SA 1WSIA 5SWMA 4JRQA 3TI0A 2OZMA 3IS9A 1CZ9A 2XO7A 4O55A 2QK9A 1S1WA 4KTWA 4DMNA 4CE9A 4FJHA 3HM9A 3QINA 3T3FA 1VK0A 2G8UA 4IFYA 3KD1E 4Y1DA 4CECA 2X6NA 3HSTB 3V4IA 3FFIA 4CGHA 3LWLA 3P83D 2XHBA 1HNIA 3M8RA 4AHRA 4DF8A 1RTJA 2RF2A 3NF9A 2HHXA 1SKWA 3NGIA 1C1AA 4W5TA 5EU7A 4F2RA 4N76A 1GOAA 5HRPA 3VQQA 4PUOA 4KHYA 4AHSA 1BQNA 3I8DA 3LAKA 4CERA 3QEXA 2BGGA 4DTMA 4PWDA 4RG8A 4FM1A 3AO3A 1HNVA 1C0MA 1Q8IA 4CEOA 4DFJA 2IS3A 3IRXA 3VQCA 1W9HA 3OYBA 4C8OA 4O44A 4M42A 3SNNA 1WNSA 2A1SA 2FC0A 2HMIA 1NKBA 3AVJA 3RMBA 1RBRA 3RMAA 4N5SA 4KPYA 4N41A 3LPUA 4LSLA 4EZ9A 3RWUA 1IG9A 3TABA 2IC3A 1FKOA 3VQ8A 4KHSA 3T1AA 4B9VA 3ISNC 2FBTA 3VQ6A 2IDOA 2E6MA 4I9LA 4CIEA 2OA8A 4DTSA 4DSKA 4OJRA 3ZSQA 1RT6A 1WSGA 3K5NA 1RNHA 3L2UA 4M3RA 3ZSOA 5HROA 4KREA 2PYLA 3T19A 4DU1A 1NOYA 3SQ1A 2P51A 4ELVA 3AVMA 5J1EA 1TK0A 1GOBA 2VG6A 2XY8A 2O4GA 3KLEA 3S3OA 1T8EA 3NGZA 3ZSVA 2G8KA 4CF0A 2Q3SA 3TR8A 1BQMA 3DYAA 3RTVA 1T03A 3QO9A 1CZBA 2RN2A 4WE1A 2G8VA 4B9LA 5KGXA 1KVCA 4DSJA 1WSHA 3QNOA 1HPZA 5C24A 3DM2A 1X9SA 3LAMA 1NKCA 4CK3A 5J2QA 1KFSA 4M3XA 3ZT4A 1HMVA 4IG3A 4CGDA 3AA4A 4BACA 1EXQA 4DS4A 1D9DA 3QESA 4E7IA 4I2QA 2X6SA 1F21A 1RILA 3CFOA 1I3AA 1N6QA 1I39A 1ASWA 1VRUA 5FROA 3U6FA 1NK6A 4K8ZA 3WNEA 1LWFA 4CGJA 2O4IA 1VSLA 2PY5A 1KCFA 4NCBA 3ZSZA 1KRPA 4CEAA 4ZHRA 1CXQA 1VSJA 3DLGA 1JXEA 2FBVA 1ASVA 3AVIA 1Q9XA 2KTQA 1EETA 3NCIA 3MEDA 3ZT3A 3OYJA 2EHGA 3SUQA 4ELUA 1HRHA 3IAYA 3V9SA 2EX3A 5FDLA 4CJEA 2F96A 3OYKA 4OLBA 4CIFA 1S1UA 2D0AA 3AO5A 1QHTA 2ETJA 3D45A 2G8HA 4M3UA 4FJLA 3RRGA 1HYZA 4E7KA 3KLFA 3MAQA 1TV6A 4CEZA 4DSFA 3V6DA 2A1RA 1QSLA 1NK4A 4E0DA 1TVRA 2LSNA 4TSXA 1FXXA 2F8TA 4CFDA 1T7PA 1TGOA 4AHUA 4KKOA 3VQ4A 3KLIA 1D8YA 3DLEA 4CGGA 4CK2A 1B9DA 4CEFA 3HT3A 3OS2A 4E7JA 1JLFA 4DTXA 1S9GA 3NH1A 4XIUA 3KK2A 4CEBA 3ZSWA 1VSKA 2OPRA 1IKWA 2QXFA 4CF9A 2QKBA 4PQUA 3E01A 3OYDA 1IO2A 3A2FA 4DU4A 4JRPA 1L3UA 2Y1JA 4FLXA 1BI4A 3OYGA 2QKKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV6K 4YORA 3CXCM 2FLOA 3FZKA 2A5XA 4DV0K 2FF3B 5C10A 1KLNA 4FJ5A 1RBVA 4FM2A 4JS4A 1G15A 3MXMA 4Z4IA 1RDCA 1J54A 5BRDA 4CJVA 4FSVA 4KV8A 3QBWA 3C6HA 3O3FA 2KZMA 4FO0A 3AAPA 4AHTA 4PHTX 3DXMA 1U04A 2P9NB 1XMOK 3LDPA 1SUQA 1UAXA 1YJWN 1ASUA 4EFHA 4CIGA 5TKWA 1YTAA 3QB0A 1LWEA 3L3UA 4WYBA 5AZJB 1VQLN 3NF6A 3VTHA 2IAJA 4DV3K 1YAGA 4CJ3A 4DSEA 5KGWA 3KVGA 1GLLO 1K73O 2P9PA 3GOIA 1YF5L 4JYAK 3W0LA 4YNQA 4E19A 2QWRA 2PZSA 2HNDA 3CETA 3WXMB 2OZSA 4FLTA 4QCLA 3KD5E 3DXKB 4LFCK 3UE5A 4CZHA 4GVMA 3VEVA 2E6LA 3KK3A 1GLFO 5ADXH 4W5OA 2Z1HA 3DAWA 3CCQN 3V9ZA 4FL9A 4Y1CA 5HRSA 5DMRA 2GWKA 5CY4A 2DFEA 4BE0A 3AVLA 5KQ8A 5CZ2A 4CHNA 4DU3A 1B9FA 4Z94A 4CZEA 5AQOA 1HYVA 3JAMO 3N4QA 3SUNA 3RMCA 1YI2N 3ZSXA 3G6EN 5AQFA 4Z4HA 3S41A 4RW4A 4JI5K 1TKZA 2CH6A 2NRRA 3HYFA 3CCVN 1FJGK 5E41A 4JI7K 3O8MA 2UXCK 3EYZA 5AQYA 1KLMA 1CZAN 1EKEA 2J4RA 3VQBA 3AY9A 4H5TA 5C0YA 4WQ4A 4CCHA 2WFBA 5I3UA 1JJ2M 3SV4A 3TAEA 1U4BA 2VQFK 3HO1A 4FK2A 3HL8A 3C7NB 4I6MA 1RDWX 4H4MA 4A59A 5AQGA 3PO4A 3VQDA 3P5JA 5AQWA 4CGFA 1NGIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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