4HUEA

Structure of 5-chlorouracil modified g:u base pair
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hueA00
3K5OA 3MAQA 4IDKA 3TARA 4CJEA 3QINA 1GOBA 4DMNA 2YNIA 2QXFA 4FK4A 4CJLA 4O0JA 2FBYA 1J54A 2IOCA 2XY8A 3ZSRA 1SKSA 2Z1GA 1CZBA 1Z26A 2HNDA 2Q3SA 3KIOA 1JKHA 4M45A 3OS0A 1KTQA 3RMAA 1N5YA 2PY5A 2HMIA 1ZBIA 4JRPA 3K5MA 1X9WA 4CHYA 4O4GA 1NKEA 1I39A 4QCLA 4BDZA 1J53A 4CECA 3NF6A 1UAXA 4CHZA 5HROA 4Z4FA 4RW8A 3NBPA 5KTQA 4HHTA 4B9VA 3H08A 1RTDA 2G8HA 4FK0A 4PY5A 3MECA 3V9SA 1S9EA 3KLHA 2YKNA 2A1RA 4KTQA 2HHXA 1A5WA 3CYMA 4CEAA 4F4KA 1YTUA 4KHNA 4Q0BA 4JS4A 2HNZA 4CJSA 2IC3A 4DTRA 3VQ9A 1ZBUA 2X78A 1TAUA 3ZT1A 4CIFA 4CF0A 4BWJA 3SQ4A 4ICLA 4FM0A 1F21A 3V4IA 1SUQA 3V1OA 5HP1A 3TR8A 3CM5A 4B08A 3CFPA 3TANA 1TK8A 3HSTB 2DFEA 1WN7A 3NH2A 3SPZA 2KQ2A 1NK7A 1SKWA 3NF7A 1UOCA 3AO3A 4Q5VA 3SV4A 4DTOA 1BL3A 3OJSA 2GUIA 4M3UA 2RF2A 3VQQA 3CFRA 3SUNA 3IG1A 1S1UA 2ATQA 3AO1A 3ZT0A 2ITGA 4DS5A 2QKBA 1FKOA 2P5OA 4JS5A 2YHAA 1ASWA 1T03A 1TL3A 2YKMA 4F3OA 4CJ4A 3WNGA 3NGIA 4FK2A 1MU2A 1U48A 1QSLA 2FBXA 4RG8A 1HNIA 4DF4A 3G10A 1JLEA 1LAWA 2OPRA 3HK2A 4W5RA 4DSLA 3SPYA 1KLMA 4AHVA 1BGXT 1LWFA 4DLEA 5J1EA 4DTUA 4KHWA 2ZQBA 1RT7A 1WSFA 4FJXA 3WNHA 1UA0A 4FJ8A 4DU3A 3S3OA 2YNFA 3ASMA 1KSPA 3RR8A 1HJRA 1RDDA 4CGIA 1BHLA 1LWCA 1WSGA 3NCIA 2IAJA 3HYFA 3OYEA 4KAZA 3BGRA 3EY1A 4EZ9A 3SUQA 1VRUA 4KFBA 4AH9A 3O3HA 4TSXA 2PYLA 4FM1A 4DQSA 5J2MA 4DFKA 1X9MA 5T7BA 2HNYA 1NK0A 3VQ5A 2B4JA 4KHQA 3LDSA 3VQBA 1W9HA 1JL1A 3AA5X 1SL1A 1Y97A 4CEBA 4E0DA 2HVIA 3O4NA 4H4MA 1U45A 4KO0A 2D5RA 1S6PA 3THVA 5KGXA 1TKTA 3MEDA 4O55A 1RBTA 1D5AA 4KI4A 4M3XA 4FJIA 4K8XA 4N47A 3AVHA 1DTQA 3ZT2A 4Z0UA 4CEOA 4CHQA 1C6VA 2JGUA 4DF8A 2OA8A 3ISNC 2G8WA 2GBZA 1FK9A 3MEEA 2ZE2A 4B9NA 3RR7A 4N41A 4DSKA 1WLJA 4B9TA 3KK2A 4KHUA 3ZSYA 3O3GA 1HPZA 3HP9A 3QETA 1NK5A 2OPSA 2QK9A 4C8NA 1NK4A 3M8QA 3O3FA 1RT5A 4CK1A 3DI6A 4IFVA 1ASUA 1C0UA 4CJRA 4FVMA 4AHSA 4M42A 3QIOA 3AVFA 4CJUA 4ID1A 3M8PA 4AHRA 3AO4A 1D8YA 3RMCA 1B9DA 1SL0A 3K59A 1L5UA 5J2PA 3V1RA 5HRRA 4YFUA 4OPJA 5I42A 3HP6A 3DYAA 1TKDA 1JXBA 3V9XA 2JLEA 3PV8A 2WOMA 1LW0A 4CE9A 5KRTA 2AJQA 1DLOA 4FLTA 4OLBA 1ASVA 2DFHA 3DLRA 3L3VA 1S6QA 4Y1DA 3T1AA 3ZSXA 4CEDA 4F2RA 2G8VA 3NF8A 4LH5A 1IG9A 4JRQA 2QKKA 3C94A 3VQAA 4AHTA 4ZHRA 3OYLA 4HCBA 4MQ3A 1NJZA 4DTNA 4DFMA 4FLXA 3DMJA 4HTUA 3K5LA 4E1NA 3SI6A 2ZD1A 4BE0A 3FFIA 1RCHA 4L8RB 3DLEA 4OPKA 3JYTA 3QNNA 3PX0A 3PY8A 1K6YA 1HYSA 1XHZA 1LW2A 3AA3A 1U4BA 4W5TA 2FBVA 1HQEA 1RDBA 3K2PA 2VWKA 2BGGA 2G8IA 5K14A 1ZBHA 3TWHA 1KRPA 4E7IA 2Y1JA 4CHNA 4CFDA 4CJKA 2HHWA 3M8SA 3QEIA 3B6PA 4R5PA 4M3ZA 2D0AA 3LZIA 1RT3A 4C8LA 3MXJA 4LY7A 2O4IA 4FJ7A 3RTVA 3UIQA 4J2BA 1I3AA 4CJQA 3QLHA 1KVCA 1TK0A 2ETJA 3PX4A 4UQGA 3T3FA 3VQ8A 2VG5A 4FJ9A 5FROA 1S5JA 4OJRA 4XIUA 3L2QA 3NE6A 5CYMA 4OVLA 1RBSA 4NCBA 3QEWA 3VA3A 1QSYA 1BISA 3AVJA 1QS4A 4YNQA 1RBVA 4CGJA 4J2AA 1NK9A 2G8FA 2X6NA 1ZBFA 3I8DA 2G8KA 5KGWA 3PX6A 3LAMA 3I0RA 4DFPA 3S9HA 1DTTA 1IH7A 4FJNA 3L3UA 1RDCA 5KI6A 3LPUA 2F96A 4OGCA 1TKZA 5C42A 1KCFA 4IG3A 3OJUA 4E7KA 1Q9YA 3VQCA 3QEVA 1W0HA 1EKEA 2A1SA 1NKCA 4KREA 3SUPA 3ZSWA 1FKPA 3LP1A 4FLWA 3LP2A 4CK2A 3TAGA 3VQEA 4DU4A 1QSSA 4AHUA 3ZSQA 3LANA 4O0IA 3HT3A 3OYDA 4FXDA 3ITHA 4CK3A 1QE1A 3DOLA 3L2WA 4DQPA 3KKSA 4FZZA 1WSIA 2Y1IA 1BQMA 3SQ1A 1IKYA 2XRIA 1HMVA 2X74A 4DWIA 1WSEA 4EP4A 1VSEA 4CIEA 3KK1A 3DRSA 1X9SA 4RW9A 3OYJA 2E4LA 3DLHA 4M3TA 3VQDA 4DTMA 4M3RA 1A5XA 1C0MA 5CYQA 4QOZB 1TKXA 3QEPA 3CM6A 4FJKA 4CF8A 1Q9XA 2KZMA 4I7FA 5FDLA 4FW1A 3HPGA 3OVNA 4IG0A 3VQ4A 3QEXA 4W5OA 2B5JA 5J2QA 1S1WA 2G8UA 2DY4A 3PO4A 2YHBA 2VG7A 4DQQA 3RWUA 4FJGA 1HNVA 3IRXA 2XY5A 3SV3A 1WSHA 5HBMA 1GOCA 4BDYA 1T05A 4E7LA 4WE1A 1CXUA 3KD1E 5JS1A 4E19A 3B6OA 1D9FA 3VA0A 4E89A 4FM2A 3WNFA 2VG6A 1EP4A 4I9LA 1EETA 3QO9A 1UWBA 4CEQA 4H4OA 3AV9A 4KTZA 3L2UA 3LZJA 4FLUA 1BCOA 4DSIA 5D3GA 4CGHA 1JLQA 4KV8A 3CG7A 4CJ3A 1NK8A 1SV5A 1VSLA 4AHCA 2X6SA 4B8AB 3AVAA 4IBNA 4DG1A 3QESA 1LV5A 2KFNA 3ZSZA 2EHGA 1U04A 2XHBA 3RMBA 3SCXA 4C8KA 4Z4EA 3D45A 3DM2A 4M41A 4CHPA 3NGZA 1D9DA 4FLVA 4CJFA 1A5VA 1EX4A 2P51A 2Z1JA 1NKBA 4FZYA 1L3VA 2HHUA 4CF1A 1ZYQA 3OYHA 4FJ5A 1JL2A 1RILA 2WONA 4RW6A 3VQ6A 3SYZA 4NYNA 1RDAA 1WSJA 3T19A 4OLAA 1WAFA 3P5JA 4M3WA 5FRMA 4Z4IA 1QQCA 4GMJB 1IO2A 1FXXA 1JXEA 3DLGA 4OGEA 3TAMA 1U47A 4CCHA 1HRHA 1TV6A 1YT3A 3HPHA 3EYZA 2XY7A 1XC9A 4FJMA 2DTUA 4CF2A 2HHVA 3DRPA 3EZ5A 3NAEA 4JLHA 1N6QA 3OYIA 5I3UA 4B9MA 2FBTA 3NGYA 1L3SA 1L3TA 4F3TA 3AVLA 1HYZA 1Z25A 3TI0A 5FRNA 3V81A 1C1CA 3V1QA 4OKKA 4HUEA 3HO1A 4PWDA 2NUBA 4CFBA 5E41A 4DTXA 2OZSA 3SQ2A 4J2EA 4B9UA 3F73A 4CGDA 1VSJA 3AVMA 1C1AA 3ZT4A 3V9ZA 3LALA 3LPTA 4ZTJA 4E7HA 4HCCA 3C6TA 2HW3A 1TAQA 4MFBA 3TABA 3AO2A 3I0SA 5HRNA 1C1BA 5DK5A 4CJTA 1LAVA 4KRFA 1NOYA 4DLGA 2VWJA 3ZT3A 1JLCA 4KB0A 2EX3A 3HJFA 4C8MA 1HYVA 2KZZA 4I2PA 5DMRA 3OYAA 1SKRA 1IKVA 1RT4A 3S3NA 4B3OA 1REVA 3AVIA 4LD0A 4CEEA 1VSIA 2BDPA 1JLBA 3LP0A 1BCMA 3PO5A 4FLYA 1WNSA 3V6DA 3KKRA 4CERA 1XI1A 1RT2A 2YV0X 3BDPA 3NFAA 3OY9A 3V9WA 4DU1A 1QTMA 3DLBA 1VSHA 4IFYA 4NCAA 5EU7A 1IKWA 2W42A 4F8RA 2OYQA 3SZ2A 3IAYA 1S1XA 4Z4GA 4H8KA 3SNNA 2B6AA 1BIUA 2KW4A 3U3GA 3MXMA 3HVTA 4CFCA 4ELUA 3DRRA 1CXQA 1XWLA 1HQUA 4CFAA 4DSJA 1VK0A 4BE2A 5J2NA 4KPYA 1XHXA 4CIGA 4NCGA 4W5QA 3K57A 4I2QA 3P1GA 3NDKA 1VSDA 4CJ5A 2RN2A 1UA1A 1ITGA 2Z1IA 3AO5A 1BQNA 1RTJA 3OYBA 3L2VA 3TAEA 1RBUA 1LWEA 4HUFA 5KRSA 1U49A 1JLAA 4O5BA 3KD5E 3NH1A 1ZBLA 3KTQA 3V9UA 3MEGA 2IS3A 4PA1A 4DS4A 4O44A 1VSFA 3HVRA 3TAQA 1GOAA 4DSEA 4DTPA 4KHYA 4KHSA 4LSNA 4AILC 1KVBA 4DTJA 4M3YA 4CGFA 2KTQA 3LWLA 4B9LA 4N5SA 2E6LA 3KLFA 2FC0A 3U3YA 2OPQA 1T8EA 2HHSA 4PUOA 2PZSA 4ZTFA 1QHTA 3OS1A 3G0ZA 1YVUA 2YNHA 5HRSA 4CEZA 3OYGA 2XO7A 1KLNA 4FJHA 3HPOA 3CFOA 1B92A 1BIZA 1KFDA 1RTHA 4FW2A 2HB5A 3QIPA 4GW6A 2DFFA 2D0CA 3NHGA 4KKOA 3SJJA 1C0TA 1JLFA 2PYJA 3OYCA 4DFJA 3SUOA 5JS2A 2BANA 5HRPA 4HUGA 1J5OA 2KFZA 1VSMA 4KB1A 4J2DA 1RTIA 3PUFA 2P5GA 1VRTA 3AVNA 3A2FA 4RW4A 4W5NA 1TL1A 2Z1HA 3JSMA 1CLQA 4BACA 5CZ1A 1WAJA 3RRHA 4DQRA 1R0AA 2IGIA 4KTWA 5CY4A 3AVBA 3MXIA 3ZSVA 4B8CA 1L3UA 4CHOA 4Y1CA 1B9FA 3RRGA 4CESA 1S1VA 3WNEA 4K8ZA 1KVAA 1VSKA 1X1PA 3QERA 3AA2A 1NK6A 4CJPA 4OKJA 4LH4A 4HVJA 1S9GA 1J9AA 2BE2A 4LSLA 4CJVA 4N56A 3KLIA 3C95A 2HHQA 3S3MA 3QNOA 3AVGA 2XY6A 1NOZA 1BI4A 2HVHA 3AA4A 3KLEA 2IDOA 4E7JA 1IKXA 1NJWA 4OKEA 4ELTA 4B9SA 4EP5A 1TVRA 3U6FA 4FJLA 4FJJA 3HL8A 3CQ8A 1CZ9A 3ZSOA 5CZ2A 4FCYA 4FZXC 4KI6A 5HLFA 3E01A 2YNGA 1T7PA 3C6UA 1RT6A 3LP3A 4DQIA 3LWMA 3TAPA 4CGGA 5C24A 4GVMA 3P83D 5SZTA 3KK3A 4BE1A 1TK5A 2F8SA 3OYNA 1KFSA 2OZMA 3RMDA 4E3SA 2GV9A 1JLGA 1S1TA 1TGOA 3KLGA 4DSFA 3IS9A 2RPIA 4BWMA 3NF9A 4ID5A 3SQ0A 2P1JA 3OYMA 3OYFA 4FLZA 2LSNA 1EXQA 1O1WA 3L8BA 3KJVA 4Z4CA 3OYKA 4C8OA 3DLKA 3VQ7A 3ULDA 4PQUA 4RW7A 2I5JA 1G15A 4EZ6A 2E6MA 4DTSA 4QAGA 3ALYA 2O4GA 1RT1A 4NYFA 2HHTA 3K5NA 4Z4HA 3VQPA 4E1MA 4N76A 4FYDA 4CF9A 3NH0A 3TAFA 2RKIA 3AVCA 1NJYA 2D0BA 4IKFA 3DOKA 4F2SA 3O4QA 3D0PA 5C25A 4G1QA 4I9QA 1RBRA 2OPPA 3VN5A 3ZCMA 3F9KA 3M8RA 3L2RA 1NJXA 3LAKA 1SL2A 4BDPA 1RNHA 4ELVA 2F8TA 3K58A 3OS2A 2R7YA 3HM9A 3AVKA 4CJWA 1BI4B 5SWMA 1Q8IA 3HXMA 1YTAA 4CEFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOTA 3MAQA 3L4IA 1QQNA 4BRDA 4DMNA 2QXFA 2IOCA 5C0YA 1CZBA 3KIOA 4XH5A 5AR0A 1N5YA 2PY5A 4M7YA 3K5MA 3L0QA 4O4GA 3KK7A 4JI1K 4BDZA 4B1UB 2IVOA 3NF6A 2W40A 3NBPA 1VQMN 3H08A 4IZ9A 4B9VA 4FK0A 4KH5A 4K43A 2H3GX 3O6WA 1CZAN 2E20A 1YTUA 3K9JA 2HNZA 2IC3A 3ULEA 4NXMK 4BWJA 4ICLA 5AQTA 5H1SQ 3TANA 1TK8A 2P9NB 1NMNA 2V52B 3C0BA 4KRFA 4DTOA 3UKUA 3AO3A 5DM6L 3SV4A 4NLCA 4FWLA 5ADXH 1OKJA 2WTUA 5AZIB 1FKOA 2P9IB 2YHAA 1T03A 4MDAA 4C1NK 5AQOA 4F3OA 1BO5O 3NGIA 3CCSN 2VGMA 5FPNA 4DF4A 1JLEA 1LAWA 3KHYA 4DSLA 1VQ5N 4FWPA 1LWFA 4AHVA 1WSFA 4FJXA 1UA0A 3MN7A 4FJ8A 5LY3A 3RR8A 4CGIA 1U2VA 5AQVA 3EY1A 3TSPA 4KFBA 1QQOA 2HBJA 1VQ9N 1NK0A 2OTJN 3A8YA 2NZTA 2ZJRL 3AA5X 2D5RA 5KGXA 1TKTA 1D5AA 4M3XA 1N36K 4K8XA 4N47A 4LF4K 5MLCQ 1FK9A 4B9NA 3RR7A 3THXA 1WLJA 3EE9A 4B9TA 3ZSYA 3O3GA 2OPSA 1J6ZA 1X3NA 4CK1A 4IFVA 4CJRA 4FVMA 4CJUA 3AO4A 2FF3B 3P4IA 1L5UA 3IKMA 5FPDA 5I42A 1TKDA 3ZEUA 2WOMA 5KRTA 3VEYA 3N4PA 3L3VA 2RE2A 3T1AA 4CEDA 4DUZK 2W6KA 4O8KA 4K25A 4HTUA 3TSQA 3SI6A 5AJ3K 5KPZA 1XC3A 1RCHA 1GLFO 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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