4HUFA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pair
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hufA00
5FROA 4CJEA 1C6VA 3G10A 3EYZA 1CXUA 4OGEA 3E01A 1NOYA 4PY5A 3VQ6A 4KRFA 4H4MA 1DLOA 2HNYA 5DK5A 3MAQA 1KLNA 4ZHRA 3LZIA 1UA1A 4O0IA 4OPJA 1BCMA 1BIZA 2E6MA 4CJ5A 3OJUA 4IFYA 1GOAA 2JLEA 1NJYA 3ULDA 4HVJA 3QNNA 4PUOA 4F3TA 1Q9XA 2OPRA 3VQ4A 2D5RA 4DS5A 4M3WA 4M3ZA 1I39A 4YFUA 4W5TA 3HT3A 1EETA 1EP4A 4I2PA 1WSJA 4DQRA 4DF8A 3QEWA 4F2SA 4KTQA 4GVMA 4BDZA 1KFSA 3V1OA 4FCYA 4Z4IA 3NH2A 1RDBA 3KLGA 1S9GA 3C95A 1ASWA 3O4QA 4ELTA 4JLHA 3ZSXA 1ZBUA 4C8KA 3S3MA 1K6YA 4B9UA 3OYHA 3NAEA 1B92A 1S5JA 4CE9A 2G8FA 3BDPA 4KHQA 1ZBHA 3NFAA 5J2QA 4FJJA 4E89A 2XRIA 4JRQA 4Q5VA 3KK1A 1JLAA 2F8SA 3OYNA 4DTXA 4H4OA 2HHWA 2WOMA 4B9SA 4DSIA 5C24A 3PX0A 1QSYA 2Y1JA 4HUGA 3QIPA 4KKOA 2HB5A 1D9FA 4FK4A 3TWHA 1L3SA 1LW2A 1WSGA 1EX4A 3OVNA 1JLBA 4DMNA 3QNOA 1TKXA 3RMAA 1FKPA 3AA4A 4B9NA 1HNVA 2B6AA 1SKSA 3B6OA 3NGIA 3ZSOA 3F9KA 3L2QA 3HSTB 4DSKA 3CG7A 1HJRA 1CZ9A 1WAJA 3LPUA 3U6FA 1XHZA 1NOZA 1RBSA 4OLAA 4FJXA 1N5YA 1QSSA 3DLHA 3P5JA 3RMCA 1RCHA 1HPZA 4M41A 2HHUA 1S1XA 4Z4CA 3RMBA 4ID1A 3LP3A 3HK2A 5I42A 4Z4GA 1VSEA 2I5JA 3DRPA 3QINA 3ZT2A 4DFJA 3HO1A 4K8ZA 1RBUA 1C0UA 3HYFA 1BISA 1RDDA 4CGJA 1VSKA 1TAUA 3IRXA 3A2FA 3PO5A 4AILC 1Z26A 2VWKA 2YNGA 4CEEA 4AHCA 4K8XA 1JLCA 4CJPA 3O3FA 3K2PA 3SZ2A 3ZT0A 3QLHA 4CGDA 1NK9A 1L3TA 2KQ2A 2Z1IA 3LWMA 1YT3A 2KZZA 1W0HA 1TL3A 4I2QA 4J2AA 1KVBA 1TGOA 1UAXA 2IAJA 3D45A 4CIFA 3QESA 4FJGA 1A5WA 3V9UA 4Z4FA 1YVUA 4MFBA 1IH7A 1RT6A 3AVCA 3IS9A 4CEDA 1KVCA 1NKBA 4FLZA 1QE1A 1S1UA 4OVLA 3RR7A 1W9HA 2F8TA 3VA0A 5CYQA 3VQDA 3OY9A 1HYSA 3QEPA 1BCOA 3LWLA 1U49A 3ZSZA 1A5XA 2ZE2A 4OPKA 1U04A 4DFPA 5HROA 1KTQA 3ZT3A 4CGFA 3I8DA 3RTVA 3TI0A 4KHWA 2DTUA 1BI4B 5KGWA 2OA8A 2D0CA 3ZT1A 3MXJA 4H8KA 2DY4A 3C6TA 4EP4A 1SUQA 4CJKA 3SNNA 2GBZA 3PY8A 2P5GA 3CFPA 4FLXA 2OPQA 4BDYA 2XHBA 4BACA 1RBTA 1Z25A 2OPPA 2VG7A 4AHSA 4J2EA 3OYAA 3DLKA 4IDKA 3SQ4A 4M42A 2OZMA 4DTOA 4DTNA 4CJSA 4N41A 4RW6A 3TAQA 1CLQA 3ALYA 4KREA 1SKWA 4CEZA 4NCAA 4DSLA 5EU7A 1TAQA 4CEBA 3U3GA 3M8QA 4EZ9A 2O4IA 3AO5A 1RTDA 1SL2A 3AA2A 4FM1A 4AH9A 3TAPA 3RR8A 1VRTA 4KTWA 1JL2A 3OYEA 4L8RB 2R7YA 4JS4A 3KJVA 3WNFA 1RTJA 4CFCA 3OS2A 4LSLA 4CESA 3HP6A 1HMVA 3HPHA 1R0AA 4FJ9A 3V81A 5HRNA 3L3VA 4RW8A 3OYIA 4KHUA 3OYBA 4FM0A 1NJZA 4C8OA 1X9WA 4O44A 4AHRA 3L2WA 3S3OA 4EP5A 4DS4A 2D0BA 3O4NA 4IG0A 4E1NA 1WSEA 4LSNA 3AO1A 3S3NA 4BWJA 4FJIA 3QEIA 3D0PA 3PX4A 3AVIA 4FLYA 1L5UA 5HP1A 1QSLA 4DU4A 4DU3A 4B9LA 2DFHA 1BI4A 3VQ8A 1JLGA 4B8CA 3OYLA 3FFIA 3MEEA 5HRSA 1L3VA 1BHLA 2A1RA 1CXQA 3RMDA 3TAMA 4CEAA 3K59A 4DQIA 3NF6A 1KCFA 2FC0A 3AO3A 3LP0A 1IKYA 3ITHA 3NGYA 1RDCA 4OKJA 1REVA 1HQUA 3CM5A 1BGXT 3VQEA 4RW4A 1C0TA 4CFBA 4C8MA 5KGXA 2RN2A 3AVNA 4E0DA 5E41A 4I9QA 1IKXA 2B4JA 2KFZA 5HBMA 3MEDA 4DTJA 3HP9A 4OKEA 4XIUA 1XWLA 2Z1JA 4CJVA 2YHBA 4E19A 1S1VA 4OJRA 5J2NA 5D3GA 1SV5A 4DTSA 1UA0A 3OYFA 1Y97A 4N5SA 4F4KA 3HJFA 3WNHA 1D8YA 4IG3A 5JS2A 4YNQA 3LZJA 1L3UA 4QAGA 3AVKA 3SPYA 2E4LA 1C1BA 2EX3A 4CGGA 3BGRA 1KRPA 1TL1A 5K14A 1HNIA 3CYMA 3SUOA 3V9SA 2YNFA 2B5JA 1VSMA 2IC3A 1ITGA 3ISNC 5T7BA 2OZSA 2X74A 1WNSA 3NGZA 2G8WA 3KKRA 2PYLA 3V4IA 3NH0A 4Y1DA 1EKEA 1Q8IA 4O4GA 3L2RA 4CHYA 3NHGA 2A1SA 4DQQA 2BGGA 1ZBFA 2YV0X 4CK1A 2FBXA 3ASMA 4CJUA 2ETJA 1G15A 3NF8A 3QIOA 3THVA 4CERA 1DTQA 2KW4A 3M8SA 4E7KA 3ZSQA 1MU2A 3K5NA 4CHQA 1KVAA 3QEXA 1KFDA 1S1WA 3KKSA 3OYKA 3QEVA 3DI6A 4FZZA 4M3YA 3MEGA 3DOLA 1J53A 1RBRA 3KLFA 4FK0A 3K5OA 4FZXC 3NBPA 3DRSA 2KTQA 3AVFA 3OYGA 5J2MA 4Z0UA 4GW6A 3H08A 3KLIA 3V9ZA 1YTAA 1HRHA 5I3UA 1RTIA 3WNEA 2ITGA 3VA3A 1BL3A 4ZTJA 1NK6A 4F8RA 3P1GA 1BIUA 3SQ1A 3LALA 3NCIA 1RT5A 4FW2A 4DQPA 3KLHA 3DM2A 4E7IA 4DTMA 1J9AA 2X6NA 4DSJA 1B9DA 3RRGA 4DFMA 2PY5A 4W5QA 3C94A 2RPIA 4CHOA 5KTQA 1GOCA 1A5VA 3G0ZA 3VQCA 3EY1A 2HW3A 3LP2A 2HHXA 4FZYA 1XI1A 1TVRA 2O4GA 4NYNA 1NKEA 4J2BA 4KHYA 4CHPA 2QK9A 2QKBA 3DLGA 1NK4A 1I3AA 1U47A 4CEQA 4F3OA 4DU1A 4CIEA 4KHNA 4FJ5A 2XY7A 4TSXA 3VQ5A 1NK5A 1NK7A 2OYQA 3TAFA 3HVTA 4O5BA 1WLJA 3AVAA 1B9FA 3OJSA 4O0JA 3T1AA 2NUBA 3V6DA 5HRPA 1DTTA 3CM6A 3SUPA 5FRMA 5J2PA 2PZSA 3ZCMA 3HL8A 2HNDA 1KSPA 4MQ3A 4O55A 1NJXA 1NKCA 4N56A 1QTMA 2XY6A 1S1TA 3MECA 4FJMA 4IBNA 4HTUA 1T7PA 3KK2A 3CQ8A 5KI6A 3AO4A 3SV3A 4B9TA 3LPTA 4KV8A 2FBYA 3RRHA 4OGCA 1TK5A 4DQSA 2HMIA 1JLQA 3V1QA 3UIQA 3LAKA 1IG9A 4DFKA 4WE1A 1HYZA 1TKTA 2IS3A 5CZ1A 1T8EA 1LWFA 4BWMA 4M3RA 4CJQA 4I9LA 4CK3A 3NH1A 4AHTA 3JSMA 1VSLA 3SPZA 1JLFA 4F2RA 5HLFA 3PX6A 2YKMA 4FLWA 3DLBA 2YNIA 2IOCA 2VWJA 3QO9A 1X9MA 1SL0A 3ZSRA 4FXDA 4E7HA 4FLTA 4HCCA 4FLUA 4R5PA 4OKKA 5CZ2A 4EZ6A 1U4BA 1S9EA 1WAFA 3CFOA 1D5AA 2VG5A 3ZSWA 3OYJA 5CYMA 1JL1A 4RG8A 4UQGA 2Q3SA 3SYZA 3QERA 3KIOA 3AA3A 4FM2A 4KHSA 1IO2A 4HUFA 4CHZA 4DSEA 4B3OA 3HPOA 4HCBA 4HUEA 4KFBA 4LH4A 4ELUA 3DLRA 4NCBA 3SUQA 2EHGA 3L3UA 3HM9A 4FJNA 2VG6A 4E3SA 1JKHA 1VSIA 2HHVA 1IKVA 4RW7A 1O1WA 3AVHA 3F73A 1F21A 4CF0A 4IKFA 4M3TA 1C1CA 2Y1IA 3CFRA 5FDLA 1UOCA 2BDPA 1LV5A 3KTQA 4JRPA 4DTUA 2DFFA 4FYDA 1VSHA 2DFEA 4N47A 3VQAA 1T05A 1WN7A 4CIGA 3C6UA 3K57A 2GV9A 3M8RA 2Z1HA 2F96A 1HQEA 5CY4A 1Q9YA 2FBTA 3VN5A 3QETA 3V9XA 1C0MA 4QCLA 2GUIA 2HHQA 4CJ4A 4DLGA 1BQNA 3TAGA 3DRRA 1TKZA 1WSFA 1VRUA 1VSFA 3K5LA 4CFAA 1JXEA 4CJRA 4QOZB 3T19A 2YKNA 3RWUA 1ASUA 4KI6A 4CFDA 2KFNA 3O3GA 3I0RA 3K58A 1IKWA 1X1PA 2E6LA 3VQ7A 2ZD1A 4DLEA 4BDPA 2KZMA 3SJJA 3DOKA 3TARA 4Z4EA 2YHAA 4BE1A 1ZBIA 4DTRA 1VK0A 1J5OA 4CGHA 2G8KA 1QHTA 4FW1A 4BE0A 4CK2A 1ASVA 2P1JA 3VQ9A 2G8HA 1NK8A 3TAEA 3IAYA 4CJFA 2HVHA 1TKDA 1FK9A 3NDKA 4JS5A 3LANA 4KO0A 2W42A 3NE6A 3DLEA 1YTUA 4KTZA 4IFVA 1LWCA 4CJLA 2AJQA 4GMJB 1LWEA 3AVJA 1BQMA 4FJ8A 1RT2A 4B8AB 2RF2A 3LDSA 3SCXA 4KB1A 1XHXA 5SWMA 3PUFA 4E7LA 1SL1A 3AVLA 1SKRA 4LD0A 2G8UA 1RT4A 2XO7A 4CJ3A 4HHTA 4DF4A 3SUNA 4LY7A 5C25A 3I0SA 4C8NA 1JXBA 3KLEA 4OLBA 3AVGA 3L2UA 3MXMA 4ID5A 3HPGA 4KPYA 1FKOA 2QXFA 2Z1GA 3VQBA 3TABA 2RKIA 4E7JA 4Z4HA 3V1RA 3PV8A 1WSIA 3SI6A 1NJWA 1JLEA 4B9MA 4I7FA 5KRSA 2X78A 1EXQA 4AHVA 3AV9A 4NYFA 3ZSYA 1RDAA 3U3YA 5J1EA 1NK0A 2YNHA 3HVRA 3TANA 2PYJA 3LP1A 1VSJA 4FK2A 4KI4A 1U48A 5KRTA 2OPSA 4B08A 4CGIA 1RILA 2X6SA 3LAMA 1HYVA 3OYCA 4DWIA 4B9VA 1RT3A 5C42A 3TR8A 2G8IA 2WONA 4BE2A 4FLVA 4PWDA 3OYDA 4CEOA 1XC9A 2HVIA 1LW0A 5SZTA 3V9WA 4E1MA 1X9SA 1RNHA 3T3FA 4M3UA 3OS0A 4DSFA 4ZTFA 3JYTA 4CJWA 1J54A 4W5OA 3HXMA 2XY8A 3P83D 4CCHA 3AVBA 4KAZA 1QS4A 4CF1A 4KB0A 4CF9A 2ATQA 3MXIA 2BANA 1QQCA 4DG1A 2IDOA 2XY5A 1S6PA 1RT1A 3EZ5A 3AVMA 4AHUA 4J2DA 2FBVA 3VQPA 4Y1CA 2HHTA 1U45A 1KLMA 1VSDA 4LH5A 4PA1A 3VQQA 3OS1A 1TK0A 3L8BA 1RTHA 3KK3A 2ZQBA 2P5OA 3M8PA 4FJLA 3DYAA 4M3XA 1T03A 1RT7A 2QKKA 3IG1A 1UWBA 4RW9A 4FJKA 1ZBLA 1LAWA 1N6QA 3O3HA 2P51A 4FJHA 5JS1A 4CECA 2LSNA 1TK8A 1S6QA 3AA5X 3DMJA 4M45A 1ZYQA 2G8VA 5FRNA 4CEFA 1FXXA 3NF9A 4W5RA 3K5MA 4C8LA 3ZSVA 3NF7A 3SV4A 3L2VA 2HHSA 1GOBA 3B6PA 4Q0BA 1CZBA 4DTPA 4FJ7A 4NCGA 4N76A 4CF8A 3KD5E 3OYMA 2BE2A 3AO2A 2JGUA 4FVMA 4ICLA 3KD1E 3SQ0A 1RBVA 5HRRA 1TV6A 5DMRA 2D0AA 3S9HA 1WSHA 4CJTA 4W5NA 4ELVA 4CF2A 3ZT4A 3SQ2A 1LAVA 3PO4A 4PQUA 3WNGA 1D9DA 4G1QA 2IGIA 2HNZA 1C1AA 4CHNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FROA 4OGEA 4JI4K 4H4MA 5BPLA 1BIZA 4FPAA 4CJ5A 4B1ZA 3CC7N 3A5OC 4BR0A 4HVJA 3KHYA 5EXWA 5KQ8A 3OTOK 4M3WA 2D5RA 4M3ZA 1I39A 4W5TA 4F2SA 3SJHA 3CHWA 4EHTA 4MDBA 4GVMA 5LJVA 4FCYA 3LDPA 1RDBA 1ASWA 4ELTA 1O13A 3CPWM 1HNXK 3VMFB 3NAEA 1S5JA 3DAWA 5J2QA 4E89A 4B1VA 3THWB 3THXA 3OYNA 4B3SK 4DTXA 4H4OA 2HHWA 1SS6A 5C24A 1QSYA 2Y1JA 1BOTO 4FK4A 3TWHA 1L3SA 1JLBA 3UE5A 4EFHA 1TKXA 3RMAA 3CC4N 3AA4A 5AQIA 1YJ9N 3ENHA 5AQYA 1FJGK 3B6OA 3MWPA 4DV4K 5JLHA 3F9KA 2D4WA 4DSKA 3LPUA 1XHZA 4AM6A 4OLAA 2J4RA 1N5YA 4B1UB 1S1XA 3K0SA 4LF4K 5TKWA 4H5NA 3QINA 3DRPA 4FWSA 4K8ZA 3NVMA 4A5BA 3MWTA 4JKHA 3GDQA 4BREA 4YY3K 3J7AP 1VSKA 1K8AO 4YOTA 3ENBA 1JLCA 4CJPA 3O3FA 3K2PA 4OPHA 3ZT0A 2YHYA 3QLHA 1M1KO 1L3TA 2KQ2A 4JI0K 2Z1IA 3LWMA 3WEEB 5BN9A 2QXLA 1TGOA 4J2AA 4CIFA 4FJGA 4O8KA 5AQPA 5AR0A 4QS7A 4MFBA 4CEDA 1NKBA 1QE1A 1S1UA 3RR7A 3VA0A 1HYSA 3VQDA 3KWIA 1BCOA 3ZSZA 4LFCK 1A5XA 2KZZA 4EAHD 2P9LA 5HROA 3RTVA 3ZT3A 4KHWA 4IOAL 3UKUA 1XQSC 4LFAK 3MXJA 4H8KA 4GV3A 3C6TA 3SNNA 4FLXA 1RBTA 5GAHP 4IDKA 4YDUC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3DLE A;  4EIA A;  3A8Y A;  3WQT A;  4B8A B;  1BO5 O;  1XHX A;  1SKR A;  2G8U A;  1MA9 B;  3QFU A;  3AVG A;  1NGI A;  2GX9 A;  2QXF A;  3DLL L;  2Z1G A;  3VQB A;  4BG8 A;  4E7J A;  4Z4H A;  1NJW A;  4B9M A;  1VQN N;  1EXQ A;  2A3Z A;  1X3N A;  3ZSY A;  1RDA A;  2YNH A;  2X6S A;  2WC9 A;  3SLC A;  3OYC A;  2A6A A;  1TYQ B;  2A42 A;  2ASM A;  2HVI A;  1LW0 A;  3V9W A;  3OS0 A;  4DSF A;  4JI3 K;  4KAZ A;  1QS4 A;  4B3T K;  4JI7 K;  1NU0 A;  3GE1 A;  4CBX A;  3EZ5 A;  4QS8 A;  2FBV A;  1U45 A;  1TK0 A;  1BUP A;  4B1W B;  3ATU A;  4PWD A;  3BF3 A;  2P5O A;  1KC8 O;  1RT7 A;  1ILY A;  2O8B B;  4CZK A;  2UUC K;  3DMJ A;  1ZYQ A;  4JI6 K;  1FXX A;  3K5M A;  4BY9 C;  4Q0B A;  1CZB A;  4NCG A;  4U67 L;  3KD5 E;  3C7N B;  5AQL A;  4IJN A;  4C1N I;  3SQ0 A;  2D0A A;  4AM7 A;  3S9H A;  3HZ6 A;  4EHU A;  3ZT4 A;  3PO4 A;  2HBK A;  4PQU A;  3R1X A;  4CBW A;  1C1A A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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