4HUGA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pairs
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 40
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hugA00
3LANA 4O0JA 1RT3A 1LW0A 2R7YA 1LAWA 1T7PA 4ELTA 3DRPA 2DY4A 4Z4IA 1S6PA 1UAXA 4E3SA 4CJVA 1QSSA 2IC3A 1BL3A 4Z4EA 3K57A 4CEDA 4OKEA 3SJJA 5D3GA 4F2RA 3T3FA 3DLRA 3EY1A 1TK5A 4FK4A 3AVGA 3OS0A 4ELUA 5C24A 3NCIA 3MEDA 3QIPA 3LDSA 4CIGA 2VWJA 4N56A 1VRTA 4CJ3A 2E4LA 3V1RA 4DFJA 4CJTA 1EKEA 3MXIA 4FJKA 3HO1A 3NF8A 4KKOA 2Z1IA 1BIZA 2OPPA 4N47A 2JLEA 1SL2A 4F3TA 1NK8A 4CGHA 5KGWA 5I3UA 3SV4A 2P5OA 5HRNA 1CLQA 1Q9XA 1ZBFA 3HXMA 1VSHA 1KFDA 2G8VA 4E1NA 1CZBA 2YKNA 3OVNA 3SQ4A 3S9HA 1NOZA 3VQPA 4CGDA 3HL8A 5JS2A 1TGOA 3QNNA 4FZYA 3K5OA 3P83D 3RMDA 3QEVA 3VQ8A 4AHSA 5CZ2A 4CEEA 5HRSA 1TKDA 3MEEA 4BDPA 4O44A 2AJQA 4FM2A 3CM6A 4AHVA 4KPYA 5C42A 1KVBA 2IS3A 1JKHA 4FCYA 1UWBA 4FLUA 3C6TA 2EX3A 4XIUA 1XWLA 1ZBLA 4QAGA 1SL0A 3K5LA 4CGIA 1FKOA 4Z0UA 2OA8A 3C94A 3AVIA 1S5JA 2GBZA 4EP4A 3OYEA 3IAYA 2BE2A 2ETJA 3VQBA 4OPKA 4CJ5A 1NOYA 1ASWA 1SKSA 1L3SA 4C8LA 2OPQA 3V9ZA 4C8OA 3DLKA 4LY7A 3TARA 3VQ7A 4B8AB 4E7IA 1KCFA 3U3GA 4CEOA 5I42A 2OZSA 4LH5A 3DM2A 4HTUA 1X9MA 3TR8A 4DQRA 1XHXA 4CIEA 1JLQA 4W5RA 3VN5A 3LAMA 2Z1GA 4OLAA 3FFIA 4DFKA 2WOMA 5DK5A 4FJ9A 4CEBA 5HLFA 4DTPA 2HVHA 1S1TA 4CFBA 3SUQA 3B6PA 4FW1A 1BI4B 5KI6A 2XY5A 2HMIA 2FC0A 3DYAA 2XY6A 4J2DA 4CF1A 2ZE2A 4F3OA 4G1QA 4FLVA 3LP3A 1WSFA 3KK3A 3VQ5A 1HNVA 1QE1A 3WNEA 3ZSXA 5SWMA 3K5MA 3ITHA 1U47A 4M3YA 1ZYQA 4M45A 4PA1A 2X74A 3LWMA 2PY5A 4Q0BA 1EX4A 1S9GA 3V6DA 1FK9A 4AH9A 3ZSVA 3AA4A 4CFCA 1JLCA 1U04A 1SV5A 1VSMA 2ZD1A 3LPTA 4Z4CA 5SZTA 3NFAA 2RN2A 4CK1A 3OYFA 3DLGA 1BQMA 4CF9A 2B4JA 4MFBA 2G8UA 3KLFA 3K58A 3G10A 4KTWA 3ZT0A 3K2PA 4F8RA 3VQEA 3L2VA 4H4MA 2IAJA 3OYIA 1WLJA 2BANA 1NKBA 1NK5A 1IKXA 2ATQA 1REVA 3CFOA 3KLGA 3OS1A 2DFEA 4DSLA 4BWJA 3TAPA 4E89A 3QINA 3MXMA 4NYFA 2FBXA 4AHRA 4FLZA 3AVNA 2O4IA 1RCHA 4E1MA 1KSPA 1RTDA 4AHUA 1TAUA 4IFYA 2FBVA 1RBVA 3ZSZA 3QO9A 4RW8A 2XY7A 4B9UA 4KI4A 1I39A 2W42A 4DLEA 3SPZA 1W0HA 2KFNA 2HB5A 5J2QA 3SZ2A 3KK1A 4O5BA 1HJRA 1ASUA 3OYHA 5J2PA 3HP9A 1TKXA 2F8SA 1Y97A 3DRRA 3O4NA 4FLTA 4DU4A 1BGXT 3QETA 3RWUA 1ZBHA 1RBRA 3T1AA 1KFSA 4FK2A 3S3MA 2OZMA 1WSIA 3V4IA 4B9VA 4J2BA 1TKTA 4FJ8A 3MECA 4DFPA 4FJIA 1L5UA 4FJ5A 3AA2A 4E7JA 2YHBA 3HYFA 2XY8A 3L3VA 3SCXA 4FJMA 4N76A 1S9EA 4IFVA 5K14A 1JXBA 3TAGA 2X6NA 1DLOA 2QKKA 3HVRA 4TSXA 3OYBA 4CIFA 3EYZA 4FZZA 4OVLA 3M8SA 3K59A 1IH7A 1JLFA 4B08A 3PX4A 3AVLA 2A1SA 3LALA 2FBTA 3OYCA 4DQPA 4CJKA 4DSEA 4DTNA 4DTRA 1XI1A 3G0ZA 4CECA 2D0AA 3SUPA 4DF4A 1NJZA 2GV9A 1KVAA 3NF9A 1WAFA 2A1RA 4Z4FA 2HW3A 1C1AA 3M8PA 1T8EA 4I2PA 2IOCA 2Y1JA 3AO5A 1T03A 1A5XA 1TVRA 2D0BA 4CEAA 1KTQA 2E6LA 2ITGA 1BHLA 1KVCA 3QEPA 3SI6A 2G8KA 4RW4A 1N5YA 4F4KA 3ULDA 3QESA 2KFZA 1C0MA 4CHOA 4KHSA 2G8FA 1BCMA 2OYQA 3O3FA 4CERA 5FROA 3V9WA 3TAQA 2FBYA 3F73A 3M8RA 3LZIA 1VSIA 4M3XA 4FLWA 3SQ1A 4O55A 3VQ6A 3DLHA 1Q8IA 2LSNA 4K8ZA 3NGYA 3DLBA 1WSEA 1DTQA 3RR7A 4FJLA 1TK0A 5FRNA 1RTHA 1RT1A 3ALYA 1GOAA 1RBTA 1YT3A 2D5RA 4LSNA 4KTZA 1ZBUA 1HRHA 4BACA 4IG0A 3VA0A 3IRXA 4M41A 1Q9YA 4CGFA 4M3UA 4K8XA 1K6YA 4OKJA 4EZ6A 3TANA 3HK2A 1QHTA 1C1CA 1WAJA 4FJJA 4C8MA 4DQQA 3B6OA 2IGIA 3LP1A 3PUFA 3L2QA 3LAKA 1KRPA 4M3WA 4Y1DA 3AVJA 2HNZA 2HHXA 1QQCA 4CJSA 4Z4GA 4GVMA 4H4OA 2Q3SA 3KTQA 2P1JA 4RW7A 3HPHA 3OYNA 2PYJA 4B9TA 3IS9A 3RMBA 3WNGA 3LWLA 2KTQA 4DTMA 1LWFA 3V1QA 3OYDA 3MAQA 4GW6A 4F2SA 3NBPA 3THVA 3TWHA 3CYMA 1CZ9A 1RILA 4CJFA 4EP5A 2X6SA 4DMNA 2YNHA 1U45A 3DMJA 4B9MA 1IO2A 4E0DA 1L3UA 3TI0A 3DRSA 4CEQA 3L2UA 1RT6A 2DTUA 2F96A 5C25A 4ELVA 1IKYA 3ASMA 1IKVA 3QNOA 2DFFA 1CXUA 1RT7A 1YTAA 5E41A 1RDCA 3AO3A 4CE9A 1Z25A 4DQSA 5J2NA 1ZBIA 4KTQA 4J2AA 1MU2A 2O4GA 3V9XA 2HNYA 1WN7A 3TAEA 4FYDA 1YVUA 1VSKA 1JL2A 4CGJA 4DLGA 3V9SA 3AVCA 1JXEA 2KZZA 1TAQA 5HBMA 1RBSA 4W5NA 2GUIA 4NCAA 4DS4A 3VQ4A 4FM1A 3A2FA 3T19A 1DTTA 1IKWA 3OJSA 4C8KA 2HNDA 1TKZA 2B5JA 3MEGA 5CY4A 3ZT4A 5HROA 1L3VA 2X78A 4FK0A 3I8DA 3AVMA 1HQUA 4CF8A 1O1WA 1QS4A 4YNQA 4E7KA 1WNSA 3U3YA 4FZXC 4CJWA 4DG1A 3WNHA 1BQNA 4BDZA 3NH2A 5J1EA 4I2QA 1B9FA 4BE0A 2XRIA 3V81A 2BDPA 3P5JA 4GMJB 1NKCA 4KI6A 3VQQA 1SL1A 4AHTA 3ZCMA 4W5QA 4IDKA 4ZTFA 4B3OA 4CK2A 3ZSYA 4W5TA 4KHYA 4DTOA 4N5SA 3IG1A 1A5WA 4M42A 1C0TA 4DTXA 4CJ4A 4CJLA 1VSEA 1RT2A 4E19A 3SQ0A 2RF2A 1TV6A 4FVMA 4W5OA 4E7LA 3LP2A 4B9SA 4KHWA 1YTUA 4CHYA 3S3NA 1NK9A 3U6FA 4FLYA 4CJEA 4DS5A 3AVBA 3VQCA 4I9LA 4J2EA 3L8BA 1LW2A 3D0PA 1RDDA 3NF6A 1XHZA 1QSYA 1NK6A 2QKBA 1LWCA 4B8CA 4CJUA 3QEXA 1KLNA 2HVIA 1D5AA 4DSFA 1RDBA 3OS2A 4FM0A 2ZQBA 1BCOA 3PV8A 4RG8A 4CJRA 3PO4A 3LZJA 2F8TA 2G8HA 1S1WA 3K5NA 2VG5A 4C8NA 3V1OA 1VK0A 3L3UA 2D0CA 3ZSRA 4CHQA 4JS4A 3RMCA 4M3TA 4H8KA 3SUOA 3KD1E 3VQAA 4KRFA 1NK7A 4FJHA 2PYLA 2WONA 3CFPA 3D45A 3AVKA 3VQDA 2XO7A 1IG9A 3E01A 4EZ9A 2E6MA 3AA5X 4CHZA 4CESA 3PX0A 2KW4A 1VSDA 4HCBA 1A5VA 4E7HA 1X9SA 4FJ7A 1VSLA 4LSLA 4B9NA 4JRPA 4AILC 2G8WA 1LV5A 1JL1A 4DTUA 3L2RA 4DQIA 1JLEA 4CGGA 4AHCA 1NJYA 1JLGA 2P51A 5KGXA 3C6UA 1C1BA 4CEZA 4IBNA 4QCLA 2VG7A 3OY9A 4CF2A 1RTIA 4JS5A 4WE1A 4CFAA 4OKKA 1HYSA 3NDKA 1JLAA 3QERA 5EU7A 4B9LA 4DU1A 1L3TA 1ASVA 1EXQA 4N41A 2HHTA 3DOLA 2Z1HA 2JGUA 3SQ2A 5CYQA 2Z1JA 1NK4A 4LH4A 3RR8A 1J9AA 4KHNA 3KLEA 2VG6A 2XHBA 4ZTJA 5HP1A 1RTJA 3AVHA 4FW2A 4RW9A 1J54A 3AO4A 4DSJA 1S1XA 4KB0A 4Y1CA 5CYMA 1UOCA 3RRGA 4FJGA 1Z26A 4DF8A 1R0AA 1ITGA 3O3GA 1EP4A 1HYZA 2YHAA 2BGGA 2HHVA 3QEWA 3KD5E 4HCCA 3OYGA 3NGZA 4CEFA 1WSJA 3EZ5A 1S1VA 1X1PA 4HHTA 1B92A 4ID5A 4PWDA 1BIUA 3HT3A 2HHQA 3LPUA 3PX6A 4CCHA 5T7BA 1FXXA 4IKFA 4ICLA 1SKRA 3OYJA 1QTMA 1RDAA 3AO1A 3HM9A 3TAFA 4KREA 3L2WA 2HHWA 1U4BA 4FJNA 3RTVA 3JSMA 4BE1A 2KZMA 3BGRA 3H08A 3I0SA 4UQGA 4ID1A 3PY8A 1JLBA 4I9QA 2OPRA 4BWMA 4HUGA 3JYTA 1TL1A 1RBUA 3NHGA 5JS1A 3O4QA 4O0IA 1CXQA 3ZT2A 2RKIA 3TAMA 3WNFA 2Y1IA 3VQ9A 3ZSQA 5J2MA 1EETA 1T05A 5FRMA 3AVFA 3DLEA 4L8RB 1KLMA 3ZT1A 3CM5A 4NCGA 4OJRA 1NK0A 1HNIA 2YNFA 4KO0A 3HP6A 3PO5A 3AV9A 3I0RA 5HRRA 3NAEA 3NF7A 3NGIA 1U48A 4HUFA 4QOZB 4FJXA 4YFUA 1VSFA 3NH0A 1LAVA 4DSKA 1SUQA 3KLHA 4IG3A 1S6QA 3M8QA 1B9DA 4HUEA 5KRTA 3HPGA 4NYNA 3UIQA 3KKRA 1VRUA 4DFMA 1HPZA 4FXDA 1VSJA 4DTJA 3SNNA 3AA3A 5KRSA 1SKWA 2EHGA 3SUNA 3TABA 1RT4A 4O4GA 1UA0A 3SPYA 1U49A 4PY5A 3KLIA 4KHUA 2HHUA 1RNHA 1I3AA 2I5JA 2RPIA 4DSIA 1F21A 2VWKA 1NJWA 5KTQA 1HQEA 3O3HA 3OYKA 4HVJA 3CFRA 1BISA 4R5PA 4KV8A 1FKPA 1WSGA 2NUBA 4Q5VA 1D9FA 1D9DA 1J53A 1WSHA 4OGEA 3HPOA 3HJFA 4JLHA 2KQ2A 3DOKA 4PQUA 2YNGA 4LD0A 4DWIA 3KKSA 2P5GA 3VA3A 1S1UA 3QIOA 3ISNC 1NKEA 1GOBA 4FLXA 3RMAA 1TL3A 4DU3A 4OGCA 3HSTB 3NH1A 3QEIA 3HVTA 4NCBA 4PUOA 3C95A 4OPJA 4OLBA 3BDPA 4DTSA 3OYMA 3KIOA 1NJXA 3OYLA 1N6QA 4KAZA 1HMVA 4CJQA 3ZSOA 3SV3A 4M3ZA 2HHSA 1G15A 1RT5A 2DFHA 2YNIA 4KB1A 4MQ3A 1D8YA 2B6AA 4CF0A 4BE2A 2YV0X 3AO2A 3LP0A 5CZ1A 1J5OA 2G8IA 4M3RA 2IDOA 2QK9A 3S3OA 5HRPA 4JRQA 3KJVA 1GOCA 3AVAA 1X9WA 2YKMA 3P1GA 4KFBA 1TK8A 3QLHA 5FDLA 1UA1A 1QSLA 4CJPA 3F9KA 3RRHA 4ZHRA 2QXFA 3ZSWA 4I7FA 4CK3A 3OYAA 1LWEA 3CG7A 5DMRA 4BDYA 3CQ8A 1HYVA 4KHQA 3MXJA 4CHNA 2OPSA 3ZT3A 3NE6A 3OJUA 3V9UA 4CHPA 4Z4HA 3KK2A 3SYZA 1XC9A 2PZSA 3DI6A 1C6VA 4RW6A 4CFDA 1BI4A 1W9HA 1C0UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LANA 4ELTA 2DY4A 3F2KA 2E20A 4CJVA 4Z4EA 4OKEA 5D3GA 2W41A 5AQKA 3DLRA 2P9KA 4QS8A 1TK5A 3PSFA 4FK4A 1Q86O 3A5MC 3MEDA 3QIPA 3LDSA 2VWJA 1IG9A 3V1RA 1EKEA 2Q2RA 3H3NO 3NF8A 2F9TA 1IBMK 2OPPA 2VYPA 2JLEA 4F3TA 1QHAA 4IJAA 3PSIA 3SV4A 4CD3A 5HRNA 1CLQA 1ZBFA 1NGEA 1EQYA 3SLCA 3OVNA 3S9HA 4CGDA 1HLUA 3HL8A 4CEEA 2YJFA 4DUZK 2NZTA 3TTFA 3WEEB 4AHVA 1NGAA 4BRQA 5FPEA 5C42A 1KVBA 3MDQA 2P9NA 4KH4A 3WUHA 1XWLA 1ZBLA 5F1XA 3VTHA 1SL0A 1HJOA 3O6WA 2OA8A 3C94A 4EP4A 3OYEA 1VQMN 3VQ7A 1T3VA 3J81O 1NBWA 3EL2A 4LH5A 4BROA 1X9MA 5C12A 4DQRA 1JLQA 3CC4N 3VN5A 2Z1GA 4OLAA 4DFKA 5HLFA 4BG9A 3LDQA 4FW1A 2XY5A 4O8UA 3MCPA 1BWFO 2HMIA 2FC0A 4J2DA 4CF1A 1QQNA 1Q18A 1HNVA 3K5MA 3CI5A 3LDLA 2PY5A 3LWMA 2X74A 2YHWA 3L0QA 1FK9A 3ZSVA 1JLCA 5SZTA 4Z4CA 3SI6A 3NFAA 3DLGA 4MFBA 4IOAL 3K58A 1VQ9N 1ATSA 3H45C 3L2VA 3HOSA 1YJNN 2D0OA 1NKBA 2ATQA 2DFEA 3QFPA 4E89A 1NGIA 3QINA 2FBXA 3AVNA 2O4IA 1HR0K 1RBVA 3ZSZA 4ISGA 3CD6N 2KFNA 2OTJN 5J2QA 4U7BA 4O5BA 1HJRA 5AQOA 5HL7L 3QETA 1BGXT 3CCEN 1RBRA 3T1AA 3A5LC 5AQWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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