4HVJA

Crystal structure of a putative uncharacterized protein from mycobacterium tuberculosis in complex with amp
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
160
structure length
156
Chain Sequence
SMVRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPVHDALVDARDQLRRFRLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mycobacterium tuberculosis Rv2179c Protein Establishes a New Exoribonuclease Family with Broad Phylogenetic Distribution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein
molecule tags Unknown function
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 52
structure length 156
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hvjA00
1IG9A 3NHGA 4CHPA 4YFUA 3ULDA 1U47A 3NFAA 1JLFA 3LP1A 4O55A 5KI6A 3AVAA 3B6OA 4Z4FA 2BGGA 2OPQA 3CYMA 4YNQA 3NGYA 1U49A 1J54A 4BE1A 4Q0BA 3NGZA 4DTPA 1KFDA 3SPZA 4JRQA 3PY8A 4OPJA 4KHWA 2OPSA 2RN2A 4CEQA 4J2EA 5KRSA 3NDKA 3ZCMA 4DF8A 2FBXA 1RILA 4W5RA 4KI4A 4CJRA 1C0MA 4IG0A 3NAEA 3OJSA 3SV3A 4KHUA 3L2VA 1CLQA 1SKRA 2HHSA 4BWMA 4FJLA 4M3UA 4KREA 2DFHA 3OVNA 4DMNA 4KHYA 1TKXA 2XHBA 1ASUA 4B8AB 3LANA 2BDPA 1QTMA 1X9MA 4AHSA 2A1RA 3PO4A 3V4IA 3HT3A 1NK4A 1VSIA 5I42A 1R0AA 4FJJA 4Q5VA 1Z25A 4FJ5A 4FLXA 5HRSA 1WSGA 1QHTA 2DFFA 2FBYA 3L3UA 4WE1A 3OY9A 4JS4A 4FLUA 4LSLA 4CJWA 3KJVA 3SQ4A 1ZYQA 2YNIA 4DLGA 1U45A 4CF2A 4NYNA 3DLKA 3TAEA 1IKWA 2O4GA 4B9NA 2D5RA 1HMVA 3KK1A 1X9WA 1ASWA 2G8FA 2WOMA 1VRUA 4CHOA 4IKFA 3DOLA 3ASMA 4F3OA 4H8KA 5J2NA 2FC0A 3MXIA 1SL1A 1W9HA 2EX3A 2NUBA 3OYMA 4L8RB 4NCBA 4CGFA 3KK3A 1VSKA 4NCAA 3K59A 1UOCA 3F9KA 3IG1A 4O5BA 2Q3SA 2LSNA 3I8DA 2E6LA 4FW2A 4GW6A 4JS5A 3TAQA 1KFSA 4M3YA 3NF9A 4PY5A 4BE0A 1SV5A 2P1JA 4CJVA 5HP1A 3VA0A 1KSPA 4CJFA 1WAJA 3NBPA 4BWJA 1IKVA 1BI4A 1SL0A 5CYQA 4C8LA 3L8BA 2IC3A 4DTXA 4OPKA 4DTNA 4LSNA 4FJHA 4DSFA 1SKWA 4DSKA 4CF1A 4F4KA 2O4IA 1RNHA 4LH4A 3KTQA 1A5WA 3ITHA 4OKKA 1HNIA 4I2QA 4ELTA 4KPYA 4F8RA 2F8TA 2IDOA 4FYDA 1EP4A 3E01A 4AHUA 3KLEA 1A5VA 2P5GA 1KVCA 3PX6A 3WNHA 4CK3A 1D9FA 4RG8A 4DTSA 3IAYA 2HNZA 1X9SA 2B6AA 3AV9A 3ZT2A 2E4LA 3HVRA 3G10A 1C0TA 1VSEA 4FJKA 2ZQBA 1KLMA 2HVIA 2PY5A 3BDPA 3CQ8A 1L3VA 4DFPA 3KKSA 4FJXA 3VQCA 1B9DA 1TL1A 1N5YA 3SI6A 3NGIA 1NJZA 2HB5A 4MQ3A 1UA0A 3HPOA 3NF8A 4DQSA 4PWDA 4I9QA 4FXDA 3KD1E 1DLOA 1WSIA 4FLWA 4EZ9A 3KLIA 4FJ8A 5KRTA 3I0RA 1NJXA 3DRSA 1T03A 1SL2A 1LW2A 5HBMA 4N76A 1RBUA 3RWUA 3LP2A 2XO7A 4PQUA 3VQPA 3O3FA 4M41A 2PZSA 3HM9A 1K6YA 1BHLA 4AILC 4Z4IA 2G8IA 4OKEA 1I3AA 3H08A 3OYDA 3AVLA 3LAMA 3V81A 4DSLA 4KHNA 3M8PA 4FK2A 1UAXA 1HYSA 5J2PA 3V9UA 1RTJA 5KGWA 4IG3A 3V9WA 4Y1CA 3K57A 3LZJA 3ISNC 1S9EA 4E0DA 1IKYA 3KIOA 4CFCA 1S1XA 4CHYA 4DSEA 3TAPA 2HVHA 3AO3A 5J1EA 4C8MA 2RKIA 4N5SA 3U3YA 1NKCA 4M3WA 3M8RA 1RBSA 4I7FA 1QE1A 4RW9A 4OGCA 4FM1A 2F96A 3HP6A 4CJ3A 3SUOA 1TKDA 3LWMA 3U6FA 3AO2A 3NH0A 1S5JA 4DU1A 3NE6A 2BANA 3VQ7A 1WNSA 3KK2A 4H4MA 3SUNA 4ZTFA 3S3MA 5E41A 1LAVA 1A5XA 1ZBUA 1WLJA 3AO1A 3DI6A 3K2PA 2HHQA 2Z1GA 3RTVA 4RW8A 2KZMA 1VSHA 4BE2A 3OYKA 1Q8IA 4OVLA 4QAGA 1RBVA 4CJPA 4OGEA 3TARA 4M3RA 3KLHA 1ZBIA 4M45A 2ZD1A 4CEDA 1YTUA 2Z1HA 3S3OA 4CEFA 5I3UA 1X1PA 1Q9XA 2PYLA 1ITGA 3HK2A 2VWJA 4FJNA 5JS2A 3AVFA 4CK1A 3QEVA 2YHBA 1U48A 1EKEA 4FM0A 3SYZA 3P83D 1NK7A 3T3FA 1LWFA 4KHQA 4IDKA 3M8SA 2QK9A 4DF4A 3OYEA 1B9FA 5J2MA 3M8QA 1LV5A 2YHAA 4LY7A 1U4BA 2W42A 2YNFA 3SJJA 3FFIA 1L3UA 1BIUA 3AA3A 3ZT1A 4CJEA 1NJYA 1GOAA 3AVKA 1SKSA 1JLGA 1NKEA 4CJLA 3SQ2A 3AVBA 4DG1A 3V9XA 3VQAA 4XIUA 1JLQA 3AA2A 1RTIA 3NH2A 3K5LA 1RDAA 1QSSA 1C1AA 1T05A 2P51A 4DFMA 4CIFA 3RR7A 2P5OA 1MU2A 3AVCA 3NH1A 1BQNA 1EX4A 3LALA 2HHXA 1JLEA 3MEEA 3HYFA 3DOKA 3DRPA 4CEOA 3V1QA 4W5OA 4FK4A 3OYJA 4M3ZA 3VQQA 4J2BA 1BCMA 1BL3A 4F3TA 1BQMA 4I2PA 4N47A 1C1CA 1RBTA 1RDCA 4PUOA 2WONA 1NOZA 4FLZA 3B6PA 2ZE2A 4NCGA 3HL8A 3VA3A 4F2SA 1KVAA 2OZSA 1S1VA 2DFEA 3OJUA 3V1RA 1QSLA 4AHCA 2D0BA 1XHXA 5C42A 2DTUA 3AVJA 3RMDA 2G8UA 4E1MA 3S9HA 4E3SA 1DTTA 3L2RA 2YV0X 4DU4A 1JL2A 4CEAA 1VRTA 4AH9A 3G0ZA 3TI0A 4M3TA 5HRPA 1J9AA 3OYNA 4O4GA 1YVUA 4CFDA 1IO2A 3O3HA 2KFZA 3K58A 4DU3A 1S6QA 1S1UA 1T7PA 4ID5A 3HJFA 2D0CA 1BGXT 1J53A 4Z0UA 1C0UA 3AA4A 3RR8A 4FJMA 4CECA 5DMRA 5FRMA 3C6UA 4FJIA 2VG5A 3HSTB 4EP5A 4DTMA 4W5NA 4C8KA 4F2RA 4CEEA 1TVRA 2HHUA 4EP4A 1YT3A 3HPHA 3CFPA 4DFJA 3V6DA 3QEPA 2X74A 4O0JA 1DTQA 1W0HA 4B9MA 5HRRA 5KGXA 4FJ9A 3ZT0A 3SV4A 1G15A 4LD0A 1Z26A 3IRXA 3U3GA 4B8CA 4PA1A 2EHGA 3DMJA 4BDYA 4DTUA 4H4OA 3T1AA 2XY8A 3LP0A 4DLEA 4HCCA 4FK0A 1QS4A 5C24A 1XWLA 3CFRA 3VQ6A 5HROA 1TL3A 4CJUA 1C6VA 3CG7A 1VSLA 3OYCA 1EXQA 4HUFA 4C8NA 1TK0A 1S1TA 4E7KA 1JKHA 1GOCA 1KTQA 4E7LA 4E7JA 1WSJA 3SNNA 3PX0A 1LAWA 3D0PA 3RMCA 4DQIA 3DLRA 2VG6A 1RCHA 4AHRA 4FCYA 1JXEA 3AVNA 4Z4HA 1JL1A 4CIEA 1BISA 4W5TA 1D8YA 5CZ2A 3WNEA 2JGUA 1NJWA 4QOZB 5FRNA 3EY1A 3C6TA 4BACA 1T8EA 1RT7A 3RRGA 4CHQA 1TK5A 3VQBA 3TANA 2KZZA 1KCFA 2OA8A 3DLBA 1RT3A 3LPUA 4Z4EA 3ZSOA 2X6NA 4CF8A 4JLHA 3SCXA 5SWMA 3AO5A 3MEGA 2GV9A 3S3NA 1FXXA 3VQ8A 4CE9A 4ZTJA 2G8WA 2HNDA 3HP9A 3WNFA 3DLHA 3SQ1A 4RW6A 2VG7A 3QEXA 3AO4A 3CFOA 4GMJB 1Q9YA 1XHZA 4DQRA 4KB0A 4J2DA 1NOYA 3P5JA 4B9LA 3PX4A 3EYZA 1LWEA 3LP3A 3OYLA 3OYGA 1WSHA 3NCIA 3SZ2A 1TK8A 3OS0A 2GBZA 3IS9A 2YKNA 4KTWA 4E1NA 4DQPA 5D3GA 1D9DA 4E89A 1ZBHA 3WNGA 1TKZA 3ZSWA 1WSEA 2IGIA 1XC9A 4OKJA 1SUQA 3C94A 5KTQA 3TAFA 2X6SA 5CYMA 4RW4A 4ICLA 1N6QA 3HO1A 1LWCA 4FZXC 4EZ6A 4FVMA 4DTJA 4KFBA 5CY4A 3QERA 1JLBA 2D0AA 4HVJA 4Z4CA 1UWBA 5CZ1A 3DLEA 3SPYA 2RPIA 3A2FA 3ZSZA 1RTDA 3K5MA 3QIPA 4KHSA 1RT5A 1ZBLA 1RT6A 2OYQA 4B9VA 2QKKA 3L2UA 2BE2A 4KB1A 3HVTA 4B9UA 4JRPA 1GOBA 2KW4A 4MFBA 1S1WA 1NK5A 3L2WA 2IAJA 3AVGA 3CM5A 2HW3A 3QEWA 3THVA 3DLGA 3L2QA 2HMIA 4IBNA 4O0IA 1KLNA 1I39A 5HRNA 3ZT3A 4C8OA 3O4NA 1NKBA 3KKRA 4FM2A 4CF0A 4R5PA 4KO0A 5C25A 3TR8A 1TAUA 4ID1A 3F73A 3OS2A 4HHTA 3BGRA 1WAFA 1HYVA 2YNGA 3CM6A 5SZTA 4CIGA 4B3OA 4QCLA 1RTHA 1CZBA 2HNYA 1HJRA 3QNNA 1L3TA 4IFVA 2ITGA 5J2QA 2XY6A 2G8HA 2B4JA 4HUEA 3L3VA 4KKOA 4ZHRA 3QEIA 3LDSA 1VSJA 3TABA 1EETA 2IOCA 4KV8A 2IS3A 1L5UA 3D45A 1HQEA 2OPRA 3QETA 2PYJA 1ZBFA 1NK0A 4M42A 2ATQA 4KTQA 1LW0A 1JLAA 3O4QA 3OYHA 1VK0A 3QINA 4DFKA 1FKOA 2RF2A 2F8SA 3PO5A 2OZMA 3OYAA 2B5JA 1TGOA 2R7YA 5JS1A 1IH7A 1VSFA 2XY5A 3QLHA 1RDBA 1UA1A 3UIQA 2KTQA 2VWKA 3K5OA 3K5NA 3TWHA 4DS4A 4K8XA 1JXBA 2GUIA 3NF6A 4FLYA 1QQCA 2HHWA 1O1WA 3JYTA 4CJTA 2Y1JA 1BIZA 2Z1JA 4TSXA 3VQDA 4CF9A 3OYIA 2HHVA 1WSFA 4CJKA 3ZSQA 3MXMA 1RT2A 1WN7A 4Y1DA 1VSDA 1NK6A 1CZ9A 1NK9A 3ZT4A 2AJQA 3RMAA 4CEBA 2YNHA 3HPGA 4OLBA 1JLCA 3SQ0A 2QKBA 2KFNA 4FZYA 4CJ5A 4CGGA 2E6MA 3DM2A 3KD5E 1CXQA 1REVA 1KVBA 2FBTA 2ETJA 3AA5X 3ALYA 3T19A 5HLFA 4K8ZA 2Y1IA 5FDLA 3OYFA 1HNVA 3QIOA 3ZSRA 3LPTA 4CJ4A 3MEDA 3O3GA 2FBVA 3LWLA 1F21A 1HRHA 2XY7A 1CXUA 1TV6A 2A1SA 3VQ9A 4DQQA 1FK9A 3SUQA 4B9SA 4HCBA 4OLAA 4HTUA 5EU7A 3AVIA 3MXJA 3KLFA 1XI1A 4CHZA 4DS5A 1J5OA 5T7BA 2G8VA 5FROA 4DTOA 1HQUA 1RT4A 1C1BA 3DYAA 4BDZA 3QESA 3DRRA 1Y97A 1L3SA 3P1GA 3ZSYA 3SUPA 4W5QA 2YKMA 1RBRA 4NYFA 4CESA 4CFAA 4HUGA 1VSMA 2JLEA 4CEZA 3KLGA 3VQEA 1HPZA 3RRHA 2QXFA 3QO9A 3V1OA 1B92A 4E7HA 5K14A 3V9ZA 1S6PA 4I9LA 4B08A 4ELVA 3JSMA 4ELUA 2Z1IA 3C95A 4GVMA 4E19A 4LH5A 3LAKA 4KRFA 4O44A 4DTRA 4E7IA 4DSJA 4RW7A 2OPPA 4FLVA 4Z4GA 1BI4B 4G1QA 4CHNA 3VQ5A 3MECA 1RDDA 4AHVA 4CGHA 1FKPA 3V9SA 1QSYA 2XRIA 3RMBA 1D5AA 4CCHA 4CGJA 1TKTA 3AVHA 3ZSXA 1S9GA 4CGIA 3QNOA 3NF7A 3OYBA 3OS1A 1ASVA 4CERA 1BCOA 1HYZA 4IFYA 3ZSVA 4UQGA 4J2AA 4KI6A 3MAQA 4KTZA 4FJ7A 3LZIA 2X78A 1RT1A 4CJQA 4CFBA 1KRPA 5DK5A 4CJSA 2G8KA 4OJRA 4B9TA 4DWIA 4N41A 4N56A 1U04A 4CGDA 4AHTA 3I0SA 3EZ5A 3PV8A 4BDPA 4FZZA 4CK2A 4M3XA 3VQ4A 3HXMA 4FW1A 4DSIA 2DY4A 1NK8A 1IKXA 1TAQA 2KQ2A 2I5JA 3AVMA 1YTAA 3VN5A 4FLTA 3TAMA 3TAGA 4FJGA 2HHTA 4KAZA 3PUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IG9A 4YFUA 1U47A 1KAZA 1YHQN 5FLXO 4Z4FA 2BGGA 1HNWK 4YNQA 3NGYA 3ENOA 4B3TK 4BE1A 4DV1K 2WBNA 3PY8A 4OPJA 2OPSA 4K41A 4CEQA 2UU9K 2E2PA 4B3RK 1RILA 3SV3A 4CBUA 5KQ8A 3LANA 4YOWA 1QTMA 1X9MA 2A1RA 2A42A 3HT3A 3QDKA 1VSIA 3CMAN 4FLXA 4M7YA 4FLUA 4WE1A 4LSLA 5F1XA 3BZCA 2P9IB 3KWIA 5AQIA 4CF2A 2BH1A 4C1NI 3WUHA 2P9SA 3SMPA 3MN5A 1X9WA 3DXMA 3HOTA 1V4SA 1Y64A 2QWRA 1IG8A 2NUBA 4ISFA 4C23A 3RVCA 5AQGA 3K59A 3VGKA 1UOCA 3ATUA 2O8CB 4O5BA 2Q3SA 2E6LA 4DV3K 4FWMA 4PY5A 4BE0A 2P1JA 1KSPA 1BU6O 5LJWA 1SL0A 3L8BA 3M1FA 4OPKA 4DTNA 4DSKA 4F4KA 2O4IA 1A5WA 2F8TA 4OKKA 4EAHD 4FYDA 1EP4A 4PL8A 2P5GA 2NRWA 3PX6A 3WNHA 4CK3A 4RG8A 2GWKA 3IAYA 2HNZA 2CGKA 4LFAK 2B6AA 3AV9A 3THXB 3HVRA 5AQWA 1VSEA 3O9QA 2UUAK 4C1NK 4DFPA 3CJ9A 1N33K 4MQ3A 3NF8A 4JD2B 4PWDA 3KD1E 3FZLA 1BOTO 4EZ9A 3H3OB 2P9LB 4YDUA 4N76A 4FL9A 2PZSA 4MDBA 1YI2N 1IJJA 2NZTA 2G8IA 2FLOA 3H08A 3AVLA 3LAMA 4QS9A 1UAXA 1HYSA 3E9LA 3HRGA 4KHPK 4JKFA 3ISNC 4CZIA 3KIOA 5JICA 4CHYA 4DSEA 3TAPA 4C8MA 2RKIA 2P9UA 2AP1A 4OPHA 4FM1A 3HP6A 3O8MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IG9 A;  4YFU A;  1U47 A;  1KAZ A;  1YHQ N;  5FLX O;  4Z4F A;  2BGG A;  1HNW K;  4YNQ A;  3NGY A;  3ENO A;  4B3T K;  4BE1 A;  4DV1 K;  2WBN A;  3PY8 A;  4OPJ A;  2OPS A;  4K41 A;  4CEQ A;  2UU9 K;  2E2P A;  4B3R K;  1RIL A;  3SV3 A;  4CBU A;  5KQ8 A;  3LAN A;  4YOW A;  1QTM A;  1X9M A;  2A1R A;  2A42 A;  3HT3 A;  3QDK A;  1VSI A;  3CMA N;  4FLX A;  4M7Y A;  4FLU A;  4WE1 A;  4LSL A;  5F1X A;  3BZC A;  2P9I B;  3KWI A;  5AQI A;  4CF2 A;  2BH1 A;  4C1N I;  3WUH A;  2P9S A;  3SMP A;  3MN5 A;  1X9W A;  3DXM A;  3HOT A;  1V4S A;  1Y64 A;  2QWR A;  1IG8 A;  2NUB A;  4ISF A;  4C23 A;  3RVC A;  5AQG A;  3K59 A;  3VGK A;  1UOC A;  3ATU A;  2O8C B;  4O5B A;  2Q3S A;  2E6L A;  4DV3 K;  4FWM A;  4PY5 A;  4BE0 A;  2P1J A;  1KSP A;  1BU6 O;  5LJW A;  1SL0 A;  3L8B A;  3M1F A;  4OPK A;  4DTN A;  4DSK A;  4F4K A;  2O4I A;  1A5W A;  2F8T A;  4OKK A;  4EAH D;  4FYD A;  1EP4 A;  4PL8 A;  2P5G A;  2NRW A;  3PX6 A;  3WNH A;  4CK3 A;  4RG8 A;  2GWK A;  3IAY A;  2HNZ A;  2CGK A;  4LFA K;  2B6A A;  3AV9 A;  3THX B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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