4IBNA

Crystal structure of lc9-rnase h1, a type 1 rnase h with the type 2 active-site motif
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
SDIPTPLVAVYADESCLGNGREGENPGGAGVLVEYARPGGAGDIVRRDVWVSEPATTNNRMALRSVIEAFRAIGHKGTRFRVVFTTDSRYIVDGMTRWVHDWAQRGWKRKSGAIENLALWQEAVQAVNGHAVEWRWVRGHAGHAQNEYANHLAVTAAGGQTQSGGLVDSGYEEWAARVSTAASRMRLEPFPDAAAFRPSPALPVVAAGRPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of metagenome-derived LC9-RNase H1 with atypical DEDN active site motif
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured organism
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 59
structure length 211
sequence length 211
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ibnA01
3AO2A 1B9DA 1ASUA 2XY8A 1REVA 3HPHA 3LALA 5DMRA 5FDLA 3U3GA 4FK0A 2HVIA 3SQ0A 3U6FA 2RF2A 4WE1A 4J2AA 2XRIA 4E1NA 2YNFA 3PX4A 4M3TA 3SPYA 1BQMA 4Z0UA 3HVRA 1T03A 3SV3A 4PUOA 3RMAA 1NKEA 3QIOA 4O0JA 2G8VA 1RCHA 5JS2A 3I8DA 4BE0A 4CE9A 1ZBHA 4E3SA 1L3SA 4B9NA 1QHTA 3AVGA 4OPKA 4M45A 3SZ2A 5J2MA 3V1RA 1WNSA 4CGHA 1TKXA 3L8BA 4BDYA 4FLXA 1ITGA 4CGIA 4DLEA 1HYSA 3LPTA 3IG1A 1XHZA 3B6PA 2XY6A 1RBTA 1Q8IA 4DMNA 4CGJA 4J2DA 3M8RA 3AVBA 3ISNC 3FFIA 4DTMA 3M8QA 3NCIA 4C8KA 4ELVA 3L3UA 4QOZB 1QE1A 3PV8A 3OS0A 1QSSA 1DTTA 4KPYA 2RKIA 3CG7A 1S9GA 3VQQA 2FBTA 3S3MA 1U45A 4CJPA 2B4JA 1NK7A 4DSJA 4OLAA 4CEQA 3DRRA 3K59A 4E7JA 3C94A 4Q0BA 4CJLA 4CF2A 2OPPA 1GOAA 3K5LA 3F73A 1X9SA 1QTMA 2IS3A 2VWKA 1VRUA 3ALYA 4OVLA 2P5OA 1UOCA 1BI4B 3F9KA 2HHVA 1LW0A 4H8KA 1NK8A 1LAWA 1NK5A 4DTUA 2F96A 4MQ3A 2G8KA 1Z26A 3OYEA 4OKEA 2X74A 3TAFA 3SQ4A 4AHSA 1EX4A 3RWUA 4N41A 3NGYA 4FK2A 1KVAA 4W5TA 4RW8A 4DQQA 2HHUA 2QXFA 2XY5A 4KI6A 1BHLA 5HRRA 4FJGA 1Y97A 4FJHA 3QIPA 2ZQBA 1RTHA 4Y1CA 1VSLA 1VRTA 1U4BA 1NK0A 3T19A 4YFUA 4FK4A 2KFNA 3THVA 4DQPA 3T1AA 1VSEA 3SUOA 1JXEA 1CZ9A 4OKJA 1C1AA 4DF4A 3WNFA 2G8HA 2OYQA 3UIQA 3VQBA 2D0AA 1RT6A 3DLKA 3C6UA 4BDZA 1TKDA 3S3OA 4M41A 5J2NA 1SV5A 3QEVA 1JXBA 3RRHA 4NYFA 3KK3A 3SUNA 5KRSA 1RBRA 4B08A 4KRFA 4JS5A 3AVKA 4LH4A 3ZT1A 1KTQA 2A1SA 1RTDA 1C0TA 3ULDA 1YT3A 4IFVA 3SNNA 4CJSA 2X6SA 1BISA 5FRMA 3OYFA 3G10A 1N6QA 2PY5A 4M3WA 4CJTA 4CHQA 5J2QA 1NK9A 2G8FA 3SUQA 3I0RA 1YTAA 4FW2A 3L2VA 1SKRA 1D9FA 1BIZA 1VSIA 4DTNA 3ZSXA 1G15A 3QEIA 1RDBA 3ZSYA 1J53A 1S1VA 3VN5A 2XO7A 1JLAA 1TV6A 2YNIA 3PX0A 2DTUA 1RT3A 4E19A 5HRSA 4OGCA 5C25A 3L2RA 4FM0A 4FJJA 1C0MA 1RT5A 1S1XA 4I7FA 3TARA 2A1RA 4N47A 4CEFA 4DTPA 4QCLA 1LW2A 4C8NA 1KFDA 4E0DA 4CHZA 2OPRA 2X78A 1VK0A 3HPOA 1S9EA 4Z4EA 4F8RA 2RN2A 1L5UA 2G8WA 4I2QA 3PO5A 4CJFA 3ZCMA 3AA4A 4N5SA 4DTXA 2B5JA 2FC0A 2P1JA 4DTOA 2HVHA 1RNHA 1B92A 2WOMA 4W5OA 1BL3A 3OVNA 3OYMA 2GV9A 3LAMA 3HM9A 2KTQA 4M42A 4Q5VA 2HHQA 1JL1A 4RW6A 4FJIA 4CF0A 2IC3A 3OYNA 4FJ7A 3HT3A 4DFKA 4JLHA 3QO9A 3QNOA 1I39A 2OPSA 2QK9A 4M3RA 4YNQA 4M3ZA 1BCOA 3AVJA 1EXQA 3KIOA 1ZBFA 4DG1A 4E1MA 1RDCA 1S1TA 3AO4A 3L2UA 1TGOA 3IS9A 5DK5A 2PYJA 3RR8A 2PZSA 4JS4A 4DQIA 3NGIA 1LWEA 1T05A 1ZBUA 4FJ8A 1BIUA 3C95A 3AVNA 4B8CA 3DOKA 3NF7A 3NAEA 2HNYA 3OYKA 4NCBA 2YNHA 1S1WA 2YV0X 1NJWA 3CFPA 4FM2A 3SJJA 1HRHA 1VSJA 1FXXA 3TAEA 3HO1A 3RTVA 2Z1HA 3ZSZA 1UA1A 4EP5A 2HHTA 1SL2A 3K2PA 4NCAA 3AO5A 4F3OA 4CEBA 4KV8A 4FJLA 1GOCA 2ATQA 3LP2A 4CK3A 2Y1JA 3DLRA 3AO3A 3VQ8A 3KK1A 3QLHA 2HHXA 1RT7A 2PYLA 3HK2A 4KHWA 3KLFA 4CEEA 4NCGA 4BE1A 2IOCA 2DFHA 3HSTB 2D5RA 4IDKA 3LWLA 3AVAA 3B6OA 4CJVA 4K8ZA 2D0BA 3SCXA 4KHUA 3ZT2A 4CJUA 1JLCA 3IRXA 3TWHA 1RT1A 1KVCA 4CEZA 3OYIA 1D5AA 3VA0A 3LZJA 1RT2A 4FXDA 4AILC 4DFMA 2ZD1A 5HLFA 4GVMA 1SUQA 1C0UA 5KI6A 4CHPA 3DLGA 3RMCA 4BWJA 4FJMA 3MECA 1A5XA 1WAJA 4ID1A 3LAKA 1VSFA 3P83D 3DLBA 1LWCA 3WNEA 4AH9A 4HTUA 3OY9A 2NUBA 1C6VA 1RBSA 3LP1A 3O4NA 4E7HA 4FZZA 2YNGA 4OGEA 5J1EA 1RTJA 4OPJA 3V1QA 4H4MA 4CFAA 3QEWA 3C6TA 4FM1A 2XHBA 3VQ5A 3OJUA 3KLEA 1L3TA 1WN7A 4CJQA 2ITGA 3NF8A 3K5OA 4CK1A 1NK4A 1CXQA 5CZ2A 3CYMA 4CHYA 5SZTA 3EZ5A 3ASMA 3HJFA 4R5PA 4KO0A 1QSYA 1QS4A 2B6AA 3O3HA 3D0PA 1C1BA 1WSGA 3NHGA 2VG7A 4M3UA 3TABA 4FZYA 4O4GA 4CEAA 4E7LA 4B3OA 2F8TA 3AV9A 3DLEA 2VWJA 2F8SA 5HP1A 2IAJA 1HQEA 1FKOA 4LSLA 4JRPA 3DM2A 4CIFA 4FLVA 1XI1A 4XIUA 4DTJA 4KTQA 4GW6A 3QEXA 4CJ5A 1NOZA 3OYJA 4DU4A 3HP9A 4IBNA 4CJ3A 4DU3A 3TAGA 2HNDA 1BQNA 3LANA 1TL1A 3I0SA 4DQRA 5T7BA 3DRSA 3V9UA 2JGUA 2X6NA 3NF9A 2BDPA 3RMBA 3AVMA 4B9UA 5I42A 3O3GA 4L8RB 3K57A 1KSPA 3L2WA 3ZSQA 1IKYA 1WSEA 2YHAA 1S6QA 1U04A 3JYTA 1NJYA 4KTZA 1T7PA 1BI4A 4CJWA 3NGZA 3V6DA 3QETA 4DS4A 4FZXC 3LP3A 4DTSA 1LV5A 2OZMA 3KK2A 4GMJB 3VA3A 3O3FA 5KTQA 1IKXA 4DF8A 3MEGA 4CJKA 4BE2A 4W5NA 1U49A 1YVUA 4O55A 4CF8A 1FKPA 1NJXA 1QQCA 1TAUA 3V9SA 5K14A 3S3NA 3KKRA 1NKBA 1RBVA 4B9VA 4FJXA 3OS2A 1IH7A 3LP0A 4CIEA 4CEOA 3TANA 4K8XA 4FLUA 3ZT0A 4MFBA 1UWBA 1J9AA 4FJ9A 1HNVA 3KKSA 3K58A 4FLTA 5SWMA 3CQ8A 3RR7A 3CM5A 3AA2A 4C8OA 1K6YA 3SUPA 3VQPA 2BANA 4KAZA 4IFYA 1SKSA 4J2BA 3QESA 1IG9A 2VG5A 2KW4A 1SL1A 4F3TA 3TAPA 3VQDA 4QAGA 1MU2A 3HL8A 2IGIA 1XWLA 2Z1JA 4DQSA 4B9SA 4HCBA 4CGGA 3AA3A 2O4GA 3P1GA 3NH0A 2E6MA 4NYNA 4RW4A 3QERA 4Z4FA 4Z4GA 1TK8A 4CF9A 1DLOA 3V4IA 4EZ6A 1NJZA 1U48A 1TAQA 1JLEA 2WONA 3TAMA 4CEDA 4CFBA 3VQ9A 4FCYA 1XHXA 3OYGA 3NE6A 1HYVA 2Z1IA 1S1UA 3O4QA 3SV4A 3SI6A 2HHSA 4FLWA 4HHTA 2DFEA 4RW9A 4KHYA 3S9HA 4M3YA 4ICLA 1J54A 4PQUA 4CK2A 4FJNA 1JLBA 1FK9A 4CHOA 5HRNA 3DLHA 4KHQA 4C8LA 1EKEA 3OYBA 4ID5A 1CXUA 1RILA 1WSJA 4PA1A 3OYCA 4HUFA 1D8YA 3PO4A 1JL2A 3VQAA 4BACA 2EX3A 3NF6A 4UQGA 4E7KA 4DSKA 4LY7A 2BGGA 2G8IA 4FLZA 1KVBA 5I3UA 2OA8A 4HUGA 3V1OA 2E4LA 2FBVA 4B9MA 3RMDA 3WNHA 4O0IA 4EP4A 2YKMA 4M3XA 3ZSWA 4HUEA 3CFRA 2QKKA 2FBYA 1RDAA 4CFDA 3KLIA 4Z4IA 4BDPA 1TL3A 2IDOA 4W5QA 2HHWA 2AJQA 1DTQA 4DFPA 4LD0A 5FRNA 3TAQA 4KI4A 1LWFA 3DYAA 1ASVA 1VSKA 2P51A 1F21A 3HVTA 4OKKA 3TR8A 3K5MA 3LDSA 1KRPA 2YHBA 2DY4A 1KLMA 3QINA 1HNIA 1NOYA 1HPZA 4HCCA 1CLQA 1UA0A 4DS5A 3AVHA 4KB0A 4RG8A 3HPGA 2OZSA 5EU7A 3V9ZA 3PX6A 4I9LA 1RT4A 4B8AB 1YTUA 1L3VA 3MXJA 5CYMA 3BGRA 4DSEA 3MEEA 3ZT4A 1SKWA 1R0AA 1KLNA 3A2FA 3V9WA 1QSLA 4CGDA 3SYZA 4ZTFA 3DI6A 5FROA 4DWIA 3NDKA 4G1QA 1C1CA 3NH1A 3QNNA 4JRQA 2ZE2A 4KKOA 2Y1IA 1ASWA 2VG6A 1TK0A 1TKTA 1W0HA 2Q3SA 3OS1A 3D45A 1JKHA 1WSFA 4FW1A 1JLFA 1WLJA 2KQ2A 1SL0A 4FLYA 4OJRA 2HB5A 1RBUA 4CERA 4CJRA 3U3YA 5HROA 1A5VA 1KCFA 4O44A 4ELUA 4KB1A 2O4IA 3NBPA 2ETJA 4AHVA 4Z4HA 2XY7A 4KTWA 1XC9A 1X9WA 1TK5A 1RDDA 1IKVA 3ITHA 2JLEA 4ZHRA 3V9XA 4KREA 3AVFA 1JLQA 1IKWA 2FBXA 3EYZA 1HMVA 4DSLA 4F4KA 2QKBA 2I5JA 4TSXA 1Q9YA 4CGFA 2HMIA 4B9TA 1NK6A 2EHGA 2Z1GA 3KLHA 3PY8A 5C42A 3SPZA 1T8EA 3HXMA 3VQ7A 1I3AA 3EY1A 4DFJA 2RPIA 1W9HA 4AHCA 4HVJA 1HQUA 1IO2A 1UAXA 3DMJA 3MEDA 2E6LA 4Y1DA 5HRPA 3KD1E 3LPUA 4CECA 4CJEA 3V81A 1WSIA 1WAFA 5KGWA 3NH2A 4ZTJA 1J5OA 1Q9XA 4DSFA 2YKNA 3KJVA 2R7YA 3RRGA 3OYAA 4FVMA 1L3UA 5CYQA 1X1PA 1B9FA 3CFOA 4LSNA 4PWDA 1VSMA 3BDPA 4J2EA 4BWMA 5JS1A 3TI0A 4DSIA 4LH5A 3SQ1A 1A5WA 3KLGA 1Z25A 3VQCA 3OYHA 1JLGA 3LWMA 3VQ4A 3VQ6A 2GBZA 4CESA 3AO1A 2GUIA 5KGXA 1D9DA 5D3GA 4KFBA 3L2QA 2KZZA 3KD5E 4F2SA 2OPQA 3PUFA 1VSHA 4C8MA 3ZSRA 2P5GA 5KRTA 4I9QA 2KFZA 3OYDA 2W42A 4OLBA 3AVIA 1N5YA 5HBMA 5E41A 2DFFA 4AHUA 3M8PA 4B9LA 1TVRA 2D0CA 3JSMA 1BCMA 4E7IA 2KZMA 4FJKA 3KTQA 4EZ9A 3SQ2A 3AA5X 4Z4CA 5J2PA 2HNZA 1NKCA 1VSDA 1S6PA 4DTRA 3G0ZA 4W5RA 1EP4A 4DLGA 2BE2A 3WNGA 4E89A 4CIGA 1GOBA 3H08A 4FYDA 1WSHA 5CY4A 4N56A 1ZBIA 2HW3A 4IG0A 3HP6A 3MAQA 3ZSOA 3K5NA 1ZBLA 4DU1A 1RTIA 1KFSA 3MXIA 5CZ1A 3P5JA 3VQEA 1O1WA 1TKZA 1U47A 4KHNA 3LZIA 3AVCA 3ZT3A 4CF1A 3M8SA 4KHSA 1EETA 1X9MA 1HJRA 3IAYA 3L3VA 1BGXT 3T3FA 4AHRA 1LAVA 2G8UA 4ELTA 5C24A 3OJSA 3DRPA 4PY5A 4O5BA 4F2RA 3MXMA 4N76A 1S5JA 3CM6A 4H4OA 1CZBA 4I2PA 3E01A 3QEPA 4IG3A 3ZSVA 4RW7A 3OYLA 4CFCA 2LSNA 3NFAA 1HYZA 4FJ5A 4CHNA 3DOLA 4CJ4A 3AVLA 4AHTA 4CCHA 3HYFA 1ZYQA 4IKFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IMXA 5FDLA 1B9DA 3HPHA 5DMRA 4FK0A 3LALA 3DLLL 2HVIA 3U6FA 4WE1A 4I6MA 4B1UB 2YNFA 3SPYA 1YI2N 3MX2A 5KPZA 5AQKA 3SV3A 4PUOA 5M1OA 4O0JA 4FOIA 3I8DA 4PL7A 4BE0A 3VPZA 1ZBHA 1L3SA 3THWA 2KKZA 2IVNA 3SZ2A 3V1RA 4BDYA 3VENA 3LPTA 1XHZA 4CGJA 3M8RA 3JAMO 3THYB 3MK6A 3CI5A 3L3UA 4CBWA 4DV6K 3PV8A 1QSSA 1DTTA 5LL6Z 1U45A 5BN8A 1NK7A 4CEQA 2PFUA 2I7NA 3TSUA 1GOAA 2IS3A 1VRUA 4CZIA 2P5OA 1NGIA 1NK5A 5LMNK 2G8KA 3OYEA 1U6ZA 2D1KA 3CPEA 4N41A 1KVAA 2HHUA 5HRRA 4JKGA 4NO7A 4AM6A 3QIPA 3BEXA 1RTHA 4Y1CA 1U4BA 2NRVA 2KFNA 3E9PA 4A2BA 4B3SK 1ATSA 1C1AA 4YOUA 1Y64A 2D0AA 4BC4A 3L6QA 1RT6A 4BDZA 1NLVA 3S3OA 5J2NA 4FWMA 3J7AP 4NYFA 1GLCG 4O5FA 1MDUB 3FZFA 4FPBA 1KTQA 1NGGA 2E2PA 3U8XA 3O08A 4BGAA 4JK7A 3TSQA 3EE9A 2G8FA 1YJ9N 1IBKK 3K0SA 2P9SA 4FW2A 3PLAA 5AFUA 1BWFO 1BIZA 4DTNA 1G15A 4YOXA 1RDBA 1S1VA 2XO7A 1RT3A 1QHAA 5HRSA 1RFQA 1RT5A 3TARA 4XH5A 3GBTA 2V7YA 4CEFA 3T1YK 1LW2A 4QCLA 1NWKA 5AZJA 4CHZA 2OPRA 1S9EA 1MWKA 3E9LA 3PO5A 4CD3A 4CJFA 2H3GX 3AA4A 2NRWA 2FC0A 4U7BA 1RNHA 4JHDA 4W5OA 3LAMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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