4ID1A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Allosteric integrase inhibitor potency is determined through the inhibition of HIV-1 particle maturation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4id1A00
5HBMA 3ZT0A 3DOKA 1C1AA 4LY7A 1ZBLA 4CESA 1WSJA 2G8VA 4CEQA 2YNIA 4DTRA 3SQ4A 4M3YA 3HSTB 4FM0A 4KTWA 5HRSA 1NK8A 1I39A 3D45A 3KK2A 2XRIA 1LWCA 1ZBHA 4LSNA 4CFCA 2Z1IA 3HVTA 2DFHA 3LP0A 4DG1A 5J2MA 3HVRA 5K14A 4KHUA 1LWEA 4AHSA 2Z1HA 1RILA 3VQDA 3PX0A 2DTUA 3AVHA 3DM2A 3DLGA 1TAUA 3DOLA 4ICLA 3DI6A 4CJEA 3CFPA 4DQSA 4RG8A 4H4MA 4NCAA 3OYKA 1NJXA 2ZD1A 3M8QA 4PA1A 3K5LA 1TK5A 1TK0A 4K8ZA 3HK2A 3L2RA 1RT1A 4GMJB 2X74A 4O0JA 4J2DA 3ZSOA 4E89A 3OYLA 4ZTFA 1TK8A 1EXQA 4HVJA 4QOZB 4CJRA 2IAJA 4C8MA 5HROA 2VWJA 1MU2A 3K5OA 4HUFA 1S6PA 2OPQA 3VQ5A 2D5RA 2HNDA 1KTQA 4DU4A 4DSLA 1FK9A 3OVNA 3EYZA 2IS3A 4GVMA 4M45A 1K6YA 2G8UA 4FLUA 1KVCA 3AVNA 3KIOA 2FBTA 3OY9A 4E7JA 4ZTJA 1XC9A 1KVAA 1RT6A 3H08A 1KFDA 4W5NA 2VWKA 1B9FA 3OYJA 3T19A 3QNOA 4KHYA 1NK6A 3QLHA 5KI6A 4B9UA 2JLEA 5E41A 4FJGA 3V1QA 1SV5A 2OPRA 4LH5A 1C1BA 2XO7A 2GV9A 4ZHRA 3SV4A 1ITGA 4FW1A 2WOMA 3SZ2A 1Q9XA 5JS2A 3QEPA 4K8XA 4CFBA 2VG5A 3AO4A 1L3TA 3RWUA 3LANA 4FK0A 1RTHA 4KV8A 1RT4A 2KW4A 4OGEA 4M3RA 3T1AA 4FLWA 4H8KA 4IDKA 2I5JA 2YKNA 3AVKA 1IKWA 3KK1A 3QERA 4F8RA 4OPKA 3KLIA 2KQ2A 1NKCA 3ZT4A 3NGYA 3M8SA 3AVBA 1LAWA 3AO2A 3I8DA 1NK4A 1X1PA 1J9AA 3VQBA 2HVIA 4AILC 1RBUA 3MEEA 2RPIA 1D8YA 4KHQA 3OJSA 3AVCA 3PV8A 4UQGA 3LP2A 4G1QA 1NJWA 4F3TA 5CYMA 1QE1A 4Z0UA 4M41A 4LH4A 1FKOA 3ZT3A 4BDYA 3U3YA 4IG3A 1IKXA 1HNVA 1RDDA 1ASWA 2VG7A 2HHSA 2WONA 4JS4A 4J2AA 1TV6A 2QXFA 4EP5A 4HUGA 1WSIA 4FJIA 1TAQA 5DMRA 4FLZA 4FJXA 4E1MA 2PYJA 4DF4A 3AA5X 4DWIA 4DFMA 4J2BA 2HNZA 3SUNA 1QSYA 3IRXA 1JLCA 3SPYA 3P5JA 3HT3A 2OPPA 1C1CA 3OS1A 3QNNA 3NFAA 1QS4A 1SUQA 4ELVA 4MQ3A 1JKHA 3KK3A 4CGIA 2BANA 2KZMA 1RTIA 3OYHA 1KLNA 2R7YA 1D9DA 2G8WA 4DS4A 1HYSA 3DRPA 3KKRA 2ZQBA 2OYQA 2HNYA 4KKOA 3A2FA 2KZZA 1RTDA 4CEZA 2X6NA 1RDBA 3AO3A 2X78A 3CM6A 2RKIA 1JXBA 3NF9A 3PUFA 4CECA 4CIEA 3SI6A 2HHXA 3AA3A 3NBPA 3ALYA 5FRMA 4N76A 2E6LA 1NOYA 3V9WA 1BL3A 2BDPA 4F2SA 4B9NA 1L3SA 1BISA 3V1OA 2XY7A 4DQIA 5FRNA 1B9DA 3FFIA 4CK3A 3NH0A 2XY6A 1LWFA 2Q3SA 3C6UA 4CEBA 3SV3A 3CYMA 1WAJA 4I2QA 1LW0A 1SKSA 3ZCMA 4NYFA 5KTQA 4DSJA 1SL0A 1VSEA 2HHUA 2DFFA 3AVFA 3RMBA 1S9GA 1SKWA 4CE9A 3AV9A 5SWMA 3P1GA 4DTXA 3OYNA 4KAZA 4OLBA 2Y1IA 3AVJA 4C8LA 2P1JA 4N47A 5HLFA 4E1NA 1Z26A 1SKRA 1X9MA 3HO1A 1L3VA 1WSGA 1X9SA 1LV5A 2G8IA 1HQEA 4DTPA 1A5VA 4PWDA 3AA4A 1N6QA 2Y1JA 3E01A 3MECA 4BE0A 4HCCA 4KHNA 3HP9A 1R0AA 4N56A 3AO1A 5JS1A 5J1EA 3PX6A 1A5WA 1TKTA 2D0AA 1T05A 3AVGA 2P5GA 5EU7A 1FXXA 3VQAA 2YHAA 4RW7A 4E19A 1QSLA 3NDKA 2LSNA 4E7IA 4FYDA 1QSSA 2ETJA 3TR8A 3IG1A 1C6VA 1C0UA 1CZ9A 1IKYA 3DLBA 3MXJA 3TI0A 3QETA 3SQ0A 2PYLA 2EHGA 3LP1A 2XY5A 1U48A 3K5NA 3DRRA 1J5OA 4CJ5A 4Z4GA 4IG0A 4CJTA 1CLQA 1TL3A 4OKJA 1ZBIA 3TWHA 4DSEA 3DLHA 4M3XA 2BGGA 3WNGA 3S3NA 4JLHA 3IS9A 5FROA 4KI4A 3OYEA 4RW6A 1WSFA 3OS2A 3TAQA 2G8FA 3K2PA 2IC3A 3O4QA 1U47A 3HM9A 4JRQA 2QKBA 3L3VA 3PX4A 4KTQA 2KFNA 3U3GA 3K5MA 4OGCA 3RR7A 1C0TA 1J53A 3NF7A 1TGOA 4E3SA 4FCYA 4IFYA 4DF8A 4KTZA 2JGUA 3DLKA 4M42A 5J2QA 2E4LA 1RBTA 1U4BA 2GUIA 4O4GA 3BGRA 4DU1A 3V9UA 3QESA 4Q0BA 3QIPA 4NCGA 4FJ7A 1UA0A 2F8TA 3AA2A 1YTAA 1RBVA 3RMDA 4BE2A 2E6MA 3DLEA 4OJRA 4BWMA 1VK0A 1VSFA 3WNHA 3V81A 4Z4FA 2X6SA 1UAXA 4FLXA 4E7KA 4EZ9A 1UOCA 2W42A 1KLMA 4CFDA 3VQ9A 2QK9A 2IGIA 4Y1DA 4CJQA 1W9HA 5C42A 4RW9A 4CJ4A 4OKEA 1IG9A 1RT7A 1VSKA 5DK5A 1S1TA 4DTNA 3VQQA 4DSKA 4FW2A 4W5RA 4TSXA 4YFUA 1TKXA 1T7PA 2F96A 3MAQA 4KB1A 1HQUA 3HPGA 1NKBA 4N41A 3B6PA 4KRFA 1VSIA 3JYTA 3D0PA 3KD5E 3O3GA 4B9SA 3OYAA 4QCLA 5D3GA 1XHZA 4H4OA 3PY8A 1D9FA 4FZZA 5J2NA 4CJUA 4B9LA 2OPSA 4YNQA 2HHWA 1QHTA 3AO5A 4OLAA 2HMIA 3EY1A 4CFAA 1GOCA 1QQCA 4M3WA 2DY4A 2D0BA 4CHOA 4FJ5A 1JLAA 3I0RA 4CHPA 3QEIA 1QTMA 4RW8A 1HNIA 4E0DA 3NGZA 4DFJA 3OYFA 3G10A 1KSPA 1UWBA 1HYZA 4CJKA 1S1VA 4FJMA 3LDSA 1RNHA 3B6OA 4FLYA 1EKEA 3LZIA 4IFVA 1G15A 5C24A 3IAYA 4E7LA 4B08A 1CXUA 4R5PA 2FBYA 4FK2A 5HP1A 5CZ1A 3NE6A 4DQPA 1CXQA 3KKSA 3CQ8A 3P83D 1S1WA 1ZBFA 1NK7A 4CJFA 1L5UA 2HVHA 4PUOA 1Q9YA 3HPHA 4CJ3A 2PY5A 3BDPA 4PQUA 4O0IA 4AH9A 3L2QA 4CK2A 4DTOA 3PO4A 4FJNA 1ASUA 4KREA 1JLEA 1Z25A 1RT3A 1WN7A 4F3OA 3K59A 3HXMA 1HPZA 3KLEA 1RBRA 4B9MA 3VQPA 2VG6A 4FJKA 1VSLA 1REVA 2HHQA 4CGGA 1S6QA 1EETA 4CK1A 1GOBA 3DRSA 3TAPA 1TVRA 1VSHA 1U45A 3M8RA 4Y1CA 4CIGA 3RRGA 4KFBA 4PY5A 2FC0A 3LWMA 1TKDA 2YNGA 2HW3A 2AJQA 1NK5A 2A1RA 1NJZA 2NUBA 4FLTA 4CHNA 5KRTA 3TANA 1CZBA 4MFBA 4LD0A 4I9LA 1JL1A 3DYAA 3WNEA 1S1UA 4AHUA 3K57A 4DU3A 4CGDA 1KVBA 2RN2A 3SYZA 4DS5A 2YNFA 3ZT1A 2OA8A 1BIZA 4NYNA 3QEXA 2PZSA 3K58A 3O3FA 4KI6A 1X9WA 3S9HA 4AHCA 5CZ2A 3S3OA 3O3HA 2Z1GA 1WSHA 3RRHA 4I7FA 3VQ6A 1JLBA 4XIUA 3VQCA 1DTTA 2O4GA 2XHBA 1W0HA 4FM1A 1I3AA 2O4IA 1ZYQA 1D5AA 3VQ4A 4CF2A 3SJJA 2FBXA 4DLGA 4RW4A 1RT5A 3F9KA 4O55A 3ZSVA 4AHVA 3KJVA 3NGIA 4M3ZA 2FBVA 3VA3A 1VSDA 4CGJA 1HMVA 3HP6A 1BCMA 4LSLA 3TAMA 4FJJA 3I0SA 3LWLA 1FKPA 3QO9A 3ZSRA 3OJUA 4FJLA 4HTUA 1B92A 4AHTA 1L3UA 4OPJA 4BWJA 3HPOA 5I3UA 4KHWA 2P51A 1VRUA 3CFOA 3MXMA 4KHSA 3C94A 1YVUA 4Z4CA 1T8EA 1HJRA 4I2PA 2KTQA 3SUQA 1DLOA 3OYBA 3RMCA 4B3OA 3UIQA 3L8BA 4CF0A 1LW2A 4CJVA 3TAGA 3LAKA 1HYVA 3L2WA 2ZE2A 3LP3A 1BQMA 1EP4A 1ZBUA 1SL1A 2XY8A 3LALA 5T7BA 4BACA 5CYQA 3M8PA 3VQ8A 1NK9A 4J2EA 4M3TA 3ULDA 5KRSA 2DFEA 4DFKA 3SNNA 5C25A 4CJLA 1KCFA 3TARA 2QKKA 3HJFA 3O4NA 3V9SA 3T3FA 2P5OA 1BGXT 3RTVA 3ISNC 3V6DA 3NCIA 4IKFA 1TL1A 3HYFA 4FXDA 2OZSA 3QIOA 4CJSA 3SUOA 2B5JA 3TAFA 4B9VA 2IDOA 2G8HA 2ITGA 4BDPA 4C8KA 3AVMA 1JXEA 4WE1A 4AHRA 4CJWA 4IBNA 1BHLA 4F2RA 4CF9A 3KTQA 1JLFA 3THVA 3QINA 2A1SA 3V1RA 4CHYA 4B8CA 4FJ8A 3WNFA 1BIUA 3OYCA 4DQQA 3ZSXA 3CFRA 3NF6A 5HRRA 4DQRA 4HCBA 1BCOA 3NF8A 4O44A 4W5QA 4QAGA 3F73A 5KGXA 3C6TA 3MEDA 3SPZA 1BI4A 4FK4A 1F21A 4Q5VA 3LAMA 3DLRA 3SCXA 1O1WA 4CEEA 1IKVA 3OS0A 3OYDA 4C8OA 3CM5A 4CEOA 3ZSZA 5KGWA 3VA0A 1IH7A 1WAFA 1XI1A 3ZSWA 4DSIA 3ZSYA 3QEVA 4W5OA 4ELUA 3G0ZA 4CIFA 4NCBA 1U04A 1NK0A 2HHVA 4CEDA 5HRPA 3AVIA 3C95A 2BE2A 4O5BA 2KFZA 3NHGA 3NAEA 3V9XA 4B8AB 3AVLA 2GBZA 4CGHA 3OYMA 4FJHA 4HUEA 1XWLA 4CJPA 4EP4A 4Z4IA 4CEAA 4KB0A 3AVAA 4W5TA 2B6AA 3PO5A 4FJ9A 2IOCA 1RTJA 4CF1A 3HL8A 3LPTA 4FM2A 3KD1E 1UA1A 3ZT2A 3ZSQA 3U6FA 3VQ7A 3V4IA 1WSEA 3KLGA 1Q8IA 4HHTA 3KLFA 1S5JA 1YT3A 3SUPA 1S1XA 4KPYA 3CG7A 4DTMA 3S3MA 1JLGA 3L3UA 1J54A 3NH1A 4DLEA 4M3UA 1JLQA 2YNHA 1BQNA 1JL2A 4CHQA 5SZTA 3L2VA 2HHTA 5CY4A 3L2UA 1KFSA 4FZXC 3LPUA 4FZYA 4CCHA 2D0CA 4CERA 1VSMA 3SQ1A 5HRNA 3MXIA 2RF2A 3DMJA 1RDCA 4FVMA 3NH2A 2EX3A 4JRPA 3ASMA 2ATQA 3ITHA 4FLVA 4KO0A 4Z4EA 2HB5A 3TABA 1LAVA 2YHBA 1NKEA 1RT2A 5I42A 1GOAA 4EZ6A 4L8RB 1Y97A 4DMNA 1DTQA 4Z4HA 1BI4B 4ID5A 3JSMA 1VSJA 4DSFA 1XHXA 2OZMA 1RBSA 3VN5A 4F4KA 2YV0X 4BDZA 1T03A 4ID1A 3KLHA 4JS5A 1A5XA 3V9ZA 1VRTA 2Z1JA 4E7HA 4DFPA 5J2PA 1TKZA 4CF8A 4DTSA 4DTJA 1RDAA 3RR8A 1WLJA 1YTUA 3TAEA 3MEGA 4OKKA 2F8SA 1SL2A 4DTUA 1RCHA 3OYIA 3LZJA 3OYGA 1HRHA 4OVLA 4N5SA 1NJYA 1N5YA 4GW6A 1EX4A 2B4JA 3RMAA 2YKMA 4I9QA 4C8NA 4ELTA 1S9EA 1ASVA 4CEFA 4BE1A 1WNSA 3QEWA 1C0MA 4CGFA 4CHZA 1IO2A 3VQEA 3SQ2A 1U49A 1KRPA 2G8KA 1NOZA 4B9TA 3EZ5A 5FDLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HBMA 4BROA 2O8CA 1WSJA 2YNIA 4M3YA 5AQOA 4IOCL 5HRSA 1I39A 2QWLA 3EKUA 3KK2A 1VQMN 4DG1A 2DFHA 5J2MA 3HVRA 2QXLA 3ZLJA 1C0GA 2Z1HA 1RILA 4IEIA 3DI6A 3CFPA 4KBOA 4NCAA 3K5LA 1TK5A 4M63C 3T1HK 3OYLA 4ZTFA 1TK8A 1DGKN 1NGBA 4BC5A 1HUXA 4HVJA 4QOZB 4CJRA 1GLLO 3CQXA 5HROA 3FZFA 2VWJA 5CHIA 3VQ5A 2HNDA 1O13A 4BG8A 1FK9A 3TU5A 4GVMA 4M45A 4BRPA 5M1FA 3AVNA 3OY9A 5GINA 1JCFA 1XC9A 3EE8A 4JKBA 1RT6A 1KFDA 4YOYA 1HNWK 5GAEP 4KHYA 3QLHA 2OPRA 1WOQA 4LH5A 4ZHRA 3P4IA 1S3XA 2WOMA 4RWTA 1ATNA 2VG5A 3AO4A 3H3NO 1X9JA 4FK0A 4OGEA 4FLWA 2O8EA 4IDKA 2YKNA 2FSJA 1KQSM 4BR2A 3KLIA 3I8DA 1X1PA 3VQBA 2E1ZA 3MEEA 3SBGA 1D8YA 4UQGA 1QE1A 3OBWA 4HWIA 3VMFB 3U3YA 1TUYA 2F4VK 4HTLA 3CJ1A 1JJ2M 3UB5A 2QXFA 4HUGA 4FJIA 3E9LA 2P9SB 4E1MA 4J2BA 4DWIA 1SS6A 3I33A 4ISEA 3SPYA 3P5JA 3SMPA 2OPPA 3HT3A 4ELVA 1SUQA 2BANA 5AR0A 2ZQBA 1RTDA 3CM6A 2RKIA 3PUFA 4O5FA 4LF6K 3D2FA 2W41A 4B9NA 5FRNA 1B9DA 5I9EB 4CK3A 1QZ5A 3NH0A 3C6UA 1WAJA 2VYPA 1LW0A 4JKGA 5BR8K 4LF4K 3CJAA 3AVFA 1GLAG 3ZX3A 1X3NA 1SKWA 4DTXA 4OLBA 1QVGM 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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