4ID1A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Allosteric integrase inhibitor potency is determined through the inhibition of HIV-1 particle maturation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 49
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4id1A00
2HHWA 4I9LA 1Q9YA 2HHSA 1N6QA 1BISA 3BGRA 3VQ4A 3AVAA 4E89A 3QLHA 1JXEA 3TAFA 4CJPA 2ETJA 4CEAA 4PY5A 3T19A 1YTUA 1EKEA 4Z4CA 3ZSRA 1RTJA 3OYKA 2NUBA 3KK2A 3QEVA 1JLCA 2YNFA 4CGIA 3L3UA 1ZYQA 1RDCA 3SPYA 5EU7A 1ZBLA 3DOLA 3OJUA 4C8OA 4N41A 2DFFA 3MEGA 4DTSA 1QSYA 2F8TA 2JGUA 3DLEA 4G1QA 4LH5A 3OYGA 1U4BA 1XWLA 3MECA 2E6MA 4DSLA 2FBVA 2GUIA 3HXMA 4FZYA 3SV4A 3SPZA 3NE6A 3MXJA 4CF8A 2RPIA 2R7YA 3OYIA 2XO7A 3LZIA 4DFMA 4CJQA 3ZSOA 1Y97A 4RW8A 4UQGA 3O3FA 2FBXA 3QIPA 2XY6A 1VSMA 2FBTA 1IKYA 1D8YA 3LALA 5JS1A 4E3SA 1J54A 4Q5VA 3AVMA 4M3XA 4KFBA 2IAJA 2YNGA 3I0RA 3VQDA 2VG7A 3OS1A 4KPYA 3V1OA 1QSLA 3TAMA 4B8AB 2WOMA 2ZD1A 1ITGA 1U45A 1N5YA 4Z4EA 1HPZA 1ZBIA 3L2WA 3RWUA 5HBMA 5T7BA 1W9HA 4JRQA 3O4NA 3NH1A 4M3UA 1WSIA 3KKRA 4CGGA 2EHGA 4W5TA 4ELTA 1FKOA 1NKEA 3O4QA 1C1AA 3DLRA 3HVRA 1B9FA 3AA3A 3TI0A 4B9UA 4H4MA 3E01A 2KFZA 2YNIA 3VQ8A 1BCMA 3ZT3A 4OVLA 3OYJA 4CJWA 3HJFA 4FLVA 3O3GA 4QAGA 3M8RA 2Y1JA 1ZBHA 4CGFA 3QEXA 1TGOA 3ISNC 4LD0A 2YHAA 4HVJA 4F3OA 1JKHA 4KB1A 2HHTA 1EETA 4DFPA 4CGHA 4RW6A 1LW0A 3AVBA 4KKOA 3L2UA 1HQEA 4W5QA 1CXQA 1LW2A 2PZSA 3AO3A 4OGCA 3V6DA 3D0PA 4Z4IA 4IDKA 3KD5E 4KRFA 1K6YA 4OKEA 4O44A 1LAVA 4CIGA 4BACA 1HYVA 4Y1DA 4IKFA 1VSIA 3NDKA 4NCAA 3C95A 3PO4A 5C24A 2KZMA 3V9XA 5KI6A 4FJMA 1SKRA 3AVKA 3K5NA 3A2FA 4OKJA 1UOCA 3K5OA 1FKPA 1S1VA 1T7PA 4Z4FA 4KO0A 2XY5A 4CHYA 4IG0A 1TKDA 3CG7A 3TABA 1VRTA 2I5JA 4I2PA 1LV5A 3DM2A 1TAQA 1IG9A 4PUOA 1RT6A 3HPHA 3TWHA 2HVHA 4OKKA 4FJGA 3MAQA 1BI4B 4DU1A 4DSJA 2W42A 3RRGA 3S3OA 5E41A 1KFDA 2HNZA 4GW6A 4ID5A 1HNVA 5CZ1A 3LP3A 4Z4HA 3S3MA 1KRPA 3DOKA 1BL3A 5C42A 4ICLA 1IKVA 1A5XA 3OYDA 1JL1A 3NF8A 3DYAA 3JSMA 3OYLA 3P83D 3LP2A 1NJZA 3LPTA 4CEEA 3KTQA 4CHOA 2Q3SA 1SUQA 1RT1A 4M3YA 3V9WA 4FLZA 3T1AA 3K58A 4HCBA 1RBRA 4F4KA 1RBTA 2KW4A 2YKNA 2GBZA 3WNHA 4DQQA 1MU2A 4DU4A 4DTMA 3K5LA 2XY7A 4IFVA 3UIQA 4F2RA 3FFIA 4KI4A 4OLAA 3K5MA 1BHLA 3KLIA 4FK2A 3QIOA 1I39A 4C8LA 2OZSA 3P1GA 4BE0A 3SNNA 4KHYA 3S3NA 2BGGA 4EZ9A 1NJWA 3RR7A 4FJKA 4FJ8A 4Z0UA 4FZZA 3O3HA 3HYFA 1JLFA 4I7FA 4B9NA 2Y1IA 1CZBA 1DTTA 3U3GA 3OYBA 2B5JA 3ZT4A 4DTJA 4KB0A 1W0HA 1VRUA 4N56A 4FJLA 3AV9A 3RMDA 3NGYA 4CJFA 2XHBA 4AHVA 5KRTA 1BGXT 2ITGA 4NCGA 2A1RA 2DY4A 2QKBA 1L3TA 3OYMA 1FK9A 1RDBA 3HSTB 2HNDA 4MQ3A 4AHRA 1RTDA 1QSSA 2JLEA 1C1BA 4CF2A 4Q0BA 2IOCA 1WSEA 3ZSQA 4YNQA 4CJTA 4MFBA 4CEBA 3I8DA 5I42A 2HMIA 1RCHA 1JLEA 3AVCA 4C8KA 1RT2A 2B6AA 5HP1A 4E0DA 4FW1A 4AHUA 2BANA 4XIUA 4BWMA 2X6SA 3ZT1A 1CXUA 1C1CA 1EP4A 3I0SA 4EP5A 3ULDA 3PO5A 4BDYA 1S6PA 2OPPA 3ZSYA 4CEQA 5HROA 3AO4A 4FJIA 3VQ9A 3AO1A 4M3ZA 3ZT0A 4CHPA 4BE2A 3SYZA 1BQNA 1HYZA 3NGIA 1BQMA 2VG6A 2BDPA 1S9GA 2BE2A 4FLUA 2P5OA 5CYQA 3NFAA 3TAPA 1SV5A 4AHSA 3IAYA 1VSKA 1WLJA 2VWJA 4B9MA 4K8XA 3D45A 1B9DA 1KVBA 4DU3A 4KI6A 4IFYA 4JLHA 4FJHA 2QK9A 4CJ3A 1L3UA 1NKCA 4L8RB 2IC3A 3NCIA 5J2PA 4OLBA 1ASWA 3ASMA 3NGZA 1TK0A 3DMJA 4ELUA 2IS3A 3V81A 4KHUA 1D9DA 4M3WA 3M8QA 4E7JA 1NK5A 3VQ5A 3HT3A 3QESA 1U04A 1TK5A 2KTQA 1I3AA 2KQ2A 3V1QA 3RMCA 1IO2A 2HB5A 2OPRA 3JYTA 4CJSA 4B8CA 4DTPA 4HCCA 3V9SA 3BDPA 1LWFA 1VSFA 2DFEA 3LPUA 3VQ6A 3OYNA 1NK0A 4KHNA 1D5AA 1ZBFA 4HHTA 3QNNA 3L2VA 1CZ9A 3M8PA 3WNGA 3OS2A 4DTUA 3NAEA 1L3VA 4J2BA 4DTXA 2IGIA 4M3TA 3HP6A 2QKKA 3CM6A 3RMAA 1RT4A 4J2AA 4E7KA 5CY4A 3QEWA 5HLFA 3C94A 1VK0A 3AVJA 2B4JA 1GOBA 1QS4A 4M41A 4CFAA 2RN2A 3ITHA 1A5VA 4CFCA 2HW3A 1TL3A 2Z1JA 5HRRA 3NHGA 2P51A 1HRHA 2HHVA 4PWDA 4DMNA 1LWCA 4CFBA 3G10A 4N5SA 3OYFA 2E6LA 3CQ8A 3SZ2A 5KGWA 4CIFA 4RW7A 4FXDA 3OYEA 2HHUA 1TKZA 2X78A 1SKWA 4M3RA 1UWBA 3L8BA 1JLQA 2PYJA 4CEDA 4CJRA 3NF9A 3RRHA 4CIEA 5HRNA 5J2NA 3HPOA 1SL1A 3VN5A 5HRSA 5CYMA 3KLHA 1NJYA 2G8UA 3AVIA 5HRPA 3TANA 3PV8A 4FK0A 4EP4A 3SQ1A 4OPJA 3QERA 3TARA 1JLBA 3AVGA 1WAJA 3LWMA 4CFDA 1U49A 1WSJA 3HVTA 1HNIA 3QNOA 4O0JA 3CM5A 3CFOA 3CYMA 4ID1A 1R0AA 1Q8IA 4JS4A 4FLTA 1NOYA 4DG1A 3DI6A 5J1EA 4J2EA 4CF9A 1RNHA 4KV8A 4W5OA 1B92A 1BI4A 1DLOA 3LWLA 1KVAA 5J2QA 3DLKA 5FDLA 3TAQA 4C8MA 2F8SA 3SV3A 2X6NA 1HQUA 4NYNA 2E4LA 3EY1A 4CF1A 1T03A 4YFUA 4DLGA 4KHSA 1VSJA 3SQ2A 3L2RA 2WONA 1G15A 3HPGA 1S1WA 3WNFA 3K57A 1WSFA 3LAMA 3LANA 3PX6A 4M45A 4JS5A 4E7IA 1S5JA 1NJXA 3HK2A 1GOAA 4JRPA 4O0IA 1RT5A 4FW2A 3QEIA 3PY8A 1EXQA 4PA1A 4C8NA 3NF7A 4BDPA 4Z4GA 1SL2A 1KTQA 4E1NA 4CHNA 5KGXA 1TK8A 3DRPA 4KHQA 4N47A 1DTQA 1C0MA 2HNYA 4E7HA 4AILC 4CJEA 4R5PA 2G8FA 3QEPA 4F2SA 1S1TA 1ASVA 4O5BA 3AO2A 4F8RA 2VWKA 4CF0A 4DWIA 3T3FA 3SUOA 2KZZA 2EX3A 3KLFA 1Z26A 4CJLA 1RBSA 1NK8A 3KLGA 2GV9A 2OPSA 4DF4A 2DFHA 3VQCA 3CFPA 4LSNA 3KD1E 1O1WA 3KJVA 1KSPA 1RDDA 1WAFA 3ALYA 3H08A 4CJVA 2HVIA 3SUNA 1XHZA 3KKSA 4O55A 4RW9A 2O4IA 2PY5A 4WE1A 2G8IA 2OZMA 2PYLA 3C6UA 3OS0A 3U6FA 4HUEA 4H4OA 4RW4A 1F21A 3K59A 1T8EA 4OJRA 4DLEA 1QE1A 1S1XA 2YKMA 2OA8A 1KCFA 2F96A 2D5RA 1J53A 1HYSA 4DQSA 3VQBA 4FK4A 3NH2A 1KLMA 4W5RA 4FJNA 4ELVA 2G8HA 4AHCA 3SUPA 1VSEA 2YHBA 3MEDA 4CGDA 3EZ5A 1RT3A 1GOCA 1LWEA 1WNSA 3PUFA 1ASUA 3MXMA 3RR8A 3U3YA 1SL0A 4QCLA 5FROA 4DSKA 3AVHA 4CESA 4H8KA 3OJSA 3HL8A 2RF2A 4DTRA 3B6PA 1X9SA 2IDOA 2Z1HA 1J5OA 3IS9A 4CE9A 3OVNA 1KLNA 3SCXA 4I9QA 3SUQA 4FJ7A 1U48A 5DK5A 4LH4A 2RKIA 1JLAA 4DFKA 3AA5X 3NF6A 1TKTA 4GMJB 2P1JA 4CGJA 3PX0A 3TAEA 2HHXA 1VSDA 4DQPA 4QOZB 1UA1A 3THVA 2YV0X 3VQEA 5SZTA 1NK7A 4CCHA 4BE1A 1TV6A 2X74A 3IRXA 4B9TA 1S9EA 4CJKA 1BCOA 3LAKA 4OPKA 4CJUA 2ATQA 3B6OA 5C25A 1XHXA 1IKWA 2QXFA 5DMRA 2D0AA 1XI1A 4CERA 3PX4A 3WNEA 2KFNA 2ZQBA 1QTMA 4DS5A 4ZTFA 1YVUA 4PQUA 1X1PA 4KTWA 3OY9A 3VA0A 3RMBA 3AA4A 3KK1A 3RTVA 1L3SA 1Q9XA 4FJJA 1VSHA 4FLXA 1S6QA 4DSIA 4FZXC 2P5GA 4I2QA 2FC0A 1U47A 3KLEA 1NKBA 3DRRA 1YTAA 4FLYA 3F73A 3DRSA 4E19A 4E7LA 3VQQA 3DLBA 4HTUA 4DSEA 5K14A 1JL2A 4F3TA 4KREA 3VQ7A 4FYDA 1YT3A 1RBVA 1RBUA 2XY8A 1D9FA 5FRNA 5SWMA 3QINA 4CEOA 4FJ9A 2DTUA 1X9MA 1A5WA 1JXBA 1C0UA 2G8WA 4FLWA 2HHQA 4CHQA 1WSHA 4N76A 1IKXA 4LSLA 3SQ0A 1L5UA 5J2MA 1S1UA 2G8VA 4CHZA 3IG1A 4CJ5A 3CFRA 3L2QA 1RTHA 4HUFA 1NK9A 2AJQA 1XC9A 3SQ4A 4CECA 1UAXA 1RILA 4DQIA 1UA0A 1QQCA 4DQRA 2OPQA 3HP9A 5FRMA 4NCBA 1FXXA 3QO9A 4IBNA 2G8KA 4AH9A 1HJRA 4W5NA 4DFJA 3P5JA 2VG5A 3NBPA 4NYFA 4CK1A 2OYQA 5JS2A 1TAUA 2Z1IA 4HUGA 3VA3A 3SJJA 2LSNA 4O4GA 1EX4A 2XRIA 3LP0A 4IG3A 2A1SA 3EYZA 4OGEA 1JLGA 3NH0A 3V4IA 3ZCMA 1RT7A 2Z1GA 3LP1A 1SKSA 4KTQA 3DLHA 4TSXA 1QHTA 2ZE2A 3G0ZA 4ZHRA 4ZTJA 3M8SA 3TR8A 1REVA 4FM0A 4DS4A 1VSLA 1TVRA 4J2DA 4DSFA 5CZ2A 3HM9A 4CEFA 2FBYA 4K8ZA 3AVFA 3OYAA 3DLGA 2D0BA 3MEEA 3L3VA 4FJXA 4CEZA 4DF8A 3K2PA 4FVMA 4FM1A 4DTOA 3VQAA 4RG8A 2YNHA 4B9VA 3QETA 1WSGA 1J9AA 4EZ6A 3MXIA 1IH7A 3ZSZA 5KTQA 1BIUA 1BIZA 4KTZA 3V9UA 1TKXA 1C0TA 3C6TA 3TAGA 1T05A 5D3GA 3S9HA 1CLQA 4BWJA 5I3UA 5KRSA 4KAZA 1Z25A 3OYCA 3LZJA 1C6VA 1X9WA 4CK2A 1RDAA 4GVMA 4LY7A 3SI6A 4E1MA 4M42A 3V1RA 1RTIA 1TL1A 2O4GA 4DTNA 3AO5A 4FJ5A 3VQPA 3AVLA 3KK3A 1NK6A 1KFSA 4CK3A 4FM2A 3AA2A 1NK4A 3ZSXA 3ZSWA 3OYHA 2D0CA 3AVNA 4FCYA 4B08A 3V9ZA 3KIOA 1ZBUA 1WN7A 4B9LA 1LAWA 3HO1A 3LDSA 4CJ4A 4KHWA 1NOZA 4BDZA 4B3OA 4AHTA 4Y1CA 3ZT2A 3ZSVA 1KVCA 3F9KA 4B9SA 1HMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KK7A 1BISA 3VQ4A 3AVAA 3QLHA 4CEAA 3T19A 4LFAK 3ZSRA 3OYKA 1NJIO 3KWGA 3BZCA 1KAXA 1ZYQA 3SPYA 3ZX0A 3DOLA 3IUCA 4DTSA 2F8TA 3DLEA 3CJCA 5EXWA 4IOCL 1MWMA 4ISFA 4BR4A 2ZM6K 3CERA 1NLVA 3QIPA 4A59A 1VSMA 1IKYA 3THYB 3VESA 3GG4A 1T44A 4B1VA 4KFBA 3I0RA 5AZJB 4H0VB 1BA1A 1Q82O 4Z4EA 2ZD1A 2NZTA 5BPLA 1H1VA 5C15A 3RWUA 5A2QO 5T7BA 4JRQA 3KKRA 4W5TA 3BY5A 1FKOA 1C1AA 4FSVA 3AA3A 3E01A 1NG9A 4OVLA 4FLVA 3M8RA 3EEQA 3CJ7A 3ISNC 4F3OA 4BQLA 2HHTA 1EETA 2HBLA 5F0XA 2CGLA 4RW6A 4KKOA 3L2UA 4PL8A 1HQEA 1LW2A 1BO5O 4KRFA 4OKEA 4BACA 1LAVA 4CIGA 4IKFA 3V9XA 2ZGZA 3CMEN 4FJMA 3K5NA 4OKJA 1FKPA 4XH1A 3MN7A 3PIOL 1TKDA 3CG7A 3TABA 2NRRA 3CXCM 1LV5A 3DM2A 4R79A 3TWHA 3QMLA 2QA4N 4DSJA 3S3OA 1QVFM 3FFKB 3OTOK 4Z4HA 1KRPA 5ELZA 1VQ4N 4GV6A 1BA0A 3JSMA 4BQZA 3OYLA 4CEEA 1SUQA 4MDBA 3K58A 3T69A 4HCBA 1RBRA 3GE1A 3E1YA 1BUPA 1RBTA 4YDUC 4DR2K 1MU2A 3K5LA 4PL7A 1BHLA 3KLIA 2QI2A 2P9LB 3P1GA 1VQPN 4JI1K 4EAHD 4FJ8A 2GTDA 1JLFA 1W97L 4B9NA 4BRFA 3QB0A 5EOYA 4N56A 1TUUA 3IMXA 4CJFA 2XHBA 1BGXT 4GKJK 3H3OB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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