4JLHA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase catalytic core domain
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 45
structure length 138
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jlhA00
1VSEA 4C8LA 3ALYA 4DQQA 2JLEA 1VRTA 3PX6A 5I42A 4Q0BA 3MECA 2KFNA 2A1SA 3LAMA 4FW2A 1LWFA 4NYFA 3OS1A 4FLUA 4DFMA 5I3UA 2Q3SA 5HRRA 3LP2A 3KLIA 4KPYA 3ZSOA 3LP0A 4BE2A 1JKHA 3M8QA 5KGWA 2VWJA 3T3FA 3MEGA 4KHUA 4M3ZA 1B9FA 3NH1A 4FXDA 2B6AA 2X78A 1NK8A 4CK1A 1TL1A 1W9HA 1ZBHA 1HNIA 3ZSRA 2F8SA 3C95A 3L2WA 4O44A 3KK3A 1C1BA 5EU7A 3AVGA 2IOCA 4CEZA 4F3TA 1RTDA 3PY8A 1TL3A 4RW4A 3O3FA 2ETJA 3D45A 3IS9A 4H4OA 3HYFA 4O4GA 3MAQA 3ZSWA 4OLBA 1TAUA 2IC3A 4DLGA 4HTUA 3DRSA 3TAQA 4FM0A 1T03A 1ASVA 4E7JA 4CJEA 4N5SA 3QIPA 4NCAA 4CEEA 1VSHA 2BANA 2BGGA 5HLFA 1VSKA 1U04A 4HVJA 4CFBA 1BI4A 2YKNA 4JLHA 5CZ1A 2HHWA 4CJRA 2OYQA 4CEFA 3PV8A 1NOYA 4C8MA 5J2NA 4EZ9A 1CZBA 3DLEA 1NK0A 2VG7A 3HO1A 4FJGA 2VG6A 3HPOA 1JL1A 1S1VA 3OYFA 3CM5A 1U48A 1LV5A 3RR7A 2E6LA 3C6TA 3V9WA 1YTUA 1NK6A 3PUFA 3WNEA 1GOBA 4DU3A 4FJ5A 2OPPA 2Z1JA 2YNHA 4CFDA 4E3SA 5HBMA 4QOZB 4BDZA 1L3VA 1G15A 3VQDA 4CHOA 1R0AA 3TABA 1U45A 1ZBIA 2PYJA 3OYJA 1L3TA 3NF7A 3CFPA 3T1AA 4IG3A 1RCHA 2HHQA 3SPYA 4E1MA 1IH7A 2XRIA 1NKEA 2HVIA 3TARA 4B9VA 2G8FA 3QEIA 3KLGA 1KCFA 2IDOA 1S1WA 4G1QA 1X9WA 5SWMA 4K8ZA 1CLQA 1WSHA 3VN5A 3SUQA 4K8XA 4NCGA 3AA5X 2G8WA 4FJ8A 4LSNA 1HYVA 5CZ2A 4KFBA 3C94A 5KRSA 4E0DA 1NK4A 4IBNA 1CZ9A 4CF9A 4FM1A 4CCHA 3HP6A 1VSLA 1RILA 3AA3A 3OYMA 4I2PA 4Q5VA 2ZE2A 4FLYA 1RT2A 4DTOA 1QSSA 2PYLA 3NGZA 1ASUA 2WOMA 1KLNA 1HYSA 1S5JA 3L2QA 1IKVA 1GOAA 1RBSA 3KD1E 3VQAA 3HPGA 2RN2A 1BQNA 2FBTA 3L8BA 1B9DA 3AV9A 4CEAA 1C6VA 4LD0A 3DLHA 3WNGA 3K5LA 1JXBA 1U49A 1IKWA 2G8VA 3KTQA 4CJWA 4ELUA 3U3YA 1HQEA 1HPZA 1ITGA 1ZBFA 4Y1DA 3SQ1A 4Z4IA 1HMVA 3NCIA 1DTTA 2KTQA 3DLBA 4B8AB 4RW6A 3V9UA 4CFAA 1LW2A 1KFSA 5J1EA 3RRHA 3DLRA 4H4MA 4HCCA 1KLMA 3HVTA 3HK2A 3SI6A 2IS3A 1JLEA 3ITHA 4CGHA 3OYNA 3T19A 2XO7A 4F2SA 3OS0A 4CGGA 1JL2A 2GBZA 2A1RA 4FK2A 2KFZA 3KLFA 1WNSA 1RDCA 3RR8A 2HHXA 4PQUA 2D5RA 1YTAA 1S1XA 4I2QA 4CK2A 4E7HA 4KHQA 1WSEA 1A5XA 1VRUA 1NK7A 1L3UA 4KO0A 3RWUA 3SQ0A 3MXMA 1X9MA 4B3OA 3SCXA 4CEOA 1Z26A 4N41A 3IG1A 4KTQA 3LANA 1N5YA 4FVMA 2VG5A 4CF1A 2BE2A 4W5QA 4DU1A 4LY7A 4CJLA 1QE1A 2LSNA 4BE1A 4CHYA 1U47A 2ZD1A 3TWHA 4KB0A 4FJXA 2DFEA 4N76A 3NDKA 3CFOA 4E19A 3OYLA 3DM2A 4CJTA 1J53A 1IKXA 3OYAA 3OYEA 4FLTA 2XY6A 4FJHA 4BWMA 1HNVA 2XY8A 3K5OA 3NF8A 3L2RA 3S3NA 3VQ6A 4QCLA 4CGDA 1T05A 4M3UA 5T7BA 3QINA 5C42A 4JRQA 4JRPA 1RT7A 4PA1A 3AVJA 3VQCA 2ITGA 1X1PA 3SPZA 3V1QA 3NH0A 3ZT1A 4DTPA 4OKKA 3QESA 4AHTA 4J2BA 2FBVA 2ATQA 3DRPA 1S9EA 3LWMA 4CERA 3HM9A 4DS4A 3QNNA 2X74A 5J2MA 4B08A 4CHPA 4DU4A 2OA8A 3AVNA 3RMBA 2GUIA 4LH4A 2RF2A 5DK5A 5SZTA 4NYNA 4CIEA 1RDAA 4CGJA 3VA3A 1GOCA 4N47A 4FJJA 1LAWA 2O4IA 4EP4A 4YFUA 3PX4A 4DTJA 1JLCA 3L2VA 3L3VA 1A5VA 3ZSXA 3ZT2A 4OGEA 4CJPA 1JXEA 3NGYA 4PUOA 2KQ2A 2F96A 3S9HA 3AVLA 4KRFA 1RTIA 5CY4A 4DMNA 3KK2A 4FZZA 1NKBA 4Z4EA 4I7FA 4ID5A 1TKDA 4KAZA 4UQGA 3ASMA 1D5AA 3AVIA 3HL8A 3V9XA 1BIZA 4DTMA 4OPJA 4DS5A 1QTMA 4HCBA 2Y1JA 4FJKA 1KVCA 1VSIA 4MFBA 1SL1A 3SV3A 2EHGA 3KD5E 4FJ7A 2I5JA 2W42A 3OYBA 4B9SA 3K59A 2HW3A 4CESA 3RMDA 4ZHRA 1NJZA 4DF8A 1SL2A 1KVBA 3U6FA 3H08A 2HMIA 3U3GA 2X6SA 3V6DA 1BISA 2OPRA 3DOKA 2ZQBA 4CJ5A 4E7KA 1XHZA 4FZXC 4KB1A 2F8TA 3LPTA 3CYMA 4L8RB 4DG1A 1REVA 4CJVA 4W5TA 3NAEA 4H8KA 4DTUA 3EZ5A 3ZSQA 4MQ3A 3KK1A 1DTQA 3TAEA 3TI0A 1ZBUA 3SQ2A 3RMAA 4FZYA 4IG0A 4TSXA 3LP3A 3QEVA 4Z4FA 2XHBA 1IG9A 2YV0X 5JS1A 1KRPA 4O5BA 3OS2A 1BQMA 4CIFA 4DQPA 1C1CA 3PO5A 3OYHA 1TKTA 3OYCA 1UAXA 4M3WA 1LWEA 5DMRA 4KHYA 3EY1A 1VSMA 2B5JA 1EKEA 3LP1A 4CE9A 4CGFA 4C8NA 1D9DA 1BCOA 4GVMA 5HRSA 3NFAA 1VSDA 4FLWA 1J54A 1C0UA 3G10A 3ZCMA 3PX0A 3SUPA 1KFDA 2FBXA 5CYMA 1LWCA 4DQSA 1IO2A 3QEXA 4KREA 3SZ2A 3AO4A 3K2PA 4F2RA 4ID1A 4IFVA 1UA1A 1CXUA 2E6MA 4OVLA 4CJ4A 3VA0A 4DQIA 4CHZA 5CYQA 1XWLA 1Z25A 3I0SA 3ZT3A 4HUFA 4FCYA 2QKKA 1RDBA 1WLJA 2HNYA 1EETA 3THVA 4B9MA 3NF6A 3V81A 3SQ4A 3QO9A 1WSGA 2Z1GA 4LH5A 3LWLA 5J2PA 1XC9A 2DTUA 4DSJA 3O4NA 3V1OA 3KLHA 1J9AA 2HB5A 4AHVA 1LW0A 3NGIA 1KSPA 3O3HA 3VQ4A 2B4JA 4CHQA 4J2EA 4FLZA 3KJVA 4KHNA 1T7PA 2HHTA 4Z4HA 4O55A 3B6PA 5HP1A 1WAFA 3QNOA 2YNIA 4DSIA 3BGRA 4HUGA 1BL3A 1QHTA 1NJYA 3AA4A 3V9SA 4BDPA 1S6QA 2P51A 3V4IA 1J5OA 1BGXT 3OYGA 3TAFA 3LPUA 3LZJA 2PZSA 2P5GA 4KTZA 4CF8A 2P5OA 1BIUA 4M3RA 1WSIA 3VQ9A 3P5JA 3VQQA 1TK0A 3UIQA 3AVHA 1RBTA 1WAJA 1I39A 4RW9A 1I3AA 1B92A 1DLOA 2E4LA 1JLBA 5HRNA 2XY7A 4I9LA 4EP5A 1QSYA 1RTHA 1TV6A 3NE6A 3A2FA 1SKSA 2G8IA 3MXIA 1BCMA 4CJKA 4FM2A 3SYZA 1TAQA 5FROA 4YNQA 4FJLA 5J2QA 5HROA 3TANA 3OJSA 1ASWA 3F73A 4JS5A 1WSFA 2VWKA 2YNGA 4AHSA 3F9KA 1FKOA 1KTQA 1T8EA 4FK4A 1YVUA 1FKPA 4FK0A 3QEPA 3CFRA 2JGUA 4M41A 1SV5A 4DSKA 4DLEA 4N56A 4ELVA 2Z1HA 4R5PA 4FJIA 4F8RA 1D8YA 3QLHA 4O0JA 3QETA 1BHLA 1S6PA 3CQ8A 1HYZA 4CF0A 3WNHA 3O3GA 4FJ9A 1NK9A 3IAYA 1HRHA 4KI6A 3OYKA 2D0BA 1YT3A 1QS4A 3TAPA 1BI4B 4GW6A 1XI1A 5KGXA 4OKJA 3DYAA 1C0MA 3OYDA 4B9TA 3AO1A 3K57A 4OJRA 5HRPA 3K5MA 1RT4A 1WSJA 1RBUA 3HJFA 2RKIA 1NJWA 3RRGA 3FFIA 2P1JA 4J2DA 4XIUA 1RT5A 5K14A 2GV9A 3LAKA 4CJFA 3AVCA 2QKBA 4CEDA 3JSMA 3AVAA 4HHTA 2FC0A 3HT3A 4IKFA 4E7IA 3NBPA 1RTJA 3OJUA 2PY5A 1RNHA 5FDLA 3HSTB 2HHUA 2Y1IA 1TKXA 4DTSA 4DQRA 3K58A 3DOLA 3LALA 1JLAA 2DY4A 1UOCA 1TK8A 4ZTFA 3ZSZA 3QEWA 3VQ7A 3QERA 4QAGA 4W5RA 4AILC 4FLVA 4PWDA 3DI6A 4B9UA 3OVNA 1X9SA 3NHGA 3TAGA 3HVRA 4IDKA 3S3OA 5JS2A 3CM6A 5FRMA 1TGOA 3HPHA 1UWBA 1QQCA 5KRTA 3V9ZA 3RMCA 4AH9A 4CJUA 4AHUA 2O4GA 3SNNA 4JS4A 1RBRA 2FBYA 3AO2A 3E01A 4IFYA 1W0HA 4FW1A 4F3OA 3AA2A 3P1GA 3IRXA 3M8RA 4DTRA 4M3TA 3ZSVA 1D9FA 4KI4A 3C6UA 4CIGA 3MXJA 1NKCA 3AO5A 1IKYA 1EP4A 3ZSYA 1RBVA 3M8PA 4OPKA 3G0ZA 4FLXA 1TVRA 2QXFA 1EX4A 3I0RA 2DFHA 3B6OA 4DFPA 3KKSA 4FJMA 2G8HA 4M3XA 4AHRA 1NOZA 3HXMA 4BWJA 4B8CA 2OZMA 4DWIA 4AHCA 2R7YA 3AVFA 3AVBA 1F21A 3CG7A 4KKOA 4O0IA 4I9QA 4RW7A 1XHXA 4ICLA 4OKEA 4DFJA 1NJXA 4KV8A 2XY5A 1Q8IA 1S1TA 2KZZA 1O1WA 1VSFA 4FJNA 4CHNA 1U4BA 1SKWA 4KHWA 3MEEA 3AVMA 1TK5A 3SV4A 1UA0A 1NK5A 3DLGA 2YKMA 4FYDA 4J2AA 4Z0UA 3AVKA 4CJSA 2D0CA 4HUEA 4DTXA 2RPIA 1LAVA 2G8KA 3VQEA 3OYIA 4RG8A 4CEQA 2OPQA 2YHAA 5C24A 4BDYA 2NUBA 2OZSA 2OPSA 1EXQA 3TAMA 3SJJA 4KTWA 2KZMA 4CGIA 3AO3A 5C25A 1HQUA 4W5OA 4KHSA 1ZYQA 4CFCA 3ISNC 2D0AA 4Y1CA 2BDPA 3D0PA 4ZTJA 4EZ6A 3KKRA 1HJRA 1S1UA 3TR8A 3LZIA 4PY5A 1QSLA 1S9GA 2HVHA 1KVAA 2YHBA 4E89A 4DSEA 3SUOA 2G8UA 3DRRA 3KIOA 4M42A 1SKRA 4C8OA 3S3MA 2HHSA 5E41A 3KLEA 4B9NA 1VSJA 5FRNA 1MU2A 3LDSA 3OY9A 1K6YA 1C1AA 5KTQA 4BACA 3BDPA 2HNDA 4CJQA 4DFKA 1SUQA 1Q9XA 2QK9A 1JLQA 1ZBLA 3NF9A 3P83D 3EYZA 3SUNA 1A5WA 1FK9A 3MEDA 3ULDA 1RT3A 4WE1A 2AJQA 1JLGA 1FXXA 4DF4A 4CECA 4DSFA 4NCBA 2IGIA 4BE0A 1Q9YA 1JLFA 5D3GA 1C0TA 3M8SA 3L2UA 3L3UA 4M45A 3VQ5A 3ZT4A 2WONA 4B9LA 3VQ8A 1VK0A 1TKZA 2HHVA 3VQBA 2EX3A 4DTNA 5KI6A 2YNFA 4Z4GA 3WNFA 1Y97A 1WN7A 2DFFA 1RDDA 4OGCA 4GMJB 2HNZA 3DLKA 3V1RA 4CEBA 4CF2A 1L3SA 1N6QA 2X6NA 3ZT0A 4CJ3A 4E7LA 4RW8A 4F4KA 3RTVA 4M3YA 3JYTA 2Z1IA 3DMJA 4Z4CA 3I8DA 4C8KA 3VQPA 3QIOA 1L5UA 1SL0A 4ELTA 2IAJA 2KW4A 4DSLA 4E1NA 4OLAA 4CK3A 3K5NA 1CXQA 3NH2A 3PO4A 4W5NA 3HP9A 1RT1A 3O4QA 4LSLA 1RT6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSEA 3ALYA 4DQQA 4FVUA 4NLBA 3MECA 3LAMA 1LWFA 4NYFA 4A5BA 5LMNK 4KPYA 3ZSOA 4BE2A 3NH1A 3GBTA 2X78A 3J80O 1NK8A 1SS6A 2YHXA 1C1BA 3O8MA 4RWTA 4CEZA 1NGIA 4CZJA 4YY3K 2JWKA 1TL3A 3R6MA 3D45A 3HYFA 4OLBA 2IC3A 3GOIA 4ILGB 4YORA 1BA1A 4F9OA 1ASVA 3PIOL 1ATRA 4ISGA 4NCAA 1VSHA 3LDNA 4DV7K 3JS6A 4HVJA 2HHWA 1NOYA 3LDQA 3FZHA 3P31A 5AQPA 3DLEA 1NK0A 2VG7A 3SBTA 4XH5A 3HPOA 3C6TA 1XMQK 3V9WA 2BUPA 3DJCA 3WNEA 4DU3A 2Q2RA 1NGBA 2OPPA 4E3SA 4QOZB 4YHHK 2QWQA 3VQDA 4CHOA 4BG8A 3OYJA 1L3TA 2VQFK 2XRIA 2O8FB 4B9VA 3O9UA 2G8FA 2GEMA 4CZIA 5SWMA 1WSHA 3VN5A 1YUWA 3AA5X 4H0XB 2G8WA 4FJ8A 5CZ2A 4KFBA 4WQ4C 3R3LA 5KRSA 2QA4N 4E0DA 4IBNA 4FM1A 4CCHA 4OX9K 4K25A 2F4VK 1RBSA 3CJCA 3WXLA 1S22A 4BGBA 2V7ZA 3H1VX 1U49A 4MO4A 1GLLO 2GELA 2GWKA 2RE2A 1ZBFA 5FPDA 1HMVA 2QWRA 4CFAA 5GAHP 4H4MA 4JI3K 3HK2A 3OYNA 4F2SA 4CGGA 2GBZA 4FL9A 2JWLA 1WNSA 5AZIB 3THXB 4PQUA 4R79A 1S1XA 4K43A 2QXLA 1A5XA 1NK7A 1L3UA 3RWUA 2NRVA 2W40A 4WCEL 3CIPA 3IG1A 5DM6L 2E1YA 3DXMA 4EFHA 3F2KA 4ISFA 2A42A 4WQ5C 3CFOA 3OYAA 1OKJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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