4JLHA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Integrase catalytic core domain
total genus 45
structure length 138
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jlhA00
2F96A 3PX6A 1A5VA 1QE1A 3RMDA 4DMNA 3SUQA 4B9UA 3ITHA 3OYCA 2G8KA 3SUOA 1BIZA 4CJPA 2OZMA 3AO2A 4OPJA 3PUFA 4NCAA 4W5OA 3UIQA 3DLGA 3O3HA 5KRSA 1SV5A 5KTQA 1NJZA 1G15A 3NF9A 4C8NA 1ZBLA 3HVTA 1EX4A 4LH5A 4FLXA 4HCCA 2F8SA 1TV6A 1Z25A 4CFBA 1C6VA 2RKIA 4HVJA 1RCHA 4FZXC 4R5PA 4CJ4A 2VWJA 1NK8A 3QIOA 5HRSA 1JXBA 4I2QA 2IS3A 4ZHRA 3SYZA 4B8CA 2IOCA 3QO9A 5HRNA 4DTUA 3BGRA 2Z1JA 3CYMA 4ELUA 2KZZA 4G1QA 3AA2A 3K57A 4ID1A 4B9TA 4CEZA 4CHZA 1TK0A 1BISA 1IKVA 2HHWA 4CHPA 4LSNA 3EZ5A 3TAQA 3TWHA 2JLEA 3AO5A 5K14A 2YNGA 3KLGA 2WONA 4DQSA 5DK5A 2KZMA 1HPZA 3O4QA 2XRIA 2E6MA 1BQNA 3VQPA 4CCHA 4QCLA 1NKEA 3EYZA 3ASMA 3IS9A 1RT3A 2QKBA 3U3YA 1EKEA 1IKXA 1LV5A 2HNZA 2QK9A 4E89A 1WSFA 3RMCA 1WSHA 3SV3A 1JLQA 3HSTB 3VQ7A 3T3FA 4DFMA 2GV9A 4CJ5A 3SNNA 4I7FA 3FFIA 2YHAA 4CE9A 1YTAA 4H4OA 4B8AB 4F2RA 5D3GA 3V9WA 1Q8IA 1L5UA 4OVLA 1QHTA 1ZBUA 4BE0A 1SL0A 1TAUA 4RW9A 3F9KA 3PV8A 1FK9A 3ZT2A 1TGOA 1VSJA 1XWLA 3L2QA 1NJYA 4HHTA 1LW2A 4IG0A 4DQQA 2FBXA 1T7PA 5CYQA 3NF7A 4DTSA 1RBUA 3U3GA 4CJFA 3RMAA 4KREA 1S1WA 2G8UA 1GOAA 3K2PA 3QETA 1S1XA 4CIEA 1HQUA 4BDZA 4KI4A 4M3ZA 4OLBA 2HNYA 1NJXA 3RWUA 3L3UA 1VK0A 4RW6A 3VQQA 3QLHA 3QERA 2BGGA 3MXMA 1YVUA 1BI4B 3T1AA 3SCXA 4B9NA 3AO4A 3I0SA 4Z0UA 3DLBA 3TAMA 2G8FA 4CEFA 1UAXA 4AH9A 1A5XA 1XC9A 2B5JA 1U45A 1VSMA 2IC3A 4OKKA 2HHUA 4CHYA 4JLHA 4DS5A 1C0UA 2ETJA 3DOKA 4FJXA 3CM5A 3MEDA 4IG3A 1KVAA 3V81A 1YTUA 2O4IA 4YFUA 4C8KA 1KTQA 1LW0A 2G8HA 4CJTA 4E0DA 2OPRA 4RG8A 1HYZA 1RTDA 1KVBA 5J2NA 3I8DA 4CFDA 3K58A 1LAVA 3V9UA 3SUNA 1SUQA 3KKSA 2Z1IA 4ICLA 1HMVA 4J2EA 4BWMA 4TSXA 2IAJA 3VQ8A 1ASVA 1B9DA 3ZT3A 5FRMA 1HRHA 1SL2A 4B3OA 4DF8A 3KK1A 2YNHA 4E3SA 5KGWA 4DTJA 4KHUA 3OYJA 3KK3A 1CXQA 3F73A 3SQ4A 3S9HA 4C8OA 4Y1CA 2X6NA 4QAGA 3DLHA 3OYEA 3LZJA 1ZBHA 2HHXA 1LWFA 1IKWA 3VQEA 4FM1A 3RR7A 5HRRA 4W5TA 1RDAA 1WNSA 3AVKA 1QTMA 3HPGA 5C25A 4HUGA 1K6YA 1RNHA 1VSHA 4WE1A 3V1OA 2PZSA 4C8LA 1QQCA 3AA3A 3PO4A 3HO1A 2E4LA 3OS1A 2BANA 4CGGA 3SV4A 1FKPA 4AHTA 4DS4A 4PUOA 4OPKA 4DU3A 1QSYA 4GMJB 3L2RA 3V9SA 3OYGA 4ZTJA 1QSLA 4F8RA 4Z4GA 4LD0A 4FLUA 4E1MA 1B92A 4IFYA 1C1BA 2KW4A 2X74A 4F3OA 4FJGA 3AV9A 3OJUA 5KGXA 4CHOA 3LP3A 4CF0A 3IG1A 3AVLA 4CF1A 4I9LA 1U49A 2QKKA 4M3YA 1S9EA 4FLTA 3AVCA 3KD1E 2NUBA 3WNFA 4M3RA 2HNDA 3AA5X 3DRSA 1Y97A 4CIGA 5I42A 1J5OA 4F4KA 3OYAA 4M3WA 3S3MA 1VRTA 3QNNA 3A2FA 4GW6A 4EP4A 1JLEA 4CEQA 3ULDA 3LPTA 3RR8A 1RDCA 1X9WA 2XO7A 1D9FA 4KV8A 3C6TA 3QEIA 4W5NA 1R0AA 1HQEA 4CK2A 3IAYA 3V1QA 4K8XA 1JLCA 3HT3A 3G10A 2GUIA 2PYLA 3MXJA 4H4MA 3B6PA 1C0TA 3ZSRA 1L3TA 4PQUA 3TABA 3H08A 4KB1A 3MEGA 5J2QA 1GOBA 5FDLA 3KKRA 3WNGA 3DMJA 1CZBA 4EZ6A 3OJSA 4ZTFA 1J9AA 4FZYA 3OYNA 1D9DA 1SKRA 1WLJA 3VQAA 4DG1A 4AHRA 4KHYA 2QXFA 3QEWA 1LWCA 4KFBA 3DM2A 1NKBA 3OVNA 3V1RA 4DWIA 3OYIA 4DLEA 4M3XA 4FK2A 1TKTA 4JS4A 3NE6A 1TK8A 3AVFA 3E01A 4F2SA 3QNOA 5J2PA 4CESA 2R7YA 4JRQA 1CXUA 3M8SA 3K5LA 2XHBA 3CFPA 3LWMA 1JKHA 1RTHA 3HYFA 4O44A 4IBNA 1TAQA 1ZBIA 3JYTA 3CQ8A 4FLYA 1BHLA 3SZ2A 3L2UA 1FXXA 2IDOA 2G8WA 1S5JA 1S9GA 3AVHA 2XY5A 4NYFA 4M3TA 4OLAA 3C6UA 4CIFA 5C24A 3ISNC 2XY7A 4CGIA 2E6LA 1S1TA 1TL1A 1ASUA 4AHVA 4EP5A 1XI1A 1U04A 5CY4A 1KSPA 2KFZA 3TAEA 4CJSA 3OYMA 3D0PA 2IGIA 4QOZB 1RTJA 1Q9YA 2AJQA 2YV0X 5HLFA 4B9LA 1HYSA 1RBTA 1WAFA 5EU7A 4KPYA 4OKJA 1C1AA 2D0BA 1BCOA 2I5JA 3ZSWA 4JRPA 4FJ9A 4PA1A 1NK4A 3CFOA 3VN5A 4CEAA 3HP6A 3AVIA 4DLGA 4Z4HA 4ELTA 2RN2A 3ZSQA 3NBPA 2Z1GA 3K5MA 5SWMA 3PX0A 2ITGA 2VWKA 2BE2A 3JSMA 1UWBA 4JS5A 4M42A 3OYDA 5CYMA 1BGXT 4CJVA 3U6FA 1TK5A 3AVBA 3EY1A 1SL1A 4DTXA 2YKMA 4FJMA 3AVGA 4OGCA 3SQ0A 4CJEA 4DQIA 3DOLA 4E7HA 1NK5A 2Q3SA 3SQ2A 3LAKA 4W5RA 3HPOA 1RILA 4IKFA 4L8RB 4FK0A 4KTZA 2EX3A 1BQMA 2X6SA 3KLIA 3LALA 2OPQA 3ZT4A 3OS0A 4O0JA 5DMRA 1NJWA 4LY7A 2FBTA 3OS2A 4O4GA 3K59A 1NOYA 3QEVA 3NCIA 4BACA 3HJFA 1KVCA 4DTPA 4F3TA 1KFSA 1U47A 3VQCA 4B9VA 4KTWA 4CFAA 3MECA 4DSEA 3LP0A 3OY9A 1X9SA 1UOCA 1VSLA 2XY6A 3VQ9A 1BCMA 4FM0A 1S1VA 1T8EA 1I39A 4CF2A 1CZ9A 2A1SA 4KHNA 3SUPA 1N6QA 2RPIA 4FW1A 2DTUA 2JGUA 2G8IA 3D45A 3I0RA 4M41A 5T7BA 1L3UA 3KLHA 1KLNA 1W9HA 1VSDA 1ZBFA 1NK7A 1NK9A 4DTNA 2HB5A 5JS2A 5HRPA 2XY8A 3HPHA 3AO3A 2X78A 3TI0A 1VSKA 4BE1A 3RRHA 4E7LA 1JLBA 4IDKA 1VSFA 4DTOA 3OYBA 2HW3A 4DFPA 2HHTA 1NK6A 4J2AA 1Q9XA 2PY5A 4O55A 2ATQA 3KLFA 2ZQBA 3OYHA 3VA0A 1RT6A 3QEPA 2A1RA 4M3UA 2YNIA 3SJJA 1TKXA 1NKCA 4FJ5A 3V9XA 4O0IA 4FLZA 4CJUA 3O3GA 5C42A 5HROA 3AA4A 1HNIA 1D5AA 4CK3A 2RF2A 2Z1HA 4CJRA 3BDPA 2OYQA 4CGHA 4KHQA 4FJLA 5JS1A 4CF9A 1XHXA 4BE2A 4KRFA 2B6AA 3CM6A 4NYNA 3K5OA 4CHNA 3G0ZA 3VQDA 4CGJA 1TVRA 4KHWA 4N5SA 4DU4A 4CECA 2D0CA 4AILC 1U48A 4CK1A 2HMIA 1BI4A 3HP9A 3VQ4A 4DFJA 3KJVA 2FC0A 1RBVA 5HP1A 2FBVA 1ITGA 1C1CA 3P5JA 2BDPA 1VSIA 1DLOA 1I3AA 3B6OA 4FXDA 1X9MA 2HHSA 3L2VA 4DSFA 4CJKA 4KAZA 3TAGA 4W5QA 5CZ2A 4UQGA 2O4GA 3TAFA 4FM2A 2OPPA 3AO1A 4I2PA 4AHSA 2F8TA 4Q0BA 3TR8A 3DYAA 4BWJA 3KLEA 3HVRA 3LWLA 1UA0A 1KRPA 2HVIA 2YHBA 4ID5A 4HUFA 1KCFA 3PX4A 2KFNA 4KO0A 3AVAA 3NHGA 1RT1A 2VG7A 4E7IA 2YNFA 2LSNA 2PYJA 4N76A 4AHUA 3V9ZA 1B9FA 3NH2A 1YT3A 2ZE2A 4FJ8A 4FJNA 1QS4A 3KTQA 5KRTA 3NGZA 4ELVA 1SKSA 1TKZA 3L8BA 1GOCA 4DQRA 1IO2A 3HXMA 3IRXA 3RTVA 3CG7A 1JLAA 4XIUA 2W42A 3AVMA 2P51A 4MFBA 1VRUA 4DU1A 1Z26A 2P5GA 4KKOA 4CERA 1QSSA 4CEOA 5J1EA 4CGFA 1J53A 1DTTA 3OYLA 3MXIA 5CZ1A 3THVA 4FJHA 4KI6A 1EXQA 4PY5A 1EP4A 2GBZA 4FJKA 1RT2A 4KTQA 1JLGA 3NH0A 3V6DA 3MAQA 3DRRA 4E7JA 4CJLA 2DFFA 4NCGA 3WNEA 3ALYA 3ZSOA 3C94A 3QIPA 1LWEA 1MU2A 4DSJA 1HJRA 3NGYA 1F21A 2B4JA 1DTQA 1UA1A 3S3NA 1TKDA 3NAEA 2FBYA 3QEXA 1NK0A 4FK4A 4B9MA 4RW4A 4Q5VA 3HL8A 4FLWA 3QINA 5E41A 4E7KA 3KK2A 4Z4EA 2WOMA 1VSEA 4N47A 4HUEA 4AHCA 3NF8A 2HVHA 3S3OA 3DI6A 4CJ3A 4EZ9A 3VQ6A 1JLFA 2KQ2A 1W0HA 5FRNA 4FW2A 4CEDA 4E19A 4CEEA 4DSIA 3VQ5A 3VA3A 3NDKA 3L3VA 4IFVA 3DLRA 1JL2A 3WNHA 4Z4IA 1KLMA 5J2MA 3V4IA 3NGIA 3SPYA 1WAJA 4Z4CA 3OYFA 2P5OA 4FJJA 1RT5A 1JL1A 4KHSA 3ZSVA 3KD5E 4J2DA 1T05A 4PWDA 1C0MA 1WN7A 2DFHA 4DSLA 1A5WA 1BL3A 3MEEA 2HHQA 2DY4A 3CFRA 3RRGA 4B9SA 3NF6A 2YKNA 3DRPA 3NFAA 3NH1A 1S6PA 3RMBA 4I9QA 4KB0A 4Y1DA 2EHGA 4B08A 3AVNA 4DFKA 3TARA 1IG9A 4FZZA 3K5NA 3LZIA 1L3VA 1RT7A 2Y1IA 1IKYA 1RBRA 5KI6A 1X1PA 2D5RA 1RTIA 4OJRA 2D0AA 3O3FA 3M8RA 4FYDA 3ZSXA 4CF8A 3HM9A 4FJ7A 3ZT0A 1WSGA 3LP2A 1LAWA 4OKEA 4NCBA 4CJQA 3P1GA 4N41A 3O4NA 4FLVA 3M8QA 4FVMA 4LSLA 1XHZA 1ZYQA 4GVMA 1S6QA 4YNQA 3L2WA 1RBSA 3VQBA 3KIOA 2Y1JA 2OZSA 1RT4A 3LAMA 4CFCA 4DF4A 4HTUA 3OYKA 4CEBA 4FCYA 3LPUA 3P83D 3ZT1A 2OPSA 1WSJA 4DTRA 1L3SA 1S1UA 4E1NA 1IH7A 3SI6A 2G8VA 4RW8A 3SQ1A 3DLEA 1N5YA 1T03A 1JXEA 3T19A 1EETA 4BDYA 4BDPA 1TL3A 4FJIA 2P1JA 4C8MA 4J2BA 2KTQA 1RDBA 2ZD1A 4CHQA 5FROA 4LH4A 1WSIA 4Z4FA 1ASWA 3ZSYA 4CGDA 1HNVA 1U4BA 4DTMA 4MQ3A 1NOZA 1CLQA 3AVJA 1RDDA 4H8KA 3LDSA 3TANA 4OGEA 5I3UA 1HYVA 3M8PA 1SKWA 3ZSZA 5SZTA 1KFDA 4N56A 4M45A 4RW7A 2VG6A 1D8YA 4HCBA 4K8ZA 3LP1A 4DSKA 1BIUA 3C95A 3DLKA 3SPZA 5HBMA 3PY8A 3HK2A 1REVA 3PO5A 4DQPA 3ZCMA 4CJWA 1O1WA 3QESA 4O5BA 2HHVA 3TAPA 2DFEA 1WSEA 1J54A 3LANA 2OA8A 2VG5A 1FKOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RMDA 4B9UA 3OYCA 3CMAN 1VQKN 5EY4A 4X64K 3DLGA 1V4SA 3UE5A 1G15A 2V7ZA 1EX4A 4LH5A 5GAHP 4KHPK 2F8SA 2F9WA 4EIAA 1Z25A 3E9OA 1TUUA 2RKIA 2VWJA 2A5XA 4ELUA 2KZZA 3J8AA 1YIJN 3ZEUA 1TK0A 2HHWA 4LSNA 4YY3K 3AO5A 2WONA 1ATRA 3O4QA 4QCLA 2QKBA 3MN6A 1EKEA 3RVCA 2QK9A 3RMCA 3SV3A 4AQYK 3N4QA 3FFIA 4I7FA 1YTAA 4B8AB 2E1ZA 4EHTA 4BE0A 5AQZA 3F9KA 3PV8A 4BRHA 4HHTA 5CYQA 1QVGM 1RBUA 3OTOK 4OPHA 2NRZA 1S1WA 2G8UA 1BDGA 3FR0A 1S1XA 3W3DA 4BDZA 1NGBA 4RCHA 3LDPA 2HNYA 3VQQA 3QLHA 4DV3K 2BGGA 4B9NA 3AO4A 2F7TA 4MO5A 3C7NB 3DLBA 2G8FA 3DXKB 4AH9A 1T44A 4JLHA 5B8HA 1JCEA 3VTIA 3MEDA 3V81A 4E0DA 1KTQA 1LW0A 3I8DA 4B1UB 1W7AA 4ICLA 4LF4K 3NVMA 4JI5K 3VQ8A 3FLCO 5FRMA 1SL2A 1NGHA 4CZGA 4GKKK 4E3SA 5KGWA 4JI4K 3SQ4A 3GL1A 3O9RA 3AVKA 2HBMA 2P9LB 5C2DA 1RNHA 1JCFA 3CMEN 4WQ5A 2F9TA 5C0YA 3OS1A 4AHTA 5JMVA 5C15A 1VHXA 1NGAA 4QS8A 2ZM6K 2KW4A 5BN9A 3CCUN 4FJGA 3AV9A 5KGXA 4PL8A 3AVLA 4CJ7A 1U49A 2QKKA 1EWQA 4O8KA 1QHAA 5BR9A 2HNDA 3AA5X 5I42A 4H0TB 4LF5K 3OYAA 4MDBA 3RR8A 1D9FA 4IDHA 4KV8A 4WQ5C 1GLJO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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