The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
24
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JAM O; 2UU9 K; 4B3M K; 2F4V K; 1N36 K; 4LFB K; 2UXD K; 4JI2 K; 2UXB K; 1IBM K; 5BR8 K; 4X62 K; 4OX9 K; 5LMN K; 4DR5 K; 4LFC K; 1HNW K; 4NXN K; 4DV7 K; 2VQF K; 4JI0 K; 2UUA K; 4V19 S; 4DV6 K; 1I94 K; 4LF5 K; 4JI3 K; 5FLX O; 4B3T K; 5AJ3 K; 5IWA K; 4JI1 K; 2VQE K; 5A2Q O; 4DV3 K; 1HNX K; 3OTO K; 4LFA K; 4KHP K; 3J81 O; 4JI5 K; 4X65 K; 4GKK K; 5IT9 O; 5LMU K; 2UUC K; 1J5E K; 1N32 K; 1N33 K; 4JI6 K; 4YHH K; 4B3S K; 1FJG K; 4DV2 K; 4JI4 K; 2UXC K; 4DV4 K; 4YY3 K; 4X66 K; 1N34 K; 4JI8 K; 4JV5 K; 1XMO K; 1HR0 K; 1XMQ K; 4X64 K; 4LF9 K; 5LL6 Z; 4K0K K; 4DR3 K; 1IBL K; 3T1H K; 4DV1 K; 4AQY K; 4DR2 K; 1XNQ K; 4LF7 K; 4B3R K; 4LF8 K; 1HNZ K; 4CW7 B; 2ZM6 K; 4JI7 K; 4JYA K; 1XNR K; 4CVN E; 2E5L K; 3J80 O; 2UUB K; 3J7A P; 4DR4 K; 4DUZ K; 4DR1 K; 1IBK K; 4LF4 K; 3T1Y K; 4DR6 K; 4DR7 K; 4DV0 K; 4DUY K; 2HHH K; 4LF6 K; 4DV5 K; 3J7Y P; 4GKJ K; 4NXM K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P9U B; 5J1E A; 3E9P A; 5EY4 A; 2UU9 K; 3UE5 A; 1K9M O; 4IFE A; 1BGX T; 4HCC A; 4FJH A; 3CMA N; 3BF3 A; 5HRR A; 4E1N A; 4CBW A; 3HI0 A; 2HNZ A; 4C8L A; 4ZTF A; 3UKU B; 3C6H A; 4KRE A; 2E4L A; 3RR7 A; 3E9L A; 5J2N A; 1JCF A; 5GIN A; 1YTU A; 4CJS A; 1K8K A; 2EX3 A; 1W9H A; 1ESV A; 3FGU A; 2Q0R A; 3KIO A; 4Z0U A; 3A5N C; 4DLG A; 4ISG A; 4ILJ A; 3MCP A; 4BR7 A; 3PSI A; 4FWM A; 4CFA A; 4Q0B A; 2KQ2 A; 3MWP A; 3TAG A; 4FYD A; 1T44 A; 4HHT A; 1QQO A; 1QE1 A; 5E84 A; 3NF7 A; 3U4L A; 1RTD A; 3PX6 A; 4ISF A; 3L2V A; 1QS4 A; 4NB4 A; 1WB9 A; 4G1Q A; 3BY5 A; 1NK4 A; 4JI8 K; 3OBW A; 2E1Y A; 2X78 A; 2KZM A; 3QO9 A; 3LZJ A; 3NE6 A; 4NO7 A; 2YHB A; 2NRW A; 4UY8 O; 4NCB A; 2QWN A; 1TUU A; 3ATU A; 2HST A; 4BRK A; 1BUP A; 1VQL N; 4XH4 A; 3IFR A; 4DFM A; 4XEI A; 1JLQ A; 3U9D A; 4DFP A; 2WC9 A; 1LAW A; 1UA0 A; 4CJV A; 3AVK A; 1BA1 A; 3HRG A; 1VSJ A; 1RT2 A; 1RT7 A; 4MLE A; 4DQP A; 1KVC A; 2E2O A; 3OYM A; 4BDZ A; 2XY6 A; 5AQO A; 4B08 A; 3GOI A; 1VSK A; 1Q9X A; 1HQE A; 1KLN A; 4AH9 A; 2P5O A; 4DF8 A; 5AQX A; 3IAY A; 1RDD A; 4I2Q A; 5AZJ B; 3V9W A; 1J53 A; 1K73 O; 5FRO A; 3AVF A; 5LJW A; 1JXB A; 2O8E A; 4JKB A; 4I6M B; 1QZ5 A; 4JI2 K; 3SAF A; 4H0O A; 3ASM A; 4XH1 A; 4E7H A; 3QET A; 3KLF A; 2P9I A; 4DQR A; 1WSG A; 4OO1 J; 5FPN A; 4BAC A; 4K43 A; 5JS2 A; 3NVK A; 2HMP A; 4V19 S; 4JKG A; 4CFD A; 1C0F A; 3AA2 A; 4LF5 K; 3MN5 A; 1HPM A; 1U04 A; 4KH5 A; 3MN6 A; 1RT1 A; 5I3U A; 3LP1 A; 3WUH A; 5AQQ A; 4AHC A; 4H0V B; 4F2R A; 3M6G A; 3IKM A; 2AJQ A; 3TTF A; 3AAQ A; 4DQ8 A; 2IVP A; 3IS9 A; 4JI5 K; 1IKY A; 2OCE A; 4FLW A; 3AVL A; 3LAN A; 1JKH A; 3HSC A; 1ZBS A; 3P1G A; 3WEE B; 4FL9 A; 4FW1 A; 4K42 A; 2CGL A; 1GOC A; 1M90 O; 3IDH A; 4E19 A; 4DFJ A; 4CD3 A; 1N34 K; 2PYL A; 4JV5 K; 4CZG A; 2RN2 A; 3CD6 N; 2IAJ A; 1SS6 A; 2P9P A; 4CHP A; 4CF9 A; 1HNI A; 1N6Q A; 1H1V A; 1EWQ A; 3MEC A; 4IEE A; 3O1W A; 3TAR A; 4FJJ A; 3DLH A; 4JK9 A; 3EL2 A; 3LP2 A; 1WNS A; 3CFP A; 3WXI A; 4CW7 B; 2PAV A; 3ZT2 A; 1D9D A; 4FLZ A; 2VCP A; 4Z4G A; 5C10 A; 1TKT A; 3TAE A; 3EE9 A; 1VSE A; 3QIP A; 4FOI A; 4CZM A; 5JS1 A; 4JHD A; 3IMX A; 4C23 A; 2CGJ A; 3OYD A; 3NCI A; 3NAE A; 2X6N A; 3CCV N; 4FLX A; 4DUZ K; 1K6Y A; 3K59 A; 4CHO A; 3LM9 A; 3BUZ B; 3PSF A; 2QWM A; 1VQN N; 3KLI A; 4EZ6 A; 4KHU A; 1NJI O; 3O08 A; 5HL7 L; 1NGG A; 3TAQ A; 3UKR A; 3D2F B; 5LY3 A; 4BWM A; 3VTH A; 2JLE A; 3SLC A; 1ZBL A; 4AHR A; 3AA3 A; 3DAW A; 4BDP A; 3NF8 A; 1SV5 A; 3EZ5 A; 3K5L A; 4KRF A; 1VSI A; 4B9N A; 1QQC A; 2P1J A; 4KPY A; 4DR5 K; 4MDA A; 4DV7 K; 2O8F B; 1S1X A; 4WFB L; 2HF3 A; 3AAP A; 4Y1D A; 4B1Y B; 4TSX A; 5I42 A; 3CJA A; 4BRL A; 3Q7C A; 1QQN A; 2O8D B; 1WLJ A; 4BRI A; 1HLU A; 3TAM A; 4FWN A; 4IG3 A; 4FWR A; 1LW2 A; 2D0C A; 4IJA A; 3HOT A; 3J81 O; 4DS5 A; 2O8C A; 3D2E B; 4GV9 A; 2X74 A; 5AQL A; 4DKW A; 3LDN A; 2WBN A; 3MN7 A; 1J5E K; 1N32 K; 5AQW A; 3E1Y A; 2QA4 N; 1VRU A; 4IXC A; 2W42 A; 3HPO A; 4DV4 K; 4AF1 A; 1VAZ A; 2FBY A; 4CJ7 A; 5CYQ A; 4IDH A; 1HQU A; 1HJR A; 3BZC A; 1ZYQ A; 4BRE A; 3KHY A; 2Y1I A; 3KJV A; 2F7T A; 4K0K K; 3ITH A; 3WXJ A; 4F9O A; 2CH5 A; 1VQ9 N; 4LF8 K; 1QHT A; 3TWH A; 3PY8 A; 4CI6 A; 3HP6 A; 1NJX A; 4JYA K; 1ASU A; 3QBW A; 4IOC L; 4I2P A; 3O3G A; 4O5F A; 3J7A P; 1IJJ A; 4H0T B; 4DTR A; 3CCQ N; 3AVA A; 4KHS A; 3T1Y K; 1U4B A; 3J8A A; 2A1S A; 5AQG A; 3VEZ A; 3HO1 A; 1TKD A; 5KRT A; 1HNV A; 2V52 B; 4FZY A; 3THX B; 4CHZ A; 2NRT A; 2P9S A; 3ZT0 A; 3A8Y A; 3MX2 A; 4KHW A; 3FLC O; 4CZJ A; 1TV6 A; 1VSH A; 4LSL A; 5JVH L; 2YHY A; 1N36 K; 3RMB A; 2F4V K; 3KD5 E; 5TKW A; 5BPM A; 3IUC A; 4M7Y A; 4CJ4 A; 5BRE A; 2Q97 A; 4ZHR A; 1S6P A; 1VQM N; 2UUA K; 1OH5 A; 4IOA L; 4EZ9 A; 4B1U B; 2IIR A; 1T6C A; 2E2N A; 5J2P A; 4E3S A; 3M8R A; 1JJ2 M; 4M3W A; 3LL3 A; 4HVJ A; 4DTX A; 4O0I A; 4KHP K; 1TAQ A; 3U9Z A; 5M1O A; 1TYQ B; 1YF5 L; 2E2P A; 2D0O A; 3RWU A; 1C0U A; 3ZX2 A; 3VQP A; 2PY5 A; 2P9L B; 3DYA A; 5C12 A; 2OZM A; 2A42 A; 3V1R A; 3LP0 A; 2YNF A; 1XQS C; 1CZB A; 1VK0 A; 3T69 A; 1RTI A; 4DR3 K; 1SKS A; 1NWK A; 1KC8 O; 3TR8 A; 5C2D A; 3G71 N; 2QXL A; 4BRG A; 3CCL N; 2AA4 A; 2QWR A; 3R1X A; 5DM7 L; 3RRH A; 1SL2 A; 1OH7 A; 2OTJ N; 5I9E B; 4JD2 A; 3LWM A; 3VEY A; 3I0R A; 2A1R A; 4LF4 K; 3LPT A; 2A41 A; 4H03 B; 2ZGY A; 2BH1 A; 5AQZ A; 4CJ5 A; 3LAL A; 5E26 A; 3C7N B; 3CIP A; 3ID6 A; 3P4I A; 4CJW A; 4KTW A; 4DQQ A; 2E6M A; 4ISE A; 4Y0W A; 3R6M A; 4FJX A; 1OH6 A; 4FM2 A; 1UA1 A; 3AVG A; 1EP4 A; 3PLA A; 1LOT B; 3ZET A; 3PV8 A; 2PZS A; 2NRR A; 4FJK A; 3OS0 A; 1RT6 A; 4A59 A; 1RDB A; 4DFK A; 1ZBU A; 4CHQ A; 1OVQ A; 5FRN A; 4FOE A; 1JLG A; 1GLB G; 1KAZ A; 5F0X A; 1BHL A; 2AP1 A; 3RSE A; 1S9E A; 3WQU A; 3CM5 A; 4OKJ A; 4B3T K; 1OH8 A; 2E8A A; 3DMJ A; 4CFB A; 4H5W A; 1UAX A; 5EX5 A; 2HOE A; 5T7B A; 3M8P A; 3N4Q A; 1YVN A; 4NCG A; 2HND A; 1LCU A; 4RW8 A; 3CJ9 A; 1J5O A; 1U49 A; 2FC0 A; 5M1K A; 4B8C A; 3TI0 A; 1SZ2 A; 3H3N O; 4BRA A; 1BA0 A; 4NLC A; 1NKB A; 2YHX A; 1TVR A; 3THY A; 1DEJ A; 3O4W A; 1K8K B; 4CF0 A; 4WCE L; 4LD0 A; 1TAU A; 4FSV A; 3ZSQ A; 4KHY A; 1Q7Y O; 4B1V A; 1IG9 A; 5BN8 A; 4C8O A; 1NK9 A; 3L2U A; 3L2Q A; 4ELU A; 2G8I A; 3VGM A; 1RGI A; 5LJV A; 3T19 A; 1WBD A; 2G8V A; 1B9D A; 1D8Y A; 3U3Y A; 4BE1 A; 2ZM6 K; 2P51 A; 1EWR A; 3KLE A; 3K5M A; 4BVO A; 4AM7 A; 4CZF A; 1KVA A; 3EKU A; 2W41 A; 4M3X A; 2OPQ A; 4PL8 A; 4FJ7 A; 4JLH A; 3EY1 A; 2D0A A; 5AQU A; 3SQ1 A; 3VF2 A; 3DRR A; 1WUA A; 3IG1 A; 5BN9 A; 3T3F A; 3E01 A; 3MN9 A; 1SL0 A; 2ZJP L; 4PKH A; 1BDG A; 1L3S A; 3THW A; 5GAE P; 3MED A; 2E2Q A; 3ZSZ A; 1BIU A; 4FWS A; 3M8Q A; 5CHI A; 1L5U A; 2E6L A; 2P5G A; 2IS3 A; 4FLY A; 1N8R O; 2YHW A; 4IO8 A; 4HWI A; 4ICL A; 2BE2 A; 4NYN A; 1U6Z A; 2LSN A; 2YKM A; 1DT9 A; 3HXM A; 1BI4 A; 4LH4 A; 5AZI A; 1I39 A; 3C0B A; 1JL1 A; 4FVM A; 3L3V A; 2YJF A; 5AQK A; 4CBU A; 5CE3 A; 3A5O C; 5AQR A; 4DQI A; 5CZ2 A; 2Q1N A; 2F8S A; 1CXU A; 1TL1 A; 1WSI A; 3FZK A; 1DTQ A; 4JI1 K; 1LWF A; 3ZCM A; 1NU0 A; 2ITG A; 2YJE A; 3N4P A; 2EWS A; 3HT3 A; 1I3A A; 3KK3 A; 4M3Y A; 3P38 A; 2O8E B; 2ZQB A; 4PUO A; 3LDP A; 2ZF5 O; 1RIL A; 4G9Z A; 3G10 A; 3ZSV A; 4CJU A; 4N76 A; 2P9I B; 4FM1 A; 1VSD A; 3NF9 A; 4E7I A; 1T7P A; 3ENO A; 1FJG K; 4JKG B; 1DGK N; 2FBV A; 4IEI A; 1Y97 A; 1HYV A; 3VQ5 A; 4B3O A; 1QHA A; 2OPR A; 4RW4 A; 3HYF A; 3DLR A; 4F8R A; 3ZT4 A; 3AY9 A; 4CGD A; 5TKY A; 1P90 A; 1YTA A; 4FJ5 A; 4FVU A; 2QM1 A; 3T1H K; 3OYF A; 4DV1 K; 3ULE A; 2OA8 A; 3CC7 N; 3ZLJ A; 3OHR A; 3ZT3 A; 1OVY A; 3R9P A; 3JSM A; 3CC2 N; 1BCM A; 2WUS A; 2BTF A; 4KO0 A; 5BPL A; 1JLE A; 3LWL A; 5BPN A; 3IRX A; 1VQ6 N; 3AAR A; 1XWL A; 3VEW A; 1SKR A; 4YOY A; 2CH6 A; 3L4I A; 4FWQ A; 4CK1 A; 1L3U A; 5KGW A; 4CGI A; 4AM6 A; 5KGX A; 1JCG A; 4CJQ A; 2DPN A; 2P9P B; 1O13 A; 1WOQ A; 4BRN A; 1HUX A; 3TSP A; 4M42 A; 3EYZ A; 1XUP O; 3R3L A; 3K58 A; 3AV9 A; 1RT3 A; 2VGN A; 4CE9 A; 3ZSW A; 2FSJ A; 3V81 A; 5JLF A; 3HK2 A; 3LDL A; 3T1A A; 4YOV A; 5JMV A; 4B9M A; 4JN4 A; 1G99 A; 3ZX3 A; 1DLO A; 3VTI A; 4Y1C A; 4K8X A; 4Z4H A; 3PO4 A; 4JHD B; 3SMS A; 2DY4 A; 3VEX A; 2DFF A; 3V9Z A; 3CYM A; 1KVB A; 4C8N A; 5AR0 A; 3TTC A; 2FLO A; 3CQ8 A; 2GV9 A; 1Q8I A; 5DK5 A; 3UB5 A; 1SQK A; 1YXQ A; 2ATQ A; 3ZSY A; 1S1T A; 4JKE A; 5FLX O; 1ILY A; 4ZTJ A; 4E89 A; 3B8A X; 3E9O A; 3DLG A; 3UKR B; 1YJW N; 2CGK A; 5E41 A; 1Z26 A; 3C94 A; 3WT0 A; 4KTZ A; 4AHS A; 4AHV A; 4KHQ A; 1UOC A; 4B8A B; 4A5A A; 1GLC G; 4KI6 A; 4DS4 A; 3SJJ A; 4BC5 A; 4H5R A; 1YJ9 N; 4W5N A; 2KFN A; 4I9Q A; 4A61 A; 4BRM A; 1TKZ A; 2WFB A; 1QZ6 A; 4LY7 A; 3CI5 A; 5GAH P; 1L3V A; 4DV2 K; 2HBK A; 2UXC K; 5FPD A; 1GLA G; 4X66 K; 4KB1 A; 2UYT A; 3QER A; 1NGB A; 2OAN A; 1ZXO A; 2O8C B; 2KLA A; 1X9J A; 2HBL A; 4EIA A; 1LWC A; 4DR2 K; 1XNQ K; 4JAX A; 4Z4C A; 5HRO A; 4BQL A; 4QS7 A; 1WN7 A; 1T8E A; 4DTS A; 2QXF A; 3L4Q A; 5AQM A; 1MDU B; 4U67 L; 1LV5 A; 4CGH A; 2VWB A; 4JI7 K; 3G0Z A; 4CJK A; 5J2Q A; 3MEG A; 1IKV A; 4LC9 B; 3V6D A; 1XNR K; 4DTJ A; 4CIE A; 1RT5 A; 3VQC A; 1NGD A; 4FK2 A; 1KXP A; 1IG8 A; 2XRI A; 1RBV A; 3VGK A; 1BCO A; 3MCA B; 4DLE A; 2WTU A; 2A5X A; 3SAH A; 4JRP A; 1VRT A; 1U45 A; 5KI6 A; 1VHX A; 4KH6 A; 4PHT X; 2A3Z A; 4HCB A; 4WE1 A; 4CEE A; 3NF6 A; 2HHH K; 3PUF A; 4CJP A; 3CJ7 A; 3THV A; 4FJ9 A; 4A2A A; 4DSF A; 3DLK A; 3ZSR A; 3QEV A; 3DLE A; 2E1Z A; 1VSL A; 3OYC A; 3EO3 A; 4OPA A; 3J7Z O; 3MAQ A; 1S1U A; 1C0T A; 1RBS A; 4BDY A; 4E0D A; 3FZH A; 2ASO A; 1JXE A; 3TAF A; 3PO5 A; 3CER A; 2DFH A; 4OLA A; 1EQY A; 3SYZ A; 4JI0 K; 4M63 C; 3GDQ A; 3CXC M; 1NGJ A; 1ZC6 A; 2P9S B; 5AJ3 K; 3O4Q A; 4B9T A; 2O4I A; 2NRV A; 1TK5 A; 3M8S A; 4EFH A; 4LFA K; 2KTQ A; 3KD1 E; 4AHT A; 3SUQ A; 4GKK K; 1ZBI A; 4F2S A; 2GUI A; 3KWG A; 3TPQ A; 1VQO N; 4GV3 A; 3O6W A; 2FBX A; 3H46 O; 2ITM A; 3WXK A; 3OY9 A; 1T03 A; 1VQ5 N; 3QLH A; 2ASP A; 1RBU A; 5M1Q A; 3OS2 A; 4FWO A; 4Z94 A; 3CCR N; 2ZWH A; 3HM8 A; 2HNY A; 4YOT A; 1J9A A; 4LF9 K; 2Q36 A; 3DOK A; 3O80 A; 1WSF A; 3ID8 A; 4YDU A; 3VPZ A; 4J2B A; 4F3T A; 3EZW A; 4KV8 A; 5ADX A; 4NLB A; 2YI1 A; 3ZX0 A; 2HVI A; 3ULD A; 3GBT A; 4JK8 A; 1SL1 A; 3U3G A; 3H3O B; 3HJF A; 3LPU A; 4DR4 K; 2I7P A; 5GIP A; 3O9T A; 1NMD A; 3RR8 A; 2XY7 A; 4Z4E A; 3SQ4 A; 4CEO A; 5AFU H; 1BO5 O; 1FKO A; 3AGR A; 1V4T A; 2GUP A; 1KFD A; 1Q82 O; 2PBD A; 2OYQ A; 1NJZ A; 4CIG A; 2WOM A; 2QKB A; 2QWO A; 3SPY A; 2VG5 A; 4WF9 L; 4N41 A; 1NK0 A; 4OKK A; 3CFO A; 2Q2R A; 3I56 N; 1LAV A; 4JD2 B; 3PIO L; 2UXD K; 4FLV A; 2UXB K; 1RTH A; 1S1V A; 3CPE A; 4BR5 A; 2B6A A; 4NXN K; 4DQS A; 2P9N A; 4K41 A; 1IV0 A; 3O9Q A; 3OYI A; 1S22 A; 3FZL A; 1QVG M; 3SJH A; 4JI3 K; 2A40 A; 2FSK A; 4O44 A; 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