The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N32 K; 4B3R K; 4JI4 K; 1N36 K; 4CW7 B; 4KHP K; 1IBL K; 4JI6 K; 4LF7 K; 3OTO K; 1HNW K; 4DV2 K; 3T1H K; 1IBM K; 4X66 K; 4NXN K; 4V19 S; 1N33 K; 2F4V K; 4X64 K; 4DV1 K; 4K0K K; 1XMO K; 4B3T K; 4JI1 K; 2UUA K; 4LF4 K; 4LF8 K; 4OX9 K; 4JYA K; 1J5E K; 1XMQ K; 2UXB K; 4LF6 K; 4X62 K; 1N34 K; 2VQF K; 1HR0 K; 4JI8 K; 4YHH K; 1HNX K; 1FJG K; 4B3S K; 3J81 O; 4NXM K; 4YY3 K; 4DV0 K; 5BR8 K; 4DR2 K; 4X65 K; 4GKJ K; 3J7Y P; 4DV6 K; 2UU9 K; 3J7A P; 2HHH K; 4JI2 K; 5LMN K; 4JI0 K; 5IT9 O; 3J80 O; 4CVN E; 5IWA K; 4DR3 K; 4JI5 K; 1XNR K; 4DV3 K; 2E5L K; 4LFC K; 2VQE K; 2UXC K; 4LF9 K; 4DUZ K; 4DV4 K; 4DR6 K; 5LMU K; 4B3M K; 3JAM O; 4GKK K; 2UUC K; 1XNQ K; 4DR5 K; 4DR4 K; 3T1Y K; 4AQY K; 1I94 K; 4DR7 K; 4DUY K; 5FLX O; 4LF5 K; 4JI3 K; 2UXD K; 4LFB K; 4DR1 K; 4DV7 K; 5LL6 Z; 4LFA K; 1IBK K; 4JI7 K; 1HNZ K; 4JV5 K; 5A2Q O; 2ZM6 K; 5AJ3 K; 4DV5 K; 2UUB K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3F5T A; 3HSC A; 2VGN A; 3DLG A; 4DQI A; 4KHW A; 1C6V A; 3CI5 A; 4M3Z A; 3AA3 A; 2KZZ A; 1VK0 A; 2OPR A; 3V1R A; 5GIP A; 4YNQ A; 1SKR A; 4DV2 K; 4K8Z A; 1K73 O; 3EO3 A; 3HM9 A; 2A3Z A; 4X64 K; 4K42 A; 1KRP A; 3O80 A; 4IKF A; 2Q0R A; 5FPE A; 3KK7 A; 2A41 A; 4JK7 A; 3E66 A; 4M3X A; 2DFH A; 4AF1 A; 4JKD A; 3KLG A; 1JLC A; 3DOK A; 3D45 A; 2WUS A; 5C42 A; 5C24 A; 2YNF A; 1KVA A; 1NGG A; 2F9T A; 3QEW A; 4OX9 K; 1L5U A; 3P39 A; 1K9M O; 3ZT3 A; 3M8R A; 2UXB K; 1S22 A; 3NGI A; 2OPQ A; 3UE5 A; 2BE2 A; 3MEC A; 2HHS A; 3SAF A; 4CK3 A; 1KLM A; 1KC8 O; 1BO5 O; 5DK5 A; 3AVJ A; 2CH6 A; 1VQP N; 2FXU A; 3VGK A; 4X65 K; 4JKG A; 1IG8 A; 2CH5 A; 3KLE A; 5KI6 A; 4IJA A; 5GAG P; 4BWJ A; 1ASW A; 1U4B A; 3DLL L; 4CES A; 2E5L K; 2W41 A; 1Q7Y O; 2VQE K; 4R79 A; 3GL1 A; 3HO1 A; 2YHA A; 2BTF A; 3VEO A; 4BRQ A; 1BCM A; 4CZK A; 2FF6 A; 4B3M K; 2D0A A; 5LY3 A; 1S6P A; 2UUC K; 4DR5 K; 1T3V A; 4H0O A; 5HRN A; 1P8Z A; 2CGL A; 4YOR A; 1VAZ A; 1WN7 A; 1CZA N; 4HUE A; 4DF8 A; 2P9S A; 3BZK A; 1RT6 A; 3PSF A; 2Q0U A; 4B9U A; 1IBK K; 3OYM A; 2NRX A; 5K14 A; 3QBX A; 3HYF A; 3AO5 A; 3BZC A; 3RRG A; 1C1A A; 1OKJ A; 4ISF A; 3EE8 A; 2P9L A; 1FXX A; 1JXE A; 1TV6 A; 5I3U A; 2P9K B; 3SI6 A; 1ZBL A; 4GMJ B; 3H3N O; 5KGX A; 3THY B; 4CF8 A; 3SNN A; 3QES A; 3H1V X; 1ITG A; 1Q9X A; 2BAN A; 2F4V K; 4K41 A; 1LW0 A; 1QHA A; 3I33 A; 2IVO A; 3O5B A; 4FJJ A; 2FF3 B; 3AVB A; 1BGX T; 4C23 A; 4FLY A; 4GV9 A; 4BRI A; 1BOT O; 3QFU A; 4H0P A; 3BP8 A; 1E4F T; 4H4M A; 4CJ5 A; 1RT7 A; 3ZCM A; 3R9P A; 1VQK N; 2HMI A; 2HND A; 2HHQ A; 5DM7 L; 5BRF A; 4EHT A; 2XHB A; 1DKG D; 4M63 C; 2W6K A; 3VQC A; 1SKW A; 3WNF A; 1UAX A; 3AAQ A; 1RDC A; 3N4Q A; 1YF5 L; 4J8F A; 1T44 A; 1VSM A; 3AVH A; 1BA1 A; 2P9I A; 3QML A; 3OBW A; 4YOX A; 2O4I A; 5AQW A; 2JWL A; 3A5N C; 3H45 C; 1YJW N; 3QEI A; 4FJ9 A; 4EP4 A; 3G25 A; 1NJX A; 2IDO A; 4FWR A; 4E1J A; 2PY5 A; 1G15 A; 1NGI A; 4NB4 A; 3FZM A; 5AFU A; 5M1Q A; 3SQ1 A; 4BRM A; 4JI0 K; 3PLA A; 2O8F B; 4NO7 A; 1HQU A; 2D0O A; 4LFC K; 1BUP A; 3K9K A; 3O08 A; 1S9E A; 3FZL A; 4HVJ A; 4KTQ A; 2D5R A; 3OJU A; 4A5B A; 5C0Y A; 4IJN A; 3VQE A; 4DR6 K; 4ID5 A; 2VGM A; 3AVA A; 2VG7 A; 1JLE A; 5CY4 A; 3ULE B; 3JAM O; 4YOY A; 2HBM A; 4JS4 A; 1XNQ K; 2D0B A; 3OYA A; 4CEF A; 3WNG A; 3B6P A; 4DSL A; 4FWM A; 1Q81 O; 1KD1 O; 3UKR B; 1U45 A; 4FZY A; 4LY7 A; 1UWB A; 4FW1 A; 2GBZ A; 2F8S A; 1NMN A; 1LWE A; 1JL2 A; 3L2W A; 2KKZ A; 1N8R O; 3NVK A; 4BR9 A; 3QO9 A; 1BQM A; 3RTV A; 1EX4 A; 4JS5 A; 1KSP A; 3WXL A; 1FKO A; 1A5X A; 2ITM A; 4CJQ A; 2HHT A; 2O8C B; 1WBB A; 4KHP K; 4H5W A; 4CBU A; 3ALY A; 3LDN A; 1TGO A; 5AQP A; 3C7N A; 4B08 A; 4JKB A; 4QS7 A; 2WTU A; 1IG9 A; 4MLE A; 4N56 A; 4R5P A; 5EVZ A; 5FPM A; 1VQ5 N; 5FPN A; 1SAZ A; 4ILG B; 3VQQ A; 3QIO A; 4O4G A; 1ZBS A; 3MWP A; 5J1E A; 5KQD A; 1RDU A; 3VQP A; 5FRO A; 3RVC A; 4BRP A; 3NF6 A; 4E1M A; 4IO8 A; 1EET A; 4FWP A; 4E89 A; 2YI1 A; 3HPH A; 3SBG A; 3VET A; 5F2R A; 3THX A; 4L3Q A; 3VEV A; 3THW B; 1XMQ K; 5AQK A; 4CEB A; 1NKC A; 1KFS A; 4JD2 B; 1U04 A; 3CFR A; 4FVM A; 3M8S A; 3EKU A; 4DQQ A; 1T6C A; 1QSL A; 1YT3 A; 5HL7 L; 1WSG A; 1VSJ A; 4C8M A; 3HM8 A; 5BRE A; 4BWM A; 1TVR A; 3NVM A; 3R3L A; 3UKU A; 3VA0 A; 3MN9 A; 1TUU A; 1GLC G; 4GKJ K; 1VRU A; 2EWS A; 4CEC A; 1U49 A; 1N6Q A; 3L2R A; 3SZ2 A; 5AQY A; 1XNR K; 4G1Q A; 4JN4 A; 4FJK A; 3MWT A; 2HVH A; 2YNI A; 4M3T A; 2F9W A; 4A5A A; 4BC5 A; 3DJC A; 4OJR A; 3O1W A; 1S5J A; 1RTH A; 3LM9 A; 3WXK A; 5JMV A; 2G8I A; 1P90 A; 1NGE A; 4LFB K; 5I42 A; 4DV7 K; 1QS4 A; 4DMN A; 4JAX A; 4B1Z A; 1JLQ A; 4YOW A; 3R1X A; 3CJ9 A; 1NGF A; 3AAR A; 1YVN A; 1HNZ K; 2P9P B; 2QTD A; 4CZM A; 1DLO A; 3VF4 A; 4BGA A; 2DFE A; 4JHD B; 5AQT A; 4JI4 K; 3NGZ A; 1E4G T; 1NMD A; 2Q2R A; 4LH4 A; 1KAZ A; 3V1O A; 3ZT4 A; 3AA5 X; 4JI6 K; 3KK2 A; 3O3F A; 3C95 A; 3THV A; 2ZQB A; 1TAQ A; 3TAN A; 1RT3 A; 1VSE A; 3MN5 A; 4FWO A; 2W42 A; 4FLT A; 4KHS A; 2G8F A; 5AR0 A; 2ZE2 A; 4FWS A; 4A59 A; 3P83 D; 3O4W A; 4JKF A; 1OH6 A; 3I0R A; 2W6L A; 1CXQ A; 1JLA A; 1XWL A; 4BC4 A; 1XUP O; 3E9P A; 4XIU A; 3CCQ N; 4DKW A; 3ATU A; 3TSU A; 1A5V A; 4ZTJ A; 3C6A A; 4B1W B; 3HZ6 A; 3VPZ A; 2E8A A; 1QVG M; 4Q0B A; 3ZLJ A; 5J2M A; 3OYD A; 1RT1 A; 1EO1 A; 4KTZ A; 3SMP A; 3DLH A; 4BRL A; 3CCR N; 3DLK A; 1CLQ A; 3HRG A; 3TSP A; 4FJM A; 4NCA A; 1DTQ A; 4B3S K; 1S1T A; 3DRR A; 3CCE N; 4FWQ A; 2KQ2 A; 4EIA A; 5BR8 K; 2O8B A; 3AVI A; 3AVL A; 4DWI A; 3VGL A; 3TTD A; 5LJV A; 4B1V A; 2QWR A; 4JI2 K; 1KFD A; 2E2O A; 3LZJ A; 3J80 O; 2QW9 A; 5IT9 O; 3T69 A; 1TUY A; 3V6D A; 3O4Q A; 4FJ5 A; 2YNG A; 1JLG A; 1NGH A; 4DTP A; 3CJ7 A; 2NZT A; 2UXC K; 3VOV A; 3U9D A; 3S3O A; 1SL1 A; 5B8H A; 3M3Z A; 1RDB A; 3L4I A; 3JS6 A; 5D3G A; 3GDQ A; 4FOE A; 1NKE A; 4BR0 A; 4AQY K; 3S3N A; 1TKD A; 1NKB A; 4LSN A; 3SBT A; 3SAH A; 3TAQ A; 1EXQ A; 5C2F A; 4U67 L; 4FWN A; 4BRO A; 2A42 A; 4EZ9 A; 1KTQ A; 5JIC A; 1GLF O; 2KFN A; 4A2A A; 1B9D A; 4B1X B; 1NJI O; 1C0G A; 1D9F A; 1LV5 A; 5DMR A; 3G6E N; 4XH4 A; 3M8P A; 3C0B A; 1Q9Y A; 3V4I A; 4NCG A; 4JKA A; 4PKH A; 3AY9 A; 3T19 A; 2P9L B; 3SK3 A; 5H1S Q; 4M41 A; 2Q31 A; 3IUC A; 1SL2 A; 1HNW K; 1L3T A; 3H1Q A; 2DTU A; 4FLZ A; 5TKW A; 1NGA A; 1RTJ A; 4JKH A; 1X9W A; 4CJR A; 2E2N A; 4GW6 A; 4KO0 A; 2ZJQ L; 4DTS A; 3A5O C; 2ASM A; 2R7Y A; 4O55 A; 4QS9 A; 4TSX A; 2E2P A; 1X3N A; 1QHT A; 2BGG A; 3VEN A; 1HNV A; 3FE1 A; 5CYM A; 3R6M A; 2KTQ A; 1WNS A; 4DSE A; 4LD0 A; 4B1U B; 3JYT A; 4CGH A; 1N34 K; 5FRM A; 4DQR A; 5M1K A; 3OS2 A; 3QET A; 1S9G A; 4WYB A; 5HBM A; 1U2V A; 3MK6 A; 4E7K A; 3J81 O; 3BEX A; 4BRD A; 2JGU A; 2A1R A; 1WLJ A; 4DV6 K; 2A5X A; 4YOU A; 2HHU A; 3AO3 A; 1V4S A; 2HVI A; 4JI5 K; 1VQL N; 3DAW A; 1CZ9 A; 4CJT A; 3KKS A; 4DLG A; 3PUF A; 5SZT A; 5EU7 A; 2RPI A; 3QIC A; 4DV4 K; 4M7X A; 3P4I A; 3ZSV A; 3LWL A; 2X78 A; 3TTC A; 3OYN A; 1NK6 A; 1Y64 A; 3LDL A; 2B6A A; 4LSL A; 3W0L A; 2WFB A; 2G8U A; 1JKH A; 3SAG A; 2VG6 A; 4HCC A; 1YIJ N; 3L2U A; 1HUX A; 4KB0 A; 3ENH A; 2VWJ A; 3MXJ A; 4JK8 A; 4CIE A; 3DRP A; 1HX1 A; 4E7L A; 2NRZ A; 4MO4 A; 3O9U A; 4RCH A; 5JS2 A; 1L3V A; 5M1N A; 4G9Z A; 3I8B A; 3NF9 A; 2P9N A; 1CXU A; 4X66 K; 3C7N B; 1ZC6 A; 3CCJ N; 1N33 K; 3L8B A; 4CI6 A; 4BDP A; 2E4L A; 1RNH A; 2IAJ A; 2Q36 A; 4KBO A; 4CHO A; 5T7B A; 1K8K A; 1K6Y A; 4H5N A; 2NNW A; 4WCE L; 4CEE A; 4CIG A; 4Z4G A; 1RBV A; 4PQU A; 4ELU A; 4B1Y B; 1H1V A; 4I2P A; 3BUZ B; 3OYL A; 4GNI A; 2ITG A; 4PA1 A; 4KHQ A; 4ELT A; 4KRF A; 4RWT A; 3KLH A; 1SL0 A; 4ISE A; 3OBY A; 4WQ4 C; 1J5O A; 1TAU A; 2HNZ A; 1GLD G; 3DWL A; 3CG7 A; 2XY6 A; 3ZSW A; 2D1K A; 3VTH A; 1FJG K; 4BVP A; 3UB5 A; 1O1W A; 4CZJ A; 4BR7 A; 4CEO A; 4OVL A; 3U3G A; 1DT9 A; 1QQM A; 3KJV A; 4PY5 A; 3HK2 A; 1VQN N; 2AA4 A; 2ZD1 A; 2QWN A; 4CZL A; 1D5A A; 4CJE A; 2YJE A; 3TPQ A; 3K58 A; 1S6Q A; 3S3M A; 2KLA A; 3I56 N; 3LPU A; 4ZTF A; 2KZM A; 2OTL N; 1NWK A; 1NK5 A; 4CF2 A; 4NLB A; 4BRC A; 1NK0 A; 2D4W A; 5HRS A; 1C1B A; 1SUQ A; 1ZBI A; 3FFK B; 1LAW A; 5JVG L; 4J2B A; 1ATS A; 3PIP L; 3CFO A; 4E1N A; 1X9M A; 3BF3 A; 3GBT A; 1TK5 A; 4CED A; 5ADX A; 2UXD K; 1REV A; 2HBL A; 4IOX A; 4CHZ A; 4DR1 K; 3A2F A; 3VQB A; 2F7T A; 4Y1D A; 4B9L A; 1MWM A; 3CCL N; 1GLL O; 3TAG A; 4N41 A; 1BU6 O; 2ZJR L; 4CEQ A; 1Q86 O; 4CEZ A; 3RSE B; 4H0X B; 4CW7 B; 1HKG A; 2E6L A; 3KTQ A; 2ETJ A; 3CF5 L; 4LF7 K; 2IC3 A; 5EOY A; 4IFV A; 1LAV A; 4FL9 A; 4DFP A; 3T1H K; 2YCH A; 5GAE P; 4KI6 A; 1GLB G; 1BIZ A; 2DFF A; 4BR4 A; 4FYD A; 5CZ2 A; 4I6M A; 2HNY A; 2P5O A; 5JLH A; 3OHR A; 2WC9 A; 2YX6 A; 2Y1I A; 3SUN A; 1U47 A; 4DCH A; 5AQN A; 4M7Y A; 4DTO A; 2GUI A; 3LPT A; 4ID1 A; 4NYN A; 2PYL A; 4M3Y A; 3OYJ A; 5CE3 A; 1NGC A; 1T05 A; 2WOM A; 3KHY A; 1JCE A; 4FM2 A; 4KPY A; 4KHN A; 4FK4 A; 5HRO A; 1VSI A; 1QZ6 A; 3VQ5 A; 5AQJ A; 1GLJ O; 3O1B A; 3RMB A; 4WF9 L; 4IOC L; 2GTD A; 3CM6 A; 3LAL A; 2FC0 A; 4H8K A; 2KHO A; 4M42 A; 2O8B B; 1J54 A; 4AHU A; 2O8E B; 4CHY A; 4CJ7 A; 2FBT A; 2QWP A; 5AQL A; 1NGD A; 4DV3 K; 1YI2 N; 4JKE A; 4LF9 K; 3K2P A; 3QLH A; 4I2Q A; 5AQV A; 3SPY A; 3ZSO A; 4FJ8 A; 4DR4 K; 5EY4 A; 2ZJP L; 4CZI A; 3O4N A; 3IFR A; 2HST A; 3LAK A; 4JKC A; 2QWL A; 4CIF A; 3MCA B; 3ZEU A; 4F3O A; 4ISG A; 4IFY A; 4I9L A; 3PX6 A; 4BDY A; 3PX0 A; 3RMA A; 4H0Y B; 4O44 A; 1GLA G; 1YUW A; 3SLC A; 4DU1 A; 3H3O B; 3AA4 A; 4JK9 A; 5J2N A; 4IFE A; 4CGG A; 1JLB A; 2GWK A; 2GV9 A; 4B8C A; 2Y1J A; 4DQ8 A; 1QTM A; 1LW2 A; 2QI2 A; 4E0D A; 3O6W A; 4OO1 J; 3ZSR A; 3CJ1 A; 1VSH A; 1OH8 A; 1TKX A; 1HYV A; 2HHX A; 3H08 A; 1S1W A; 5J2Q A; 3I0S A; 3HOT A; 4KHY A; 1YIT N; 3J7Z O; 3AA2 A; 2YHB A; 3AAP A; 4AH9 A; 4CF1 A; 3C6U A; 2RN2 A; 4C8O A; 4UY8 O; 2OPP A; 3K5L A; 1F21 A; 5AQR A; 4CGD A; 3SJH A; 4JNE A; 4NCB A; 1TL1 A; 3VQ8 A; 2GEM A; 1S1X A; 1W97 L; 1Q8I A; 2JWK A; 3H46 O; 4OGE A; 3AO1 A; 5AQG A; 1WSF A; 1JXB A; 3DXK A; 3P5J A; 3E9O A; 4KHU A; 1A5W A; 1YXQ A; 1KAX A; 1C0F A; 4PKI A; 2Q3S A; 5CYQ A; 1V4T A; 4WE1 A; 1EWR A; 2RKI A; 5BPN A; 4DU4 A; 3CCV N; 1LWC A; 2O8D A; 3OYF A; 3K0S A; 1M90 O; 3OYK A; 4KH5 A; 3CYM A; 2GEL A; 1ESV A; 3BF1 A; 2RE2 A; 3VEZ A; 4FZX C; 3EEQ A; 4DR3 K; 1S3X A; 4Z4H A; 1D8Y A; 3D2F A; 3LP3 A; 3HP9 A; 1ASU A; 2YHY A; 4O0I A; 4FJ7 A; 4CFA A; 1IJJ A; 5AFU H; 1JCG A; 4DHY A; 2E2Q A; 4IDH A; 4H5T A; 5KPR A; 4DR7 K; 1KAY A; 5GAD P; 4CJP A; 2FSN A; 1EKE A; 2QKB A; 4MLH A; 1WSE A; 3RMC A; 3O8M A; 4FLU A; 3DLB A; 5GIO A; 1VQO N; 3C65 A; 5M1O A; 3BY5 A; 3KK1 A; 2HBK A; 2X6S A; 3DOL A; 3CQY A; 1KXP A; 4ZHR A; 2CGK A; 1SKS A; 5J2P A; 1YHQ N; 3MAQ A; 3QBW A; 4K43 A; 3VMF B; 4YFU A; 1RBT A; 3VN5 A; 3VEW A; 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